Genomo aprašymą analizė difuzinis tipo skrandžio vėžio

Genomo aprašymą analizė difuzinis tipo skrandžio vėžio
tezės
Background pervežimas Skrandžio vėžys yra trečias kruvinų tarp visų vėžio visame pasaulyje. Nors sergamumas žarnyno tipo skrandžio vėžio sumažėjo, pasklidosios tipo dažnis vis didėja ir jos progresavimo yra gerai žinoma agresyvus. Trūksta informacijos apie genomo variacijų pasklidosios tipo skrandžio vėžiu, nes jos ląstelės paprastai sumaišyti su normalios ląstelės, o tai mažai ląstelių skaičius buvo sunku analizuoti genomą.
Rezultatai
Mes analizuojame visą genomus ir atitinkamas exomes pasklidosios tipo skrandžio vėžio, naudojant suderinta naviką ir pavyzdžius iš 14 difuzinio tipo ir penkis žarnyno tipo skrandžio vėžiu sergantiems pacientams. rasti Difuzinis tipo skrandžio vėžio somatinių variantai, palyginti su žarnyno tipo ir anksčiau pranešė variantus. Mes nustatyti vidutinį exonic somatinių mutacijų dažniu dviejų tipų. Mes randame susijęs kandidatas vairuotojo genus, ir nustatyti septynis naujus somatinės mutacijos CDH1
, kuris yra gerai žinomas skrandžio vėžys susijęs genas. Trimatė struktūra analizė mutavusių El cad baltymų rodo, kad šie nauji somatinės mutacijos gali sukelti didelių funkcinių pasipiktinimas kritinių kalcio privalomas svetainių EC1-2 sankirtoje. Chromosomų nestabilumas analizė rodo, kad MDM2
genas yra stiprinama. Po kruopštaus struktūrinės analizės, romano branduolių sintezės geno TSC2
-RNF216
identifikuojama, kuris vienu metu gali sutrikdyti auglio-slopinančio kelius ir aktyvuoti tumorigenezei.
Išvados
Mes pranešti genomo profilį pasklidosios tipo skrandžio vėžio, įskaitant naujų somatinių variantų, naują sintezės geno ir amplifikacijos ir naikinti tam tikras chromosomų regionai, kuriuose onkogenų ir naviko slopintuvai.
faktai
Skrandžio vėžys yra vertinama kaip trečią svarbiausia priežastis pasaulinės mirtingumo nuo vėžio [1]. Histopathologically, skrandžio vėžys (GC), gali būti suskirstyti į dvi kategorijas remiantis morfologinių skirtumų: žarnyno tipo GC (TVK) ir pasklidųjų tipo GC (DGC) [2, 3]. TVK paprastai susijęs su Helicobacter pylori infekcija
, ir yra ypač paplitusi Japonijoje ir Korėjoje [4-6]. DGC yra tolygiai paskirstytos geografiškai, ir apima agresyvius klinikinių formų, pvz linitis PLASTICA, kurie turi prastą prognozę, ypač jauniems pacientams [7, 8]. Genomo DNR modifikacijos pirmaujančių GC gali atsitikti kaip keleto aplinkos rizikos veiksnių, pavyzdžiui, aukštos druskos dietos ir tabako rūkymo [9]. Nors TVK dažnis nuolat mažėjo per kelis dešimtmečius (44% sumažinimas nuo 1978 iki 2005), DGC sparčiai padidėjo (62%) nuo 1978 iki 2000, prieš sumažinant šiek tiek 2001-2005 m [10]. Nepaisant kaupiamojo įrodymų, kad TVK ir DGC sukurti naudojant įvairias kancerogeninių takais [11, 12], detali genomo masto duomenys DGC trūksta, nes ribotų galimybių klinikinių mėginių ir žemo lygio grynumo vėžio ląstelių populiacijos.
data, buvo nustatyta labai nedaug genai, susiję su GC potipių. Į CDH1
genas, kuris koduoja E-cad baltymų, yra Žinomiausi genai, susiję su paveldimos DGC (HDGC) [13-16]. Genetinio patikrinimo dėl šių mutacijų buvo pasiūlyta siekiant diagnozuoti anksti prasidėjusią GC [17]. El cad sutrikimas, kurį sukelia mutacijas, praradimo heterozigotiškumo, ir propaguotojas hypermethylation, yra nusistovėjęs defektas GC inicijuoti ir plėtoti [18-20]. Genomo masto asociacijos atliktas tyrimas parodė, kad polimorfizmas prostatos kamieninių ląstelių antigeno geno (PSCA pervežimas) yra stipriai susijęs su jautrumu DGC [21]. Mikrogardeliq pagrįstas metodas, tačiau yra apribotas iki vieno nukleotido variantų ir negali aptikti kopijavimo neutralus struktūrinius pokyčius (SVS). Du naujausi tyrimai pranešė apie GC exomes, ir parodė, kad mutacijų ARID1A pervežimas geno dažnai aptinkama GC su mikrosatelitiniai nestabilumo ir Epstein-Barr viruso (EBV) -positive GCS [22, 23]. buvo atliktas Nr GC potipių analizė, ir analizuotų tyrimų mėginių buvo iš pacientų, sergančių TVK.
