PLoS One: genetikai variabilitás 3-transzlálódó régió NBN gén asszociált Gyomor rák kockázatát a kínai népesség

absztrakt katalógusa

NBN katalógusa döntő szerepet játszik a carcinogenesisben mint a központi eleme mindkét homológ rekombináció (HR) és a nem homológ end-csatlakozás (NHEJ) DNS kettős-törések ( DSBs) javító mechanizmusokat. A genetikai variánsok a NBN
gén hozták összefüggésbe többszörös rák kockázata, ami arra utal pleiotróp hatását a rákra. Feltételeztük, hogy a genetikai variánsok a NBN katalógusa gén módosíthatja a kockázatát gyomorrák. Ezen hipotézis, értékeltük a szövetség között négy potenciálisan funkcionális egypontos nukleotid polimorfizmus NBN katalógusa és a gyomorrák kockázatát eset-kontroll vizsgálatban 1140 gyomorrák esetek és 1547 kontrollokat a kínai populációban. Azt találtuk, hogy az A allél az rs10464867 (G > A) szignifikánsan összefüggött a csökkent kockázatával gyomorrák (esélyhányados [OR] = 0,81, 95% -os konfidencia intervallum [95% CI] = 0,71-0,94; P katalógusa = 4,71 × 10 ^{-3). Továbbá, a szövetség között egy allélja rs10464867 és csökkent kockázata gyomorrák volt jelentősen idősebb személyek (egy-allél OR = 0,72 [0,59-0,88], P katalógusa = 1,07 × 10 -3 ), és a hímeket (per-allél OR = 0,73 [0,62-0,87], P katalógusa = 3,68 × 10 -4). Mi tovább folytatjuk a haplotípus analízis és megállapította, hogy a NBN katalógusa A _{rs10464867G rs14448G rs1063053 haplotípus ruházott erősebb védőhatást gyomorrák (OR = 0,76 [0,65-0,89], P katalógusa = 6,39 × 10 -4). Összefoglalva, ezek az eredmények azt mutatják, hogy a genetikai variánsok NBN katalógusa gén hozzájárulhat gyomorrák érzékenység és tovább előre, hogy megértsük a NBN katalógusa gén a rák kialakulásához. Katalógusa}}

Citation : Sun P, Du J, Zhu X, Ren C, Xie L, Dai N, et al. (2015) A genetikai variabilitás a 3'-transzlálódó régió NBN katalógusa gén asszociált Gyomor rák kockázatát a kínai népesség. PLoS ONE 10 (9): e0139059. doi: 10,1371 /journal.pone.0139059 katalógusa

Szerkesztő: Yifeng Zhou, Medical College of Soochow Egyetem, Kína katalógusa

Beérkezett: június 30, 2015; Elfogadva: szeptember 7, 2015; Megjelent: szeptember 24, 2015 katalógusa

Copyright: © 2015 Sun et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa

Az adatok elérhetősége: Minden adatsor fájlok a Dryad adatbázis (DOI: http://dx.doi.org/10.5061/dryad.0k0n5). katalógusa

Forrás: 81230067, http://www.nsfc.gov.cn/, nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína, HS; 81422042 és 81373090, http://www.nsfc.gov.cn/, Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína, GJ; BK20130042, http://www.jstd.gov.cn/, Tudományos és Technológiai Ügynökség Jiangsu tartomány, Kína, GJ; BL2012008, http://www.njkj.gov.cn/, Tudományos és Technológiai Bizottságának Nanjing, Kína, HS; http://www.jiangsu.gov.cn/, kormány Jiangsu tartomány, Kína, HS; Tudományos Alapítvány Kiváló Fiatal Tudósok Jiangsu (BK20130042); Jiangsu tartomány Clinical Science and Technology Projects (Clinical Research Center, BL2012008); és prioritás Akadémiai Program fejlesztési Jiangsu felsőoktatási intézmények (Közegészségügyi és Preventive Medicine). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

