PLoS One: Mátrix metalloproteináz-1 (MMP-1) poliformizmusainak is jól összekapcsolódott a gyomor alsó daganatképződésnek kelet indiai Population

absztrakt katalógusa

Expression mátrix metalloproteináz-1 (MMP-1), egy közbeiktatott kollagenáz, fontos szerepet játszik a celluláris invázió a fejlesztés során a gyomorrák, a vezető halálok világszerte. Egy-nukleotid polimorfizmus (SNP) -1607 1G /2G helyén a MMP-1 gén promótere leírták, hogy megváltoztatják transzkripciós szinten. Míg a fontosságát a többi SNP az MMP-1 promoter még nem vizsgálták gyomorrák, célunk az volt, hogy vizsgálja meg az MMP-1 gén promoter polimorfizmusok és gyomorrák fogékonyság keleti indián lakosság. Összesen 145 gyomorrák betegek és 145 egészséges kontroll genotipizálása MMP-1 -1607 1G /2G (rs1799750) PCR-restrikciós fragmens hossz polimorfizmus (RFLP), míg az MMP-1 -519 A /G (rs1144393), MMP -1 -422 T /A (rs475007), az MMP-1 -340 T /C (rs514921) és az MMP-1 -320 T /C (rs494379) genotipizálása DNS-szekvenálással. Pozitív összefüggést találtak az MMP-1 -422 T /A SNP szignifikáns kockázatot regionális nyirokcsomó áttét ( P katalógusa = 0,021, Odd-tényező (OR) = 3,044, megbízhatósági intervallumot (CI) = 1,187 -7,807). Emellett találtunk szignifikáns összefüggést a gyomor alsó daganatképződés között gyomorrákos betegek három szomszédos polimorfizmusok mellett a transzkripció kezdő helyei [MMP-1 -422 T /A ( P katalógusa = 0,043, OR = 2,182 , CI = 1,03-4,643), az MMP-1 -340 T /C ( p
= 0,075, OR = 1,97, CI = 0,94-4,158) és az MMP-1 -320 T /C ( P katalógusa = 0,034, OR = 2,224, CI = 1,064-40.731)]. MMP-1-szint a betegek szérum korrelált az MMP-1-promoter haplotípusok átadó e három SNP, hogy értékelje a funkcionális fontosságát, hogy ezek polimorfizmusok alsó gyomor tumorképződést és szignifikáns korreláció volt megfigyelhető. Továbbá, az MMP-1 -519 A /G polimorfizmus gyenge mértékben sejtek differenciálódását ( P katalógusa = 0,024, OR = 3,8, CI = 1,69-8,56) tulajdonított nagyobb a kockázata a rák progresszió. Összefoglalva, az MMP-1 proximális promoter SNP társított kockázatát gyomor alsó daganatképződés és áttét keleti indián lakosság. Katalógusa

Citation: Dey S, Ghosh N, Saha D, Kesh K, Gupta A, Swarnakar S (2014) Mátrix metalloproteináz-1 (MMP-1) poliformizmusainak is jól összekapcsolódott a gyomor alsó daganatképződésnek keleti indián lakosság. PLoS ONE 9 (2): e88040. doi: 10,1371 /journal.pone.0088040 katalógusa

Szerkesztő: Redhwan Ahmed Al Naggar, Népegészségügyi és Preventive Medicine, Malajzia katalógusa

Beérkezett: szeptember 2, 2013; Elfogadva: január 3, 2014; Megjelent: február 5, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Dey et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Sanjib Dey volt címzettje Senior Research Fellowship indiai Tanács Medical Research (ICMR), India. NG és KK a címzett Senior Research Fellowship származó Tanács Tudományos és Ipari Kutatási (CSIR). A munkát támogatásból IAP001 Tanács Tudományos és Ipari Kutatási (CSIR), India, NBA07 a Biotechnológiai Tanszék (DBT), India. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák egyik vezető oka a rák okozta halál a világon. [1] Globális szinten, gyomorrák (GC) számlák mintegy 800000 ember halálát okozza évente. Több mint 70% -a GC esetek a fejlődő országokban, és a fél világ teljes történik Kelet-Ázsiában. [1] Ez egy vezető probléma észak-keleti és déli államaiban az indiai szubkontinensen. [2] Az előfordulási gyomorrák változik országonként, valószínűleg a genetikai, epigenetikai és a környezeti tényezők. Helicobacter pylori
fertőzés úgy, mint egy fő kockázati tényező a gyomorrák különösen a rák, az alsó rész (noncardia) a gyomor [3]. A kombinált elemzése 12 tanulmány a H. pylori katalógusa és gyomorrák becslések szerint a kockázat adenocarcinoma nem cardia régióiban a gyomor közel hatszorosa az H. pylori katalógusa-fertőzött emberek, mint a nem fertőzött emberek [3]. katalógusa