Naujos kartos sekvenavimo (NGS) leido mokslininkams nustatyti ligos susijusios variantus ir padėjo atskleisti pagrindinius mechanizmus ligos vystymąsi. Visų pirma, sveiki genomo sekos (WGS) gali aptikti daugumą genomo variacijas, įskaitant SVS, pavyzdžiui, intrachromosomal ir interchromosomal pertvarkymų. Arba visa exome sekos (WES), užfiksuoto-taikinys sekos metodas, gali būti naudojamas aukštos gylio sekos didelio skaičiaus bandinių santykinai mažą kainą [24], tačiau tik vieno nukleotido pokyčiai (SNVs) ir mažų intarpais arba išbrauktas (indels) gali būti identifikuojami naudojant šį metodą. WGS Wes kiekviena turi ir privalumų, ir trūkumų, ir naujausių tyrimų naudojo abu metodus [25-27].
Čia mes pateikiame išsamų apibūdinimą DGC genomų iš suderinta naviko ir normalių pavyzdžių generuojant visą genomo profilius po to WES , Mes naudojome kraujo mėginius kaip normalus kontrolės, kaip ir ankstesniais tyrimų [28-31]. Norint rasti DGC konkrečių variantų, IGC genomai taip pat buvo analizuojami ir lyginami su variacijomis nustatytų genomus DGCs. Erdvinis baltymų struktūros analizė buvo atliekama naujų somatinių mutacijų iš CDH1
geno, ir tai nustatyti kritines regionus, kurie buvo funkciškai pasikeisti mutacijų. Be to, mes nustatėme, naujoviška sintezės geno, kad galėtų dalyvauti Tumorigenesis.
Rezultatai ir jų aptarimas
visą genomą ir exome sekos pervežimas naviką ir suderintų normalus (kraujo) mėginius iš 14 pacientų su DGC (toliau klinikos ypatumai šių pacientų rodomi S1 lentelės Papildoma failą 1), kurie visi buvo gana jauni (vidutinis amžius 38 metai) korean moterų, buvo sekos naudojant ILLUMINA HiSeq 2000, kuris gamino suporuotas-eND, 90-šarmų ir 101-šarmų DNR skaito. Be to, penkios poros naviko ir suderinti normalus mėginiai iš pacientų, sergančių TVK (vidutinis amžius 42 metai) buvo atliktas DNR sekos; vienas iš šių mėginių buvo nustatyta vėliau kaip mikrosatelitiniai nestabilumo atveju (MSI) ir todėl buvo pašalinta iš mutacijos analizė. Nė vienas iš pavyzdžių neturėjo šeimyninę istoriją vėžio ir potipių buvo histopathologically patvirtino. Tik naviko ląstelės buvo surinkti macrodissection po hematoksilinu dažymo.
Dėl viso genomo analizė, vidutiniškai, 92 Gigabases (GB) per mėginyje buvo gaminami maždaug 32 kartų sekos gylis siekė 3,5 terabases (TB), bendra buvo susietas su atskaitos genomo (NCBI statyti 37, hg19) prie žemėlapių didesne kaip 94,5% (už sekos statistiką, matyti Papildoma failą 1: Stalas S2). Naudojant galutinę 3,3 TB priskirti skaito, genomo aprašymą bazė buvo pastatyta aptikti SNVs, kopijos numeris variantus (CNVs) ir SVS. Kadangi korinio grynumas naviko mėginyje yra kritinė funkcija vėžio genomo analizę, buvo įvertintas naudojant in-house skaičiavimo metodą (žr Medžiagos ir metodai; žr Papildoma failą 1: Stalas S3 ir S1 paveiksle). Nors mes bandėme surinkti tik vėžines ląsteles, mūsų mėginiai dar parodė aukšto lygio stromos priemaiša. Norėdami padidinti mutacijų radimo genic regionuose net ir mažo grynumo mėginių tikslumą, papildoma WES buvo atlikta apie 103 kartų sekos gylis vidutiniškai, kuri pagaminta iš 17 Gb sekos duomenų iš viso. Nufotografuotas WES apėmė 93,1% nuo genic regione 10 kartų ar daugiau gylio, o tai aprėptis yra panašus į kuriuos buvo pranešta anksčiau exome duomenų apie GC [22, 23].
