PLoS One: A társadalmi-gazdasági és táplálkozási tényezők figyelembe Egyesülete gyomorrák indián Ősök egy latin-amerikai összekeverjük Népesség

absztrakt katalógusa

A gyomorrák egyik leghalálosabb rákbetegségek és annak előfordulási világszerte változó, az Andok Dél-Amerika régiója mutató magas előfordulási aránya. Értékeltük a genetikai szerkezete a lakosság Lima (Peru) és végre egy eset-kontroll genetikai asszociációs vizsgálat, hogy teszteljék a hozzájárulás az afrikai, európai, vagy indián származású kockáztatni gyomorrák, kontrollálva a hatás nem genetikai tényezők . A széles sor társadalmi-gazdasági, táplálkozási és klinika információt gyűjtöttünk az egyes résztvevők tanulmányi és származású alapján becsültük 103 származású informatív markert. Bár a városi lakosság Lima általában tekinthető mesztic (azaz összekeverjük származó afrikaiak, európaiak és az amerikai őslakosok), megfigyeltük nagy hányada indián származású (78,4% az esetek 74,6% a kontroll) és a nagyon alacsony afrikai származású (< 5%). Megállapítottuk, hogy a magasabb indián egyéni származású társul gyomorrák, de a társadalmi-gazdasági tényezők, amelyek mind a gyomorrák és indián etnikai figyelembe ezt az összefüggést. Ezért a magas előfordulási gyomorrák Peru nem tűnik, hogy kapcsolatban érzékenység allélek gyakori ebben a populációban. Ehelyett mi az eredmény azt sugallja uralkodó szerepet az etnikai-asszociált társadalmi-gazdasági tényezők felszámolását, az egészségügyi szolgáltatásokhoz való hozzáférés. Mivel a bennszülött amerikaiak egy elhanyagolt csoport genomikai vizsgálatok azt sugallják, hogy a lakosság a Lima és más nagyvárosokban a nyugati Dél-Amerikában nagy indián származású háttér lehet kényelmes célokat epidemiológiai vizsgálatok középpontjában az etnikum. Katalógusa

bevezető hivatkozás: Pereira L, Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) A társadalmi-gazdasági és táplálkozási tényezők figyelembe Egyesülete gyomorrák indián Ősök egy latin-amerikai összekeverjük Population. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10,1371 /journal.pone.0041200 katalógusa

Szerkesztő: Zongli Xu, a National Institute of Environmental Health Sciences, az Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: március 1, 2012; Elfogadva: június 18, 2012; Megjelent: augusztus 3, 2012 katalógusa

Ez egy nyílt hozzáférésű cikk, mentesen minden szerzői jogot, és szabadon másolható, terjeszthető, továbbított, módosított, épül, vagy más módon bárki felhasználhatja bármilyen törvényes célra. A munka legyen elérhető a Creative Commons CC0 közkincs elkötelezettség. Katalógusa

Forrás: Fogarty International Center és a Nemzeti Rákkutató Intézet (5R01TW007894) támogatott ebben a vizsgálatban. A tanulmány és a résztvevők is kaptak támogatást, és ösztöndíjak a következő brazil ügynökségek: Brazil Nemzeti Kutatási Tanács, az Oktatási Minisztérium, az Egészségügyi Minisztérium (PNPD-Saúde Program), és a Minas Gerais állam Reaearch Ügynökség. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák egyik leghalálosabb ráktípus, amely körülbelül 800.000 haláleset évente, de előfordulása jelentősen változik világszerte [1]. A legmagasabb előfordulási gyomorrák figyelhető meg Kelet-Ázsiában, Kelet-Európában, valamint az Andok régió Dél-Amerikában. Valóban, a perui lakosság gyomorrák a második helyen körében gyakoribb a férfiak és a nők között a harmadik (22,6 és 20 esetben 100.000 hímek és nőstények esetében), hogy a rák típusától a legmagasabb halálozási arány. Ehhez képest az előfordulási gyakorisága a gyomorrák Peru körülbelül ötször magasabb, mint az Egyesült Államokban, és kétszer a megfigyelt Brazíliában [1]. Katalógusa