gyomorrák a leggyakoribb emésztőrendszeri rosszindulatú daganatok a világon. Kína viseli a legnagyobb terhet a gyomorrák a világ. A becslések szerint 42,6% új gyomorrákos esetek 45,0% halálát a világ is történt Kínában 2012-ben [1]. Helicobacter pylori katalógusa (HP) fertőzés a leginkább elismert etiológiai rizikófaktora gyomorrák [2]. Étrendi és életmódbeli szokások, mint a dohányzás, az alkoholfogyasztás, a beszívott sózott vagy füstölt ételek, és az alacsony fogyasztás a friss növényi élelmiszerek voltak kockázati tényezői gyomorrák fejlesztés [3]. Bár a prevalenciája Helicobacter pylori katalógusa (HP) fertőzés magas előfordulási (40% és 80%), a lakosság körében, csak egy kis részét a fertőzött egyének fog fejlődni gyomorrák, ami arra utal, hogy a genetikai tényezők játszanak létfontosságú szerepet gyomorrák fejlesztés [4]. Az elmúlt évtizedben, genomot egyesület tanulmányok (GWAS) azonosították több gyomorrák hajlamosító loci, beleértve 1q22, 3q13.31, 5p13.1, 8q24.3 és 10q23 [4, 5, 6]. Azonban GWAS gyakran összpontosít a csúcs jeleket, míg a jelek relatív közepes szignifikancia szint lehet figyelmen kívül hagyni. Gene-alapú elemzés stratégia ezért továbbra is fontos szerepet játszanak a rák feltárása érzékenység, különösen azok számára kulcsfontosságú gének karcinogenezissel [7]. Katalógusa

A genom instabilitás fontos ismérve a rák [8]. DNS-károsító ágensek kitettség, mint például a kémiai expozíció, vírusfertőzés, stb megsemmisíthetik genom integritását és végső soron a rákot megelőző elváltozások, vagy a rák [9]. DNS kettős törések (DSB-k) végzetes veszélyezteti a normális celluláris folyamatok és hibás DNS DBS-k javító mechanizmus rendelet elősegítik a rák fejlődését. [10] Még érdekesebb, hogy DSBs gyakran tapasztaltunk H. pylori-fertőzött humán gyomornyálkahártya-sejtek [11]. NBN (NBS1) egy mag fehérje mindkét DNS DSB javítás homológ rekombináció (HR) és a nem homológ end-joining (NHEJ) reakcióút emberekben. NBN összekötés Mre11 és RAD50 képezhet MRN összetett fehérje, amely egy dinamikus makromolekuláris gép, amely kulcsszerepet játszik az első lépésben a DNS DBS-k javítása mind a HR és a NHEJ útvonal keresztül hiba elismerését vagy szignáltranszdukciós [12, 13] . Abnormális expressziója vagy teljes elvesztése MRN-komplex esetében gyakran megfigyelhető többszörös rákok [14]. A fentiek alapján a bizonyítékok kutatók úgy vélték, hogy a genetikai variánsok NBN hozhatja finom szerkezeti változások a fehérjék és következésképpen hátrányosan befolyásolhatja a rák hajlam [15-18]. Az elmúlt évtizedben számos NBN katalógusa SNP számoltak be, szignifikáns összefüggést a több rák. Ezek közül szignifikáns összefüggést, rs1805794 először részt húgyhólyagrák egy svéd populációban [19]. Ezt követően, számos tanulmány számolt be, hogy rs1805794 is társult számos más rák, beleértve a mellrákot [20,21], fej- és nyakrák [22], prosztatarák [23], a máj rák [24], vesesejt-karcinóma [25 ], a bazálsejtes karcinóma [26]. Emellett nem volt más négy SNP NBN katalógusa (rs1061302, rs1063054, rs2735383 és rs805794) számoltak be szignifikáns összefüggést a tüdőrák [27, 28, 29], és egy (rs376639) leírták, hogy jelentősen társított leukémia [30]. Ezek bizonyítékok együttesen azt sugallják pleiotróp hatása NBN katalógusa SNP több rák. Azonban ez nagyrészt ismeretlen a hatása genetikai variánsok NBN katalógusa a gyomorrák. Katalógusa