Suderinus WGS Wes duomenis, nustatėme, somatinių pakitimai DGC pavyzdžius ir palyginti juos su IGC pokyčių (duomenys yra sutraukta 1 paveiksle kaip cirko diagramą). Norėdami patikrinti savo duomenis, mes kartu ir analizuoti juos su anksčiau pranešė exome duomenis iš dviejų skirtingų tyrimų (24 IGC ir 5 DGC pavyzdžių, neįskaitant MSI ir mišrių mėginių) [22, 23] ir iš masyvo lyginamoji genomo hibridizacijos (CGH) duomenų ( 16 TVK ir 14 DGC mėginiai) [32]. Nors šie tyrimai daugiausia naudojamas TVK ir įtraukti tik nedidelį skaičių DGC pavyzdžių, jie galėtų papildyti mūsų duomenimis kaip kontrolės (teikiant didesnį skaičių IGC duomenimis ir pašalinti audinių specifikos). Kombinuotoje rinkinį, mes palyginti į pakeitimus tarp DGC ir IGC mėginių skirtumus. 1 pav visą genomą platinimas somatinių mutacijų ir dubliavimo arba ištrynimui, renginių difuzinis tipo skrandžio vėžio (DGCs). Visi somatinių mutacijų, įskaitant dubliavimo /išbraukta įvykių, kurie buvo rasti 14 DGC genomų, susijungė į cirko sklypas. Nuo išorės į vidų, sklypas pristato šias charakteristikas: chromosomų ideogramy, dažnis kaupiamųjų amplifikacijos arba ištrynimui renginių (juoda, amplifikacijos; raudona, išbraukta) ir somatinių ne tapatinti atskirų nukleotidų variantų skaičių (nsSNVs), indels ir SNVs in kirpimo vietų už kiekvieną geną. Juoda trikampiai rodo labai mutavo genus. Orange trikampiai reiškia onkogenų, ir mėlyni trikampiai nurodyti auglio slopintuvai.
Identifikavimas difuzinis tipo konkrečių SNVs ir indels
Kiekvienu ėminių porų, mes nustatyti maždaug 3,7 mln SNVs, kurie buvo patikrinti naudojant vieno nukleotido polimorfizmas (SNP ) lustai (vidutinis atitikimas norma: 99,2%; žr Papildoma failą 1: Stalas S4) ir maždaug 0.690.000 indels (daugiau informacijos ieškokite skyriuje Papildoma failą 1: Stalas S5 ir S6 lentelė). Mes pirmą kartą įvertintas mutacijų dažnį abiejų GC tipais tuo pavienių nukleotidų lygio (žr Papildoma failą 1: S2 pav a, b). Somatinių mutacijų spektras viduryje dominavo komanda C > T "(" G > A) kitimas tiek DGC ir IGC mėginių, ir nebuvo jokių reikšmingų skirtumų mutacijų kontekstuose tarp dviejų GC tipų, pagal ankstesnes studijas GC [23, 30]. Kai mes analizuojami du buvo pranešta anksčiau, exome duomenų rinkinius, mes nustatėme, kad nukleotidų pakeitimo santykis spektras buvo panašus į mūsų duomenų (žr Papildoma failą 1: pav S2C, D).
Nors mutacija spektras DGC yra panašus į TVK atskiros mutacijos paveiktų genų buvo skirtingi. Atimant mutacijas rasti normalų kraujo genomų, mes nustatyti 922 ne sinonimas SNVs (nsSNVs), somatinių mutacijų 18 navikų mėginiuose (žr Papildoma failą 1: Lentelė S7, žr Papildoma failą 2). Vidutinis mutacija norma 18 GCS (1,97 mutacijos /MB) buvo panaši į pranešė kituose tyrimuose apie storosios žarnos, kasos ir kepenų vėžio [33-35]. Iš 847 mutavusių genų, kuriuos paveikė 922 nsSNVs, 581 buvo 14 DGC atvejais 288 4 IGC atvejais ir 22 (2,6%) buvo bendras abiejų tipų. MSI pavyzdys, kuris buvo pašalintas iš lyginamosios analizės parodė, maždaug šešiskart daugiau SNVs ir indels nei padarė kitų pavyzdžių; Šis rezultatas yra susitarusi su ankstesnėje ataskaitoje [22]. Kai mes kartu du buvo pranešta anksčiau, exome duomenų rinkinius, mes nustatyti 967 ir 2,077 somatinių nsSNVs 19 DGCs ir 28 TVK, atitinkamai. Somatinių mutacijų tempas TVK (3.71 mutacijos /MB 28 mėginių) buvo didesnis nei iš DGCs (2.29 mutacijos /MB 19 mėginių) (žr Papildoma failą 1: Stalas S8). Anksčiau paskelbtas tyrimas rodo, kad melanomos ir plaučių vėžio yra didelis mutacijų dažnis, dėl to, kad stipriai mutagenų [36] dalyvavimą. Taip, tai yra įmanoma, kad TVK turi tokį aukštą mutacijų dažniu, nes jos tumorogeniškas mechanizmas gali būti susijęs daugiau su aplinkos ir /ar parazitinės mutagenai palyginti su DGC.
