Iki-reguliavimo CLDN1 skrandžio vėžio yra susijęs su sumažėjusiu survival

up-reguliavimo CLDN1 skrandžio vėžio yra susijęs su sumažėjusiu išlikimo
tezės
Background
genetiniai pokyčiai skrandžio adenokarcinoma yra labai sudėtingi ir patikimi naviko žymenys dar nebuvo identifikuoti. Taip pat yra puikių geografiniai skirtumai šios ligos platinimo. Mūsų tikslas buvo nustatyti labiausiai skirtingai reguliuojamų genų 20 skrandžio adenokarcinomos iš Norvegijos atrankos, palyginti su suderinta normaliai gleivinę, ir mes susiję mūsų išvadas prognozė, išlikimo ir lėtinio Helicobacter pylori
infekcijos.
Metodai
biopsijų skrandžio adenokarcinomos ir gretimuose normaliuose skrandžio gleivinės buvo gauti iš 20 pacientų iš karto po chirurginės rezekcijos naviko. Visą genomą, kDNR Mikrogardelė analizė buvo atliekama su RNR izoliuotas nuo mėginių porų palyginti genų ekspresijos, profilius tarp naviko prieš suderintos gleivinę. Bandiniai buvo mikroskopiškai tiriami siekiant klasifikuoti gastritas. Iš H. buvimas pylori
buvo tiriama naudojant mikroskopą ir imunohistocheminis.
Rezultatai
130 genų parodė diferencialo reguliavimas aukščiau iš anksto ribinės lygiu. Interleukino-8 (IL-8
) ir Claudin-1 (CLDN1
) buvo labiausiai nuosekliai iki reguliuojama genų navikų. Labai didelis CLDN1
raiška navikas buvo identifikuojamas kaip savarankiškas ir gerokai Predictor geno riboto pooperacinio išlikimui. Nebuvo skirtingų išraiškos profiliai tarp naviko grupės ir kontrolinės gleivinės grupė ir histologinių pogrupių mišraus tipo, difuzinio tipo ir žarnyno tipo vėžio parodė tolesnį sub-klasterių. Iki reguliuojamų genų buvo susietas su ląstelių sukibimą, kolageno susijusių procesų bei angiogenezę, o normalios žarnyno funkcijas, tokias kaip virškinimą ir ekskrecijos buvo susiję su žemyn reguliuoja genų. Mes susiję dabartinius rezultatus mūsų ankstesniame tyrime dėl genų atsakas skrandžio epitelinių ląstelių H. pylori
infekcijos.
Išvados
CLDN1
buvo labai iki reguliuojama skrandžio vėžio ir CLDN1
išraiška buvo nepriklausomai susijęs su prasta pooperacinio prognozei, ir gali turėti svarbią prognostinę vertę. IL-8 parsisiųsti ir CLDN1
gali atstovauti centrinį ryšius genų atsakymo matyti ūminio H. pylori
infekcijos skrandžio epitelinių ląstelių, ir galiausiai skrandžio vėžio.
Raktiniai žodžiai
skrandžio vėžio Interlukin 8 Claudin-1 Helicobacter pylori
kDNR Mikrogardelė išgyvenimo prognozė faktai
Skrandžio vėžys (GC) nusileidžia tik plaučių vėžį pasaulio mastu vėžio mirčių, tačiau yra puikūs geografiniai skirtumai GC platinimo. Duomenys iš 2010 įrodyti, kad GC dažnis Norvegijoje yra labai mažas (vyrai 6,9, moterys 3,0 už 100.000) [1], palyginti su mažiau išsivysčiusiuose regionuose, ypač Rytų Azijoje, kur dažnis yra maždaug 6 kartus (vyrai 42,4, moterys 18,3 už 100.000) [2].
