PLOS NËMMEN: bakteriell Microbiota Profiling zu Gastritis ouni Helicobacter pylori Krankheet oder Non-Steroidal Anti-entgoe Cargolux Benotzt

Wat VerfÜgung

rezenten 16S ribosomal RNS Gentherapie (rRNA) molekulare profiling vun de Mo. mucosa Teamchef eng onerwaarten Komplexitéit vun microbiota. Helicobacter pylori VerfÜgung Wonn an Net-steroidal anti-demagogesch Drogenofhängeger (NSAID) benotzt ginn zwee Haaptgrënn Beiträg zu gastritis an peptic oppent. Allerdéngs ass, wéineg iwwert d'Associatioun tëscht aner Membere vun der Mo. microbiota an gastric Krankheeten bekannt. An dëser Etude, Klonen an sequencing vun der 16S rRNA benotzt gouf de Mo. microbiota aus normal an gastritis Patienten ze Profil. Honnert an drësseg dräi phylotypes vun aacht bakteriell präkleisthenesch sech identifizéiert. De Mo microbiota gouf fonnt enk un der mucosa Directioun respektéiert gin. Eelef Streptococcus VerfÜgung phylotypes sech aus der biopsies erfollegräich kultivéiert. One zu zwee genera representéiert enger Majoritéit vun clones bannent all vun der identifizéiert präkleisthenesch. Mir weider zwee real-Zäit grouss Hinnen alleguer assays entwéckelt der famill Heefegkeet vun der Firmicutes phylum an der Streptococcus VerfÜgung Gattung zu ofgedonkelt. A signifikativ méi héich Heefegkeet vun der Firmicutes phylum an der Streptococcus VerfÜgung Gattung bannent der Firmicutes phylum zu Patiente mat antral gastritis observéiert gouf, am Verglach mat normal Kontrollen. Dës Etude seet, datt d'Gattung Wand Niveau däitlech méi héich taxa wéi d'phylum vertriede kënnen. D'Medeziner Relevanz an de Mechanismus der verännert microbiota Zesummesetzung vun gastritis Chinesen weider funktionell Studien Basisdaten VerfÜgung

Fro:. Li XX, Wong GL-H, Fir KF, Wong VW-S, Lai SH, Chow wees-L, et al. (2009) bakteriell Microbiota Profiling zu Gastritis ouni Helicobacter pylori VerfÜgung Krankheet oder Non-Steroidal Anti-entgoe Cargolux vereinfachen. PLoS NËMMEN 4 (11): e7985. Doi: 10.1371 /journal.pone.0007985 VerfÜgung

Redakter: Niyaz Ahmed, Universitéit vun Hyderabad, Indien VerfÜgung

Arnaque: Juni 4, 2009; Akzeptéiert: 27 Oktober 2009; Publizéiert: 24. November 2009 VerfÜgung

Copyright: © 2009 Li et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Dës Aarbecht ass déi vun der chinesescher Universitéit vun Hong Kong ënnerstëtzt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Commensal microbiota ass en integralen Deel vun engem Mënsch [1]. D'Majoriteit vun microbes britt eis gastrointestinal TRACT, mat méi wéi 800 Arten aus néng bakteriell an ee archaeal präkleisthenesch. Dëst verschiddenste microbiota dréit maturation zu GUT [2], [3], [4], Provider Ernährung an pathogen Resistenz [5]. Microbes so och direkt mat mënschlechen Provider vun intestinal epithelial Prolifératioun, Fett Stockage an demagogesch Äntwerte [3] Regulatioun, [6], [7]. Während e puer microbes kann Single-handedly grave Krankheet féieren, sinn nach vill chronescher Konditiounen Wierkung vun de globale microbiota wahrscheinlech wéinst. Zum Beispill, sinn evitéieren an Asthma bis Kandheet Antibiotike Gebrauch verbonne déi intestinal microbiota ofzeänneren kann [8]. Aner Konditioune verbonne mat intestinal microbiota och spéiden-agesat Autismus [9], demagogesch bowel Krankheet [10], a Kriibs [11]. VerfÜgung