Atskirų variantų, spėjamas vėžio sukėlėjas genai buvo prognozuojama vairuotojo genas balo skaičiavimas (žr Papildoma failą 1: 1 lentelę ir stalo S9). buvo rastas CDH1
genas turi būti gausiai mutavo į DGC (P
= 1.29 × 10 -2), įskaitant šešis somatinių mutacijų (trys missense, viena nesąmonė, vieno rėmelio ir vienos sandūros vietoje mutacijų) , kurie nebuvo pranešė, kad anksčiau, o tik vienas missense mutacija buvo nustatyta, TVK mėginių (2 lentelė). Visi septyni CDH1
somatinės mutacijos buvo patikrintas Sanger sekos (žr Papildoma failą 1: Stalas S10 ir S11 lentelė). Mūsų DGC mėginių, 35,7% (5/14) turėjo CDH1
somatinės mutacijos, ir tai buvo pranešta, kad CDH1
somatinių mutacijų atsitiktinis DGCs dažniai gali svyruoti nuo 3% iki daugiau kaip 50% [19 , 37-40]. Buvo patvirtinta, kad šalyse, kuriose yra didelis sergamumas atsitiktinio GC (pavyzdžiui, Japonijoje ir Korėjoje), iš gemalo mutacijų dažnis šeimine GCS yra maža, palyginti su mažo sergamumo šalis [41, 42]. Todėl mes spėlioti, kad bendras GC dažnis taip pat susijęs su CDH1
somatinių mutacijų dažnį. Be to, vienas gonocitų linijos mutacija (T340A) į CDH1
buvo rastas abiem naviko ir atitinkamų kraujo genomų iš dviejų mėginių (D-14, DGC, M-01, MSI tipo). Nors T340A yra priežastinis mutacija HDGC [43], šie du pacientai neturėjo šeimyninę istoriją, kaip antai GC ar skiltelinės krūties vėžio. Du ankstesnius pranešimus analizuoti exome duomenis GC nenustatė CDH1
kaip aukštai įvertinta geno (tik vienas missense mutacijos MSI TVK mėginio) [22, 23]. Šis neatitikimas gali būti dėl mažo skaičiaus mėginių DGC tuose tyrimuose (2 iš 22 ir 3 iš 15 mėginiai buvo DGCs, atitinkamai). Šioje darbo, PIK3CA
ir TP53
, gerai žinomas vėžį susijusios genus, buvo dažniausiai mutavo genai tiek DGC ir TVK 1 lentelė ir Stalo S9 papildomų failą 1. mutacijų dviejų žinomų PIK3CA
Hotspots (E545K ir H1047L) buvo rasta keturiuose DGC pavyzdžius. Be to, vienas nsSNV mutacija (Q546K) ribojasi su E545K mutacija buvo rastas vienoje DGC mėginyje. Iš viso 5 iš 14 DGC mėginių (beveik 30%) priglaudė nsSNVs į PIK3CA
, kuri yra onkogeno kurio mutavo forma eksponatų padidėjo kinazės aktyvumą, sukelia vėžinių ląstelių proliferaciją [44]. tada mes palyginti žemo dažnio (16-17%) buvo iš PIK3CA
nsSNVs Ataskaitose kiti [22, 23, 44] (kuris dažniausiai naudojamas IGC mėginiai) ir mūsų sudėtinės analizės rezultatai (31,5% už DGC , 14,3% už TVK) (žr Papildoma failą 1: Stalas S9). Atrodo, kad gana didelis mutacijų normos PIK3CA
DGC gali atspindėti mutacijų specifiškiau šio geno šios vėžio rūšies. Be to, trys mėginiai (du DGC ir vienas TVK) pateikta tiek nsSNV ir kopijavimo praradimą TP53
, nurodant homozigotinę nuostolių funkciją į TP53
