PLoS ONE: Genetische Variation in der 3-untranslatierte Region des NBN Gene ist im Zusammenhang mit Magenkrebsrisiko in einem chinesischen Bevölkerung

Abstrakt

NBN
eine entscheidende Rolle bei der Krebsentstehung als Kernkomponente für beide homologe Rekombination (HR) spielt und nicht-homologe Ende-Verbindung (NHEJ) DNA-Doppelstrangbrüchen ( DSBs) Reparaturwege. Genetische Varianten in der NBN
Gen haben mit mehreren Krebsrisiko verbunden, pleiotrope Wirkung auf Krebs hindeutet. Wir vermuten, dass genetische Varianten in der NBN
Gen kann das Risiko von Magenkrebs zu ändern. Um diese Hypothese zu testen, haben wir bewertet die Assoziation zwischen vier potenziell funktionelle single nucleotide polymorphisms in NBN
und Magenkrebsrisiko in einer Fall-Kontroll-Studie von 1.140 Magenkrebs Fällen und 1547 Kontrollen in einem chinesischen Bevölkerung. Wir fanden, dass das A-Allel von rs10464867 (G > A) war signifikant mit einem verringerten Risiko von Magenkrebs assoziiert (Odds Ratio [OR] = 0,81, 95% Konfidenzintervall [95% CI] = 0,71 bis 0,94; P
= 4,71 x 10 ^{-3). Darüber hinaus war deutlich die Zuordnung zwischen einem Allel rs10464867 und verringerten Risiko von Magenkrebs bei älteren Personen (pro-Allel OR = 0,72 [0,59 bis 0,88], P
= 1,07 x 10 -3 ) und männlichen Individuen (pro-Allel OR = 0,73 [0,62-0,87], P
= 3,68 x 10 -4). Wir haben ferner eine Analyse Haplotyp und festgestellt, dass die NBN
A _{rs10464867G rs14448G rs1063053 Haplotyp verliehen stärker schützende Wirkung auf Magenkrebs (OR = 0,76 [0,65-0,89], P
= 6,39 x 10 -4). Zusammenfassend zeigen diese Ergebnisse, dass genetische Varianten in NBN
Gen zu Magenkrebs Anfälligkeit beitragen können und unser Verständnis von NBN
Gen bei der Krebsentstehung fördern.}}

Citation : Sun P, Du J, Zhu X, Ren C, Xie L, Dai N, et al. (2015) Genetic Variation in der 3'-untranslatierten Region von NBN
Gene ist im Zusammenhang mit Magenkrebsrisiko in einem chinesischen Bevölkerung. PLoS ONE 10 (9): e0139059. doi: 10.1371 /journal.pone.0139059

Editor: Yifeng Zhou, Medical College der Soochow University, China

Empfangen: 30. Juni 2015; Akzeptiert: 7. September 2015; Veröffentlicht: 24. September 2015

Copyright: © 2015 Sun et al. Dies ist ein offener Zugang Artikel unter den Bedingungen der Lizenz Creative Commons, die uneingeschränkte Nutzung erlaubt, die Verteilung und Vervielfältigung in jedem Medium, sofern der Autor und Quelle gutgeschrieben

Datenverfügbarkeit: Alle Datensatz Dateien sind von der Dryade Datenbank zur Verfügung. (DOI: http://dx.doi.org/10.5061/dryad.0k0n5)

Finanzierung: 81230067, http://www.nsfc.gov.cn/, national Natural Science Foundation of China, HS; 81422042 und 81373090, http://www.nsfc.gov.cn/, National Natural Science Foundation of China, GJ; BK20130042, http://www.jstd.gov.cn/, Science and Technology Agency der Provinz Jiangsu, China, GJ; BL2012008, http://www.njkj.gov.cn/, Wissenschaft und Technik Ausschuss von Nanjing, China, HS; http://www.jiangsu.gov.cn/, Regierung der Provinz Jiangsu, China, HS; Science Foundation für Distinguished Junge Wissenschaftler in Jiangsu (BK20130042); Jiangsu Province Clinical Science and Technology Projects (Clinical Research Center, BL2012008); und Priorität Akademisches Programm für die Entwicklung der Jiangsu Hochschulen (Public Health und Präventivmedizin). Die Geldgeber hatten keine Rolle in Studiendesign, Datenerfassung und Analyse, Entscheidung oder Vorbereitung des Manuskripts zur Veröffentlichung