Traditioun, ubauen-baséiert Methode benotzt microbial ze kréien isolates fir weider characterization. Esou Studien gëtt d'Fundament vun eisem Verständnis vun microbiology. Allerdéngs, ubauen ass oft Aarbechtsmaart-intensiv a ka fir vill microbes versoen. Microscopic Observatioun ass och ze schätzen Heefegkeet vun microbes, an zu enger limitéierter Mooss, Arméischoul microbes zu taxa [12] benotzt. Kuerzem, 16S ribosomal RNS Gentherapie (rRNA) Haaptrei Profiler ginn microbial Diversitéit ze entschlësselen, oft un der phylotype Niveau. Benotzt 16S rRNA sequencing, microbes vum Mond [13], [14], esophagus [15], Mo [16], kleng Daarm [17], Colon [18], [19] an Standuert [20] hu studéiert ginn. Dës Studien lant microbial Diversitéit am mënschleche Kierper a réischt e groussen Populatioun vun uncultivated an uncharacterized microbes, wat fir ubauen-baséiert Methoden Synch schonn haten. Duerch dës héich-duerch dat 16S rRNA sequencing an aner metagenomic sequencing Efforten, goufen microbiota Wierkung fonnt mat periodontal Krankheet verbonne ginn [21] an Obesitéit [22], [23], [24]. VerfÜgung

An de Mo. , Uergt gastric Aciditéit vill ingested microbes. Et war Stadhaus datt de Mo vun all microbe bis d'Entdeckung vun Helicobacter pylori VerfÜgung a sengem Veräin mat gastritis an peptic oppent net inhabitable ass [25]. Aner wéi e puer aner Helicobacter VerfÜgung Arten [26], [27], [28], et war net erwaarden, datt de Mo vill aner liewen microbes enthale géif. Reduzéiert Aciditéit wéinst II atrophic gastritis kann microbial Diversitéit Erhéijung [29]. Eng Etude vun Monstein et al. VerfÜgung séchert Temperaturgefäll gelies electrophoresis benotzt (TTGE) an eng kleng-Skala 16S rRNA sequencing aner microbes ugeholl wéi Enterococcus VerfÜgung, Pseudomonas VerfÜgung , Streptococcus VerfÜgung, Staphylococcus VerfÜgung a Stomatococcus VerfÜgung och am Mo. präsent waren [30]. Eng méi rezent grouss-Skala 16S rRNA sequencing Effort identifizéiert 128 phylotypes aus 8 präkleisthenesch zu 23 North American Patienten [16]. Spannen, d'Präsenz vun H. pylori VerfÜgung am Mo. net de globale Zesummesetzung vun der microbiota um phylum Niveau Afloss huet. VerfÜgung

An dëser Etude, mir si weider Potential Associatiounen tëscht Mo. microbiota Ännerungen an Net- H ze ermëttelen. pylori VerfÜgung an Net-NSAID (NHNN) gastritis. Mir Hypothes, datt wann H. pylori VerfÜgung ass net präsent, aner bakteriell Gruppen /Aarten ze bedeelegen kann oder mat gastritis Entwécklung verbonne ginn. Op der microbiota Niveau, mir géifen och gären e Schlëssel Fro zu den Terrain ze Adress: bei wat Wand Déift (s) heescht d'microbiota relativ stabil schéngen sou datt Wierkung op dësen Niveauen ze mënschlech Gesondheet relevant kann? Mir benotzt 16S rRNA Gentherapie Biologie an sequencing de Mo. microbiota aus normal ze Profil an NHNN gastritis Patienten, a Wand-spezifesch real-Zäit grouss Hinnen alleguer (qPCR) assays der famill Heefegkeet vun der Firmicutes phylum an der Streptococcus zu ofgedonkelt
Gattung. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Wand Bam Analyse VerfÜgung

Mir analyséiert béid Kierper a antrum biopsies aus 5 normal Persounen a 5 NHNN antral gastritis Persounen (all Weibercher, Alter-stemmt) . All Patienten goufen H. pylori VerfÜgung souwuel duerch negativ rapid urease Test an 16S rRNA sequencing. Keen vun de Patienten hu NSAID bannent 6 Méint virun amgaang endoscopy geholl. Op d'mannst 60 clones aus all Fro (Kierper oder antrum, also op d'mannst 120 clones vum eenzelne) sech breet-Gamme 16S rRNA Hinnen alleguer Produiten Nepgen benotzt. Eng total vun 1223 Net- H. pylori VerfÜgung microbial Message kritt huet. Dës microbes gehéieren zu 8 Phylen (133 phylotypes), vun deenen 5 Phylen (Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteia, Fusobacteria an Proteobacteria) präsent sinn an enger grousser Majoritéit (1211 aus 1223, oder 99,0%). Néng phylotypes mat Haaptrei Ähnlechkeet manner wéi 97% ze Message presentéieren an d'öffentlech Datebanken goufen identifizéiert. Sechs vun deenen 9 phylotypes sech duerch eenzel clones (Zousätzlecht Table S1) vertrueden. VerfÜgung