A legújabb vizsgálatok azt mutatják, hogy a rákkeltő képességet egy többsejtű és többlépcsős folyamat, amelyben megsemmisítése a szöveti mikrokörnyezet elengedhetetlen az átalakítása normál szövetben a tumor [4]. Ezért, molekuláris elemzése a szöveti mikrokörnyezet és annak dereguláció során neoplasia kulcsfontosságú lépés tudni, hogy a mechanizmusok a malignitás. A mátrix metalloproteinázok (MMP-k) által gyártott, a tumoros és normál sejteket, megváltoztathatja a mikrokörnyezet lebontásával extracelluláris mátrix, és az azt követő celluláris jelek vezet a korai szakaszában a tumorképződés [5]. Számos MMP-k az egyedülálló képessége, hogy rontja a közbeiktatott kollagéneket (például I, II, és III), a szervezet legnagyobb mennyiségben előforduló proteinek. MMP-1 a legtöbb mindenütt expresszálódik intersticiális kollagenáz [6] és annak overexpressziója társított több patológiás körülmények között, beleértve a tumor invázió és metasztázis [7]. A túlzott mértékű expressziója az MMP-1 mRNS-t mutattak ki a különböző rákos megbetegedések, például gyomorrák, kolorektális rák és a nyelőcsőrák [8] - [12]. Túlexpressziója az MMP-1 fehérje rossz prognózissal társul nyelőcsőrák és a colorectalis rák [10], [11]. Ez a MMP-1 overexpresszió annak tulajdonítható, hogy az egymás mellé helyezése transzkripciós faktor kötőhely és kooperativitás között a tényezők között, amelyek kötődnek ezek a helyek belül a promoter régió a MMP-1 gén [13].

A promoter régió MMP-1 tartalmaz egy guanin inszerciós /deléciós polimorfizmus (1G /2G polimorfizmus) pozíciójában -1607 amely létrehozza a szekvencia 5'-GGA-3 ', amely egy 2G allélt. A jelenléte egy 2G polimorfizmus növelheti transzkripciós aktivitását endogén MMP-1, mert a guanin beszúrási létrehoz egy kötőhelyet egy tagja az Ets transzkripciós faktor család. A 2G alléllal hozzájárulhat a fokozott invazivitását endometriális karcinómák, a fejlődés a petefészekrák, tüdőrák, és a colorectalis rák [14] - [21].

Tanulmányok számos más gének adtak egy új paradigmát amely az egy gén transzkripcióját nagyobb valószínűséggel befolyásolják többszörös polimorfizmust található a promoter régió, amely együttesen jelentkezik, hogy gyakoroljon egy haplotípus hatását [22], [23]. Számos más egypontos nukleotid polimorfizmusok (-519A /G, -422T /A, -340C /T, és -320C /T) az MMP-1 gén promótere nemrégiben azonosítottak [24]. Funkcionális hatásoknak a polimorfizmusok a MMP-1 gén promoter aktivitást értékelték sejtvonalak melanoma (A2058 és A375), a mellrák (MCF7 és MDA-MB-231), a tüdőrák (A549 és H69), és kolorektális rák ( HT-29, SW-620) összevetve a promoter erőssége a 10 leggyakoribb haplotípusok ezekből polimorfizmusok [24]. Bár a fokozott MMP-1-ben társult helyi invázió és rossz prognózissal gyomorrákban [25], a szerepe az MMP-1 promoter SNP-k és a haplotípusok a gyomorrák kialakulásával jelenleg ismeretlen bármilyen emberi populációban.

a jelen tanulmányban, végeztünk egy kórházi alapú eset-kontroll vizsgálat, hogy vizsgálja meg az egyesület a MMP-1 gén promoter SNP [-1607 1G /2G (rs1799750) (MMP-1,1), -519A /G (rs1144393) (MMP-1,2), -422T /A (rs475007) (MMP-1,3), -340C /T (rs514921) (MMP-1,4), és -320C /T (rs494379) (MMP-1,5)] és haplotípusok a kockázata gyomorrák fejlődés keleti indián lakosság. Azt is kutatták a kapcsolat a polimorfizmusok és a klinikopatológiai faktorok között gyomorrákos betegek. A tanulmány bizonyította a feltételezett Association MMP-1.3, MMP-1,4, és MMP-1,5 polimorfizmusok a kockázata alacsonyabb gyomor daganatképződés gyomorrák. A funkcionális jelentőségét az MMP-1 polimorfizmusainak alsó gyomor tumor kialakulását igazoltuk haplotípus hatását ezeknek a polimorfizmusok MMP-1-expressziós szinteket a szérumban. Azonban nincs összefüggés az előfordulása gyomorrák találtak a fentiek közül bármelyik öt SNP az MMP-1 promoter és kapott haplotípusok. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Tanulmány Témák: Kelet-indiai eset-kontroll kohort katalógusa