Konkurrierende Interessen:.. Die Autoren haben erklärt, dass keine Interessenkonflikte bestehen

Einführung

Magenkrebs ist die häufigste Verdauungssystem bösartigen Tumoren der Welt. China trägt den größten Magenkrebs Last der Welt. Es wird geschätzt, dass 42,6% neue Magenkrebsfälle und 45,0% Todesfälle in der Welt im Jahr 2012 in China aufgetreten waren [1]. Helicobacter pylori
(HP) Infektion ist das anerkannteste ätiologische Risikofaktor für Magenkrebs [2]. Diät- und Lebensgewohnheiten wie Tabakkonsum, Alkoholkonsum, Einnahme von gesalzen oder geräuchert Lebensmittel und niedrigen Verbrauch von frischen pflanzlichen Lebensmitteln waren Risikofaktoren für die Entwicklung von Magenkrebs [3]. Obwohl die Prävalenz von Helicobacter Pylori
(HP) Infektion hat eine hohe Prävalenz (40% bis 80%) in allgemeinen Bevölkerung, nur ein kleiner Teil der infizierten Personen wird Magenkrebs entwickeln, was darauf hindeutet, dass genetische Faktoren eine spielen wichtige Rolle bei der Entwicklung von Magenkrebs [4]. In den letzten zehn Jahren, genomweite Assoziationsstudien (GWAS) haben mehrere Magenkrebs Suszeptibilitätsloci identifiziert, einschließlich 1q22, 3q13.31, 5p13.1, 8q24.3 und 10q23 [4, 5, 6]. Allerdings konzentrieren sich GWAS häufig auf den Spitzensignalen, während die Signale mit relativ moderaten Signifikanzniveau übersehen werden kann. Gene-basierte Analyse-Strategie daher nach wie vor eine wichtige Rolle bei der Erforschung Anfälligkeit Krebs spielen können, vor allem für die Schlüsselgene in der Karzinogenese [7].

Genomische Instabilität ist ein wichtiges Kennzeichen von Krebs [8]. DNA-schädigende Mittel Exposition wie die Belastung durch Chemikalien, Virusinfektion usw. können genomische Integrität zerstören und führen letztendlich zu präkanzerösen Läsionen oder Krebs [9]. DNA-Doppelstrangbrüche (DSBs) ist fatal für die normale zelluläre Prozesse bedrohen und fehlerhafte DNA-DSBs Reparaturmechanismus Regelung kann die Entwicklung von Krebs fördern [10]. Noch interessanter ist, wurden DSBs häufig in H. pylori-infizierten menschlichen Zellen der Magenschleimhaut beobachtet [11]. NBN (NBS1) ist ein Kernprotein in beiden DNA-DSB-Reparatur-homologen Rekombination (HR) und nicht-homologe end-joining (NHEJ) -Weg beim Menschen. NBN kombinieren mit MRE11 und RAD50 eine MRN-Proteinkomplex bilden, die eine dynamische molekularen Maschine, die eine Schlüsselrolle in dem ersten Schritt der DNA-DSBs Reparatur sowohl der HR und NHEJ Weg über die Fehlererkennung oder Signaltransduktion spielen [12, 13] . Abnormal Ausdruck oder vollständigen Verlust der MRN-Komplex wurden in mehrere Krebsarten häufig beobachtet [14]. Basierend auf den obigen Beweise als Forscher, dass genetische Varianten in NBN auf subtile strukturelle Veränderungen von Proteinen bringen kann und folglich in nachteiliger Weise Krebsanfälligkeit beeinflussen [15-18]. In den letzten zehn Jahren einige NBN wurden
SNPs berichtet signifikant mit mehreren Krebsarten assoziiert. Von diesen bedeutenden Verbänden wurde rs1805794 erste in Blasenkrebs in Schweden Bevölkerung [19] beteiligt. Anschließend berichtet eine Reihe von Studien, dass rs1805794 auch mit mehreren anderen Krebs einschließlich Brustkrebs [20,21], Kopf- und Halskrebs [22], Prostatakrebs [23], Leberkrebs [24], Nierenzellkarzinom [25 verbunden war ], Basalzellkarzinom [26]. Darüber hinaus gab es noch andere vier SNPs in NBN
(rs1061302, rs1063054, rs2735383 und rs805794) waren signifikant mit Lungenkrebs berichtet [27, 28, 29] und eine (rs376639) wurde berichtet, deutlich zu sein im Zusammenhang mit Leukämie [30]. Diese Beweise legen nahe, gemeinsam eine pleiotrope Wirkung von NBN
SNPs auf mehrere Krebsarten. Es ist jedoch weitgehend unbekannt für die Wirkung von genetischen Varianten in NBN
auf Magenkrebs.

