PLOS ONE: fatores socioeconômicos e nutricionais conta para a Associação de Câncer Gástrico com ameríndia Ancestrais em um latino-americano Misturadas Population

Abstract

O câncer gástrico é um dos tipos mais letais de câncer e sua incidência varia em todo o mundo, com a região andina da América do Sul que mostra altas taxas de incidência. Nós avaliamos a estrutura genética da população de Lima (Peru) e realizado um estudo de caso-controle de associação genética para testar a contribuição do Africano, Europeu, ou ancestralidade americana nativa para o risco de câncer gástrico, controlando para o efeito de fatores não-genéticos . Um amplo conjunto de informações socioeconômicas, dietética e clínica foi coletada para cada participante do estudo e ancestralidade foi estimado com base em 103 ascendência marcadores informativos. Embora a população urbana de Lima é geralmente considerada como mestiço (ou seja, misturados dos africanos, europeus e nativos americanos), observou-se uma grande fracção de ascendência indígena (78,4% para os casos e 74,6% para os controles) e muito baixo ascendência Africano (< 5%). Nós determinamos que a maior ascendência indivíduo nativo americano está associado com câncer gástrico, mas fatores socioeconômicos associados tanto com câncer gástrico e conta Índio Americano para esta associação. Por conseguinte, a alta incidência de cancro gástrico no Peru não parece estar relacionada com alelos de susceptibilidade comuns nesta população. Em vez disso, nosso resultado sugere um papel predominante para os fatores e as disparidades socioeconômicas étnico-associado no acesso aos serviços de saúde. Desde nativos americanos são um grupo negligenciado em estudos genômicos, sugerimos que a população de Lima e de outras grandes cidades do oeste da América do Sul com alta fundo ascendência americana nativa podem ser alvos convenientes para estudos epidemiológicos voltados para este grupo étnico.

Citação: Pereira L, Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) fatores socioeconômicos e nutricionais conta para a Associação de Câncer Gástrico com ameríndia Ancestrais em um Misturadas população da América Latina. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10.1371 /journal.pone.0041200

editor: Zongli Xu, do Instituto Nacional de Ciências de Saúde Ambiental, Estados Unidos da América

Recebido: 01 de março de 2012; Aceito: 18 de junho de 2012; Publicado: 3 Agosto, 2012 |

Este é um artigo de acesso aberto, livre de todos os direitos autorais e pode ser livremente reproduzido, distribuído, transmitido, modificado, construído em cima, ou de outra maneira usado por qualquer pessoa para qualquer finalidade lícita. O trabalho é feito disponível sob a dedicação de domínio público da Creative Commons CC0

Financiamento:. Fogarty International Center e do Instituto Nacional do Câncer (5R01TW007894) financiou este estudo. O estudo e os seus participantes também receberam financiamento e bolsas de estudo a partir das seguintes agências brasileiras: Conselho Nacional de Pesquisa, Ministério da Educação, Ministério da Saúde (PNPD-Saúde Programa), e da Agência reaearch Estado Minas Gerais. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

o câncer gástrico é um dos tipos mais letais de câncer, sendo responsável por aproximadamente 800.000 mortes por ano, mas a sua incidência varia substancialmente em todo o mundo [1]. A maior incidência de câncer gástrico é observado no leste da Ásia, Europa Oriental, e na região andina da América do Sul. De fato, na população peruana, câncer gástrico ocupa o segundo lugar na incidência entre os homens e em terceiro lugar entre as mulheres (22,6 e 20 casos por 100.000 homens e mulheres, respectivamente), sendo o tipo de câncer com maior mortalidade. Comparativamente, a incidência de câncer gástrico no Peru é aproximadamente cinco vezes maior do que nos Estados Unidos e duas vezes o observado no Brasil [1].