A keleti indiai eset-kontroll kohort 145 gyomorrák esetek és 145 kontroll egyének. A vizsgálati protokollok (2008-2014) hagyta jóvá etikai felülvizsgálati deszkái Saroj Gupta Cancer Center és Kutató Intézet, Kolkata, Department of gyomor műtét, Medical College és a Kórház, Kolkata, IPGMER, Kolkata kórházak és az Emberi etikai bizottság Indian Institute of Chemical Biology, Kolkata, India. Minden beteg klinikai diagnózisa gyomorrák részt vesz a kórházi osztályokon a Gastro-onkológiai a Saroj Gupta Cancer Center és Kutató Intézet, Kolkata, a Department of gyomor műtét, Medical College és a Kórház, Kolkata és a IPGMER, Kolkata során 2008. június 2013. május azonosítottunk kórházi nyilvántartások és a kapcsolatot a követés során vizsgálatot. Minden résztvevő írásos beleegyező nyilatkozatban való részvétel. A betegek demográfiai, a tünetek és a daganat osztályozás rögzítették, és vérminták miután a klinikai kórtörténet és a teljesítő klinikai és endoszkópos vizsgálatokat. A szövettani tumor gépelés határoztuk alapján biopszia vagy eltávolított mintákat. A kizárási kritériumok közé előtörténete más áttéteket rák kivételével gyomorrák. Lehetőség gyomorfekély anélkül, hogy bármilyen rákos elváltozás kizárták volna a kórszövettani gyomor elváltozás. A diagnózis a gyomorrák és a TNM stádium alapult általánosan elfogadott klinikai, szövettani, radiológiai és immunfluoreszcencia megállapításokra, és az amerikai vegyes bizottság rák (AJCC) és a Nemzetközi Rákellenes Unió (UICC) kritérium [25]. Azok, akik korábban vagy aki jelenleg már rabja dohány legalább 2 évet határoztak meg, mint a dohányzás rabja. Látogató személyek, ezek a kórházak egy rutin szűrés és akik kórtörténetében nem vagy diagnosztizálására rákos vagy genetikai betegségek is kérte, hogy részt és az önkéntes véradó a tanulmány. Ezek a tárgyak tartották az egészséges kontrollok. Az összes rákos betegek és kontroll személyek függetlenek voltak, és az indiai állampolgárságot West Bengal, vagy a környező kelet-indiai államokban. Ez a populáció reprezentatívnak minősült keleti indián lakosság. Katalógusa

DNS kivonása és szérum Collection katalógusa

Minden egyes téma, 5 ml vénás vért vettünk aszeptikus Vacutainer csövekbe (Qiagen, USA) tartalmazó EDTA és 4 ° C-on, mielőtt genomiális DNS-extrakció. A genomiális DNS-t extraháltunk 3,5 ml teljes vér követő két héten belül mintavételi alkalmazásával QIAamp DNA Blood Midi Kit készlet (Qiagen, USA), a gyártó protokollja szerint. Közvetlenül a vérvétel, additional1.5 ml teljes vért centrifugáltuk 1800 g-vel 5 percig, hogy megkapjuk a szérum frakciót. A szérummintákat -80 ° C-on, amíg elemzést.