In dieser Studie die Hypothese aufgestellt, dass die genetischen Varianten in NBN kann
haben wichtige Implikation für Magenkrebs Anfälligkeit. Daher führten wir eine Fall-Kontroll-Studie den Zusammenhang zwischen vier potenziell funktionelle Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) in NBN
Gen und Magenkrebsrisiko mit 1.140 Magenkrebs Fällen und 1547 Kontrollen in einem chinesischen Bevölkerung zu untersuchen.

Materialien und Methoden

Studienfächer

Magenkrebs-Patienten in der aktuellen Studie fortlaufend von den Städten Yangzhong, Yixing, Yangzhou und Nanjing die zwischen Januar 2004 und Dezember 2011 in Jiangsu rekrutiert Provinz, Ost-China. Die Kontrollen wurden zufällig von gesunden Individuen von Community-basierten chronischen nicht-übertragbaren Krankheiten Screening-Programm durchgeführt, in Changzhou Stadt ausgewählt. Nach Zulassung Diagnose, die alle die Magenkrebsfälle wurden durch histopathologische Diagnose bestätigt. Darüber hinaus wurden die Patienten mit einer beliebigen bekannten Geschichte der Bösartigkeit oder angebracht wird, Strahlentherapie oder Chemotherapie ausgeschlossen. Folglich wurden insgesamt 1.140 neu diagnostizierten Magenkrebsfälle und 1,547 Alter und Geschlecht frequenzangepassten Kontrollen wurden in der aktuellen Studie aufgenommen. Um die wesentlichen persönlichen Informationen wie Geschlecht, Alter, Rauchen und Trinken Status zu erhalten, wurde jeder einzelne durch geschulte Prüfer mit einem Standard-Fragebogen befragt. Nach dem Interview, spendete jeder Proband 5 ml peripherem Blut, und bei -20 ° C gelagert. Die Teilnehmer, die mindestens einmal pro Tag für mehr als ein Jahr geraucht wurden als Raucher betrachtet. Wer trank mehr als zweimal pro Woche für mindestens ein Jahr wurden als Trinker definiert. Wir zusammengefasst die Detailinformationen der Studienteilnehmer in Tabelle 1 Jedes Thema, eine informierte Zustimmung vor Interview unterzeichnet, und die Studie der institutionellen Forschungsethikkommission der Nanjing Medical University genehmigt wurde.