, kaip buvo pranešta anksčiau [45]. SNP į PSCA pervežimas geno (rs2976329) buvo pranešta būti susijęs su padidėjusia rizika DGC į Japonijos ir Korėjos gyventojų [21]. Tai SNP buvo praturtintas į DGC mėginių dauguma mūsų tyrime (9 iš 14 pacientų), nurodant, kad mūsų analizuojami mėginiai atstovauti tipiškus pacientai, sergantys DGC Rytų Azijoje. Be to, nesąmonė mutacija (R1446 *) į ARID1A pervežimas geno, buvo rastas vienoje DGC mėginio (D-08). Nors mutacijų ARID1A
dažnai aptinkamų MSI ir EBV-teigiamas GCS [22, 23], D-08 pavyzdys neparodė EBV infekcija, ir MSI mėginį (M-01) neturėjo ARID1A
genų mutacijos arba. Nuo svyravimų kandidatas į mašinistus genų, 88 nsSNVs, 4 maži indels ir 2 SNVs in a sandūros svetainėje buvo patikrinta naudojant tradicinius Sanger eiliškumą. Septyni iš šių mutacijų negalėjo būti patikrintas, nes PGR nesėkmės, o iš likusių 87 mutacijų, 96,6% buvo patvirtinta kaip tiesa somatinių mutacijų (žr Papildoma failą 1: Stalas S10 ir S11 lentelė) .table 1 Top kandidatas į mašinistus genai 14 pasklidosios -type skrandžio vėžio
Genų

Pavyzdžiai n
nsSNVs n

SNVs į sandūros svetainėje, N

Indels n

P
-Pridėtinės
vairuotojas genų rezultatas
PIK3CA
5
5
0
0
3,63 × 10 -12
9.83
CDH1
5
4
1
1
4,64 × 10-10
8.02
SNRPN

2
2
0
0
1,86 × 10-07
5.60
TP53
2
2
0
0
4,88 × 10-07
5.36
CMKLR1

2
2
0
0
5.33 × 10-07
5.36
CYP2A7
2
2
0
0
1,53 × 10-06
4.99
GUCY1B3
2
2
0
0
1,97 × 10-06
4.99
PAPOLB
2
2
0
0
2,15 × 10-06
4.99
MYH9
3
3
0
0
2,27 × 10-06
4.99
FAM71B
1
2
0
0
2,51 × 10-06
4.99
C10orf90
2
2
0
0
3,76 × 10 -06
4.86
AKAP8
2
2
0
0
4,59 × 10-06
4.81
ZC3H12B

2
2
0
0
5,87 × 10-06
4.74
SFTA3
1
1
0
0
6,86 × 10-06
4.70
SENP7
2
2
0
0
7,65 × 10-06
4.68
TMPRSS6
2
2
0
0
8,38 × 10-06
4.67
Strona2
1
1
0
0
9,94 × 10-06
4.62
už papildomą vairuotoją genų sąrašus žr Papildoma failą 1. lentelė S9
2 lentelė CDH1 pokyčiai 18 skrandžio vėžio
Sample

Įveskite
pakeitimo
CDH1 regionas

D-01, T
CNV
praradimas
egzonų 1 iki 16
D-02, T
SNV
N256S
Exon 6
CNV
Loss
egzonų 1 iki 16
D-03, T pervežimas SNV pervežimas sandūrų svetainėje
Donoras svetainė iNTRON 4 pervežimas d-04, T pervežimas CNV pervežimas Loss pervežimas egzonų nuo 1 iki 16
d-05, T
SNV
D257N
Exon 6
IP
S829fs
Exon 16
D-09, T
SNV
V252G
Exon 6
S.
pertrauka taškas
Intron 2
D -10, T
CNV
praradimas
egzonų 1 iki 16
D-11 t pervežimas CNV pervežimas Loss
egzonų nuo 1 iki 16
D12, T
SNV
Q23 *
Exon 2 pervežimas D-13 t pervežimas CNV pervežimas Loss pervežimas egzonų nuo 1 iki 16
SV
Break tašką
intronai 2 ir 10
D-14, T
S.
pertrauka taškas
intronai 2, 5 ir 9
I-01, T
CNV
praradimas
egzonų 1 iki 16
Aš -02, T
CNV
praradimas
egzonų 1 iki 16
I-03, T
SNV
D221G
Exon 5
S.
Break taškas
ir 13 intronai 10
I-04, T
CNV
praradimas
egzonų 1 iki 16
CNV, kopijos numerį, skirtumai; INS, mažas intarpas; SNV, vieno nukleotido kitimas; S., struktūrinis svyravimas.