Ebben a tanulmányban azt feltételeztük, hogy a genetikai variánsok NBN katalógusa lehet fontos következmény gyomorrák érzékenység. Ezért végzett egy eset-kontroll vizsgálat az egyesület között négy potenciálisan működőképes egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) NBN katalógusa gén és a gyomorrák kockázatát a 1140 gyomorrákos esetek és 1547 kontrollokat a kínai népesség.

anyagok és módszerek katalógusa

vizsgálati alanyok katalógusa

a gyomorrák betegek jelenlegi vizsgálatban egymás toborzott a városok Yangzhong, Yixing, Yangzhou és Nanjing között a 2004. január 2011. december Jiangsu tartomány, Kelet-Kínában. A kontrollokat véletlenszerűen kiválasztott egészséges egyének közösségi alapú krónikus, nem fertőző betegségek szűrőprogram végzett Changzhou város. Miután bevallotta diagnózis, mind a gyomorrák esetek is megerősítette szövettani diagnózis. Továbbá, ezek a betegek bármely ismert kórtörténetében malignitás vagy átesett sugárterápia vagy kemoterápia kizárták. Következésképpen, összesen 1,140 újonnan diagnosztizált gyomorrák esetek és 1547 kor és nem frekvencia illesztett vontunk be jelenlegi tanulmány. Ahhoz, hogy az alapvető személyes adatokat, például a nem, az életkor, a dohányzás és az alkoholfogyasztás állapotát, az egyes interjút képzett vizsgáló standard kérdőívet. Miután interjú, minden alany adományozott 5 ml perifériás vérben, és -20 ° C-on. A résztvevők, akik a füstölt legalább egyszer naponta több mint egy éve tekintették dohányosok. Ki ivott több mint kétszer egy héten legalább egy évig definiáltuk iránt. Összesítettük a részletes információkat a vizsgálati alanyok az 1. táblázatban Minden alany írásos beleegyezését, mielőtt interjút, és a vizsgálat által jóváhagyott intézményi kutatási etikai bizottsága Nanjing Orvosi Egyetem. Katalógusa

NBN polimorfizmus kiválasztási kritériumok és genotípus-vizsgálatok

a SNP alapján választottuk ki az NCBI adatbázisban (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP) és a Nemzetközi HapMap Project adatbázis (http: //hapmap.ncbi.nlm .nih.gov /) szerint a következő két feltételnek: 1) található exon 3 'vagy 5'untranslated régió és 2) egy minor allél frekvenciáját (MAF) legalább 5% -a kínai népesség. Miután ezek a kritériumok, összesen 10 SNP-k kiválasztott. Kapcsolódási egyenlőtlenség (LD) vizsgálat egy r ^{2 küszöb 0,80 tovább alkalmazták, hogy kiszűrje SNP. Végül, a 4 SNP választottak, beleértve rs10464867 (G > A), rs14448 (A > G), rs1063053 (G > A) és rs1063045 (G > A).}

A genotipizálást az ABI 7900 TaqMan allél megkülönböztetés rendszer (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) ismerete nélkül az alanyok csoportosítása helyzetet. Szekvencia információt primerek és próbák mutatja S1 táblázat. Két negatív kontrollokat az egyes 384-lyukú lemez a minőség-ellenőrzés. A genotípusokat segítségével határoztuk meg az SDS 2.3 allél diszkrimináció szoftver (Applied Biosystems). A megfelelően ráta minden SNP 100% volt az ismétlődéseket 5% a véletlenszerűen kiválasztott mintát. Katalógusa