A primereket és PCR-amplifikációval a promoter régió az MMP-1-gének

A primereket úgy terveztük meg FastPCR szoftver (http: //www. biocenter.helsinki.fi) úgy, hogy amplifikálására promoter régióiban a MMP-1 gén elemzése érdekében polimorfizmusok szekvenálásával (1. táblázat). PCR-t végeztünk a PCR SPRINT Thermal Cycler (Thermo Electron Corporation, Japán). A megcélzott szekvenciát amplifikáltuk egy 25 ul reakció-térfogatban, amely 10-20 ng genomikus DNS-t, 0,2 mM dNTP-t, 10 mM Tris-HCl (pH = 8,3), 50 mM KCI, 2 mM MgCI2, 0,3 uM mindegyik primerből, és 1,0 egység Taq DNS-polimeráz (Fermentas Taq DNS-polimeráz, Fermentas, USA). A PCR-amplifikáció végeztük 35 ciklus követett denaturálással 94 ° C-on 30 s, lánckapcsolódás 58 ° C-59 ° C-on 1 perc (1. táblázat), és ezt követően 72 ° C-on 30 s után a kezdeti aktiválási lépés 94 ° C-on 5 percig. A PCR-fragmenseket elemeztük összehasonlítva 100 bp DNS-létra (Fermentas, USA) egy etídium-bromiddal festett 1,5% -os agaróz gélen (Cat No. 014.011, Sisco Research Laboratories, India) futni 60 percig 100 V

genotipizálás

a genotipizálást szekvenálás, bármely nem épült dNTP-ket defoszforilált és be nem épült primereket eltávolítjuk a PCR-termék által garnéla alkalikus foszfatáz (Fermentas, USA) és az exonukleáz-I enzimet (Fermentas, USA). A PCR-termékeket alkalmaztuk szekvenálás a BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA) és szekvenáltuk egy ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer (Perkin-Elmer ABI, Foster City, Calif.), A gyártó protokollja szerint. A PCR-fragmentum szekvenáltuk mindkét irányban való előre és reverz PCR-primerekkel kiküszöbölve annak lehetőségét, hogy tömörítési hibákkal. Szekvenálás kromatogramokat analizáltuk Sequence lapolvasó szoftver v1.0 (Applied Biosystems, USA), hogy elemezzék változások a nukleotidok és így genotípusok.

A MMP-1.1 1G /2G polimorfizmus genotipizálása PCR -
restrikciós fragmens hossz polimorfizmus (RFLP) módszerrel Alul katalógusa enzimet (New England BioLabs, Inc. (NEB) Ipswich, MA), a korábban leírtak szerint [26]. katalógusa

enzimhez kapcsolt immunoassay (ELISA) hotelben

a szérum MMP-1 fehérje szintje (pro és aktív) betegeknél felső gyomorrák kívüli kockázat haplotípusok és alsó gyomorrák kockázati haplotípusok (egy vagy több kockázati allél) hasonlítottuk össze a kereskedelemben kapható az MMP-1 ELISA készlettel (ab10063, ABCAM, USA) szerint a gyártó előírásainak megfelelően. A szérum mintákat hígítottuk (1:05 ​​térfogat /térfogat) vizsgálati hígítószerben a készletben. Röviden, 100 pl a szabványok, üres hely, és a hígított szérum mintában pipettáztunk az anti-humán MMP-1 előre bevont 96 lyukú lemezen a készletben, és inkubáltuk 2,5 órán át 37 ° C-on. Miután több mosás, biotinezett anti-humán MMP-1 antitest (hígított 1:1000) adtunk a lyukakhoz, és a lemezt 1 órán keresztül inkubáltuk szobahőmérsékleten. Kimosása után kötetlen biotinilált antitestet, HRP-konjugált sztreptavidinnel pipettázunk a lyukakba. A lemezt ismét 45 percig inkubáltuk. Alapos mosás után 100 ul, a szubsztrát tetramethylbenizidine volt pipettával minden egyes lyukba, és a lemezt 30 percig inkubáljuk sötétben szobahőmérsékleten (25 ° C). A stop-oldatot adunk hozzá befejezésekor. Minden mintát duplikátumban. Az abszorbancia értékeket az üres, minták, és a szabványok olvastuk A mikrolemez leolvasón hullámhosszon 450 nm-en. A szint az MMP-1 fehérje a mintákban kaptuk összehasonlítása a standard görbe, generált szabvány által szállított előállítására. A minimális detektálható szintű MMP 1 volt 8 pg /ml.