Punkto Representatioun vu verschiddene Wand Niveauen am Mo. doriwwer ze ermëttelen, mir gebaut enger Wand Bam (Dorënner 1 an Zousazpensiounen Dorënner S1). Spannen, war all phylum vun nëmmen een oder zwee manner Wand Niveauen (Klass, Uerdnung, Famill oder Gattung) dominéiert. Als fait, war all phylum vun nëmmen 1-2 genera dominéiert. Zum Beispill war déi räich phylum Firmicutes vun 383 clones vertrueden, vun deenen 333 clones aus der Klass Bacilli sinn. Duerno, goufen 273 clones aus der Uerdnung Lactobacillales. Zweehonnert a fofzeg véier clones sech aus der Famill Streptococcaceae. An all 254 clones sech aus der Gattung Streptococcus VerfÜgung. Déi fënnef heefegen genera dorënner Streptococcus VerfÜgung (254 clones), Prevotella VerfÜgung (243), Neisseria VerfÜgung (175), Haemophilus VerfÜgung (122) , Porphyromonas VerfÜgung (68), 70,5% vun all microbial clones opgebaut. VerfÜgung

Art Räichtum an d'Diversitéit VerfÜgung

Wann de ganze Donnéeën (1223 clones) benotzt gouf, Good d'Garantien huet 96%, wat beweist, dass véier zousätzlech phylotypes erwaart ginn hätt fir all 100 zousätzlech clones Nepgen gin. Dësen Niveau vun duerginn uginn, datt Majoritéit vun bakteriell Message vun der Nepgen clones präsent waren. Diversitéit Estimatioun vun Estimatioune Versioun 8.0 uginn, datt ronn 200 phylotypes vun der mënschlecher Mo. Fro Echantillon Moment kann (Zousätzlecht Dorënner S2). Mir geschate weider d'Mënschegeschlecht Räichtum zu véier verschidden Fro Echantillon (NmA (Normal Antrum), NmB (Normal Body), Agées (Antral Gastritis Antrum), AGB (Antral Gastritis Body); Zousätzlecht Table S2). Mënschegeschlecht Räichtum war net anescht tëscht der antral gastritis biopsies an normal biopsies (p > 0,1, unpaired T-Test) VerfÜgung

bakteriell microbiota Verglach tëscht zwou verschiddene Präparaten Plazen (antrum a Kierper) an normal Patienten VerfÜgung <. p> am normal Patienten, kee groussen Ënnerscheed ass tëscht zwee Präparaten Plazen (antrum a Kierper) fir eng vun de Wand Gruppen observéiert, ausser fir d'Famill Prevotellaceae an der Gattung Prevotella VerfÜgung wou d'p Wäerter (Pearson d'Chi -square Test) waren tëscht 0,01 an 0,05 (Dorënner 1). VerfÜgung

Firmicutes phylum a Streptococcus VerfÜgung Gattung huet sech an de Mo vun antral gastritis Patienten beräichert VerfÜgung

Baséierend op déi 1223 16S rRNA Message, war d'Firmicutes phylum déi räich phylum mat 383 clones. D'Proteobacteria phylum war eng enk zweet mat 345 clones. Spannen, war d'Firmicutes phylum méi räich an antral gastritis biopsies wéi am normale biopsies (41% vs. 22%, Table 1), während d'Proteobacteria phylum méi räich an normal biopsies (37% vs. 20%) war. Zanter 16S rRNA sequencing kascht prohibitive fir eng grouss Echantillonen Gréisst ass, entwéckelt mir e Wand-spezifesch real-Zäit grouss Hinnen alleguer (qPCR) Approche d'Heefegkeet vun Firmicutes zu ofgedonkelt an Streptococcus VerfÜgung (Dorënner 2). D'Wand-spezifesch qPCR Daten fir Firmicutes sech duerchaus mat der 16S rRNA sequencing Daten fir d'CSSF 20 Fro Echantillon (2 biopsies fir jiddereng vun den 5 normal a 5 antral gastritis Patienten) soll (Zousätzlecht Dorënner S3). VerfÜgung