Recavarren-Arce et al. és Correa javasolt progresszió modell fejlesztésének bél típusú gyomor adenokarcinóma, amely áll egy átmenet felszínes gastritis a metaplázia a diszplázia, és végül, gyomor adenokarcinóma [2], [3]. A számtalan társadalmi-gazdasági, környezeti és étrendi tényezők befolyásolja ezt a progresszió és az egyén kockázatát végül fejlődő gyomorrák. A krónikus fertőzés a gyomor baktérium által Helicobacter pylori
ami krónikus gyulladás egy jelentős tulajdonítható kockázati tényező [4], bár kevesebb, mint 2% -a H. pylori katalógusa fuvarozók kialakítani gyomorrák [5]. Helicobacter pylori
diverzitás is befolyásolja a kockázatot a fogadó gyomorrák, és a jelenléte a bakteriális virulencia faktor CAG + egyike a legfontosabb kockázati tényezők. Bár ez a virulencia faktor gyakorisággal -60% az európai és az amerikai népesség, azt eléri több mint 90%, a perui népesség [6]. Továbbá, bár indián egyének elszigetelt populációban a fertőzött többnyire natív törzsek, amelyek hasonlítanak az ázsiai törzsek miatt a pleisztocén ázsiai eredetét az amerikai őslakosok, élő személyek közepes és nagy városi központok, akkor is, ha esetleg van egy domináns indián származású, fertőzött nagyrészt európai vagy hibrid törzsek hozta az amerikai után a 15. században. Ezek a törzsek már nagyrészt felváltotta kevésbé virulens vagy erőteljesen őshonos törzsek [7], [8]. Katalógusa

A szegénység is korrelál gyomor adenokarcinóma [9], és bár emelt fogyasztása feldolgozott vagy füstölt étel és a só kockázati tényezők, a gyakori beszívott friss gyümölcsök és zöldségek védő [10], [11], [12], [13]. Az emberi genetikai változatosság is fontos [14]. A megfigyelt különbségek előfordulásának gyomorrák világszerte lehet a környezeti tényezők okozzák, vagy a jelenléte fogékonyság genetikai variánsok, amelyek gyakrabban fordulnak elő lakosság nagy a betegség előfordulását, de az azonosításra és a diszkrimináció ezen tényezők kihívást jelent. Bár az általános fogékonyság genetikai variánsok azonosították az európai és a kínai lakosság is teljes genomot és a jelölt gén asszociációs vizsgálatokat a gének, mint például a PLCE katalógusa [15], IL1B katalógusa [14], IL8 katalógusa [16], [17], [18], IL1RN katalógusa [19], és PTGS2 katalógusa [20], ezek a változatok venni egy kis része a genetikai variancia társított szórványos gyomorrákban. katalógusa

Peru, a magas előfordulási gyomorrák, a legnagyobb indián lakosság Dél-Amerikában [21] és a nagy városokban, mint Lima lakta emberek besorolt ​​mesztic ( azaz egyének keveredés a afrikaiak, európaiak és a bennszülött amerikaiak). Ha van egy ember genetikai alapja a magas előfordulási gyomorrák az Andok régióban, várjuk a bekevert lakosság Lima megtelepedését genetikai variánsok számviteli ezt a magas előfordulási, és ha ezek a változatok gyakoribbak voltak az indián genetikai háttere E népesség lenne lehetséges, hogy a genom-szintű stratégia keveredési feltérképezése felfedezni ezen változatok. Adalékszer mapping vizsgálatok nemrég segített azonosítani variánsok prosztatarákkal összefüggő [22], az afrikai-amerikai népesség, de ez a megközelítés még nem teljes körűen alkalmazzák a latin-amerikai vagy latin /spanyol amerikai lakosság. Ebben az összefüggésben, a célok az eset-kontroll genetikai asszociációs vizsgálat: (i), hogy értékelje az etnikai összetétel és a hozzá kapcsolódó genetikai szerkezete betege nagy kórházak Lima; (Ii) annak ellenőrzésére, hogy az egyes indián, európai és az afrikai ôstôl kockázati tényezője gyomorrák, kontrollálva a hatás nem genetikai tényezők (azaz a társadalmi-gazdasági, táplálkozási és klinikai). Társadalmi-gazdasági, táplálkozási, és a klinikai adatokat gyűjtöttünk minden résztvevő a tanulmányi és származású alapján becsültük 103 származású informatív markert (célok). Megállapítottuk, hogy a magasabb indián egyéni származású társul gyomorrák, de a társadalmi-gazdasági tényezők, amelyek mind a gyomorrák és etnikai venni az egyesület. Annak ellenére, hogy a magas előfordulási gyomorrák között Peruvians döntően indián származású, eredményeink nem mutatnak egyértelmű genetikai alapja ez az ellentmondás az előfordulás. Sokkal inkább arra utalnak, hogy meghatározó szerepet az etnikai-asszociált társadalmi-gazdasági és humán ökológiai tényezők felszámolását, az egészségügyi szolgáltatásokhoz való hozzáférés. Katalógusa