Recavarren-Arce et al. e Correa proposto um modelo de progressão para o desenvolvimento de adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal, que consistem de uma transição de gastrite superficial para metaplasia de displasia e, finalmente, o adenocarcinoma gástrico [2], [3]. Uma infinidade de fatores sócio-econômicos, ambientais e dietéticos modular essa progressão e o risco individual de última instância desenvolver câncer gástrico. A infecção crónica do estômago pela bactéria Helicobacter pylori
levando a inflamação crônica é um importante fator de risco atribuível [4], embora menos do que 2% do H. pylori
portadores desenvolver câncer gástrico [5]. Helicobacter pylori
diversidade afecta também o risco de cancro gástrico hospedeiro, e a presença do factor de virulência bacteriana cag + é um dos factores de risco mais relevantes. Embora este fator de virulência tem uma frequência de -60% em populações europeias e americanas, que atinge mais de 90% da população peruana [6]. Além disso, enquanto os indivíduos nativos americanos de populações isoladas são infectadas por cepas principalmente nativas que se assemelham estirpes asiáticas, devido à origem asiática Pleistoceno dos nativos americanos, os indivíduos que vivem em grandes centros urbanos médios e, mesmo que eles podem ter uma ascendência indígena predominante, estão infectados por cepas em grande parte da Europa ou híbridos trazidos para as Américas depois do século 15. Estas estirpes tinham substituído pela maior parte menos virulentas ou vigorosas estirpes nativas [7], [8].

A pobreza também se correlaciona com adenocarcinoma gástrico [9] e enquanto o consumo elevado de alimentos e sal processadas ou fumadas são fatores de risco, frequentes ingestão de frutas e legumes frescos é protetora [10], [11], [12], [13]. diversidade genética humana também é relevante [14]. As diferenças observadas na incidência de câncer gástrico em todo o mundo pode ser devido a fatores ambientais ou para a presença de variantes de susceptibilidade genética que são mais freqüentes em populações com alta incidência da doença, mas a identificação e discriminação destes fatores é um desafio. Embora variantes genéticas comuns de susceptibilidade foram identificados em populações europeias e chinesas por estudos genômicos de associação e candidato-gene em genes tais como PLCE
[15], IL1B
[14], IL8
[16], [17], [18], IL1RN
[19], e PTGS2
[20], estas variantes são responsáveis ​​por uma pequena parte do variância genética associada com o câncer gástrico esporádica.

Peru, com sua alta incidência de câncer gástrico, tem a maior população nativa americana na América do Sul [21] e grandes cidades como Lima são povoadas por pessoas classificadas como mestiço ( ou seja, indivíduos com mistura de africanos, europeus e nativos americanos). Se existe uma base genética humana para a alta incidência de câncer gástrico na região andina, esperamos que a população misturada de Lima para abrigar variantes genéticas responsáveis ​​por esta alta incidência, e se estas variantes eram mais comuns no fundo genético nativo americano de esta população, seria possível utilizar a estratégia de todo o genoma de mapeamento mistura para descobrir estas variantes. estudos de mapeamento mistura recentemente ajudou a identificar variantes associadas com câncer de próstata [22] em populações afro-americanos, mas esta abordagem ainda está para ser plenamente aplicada às populações latino-americanos ou latinos /hispânicos dos Estados Unidos. Neste contexto, os objetivos deste estudo de associação genética de caso-controle são: (i) avaliar a composição étnica e sua estrutura genética relacionada dos pacientes atendidos por grandes hospitais em Lima; (Ii) para testar se individuais nativo americano, ascendências europeus e africanos são fatores de risco para o câncer gástrico, controlando para o efeito de fatores não-genéticos (ou seja, socioeconômico, nutricional e clínica). informações socioeconômicas, alimentares e clínicas foram coletadas para cada participante do estudo e ancestralidade foi estimado com base em 103 marcadores de ancestralidade (AIMS). Nós determinamos que a maior ascendência indivíduo nativo americano está associado ao câncer gástrico, mas que os fatores socioeconômicos associados tanto com câncer gástrico e conta etnia para esta associação. Apesar da alta incidência de câncer gástrico entre os peruanos com ascendência predominantemente indígena americana, os nossos resultados não apontam para uma clara base genética para esta discrepância na incidência. Em vez disso, eles sugerem um papel predominante para os fatores e as disparidades ecológicos associados étnico-sócio-econômico e humano no acesso aos serviços de saúde.

Resultados

Foram recrutados indivíduos que frequentam divisões Gastroenterologia e prescrita para uma endoscopia em três grandes hospitais em Lima (Tabela S1). Casos eram adultos encaminhados para endoscopia e cujas biópsias foram confirmados positivos para câncer gástrico pelas análises histopatológicas. O grupo controle foi composto por indivíduos cujas biópsias foram negativas para câncer gástrico. Indivíduos com metaplasia intestinal (n = 46) foram incluídos como controles sobre a suposição de que este tipo de metaplasia não aumenta o risco de desenvolver câncer gástrico [23], [24], [25].