Tada somatinių variantai buvo surišti Kioto enciklopedija genų ir genomų (KEGG) kelius duomenų bazę. Ši analizė parodė, kad mutavo genai DGCs buvo reikšmingai susijęs su kalcio signalinio kelio (P, pervežimas = 7,00 × 10 -5, žr Papildoma failą 1: Stalas S12 ir S13 lentelė). Žemas kalcio vartojimas gali prisidėti prie GC plėtros [46]. Kalcis yra būtinas E-cad funkciją, o E-cad tarpininkaujant sukibimo praradimas yra susijęs su perėjimu iš gerybinės pažeidimo invazinėms metastazavusiu vėžiu [47]. Be to, somatinės mutacijos buvo stipriai susijęs su keliais susijusių su mažų ląstelių plaučių vėžio (P
= 1.00 × 10 -6 į DGC ir p
= 4.24 × 10 -2 TVK). Visų pirma, genai, dalyvaujantys židinio sukibimo kelius, pavyzdžiui, ITGA
, PIK3CA
ir PTEN
, buvo dažnai mutavo.
SV ir CNV analizė
SVS buvo aptikta remiantis discordantly susieto skaityti porų, ir bet SVS, kurie buvo pateikti į pacientų gemalo genomų buvo atmesti. Vidutiniškai, mes nustatėme, 552 somatinių SVS per DGC ėminių porų (211 dideli intarpai 264 didelių delecijos, 27 inversija, 44 intrachromosomal translokacijos, o 6 interchromosomal translokacijos). Mes nustatėme, 664 somatinių SVS kiekvienoje TVK ėminių porų (285 dideli intarpai, 283 didelių delecijos 34 inversija, 38 intrachromosomal translokacijos ir 24 interchromosomal translokacijos) (daugiau informacijos apie kiekvieną mėginį žr Papildoma failą 1: Stalas S14 ir S3 pav.) Be to, mes nustatėme 2,258 genai turi būti sumažėjusi, ir 1736 jų buvo rasta tik DGC mėginių (duomenų kiekvienam mėginiui žr Papildoma failą 1: Stalas S15 ir pamatyti Papildoma failą 3). Trys navikas slopintuvas genų FHIT
, WWOX
ir MIPOL1
, kurie buvo pranešta apie ankstesnę GC tyrimo [30], buvo sutrikimų dėl SVS (FHIT
11 mėginių, WWOX
5 pavyzdžius ir MIPOL1
3 mėginių)
Fusion genų, kuriuos sukelia chromosomų pertvarkymo pat buvo analizuojami ir buvo identifikuoti 19 sintezės genų kandidatų (žr Papildoma failą 1: Stalas S16), įskaitant naują sintezės genas, TSC2
-RNF216
rado viename mėginyje (2a pav b). TSC2
koduojanti tuberin baltymų anksčiau buvo pasiūlyta kaip auglio slopinamojo geno dalyvauja žinduolių rapamicino taikinio (mTOR) rūšyse [48, 49]. Be to, RNF216
, kodavimas E3 Ubikvitino baltymų ligazės, dalyvauja citokinų funkcija neleisdamas ilgalaikį aktyvavimo atominės faktorius (NF) -κB [50]. RAP GTPase aktyvinti baltymų (Repas-GAP) domenas TSC2 baltymų, kuri yra susijusi su vidinės GTPase veiklos ras susijusių baltymų RAP1A ir RAB5, buvo pažeista šio TRANSLOKACIJA (2c pav). Be to, cinko pirštų domenus RNF216 baltymų nebuvo išreikštas sintezės geno, dėl to, kad skaitymo rėmelio, kad sukėlė priešlaikinį nutraukimą. Naudojant atvirkštinę transkripciją polimerazės grandininę reakciją (RT-PGR), po to sekos analizės, buvo patvirtinta šio sintezės geno paciento audinio išraiška. Po bandymo papildomas rinkinys 15 GC pacientų audinių, mes nustatyti 2 pacientams ekspresuojančiam sintezės geno (2d pav, E). Tai TRANSLOKACIJA gali sukelti pakitęs ląstelių elgesį tiek sutrikdyti normalią geno ir sukelia išraiška sintezės geno produktas, kuris gali konkuruoti su įprastu geno. Hibridizacija genas gali konkurencingomis trukdyti auglio slopinamojo kelius ir aktyvuoti NF-κB-tarpininkaujant citokinų signalus. 2 pav TSC2 - RNF216 sintezės geno lūžių. (A) Exon struktūra TSC2
-RNF216
sintezės geno. Į dėžės numeriai yra Exon numeriai kiekvieno geno. Raudonos linijos nurodyti sintezės taškų. (B) baltymų domeno struktūra TSC2-RNF216 sulieto baltymo. RAP-GAP sritis TSC2 buvo sugadintas, ir RNF216 turėjo rėmelio mutacija sukelia priešlaikinį nutraukimą pagal interchromosomal pertvarkymo. (C) struktūra TSC2 Repas-GAP srityje. Raudonas regionas yra likę Repas-GAP domenas regionas, o pilka regionas yra Repas-GAP domenas, kad išbraukiama TSC2
-RNF216 pervežimas sintezės geno. (D) RNR seka TSC2
-RNF216
sintezės geno. Padėtis 136 rodoma kaip N. tiek į A arba G bazė gamina terminavimo kodonas (TAA arba TAG). (E) tikrinimas TSC2
-RNF216
sintezės stenograma į RNR (kDNR) būdu PGR ir elektroforezės.
