En roman diffuse magekreft mottakelighet variant i E-cadherin (CDH1) intron 2: En kasus-kontrollstudie i en italiensk befolkning

En roman diffuse magekreft mottakelighet variant i E-cadherin (CDH1
) intron 2: En kasus-kontrollstudie i en italiensk befolkning
Abstract
Bakgrunn
Arvet genetiske faktorer som for eksempel E-cadherin (CDH1
) promoter-varianter er antatt å påvirke risikoen mot sporadiske diffus magekreft (DGC). Nylig har et nytt regulatorisk region avgjørende for CDH1
transkripsjon blitt identifisert i CDH1
intron 2.
Metoder
Vi genotypet alle kjente polymorfismer ligger innenfor konserverte sekvenser av CDH1
intron 2 (rs10673765, rs9932686, rs1125557, rs9282650, rs9931853) i en italiensk befolkning bestående av 134 DGC tilfeller og 100 friske kontroller (55 pasient slektninger og 45 urelaterte, matchet personer). Påvirkningen av individuelle varianter på DGC risikoen ble vurdert ved hjelp av χ 2-tester og logistisk regresjon. Den relative bidraget av alleler ble estimert ved haplotype analyse
Resultater
Vi observerte en signifikant. (P < 0,0004) sammenslutning av CDH1
163 + 37235G > En variant (rs1125557) med DGC risiko. Odds ratio var 4,55 (95% CI = 2,09 til 9,93) og 1,38 (95% CI = 0,75 til 2,55) for AA og GA bærere, henholdsvis. Når justert for alder, kjønn, røykestatus, alkoholinntak og H. pylori
infeksjon, estimater risiko holdt seg stort sett betydning for AA-bærere. Haplotype analyse foreslo 163 + 37235A-allel bidrar til sykdomsrisiko uavhengig av de andre variantene studert
Konklusjon
CDH1
163 + 37235G >. En polymorfisme kan representere en roman mottakelighet variant for sporadisk DGC hvis bekreftet i andre populasjoner. Tatt i betraktning den brede uttrykk for E-cadherin i epitel, oppfordrer denne eksplorerende studie videre evaluering av 163 + 37235A-allelet som en mottakelighet variant i andre karsinomer.
Bakgrunn
Magekreft er en viktig årsak til kreftrelatert dødelighet og blir vanligvis klassifisert i to histologiske typer, det intestinale og den diffuse skjema (Lauren klassifisering [1]). De generelle forekomsten av magekreft er i en jevn nedgang, hovedsakelig på grunn av synkende priser av tarmkreft-type. Denne fallende frekvens antas å være et resultat av forbedret ernæring og sanitære forhold. I motsetning til forekomsten av diffuse magekreft (DGC) alene synes mer stabil i løpet av de siste tiårene [1, 2]. En slik konstant hastighet antyder en større bidrag på arvelig genetisk risiko snarere enn miljømessige faktorer til den diffuse form av magekreft.
Grunn av sin tidlige utvikling under slimhinne mage overflaten [3], er DGC vanligvis diagnostisert på et avansert stadium og følgelig forbundet med et dårligere resultat [1]. Derfor kan genetiske DGC markører lette identifisering av personer i risikosonen og dermed bidra til en bedring i DGC diagnose og terapi.
På et molekylært nivå, er DGC skilles fra tarmtypen på grunnlag av sin unormal uttrykk for cellen -celle adhesjonsmolekyl E-cadherin [4]. E-cadherin er en nøkkelkomponent i epitelceller adherens krysset og som sådan er nødvendig for funksjonell intercellulær adhesjon innen epiteliale ark [5]. I motsetning til mange andre epiteliale kreftformer, er E-cadherin downregulated meget tidlig under DGC utvikling, noe som tyder på en rolle i initieringen av denne sykdom [3]. Mutasjon og formidler hypermethylation av E-cadherin genet (CDH1
) er de mest konsekvente genetiske endringer observert i sporadisk DGC [6, 7]. Videre CDH1
germline mutasjoner disponerer for arvelig DGC [8] forenlig med et initierende funksjon av E-cadherin mangel på DGC. CDH1
germline mutasjoner vanligvis co-segregere med en dominerende sykdomsmønsteret blant berørte familiene, og av og til kan bli funnet i isolerte DGC tilfeller diagnostisert i ung alder (< 45 y) [9]. Men de utgjør bare om lag 1% av alle DGC tilfeller [9], og dermed kan ikke forklare genetisk etiologi postulert å bidra til synlige sporadiske DGC tilfeller. andre enn CDH1
germline mutasjoner genetiske endringer er derfor sannsynlig å legge til risikoen for å utvikle DGC i fravær av en klar familiehistorie eller en ung alder ved diagnose.
Vanlige allele varianter med en mild funksjonell effekt kan påvirke risikoen for sporadisk sykdom. Faktisk en enkeltnukleotidpolymorfi (SNP) i det CDH1
promoter (-160C > A) har blitt forbundet med en betydelig øket risiko for sporadiske DGC i visse høy insidens populasjoner [10-13]. Av de studerte CDH1