Statisztikai elemzés

A statisztikai elemzést az SPSS szoftver (verzió 16.0J. SPSS Inc., Chicago, IL, USA ). Jelentős különbségek életkor interjú ellenőrzések és az életkor a diagnózis a rákos esetek értékelték a Student-féle t-teszt összehasonlítás segítségével GraphPad InStat3 szoftver (GraphPad Software, Inc., San Diego California USA). Hardy-Weinberg (HWE) analízist végeztünk összehasonlítani a megfigyelt és a várható allélgyakoriság segítségével chi-négyzet próba ellenőrzéseket annak biztosítására, hogy minden egyes marker volt egyensúlyi ( p katalógusa > 0,05). A minor allél frekvenciája (MAF) ( -modell katalógusa opció) és HWE ( -hardy katalógusa opció) az egyes SNP-ra becsülték a kontroll populáció használatával Plink v0.99 [27]. Eset-kontroll adatokat elemeztük kétoldali 2-by-2 vagy 2-by-3 kontingencia táblázatok szerint a genotípus a Pearson Chi-négyzet próba. Az esélyhányados (OR) és a 95% -os konfidencia intervallum (CI) a genotípusok számoltuk többváltozós logisztikus regressziós modell korrigált életkor (folytonos változó), a szex és a dohány függőség. Ebben a vizsgálatban meghatároztuk, hogy a 1G allél az 1G-1607 2G SNP, az A allél az A-519G SNP, az A allél a T-422A SNP, a T allél a T-340c SNP és a T allél a T-320C SNP voltak referencia allélek. Az eredmények értékelését a fenti allélok referenciaként használja a multinomiális logisztikus regressziós modell. Elemezve a kapcsolat a SNP genotípus és a betegség állapotának GC, a színpadon a rák, szövettani osztályozás és mélysége tumor invázió alakították át bináris adatok (Stage I + II vs. szakasz III + IV, jól differenciált + mérsékelten differenciált vs. rosszul differenciált, és T1 + T2 vs. T3 + T4). A kapcsolat a genotípus eloszlás és a tumor mélységi vagy színpadon is megvizsgálják multinomiális logisztikus regressziós modell korrigált életkor (folytonos változó), a szex és a dohány függőség, mint a lehetséges zavaró tényező. Haplotípus analizáltuk a program Haploview (ver. 4.1, Broad Intézet, Chembridge, USA) [28]. Minden eredményt statisztikailag szignifikánsnak tekintettük, ha a p katalógusa érték < 0,05. A post hoc erőszámítás végeztek, hogy teszteljék a statisztikai ereje a jelen tanulmány szerint a módszer Schlesselman, JJ [29]. Katalógusa

Eredmények katalógusa

Leírás a vizsgálati populáció katalógusa

A vizsgálati populáció 145 gyomorrákos betegek 112 (77,2%), a férfiak és 33 (22,8%) nő, akiknek életkora a 42,6-65,8 év, valamint 145 kontroll alanyok 81 (55,9%) és a férfiak 64 (44,1%) nő, akiknek életkora a 34,5-62,5 év. A betegek és a kontroll származhatnak ugyanabból a földrajzi elhelyezkedés és képviselő keleti indián lakosság. Statisztikailag szignifikáns különbség a nemek eloszlása ​​( p katalógusa < 0,001) és az életkor ( p katalógusa < 0,0001) között betegek és a kontrollcsoport. Emellett lényegesen több dohány-függő személyek (p < 0,0001) volt jelen betegek körében (68,3%), mint a kontroll (28,3%). Tehát során kockázatbecslés, a kor, a nem és a függőség-esélyhányadosok számoltunk. Katalógusa

kimutatása Egyetlen nukleotid polimorfizmus az MMP-1 promoter katalógusa

A természetben előforduló, gyakori szekvencia variánsait MMP-1 gén promoter esetek és a kontrollok kerestünk direkt DNS-szekvenálás. Összehangolása szekvencia kromatogramot az MMP-1 gén promótere contig szekvencia (Genebank no- AF023338) megerősítette az SNP pozíciókat -1607 (1G /2G, azaz a G inzerció /deléció), -519 (A /G), -422 (T /a), -340 (T /C) és a -320 (T /C) (ábra S1 a File S1). MMP-1,1 genotipizálást PCR-RFLP végeztünk azután között gyomorrákos betegek és kontrollok. Ábra S1A (File S1) ábra egy tipikus PCR-RFLP mintát. A 269 bp-cél régió a MMP-1 gén promótere PCR-rel amplifikáltuk, és emésztettük AluI katalógusa, amely hasítja a 1G allél generálni két fragmens 241 bp és 28 bp. A 2G allél nem emészthető a Alul katalógusa. Heterozigóta genotípus mutatta, három sáv 269 bp, 241 bp és 28 bp (ábra S1A File S1). MMP-1,2, MMP-1,3, MMP-1,4) és az MMP-1,5 genotipizálása DNS szekvenálás (Figure S1B File S1). Az MMP-1.1 genotípus elemzés A DNS-szekvenálást korlátozódik egy kísérleti tanulmány, valamint a 10% -át a lakosság az ellenőrzés megismétléséhez. Minden genotipizálást között 145 beteg és 145 kontroll. Katalógusa

közötti társulás egyedi SNP MMP-1 promoter és a gyomorrák kockázata katalógusa

A genotípus eloszlása ​​MMP-1 polimorfizmus összhangban voltak a Hardy Weinberg egyensúlytól (HWE). A tanulmány elérte volna a 80% -os teljesítménnyel (Z-alfa = 1,645, az alfa = 0,05) és 145 esetben, eset-kontroll aránya 1,0 és 10% téve a vezérlés a kockázati allél rendelkező OR 2,31. Katalógusa