DGCs, chromosomos 16, 17, 19, 20, 21, ir 22 pateiktos suma padidėjo blokinių trynimų, o chromosomų 3, 7, 8, ir 13 parodė ypač padidėjo pasikartojimų (1 paveikslas). Daugelis vėžinių slopintuvas genų, pavyzdžiui, CDH1
, PLA2G2A, RUNX3
, SMAD2
ir TP53
, įsikūrę plačiai ištrintus chromosomų regionuose. Pažymėtina, kad somatinių mutacijų (nsSNV arba sudurti svetainė mutacija) ir kopijų skaičiaus netekimas CDH1
paprastai buvo nesuderinami: keturi iš penkių DGC mėginiai su somatinių mutacijų neturėjo geno kopijos numeris nuostolius, ir aštuoni iš devynių DGC pavyzdžių su CDH1
genų kopijų skaičiaus netekimas neturėjo jokių somatinės mutacijos CDH1
. Tik vienas pavyzdys (1/18, 5,6%) turėjo abu pakeitimus (mutacija ir nukopijuokite numerį nuostolių) kartu, ir šis pastebėjimas sutampa su ankstesnių tyrimų ataskaitų, kad kartu pakitimai CDH1
yra reti [19, 40, 51, 52] , Kai mes laikomi SVS į CDH1
kartu, mes nustatėme, kad kiti trys mėginiai buvo mutacija /kopijavimo skaičius nuostolio, kartu vartojantiems su sv. Be to, kopija numeriai onkogeno MYC
buvo padidėjo penkis DGC mėginių (žr papildomų failų 4), ir kopijuoti numerius RER
buvo padidintos tris DGC pavyzdžių [53]. Į Onkogeny MOS parsisiųsti ir ZHX2
taip pat parodė, kopijos numeris pelną per penkerius ir keturių DGC pavyzdžių, atitinkamai. Daugiau nei pusė mėginių (10 iš 18) parodė, kopijos numeris sumažinti ARID1A
, kuris vairuotojas genas kiaušidžių aiškiai ląstelių karcinoma, ir chromatino Remodeler GC [22, 54, 55]. Ji yra žinoma, kad GKS su ARID1A
mutacijų dauguma rodo mažesnę baltymo ekspresiją, palyginti su gcs be ARID1A
mutacijos [22]. Jei dozė poveikis yra svarbus šių vėžio audiniuose, kopijuoti skaičius mažinimas ARID1A
gali būti įmanoma vėžys susijęs veiksnys
didelio regiono chromosomos 12 buvo papildytas trimis DGC genomų.; Šių trijų genomų, mėginiai D-01, T ir D-02 T parodė savitai aukštą amplifikacijos (3a pav.) Dubliavimasis modeliai buvo šiek tiek kitokia: "D-01, T turėjo tandemo dubliavimo 3 MBP, o D-02, T turėjo apverstą dubliavimo 1 MBP (3b pav c). Dalis šios dubliuoti regione koduoja pelių dvigubai minučių (MDM2
) genas. Buvo pranešta, kad į mažą rinkinį, kad mdm2
genas buvo dažnai sustiprina [56], ir kad šis genas yra susijęs su keliais vėžio [57]. MDM2
raiška sukelia genų amplifikacijos buvo eksperimentiškai patvirtino, naudojant kiekybinio PGR su naviku ir gretimuose normaliuose audiniuose suporuotas pavyzdžių naudojamas NGS analizuoja ir normalių ląstelių linijos buvo įtrauktos į palyginimus (3D paveikslas). MDM2
raiškos teigiamai koreliuoja su kopijos numeris analizės duomenis. Nors anksčiau pranešė masyvo CGH duomenys [32] buvo santykinai mažą skiriamąją gebą CNV aptikimo, mes naudojome šiuos duomenis, jei norite ieškoti perstatant genų kopijų skaičiaus šališkumo kiekvienoje histopatologiniams tipo. Kopijos numeris pelnas genų, koduojančių kalcio kanalų baltymų (CACNG6
, CACNG7
ir CACNG8
, p pervežimas = 4.24 × 10 -2) buvo reikšmingai dažniau DGC mėginių (žr Papildoma failą 1: Stalas S17). Viskas integruota pakeitimas informacija rodoma papildomų failų (žr Papildoma failą 1: S18 Lentelė ir Stalo S19, žr Papildoma failą 5). 3 paveikslas dubliavimo regionas MDM2 geno chromosomos 12 mėginiuose D-01, T ir D-02 T. (A) Kartografavimo gylis sklypų dviejų chromosomų. (B) Plonos juodos šuoliai buvo skaityti žemėlapių gylis 2000-šarmų pločio. Y
ašies rodo santykinį gylį. Kiekvienas vienetas reiškia maždaug 30 kartų sekvenavimo gylį. (c) genas pozicijos ir pavadinimai aplink stiprintuvu regionuose. Juodas juostas rodo genų vietas. (D) MDM2
stenograma lygiai naviko ir gretimuose normaliuose audiniuose suporuotas mėginių ir normalių ląstelių linijų. Kiekybinė PGR buvo naudojamas matuoti MDM2
iRNR kiekį mėginiuose D-01 ir D-02 (kuriuos sustiprina MDM2
regionus), D-04, D-05, D-10, I-03 ir I-04 (be stiprintuvu MDM2
regionuose), ir trys normalus ląstelių linijas (HDF, HMEC ir Hs 738.St/Int~~number=plural). Klaida barai buvo apskaičiuotos iš dviejų atskirtų eksperimentų trigubuose reakcijas.