siwwenzéng zousätzlech Puer antrum a Kierper Fro Echantillon aus normal Patienten an 18 zousätzlech Puer antrum a Kierper Fro Echantillon vun antral gastritis Patienten goufen duerch Firmicutes-spezifesch qPCR analyséiert. Guer, 90 biopsies (46 Echantillon vun 23 antral gastritis Patienten an 44 Echantillon vun 22 normal Patienten) goufen analyséiert (Table 2). Déi heeschen Alter vun der antral gastritis Patienten war 67,6 ± 11,4 (Steiren: 69, Gamme: 46 bis 86), während déi mengen Alter vun de Kontrollen 58,3 ± 14,7 war (Steiren: 52, Gamme: 40 bis 87 Joer). Déi heeschen Alter vun de normal Grupp war méi jonk wéi déi vun der antral gastritis Grupp. Mee statistesch Analyse gewisen, datt et keng Korrelatioun tëscht Alter an Firmicutes oder Streptococcus VerfÜgung Iwwerfloss (p > 0,1) (Zousätzlecht Dorënner S4). Dës Echantillon waren agedeelt 4 Gruppen, antral gastritis antrum (Agées), antral gastritis Kierper (AGB), normal antrum (NmA), an normal Kierper (NmB). D'Heefegkeet vun Firmicutes war wiesentlech méi héich an Agées wéi zu NmA oder NmB (One-Manéier ANOVA (Analys vun Varianz) Test, p = 0,004 an p = 0,046, bzw.) an zu AGB wéi zu NmA (eng Manéier ANOVA, p = 0,039 ) (Dorënner 3A). Nee groussen Ënnerscheed ass tëscht Agées an AGB (eng Manéier ANOVA, p = 0.855), oder NmA an NmB (p = 0.832). VerfÜgung

Fir d'selwecht Fro Echantillonen, der Gattung Streptococcus VerfÜgung observéiert war och vun Streptococcus VerfÜgung -specific qPCR analyséiert. Streptococcus VerfÜgung Iwwerfloss war 72% an 76% méi héich am Agées vs. NmA oder NmB, respektiv, an 66% an 70% méi héich am AGB vs. NmA oder NmB, bzw. (Dorënner 3B). D'p Wäerter fir ANOVA Test sinn zu Dorënner 3B gewisen. Ähnlech zu der Firmicutes assay, war kee groussen Ënnerscheed tëscht Agées an AGB (eng Manéier ANOVA, p = 0.999) observéiert, oder NmA an NmB (p = 0.999). VerfÜgung

Streptococcus VerfÜgung ubauen an Fro wäschen VerfÜgung

d'normale erkennen 16S rRNA Gentherapie Message préziséiert heescht net dass liewen Bakterien si präsent oder d'Bakterien sin jo résident amplaz genotzt an den Moo. Mir also zwou zousätzlech Experimenter duerchgefouert. VerfÜgung

Eischtens, mir versicht Bakterien ubauen aus der biopsies. Eng Kultur Conditioun gëeegent fir Streptococcus VerfÜgung benotzt gouf, well se wossten zu antral gastritis Patienten iwwer-representéiert ginn. Aachtelsfinalë Puer (antrum a Kierper) vun biopsies sech fir Kultur op d'Blutt Agar Placke gebraucht. Kolonie goufe fir d'16S rRNA Gentherapie fir Identifikatioun Nepgen. Eelef phylotypes vun Streptococcus VerfÜgung (Zousätzlecht Table S3) isoléiert huet. Dës 11 phylotypes opgebaut 93,3% (oder 237 aus dem 254 clones) vun all de identifizéiert clones an der breeder-Gamme 16S rRNA sequencing, wat beweist, datt eng Majoritéit vun den Streptococcus VerfÜgung phylotypes Lieweg an der gastric biopsies.

Zweetens, 14. Fro Echantillon aus béide antral gastritis an normal Patienten goufen an phosphate gefiermt Salins (PBS) mat dräi ëmmer méi onzefridden Konditiounen zou. Wann onzefridden wäschen Konditiounen do net d'Bakterien aus der Fro ewechhuelen, ass et suggestiv, datt dës Bakterien enk fir de Mo mucosa befestegt. Iwwer 90% vun de gesamten Bakterien blouf fir de biopsies verbonnen der dräi hannereneen Skeletten mat ëmmer méi onzefridden Konditiounen (Zousätzlecht Dorënner S5A). Déi leschte wäschen Schrëtt war op héich Muecht op engem Desktop vortex Maschinn gemaach. Zerfall Majoritéit vun de Streptococcus VerfÜgung Bakterien op der biopsies no der 3 wäschen Schrëtt (Zousätzlecht Dorënner S5B) verbonnen bliwwen. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