SNPs er -160A arrangøren allelet så langt den eneste varianten innblandet i DGC risiko, men ser ut til å fungere i kombinasjon med andre CDH1
polymorfismer [10, 13].
Nylig en ny CDH1
regulatoriske regionen har blitt beskrevet [14]. Denne regionen er inneholdt i CDH1
intron 2, den største ikke-kodende CDH1
segment (66% av det totale sekvens) og er blitt vist å være nødvendig for både initiering og opprettholdelse av transkripsjonen CDH1
aktivitet i differensiert epitel. Viktigere, intron 2-sekvenser er også nødvendig for normal CDH1
transkripsjon i løpet av voksenlivet, og gir mulighet for at varianter innenfor dette område kan påvirke diffus magekreftutvikling.
I denne studien ble genotypet vi alle kjente varianter som ligger innenfor de konserverte sekvensene av CDH1
intron 2 og bestemmes sine allele frekvenser i grupper på italienske sporadiske DGC saker og friske individer å løse mulige sammenhenger med sykdommen.
Metoder
DNA-prøver pasienter
ble hentet fra 134 DGC pasienter som var innfødte i District of Pesaro-Urbino, Region Marche, Sentral-Italia. Etter operasjonen ble DGC diagnose uavhengig bekreftet av to patologer. Pasientene ble klinisk evaluert på den lokale Medical Oncology Unit (Hospital d'Urbino), hvor de også gjennomført en demografisk ark inkludert deres personlig og familiær kreft historie. Data ble bekreftet under intervjuer med sine onkologi leger og deres familie historie ble sporet tilbake til ≥3 generasjoner og sideveis til 2 nd og 3 rd graders slektninger. På bakgrunn av denne evalueringen, ingen av pasientene møtte de kliniske kriteriene for kjente familiære kreftsyndromer. Inklusjonskriteriene for kvalifiserte pasienter var: kaukasisk etnisitet, opprinnelig fra studert geografisk område og mangel på familiens historie av kreft. De samme kriteriene pluss mangel på personlig historie av kreft ble vedtatt for kontroller. Kontroll DNA-prøver ble oppnådd fra 55 friske slektninger, som enten var upåvirket foreldre (n = 15), søsken (22) eller barn (18) av de studerte DGC pasientene. Som friske slektninger ikke var tilgjengelige for hver DGC pasient, ble DNA-prøver fra en gruppe av urelaterte friske individer (n = 45) identifisert gjennom pool av tidligere og nåværende blodgivere fra sykehuset d'Urbino inkludert som gir totalt 100 kontroller. Ubeslektede kontroller ble tilfeldig valgt med frekvenser matchende saker etter alder og kjønn. Gjennomsnittsalderen til DGC pasienter uten pårørende var 54,6 y ± 11.41SD, mens det av deres matchede kontroller var 52,2 y ± 10.21SD. Alle forsøkspersonene ble intervjuet om sine røyke og drikkevaner. H. pylori
status ble bestemt ved patologisk undersøkelse av mage prøver for tilfeller og ved blod eller pusten tester for kontroller. De etiske krav ble verifisert og godkjent av den interne etiske komité (Hospital d'Urbino) og alle deltagerne ga sin skriftlig informert samtykke.
CDH1 intron to bevart regioner og polymorfismer
konserverte regioner av CDH1
intron 2 (GenBank NC_000016) ble identifisert ved å hente tilsvarende menneske, sjimpanse, rotte og mus sekvenser fra NCBI database (NCBI, Entrez nukleotid) etterfulgt av innretting med NCBI server (NCBI, Basic Local Alignment Search Tool) og Invitrogen Vector NTI Advance ™ 9.0 programvare (Accelrys Software Inc, San Diego, USA). Konserverte regioner ble definert som å ha mindre enn 5% sekvensvariasjoner mellom de forskjellige arter. De konserverte regioner ble PCR-forsterket i overlappende fragmenter med omtrent 200 bp størrelse. De tilsvarende primere (se tabell 1 for sekvenser og betingelser) ble utviklet ved hjelp av GeneFisher nettbasert verktøy [15] og produsert av Sigma-Proligo (Sigma-Aldrich Corporation, St. Louis, USA). Faststart Taq DNA-polymerase (Roche, Basel, Sveits) og PTC-200 PCR-maskiner (MJ Research, Waltham, USA) ble anvendt. Følgende polymorfismer er plassert (Ensemble GenomeBrowser [16]) i løpet av de forsterkede regionene: 163 + 14184ΔAGGG (rs10673765, ligger i PCR fragment C2F1), 163 + 14384C > T (rs9932686, C2F2), 163 + 37235G > A (rs1125557, C3F2 ), 163 + 37276T > A (rs9282650, C3F2), og 163 + 49526C > G (rs9931853, C4F1). TESS nettbasert verktøy [17] ble brukt til å søke etter antatte transkripsjonsbindingsfaktor områder som kan bli berørt av de ovennevnte variants.Table 1 PCR primere og betingelser