Eredmények katalógusa

felvett egyének részt Gastroenterology osztályok és előírt endoszkópia három nagy kórházak Lima (táblázat S1). Esetekben felnőttek voltak előterjesztett endoszkópia, és akiknek a biopsziát megerősített pozitív gyomorrák által kórszövettani vizsgálatok. A kontroll csoport tagjai egyéneket, akiknek a biopsziák negatívak voltak gyomorrák. Egyének intestinalis metaplasia (n = 46) kontrollként az a feltételezés, hogy az ilyen típusú metaplasia nem növeli a kialakulásának kockázatát gyomorrák [23], [24], [25]. Katalógusa

Mi használt validált készlet 103 AIMs [26] becslése indián, európai és indián egyes leszármazási mindegyik 241 gyomorrák esetek és kontrollok 300 toborzott ebben a vizsgálatban. A főkomponens analízis (PCA, 1. ábra) az egyes genotípusok a perui minták (beleértve a 296 indiánok), az európai, afrikai és mexikói egyének HapMap-III azt mutatja, hogy a célokat használt tesz különbséget az afrikai, európai és perui Native American szülői populáció, és hogy a bekevert mexikóiak (rezidens Los Angeles) és a perui gyomor esetek és a kontrollok részt Lima kórházak kerülnek az európaiak és a bennszülött amerikaiak. Sőt, perui gyomor esetek és a kontrollok viszonylag közelebb van a perui indián szülői populáció. Bár a városi lakosság Lima minősül mesztic (azaz jellemzően összekeverjük), a vizsgált csoport itt mutatott egy nagyon nagy indián származású (78,4% az esetek 74,6% a kontroll, Box az 1. ábrán), az alacsony afrikai származású (< 5%, ábra S1). Érdekes, van egy pozitív összefüggést a indián származású és gyomorrák (logisztikus regresszió, OR = 3,69, 95% CI az OR: 1,34-10,09, p = 0,011, R2 = 0,016), és ennek következtében a negatív összefüggés az európai származású .

ahogy az várható volt, a változók, amelyek proxy szegénység (alacsony iskolai végzettségűek, otthon minőségi jellemzők, mint például az alacsony minőségű anyagok hiánya, a jó készülékek, és a rossz higiéniai körülmények között) járt együtt gyomorrák (táblázat 1). Emellett egyes emésztési kapcsolatos tünetek, mint égő (p < 0,0001), émelygés (p < 0,0001), hányás (p < 0,0001), és nehézség (p < 0,0001) volt gyakoribb azokban az esetekben, mint a kontroll csoportban, de ezek a tünetek valószínűleg következtében a betegség (1. táblázat). A változó kor nem normál eloszlást (p < 0,01, Kolmogorov-Smirnov teszt), felező (és eltérés interquartilis) az ellenőrzéseket és esetek 61 (szórás (SD): 21) és 65 (SD: 25) év volt ( p = 0,042, Mann-Whitney teszt); ezért ezt a változót úgy tekintették, mint kovariáns további logisztikus regressziós analízissel. katalógusa