Skrandžio adenokarcinoma yra nepaprastai nevienalytė genetiškai, cytologically ir architektūriškai, palyginti su kitomis virškinimo trakto karcinoma. Patikimos naviko žymenų ir nuosekliai prognozinių rodiklių paieška įrodė sunku. Keli autoriai bandė prognozuoti GC ligos ir prognozę remiantis vienos ar kelių genų [3-8], tačiau yra skirtumų tarp tyrimų, ir šiuo metu nėra genų parašas arba biologiniai žymenys yra įprastas klinikiniam naudojimui. Supratimas mechanizmus, sukeliančius skrandžio vėžys yra viena iš pagrindinių iššūkių vėžiu genomikos. Lauren klasifikacija skirsto adenokarcinomos į tris skirtingas histologinių potipius: žarnyno ir pasklidųjų tipų ir mišrus variantas [9], kuris yra manoma, kad būti įvairių kelius kancerogenezėje. Žarnyno tipas yra priskirtinas daugiapakopį progresavimo nuo lėtiniu gastritu per skrandžio atrofija, metaplazijos, displazija ir galiausiai piktybinės ligos [10]. Pasklidosios tipų gali atsirasti lėtinis uždegimas be
aiškų pasireiškimas tarpinių ikivėžinių žingsnių [11-13]. Mišraus tipo rodo ne vienodus mišinius tiek žarnyno ir difuzinio tipo architektūros ir gali atstovauti atskiras vėžio kategoriją su išskirtinių genų mutacijų ir agresyvesnį kursą [14, 15]. Nepaisant išsamių tyrimų į genetinių pokyčių GC, mechanizmai pagrindinės ligos vis dar toli nuo suprantama, ir liga gali būti lengvai paaiškinti tuo, adenomos-karcinoma modelio kaip ir storosios žarnos vėžio. Yra trys molekulinius mechanizmus, kad vairuoti skrandžio Kancerogeninis chromosomų nestabilumas, Mikrosatelitinis nestabilumas ir Epigenetiniai pakitimai [16]. Grynasis rezultatas aktyvavimo onkogenų, inaktyvacijai naviko slopintuvas genų ir dereguliavimas signalizacijos būdus [11, 12]. Nenormalus ląstelių ciklo reguliavimas ir pokyčiai augimo faktoriais ir citokinais išraiškos reguliuoti diferenciaciją ir išlikimą vėžinių ląstelių. Mutacijos ląstelių sukibimą ir angiogenezę genai vaidina svarbų vaidmenį invazinės ir metastazavusiu GC ląstelių elgesį.
Dabartinio tyrimo tikslas buvo nustatyti labiausiai skirtingai reguliuojamų genų chirurginiu rezekcijos skrandžio adenokarcinoma, palyginti su suderinta normaliai gleivinę, naudojant visas genomas kDNR Mikrogardelė profiliavimas. Mes taip pat bando nustatyti genus, kurie daro įtaką GC prognozė ir išlikimą. Rezultatai yra palyginti su skrandžio epitelio ląstelių genų reaguojant į H. pylori
infekcija, kuri buvo analizuojamos anksčiau paskelbtą popieriaus [17]. Šis tyrimas suteikia paramą IL-8
ir CLDN1
skrandžio kancerogenezėje reikšmės, taip pat rodo, svarbius genetinius pokyčius GC ir galimą jų aktualumą H. pylori
infekcijos.
Metodai
Audinių ir pacientų charakteristikos
biopsijos buvo paimti iš pacientų, kuriems diagnozuota ne CARDIA skrandžio adenokarcinoma prie endoskopija poliklinikoje prie Akershus universiteto ligoninė, Norvegijoje. Thoraco pilvo kompiuterinė tomografija vaizdo buvo imtasi siekiant neįtraukti pacientai, sergantys metastazavusiu krūties vėžiu. buvo įtraukti 20 pacientai, sergantys abiejų žarnyno ir pasklidųjų tipų GC. Pacientai ir klinikos ypatumai pateikiami 1 lentelėje įvežimo planinės operacijos, parašyta, informuoto sutikimo dėl dalyvavimo tyrime buvo gauta iš dalyvių. Per 5 minutes pašalinimo iš pagrindinių chirurginių pavyzdį, mėginiai buvo paimti iš tiek naviko sienos ir iš sveikų skrandžio corpal gleivinės per tą patį pilvo srityje, bet daugiau kaip 5 cm atstumu nuo naviko, ir saugomi RNAlater
(Applied Biosystems , JAV). Visi mėginiai buvo laikomi + 4 ° C temperatūroje maždaug 1-2 savaičių kad būtų galima visiškai audinių skverbimąsi į RNAlater
, prieš mėginiai buvo džiovinti ir visam laikui saugomi -80 ° C temperatūroje. Visi pavyzdys įsigijimo ir tvarkymas buvo atliktas tų pačių individual.Table 1 pacientui charakteristikas ir klinikos ypatybių 20 skrandžio navikų naudojamų tyrimo
Lytis
moterys n = 5, vyrai n = 15
Tautybė
Kaukazo n = 18, Aziejitiškas, n = 2
Amžius operacijos
Iš viso: 68,7 metų (± 12,5)
moterų: 65,7 metų (± 21,8)
Vyrų: 69,7 metų (± 8,6)
Pooperacinis išgyvenamumas (mirusių asmenų)
Iš viso: 13.2 mėnesiai (± 8,8)
moterų (n = 4): 16.6 mėnesiai (± 6,4)
vyrai (n = 10): 12.0 mėnesiai (± 9,7 )
pooperacinis išgyvenamumas (gyvas individų studijų pabaigos)
Iš viso: 45,8 mėnesiai (± 7,9)
moterų (n = 1): 48,0 mėnesių Kiti
vyrai (n = 5): 44,9 mėnesių (± 8.8)
naviko dydis
49 mm (± 27)
auglio stadijos
T1
2
T2
10
T3
5
T4
3
apyvartos stadijoje
N0
10
N1
5
N2
3
N3
2
histologinis tipas
Žarnų
5
Difuzinė
12
mišrus
3
Pacientų charakteristikos ir klinikos ypatumai 20 skrandžio navikų naudojamų tyrime. Vertybės yra vidurkis plius /minus standartinis nuokrypis.