Forward primer
Omvendt primer
Ta *
Mg ++ †
DMSO ‡
C1F1
ccgccttaaagaaactcttg
accggtggcaaatactag
65 ° C
1,5 -
C1F2
tagaagggttgaacctgttc
tcttagtccacgagaagaag
65 ° C
1,5
-
C1F3
taggagagcttgtaacaagc
cactcggttctaccgaag
65 ° C
1,5 -
C2F1
tgtattagccacagagaag
ctaaaactagaccacgaag
65 ° C
1,5
-
C2F2
gtcacaaaacagcttg
ccttccttgagcaaggc
65 ° C
1,5 -
C3F1
ttgcctaaggccccctttttgttc
gaatctgcgaagtctacatc
65 ° C
1,5
-
C3F2
acactagccacacatgggactcaag
tgctggtgtggattcaaatgtg
65 ° C
1,5 -
C4F1
acctccgcctcctgggttcaagc
ttcctcccgcttagtg
60 ° C
1,5 -
C4F2
tggccaggcctgtcttaaactc
ttcttaggtccgtgggtttttacg
65 ° C
1,5 -
C4F3
aaagtgctgggattacaggtgtgag
tcgataatcccgagaactc
55 ° C
1,0
+
C4F4
gaaccataggactttgactgatgg
actgatggttatccgggttcccttg
65 ° C
1,5 -
C4F5
agctgttgagctgtcatcacaatcc
gaatttcctacccgtctatggtagg
65 ° C
1,5 -
C5F1
tagtggggagtggggtcttagcttc
tcgttcaccctcctttcttcttacc
58 ° C
1,5 -
C5F2
gggcatgttgaaatatacccagtc
tctgagtaatagaggggtacgttgg
65 ° C
1,5 -
C5F3
cttgccagcgtgacagtg
cgaaaccccgtggagtag
65 ° C
1,5 -
C5F4
caggttggggctcctcgtcatactg
cttccgacgtgacttaaggaaagag
65 ° C
1,5 -
C5F5
gcttgtctcaactttcactgtc
gaatttcctacccgtctatggtagg
65 ° C
1,5 -
C6F1
tggtattcaggaggatgcag
acctacgatcgtaaaaagt
65 ° C
1,5 -
C6F2
cccatcaatgcttatttgttctt
gcctgggagacggagact
65 ° C
1,5 -
C6F3
tgggctgtttgagttttgttc
cggtgtaaaaggttcgtgac
65 ° C
1,5 -
* Ta annealing temperatur; † Mg ++ - konsentrasjon er gitt i mM; ‡ DMSO ble tilsatt med 5% fc
Single-strand konformasjon polymorfisme
Single-strand konformasjon polymorfisme (SSCP) ble brukt til å skanne den konserverte intron 2-regionen i 19 italienske pasienter DGC for tilstedeværelsen av ytterligere vanlige, men population- spesifikke polymorfismer. SSCP ble utført som beskrevet [18], med unntak av at ULS ™ 495 fluorofor (Kreatech Biotechnology, Amsterdam, Nederland) ble benyttet i stedet for radioaktivitet for å merke fragmenter. I korte trekk, ble 1 pl PCR-produkt ble inkubert med 0,2 ul fargestoff i en 20 pl reaksjon. . Geler ble skannet med en FX molekylær imager (BioRad, Hercules, USA) ved 488 nm
Genotyping
Følgende restriksjonsenzymer ble brukt for genotyping av DNA-varianter: 0,06 U /mL BsaXI for 163 + 14184ΔAGGG, en U /mL BanII
for 163 + 14384C > T, 0,2 U /mL MaeIII
for 163 + 37276T > A, og 0,4 U /mL HpaII
for 163 + 49526C > G. Alle enzymer var fra New England Biolabs (Ipswich, USA) med unntak av MaeIII
fra Roche (Basel, Sveits). Reaksjonene ble inkubert over natten, og fragmentene ble separert på 4% (w /v) agarosegel
Polymorfismer 163 + 37235G >. A og 163 + 37276T > A ble genotypet på en ABI Prism 7900 (Applied Biosystems, Foster City, USA) ved hjelp av real-time PCR-basert allele diskriminering essay fra Applied Biosystems i henhold til instruksjonene.