szintetizált széles, nem-genetikai változók összegyűjtött esetek és a kontrollok többváltozós faktoranalízis, hogy dimenzióját csökkentsük ezeknek 43 nem genetikai változók készítse el a korreláció közöttük (1. táblázat és táblázat S2). Érdekes, hogy az első faktor (16,38% a teljes variancia) uralja társadalmi-gazdasági változókat, de tartalmaz egy részhalmaza korrelált táplálkozási változók, a magasabb értékek az megfelelő tényező gazdagabb körülmények között. A második tényező (5,95% a teljes variancia) tartalmaz részhalmazát társadalmi-gazdasági és táplálkozási változók, valamint a panaszok, például fájdalom. A harmadik tényező (5,26% a teljes variancia) uralja emésztési összefüggő tüneteket. Használtuk az egyes koordinátákat mindhárom tényező a szintetikusan képviseli az eredeti sor 43 változókat. Mind az első "társadalmi-gazdasági" tényező, és a második tényező van társítva gyomorrák (OR = 0,68, p = 0,0002 és OR = 0,7, p = 0,0008-kal), hasonlóképpen etnikai (p = 0,02 és p = 0,00003 -kal, ahol magasabb értékei tényező megfelelnek jobb társadalmi-gazdasági körülmények között). A harmadik "emésztési tünetek" faktor a gyomorrák (OR = 2,16, p < 0,0001). Katalógusa

A megfigyelt közötti kapcsolat indián származású és gyomorrák miatt lehet, hogy a hatás zavaró társadalmi-gazdasági vagy táplálkozási változók egyaránt jár a gyomorrák és a származás. Köztudott, hogy a magas indián vagy afrikai származású társul szegénység számos populációk az amerikai kontinensen (lásd még a [27]). Következetesen, azt tapasztaltuk, hogy indián származású társított változók, amelyek szegénységi mutatók (melyek ugyancsak a gyomorrák), valamint ezek szintetikus "társadalmi-gazdasági" első tényező a többváltozós elemzés (1. táblázat). Amikor ellenőrzött minden magyarázó változót (azaz a három tényező a többváltozós elemzés és az életkor), a szövetség között gyomorrák és indián származású nem állnak fenn (OR = 1,28, 95% CI az OR: 0,37-4,47, p = 0,69). Hasonlóképpen, amikor külön-külön szabályozható a hatás társadalmi-gazdasági körülmények között (az első tényező a többváltozós analízis), vagy az életkor, a szövetség között gyomorrák és indián származású is, nem állnak fenn (OR = 2,58, 95% CI a OR: 0,83 -8,07-es faktor 1 és OR = 1,01, 95% CI az OR: 0,99-1,02 kor). katalógusa

Vita katalógusa

végeztünk eset-kontroll vizsgálatot a városi összekeverve lakosság Lima (Peru) és megállapította, hogy indián egyéni származású társul gyomorrákban. Azonban ez a szövetség úgy tűnik elsősorban annak köszönhető, hogy az egyesület a társadalmi-gazdasági változók mind a gyomorrák és indián származású. Következetesen, bár az egyesület a származás és a gyomorrák szignifikáns (p = 0,011), származás csak azt magyarázza 1,6% variancia betegség állapotát. Ha nem genetikai kovariánsoknak tartalmazza, együttes hatásuk felmenői magyarázza 22,3% a variancia betegség állapotát. Ezért a magas előfordulási gyomorrák Peru [1], [28] nem úgy tűnik, hogy jelenléte miatt a közös fogékonyság genetikai variánsok sokkal gyakoribb a bennszülött amerikai populációk, hanem inkább kombinációja társadalmi-gazdasági tényezők jelen ebben a populációban . Azonban további vizsgálatok nagyobb mintanagyság van szükség, hogy vizsgálja meg ezt a megfigyelést, hiszen a teljesítmény kimutatására származású genetikai hatásokat korlátozott volt a jelenlegi vizsgálatban. Ez az eredmény összhangban van a relatív csökkenése a gyomorrák előfordulása az Egyesült Államokban az elmúlt évtizedek során a javítására társadalmi-gazdasági körülmények között [29]. Katalógusa