Po rezekcijos naviko, pagrindiniai egzempliorius buvo atliktas histolopathological nagrinėjimo dviejų vyresniųjų specialistų patologai patvirtinti diagnozę ir klasifikuoti naviką pagal Lauren klasifikavimo [9]. Antralinių ir corpal skrandžio gleivinė buvo tiriama, gastritas, atrofija ir metaplazijos, o buvimas ar nebuvimas H. pylori
buvo mikroskopiškai ištirti ir vėliau nustatė imunohistocheminiu. Atnaujintas Sidnėjus sistema buvo naudojama klasifikuoti ir kokybės gastritas [18, 19] laipsnį.
Tyrimas buvo patvirtintas Norvegijos regioninio komiteto medicinos ir sveikatos mokslinių tyrimų etikos (REC Pietryčių). Visi mėginiai ir pacientų duomenys buvo koduojami ir apakino prieš analizę.
RNR izoliaciją, kokybės kontrolės ir kDNR sintezės
viso RNR buvo išskirta naudojant RNeasy kraujo ir audinių rinkiniu (Qiagen GmbH, Vokietija) pagal gamintojo etaloniniu preparatu protokolo , RNR koncentracija ir kokybė buvo nustatoma naudojant NanoDrop ND-1000 spektrofotometru (NanoDrop technologijos, JAV) ir Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, JAV). RNR vientisumas skaičius buvo pakankamas sintezei.
Illumina TotalPrep RNR stiprinimo komplektas (Ambion Inc., JAV) buvo naudojamas sustiprinti RNR už hibridizacijos ILLUMINA BeadChips. Sintetinti First Strand kDNR atvirkštinės transkripcijos, mes panaudojome visą RNR iš kiekvienos aukščiau Paimtas mėginys. Po antrojo kryptis kDNR sintezės ir kDNR išgryninus, in vitro
transkripcijos sintetinti Juodos buvo parengta per naktį 12 val.
KDNR oligonukleotidas Mikrogardelė analizė
geno ekspresijos profilius buvo matuojamas naudojant "Illumina Žmogaus HT-12 V3 išraiška BeadChip (Illumina, JAV), kuri leidžia genomo išraiška analizę (48800 nuorašai, atitinkantis maždaug 37.800 genų) 12 mėginių lygiagrečiai ant vienos microarray. 35967 iš zondai buvo sukurta naudojant RefSeq (build 36.2, atleiskite 22) biblioteka ir 12.837 zondai buvo kilęs iš UniGene (build 199) duomenų bazę [20, 21].
Imunohistocheminis Viesbutis The H. pylori į chirurginės egzempliorių buvo analizuojami naudojant polikloniniq anti-Helicobacter
-antibody (DaKo, Danija, kodas B0471, skiedimo 1: 200). 4 mkm skyriai formalino fiksuotas, parafiną įdėta audinių iš ne navikinio gleivinės buvo taikomos dengto skaidres. Deparaffinization Rehidratacija ir epitopas paieška buvo atliekama Dako PT Link (Dako, Danija) bent 97 ° C temperatūroje 20 min. Imunodažymu procedūra buvo vykdoma Dako Autostainer Plius taikant įsivaizduoti ™ Flex, aukštos pH sistemą (DaKo, Danija).
Bioinformatika ir statistika
R /BioConductor [22, 23] su paketu Beadarray [24] buvo naudojamas pirminio apdorojimo iš mikrogardelių sistemoje teksto duomenų iš BeadStudio. Erdviniai artefaktai buvo ištrintas naudojant Bash [25] prieš ekspresijos duomenys buvo žurnalas 2-pertvarkyta ir kvantilio normalizuotas. Žurnalo 2 kartus kaita (FC) kiekvieno zondo dėl masyvo kiekvienoje audinių pora (navikas prieš suderinta normaliai gleivinės) buvo apskaičiuojamas ir duomenys buvo pakrautas į J-EXPRESS programinės įrangos paketą [26]. Reitingas Prekės tyrimas [27], tada buvo atliekama siekiant patikrinti, ar skirtumas išraiška tarp naviko audinio ir suderinta normaliai gleivinės buvo didelis. Diferencialas išraiška buvo paskelbta reikšminga, jei reguliuojamas p reikšmė, t.y. FDR Q vertė buvo mažesnė nei 0,05. Hierarchinis grupavimas buvo atliekama naudojant vidutinį ryšį ir Euklido atstumo priemonę. Tyrimai buvo atliekami naudojant J-EXPRESS programinės įrangos paketą [26]
gaminti pagrįstai dydžio sąrašą labiausiai skirtingai išreikšta genų, mažiau išreikštos genai buvo išfiltruojami ne ribinei lygio FC >.; 1.5, gaminant iš 130 dauguma skirtingai išreikštas genų sąrašą. Tai rinkinys buvo importuotas į Ant-Express ir kelią Express [28, 29], dalis ant-Tools programinės įrangos paketas, funkcinės analizės ir suskirstyti į Gene ontologijos (GO) sąlygas ir KEGG (Kioto enciklopedija genų ir genomų) korinio signaliniai keliai [30]. Kelias Express "apskaičiuoja poveikio koeficientas (jei), kuris naudojamas reitinguoti nukentėjusiems signalo perdavimo kelių, remiantis kartus kaita, pasitelktų genų stažuotės skaičius, ir pasipiktinimas tolesniems genų [31] sumos.