sekvense~~POS=TRUNC
Oppdaget varianter ble verifisert ved direkte sekvensering ved hjelp av USB thermosequencing kit (USB, Cleveland, USA) og en licor 4000L DNA sequencer (licor, Lincoln, Nebraska USA).
Statistisk analyse
Differensial fordelinger blant sakene og kontroller ble vurdert av χ 2-test (med df = 2 for genotyper og df = 1 for alleler) . Risiko ble estimert ved univariat analyse og ved multippel logistisk regresjon (STATA programvare, StataCorp LP, College Station, USA). Den χ 2-test (df = 2) ble også brukt til å undersøke avvik fra Hardy-Weinberg likevekt. Aldersforskjeller blant pasienter som bærer forskjellige genotyper ble beregnet ved hjelp av en 2-tailed t-test.
Haplotype frekvensene ble rekonstruert fra unphased genotyper og koblingsulikevekt (LD) mellom SNPs ble estimert ved hjelp av SHEsis programvareplattform [19, 20]. Bare haplotyper med en relativ frekvens > 0.03 i begge tilfeller eller kontroller ble inkludert i analysen. Global sammenslutning av haplotyper med sykdom ble beregnet ved en χ 2-test (df = 7). Den 163 + 14184ΔAGGG og 163 + 14384C > T varianter ble ikke inkludert i den endelige analysen som de ikke var informativ. Foreningen av individuelle haplotyper med sykdom var basert på 2 × 2 beredskaps tabeller i forhold til A-A-C haplotype. LD ble uttrykt som R '> 2, med r 2 = 1 indikerer fullstendig LD, r 2 = 0 fravær av LD, og ​​R'> 2 < 0,33 tyder på minimal LD.
Resultater
Seks konserverte regioner med en total størrelse på 3,2 kbp ble identifisert innen CDH1
intron 2. Bortsett fra de fem kjente polymorfismer (CDH1
163 + 14184ΔAGGG (rs10673765), 163 + 14384C > T (rs9932686), 163 + 37235G > A (rs1125557), 163 + 37276T > A (rs9282650), og 163 + 49526C > G (rs9931853)), ingen ekstra vanlige polymorfismer spesifikke for den italienske befolkningen under studien var oppdaget av SSCP i de seks regionene.
hjelp rflp og alleliske diskriminering analyser, ble de relative frekvensene av genotyper som følge av de fem varianter bestemt i DGC tilfeller og kontrollene. Sekvensering av stikkprøver bekreftet de respektive genotyper. Alle polymorfismer var i Hardy-Weinberg likevekt for begge tilfeller og kontroller (p > 0,19). Tabell 2 oppsummerer genotypen fordelinger og deres forskjeller mellom saker og controls.Table 2 CDH1
intron 2 genotype fordelinger blant DGC saker og kontroller
+ 14184ΔAGGG tilfeller (n = 134)
+ 14184ΔAGGG kontroller (n = 100)
χ2-test
OR (95% CI) *, †
OR (95% CI) *, † product: + /+
+ /Δ
Δ /Δ
+ /+