MMP-1,1 polimorfizmus nem mutatott szignifikáns különbséget a genotípusok megoszlása ​​(1G1G vs. 1G2G, 2G2G és 1G2G + 2G2G) betegek és a kontrollok ( p katalógusa = 0,430, p katalógusa = 0,465 és p katalógusa = 0,411 -kal). Továbbá, az allél gyakoriság eloszlása ​​(1G vs. 2G) nem volt szignifikáns betegek és kontrollok ( p = 1,000 katalógusa), és így nem biztosít semmilyen kockázata gyomorrák fejlesztés (2. táblázat). Azt is érdemes megjegyezni, hogy a 2G allél volt a fő allél a populációban, és mi volt, mint egy kockázati allél, mint sok más tanulmányok korábban úgy vélte, hogy a kockázati allél [14], [30], [31]. Katalógusa

a gyomorrákos betegek, a frekvencia a MMP-1,2 AG, GG és AG + GG genotípus szignifikánsan nem különbözik az egészséges kontrollok ( p katalógusa = 0,603, p katalógusa = 0,506 és p katalógusa = 0,510 -kal), és így nem biztosít jelentős kockázatot gyomorrák. Továbbá, allélgyakoriságának (A vs. G) a rákos betegek szignifikánsan nem különbözött az egészséges kontroll ( p katalógusa = 0,337), és nem biztosított kockázat gyomorrák fejlesztés (2. táblázat). Katalógusa

a genotípus gyakorisági eloszlás, (AA vs. TT TA és TA + TT) az MMP-1,3 polimorfizmus betegcsoport nem különbözött szignifikánsan a kontroll személyt ( p katalógusa = 0,626, p = 0,999 katalógusa és p katalógusa = 0,806 -kal), és így nem biztosít jelentős kockázatot gyomorrák. Továbbá, az allél gyakoriság (T vs. A) eloszlása ​​a rákos betegek és a kontrollok nem volt szignifikáns ( p katalógusa = 0,927) (2. táblázat). Katalógusa

A beteg MMP-1,4 polimorfizmus, genotípusok (TT vs. TC, CC és a TC + CC) is hasonló eloszlás ahhoz, ami a kontroll ( p katalógusa = 0,474, p katalógusa = 0,424 és p = katalógusa 0,388 -kal) nem mutatja egyesület gyomorrák kockázatát. Továbbá, a forgalmazás allélgyakorisági (T vs. C) szenvedő betegek és kontrollok nem volt szignifikáns különbség ( p katalógusa = 0,357), emellett azt mutatja hiányában társulás gyomorrák kockázata (2. táblázat).

az MMP-1,5 polimorfizmus genotípus frekvenciák (TT vs. TC, CC és a TC + CC) betegeknél hasonlóképpen szét a kontroll ( p katalógusa = 0.329, p katalógusa = 0,358 és p katalógusa = 0,228 -kal) nem mutat jelentős kockázatot gyomorrák. Továbbá, a forgalmazás allélgyakorisági (T vs. C) a betegek és a kontrollok nem volt szignifikáns különbség ( p katalógusa = 0,469) (2. táblázat). Katalógusa

közötti társulás egyedi SNP MMP -1, valamint a demográfiai és klinikopatológiai funkciók idején gyomor Rákdiagnosztika katalógusa

Egyesületek vizsgáltuk az egyes polimorfizmus és a demográfiai klinikopatológiai jellemzői gyomorrákos betegek és kontrollok (3. táblázat). MMP-1,1, MMP-1,2, MMP-1,3, MMP-1.4 és az MMP-1,5 polimorfizmusok nem játszott meghatározó szerepe a gyomorrák kockázatát minden korcsoport, nem és a dohányzással függőség állapotát. Katalógusa