Duomenų rinkinys buvo įrašytas į PASW Statistika (SPSS version 18.0.2) atlikti bivariate koreliacinę analizę pasirinkti genus, kurie, susijusias su klinikos parametrus. Abu Pearson ir Spearmano koreliacijos koeficientai buvo įdarbinti nustatyti koreliacijos tarp genų. Tarp genų, kurie tarpusavyje, mes buvome ypač domina tie, kurie parodė panašią išraišką mūsų anksčiau paskelbto tyrimo H. pylori
-exposed skrandžio epitelinių ląstelių [17]. Pasirinktąjam genai buvo atliktas Cox regresijos analizės ištirti, ar bet kuri iš genų buvo nepriklausomi faktoriai pooperacinio išgyvenamumo GC pacientams, nepriklausomai nuo histologinio tipo, naviko stadijos ir dydžio, mazgų ligos, amžiaus, operacijos. Į vieną Predictor geno, kuris buvo nustatytos skirtingos ribinės lygiai buvo taikomi statyti aukštos ir žemos išraiška lygio grupes, prieš statistinis reikšmingumas tarp grupių buvo įvertintas naudojant log-rank (Mantel-Cox) testą. Kaplan-Meier išgyvenamumo sklypas buvo sukurta siekiant įrodyti išgyvenimo tarp aukšto ir žemo raiškos grupių skirtumas.
Mikrogardeliq duomenų pagal inventorinį numerį El mtab-1440 į ArrayExpress duomenų bazę [32].
rezultatai
genų ekspresijos
visą genomą išraiška profiliavimas 20 suderintų skrandžio navikų mėginiuose buvo atliekama naudojant kDNR mikrogardelių. Reitingas Prekės statistinis tyrimas [27] žurnalo 2 kartus kaita (FC) išraiškos vertes apytiksliai 38000 genų mikrogardelių atskleidė 2297 genus, kurie buvo gerokai iki reguliuojama ir 2259 genus, kurie buvo gerokai žemyn reguliuojama naviko audinių, palyginti su suderintos įprastą gleivinės (p < 0,01). 130 filtruotos genų, kurie buvo skirtingai reguliuojamos pagal vidutinį FC > 1,5, yra išvardyti 2 lentelėje, ir sudaro rinkinį, kuriame yra atliekama tolesnė analizė. Labiausiai skirtingai reguliuojamų genų, 30 genai parodė iki reguliavimą ir 100 genai buvo žemyn reguliuojama. IL-8
buvo vienas labiausiai up-reguliuojama genų, iki reguliuojama 18 iš 20 audinių porų, kurių vidutinis FC 2,6 (1 paveikslas), o po to COL1A1
ir CLDN1
(2 pav ). Patys žemyn reguliuoja genų buvo PGA4
, yra nepaprastai žemyn reguliuojama 18 iš 20 audinių poromis, po GIF
ir ATP4A
. Hierarchinis grupuojama į rinkinį (3 paveikslas) rodo, kad navikas ir kontrolės audiniai formuojasi ryškiai skirtingas genų ekspresijos grupes. Per naviko klasterį, skirtingų histologinių kategorijos difuzinis, žarnyno ir sumaišyti vėžys formuojasi beveik išskirtines individualias grupes, o tai rodo glaudų genetinę panašus kiekvienoje iš histologinių pogrupiuose. Tarp kontrolės audinių, o tarp H. pylori
teigiamų asmenų, ne pirma grupavimas buvo seen.Table 2 labiausiai skirtingai reguliuojamų genų skrandžio naviko vs valdymo gleivinės
UP-reguliuojama genų (n = 30)
>
žemyn reguliuojamų genų (n = 100)
Genų simbolis
Vidutinis FC
Genų simbolis
Vidutinis FC

Genų simbolis
vidurkį FC