Haplotype létrehozása katalógusa

Az elemzés alapján haplotípusok előnyös lehet több mint egy elemzést az egyéni SNP a többszörös fogékonyság allélek, különösen, amikor kapcsolat egyensúlytalanságok között SNP-k kialakítására haplotípus gyengék [31]. Ezért tovább folytatjuk a haplotípus vizsgálatra az egyesületek közötti haplotípus létre a négy SNP-k és gyomorrák fogékonyság. Haplotípusokat által létrehozott Konfidencia megközelítés, ami az alapértelmezett algoritmus HaploView 4.2 szoftvert, és kivett Gabriel et al., 95% -os megbízhatósági határokat D elsődleges generálja és minden összehasonlítást az úgynevezett "erős LD", "nem meggyőző" vagy "erős rekombináció". A blokk létrejön, ha a 95% -a informatív összehasonlítások "erős LD" [32]. Ennek eredményeként, egy blokk jött létre, és elemeztük a jelenlegi tanulmány. Információ kapcsoltsági egyensúlytalanságot (r ^{2 vagy D) információk közül a négy SNP-t össze S2 táblázatban. Haplotípusok kapunk minden egyes minta felhasználásával PHASE számítógépes program (ver 2.1) és a haplotípus becsülték keresztül permutáció módszerek [33]. Katalógusa}

A statisztikai elemzés katalógusa

Mi használt chi-négyzet teszt összehasonlítani az eloszlás különbségeket kategorikus változók közötti esetek és a kontrollok. A jóság az illeszkedés chi-négyzet próbát alkalmaztunk, hogy teszteljék a Hardy-Weinberg (HWE) között SNP között az ellenőrzések. Az egyesület elemzés közötti genetikai variánsok és a gyomorrák kockázatát, és az értékelés esélyhányados (OR) és a 95% -os megbízhatósági intervallumok (CI) végeztük logisztikus regressziós analízissel kiigazítását az életkor, a nem, a dohányzás és az alkoholfogyasztás állapotát. A chi-négyzet alapú Q-tesztet használtuk, hogy teszteljék a heterogenitás hatása méretek (OR és 95% CI) származó megfelelő alcsoportok. Minden statisztikai analízist végeztünk Statistical Analysis System software (version 9.1.3, SAS Institute, Cary, NC). Katalógusa

Eredmények katalógusa

Jellemzői 1140 GC esetek és 1547 vezérlők 1. táblázat foglalja össze . Nem volt szignifikáns különbség kimutatható a kor, a nem, a dohányzás és az alkoholfogyasztás állapot közötti esetek és a kontrollok ( P katalógusa = 0,412, 0,522, 0,879 és 0,269-kal). Genotípus hívás aránya több mint 95% mind a négy SNP-k. A megfigyelt genotípus frekvenciák SNP mind egyetértésben Hardy-Weinberg a kontrollcsoportban ( P katalógusa = 0,094 az rs10464867, P katalógusa = 0,095 a rs14448, P
= 0,145 az rs1063053 és P katalógusa = 0,367 az rs1063045). katalógusa

a genotípus eloszlása ​​a négy SNP-k és társulásaik gyomor rák kockázatát mutatja a 2. táblázat logisztikus regressziós elemzések során kiderült, hogy az a allél az rs10464867 erősen csökkenésével együtt járó kockázat gyomorrák (per-allél OR = 0,81, 95% CI: 0,71-0,94, P katalógusa = 4,71 × 10 ^{-3). Ebben rétegződés vizsgálata, mi is értékeltük az egyesületek a négy SNP a gyomorrák kockázatát alcsoportok alapján életkor, a nem, a dohányzás, az ivás állapot és tumor. Egy jelentős különbség alcsoportok nemek ( P katalógusa heterogenitás = 0,040) volt megfigyelhető a szövetség rs10464867 a gyomorrák kockázatát. Az egyesület az A allél az rs10464867 és csökkent kockázata gyomorrák volt jelentősen idősebb személyek (egy-allél OR = 0,72 [0,59-0,88], P katalógusa = 1,07 × 10 -3), és a hímeket (per-allél OR = 0,73 [0,62-0,87], P katalógusa = 3,68 × 10 -4), valamint a G allélja rs14448 látható ugyanazt az eredményt rs10464867 (táblázat 3). katalógusa}

a haplotípus analízis haplotípusokat létre rs10464867, rs14448 és rs1063053 egyben. Ezután végre társításelemzés és megjegyezte, hogy haplotípus GAA AGG szignifikáns összefüggést mutattak a csökkent kockázatával gyomorrák kockázatát, mint haplotípus GAG, vagy nem voltak 0,88 (0,77-0,99) és 0,76 (0,65-0,89), P
érték volt 0.034 és 6.39 × 10 ^{-4 volt (4. táblázat, S1 ábra). katalógusa}