MMP 1.1 és MMP-1,2 polimorfizmusok nem biztosít jelentős kockázatot tumor helyét vagy foka tumor progressziójának gyomorrák (3. táblázat). Azonban hordozó betegek kombinációs AG és GG genotípus MMP-1,2 polimorfizmus szignifikáns oszlik szövettani altípusa a rák és szignifikánsan nagyobb a kockázata a rosszul differenciált (PD) carcinomák ( p = 0,001 katalógusa, OR = 3,803, CI = 1,69-8,56) (3. táblázat). katalógusa

a MMP-1,3 polimorfizmus, hordozó betegeknél kombinációja TA és TT genotípusok több kockázata alacsonyabb gyomorrák (alsó & középrész, antrumban és pylorus gyomor ) ( p = 0.043 katalógusa, OR = 2,18, CI = 1,03-4,64). Továbbá, a kombináció a TA és a TT genotípusok leggyakrabban a gyomorrákos betegek 10 vagy több áttétes nyirokcsomók ( p = 0,021 katalógusa, OR = 3,044, CI = 1,187-7,807), ami arra utal, hogy a T allél volt káros hatása a gyomor daganatos progresszió és a korai áttét (3. táblázat). katalógusa

a MMP-1,4 polimorfizmus megoszlása ​​TC és a CC genotípus betegek körében különféle daganatos helyeken a gyomorban közel volt ahhoz, hogy elérje a statisztikailag szignifikáns kapcsolata a kockázata alacsonyabb gyomorrák ( p katalógusa = 0,075, OR = 1,969, CI = 0,94-4,15) (3. táblázat). Ellentmondásos, hogy az MMP-1,3 polimorfizmus, hordozó betegeknél kombinációja TC és a CC genotípus adta elleni védelem regionális nyirokcsomó áttét ( p katalógusa = 0,026, OR = 0,34, CI = 0,13-0,88) mellett távoli áttét ( p
= 0,061, OR = 0,49, CI = 0,24-1,03) a gyomorrák (3. táblázat).

MMP-1,5 polimorfizmus, kombinációja TC és CC genotípusok szignifikáns társulás helyét gyomor tumor. Hordozó betegek kombinációja TC és a CC genotípus nagyobb veszély fenyegeti az alacsonyabb gyomorrák ( p = 0.034 katalógusa, OR = 2,22, CI = 1,06-4,07) (3. táblázat). Katalógusa

rétegzés analízis SNP-k és az alsó gyomor tumor képződés, a tanulmány elérte volna az erő 80% (Z-alfa = 1,645, az alfa = 0,05), 89 alsó gyomor esetekben az alacsonyabb gyomor és a felső gyomor minta aránya 0,505 és 35% kitett felső gyomor betegek kockázata allél rendelkező OR 2,5. katalógusa

genotípus gyakorisága a két kapcsolt lókusz MMP-1 SNP-k és kockázat gyomorrák katalógusa

hogy értékelje az együttes hatása két kapcsolt lókusz a rák kialakulásának kockázatát, mint az egyes SNP-k nem biztosított kockázat gyomorrák fejlődés, az egyesített genotípus frekvenciák képest a betegek és a kontrollok. Osztalékfizetés a párosított lókusz frekvenciák szomszédos polimorfizmusok figyeltek növekvő sorrendben variáns allél és egyesületek vizsgáltuk. Nem volt dózisfüggő egyesület megfigyelhető, a számos variáns allél fokozott bármilyen kombinációja szomszédos páros loci (4. táblázat). Katalógusa

kapcsolódási egyensúlyban az SNP-k az MMP-1 promoter és haplotípus a hajlam gyomorrák

Minden a polimorfizmus az MMP-1 gén promótere értékelték kapcsolódási egyensúlyban (LD) között a polimorfizmusok és azonosítsák a közös haplotípusokat jelen a beteg és kontroll csoportok esetében. A régió mutatott alacsony lényeges LD közötti polimorfizmusok, kivéve az MMP-1.4 és az MMP-1,5 melyek teljes LD az eset-kontroll vizsgálat csoportban (1. ábra) (a kapcsolódási egyenlőtlenség blokkdefiníciókat alapultak módszer Gabriel et al.
) [32]. Tizenhat haplotípusok azonosítottuk nagyobb gyakorisággal, mint 1% mind a kontroll és a beteg lakosság, beleértve mind az öt marker, amely a MMP-1 gén promótere. A kiterjesztett haplotípus frekvencia eloszlások az MMP-1-polimorfizmusok nem voltak szignifikánsak között gyomorrák betegek és a kontrollcsoport és ezek egyike sem haplotípusok átruházott kockázata gyomorrák előfordulása (az adatokat nem mutatjuk be).