Nós usamos um conjunto validado de 103 objectivos [26] para estimar nativo americano, ascendência indivíduo europeus e americanos nativo para cada um dos 241 casos de câncer gástrico e 300 controles recrutados para este estudo. A Análise de Componentes Principais (PCA, Figura 1) dos genótipos individuais para os nossos amostras peruanas (incluindo 296 americanos nativos) e para Europeu, Africano, e os indivíduos mexicanos do HapMap-III mostra que os objectivos utilizados discriminar entre Africano, Europeu e peruana populações parentais nativo americano, e que os mexicanos miscigenadas (residente em Los Angeles) e os casos e controles que frequentam hospitais Lima gástricas peruanas são colocados entre europeus e nativos americanos. Além disso, casos e controles gástricas peruanas são relativamente mais perto das populações parentais americanos nativos peruanos. Embora a população urbana de Lima é considerado como mestiço (isto é, tipicamente misturados), os grupos estudados aqui mostrou uma muito elevada ascendência americana nativa (78,4% para os casos e 74,6% para os controlos, da caixa da Figura 1), com um baixo ascendência africano (< 5%, Figura S1). Curiosamente, há uma associação positiva entre a ascendência indígena americana e câncer gástrico (regressão logística, OR = 3,69, IC 95% do OR: 1,34-10,09, p = 0,011, R2 = 0,016), e, consequentemente, uma associação negativa com ascendência europeia .

como esperado, as variáveis ​​que são proxies para a pobreza (baixa escolaridade, características de qualidade casa, tais como o uso de materiais de baixa qualidade, falta de bons aparelhos, e más condições sanitárias) foram associados com câncer gástrico (Tabela 1). Além disso, alguns sintomas relacionados com digestivos, como a queima (p < 0,0001), náusea (p < 0,0001), vômitos (p < 0,0001), e peso (p < 0,0001) foram mais freqüentes em casos do que nos controles, mas estes sintomas são provavelmente uma consequência da doença (Tabela 1). A variável idade não foi distribuída normalmente (p < 0,01, Kolmogorov-Smirnov), as medianas (e interquartile desvio) para controles e os casos foram 61 (desvio padrão (SD), 21) e 65 (SD: 25) anos, respectivamente ( p = 0,042, Mann-Whitney); portanto, essa variável foi considerado como co-variável em mais análises de regressão logística.

Nós sintetizou o amplo conjunto de variáveis ​​não-genéticos coletados em casos e controles usando uma análise fatorial multivariada, para reduzir a dimensionalidade destes 43 não variáveis ​​genéticas por capturar a correlação entre eles (Tabela 1 e Tabela S2). Curiosamente, o primeiro fator (16,38% da variância total) é dominado por variáveis ​​socioeconômicas, mas inclui um subconjunto de variáveis ​​nutricionais correlacionados, os valores mais elevados de factor correspondente a condições mais ricos. O segundo fator (5,95% da variância total) inclui subconjuntos de variáveis ​​socioeconômicas e nutricionais, bem como queixas, como dor. O terceiro fator (5,26% da variância total) é dominado por sintomas relacionados ao aparelho digestivo. Usamos as coordenadas individuais para cada um desses três fatores para representar sinteticamente o conjunto original de 43 variáveis. Tanto o primeiro fator "socioeconômico" e o segundo fator está associado com câncer gástrico (OR = 0,68, p = 0,0002 e OR = 0,7, p = 0,0008, respectivamente) e também com a etnia (p = 0,02 e p = 0,00003, respectivamente, sempre valores mais elevados do fator correspondem a melhores condições socioeconômicas). O terceiro fator "sintomas digestivos" está associado ao câncer gástrico (OR = 2,16, p < 0,0001).

A associação observada entre ascendência indígena e câncer gástrico pode ser devido ao efeito de variáveis ​​socioeconômicas ou nutricionais de confusão associada tanto com câncer gástrico e ascendência. É bem sabido que a alta ascendência indígena americana ou Africano está associada à pobreza em muitas populações nas Américas (ver também [27]). Consistentemente, observamos que a ascendência indígena americana está associada com variáveis ​​que são indicadores de pobreza (muitas das quais também foram associados com câncer gástrico), bem como o seu primeiro fator sintético "socioeconómico" da análise multivariada (Tabela 1). Quando controlado para todas as co-variáveis ​​(ou seja, os três fatores da análise multivariada e idade), a associação entre câncer gástrico e ancestralidade indígena americana não persiste (OR = 1,28, IC 95% do OR: 0,37-4,47, p = 0,69). Da mesma forma, quando controlado separadamente para o efeito das condições socioeconômicas (o primeiro fator da análise multivariada) ou idade, a associação entre câncer gástrico e ancestralidade indígena americana também não persiste (OR = CI 2,58, 95% do OR: 0,83 CI -8,07 para o fator 1 e OR = 1,01, 95% do OR:. 0,99-1,02 para a idade)