An dëser Etude, hu mir profiléiert der bakteriell microbiota an der vläit gastric biopsies (antrum a Kierper) aus normal an antral gastritis Patienten. All Patienten sinn H. pylori VerfÜgung negativ an ouni NSAID benotzen. Duerch breet-Gamme 16S rRNA Gentherapie sequencing, identifizéiert mir 1.223 Net- H pylori VerfÜgung Bakterien clones, ähnlech zu enger viregter studéieren (Bik studéieren, 1.056 Net- H pylori VerfÜgung Bakterien clones) [16 ]. Obwuel den zwou Etuden zwee geographesch (vs. California Hong Kong) analyséiert a ethnically (Chinese vs. Caucasian, Hispanics an African American) Duden Populatiounen, sinn de globale microbiota richtege iwwerraschend ähnlech (Table 3). Béid Studien ongeféier 130 (133 an 127 fir dëst an der Bik studéieren, bzw.) identifizéiert phylotypes vu siwe bis aacht präkleisthenesch. Majoritéit vun der clones (77.4% vun dëser Etude an 79,8% vun Bik studéieren) waren gedeelt. Déi zwou stäerkste räich genera ( Streptococcus VerfÜgung a Prevotella VerfÜgung) goufen och identesch. Dës zwee genera representéiert 40,6% an 41,5% vun all clones an dëser Etude an d'Bik studéieren. Béid Studien uginn, dass ongeféier 200 verschidden phylotypes am Mo. mucosa Moment kënnen. Esou dramatesch Ähnlechkeet tëschent den zwou Etuden Héichpunkter der selektiv Drock fir d'microbiota ënnert der onzefridden Mo. Ëmwelt. Ausserdeem, mir kleng Differenz zu bakteriell microbiota tëschent den zwou Präparaten Siten (antrum a Kierper) an normal Patienten fonnt, trotz dem Medeziner Relevanz fir Fro probéieren bei verschiddene Präparaten Siten [31]. VerfÜgung

Tatsaach, datt genau wäschen Schrëtt net konnt sech d'microbiota aus der biopsies ze trennen, hypothesize mir datt Majoritéit vun de identifizéiert Bakterien rigoréis mat de Mo. mucosa verbonne sinn. Ausserdeem, konnte mir Majoritéit vun de Riewen Streptococcus VerfÜgung phylotypes identifizéiert duerch breet-Gamme 16S rRNA sequencing suggeréiert datt dës Bakterien jo richteg Awunner am Mo. mucosa kann. VerfÜgung

Fir weider appreciéieren d'gesamt Komplexitéit vun Mo. microbiota, gebaut mir e Wand Bam op der identifizéiert clones baséiert an all Wand Niveau dorënner phylum, Klass, Uerdnung, Famill a Gattung ze kucken. Spannen, hunn mer dat fir all phylum, een oder zwee genera sech virun allem presentéieren. Déi fënnef heefegen genera dorënner Streptococcus VerfÜgung (phylum Firmicutes), Prevotella VerfÜgung a Porphyromonas VerfÜgung (Bacteroidetes), souwéi Neisseria VerfÜgung a Haemophilus VerfÜgung (Proteobacteria), opgebaut 70,5% vun all microbial clones. VerfÜgung

Spannen, Teamchef vum 16S rRNA profiling e wesentleche iwwer-Representatioun vun der Firmicutes phylum (virun allem wéinst der Regioun-Vertriedung vun de Streptococcus VerfÜgung Gattung bannent der phylum) an en ënnert-Representatioun vun der Proteobacteria phylum an der biopsies aus antral gastritis Patienten. Mir entwéckelt enger Wand-spezifesch qPCR Approche d'Heefegkeet vun der Firmicutes ze analyséieren an streptococcus VerfÜgung taxa fir 90 biopsies (46 Echantillon vun 23 antral gastritis Patienten an 44 Echantillon vun 22 normal Patienten) a confirméiert den iwwer-Vertriedung vun dës zwee taxa zu antral gastritis Mo vun 42% an 71%, respektiv. Déi meescht vun den Streptococcus VerfÜgung identifizéiert phylotypes vun sequencing sech alpha-hemolytic Bakterien déi potentiell pathogens sinn (zB Streptococcus pneumoniae VerfÜgung, Streptococcus mitis VerfÜgung a Streptococcus salivarius
). Verschidden Streptococcus sinn VerfÜgung Aarten ze niddreg pH Konditiounen resistent a kann am Mo. [32] iwwerlieft. Eis ubauen Donnéeën an wäschen Experimenter proposéiert och, datt dës Dot Liewensstandard huet, résident doriwwer am Mo.. VerfÜgung