Funkcionális haplotípus hatásai az MMP-1 polimorfizmusainak "a gyomor alsó tumorképződés katalógusa

tizenhat haplotípusok azonosítottuk nagyobb gyakorisággal, mint 1%, és kategorizálja növekvő sorrendben polimorfizmus allél és elemezzük gén-dózis hatás (táblázat S1 Fájl S1). A különbség a haplotípus frekvencia volt szignifikáns között a gyomor alsó gyomorrákos betegek és a gyomor felső gyomorrák betegek száma polimorfizmus allél nőtt így a kockázat növekedésének a gyomor alsó gyomorrák fejlődés legmagasabb OR 2,155, 95% CI = 1,317-3,526, p = 0,0028, χ ^{2 = 9,52 kombinált haplotípusok, amely 4 kockázati allél (5. táblázat). katalógusa}

Annak érdekében, hogy vizsgálja meg a hatását az MMP-1 promoter polimorfizmus a gén funkciója összehasonlítottuk a szérum MMP-1-szint a szérum ELISA-val rendelkező betegek alsó gyomor rák kombinált kockázati haplotípust (amelynek legalább egyike kockázat alléi) vs. felső gyomor rák a referencia haplotípus (1G-AATT). A szérum MMP-1 fehérje koncentráció csaknem 1,5-szer nagyobb betegeknél alacsonyabb gyomorrák (n = 54) (a kombinált kockázat haplotípusok), mint betegek felső gyomorrák (n = 15) (összehasonlító haplotípus; p = 0,024), ami arra utal, a funkcionális jelentőségét SNP szabályozásában MMP-1 gén expresszió és ott befolyásolásával az alsó gyomor karcinogenezis eljárás (2. ábra). Az elemzés megismétli és megerősíti Bejelentkezéskor átalakítja az adatokat (S2 kép File S1). Katalógusa

Vita katalógusa

Bár az MMP-k nem onkogén vagy mutagén, nem változtatják meg és a mikrokörnyezet befolyásolhatja a folyamatot karcinogenezis és szövettan, és úgy tűnik, hogy indukált szinten transzkripciós aktivációs [33]. Mivel egy tagja MMP család, az MMP-1 leírták, hogy fontos szerepet játszanak a rák invázió keresztül overexpressziója, amely kapcsolatban van a metasztázis és rossz prognózissal nyelőcsőrák, petefészek-rák, kután malignus melanóma, kolorektális rák és gyomorrák [11 ], [15], [16], [25], [34]. Diffúz típusú gyomorrák általában jellemzi egy bőséges lerakódása kollagén rostok, esetleg igénylő magasabb szintű MMP-1-expresszió a megfelelő szöveti remodelling a mikrokörnyezet [30]. A genetikai háttér javasolták, hogy fontos szerepet játszanak a incidenciája és progresszióját gyomorrák [30]. Ezen felül, néhány polimorf kódoló gének metabolikus enzimek és sejtciklus szabályozók, így például metilén-tetrahidrofolát-reduktáz NADPH: kinon oxidoreduktáz és a ciklin D1 dokumentálták ruházza egy hajlamot gyomorrák [35] - [37]. Ezért polimorf gének, egyedül, kombinációban, vagy másokkal való kölcsönhatás révén exogén kockázati tényezők, lehet használni, mint predikatív szűrésének paramétereit egyének magas kockázatát gyomorrák.

A legjobb tudomásunk szerint ez a tanulmány az egyesület az MMP-1 variánsokat és a kockázat a gyomorrák kialakulásának és progressziójának egy kelet-indiai lakosság az első a maga nemében, amelynek középpontjában egy -1607 1G /2G polimorfizmus (MMP-1,1), valamint négy további polimorfizmus között ez az SNP és a transzkripciós starthelyet. MMP-1 promoter régió funkcionális polimorfizmusok felelős annak expressziós változtatásokat hajtott korrelál különböző betegségi folyamatokban. Ennek ellenére, az általunk vizsgált MMP-1.1 polimorfizmus és emellett négy másik SNP (MMP-1.1, MMP-1.2, MMP-1.3 és MMP-1.4) a promoter régió nem korrelál a gyomorrák előfordulása, ami arra utal, ezek promoter variánsok lenni alacsony penetranciájú kockázati tényezők a gyomorrák. concentration.
doi:10.1371/journal.pone.0088040.s001
(DOC)

Acknowledgments

Department

• PLoS One: fény- és elektronmikroszkópos az európai hód (Castor fiber) Gyomor felfedése Egyedi morfológiai lehetséges általános biológiai jelentősége
• PLoS One: önbevalláson gyomorémelygést az utasok Cruise-alapú és a szárazföldi Package Holidays