+ /Δ
Δ /Δ
p
Δ /Δ vs + /+
+ /Δ vs + /+
128
4
2
96
3
1 0,947
1,50 (0,13 til 16,78)
1,00 (0,21 til 4,57)
95,5%
3%
1,5%
97%
1,5%
1,5%
14,2%
2,5%
+ 14384C > T tilfeller (n = 134)
+ 14384C > T kontroller (n = 100)
χ 2 -Test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
CC
CT
TT
CC
CT
TT
p
TT vs CC
CT vs CC
130
2
2
98
1 1
0,895
1,51 (0,13 til 16,87)
1,51 (0,13 til 16,87)
97,0%
1,5%
1,5%
98,0%
1,0%
1,0%
12,3%
12,3%
+ 37235G > A tilfellene (n = 134)
+ 37235G > A-kontroller (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
GG
GA
AA
GG
GA
AA
p
AA vs GG
GA vs GG
30
56
48
37
50
13
0,0003
4,55 (2,09 til 9,93)
1,38 (0,75 til 2,55)
22,4%
41,8%
35,8%
37,0%
50,0%
13,0%
100%
40,6%
+ 37276T > A tilfellene (n = 134)
+ 37276T > A kontroller (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
TT
TA
AA
TT
TA
AA
p
AA vs TT
TA vs TT
65
65
4
46
51
3
0,929
0,94 (0,20 til 4,42 )
0,90 (0,53 til 1,53)
48,5%
48,5%
3,0%
46,0%
51,0%
3,0%
1,9%
1,6%
49526C > G tilfeller (n = 134)
+ 49526C > G-kontroller (n = 100)
χ 2-test
OR (95% CI)
OR (95% CI)
CC
CG
GG
CC
CG
GG
p
GG vs CC
CG vs GG
34
82
18
30
58
12
0,727
1,32 (0,55 til 3,19)
1,25 (0,69 til 2,26)
25,4%
61,2%
13.4 %
30,0%
58,0%
12,0%
32,2%
22,5% product: * OR verdier er justert.
† Andelen under eller verdier anslår kraften i foreningen for hver variant ved den tilsvarende ELLER-nivå og ved å anta et signifikansnivå på 5%
av de undersøkte varianter, er det bare 163 + 37235G >. en SNP var signifikant assosiert med sykdom på grunn av en overrepresentasjon av den A-allelet blant DGC tilfeller (56,7% vs. 38% hos kontrollene, χ 2 = 16,1, p < 0,0001; se tabell 2). Den 163 + 37235AA genotype var 2,8 ganger hyppigere i saker sammenlignet med kontroller. Den tilsvarende Odds Ratio (OR) foreslått en betydelig forhøyet risiko for å utvikle DGC for AA-operatører i forhold til GG bærere (OR = 4,55, 95% CI = 2,09 til 9,93, p = 0,0002, kraften i foreningen 100%, tabell 2). Ingen signifikant økning i risiko var tydelig fra bærer GA-genotype (OR = 1,38, 95% CI = 0,75 til 2,55, p = 0,3, kraften i foreningen 41%, tabell 2). Den DGC risiko for AA-operatører forble signifikant, når ORS ble justert for alder, kjønn, alkoholinntak og H. pylori
infeksjon (tabell 3). Hos røykere, men den tilhørende risikoen var bare på grensen til signifikant (p = 0,089, Tabell 3). Risikoen forbundet med de andre variantene studert forble ikke-signifikant etter justering (data ikke vist). Det ble ikke observert mellom 163 + 37235G > En SNP og alder ved diagnose (p > 0,16) .table 3 Justert ORS knyttet til CDH1
intron 2 163 + 37235G > En variant
Variable