Genų simbolis
Vidutinis FC
IL-8
2.58
PGA4
-5.58
MAL
-2.22
AKR7A3
-1.79
COL1A1
2.18
GIF
-5.48
SCNN1B
-2.22
KIAA1324
-1,79
CLDN1
2.14
ATP4A
-5.28
SOX21
-2.22
CCDC121
-1.78
SPP1
2.09
PGA3
-4.72
CAPN9
-2.21
FBP2
-1.76
CLDN2
2.09
ATP4B
-4.71
AGXT2L1
-2.20
FCGBP
-1.75
CEACAM6
2.09
PGA5
-4.34
HDC
-2.18
ORM2
-1.75
SERPINB5
2.06
LIPF
-3.91
GSTA1
-2.18
FAM3B
-1.73
KRT17
2.00
CPA2
-3.78
KLK11
-2.12
TRIM50
-1.73
H19
1.94
GHRL
-3.75
APLP1
-2.12
DUOX1
-1.72
CLDN7
1.93
GKN2
-3.26
MT1H
-2.09
RAP1GAP
-1.70
TFF3
1.92
KCNE2
-3.19
ADH1C
-2.09
EEF1A2
-1.70
OLFM4
1.91
SST
-3.12
DPCR1
-2.06
ANGPTL3
-1.70
THBS2
1.91
CHGA
-3.02
AKR1B10
-2.03
B3GAT1
-1.69
PI3
1.90
PSCA
-3.00
MT1G
-2.03
C6ORF105
-1.68
SULF1
1.89
CHIA
-2.88
CKB
-2.01
FGG
-1.68
BGN
1.82
GKN1
-2.88
SH3GL2
-1.99
ADS
-1.65
KRT6B
1.80
KCNJ16
-2.82
REP15
-1.97
C6ORF58
-1.63
THY1
1.72
GC
-2.66
CKM
-1.95
ZNF533
-1.60
MMP11
1.70
CLIC6
-2.65
FGA
-1.95
RPESP
-1.59
KLK6
1.67
SOSTDC1
-2.53
SLC9A4
-1.92
MT1F
-1.58
SERPINA3
1.65
ESRRG
-2.52
MFSD4
-1.92
PNPLA7
-1.57
FNDC1
1.64
CCKBR
-2.51
ALDOB
-1.89
FUT9
-1.57
COL1A2
1.63
TMED6
-2.44
SCNN1G
-1.87
RPRM
-1.56
CST1
1.63
MT1M
-2.44
IRX2
-1.87
GUCA2B
-1.56
FAP
1.60
GPER
-2,43
SLC26A9
-1.87
TCN1
-1.55
COL6A3
1.60
CKMT2
-2.36
CLCNKA
-1.87
PKIB
-1.55
SFRP4
1.56
VSIG2
-2.36
CAPN13
-1.86
SLC9A2
-1.55 pervežimas TMEM158
1,53
FLJ42875
-2,33
TTR
-1,86
HOMER2
-1,53
MMP7
1,50
CXCL17
-2.32
GSTA2
-1.85
AKR1C4
-1.50
MMP10
1.50
CA9
-2.32
NKX6-2
-1.83
REG3A
-1.50
AKR1C2
-2,27
CA2
-1,83
PI16
-1,50
ALDH3A1
-2,24
FOLR1
-1,82
MAP7D2 UAB - 1.50
SCGB2A1
-2,23
RDH12
-1,81
AQP4
-2,24
IRX3
-1,80
diferencijuotai reguliuojami genai, kurių vidutinis log2FC iš > 1,5 (n = 130). išgaunamas iš viso genomo išraiška. Vidutinis log2FC lygiai, atitinkantys kiekvieno geno yra išvardyti. Devyni genai. parodyta paryškintu šriftu. parodė panašų reglamentą, tiek dabartinio tyrimo ir ankstesniame tyrime, kur skrandžio epitelio ląstelės buvo veikiamos H. pylori
[17].
pav 1 Interleukinas-8 genų ekspresiją skrandžio navikų vs suderinta kontrolės gleivinę. Ištisinė linija reiškia santykinį santykį IL-8
raiškos naviko audinyje lyginant su suderinta kontrolės skrandžio gleivinę, kaip log2 kartų kaita (log2 naviko /valdymo raiškos lygį). Teigiamas rezultatas rodo, didesnę raišką naviko, lyginant su normalių skrandžio gleivinės. IL-8
buvo labiausiai nuosekliai iki reguliuojama genas tyrime. Pilkas fonas reiškia maždaug 37 800 kitų genų ekspresiją.
2 paveikslas Claudin 1 geno ekspresiją skrandžio navikų vs suderinta kontrolės gleivinę. Ištisinė linija atstovauja santykinį santykį CLDN1
raiškos naviko audinyje lyginant su suderinta kontrolės skrandžio gleivinę, kaip log2 kartų kaita (log2 naviko /valdymo raiškos lygį). Teigiamas rezultatas rodo, didesnę raišką naviko, lyginant su normalių skrandžio gleivinės. Pilkas fonas reiškia maždaug 37 800 kitų genų ekspresiją.