pontossága származású becslések függ számos kérdésben. Az első az a szám és a természet a markerek becsléséhez használt keverékben. A 103 AIMs ebben a vizsgálatban használt tartalmaz elegendő információt, hogy készítsen elfogadható adalék becslések [26], [30]. Galanter et al. azt is kimutatta, hogy a testület a több mint 88 AIMs tartalmaz elegendő információt megbecsülni az egyes összekeverve pontosság [31]. A második átható módszertani kérdés becslésekor adalékszer nehéz származó adatok felhasználásával a legreprezentatívabb szülői afrikai, európai és indián lakosság az összekevert csoport. Ebben az esetben mi benne proxy a szülői populációk európai és az afrikai egyének a HapMap projekt és egy sor perui indiánok a perui Andokban és a szomszédos keleti területeken. Bár ez a választás nem lesz optimális, 103 SNP használt, hogy a célok, mérsékli ezt a kérdést, mert a frekvenciák nagyon eltérő a szülői etnikai csoportok és nagyon homogén bennük. [26] Így a használatát markerek ezekkel a jellemzőkkel teszi Eredményeink robusztus a választott szuboptimális szülői populációkban. Harmadszor, a különböző módszerekkel megbecsülni az egyes adalékok ezektől némileg eltérő eredményeket még kiindulva azonos adatok. Annak tesztelésére, mennyire érzékenyek az adalékszer eredmények tekintetében a keveredés becslési módszerek, mi ismételni az adatot az alternatív maximum-likelihood megközelítések által javasolt Tang et al. [32], és végre a szoftver frappé, és a módszer Alexander et al. végre a szoftver elegy v. 1.2 [33]. A három módszer készített erősen korrelál eredmények (ábra S2) és ugyanazt a mintát kapcsolhatják gyomorrák (nem közölt adatok). Katalógusa

perui született személy vidéken több indián származású, mint az átlagos do lakosok nagy városi központok (1. táblázat). Egy eset-kontroll vizsgálat, az esetek gyakran olyan egyének több indián származású, mert említett kis vidéki egészségügyi központok nagy városi kórházak kerülnek jobb az egészségügyi ellátás. Ez a felkérés minta kevésbé van hatással a kontroll, így létrehozhat egy hamis szövetség indián származású a betegség. Azonban rögzített születési helyeket minden vizsgálatban résztvevők, és ezáltal szabályozva a potenciális zavaró tényező: ha szerepel a születési hely (Lima vs. vidék), mint kovariáns a logisztikus regresszió, az egyesület indián származású és gyomorrák kitartott, bár kisebb szignifikancia (p = 0,05 vs. p = 0,011). Arra a következtetésre jutottunk, hogy a szövetség között gyomorrák és a származás nem egy műalkotás áttétel vidék egyének nagy indián származású vizsgálatunk számára kórházak. Ez az eredmény hangsúlyozza a összegyűjtése szülőföldje és tartózkodási adatok genetikai asszociációs vizsgálatok betegségekkel Latin-Amerikában, és más régiókban, ahol a legtöbb európai gyarmatosítás és keveredés történt a városokban, és több őshonos egyének túlsúlyban a vidéki területeken, mint például a Melanézia és Dél-Afrika .

Ebben a tanulmányban a kontroll csoportba egyének intestinalis metaplasia (n = 46), feltételezve, hogy ez nem növeli a kialakulásának kockázatát gyomorrák [23], [24], [25]. Ez a feltételezés azonban nem általánosan elfogadott [34]. Amikor alternatívaként feltételezzük három sorrendi kategória betegségek kockázatának (azaz az egyének nélkül intestinalis metaplasia, intestinalis metaplasia, és gyomorrák), ez a progresszió, értékelte ordinális logisztikus regresszió is társult indián származású (OR = 2,83, 95 % CI az OR: 1,10-7,29, p = 0,031), de a lényeg, ez a szövetség nem múlnak el az ellenőrzött valamennyi kovariánsoknak (tényező 1, 2, és 3 éves kor) (OR = 1,08, 95% CI a VAGY : 0,35-3,34, p = 0,897). Így eredményeink nem függ a felvétele intestinalis metaplasia egyének kontrollként. Katalógusa