163+37235

Cases

Controls

OR (95% CI)



n
%
n
%

Age
≤ Median
GG
17
20
20
34
1 GA
37
45
30
52
1,45 (0,65 til 3,25)
AA
29
35
8
14
4,26 (1,55 til 11,77 )
> Median
GG
13
25
17
40
1 GA
19
37
20
48
1,24 ( 0,48 til 3,24)
AA
19
37
5
12
4,97 (1,47 til 16,86)
Sex
Kvinne
GG
13
20
20
34
1 GA
28
44
30
51
1,44 (0,60 til 3,42)
AA
23
36
9
15
3,93 (1,39 til 11,12)
Mann fra GG
17
24
17
41
1
GA
28
40
20
49
1,40 (0,58 til 3,39)
AA
25
36
4
10
6,25 (1,79 til 21,84)
Smoking
aldri
GG
17
24
25
42
1 GA
30
42
30
50
1,47 (0,66 til 3,26)
AA
25
35
5
8
7,35 (2,34 til 23,01)
Ever
GG
13
21
12
30
1 GA
26
42
20
50
1,20 (0,45 til 3,19)
AA
23
37
8
20
2,65 (0,86 til 8,16))
Alkohol
≤ 20 g /dag
GG
24
26
26
40
1 GA
35
38
31
48
1,22 (0,59 til 2,55 )
AA
34
37
8
12
4,60 (1,78 til 11,90)
> 20 g /dag
GG
6
15
11
31
1 GA
21
51
19
54
2,01 (0,63 til 6,55)
AA
14
34
5
15
5,13 (1,23 til 21,36)
H. pylori
Negativ
GG
2
11
16
37
1 GA
22
48
22
51
3,2 (1,00 til 10,26)
AA
19
41
5
12
12,16 (2,98 til 49,64)
Positive
GG
25
28
21
37
1 GA
34
39
28
49
1,02 (0,472 -. 19)
AA
29
33
8
14
3,045 (01.15 til 08.07)
å avgjøre om CDH1
163 + 37235A-allelet gir rett DGC risiko uavhengig eller i kombinasjon med andre intron 2 varianter, haplotyper som følge av fem polymorfismer ble rekonstruert og deres frekvenser ble anslått i de tilfeller og kontroller. De to 5'-variantene var ikke informativ og ble dermed ekskludert. Intron 2 haplotyper viste en global sammenheng med sykdom (df = 7, χ 2 = 24,09, p < 0,002). Generelt haplotyper som inneholder 163 + 37235A-allelet var hyppigere i saker sammenlignet med kontroller, mens tre av de fire haplotyper med G-allelet var hyppigere blant kontrollene (Tabell 4). Den sterkeste sammenheng med sykdommen ble observert for AAG ATC og haplotyper (med 163 + 37235A i posisjon 1). Motsatt GAG GTC og haplotyper viste den sterkeste beskyttelse. Koblingsulikevekt analyse indikerte stor grad fraværende LD mellom de undersøkte variantene (r 2 < 0,03, tabell 5), noe som tyder på at CDH1
163 + 37235G > En SNP kan gi økt mottakelighet mot DGC uavhengig av de andre variantene investigated.Table 4 CDH1
intron 2 haplotype frekvenser mellom DGA saker og kontroller

sak (freq) † <.no> Control (freq) †
Fisher p
Pearsons p
OR (95% CI)
AAC *
16,04 (0,060)
5,31 (0,027)
0,088
0,088
2,33 (0,86 til 6,34)
AAG
17,49 (0,065)
5,34 (0,027 )
0,056
0,056
2,55 (0,95 til 6,83)
ATC
73,09 (0,273)
35,43 (0,177)
0,015
0,015
1,74 (1,11 -2,74)
ATG
45,38 (0,169)
29,91 (0,150)
0,565
0,565
1,16 (0,70 til 1,92)
GAC
21,73 (0.081)
24,18 (0,121)
0,152
0,152
0,64 (0,35 til 1,18)
GAG
17,75 (0,066)
22,17 (0,111)
0,087
0,087
0,57 (0,30 til 1,09)
GTC
39,15 (0,146)
53,07 (0.265)
0,001
0,001
0,47 (0,30 til 0,75)
GTG
37,37 (0,139)
24,85 (0,123)
0,602
0,602
1,16 (0,67 til 1,99) product: * haplotype rekkefølge: 163 + 37235G > A, 163 + 37276T > A, 163 + 49526C > G. De to 5'-varianter ble ikke inkludert, som de ikke lenger dele opp haplotyper.
† Tall viser til rekonstruerte haplotype tall blant tilfeller (257) og kontroller (192), med hver enkelt bærer to kromosomer. Relative frekvenser er gitt i prosent. Ikke alle genotype data ble inkludert i analysen, som lavfrekvente haplotyper ble droppet.
Tabell 5 koblingsulikevekt mellom CDH1
intron 2 polymorfismer
r2 koblingsulikevekt

163 + 14384C > T
163 + 37235G > En
163 + 37276T > En
163 + 49526C >G
163 + 14184ΔAGGG
0,001
0.000
0,001
0,001
163 + 14384C > T -
0,002
0.000
0.000
163 + 37235G > A -
-
0,028
0.000
163 + 37276T > A -
- -
0,003 <

• Forholdet mellom vaskulær endotelial vekstfaktor genet polymorfismer og klinisk utfall i avanserte magekreftpasienter behandlet med FOLFOX: VEGF polymorfisme i mage cancer
• Preoperativ kjemoradioterapi for lokalt avansert mage cancer