Discussão

Foi realizado um estudo de caso-controle na população misturada urbana de Lima (Peru) e determinou que ascendência indivíduo nativo americano está associado ao câncer gástrico. No entanto, esta associação parece principalmente para ser devido à associação das variáveis ​​socioeconômicas, tanto com câncer gástrico e com ascendência indígena. Consistentemente, embora a associação de ascendência com câncer gástrico é significativa (p = 0,011), ascendência explica apenas 1,6% da variação no estado da doença. Quando co-variáveis ​​não-genéticas estão incluídos, o seu efeito conjunta com ascendência explica 22,3% da variação no estado da doença. Portanto, a alta incidência de câncer gástrico no Peru [1], [28] não parece ser devido à presença de variantes genéticas comuns de susceptibilidade mais freqüente em populações nativas americanas, mas sim a uma combinação de fatores socioeconômicos presentes nesta população . No entanto, são necessários mais estudos com amostras maiores para explorar esta observação, uma vez que o poder de detectar os efeitos genéticos ascendência foi limitado no estudo atual. Este resultado é consistente com a diminuição relativa na incidência de câncer gástrico nos Estados Unidos nas últimas décadas, devido à melhoria das condições socioeconômicas [29].

A precisão das estimativas ascendência depende de vários fatores. O primeiro é o número e a natureza dos marcadores utilizados para estimar a mistura. Os 103 AIMs utilizados neste estudo contém informações suficientes para produzir estimativas de mistura aceitáveis ​​[26], [30]. Galanter et ai. também demonstraram que um painel de mais de 88 AIMs contém informação suficiente para estimar com precisão mistura indivíduo [31]. Uma segunda questão metodológica difundida na estimativa mistura é a dificuldade na utilização de dados a partir das populações americanas parentais Africano, europeus e nativos mais representativos do grupo misturado. Neste caso, incluímos como proxy para as populações parentais europeus e indivíduos africanos do projeto HapMap, e um conjunto de peruanos nativos americanos do Andes peruanos e as áreas orientais vizinhos. Embora esta escolha pode não ser o ideal, os 103 SNPs usados, sendo AIMS, mitigar este problema porque as suas frequências são muito diferentes entre os grupos étnicos dos pais e altamente homogênea dentro delas [26]. Assim, o uso de marcadores com estas características tornam os nossos resultados robustos para a escolha de populações sub-óptimos parentais. Em terceiro lugar, os métodos diferentes para estimar mistura indivíduo pode produzir resultados ligeiramente diferentes, mesmo começando a partir do mesmo conjunto de dados. Para testar a robustez dos resultados de mistura em relação aos métodos de estimativa de mistura, que reanalisados ​​os dados usando o máximo de probabilidade alternativa abordagens propostas por Tang et al. [32] e implementado no Frappe software, eo método por Alexander et al. implementado na mistura de software v. 1.2 [33]. Os três métodos produziram resultados altamente correlacionadas (Figura S2) e o mesmo padrão de associação com câncer gástrico (dados não mostrados).

indivíduos peruanos nascidos na zona rural têm ascendência mais nativo americano, em média, do que os moradores de grandes centros urbanos (Tabela 1). Em um estudo de caso-controle, os casos podem frequentemente incluem indivíduos com ascendência mais nativo americano, porque eles são chamados de centros de saúde pequeno campo a grandes hospitais urbanos para receber melhores cuidados de saúde. Este padrão de referência tem menos efeito sobre os controles e, portanto, pode criar uma associação espúria de ascendência do nativo americano com a doença. No entanto, registramos locais de nascimento para todos os participantes do estudo, e, assim, controlada este fator de confusão em potencial: quando incluiu o local de nascimento (Lima vs. paisagem) como um co-variável na regressão logística, a associação de ascendência nativo americano com câncer gástrico persistiu, embora a uma significância inferior (p = 0,05 versus p = 0,011). Conclui-se que a associação entre câncer gástrico e ancestralidade não é um artefato de encaminhamentos de indivíduos campo com alta ascendência indígena aos nossos hospitais do estudo. Este resultado ressalta a importância da recolha de lugar de nascimento e de residência de dados para estudos de associação genética a doenças na América Latina e outras regiões onde a maioria colonização e mistura Europeia ocorreu em cidades, e os indivíduos mais autóctones predominam em áreas rurais, como na Melanésia e África do Sul .