3 paveikslas Hierarchinis klasterių iš genų ekspresijos 20 skrandžio navikų ir kontrolės gleivinę. Visa genomo išraiška 20 auglio /kontrolė audinių poromis buvo filtruojamas gaminti rinkinį, kuriame yra 130 dauguma skirtingai reguliuojamų genų. Dauguma naviko mėginiai sugrupuotos atskirai nuo kontrolinių mėginių. Difuzinis tipo navikų mėginiuose yra paryškinti šviesiai pilkos, žarnyno tipas vidutinio pilkos ir mišraus tipo tamsiai pilkos iliustruoti iš trijų skirtingų histologinių vėžio tipų subclustering.
Genai iš dabartinės rinkinį buvo kryžminio atitiko prieš dauguma skirtingai reguliuojamų genų nustatyti mūsų ankstesniame tyrime, kur skrandžio epitelio ląstelės buvo veikiamos H. pylori
24 valandas in vitro
[17]. Abu H. pylori
-exposed skrandžio epitelio ląstelių ir naviko biopsijos parodė reikšmingą UP-reguliavimą penkių bendrų genų (IL-8, CLDN1, KRT17, CLDN7 parsisiųsti ir MMP7
) bei pūkai reguliavimo keturių bendri genai (GPER, KIAA1324, ADS parsisiųsti ir SLC9A2
).
genų ontologija
Be to, iš 130 dauguma skirtingai reguliuojamų genų rinkinį buvo analizuojami funkciniam anotacija naudojant GO sąlygas (3 lentelė). Tarp 30 iki reguliuojamų genų, ląstelių sukibimo procesai, ir ypač į kalcio-nepriklausomas ląstelių-ląstelių sukibimą, buvo tarp labiausiai po reakcijos labai praturtintoje sąlygomis. Be to, sintetiniai procesai, pavyzdžiui, odos morfogenezę ir kraujagyslių vystymąsi, taip pat ir katabolizmo ir sintetinių kolageno susijusių procesų buvo tarp nustatytų reikšmingų sąlygų. Tik mažesnę dalį žemyn reguliuojama genų buvo susietas su konkrečiais ontologijų palyginti su iki reguliuojama genų, kur virškinimas ir išsiskyrimas buvo labiausiai praturtino terminai. Keli medžiagų apykaitos procesai, pH reguliavimas ir kobalaminas ir jonų transportas taip pat buvo žymiai pagerinta GO sąlygas tarp žemyn reguliuojama genų (4 lentelė) .table 3 Genų ontologija asociacijos iki reguliuojamų genų
P vertė

Nėra genų, dalyvaujančių
% genų, dalyvaujančių
genų ontologijos
eiti: skaičius pervežimas pervežimas 0,00066 3 10,0
kalcio -independent ląstelių ląstelių sukibimą Eiti: 0016338
0,0007
2
6.67
Odos morphogenesis Eiti: 0.043.589
0,023
5
16.67
Mobilusis sukibimas Eiti: 0007155
0,023
2
6.67
Kolagenas katabolinis procesas Eiti: 0.030.574
0,023
2
6.67
Kolagenas skaidulėlė organizavimas Eiti: 0030199
0,027
2
6.67
Kraujagyslių development
GO:0001568
0.042
1
3.33
Copulation
GO:0007620
0.042
1
3.33
Regulation nuo retrovirusų genomo replikacijos Eiti: 0045870
0,042
1
3.33
Responsen į kortikosteroidų stimulas Eiti: 0.031.960
0,042
1
3.33 pervežimas dantų mineralizacija Eiti: 0034505
žymiai pagerinta genų ontologijos sąvokas aukštyn reguliuojama genų rinkinio
4 lentelė Gene ontologija asociacijas žemyn reguliuoja genų
P vertė
Ne genų, dalyvaujančių
% genų dalyvauja
genų ontology

GO:number

0.0
8
7.41
Digestion
GO:0007586
0.00011
5
4.63
Excretion
GO:0007588
0.0005
3
2.78
Creatine medžiagų apykaitos procesas Eiti: 0006600
0,0019 3
2.78
Mobilieji aldehido apykaitos procesas Eiti: 0006081
0,0043 3
2.78
nuostatus pH Eiti: 0006885
0,013
2
1.85
Kobalaminas transportas Eiti: 0.015.889
0,015
9
8.33
Ion transport
GO:0006811
0.015
2
1.85
Secretion
GO:0046903
0.015
2
1.85
Cobalt jonų transportas Eiti: 0006824
0.02013
2
1.85
Morphogenesis kurio epitelio Eiti: 0002009
žymiai pagerinta Genų ontologijos terminų žemyn reguliuojama genų nuo rinkinį .