Vita katalógusa

A NBN katalógusa gén játszik szerepet fogékonyság nagyszámú rák, mivel nem történt genetikai variánsok számoltak amennyiben van társítva gyomorrák. Ebben a jelenlegi tanulmány, rs10464867 található NBN katalógusa azonosítottak szignifikáns összefüggést a megváltozott kockázat gyomorrák kínai népesség. Katalógusa

DNS kettős-szálú DNS törést (DSB) különösen fontos formája DNS-károsodás, ami ahhoz vezethet, hogy a genetikai instabilitás és karcinogenitás [10]. NBN protein kulcsfontosságú szerepet játszik a karbantartási genomiális stabilitás és alaposan részt vesznek majdnem minden szempontból a DNS DSB metabolizmusát NHEJ és HRR DSB javító mechanizmusokat [11]. Bármilyen genetikai variánsai NBN katalógusa káros hatással lehet a DNS sérülés javítására, és így a hajlamosít a rákra. Az elmúlt évtizedben, egy bizonyos számú polimorfizmusok elosztott NBN
gén leírták, hogy társítható több különböző típusú rosszindulatú daganat eltérő gyomorrák [34]. Elemzésünk alapján TCGA (The Cancer Genome Atlas) adatokat feltárta továbbá, hogy a NBN katalógusa mRNS expressziós szint gyomor adenokarcinóma szignifikánsan magasabb volt, mint a szomszédos normál szövetben (S2 ábra), ami arra utal, lehetséges létfontosságú szerepét NBN katalógusa a gyomor kialakulásában. A jelenlegi tanulmány nyújtott fontos nyomokat, hogy a genetikai variánsok NBN katalógusa is szerepe lehet az érzékenység a gyomorrák és tovább emelje ki a potenciális pleiotróp hatását NBN katalógusa SNP több rák. Katalógusa

a leghatékonyabb SNP rs10464867 (G > a) található, a 3 'UTR NBN katalógusa, miután csökkenésével együtt járó kockázat gyomorrák. Az alap változása G A a rs10464867 hozhatja finom szerkezeti elváltozások NBN fehérje, és ebből következően a moduláció a gyomorrák fogékonyság. Szerint a web-alapú SNP analízis eszköz SNPinfo (http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpfunc.htm), a bázis változása G A a rs10464867 nemcsak befolyásolására exon splicing enhancer és az eredmény a kiegyensúlyozatlan számára különböző izoformák NBN, hanem megváltoztathatja kötelező érett HSA-miR-216a vagy HSA-miR-380 és a cél-mRNS [35]. Funkcionális vizsgálatok szerint a több mint kifejezése miR-216a can aktiválja a PI3K /Akt és a TGF-β útvonal megcélozva PTEN katalógusa és Smad7 katalógusa, hozzájárulva a máj- és a rákkeltő képességet tumor kiújulásának májsejt rák [36]. Míg a miR-380-5p lehet elnyomni p53 expressziós keresztül konzervált szekvencia a p53-3 'nem transzlálódó régiót (UTR) [37]. Bizonyítékok alapján az a fenti, levonhatjuk a következtetést, hogy a bázis változása G A a rs10464867 módosíthatja transzkripciós szabályozása NBN katalógusa majd megváltoztatják a kifejezés NBN fehérje hatására a exon splicing és miRNS kötő . A további funkcionális magyarázat elemzés alapján kiderült, hogy RegulomeDB rs2697679 ami mérsékelt LD (r ^{2 = 0,222) és rs10464867 egy eQTL locusai NBN katalógusa [38]. Ezek bizonyítékok arra utalnak, fontos biológiai következménye rs10464867 gyomorrák fejlődés. Katalógusa}