neste estudo, foram incluídos como controle indivíduos com metaplasia intestinal (n = 46), assumindo que este não aumenta o risco de desenvolver câncer gástrico [23], [24], [25]. No entanto, esta hipótese não é universalmente aceite [34]. Quando alternativamente assumir três categorias ordinais de risco de doença (ou seja, indivíduos sem metaplasia intestinal, com metaplasia intestinal, e com câncer gástrico), esta progressão, avaliado por uma regressão logística ordinal também está associada com ascendência indígena americana (OR = 2,83, 95 CI% do OR: 1,10-7,29, p = 0,031), mas, novamente, esta associação não persiste quando controlado para todas as co-variáveis ​​(fator 1, 2 e 3 e idade) (OR = 1,08, 95% CI do OR : 0,35-3,34, p = 0,897). Assim, nossos resultados não dependem da inclusão de indivíduos metaplasia intestinal como controles.

Um problema no nosso projeto experimental é que os controles foram selecionados como indivíduos sintomáticos que atendem a um serviço de gastroenterologia, passando por uma endoscopia ea maioria deles com uma lesão gástrica: 6 com mucosa gástrica histologicamente normal, 248 com gastrite, e 46 com metaplasia. Pode-se argumentar que o controle ideal seria composta apenas por indivíduos com mucosa gástrica normal. No entanto, somente através de uma endoscopia é possível determinar com precisão a ausência de lesões gástricas, e realizar uma endoscopia para fins de pesquisa apenas, não motivados por sintomas gástricos relacionados com a já não é eticamente aceitável. Por outro lado, utilizando como controles indivíduos da população em geral que não foram submetidos a endoscopia não é necessariamente uma escolha melhor desde que esta estratégia teria incluído como controle indivíduos com gastrite não detectada [35] e outras lesões semelhantes. Portanto, acreditamos que os nossos controles são a melhor escolha operacional para este estudo, porque são pessoas que frequentam os mesmos serviços de gastroenterologia como os casos, e desde que tenham sido submetidos a uma endoscopia, sabemos com precisão o status de sua mucosa gástrica. Além disso, na América Latina há um considerável nível de estratificação populacional devido ao nível socioeconômico e ancestrais, que são correlacionados em grandes centros urbanos na América Latina (além deste estudo, consulte Avena et al. 2012 [30] para um exemplo no Buenos Aires e Campbell et al. 2012 [27]). Ao selecionar controles entre os assistentes do mesmo hospital de casos, atenuar esta outra fonte potencial de estratificação populacional entre casos e controles

Neste estudo nós relatamos uma surpreendentemente alta ancestralidade americana nativa (> 74%). Ambas nos controles e casos que frequentam hospitais públicos da cidade agora cosmopolita de Lima, a capital nacional, que também foi a capital do espanhol Vice-Reino do Peru durante cinco séculos e, portanto, o centro do poder colonial espanhol. Grandes cidades em populações de acolhimento Equador, Peru, Bolívia, e norte da Argentina, cuja habitual identificação cultural como mestiço
provavelmente ignora a sua grande base genética ameríndia. Estas populações urbanas são frequentemente povoadas por imigrantes das áreas rurais. Nossos resultados sugerem que as grandes cidades do oeste da América do Sul sediar milhões de indivíduos de fundo genético predominantemente indígena. Contemporâneas internacionais migrações Sul-Norte de cidades da América do Sul da região andina também estão espalhando a base genética de nativos americanos em todo o mundo, e espera-se que os quase um milhão de Estados Unidos os imigrantes provenientes de países andinos [36] têm altos níveis de fundo do nativo americano. Não seria surpreendente se essas populações, classificadas como "Hispano /Latino" nos Estados Unidos, tinha ascendência ameríndia mais do que os indivíduos norte-americanos classificados como nativo americano.