3D struktūrinė analizė mutavo CDH1
suprasti, kaip aptikti mutacijos turi įtakos baltymų Struktūra /funkciją ir aktyvacijos pasroviui biologiniai būdai įtaką Kancerogeninis ir mes analizuojami trimatis ( 3D) struktūros mutantas El cad randamo baltymo vienoje TVK ir penkių DGC mėginių (žr Papildoma failą 2). Į CDH1
genas koduoja kalcio priklausomą ląstelių sukibimą glikoproteino ir turi penkis ekstraląstelines cad domenų (EC1-EC5) (4a pav.) Ji yra žinoma, kad tarp cad ir kalcio sąveika yra reikalingas dimerizacijai, struktūrinio nelankstumo, ir apsaugos nuo proteolizės būdu [58]. Mutacijų EC1-2 ir EC2-3 sankryžų yra žinoma, kad sukelti netinkamą cad lokalizacija ir slopina ląstelių sukibimą [59]. Struktūrinė analizė buvo atlikta keturių nsSNVs (D221G, V252G, N256S ir D257N), išskyrus nesąmonė SNV (Q23 *) yra rėmelio įdėjimo (S829fs) ir sandūros vietoje (CHR16: 68.842.472) mutacijos. Visi keturi nsSNVs buvo įsikūrę tarp EB1 ir EC2 (EC1-2 sandūros) (4b paveiksle, c), ir trys nsSNVs (D221G, N256S ir D257N) sankryžos buvo baltymų regione, kurios tiesiogiai sąveikauja su kalcio jonų (paveikslas 4d, e). Ši situacija gali sukelti anomalių sąveikos tarp cad srityse. Ji pranešė, kad A298t, D231K ir D231A mutacijos, kurios turi panašią struktūrinę padėtį tuo EC1-2 sankryžos su somatinių mutacijų Šiame tyrime, parodė, kad ląstelių adhezijos funkcija [60, 61] nuostolių. Kitas nsSNV mutacija, V252G, įsikūręs β-lapo struktūros cad ir jos šoninės grandinės yra orientuotas į vidų. Nes β-statinės struktūros paprastai yra pakaitomis poliarinio ir hidrofobinių amino rūgščių, su hidrofobinių liekanų orientuotų statinės interjero, kad susidarytų hidrofobini, ir poliariniai liekanos orientuota į statinės dėl tirpiklio-veikiami paviršiaus vidų, yra formavimas hidrofobinės šerdies gali būti trukdoma V252G mutacijos (4e pav). Ankstesnis exome tyrimas pranešė dvi CDH1
mutacijas, P127fs (rėmelio mutacija į DGC) ir V694I (į MSI TVK) [22]. Dimeryzacja dviejų cad molekulių arba cis
arba trans pervežimas konfigūracijos įvyko tarp EC1-2 ir EC1-2 [62] sankryžos, o mutacijos tuo EC3-4 ir EC4-5 sankryžos neturėjo reikšmingos įtakos ląstelių adhezija [59]. Val694 įsikūręs kilpos regiono tarp EC5 beta-barelį ir transmembraniniu regione toli nuo EC1-2 ir EC2-3 sankryžų. Visi autoriai skaityti ir patvirtino galutinį rankraštį.

• Mechanizmai gastroprotection metanolio ekstrakto Melastoma malabathricum leaves
• Aukštojo dažnio CagA EPIYA-C fosforilinimo Sklypai H. pylori padermės iš pirmos eilės giminaičių skrandžio vėžio patients