KEGG korinio signalo perdavimo kelių
tada rinkinys buvo analizuojami KEGG korinio signalinio kelio asociacijų. 11 iš 30 iki reguliuojamų genų buvo susietas su 8 didelių KEGG keliuose (p < 0,05). Visų pirma ląstelių adhezijos molekulės (CAM) kelią ir leukocitų transendotelinę migracijos kelias buvo priskirtas didelį poveikį veiksnys, dėl stipraus iki reguliavimui CLDN1, CLDN7
ir THY1
genų, ir dideliam santykiniam poveikio šie genai ant CAM kelią. IL-8, COL1A1, COL1A2, THBS2, SPP1, COL6A3 parsisiųsti ir SFRP4
buvo susietas su keliais labai trenkiasi būdais: leukocitų transendotelinę migracija, tarpląsteliniame receptorių sąveika, stora sankryžos, epitelio ląstelių signalizacijos H. pylori
infekcija, TGFβ signalizacijos kelias, rinkliava panašaus receptoriaus signalizacijos ir WNT signalizacijos (5 lentelė). Nė vienas iš 100 žemyn reguliuojamų genų buvo susietas su bet kokių reikšmingų KEGG pathways.Table 5 KEGG ląstelių signalinių kelių
Reitingas
Kelias vardas
JEI pervežimas pervežimas p reikšmė
1
ląstelių adhezijos molekulės (CAM)
734,0
0,000129
2
leukocitų transendotelinę migracijos pervežimas 672.1
0,000879
3 pervežimas ECM receptorių sąveika
10,9
0,00215
4 pervežimas Tight sankryžos
10,6
0.000296
5
epitelinių ląstelių signalizacijos Helicobacter
7,2
0,006
6
TGF-beta signalizacijos kelias
6,3
0,013
7
Židinio sukibimas
6,2
0,014
8
Kalcio signalizacijos kelias
5,1
0,035
žymiai pagerinta KEGG ląstelių signalinių kelius į rinkinį (p < 0,05). Poveikio koeficientas (JEI) naudojamas reitinguoti nukentėjusiems signalo perdavimo kelių, remiantis kartus kaita, dalyvaujančių genų stažuotės numeris ir suma sutrikdymo tolesniems genuose.
Klinikos koreliacija
Tarp viso rinkinio iš 130 dauguma skirtingai reguliuojamų genų, FC ekspresijos lygis 20 genų parodė reikšmingą koreliaciją su pooperacinio išgyvenamumo 8 genai koreliuoja su histologinio tipo, 5 genai koreliuoja su naviko dydžio ir 1 genas susijęs su limfmazgių etapas (papildomi failą 1 ). Kai genai parodė koreliaciją su daugiau nei vienu parametru. Dėl to, kad vidutinio sunkumo mėginio dydžio (n = 20), reikšmingumo lygio p < 0,01 buvo pasirinktas.
Cox daugiamatis analizė genų, susijusių su pooperacinio išlikimo parodė, kad aukšto CLDN1
išraiška lygis buvo vienintelė nepriklausoma prognozuoti genas pooperacinio išlikimui. CLDN1
išraiška ir kintami dydžiai naviko dydis, teigiama limfmazgių dalis, histologinis tipas, lytis ir amžius operacijos metu buvo įvesti į tiesinės regresijos modelio (6 lentelė), o tai rodo, kad tik CLDN1 parsisiųsti ir teigiamas limfmazgių dalis buvo didelis prognozuoti pooperacinio išgyventi. Kai visi ne reikšmingi veiksniai jei pašalintas, ten buvo stipresnis neigiama koreliacija tarp CLDN1
saviraiškos ir pooperacinio išlikimo (r = -0,7, p < 0,001). Nebuvo reikšmingas ryšys tarp CLDN1
saviraiškos ir Lauren klasifikavimo H. pylori
infekcija, etniškumas, naviko dydžio ar metastazavusiu limfmazgis status.Table 6 Veiksniai įtakojantys išgyvenamumą operacijos dėl skrandžio vėžio
Bendras variate

Koreliacijos koeficientas R
P vertė
CLDN1
išraiška (log2 kartų kaita)
-0,53
0,008
Limfmazgių frakcija
-0,46
0,016
naviko dydis
-0,27
0,186
Amžius operacijos
-0.13
0,491
histologinis tipas (žarnyno tipas)
-0,03
0,888
vyriškos lyties
-0,05
0,792
tiesinės regresijos analizė daugelio veiksnių, darančių įtaką pooperaciniam išgyvenamumą pacientų, kuriems atliekama operacija dėl skrandžio vėžio.
aptikti skirtumus pooperacinio išlikimo tarp individų su aukštos ir žemos CLDN1 pervežimas -expressing navikai, įvairių ribinės koncentracija buvo panaudota sukurti aukštos išreikšti ir mažas ekspresija grupes. Naudojant CLDN1
FC vidurkis (FC reiškia = 2.14), nes grupė paskirstytojas, aukštos ir žemos išreikšti CLDN1
pacientams buvo reikšmingai skirtingas išgyvenimo modelių (p < 0,001), kaip parodyta Kaplan-Meier diagramą 4 pav 4 pav Kaplanas Meier išgyvenamumo sklypas pacientams, sergantiems rezekcijos skrandžio navikų. Ištisinė linija atstovauja žemiau vidutinio CLDN1 pervežimas -expressing navikai (FC < 2,14) ir punktyrinė linija reiškia didesnis nei vidutinis CLDN1 pervežimas -expressing navikų (FC > 2,14). 6 pacientai mažo CLDN1 pervežimas -expressing grupę vis dar buvo gyvas pažintinio laikotarpio pabaigoje, kaip parodė Ištisinė linija vertikalių tikai.