Ob d'Erhéijung vun Streptococcus VerfÜgung Iwwerfloss ass causative fir antral gastritis oder e Resultat vun lokal Ëmwelt- änneren wéinst antral gastritis geäntwert gin bliwwen. One Potential Approche ass mat meeschten-gratis Maus Modell [33]. Anere spezielle Fro ass déi, ob verschidden microbiota kucke schützen, oder alternativ, de Mo mucosa aus hypothetesch pathogens sensitize wéi H. pylori VerfÜgung. Gudder Lescht, sinn nei héich duerch dat sequencing Technologien wahrscheinlech méi detailléiert Donnéen iwwert microbiota aus verschiddene Präparaten Plaze laanscht de Mënsch digestive TRACT a bei verschiddene Zäit Punkten ze bidden [34]. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

Gastric Fro Echantillon VerfÜgung

war Dës Etude, déi vun der chinesescher Universitéit vun Hong Kong Fuerschung Ethik Comité ofgeseent. All Patienten huet fir Erhaalen vun der Etude uplanzen Awëllegung geschriwwen. Zwee gastric mucosal biopsies (antrum a Kierper vun de Mo) sech aus all Patient während Iddi endoscopy um Prince of Wales Spidol, Hong Kong gesammelt. Ze verhënneren kontaminéierte, eng nei goen endoscopy Pincette benotzt gouf, wou eng zweet Fro vun der selwechter Patient verhënneren. D'biopsies ware virgezunnen-gefruer op dréchen Äis a bei -80 ° C gespäichert. Patienten versuergen oder NSAIDs (definéiert wéi all Gebrauch vun NSAID fir op d'mannst eng Woch an de leschten 3 Méint virum endoscopy) oder getest positiv fir H huelen. pylori VerfÜgung vun rapid urease Test (rut) oder histological Test sech ausgeschloss. Patient Demographe ass an Table 2. VerfÜgung dës

Bau vun 16S rRNA Klon Bibliothéiken an sequencing VerfÜgung

Total Frankräich DNA aus der biopsies andems der DNA Mini Kit (QIAGEN, Valencia, CA, USA isoléiert war ) mat Glas fäerdech Mixer Method wéi virdru beschriwwen [16]. Zwee negative Kontrolle mat nëmmen steril Waasser sech och mat der selwechter Protokoll ofgebaut. De Quecksëlwer DNA Konzentratioune sech duerch NanoDrop 1000 Spectrophotometer (Thermo Wëssenschaftlech är ganz Famill, Punktzuel, USA) gemooss. Zwee universal bakteriell 16S rRNA primers, B8F20 [35] (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3 ") an B806R20 [36] (5'- GGACTACCAGGGTATCTAAT-3") benotzt goufen der Regioun ze Meenungsfreiheet nennt entspriechend 8 bis 806 vum zu Positioun Escherichia belaascht VerfÜgung 16S rRNA Gentherapie. Déi 25 μL Hinnen alleguer Dampgemësch abegraff 1 × Hinnen alleguer gefiermt dorënner 1,5 mm MgCl _{2 (QIAGEN), 20 mm tetramethylammonium Mord, 0,1 mm vun all dNTP, 0,4 μM vun all primer, 1 Eenheet vun HotStar Taq DNA polymerase (QIAGEN), an 2 μL ofgebaut DNA. Eng drësseg-Zyklus Hinnen alleguer war standing der 799 BP ofgesprengt an Meenungsfreiheet nennt. D'Hinnen alleguer Produiten goufe vun agarose gelies electrophoresis iwwerpréift. Fir all Produit, kéint een eenzege Band ënner UV Liicht observéiert ginn, iwwerdeems keng Band fir déi negativ Kontrollen gesinn huet. D'16S rRNA Produiten sech mat Sephadex G-50 Kolonne (Fläch-Aldrich, St. Louis, MO, USA) sidd, Jonglenster mat T vectors an ëmgewandelt E. belaascht VerfÜgung JM109 Zellen vun der pGEM-T einfach Vecteure System benotzt (Promega, Madison, allem, USA). Mir ausgewielt 5 Patienten (10 Fro Echantillon) mat antral gastritis a 5 normal Kontrollen (10 Fro Echantillon) ze bauen 20 16S rRNA Gentherapie Bibliothéiken. Fir all gastric Fro Bibliothéik, op d'mannst 60 Kolonien huet fir sequencing ausgewielt. D'Hinnen alleguer Produiten goufe mat BigDye terminator v3.1 Zyklus sequencing Kit (Obwuel Biosystems, Foster City, CA, USA) Nepgen. D'Reaktioune sequencing B8F20 als sequencing primer benotzt goufen op engem Abi 3730xl sequencer duerchgefouert (Obwuel Biosystems) VerfÜgung}