Em conclusão, mostramos que na população misturada urbana de Lima, ascendência indivíduo nativo americano está associado com câncer gástrico, mas isso é explicado pela associação de variáveis ​​socioeconômicas tanto com câncer gástrico e ascendência indígena. Apesar da alta incidência de câncer gástrico na população peruana com um nível muito elevado ascendência nativo americano, o nosso resultado mostra que esta observação epidemiológica não depende de uma base genética, sugerindo um papel predominante para fatores socioeconômicos e disparidades no acesso aos serviços de saúde. Relatamos um surpreendentemente elevado ascendência americana nativa (> 74%) em indivíduos que frequentam hospitais da cidade agora cosmopolita de Lima. Desde nativos americanos são um grupo negligenciado em estudos genômicos, sugerimos que a população de Lima e de outras grandes cidades no oeste da América do Sul podem ser alvos convenientes de estudos epidemiológicos com foco em populações nativas americanas. Prossecução desta linha de pesquisa em estudos posteriormente maiores começarão a fechar a lacuna [37] em estudos genéticos e seus potenciais benefícios entre os indivíduos da Europa e as outras populações em geral, menos bem servidas.

Materiais e Métodos

assuntos

Para este estudo foram inicialmente recrutados 576 indivíduos que frequentam divisões Gastroenterologia dos seguintes três hospitais em Lima, entre 2006 e 2009: Arzobispo Loayza, dos de Mayo (ambos governados pelo governo), ea Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas especializada câncer. Cada participante respondeu a um questionário com a idade recorde, sexo, local de nascimento e de residência, e outras informações socioeconômicas, nutricionais e clínicas (Tabela 1). Casos eram adultos encaminhados para endoscopia e cujas biópsias foram confirmados positivos para câncer gástrico por análise histopatológica. O grupo controle também foi composta de indivíduos adultos encaminhados para endoscopia, mas cujas biópsias revelaram negativos para o câncer gástrico. Indivíduos com lesões pré-malignas, tais como displasia (n = 3) ou com a presença de outros do que os tumores do estômago cancro gástrico (n = 16) foram excluídos do estudo. Indivíduos com metaplasia intestinal (n = 46) foram incluídos como controles (ver discussão). O número final de assuntos considerados para testar no estudo de associação foi de 241 casos de câncer gástrico e 300 controles.

Nós também coletadas amostras de 296 indivíduos nativos americanos que foram utilizados como populações parentais para estimar ascendência dos casos de câncer gástrico e controlos. Estes incluem 23 agricultores de Pichacani (Puno), pertencentes à etnia andina quéchua predominante, assim como 87 Shimaa e 186 Ashaninka da etnia Matsiguenga, estabeleceu-se entre os Andes ea Amazônia. Para todos os casos de cancro gástrico e controlos e para os americanos nativos, que extraiu o ADN genómico utilizando o método de fenol-clorofórmio descrito por Sambrook et al. com modificações, ou o kit de sangue Gentra Puregene (Qiagen, EUA) [38]. Esta investigação foi aprovada pelo IRBs da Asociación Benefica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, da Universidade Johns Hopkins, Universidade Federal de Minas Gerais, Hospital Arzobispo Loayza, Hospital Dos de Mayo e do Instituto Nacional de enfermedades Neoplásicas. Todos os participantes do estudo forneceu consentimento informado por escrito.

Ancestry marcadores informativos (AIMS) e genotipagem

Para estimar etnia para cada um dos sujeitos do estudo, nós genotipados 106 SNPs que são informativas para Africano, ascendência americana Europeia e Native [26]. A genotipagem foi realizada no Centro biomédica genómico do Hospital Research Institute Oakland Infantil (Universidade de Minnesota, MN, EUA), utilizando a plataforma Sequenom Iplex (San Diego, CA, EUA). Resumidamente, é baseado numa extensão de iniciadores específicos de alelo, seguida por separação dos alelos alternativos por espectrometria de massa. A genotipagem envolveu quatro ensaios multiplexados, três contendo 26 SNPs e uma contendo 28 SNPs. Antes de genotipagem, amostras de DNA foram submetidos a um procedimento de controlo de qualidade (QC), que consistia de: (1) uma análise de PCR quantitativo não alélicos que mede a quantidade de ADN PCR-amplif icável e (2) uma leitura de ponto final a partir de um Taqman SNP ensaio de genotipagem (Applied Biosystems, Paio Alto, CA, EUA) que, além de proporcionar uma segunda avaliação da capacidade de PCR para amplificar cada amostra, é um indicador sensível de contaminação cruzada da amostra-a-amostra. Depois que removeu os rs30125 e rs888861 SNPs, que mostraram uma taxa de chamada de < 95%, a taxa média de chamadas para o SNPs foi de 99,7%. Dos 106 marcadores, 104 robustamente gerado taxas de chamadas para, pelo menos, 95% das amostras, mas para os rs2592888 SNP não há genótipos publicamente disponível para as populações hapmap e o SNP foi excluído de análises posteriores. Assim, utilizou-se genótipos de 103 SNPs para estimar mistura (ver Tabela S3 para a lista completa, com suas freqüências alélicas nas populações de estudo).