Histopatologiniams funkcijų gretimų nevėžinės gleivinės
20 suderinta gleivinė bandiniai, 10 parodė įrodymus ne atrofinį gastritas ir 10 parodė daugiažidininės atrofijos gastritas. Žarnų metaplazija pelnytas 1-3 iš Ertmė ir tekstynų sričių pavyzdžių. Žarnyno tipo navikai buvo reikšmingai susijęs su tiek atrofinį gastritas ir žarninės metaplazijos (p < 0,001), o pasklidųjų tipo navikai buvo susijęs su ne atrofinė gastritas (p < 0,001). Tiek histologinis ir imunohistocheminis įrodymų H. pylori pervežimas buvo įrodytas gleivinės kolega 1 žarnyno ir 1 pasklidųjų tipo vėžio (5 ir skaičiai 6), tiek pacientų kaukaziečių. Kiti 18 pavyzdžiai neparodė H. pylori
įrodymus. Nebuvo jokių reikšmingų skirtumų tarp rūšių vėžio, rūšys gastritas, ar H. pylori pervežimas buvimas viena vertus, ir koreliacija su genų raiškos CLDN1
arba IL-8
. 5 pav histologinis skyrius H. pylori sukelta ne atrofijos lėtiniu gastritu. Rodyklė nurodo, yra aktyvus kepenų uždegimas su būdingu granuliocitinė infiltracija kriptų epitelio plotas.
6 pav Immunohistological įrodymų H. pylori. Helicobacter pylori buvo atrastas 2 iš 20 gleivinėje pavyzdžius. Bandinys iš 5 paveiksle buvo atliktas imunohistocheminis gydymas anti-Helicobacter
-antibody, dažymo H. pylori
ruda.
Diskusijų
Šiame tyrime mes nustatyta CLDN1
kaip viena iš Patys nuosekliai iki reguliuojamų genų GC ir stiprią koreliaciją tarp iki-reguliavimo CLDN1
ir sumažinta išlikimo 20 pacientų su skrandžio adenokarcinomos. Ši sąsaja yra dar stipresnis, kai koreguojama dėl kitų parametrų, kaip antai limfmazgių etape, naviko dydžio ir histologinio tipo. Mūsų klinikinės imties dydis yra mažas, tačiau rezultatai yra nuoseklūs.
Claudins yra baltymai, dalyvaujantys korinio tvirtomis jungtimis ir yra svarbus normaliam epitelio priežiūrai, ypač barjero susidarymą, ląstelių poliškumą ir signalo perdavime. Reguliacijos sutrikimas šių genų buvo nustatyta daugelyje skirtingų vėžio. Remiantis naviko biologijos, žemyn reguliavimo CLDN1
lemtų sunaikinimo tvirtomis jungtimis ir praradimo mobilųjį-to-ląstelių sukibimą sukelia naviko progresavimą [33], tačiau klinikinė reikšmė skrandžio kancerogenezėje yra sudėtingesnė. Yra įrodymų, kad keletas claudins, CLDN1
įtraukti, rodo didėjantį kaip skrandžio epitelio progresuoja žarnyno Metaplasia ir ankstyvą skrandžio karcinoma [34]. CLDN1
gali turėti įtakos ląstelėse signalizacijos, įrodytą Liu et al. kas parodė, kad padidėjusi išraiška CLDN1 krūties vėžio ląstelių prisidėjo prie kovos su apoptozės poveikis per du mechanizmus: slopina kaspazės-8 skilimo, ir įjungus WNT /β-kateninai signalo keliu [35]. CLDN1 buvo identifikuojamos per skrandžio vėžio AGS ląstelių in vitro
branduolio, rodo reguliavimo vaidmenį CLDN1 apie ląstelių proliferaciją, migraciją ir invaziškumo branduolinės energetikos lygį [36]. Visi autoriai skaityti ir patvirtino galutinį rankraštį.

• Integruotos vaidmenys transformuojantis augimo faktorius-alfa į ląstelių apsaugą mechanizmų skrandžio gleivinės traumos
• Asociacija tiazolinedionus su skrandžio vėžiu, 2 tipo cukriniu diabetu: populiacijos pagrindu atvejo ir kontrolės tyrimas