Предварительная обработка ферментами дает очень точную картину кожных бактерий.

Здоровая кожа имеет бактериальный щит для защиты от микробов:микробиом. Ранее считалось, что эту сложную совокупность микроорганизмов трудно расшифровать. Группе исследователей удалось использовать фермент бензоназу для идентификации живых бактерий в мазках с кожи путем секвенирования. Их метод открывает новые возможности диагностики и лечения в дерматологии.

При многих кожных заболеваниях, таких как атопический дерматит и акне, бактериальный слой, защищающий кожу, поврежден.

<цитата>

Наша цель - узнать, какую роль в возникновении таких заболеваний играют различные кожные бактерии ».

Д-р Мартин Кёберле, Заведующий лабораторией дерматоинфектологии, Klinikum Rechts der Isar Технического университета Мюнхена (TUM)

Предыдущие попытки дерматологов исследовать подробный состав микробиома натолкнулись на препятствия. Причина:в обычных культурах, выращенных на чашках с агаром, не все бактерии одинаково хорошо развиваются и размножаются. Как результат, некоторые медленнорастущие виды можно полностью не заметить. Недостатком новейших генетических аналитических методов является захват большого количества последовательностей ДНК из клеток кожи и фрагментов мертвых бактерий. Это снижает информативность результатов.

Отделение генетической пшеницы от плевел

Доктор Кёберле и биолог доктор Ясин Амар, оба являются частью команды профессора Бидерманна в клинике и поликлинике дерматологии и аллергологии ТУМ, разработали метод удаления ДНК нецелевых видов в сотрудничестве с международным, междисциплинарная команда. Они использовали особую характеристику фермента бензоназы. Он разрушает нуклеотидные цепи, несущие наследственную информацию во всех живых существах, разбивая их на короткие фрагменты. Только живые бактерии, ДНК которых защищена внешней клеточной стенкой, избегают разрушения ферментом.

Бензоназа использовалась некоторое время, например, для очистки белков:ферменты расщепляют все чужеродные фрагменты ДНК и РНК. Затем их можно удалить в центрифуге, оставив белки позади. Отбор кожных бактерий осуществляется по тому же принципу:генетический материал из клеток кожи или мертвых бактерий расщепляется ферментом и затем может быть отделен от образца. Оставшиеся бактерии можно уничтожить механически, разрешение исследования их ДНК.

"Наши эксперименты показали, что, с помощью этого метода, мы действительно можем полностью удалить нецелевую ДНК и выбрать микробиом кожи, "- говорит руководитель проекта Ясин Амар. В лаборатории он сначала изучал искусственные образцы, содержащие смесь человеческих клеток, мертвых и живых бактерий, созданные с использованием строгого протокола и предварительно обработанные бензоназой." Затем использованный процесс - известный как секвенирование 16S - дал высокоточная картина состава интактных бактерий, "- говорит исследователь. Анализ реальных мазков с кожи был столь же успешным:в образцах не было обнаружено остаточной ДНК от мертвых бактерий.

Доктор Кёберле уверен, что этот подход также будет играть ключевую роль в будущих исследованиях:«Отбор живых кожных бактерий на основе ферментов может помочь нам найти микробные биомаркеры для определенных дерматологических заболеваний, а также идентифицировать бактерии, которые оказывают положительное влияние. по течению болезни. Возможно, когда-нибудь они будут использованы в лечении ». Новый метод анализа микробиома уже используется во многих когортных исследованиях кожных заболеваний в клинике и дерматологической поликлинике ТУМ.

• Система наблюдения за сточными водами Калифорнийского университета в Сан-Диего позволяет раннее обнаружива…
• Mount Sinai выделила более 4 миллионов долларов на оценку скрининга анального рака у женщин из группы высокого рис…