Ancestrais estima

Nós estimamos ascendência individual, utilizando a após três grupos parentais compostas por indivíduos não aparentados: (1) Yoruba do Oeste Africano da Nigéria (YRI - 118 indivíduos do HapMap II /III do projeto); (2) indivíduos Utah com ascendência europeia disponíveis no Centre d'Etude du polymorphisme Humain-
coleção CEPH (CEU - 60 indivíduos de HapMap Project II) e (3) 296 peruanos nativos americanos recolhidos pelo nosso grupo . Os genótipos para os africanos e os europeus foram obtidos a partir do banco de dados do HapMap pública [39], enquanto os nativos americanos foram genotipados para este estudo.

Nós estimamos a ascendência individual e seu intervalo de credibilidade de 90% utilizando o método implementado no programa Estrutura 2.3.3 [40], [41]. Ele se encaixa um modelo de probabilidade Bayesian da estrutura da população e mistura usando um procedimento de Markov Chain Monte Carlo (MCMC), estimando a contribuição de populações parentais K para os genomas de indivíduos da população misturada. Partimos do pressuposto de que o HapMap YRI e CEU e nossas amostras nativos americanos eram representativas das populações parentais e que os casos de câncer gástrico e controles de Lima eram indivíduos misturados. Por este conjunto de dados, cada execução Estrutura teve 50.000 passos burn-in seguido por 250.000 passos MCMC, e foi repetido três vezes para permitir a verificação da robustez dos resultados. Este comprimento da corrida e o procedimento de verificação excluir o indesejável falta de convergência das Cadeias de Markov, que acontece quando o procedimento não explorar adequadamente o espaço dos parâmetros do modelo. Todas as corridas foram realizadas assumindo três clusters (K = 3), lambda foi ajustado para 1,0, e os parâmetros alfa foram estimados para cada um dos três grupos, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 e nós não utilizar uma informação a priori para os indivíduos de populações parentais para ajudar o agrupamento (USEPOPINFO = 0).

a análise estatística

para representar a estrutura genética de nossas amostras no contexto da diversidade da população parental, foi realizada análise de componentes principais (PCA) de genótipos individuais (Figura 1), tal como implementadas no software Adegenet e Ade4 para o ambiente: R [42], [43]. Nós também utilizado Ade4 para aplicar um método de agrupamento que se baseia na representação APC bidimensional de indivíduos e sua centróide população, projetando elipses bidimensionais de dispersão. Além de sexo, idade e etnia auto-referida, um vasto conjunto de informações socioeconômicas, nutricionais e clínicas foram coletadas incluindo estado civil, local de nascimento, escolaridade, condições de uso doméstico, hábitos alimentares, frequência de consumo de frutas, legumes, carne e aves de capoeira, infusões, bem como os sintomas relacionados com a gástricas. Esta informação foi organizada em binário, ordinal, ou variáveis ​​categóricas, como detalhado na Tabela S4). Foram excluídas variáveis ​​que tiveram mais de 10% de dados em falta, e um conjunto final de 43 variáveis ​​foram incluídas em análises subsequentes. Para reduzir a dimensionalidade deste conjunto de variáveis ​​pessoais, socioeconômicos, nutricionais e clínicas não-genéticos Foram realizadas análises um fator multivariada utilizando o Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) software (SPSS 19 para Windows, SPSS Inc, Chicago, IL , EUA). A análise de fator sintetiza a variância do conjunto original de variáveis ​​em um menor número especificado de variáveis ​​transformadas (no nosso caso 3), chamados fatores. Cada fator captura informações correlacionada no conjunto de dados original, mas os fatores não estão correlacionados entre eles [44].

Para testar a associação entre essas variáveis ​​não-genéticas ou a sua representação obtidos pelo fator de análise multivariada com câncer gástrico (um binário

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