Phylogenetic Analyse an microbial Diversitéit Estimatioun VerfÜgung

D'chimeric Test de Bellerophon Server (http benotzt.: //foo.maths.uq.edu.au/~huber/bellerophon.pl) [37] war benotzt Potential chimeric Message ze testen. One Klon war gin chimeric fonnt an duerno ausgeschloss. Dunn, goufen d'1223 nonchimeric Message vun RDP II (Ribosomal Datebank Project II) classifier (http://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jsp) analyséiert baséiert op engem granzt Bayesian rRNA classifier [38]. Grondakommes lokal Formatioun Sich Outil (Héichuewen) vun Green Genen gëtt (http://greengenes.lbl.gov/cgi-bin/nph-blast_interface.cgi) war standing déi ähnleche Message an d'Datebank ze fannen. Mir benotzt 97% leien Identitéit als cutoff fir definéiren phylotypes [39]. Message mat Identitéit &Si besteet; 97% fir déi bestehend Message vun der Datebank huet Roman considéréiert. D'Wand Bam gouf mat der Klassifikatioun Resultat vun der RPD II classifier gebaut. Chao1 estimator vun der Estimatioune 8 Programm (http://viceroy.eeb.uconn.edu/estimates) benotzt gouf de microbial Diversitéit ze schätzen. Good d'Method benotzt gouf sequencing Deckung ze berechnen [40]. VerfÜgung

Real-Zäit grouss Hinnen alleguer (qPCR) VerfÜgung

Q-Hinnen alleguer primers an Ämter entworf goufen baséiert op de Message vun der gekloonten Bibliothéiken kritt. Mir éischt all gekloonten Message vun ClustalW (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html) mat der Default Parameteren bilden. D'qPCR primers sech B8F20 an B801R21 (5'- ACCAGGGTATCTAATCCTGTT-3 "). D'MGB Studiebäihëllefe e Message ginn: Allgemeng Studiebäihëllefe (VIC) 5'- CAGCAGCCGCGGTAA-3 ", Firmicutes Studiebäihëllefe (FAM) 5'- AAGATTCCCTACTGCTGCCT-3" a Streptococcus VerfÜgung Studiebäihëllefe (FAM) 5'- TACACATGGAATTCCAC-3 " . Ze moossen d'Heefegkeet vun engem spezifeschen Wand, zwee Ämter (eng spezifesch fir de Wand vun Interessi an der zweeter Glattauer fir all Bakterien) huet an der selwechter Hinnen alleguer amplicon benotzt. (Well 2). Déi 25 μL Hinnen alleguer Mëschung abegraff 1 × Respektiv A 3,5 mm MgCl _{2, 200 μM dNTP mat dUTP amplaz dTTP, 400 nm vun all primer, 100 nm vun all Studiebäihëllefe, 0,01 U /μL Uracil-N-Glycosylase, an 0,05 U /μL TaqGold (Obwuel Biosystems). Fir d'Firmicutes-spezifesch assay, d'Vëlofueren Zoustand war: 1) 50 ° C fir 2 min; 2) 95 ° C fir 10 min; 3) 40 Zykle vun 95 ° C fir 20 sec, 58 ° C fir 15 sec, 70 ° C fir 80 sec. Fir d' Streptococcus VerfÜgung -specific assay, d'Vëlofueren Zoustand war: 1) 50 ° C fir 2 min; 2) 95 ° C fir 10 min; 3) 40 Zykle vun 95 ° C fir 20 sec, 57 ° C fir 1 min, 70 ° C fir 1 min. D' Streptococcus VerfÜgung 16S rRNA ofgesprengt (DQ346438) gekloonten nees pGEM-T einfach Vecteure war als Standard fir qPCR (souwuel fir d'Firmicutes an der Streptococcus VerfÜgung assays) am Abi 7500 real benotzt hut Hinnen alleguer System (Obwuel Biosystems). Wéinst e puer schmäerzhafte Ënnerscheed tëschent de Glattauer an Wand-spezifesch Ämter, war Delta Delta loung Zyklus (ddCt) benotzt d'Heefegkeet vun de spezifeschen Wand am ganze Bakterien Populatioun unzeginn (CT TSU:. CT vum Wand spezifesch Studiebäihëllefe aus onbekannten Echantillonen, CT Buu: CT vun bakteriell universal Studiebäihëllefe vum onbekannte Echantillonen, CT TSS: CT vum Wand spezifesch Studiebäihëllefe aus der plasmid Liewesniveau, CT BSS: CT vun bakteriell universal Studiebäihëllefe aus der plasmid Norm) VerfÜgung}