DSB javítási kapacitás egy fontos forrása a variabilitás genom integritásának, és így befolyásolhatja a rák kockázatát [39]. Az elmúlt két évtizedben a DSB javítási kapacitás a normál populációban bebizonyosodott, hogy csökken a kor előrehaladtával, és a hímek mutatott jobb kapacitás DSB javítás, mint a nőstények az azonos korcsoportban [40, 41], ami arra utal, hogy az inter-nemi különbségek a DSB javítási kapacitás lehet részben határozza meg a különböző genetikai mechanizmusok. A jelenlegi vizsgálatban a kifejezettebb védő hatását rs10464867 volt megfigyelhető hím, amely rendelkezett egy lehetséges magyarázata az inter-a nemek közötti különbségeket DSB javítási kapacitás. Az alap változása G A a rs10464867 megváltoztathatja a kifejezés NBN fehérje és végül kihat NHEJ és HRR DSB javító mechanizmusokat a férfiaknál. Még érdekesebb, hogy több asszociációs vizsgálatok is kimutatták, hogy SNP található DNS-javítás kapcsolatos gének köztük ERCC4 katalógusa, ERCC6 katalógusa, Ku70m katalógusa, APE1 katalógusa, XRCC1 katalógusa, és XPD katalógusa mutatott a differenciálás a nemek között a gyomorrák hajlamosító [42-46]. katalógusa

Néhány korlátai Tanulmányunk foglalkozni kell. Először is, akiket a gyomorrák esetek kórházak és a kiválasztott vezérlők közösségek, ami lehet, hogy nem jól képviselik az egész lakosság és azt eredményezheti, hogy a potenciális szelekciós torzítás. Másodszor, nem tudtuk elérni több esetek és a kontrollok megerősítik a megállapításokat. Katalógusa

Összefoglalva, a jelen tanulmány célja az volt, hogy keresni genetikai variánsok NBN katalógusa kapcsolódó gyomorrák és tesztelése lehetséges pleiotróp hatása NBN katalógusa SNP több rák. Végül azt jelentette, hogy a NBN katalógusa gént tartalmaz összefüggő genetikai variánsok kockázata gyomorrák. További populáció alapú tanulmány ötvözi funkcionális kutatások indokoltak, hogy bemutassa az egyesület és molekuláris mechanizmusai ezen változatok a gyomor kialakulásában. Katalógusa

alátámasztó információk
S1 ábra. Kapcsolódási egyenlőtlenség blokk tagging SNP NBN alapján készültek az alapértelmezett algoritmus venni Gabriel munkatársai, Science, 2002, segítségével HaploView szoftver 4.2.
Értéke r2 egyes SNP-k pár jelenik meg a keresztezési területeken.
doi: 10,1371 /journal.pone.0139059.s001 katalógusa (DOCX) hotelben S2 ábra. Az NBN mRNS expressziós analízis között 29 páros gyomor adenokarcinóma és a környező ép szövetek alapján TCGA adatokat. Katalógusa (http://cancergenome.nih.gov/). Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0139059.s002
(DOCX) hotelben S1 táblázat. A primerek és próbák genotípus számára NBN katalógusa polimorfizmusok.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0139059.s003 katalógusa (DOCX) hotelben S2 táblázat. Kapcsolódási egyenlőtlenség (r ^{2 vagy D) információ a négy SNP. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0139059.s004 katalógusa (DOCX) hotelben}

Köszönetnyilvánítás katalógusa

A szerzők szeretnék megköszönni Ph.D. Yifeng Zhou (Academic szerkesztője PLoS One) és névtelen bírálóknak gondos munka és építő jellegű javaslatokat, amelyek segítettek javítani ez a papír jelentősen. Mi is köszönjük a betegek és a kisegítő személyzet ebben a vizsgálatban. Katalógusa

• PLoS One: Exkluzív Szövetsége p53 mutáció Super-High metilezése tumor szupresszor gének a p53 egyedülálló gyomorkarcinóma Phenotype
• PLoS One: Jelentős Szövetsége interleukin4 intron 3 VNTR polimorfizmusa a fogékonyság a gyomorrák egy dél-indiai népesség Telangana