NBN Polymorphismus Auswahlkriterien und Genotyping Assays

die SNPs ausgewählt wurden basierend auf der NCBI-Datenbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP) und der Internationalen HapMap Project-Datenbank (http: //hapmap.ncbi.nlm .nih.gov /) nach den beiden folgenden Kriterien: 1) in Exon, 3 'oder 5'untranslated Region und 2) mit einer geringfügigen Allelfrequenz (MAF) von mindestens 5% in der chinesischen Bevölkerung. Nach diesen Kriterien wurden insgesamt 10 SNPs ausgewählt. Kopplungsungleichgewicht (LD) Analyse mit einem r ^{2 Schwelle von 0,80 wurde weiter diese SNPs zu filtern angewendet. Schließlich wurden 4 SNPs ausgewählt, einschließlich rs10464867 (G > A), rs14448 (A > G), rs1063053 (G > A) und rs1063045 (G > A).}

Genotyping auf dem ABI 7900 TaqMan durchgeführt wurde Allelunterscheidung System (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA), ohne die Themen "Gruppierung Situation zu kennen. Die Sequenzinformation von Primern und Sonden sind in S1 Tabelle gezeigt. Zwei negative Kontrollen wurden in jedem 384-Well-Platte für die Qualitätskontrolle enthalten. Die Genotypen wurden unter Verwendung des SDS 2,3 Allelic Discrimination Software (Applied Biosystems) bestimmt. Die Übereinstimmung Rate jedes SNP betrug 100% für die Duplikate von 5% von zufällig ausgewählten Proben.

Haplotyp Schaffung

Eine Analyse basierend auf Haplotypen kann über eine Analyse basierend auf individuellen SNPs vorteilhaft sein in das Vorhandensein von mehreren Anfälligkeit Allele, vor allem, wenn Verknüpfung Ungleichgewichten zwischen SNPs einen Haplotyp bilden schwach sind [31]. Deshalb führten wir weiterhin eine Haplotypenanalyse die Verbindungen zwischen dem Haplotyp von diesen vier SNPs und Magenkrebs Anfälligkeit geschaffen zu beurteilen. Haplotypen wurden mit einem Konfidenzintervall Ansatz geschaffen, das ist der Standard-Algorithmus in Haploview 4.2 Software und wird genommen von Gabriel et al., 95% Vertrauensbereiche D prime erzeugt werden und jeder Vergleich ist "starke LD" genannt, "nicht schlüssig" oder "starke Rekombination". Ein Block wird erstellt, wenn 95% der informativen Vergleiche sind "starke LD" [32]. Als Ergebnis wurde ein Block erstellt und in der aktuellen Studie untersucht. Informationen von Kopplungsungleichgewicht (r ^{2 oder D ') von Informationen zwischen den vier SNPs wurde in S2 Tabelle zusammengefasst. Haplotypen wurden für jede Probe mit dem PHASE Computerprogramm erhalten (ver 2.1) und die Haplotypenfrequenz wurden über Permutation Methoden geschätzt [33].}

Die statistische Analyse

Wir haben Chi-Quadrat-Test die Verteilung Unterschiede von kategorischen Variablen zwischen Fällen und Kontrollen zu vergleichen. Es wurde ein Güte-of-fit-Chi-Quadrat-Test unter den Kontrollen zu testen, die Hardy-Weinberg-Gleichgewicht (HWE) zwischen SNPs verwendet. Die Assoziationsanalyse zwischen genetischen Varianten und Magenkrebsrisiko und die Auswertung von Odds Ratios (OR) und 95% Konfidenzintervall (CI) wurden durch logistische Regressionsanalyse mit einer Anpassung für Alter, Geschlecht, Rauchen und Trinken Status durchgeführt. Die Chi-Quadrat-basierten Q-Test wurde verwendet, um die Heterogenität der Effektgrößen zu testen (OPs und 95% CIs) aus entsprechenden Untergruppen abgeleitet. Alle statistischen Analysen wurden mit Statistical Analysis System-Software (Version 9.1.3, SAS Institute, Cary, NC) durchgeführt.

Ergebnisse

• PLoS ONE: Exclusive Association of p53-Mutation mit Super-High Methylierung von Tumorsuppressor-Gene im p53-Pathway in einer einzigartigen Magenkrebs Phenotype
• PLoS ONE: Signifikante Verband der Interleukin4 Intron 3 VNTR Polymorphismus mit Anfälligkeit für Magenkrebs in einem südindischen Bevölkerung von Telangana