I ricercatori sviluppano uno strumento che accelera l'analisi e la pubblicazione dei dati biomedici

I ricercatori della Icahn School of Medicine del Monte Sinai hanno sviluppato uno strumento che velocizza l'analisi e la pubblicazione di dati biomedici da molti mesi o anni a pochi minuti, trasformare il modo in cui i ricercatori comunicano i risultati dei loro studi. Fino ad ora, il metodo principale disponibile per condividere i dati della ricerca biomedica è stato attraverso la pubblicazione su riviste scientifiche. Il nuovo strumento, BioJupies, si affida alle tecnologie cloud per analizzare e visualizzare grandi quantità di dati, come quello acquisito dal sequenziamento del genoma, come descritto nel numero di novembre 2018 di Sistemi cellulari .

Il sequenziamento dell'RNA è il metodo sperimentale più comune utilizzato per profilare le cellule nella ricerca biomedica. Negli ultimi anni, la tecnologia di sequenziamento ha rivoluzionato il modo in cui gli scienziati esaminano i dati genetici, e questo progresso gioca un ruolo cruciale nella scoperta e nello sviluppo di farmaci. Tradizionalmente, L'analisi del sequenziamento dell'RNA richiede ampie capacità di programmazione del computer e l'accesso a strutture di calcolo ad alte prestazioni locali, rallentare la velocità di analisi dei dati biomedici, condiviso, e pubblicato.

Attraverso la creazione di BioJupies, gli utenti possono ora caricare e analizzare i dati di sequenziamento dell'RNA in una frazione del tempo rispetto a quanto fatto in precedenza. La piattaforma utilizza una pipeline di cloud computing che riduce il costo dell'elaborazione dei dati di sequenziamento dell'RNA a meno di un centesimo per campione. BioJupies produce anche un completo, fonte aperta, report interattivo dai dati elaborati consentendo 300, 000 set di dati di sequenziamento dell'RNA disponibili al pubblico da recuperare, rianalizzato, e riutilizzato per sostenere la ricerca biomedica.

"Poiché la quantità di dati biomedici generati continua a crescere in modo esponenziale, così dovrebbero essere gli strumenti utilizzati per analizzarli e condividerli, " ha detto Avi Ma'ayan, dottorato di ricerca, Direttore del Centro di Bioinformatica del Monte Sinai, Professoressa, Dipartimento di Scienze Farmacologiche, facoltà dell'Icahn Institute for Data Science, e autore senior della pubblicazione. "BioJupies non solo accelera il modo in cui analizziamo e interpretiamo i dati, ma fornisce anche un modo completamente nuovo per condividere i risultati con la comunità di ricerca globale".

Poiché le nuove tecnologie genomiche hanno consentito la raccolta di enormi quantità di informazioni biomediche che possono essere sfruttate per sforzi di medicina di precisione, accessibilità, interoperabilità, e la riutilizzabilità di questi dati è diventata cruciale per la ricerca scientifica. BioJupies apre la strada ai ricercatori senza esperienza computazionale per eseguire analisi di sequenziamento dell'RNA senza la necessità di collaborare con bioinformatici, consentendo a più progressi medici e scientifici di prosperare nel nostro mondo ricco di dati.

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