Also, d'Heefegkeet vun engem Wand ass 2 -ddCt. VerfÜgung

Streptococcus VerfÜgung ubauen VerfÜgung

Mir kritt 32 zousätzlech biopsies vun 16 Patiente fir bakteriell Kultur. D'biopsies sech zu phosphate gefiermt Salins (PBS, pH = 7,2) an Ugrëff ze kleng Stécker vun engem scalpel huet. D'Echantillon waren dann verbreet op Blutt Agar Placke (CM331, Oxoid, Basingstoke, UK) mat 5% Päerd Blutt. D'Placke waren zu enger 5% CO _{2 incubator bei 37 ° C fir 24 Stonne gesat. D'Kolonien mat hemolysis op d'Blutt Agar sech fir 16S rRNA sequencing erausgesicht. VerfÜgung}

Fro wäschen VerfÜgung

Fir Fro wäschen Test, 14 zousätzlech Echantillon aus béide antral gastritis Patienten an normal Leit sech gesammelt. All Prouf war an engem 2.0 ml Rouer gesat an Katakombe 3 Mol (200 μL PBS fir all wäschen) ennert méi onzefridden Konditiounen. Déi éischt wäschen war vun sanft dem verzweifelt gemaach. D'supernatant war transferéiert ginn. New PBS war fir d'biopsies fir weider wäschen notéiert. Fir d'zweet an drëtt wäschen, sech de Krunn vun der Rouer Handmixer Trio TM-2F (All-Labo wëssenschaftleche, AE) op mannerwäerteg 3 an Schouljoer 6 Muecht Niveau respektiv, ongeféier entspriechend ze séissen an energescht vortexing vortexed. Dunn duplex real-Zäit Hinnen alleguer war standing ganzen Bakterien ze testen an der Streptococcus VerfÜgung Quantitéite vun der PBS supernatants aus der dräi wäschen Schrëtt an de Katakombe biopsies. VerfÜgung

Statistics Analyse VerfÜgung

Chi-Feld Test d'Pearson war benotzt de Klon Zuelen vun verschidden taxa tëscht verschiddene Prouf Gruppen (NmA: normal antrum, NmB: normal Kierper, Agées: antral gastritis antrum, AGB: antral gastritis Kierper) ze vergläichen aus der 16S rRNA sequencing Resultat, wann de Klon Zuel fir all Prouf Grupp op d'mannst 10. ANOVA Test gouf benotzt der bakteriell Iwwerfloss Daten aus qPCR assays ze vergläichen. All analyséiert goufen benotzt SPSS fir Fënsteren gesuergt, Versioun 11,5 (SPSS Galaxy Chicago, IL, USA). P &Si besteet; 0,05 war statistesch relevant considéréiert. Fir d'Mënschegeschlecht Räichtum tëscht normal a antral gastritis Patienten vergläichen, war den eigentleche phylotype Zuel fir all Patient éischt gezielt. Unpaired T-Test war dann den zwou Patient Gruppen ze vergläichen benotzt. VerfÜgung

Informatiounen Ennerstëtzung VerfÜgung Dorënner S1. VerfÜgung Detailéiert Wand Bam VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s001 VerfÜgung (2,00 MB TIF) VerfÜgung Dorënner S2. VerfÜgung Art Räichtum schätzen VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s002 VerfÜgung (0.97 MB TIF) VerfÜgung Dorënner S3. VerfÜgung Korrelatioun tëscht qPCR an 16S rRNA Biologie an sequencing VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s003 VerfÜgung (0,98 MB TIF) VerfÜgung Dorënner S4. VerfÜgung Keng Korrelatioun tëscht Patient Alter an Firmicutes oder Streptococcus Iwwerfloss VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s004 VerfÜgung (2.01 MB TIF) VerfÜgung Dorënner S5. VerfÜgung onzefridden wäschen ewechhuelen net d'Bakterien aus der biopsies VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s005 VerfÜgung (1.90 MB TIF) VerfÜgung Table S1. VerfÜgung Buch vun der Woch phyltoypes VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s006 VerfÜgung (0,03 MB XLS) VerfÜgung Table S2. VerfÜgung Art Räichtum schätzen an verschidden Fro Echantillon VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s007 VerfÜgung (0.02 MB XLS) VerfÜgung Table S3. VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0007985.s008 VerfÜgung (0.02 MB XLS) VerfÜgung

• PLOS NËMMEN: Geographie M1 Macrophage Polariséierung zu Mënscherechter Helicobacter pylori-Associéierten Atrophic Gastritis an Vaccinated Mice
• PLOS NËMMEN: Isocitrate Dehydrogenase vun Helicobacter pylori potenziell Induces Humoral immun Äntwert zu Themen mat Peptic oppent Krankheet a Gastritis