Egy kérdés a mi kísérleti tervezés, hogy az ellenőrzések választottunk tüneteket mutató egyének részt gasztroenterológiai szolgáltatás, átesett az endoszkópos és többségük a gyomor elváltozás: 6 szövettanilag normális gyomor nyálkahártya, a 248 gyomorhurut, valamint a 46 metaplasia. Vitatható, hogy az optimális szabályozás állna csupán az egyén normális gyomor nyálkahártyáját. Azonban csak az endoszkópos lehetséges pontosan megállapítani hiányában gyomor sérülések, és a teljesítő endoszkópia kutatási célokra, nem motiválta gyomor összefüggő tüneteket már nem etikailag elfogadható. Másrészt, a kontrollként egyének a lakosság, akiknél nem volt endoszkópia nem feltétlenül jobb választás, mivel ez a stratégia volna benne kontrollként egyének észrevétlen gyomorhurut [35] és más hasonló elváltozások. Ezért úgy gondoljuk, hogy a mi ellenőrzések a jobb működési választás ez a tanulmány, mert az egyének részt azonos gasztroenterológiai szolgáltatások az esetekben, mivel azok átestek endoszkópia, mi pontosan ismerje a saját gyomor nyálkahártyáját. Továbbá, Latin-Amerikában van egy jelentős népesség száma rétegződés miatt a társadalmi-gazdasági szinten, és származás, amelyek korrelálnak a nagy városi központok Latin-Amerikában (amellett, hogy ez a tanulmány, lásd Avena et al. 2012-ben [30] egy példa Buenos Aires és Campbell et al. 2012-ben [27]). Kiválasztásával kontrollok között kísérők az ugyanabban a kórházban, mint az esetekben azt enyhíteni ezt a többi potenciális népesség rétegződés közötti esetek és a kontrollok. Katalógusa

Ebben a tanulmányban azt jelenti, meglepően nagy indián származású (> 74%), mind az ellenőrzések és esetekben részt az állami kórházak a most kozmopolita város, Lima, a nemzeti tőke, amely szintén a fővárosban a spanyol alkirályság Peru öt évszázadon és ezért, a központ a spanyol gyarmati hatalom. Nagyvárosok Ecuador, Peru, Bolívia és Argentína északi befogadó lakosság, akiknek szokásos kulturális azonosítás mesztic katalógusa valószínűleg figyelmen kívül hagyja a nagy indián genetikai háttérrel. Ezek a városi lakosság gyakran bevándorlók laknak a vidéki területeken. Eredményeink arra utalnak, hogy a nagyvárosok Nyugat Dél-Amerika fogadó emberek milliói a túlnyomórészt amerikai indián genetikai háttérrel. Kortárs nemzetközi Dél-to-North migrálás dél-amerikai városokban az Andok régióban is terjed a genetikai hátterének indiánok világszerte, és várható, hogy a közel egy millió amerikai bevándorlók érkező andoki országok [36], hogy magas szintű indián háttérben. Nem lenne meglepő, ha ezek a populációk, besorolása "Hispano /Latino" az Egyesült Államokban, már több indián származású, mint az amerikai egyének minősülő indián. Katalógusa

Összefoglalva, azt mutatta, hogy a városi lakosság összekeverve Lima, indián származású egyén társul gyomorrák, de ez magyarázható az egyesület a társadalmi-gazdasági változók mind a gyomorrák és indián származású. Annak ellenére, hogy a magas előfordulási gyomorrák, a perui lakosság nagyon nagy indián származású, mi az eredmény azt mutatja, hogy ez a járványügyi megfigyelés nem hivatkozhat a genetikai alapja, ami arra utal, meghatározó szerepet a társadalmi-gazdasági tényezők felszámolását, az egészségügyi szolgáltatásokhoz való hozzáférés. Mi jelentés meglepően nagy indián származású (> 74%) az egyének részt kórházak a most kozmopolita város, Lima. Mivel a bennszülött amerikaiak egy elhanyagolt csoport genomikai vizsgálatok azt sugallják, hogy a lakosság a Lima és más nagyvárosokban a nyugati Dél-Amerikában lehet kényelmes célpontjai epidemiológiai vizsgálatok középpontjában indián lakosság. Törekvés a sugárúton a kutatás később nagyobb tanulmányok kezd felzárkózni [37] a genetikai vizsgálatok és azok lehetséges előnyeivel az európai egyének és a más általában kevésbé szolgálják populációk. Katalógusa

