Консорциум под руководством GW получил 2,2 миллиона долларов от FDA для проекта спецификации биокомпьютерных объектов

Консорциуму, возглавляемому Университетом Джорджа Вашингтона (GW), было возмещено финансирование их проекта спецификации объекта BioCompute, благодаря 2,2 миллиона долларов, пятилетний грант от Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA). Проект спецификации объекта BioCompute, который был запущен осенью 2017 года, предоставляет столь необходимые стандарты для передачи вычислений высокопроизводительного секвенирования (HTS) и анализа данных, известные как объекты BioCompute (BCO).

Этот проект, реализуемый сообществом, направлен на оптимизацию обмена данными и рабочими процессами между FDA, исследователи, Фармацевтические компании, и разработчики технологий биоинформатики. За последние несколько лет консорциум организовывал регулярные открытые встречи, включая ежегодный семинар, позволяющий участникам расширяться, уточнить, и приоритизировать потребность в стандартной отчетности, а также обсудить свои собственные требования к стандарту, специфичные для заинтересованных сторон. После этих мастер-классов Документ спецификации объекта BioCompute был опубликован - один в 2017 году и еще один обновленный документ в 2018 году - для распространения передовых практик. В консорциум под руководством GW входят эксперты DNAnexus, Галактический проект, Семь мостов, и более.

<цитата>

Чтобы способствовать развитию персонализированной медицины, нам нужно найти лучший способ сравнения и использования геномных данных, которые могли бы дать представление о раке, происхождение динамика микробиома, метагеномика и более. Вот тут-то и приходит на помощь проект спецификации объектов BioCompute ".

Раджа Мазумдер, Кандидат наук, главный исследователь проекта и профессор биохимии и молекулярной медицины в Школе медицины и медицинских наук GW

Стандарт в настоящее время проходит оценку Ассоциации стандартов Института инженеров по электротехнике и электронике, чтобы стать официально признанным стандартом. Поскольку установление и поддержание стандартов HTS для проверки данных, вычисления и функциональная совместимость имеют решающее значение для регулирующей миссии FDA, консорциум стремится создать сопутствующую базу данных (BioComputeDB). Это будет включать в себя разработку механизмов передачи BCO, обновления технической документации, и проведение регулярных информационных сессий для персонала FDA по созданию и использованию BCO.

"Я думаю, что предлагаемая нами база данных и механизм для передачи BCO могут упростить процесс подачи заявок, "сказал Джонатон Кини, Кандидат наук, со-исследователь проекта и доцент кафедры биохимии и молекулярной медицины в Школе медицины и медицинских наук GW. «Мы планируем очень тесно сотрудничать с персоналом FDA, чтобы убедиться, что проект поддерживает их миссию, и что он также отвечает потребностям других членов сообщества ".

Проект BioCompute также координировал вызов "App-a-thon" на платформе PrecisionFDA, который привлек сообщество биоинформатики к созданию BCO и связанных с ними приложений, а также недавно запустила государственно-частное партнерство, которое будет способствовать дальнейшему развитию инструментов и обратной связи, и расширит охват проекта, включив в него больше групп из разных областей.

• Новая виртуальная биопсия позволяет врачам точно диагностировать кисты поджелудочной железы.
• Капли, содержащие определенный пробиотический штамм, могут уменьшить колики у младенцев.