Anyagok és módszerek

Témák katalógusa

Erre a tanulmányban eredetileg felvett 576 számú résztvevő Gastroenterology osztályok az alábbi három kórház Lima, 2006 és 2009 között: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (mind az állami irányítású), és a rák szakosodott Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Minden résztvevő válaszolt egy kérdőívet rekord kora, neme, születési helye és a lakóhely, valamint egyéb társadalmi-gazdasági, táplálkozási, és a klinikai adatokat (1. táblázat). Esetekben felnőttek voltak előterjesztett endoszkópia, és akiknek a biopsziát megerősített pozitív gyomorrák által kórszövettani vizsgálata. A kontroll csoport tagjai szintén felnőtt egyedek előterjesztett endoszkópia, de akinek biopszia eredménye negatív gyomorrák. Egyének premalignus sérülések, mint például diszplázia (n = 3), vagy jelenlétében gyomor tumorok eltérő gyomorrák (n = 16) kizártuk a vizsgálatból. Egyének intestinalis metaplasia (n = 46) kontrollként (lásd Vita). A végső alanyok száma tekinteni, hogy teszteljék a szövetség vizsgálat 241 gyomorrákos esetek és 300 kontroll. Katalógusa

Azt is begyűjtött mintákat 296 indián, akik arra használták a szülői populáció becslésére származását a gyomorrák esetek és ellenőrzések. Ezek közé tartozik a 23 gazdálkodók Pichacani (Puno) tartozó uralkodó Andok kecsua etnikai csoport, valamint a 87. és a 186. Shimaa Ashaninka a Matsiguenga népcsoport telepedett között az Andok és Amazónia. Minden gyomorrák esetek és a kontrollok és a bennszülött amerikaiak, mi extraháljuk genomiális DNS-fenol-chlorophorm által leírt módszerrel Sambrook és mtsai. módosításokkal, illetve a Gentra Puregene vér (Qiagen, USA) [38]. Ezt a vizsgálatot jóvá IRBs az Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins University, Universidade Federal de Minas Gerais, Kórház Arzobispo Loayza, Kórház Dos de Mayo és az Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Minden résztvevő a vizsgálat írásos beleegyezését adta. Katalógusa

Könyv informatív markert (célok) és genotípus-katalógusa

Ahhoz, hogy megbecsüljük etnikai mind a vizsgálati alanyok, mi genotipizálását 106 SNP-k tájékoztató az afrikai, európai és indián származású. [26] A genotipizálást a Biomedical Genomikai Központ a Gyermekkórház Oakland Kutató Intézet (University of Minnesota, MN, USA), a Sequenom Iplex platform (San Diego, CA, USA). Röviden, ez alapján egy alléi-specifikus primer kiterjesztés követ elválasztása alternatív allélek tömegspektrometriával. A genotípus-résztvevő négy multiplex vizsgálatokban három tartalmazó 26 SNP-k és az egyik átmegy az 28 SNP. Mielőtt genotípus DNS-mintákat ment Minőségellenőrző (QC) eljárást, amelyet a következők voltak: (1) egy nem-allél kvantitatív PCR analízis, amely méri a mennyiséget PCR-amplifikálható DNS és (2) végpontjának olvasás egy Taqman SNP genotipizálás assay (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, USA), hogy amellett, hogy egy második értékelést a képességét, PCR-amplifikálására egyes minta egy érzékeny indikátora a minta-To-minta kereszt-szennyeződés. Miután eltávolítottuk a SNP rs30125 és rs888861, amely azt mutatta, a hívás aránya < 95%, az átlagos hívás aránya az SNP-k 99,7% volt. A 106 markerek, 104 erőteljesen generált hívás aránya legalább 95% a minták, de az SNP rs2592888 nincsenek genotípusok nyilvánosan hozzáférhető a HapMap populációk és az SNP-t kizártuk a további elemzésekhez. Így szoktuk genotípusok 103 SNP megbecsülni keverékben (lásd S3 teljes listája, azok allélgyakoriságokat a vizsgálati csoportokban). Katalógusa

Könyv becslése katalógusa

becsült egyes ősök a következő három szülői csoportok tagjai független személyek: (1) nyugat-afrikai joruba Nigéria (YRI - 118 egyének a HapMap II /III projekt); (2) Utah egyének európai származású rendelkezésre a Centre d'Etude du Polymorphisme Humain- katalógusa CEPH gyűjtemény (CEU - 60 egyének a HapMap II Project) és (3) 296 perui indiánok által összegyűjtött csoport . A genotípusok afrikaiak és az európaiak nyerték az állami HapMap adatbázis [39], míg az indiánok genotipizálása ebben a vizsgálatban. Katalógusa

becsült egyéni származású és 90% hitelességét intervallum módszerrel végrehajtott A program felépítése 2.3.3 [40], [41]. Belefér Bayes valószínűségi modell a népesség szerkezetét és összekeverve egy Markov Chain Monte Carlo (MCMC) eljárás, becslésére hozzájárulása K szülői populációk genomjának egyének a bekevert lakosság. Azt feltételeztük, hogy a HapMap YRI és a CEU és a mi indián minták reprezentatívak a szülői lakosság és a gyomorrák esetek és a kontrollok Lima elkeverjük egyének. Ehhez adathalmaz, minden struktúra futás volt 50.000 burn-es lépésekben, majd 250.000 MCMC lépéseket, és háromszor megismételjük, hogy ellenőrzi a megbízhatóságát az eredményeket. Ez a hossz a futás és az ellenőrzési eljárás kizárja a nemkívánatos hiánya konvergencia a Markov láncok, ami történik, ha az eljárást nem megfelelően vizsgálja a tér modell paramétereit. Minden futtatást végeztünk feltételezve három klaszter (K ​​= 3), lambda állítottuk be 1,0 és α paraméterek becsült mindhárom klaszter, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 és nem használtuk a priori információt az egyének szülői populációk, hogy segítse a csoportosítás (USEPOPINFO = 0). katalógusa

a statisztikai elemzés katalógusa

képviselik a genetikai szerkezetét a minták keretében szülői népesség sokfélesége, elvégeztük a főkomponens analízis (PCA) az egyes genotípusok (1. ábra), ahogyan az az szoftver Adegenet és Ade4 K környezet [42], [43]. Azt is használják Ade4 alkalmazni csoportosítási eljárást, amely alapján a PCA kétdimenziós ábrázolása egyének és a népesség súlypontja, tervezése kétdimenziós ellipszis szóródási. Amellett, hogy a nem, az életkor és az önértékelés alapján etnikai, széles sor társadalmi-gazdasági, táplálkozási, és a klinikai adatokat gyűjtöttek többek között a polgári állapot, születési hely, az oktatás szintje, háztartási körülmények között, az étkezési szokások, gyakorisága a gyümölcs, zöldség, hús, baromfi, infúziók, valamint gyomor összefüggő tüneteket. Ezt az információt a szervezett bináris, ordinális, vagy kategorikus változók táblázatban részletezett S4). Azt kizárt változók, hogy több volt, mint 10% hiányzó adatokat, és egy utolsó 43 változókat vontunk be későbbi elemzések. Hogy dimenzióját csökkentsük ennek a személyes, társadalmi-gazdasági, táplálkozási és klinikai nem genetikai változók végeztünk többváltozós faktor elemzések felhasználásával Statisztikai Csomag a Társadalomtudományi (SPSS) szoftver (SPSS 19 for Windows, SPSS Inc., Chicago, IL , USA). A faktoranalízis szintetizálja a szórás az eredeti változókkal egy meghatározott kisebb számú transzformált változó (esetünkben 3), az úgynevezett tényezők. Minden tényező rögzíti korrelált információt az eredeti adatbázisba, de a tényezők korrelálatlanok köztük [44]. Katalógusa

A teszt a szövetség között ezek a nem genetikai változók vagy képviseletet nyert többváltozós faktor elemzések gyomorrák (bináris

• PLoS One: Nagy γ-sugárzás érzékenység társul kiszélesedett Gyomor rák kockázatát a kínai Han Népesség: A Case-Control Analysis
• PLoS One: A meta-analízis interleukin-10 -592 promoter polimorfizmus társult gyomorkarcinóma Risk