tiivistelmä
Tietokanta Human mahasyövän (DBGC) on kattava tietokanta, joka integroi eri ihmisen mahalaukun syöpään liittyvien tietojen resurssit. Ihmisen mahalaukun syöpään liittyvien transkriptomiikka projekteja, proteomiikka projekteja, mutaatioita, biomarkkerit ja huumeiden herkkien geenien eri lähteistä kerättiin ja yhtenäinen tässä tietokannassa. Lisäksi epidemiologiset tilastot mahasyöpäpotilaista Kiinassa ja kliinis tietoja selityksin mahalaukun syöpätapausta myös integroitu DBGC. Uskomme, että tämä tietokanta helpottaa suuresti tutkimusta koskien ihmisen mahasyövän monilla aloilla. DBGC on vapaasti saatavilla http://bminfor.tongji.edu.cn/dbgc/index.do
Citation: Wang C, Zhang J, Cai M, Zhu Z, Gu W, Yu Y, et ai . (2015) DBGC: Database of Human syöpään. PLoS ONE 10 (11): e0142591. doi: 10,1371 /journal.pone.0142591
Editor: Arun Sreekumar, Baylor College of Medicine, Yhdysvallat |
vastaanotettu: 18 helmikuu 2015; Hyväksytty: 24 lokakuu 2015; Julkaistu 13 marraskuuta 2015
Copyright: © 2015 Wang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään
Data Saatavuus: Tiedot ovat availabe kautta Datadryad (https://datadryad.org). Ainutlaatuinen hakunumero on: doi: 10,5061 /dryad.271dk.
Rahoitus: Tämä työ oli osittain tukevat avustuksia National Natural Science Foundation of China (81172329, 31571363, 81372644, 81372645 ja 8157111077), kiinalainen National High Tech Program (2012AA02A504 ja 2012AA02A203), International Cooperative Project Shanghain tiede- ja teknologia-komissio (12410706400), Innovation Foundation of translationaalisen lääketieteen Shanghai Jiao Tong-yliopiston School of Medicine (15ZH1002 ja 15ZH3001), Fong Shu Fook Tong Foundation ja Mahalaukun syöpä biopankkia Project Shanghai Jiao Tong-yliopiston School of Medicine. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.
Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.
Kuten yksi yleisimmistä syövistä, mahasyövän kolmanneksi eniten kuolleisuutta ja neljänneksi suurin sairastuvuuden kaikista syövistä maailmanlaajuisesti [1]. Mukaan GloboCan tilastoihin vuonna 2012, uusi mahasyövän tapaukset oli lähes miljoona (952000), ja yli 700000 kuolemantapausta aiheutui mahasyöpä; Lähes puolet näistä potilaista tuli Kiinasta (405000 uutta tapausta ja 325000 kuolemantapausta) [1, 2]. Vaikka sekä kuolleisuutta ja sairastavuutta mahasyövän ovat vähentyneet viime vuosina, 5 vuoden pysyvyys on edelleen varsin alhainen [3]. Siksi mahasyöpä on edelleen yksi suurimmista haasteista tutkijoille ja lääkäreille pitkään [4].
Tutkijat ympäri maailmaa ovat suorittaneet monia genomiikka, transkriptomiikan, proteomiikka, ja epidemiologisten tutkimusten ja kliinisten kokeiden suhteen synnyssä ja hoitoja mahalaukun syövän [5-10]. Nämä tutkimukset ovat tuottaneet suuria tietomääriä merkitystä mahasyövän, ja nopeus näiden tutkimusten kiihtyy nopean kasvun syövän tiedon, alentaa kustannuksia havainto- ja laskennan ja Internetin leviäminen [11]. Nämä tiedot sisältävät tärkeää tietoa tutkimalla ja kuivatuksen mahasyövän. Kuitenkin johtuen rajallinen taustatietoa lääkärit ja perustavaa laatua tutkijoiden mahdollisuuksia näitä tietoja ei voida täysin kehittynyt. Uudet teknologiat ja tutkimusmenetelmät vaativat vielä kehittämistä; kuitenkin, alhainen tehokkuus hallinnassa data on ensisijainen rajoitus tämän kehityksen [12]. Koska pitkän aikavälin kertyminen hajautetun tutkimuksen, nämä tiedot ja niiden formaatteja vain vastata yksilöllisiin tarpeisiin, puuttuu integraation ja standardointiin ja tuloksena monipuolistaminen, isomerointi, ja leikkely syövän tietojen [13, 14].
Tällä hetkellä runsas kliiniset ja perustavaa laatua koskevat tutkimukset mahasyöpä on suunnitteilla tai käynnissä. Erilaisia tiedot tallennetaan eri tietokantajärjestelmiä [13], ilman jakamiseen tai viestintää. Siten korreloi voimakkaasti tieto pysyy erillisenä, missä kutsutaan "tieto saarista". Toisaalta, data leikkely vaikeutat data mining, kun taas toisaalta se estää kliinikot tekemästä hyödynnetään tuloksia perustutkimuksen kehittämiseksi kliinisiä kokeita ja sovelluksia ja pitää olennaisen tutkijoiden suorittamaan tehokas kartoitustutkimuksista jotka viittaavat kliinisesti merkityksellisiä tietoja, [15].
tässä tilanteessa hakemiseen kattavat tiedot mahasyöpä ei ole helppo tehtävä, ja osia tiedot saattavat kadota meressä Internet, mikä olisi hyvin valitettavaa.
Tämä tutkimus käytti sisältöä Internetistä ja julkaisuja Kiinan Center for Disease Control and Prevention (CDC) ja Mahalaukun Cancer Center for diagnoosi ja hoito, Key Laboratory of mahalaukun kasvaimet Shanghaissa. Tutkimuksessa kerätään erilaisia mahalaukun syöpään liittyvien tietojen, integroitu nämä tietovarantoja jälkeen suodatuksen ja standardointia, ja lopuksi muodostetaan ensimmäinen kattava tietopohja analysointiin mahasyövän.
data Resources
Tietokanta Human mahasyövän (DBGC) on integroitu seuraavat mahasyövän liittyvien resurssien:
Tiedonkeruu
1) epidemiologiset tilastot mahalaukun syöpäpotilaiden Kiinassa.
CDC on ollut vakiintunut syöpä raportointijärjestelmä monta vuotta ja on kertynyt runsaasti epidemiologista tietoa syöpäpotilaiden Kiinassa. Epidemiologisen tilastot mahalaukun syövän, kuten asian numero, kuolema numero, ilmaantuvuus (raakaöljyn hinnan, ikävakioitu korko ja kumulatiivinen), kuolleisuus (raakaöljyn hinnan, ikävakioitu korko ja kumulatiivinen), ja ilmaantuvuus (tai kuolleisuus) ikäjakauma ryhmässä poimittiin käsin CDC julkaisuista. DBGC 1.0 kattaa kaikki epidemiologiset tilastot kaikista tyypillisiä alueita Kiinassa vuosilta 2004 ja 2009 ja lisäksi tilastot sisällytetään päivitetty versio.
kliinis tiedot toimitti Shanghai Ruijin sairaala. Luokittelu ja lavastus menetelmiä käytetään yleisesti mahasyövän diagnoosi oli selityksin käyttäen mahalaukun syöpätapausta diagnosoidaan Ruijin sairaala. Tyypillisiä mahasyövän kudosten eri vaiheissa ja eri valittiin mahalaukun syövän Biopankin, että olemme säilyttäneet vuosia. Kaikki potilaan tiedot nimettömiksi ja de-tunnistettava ennen analyysimme.
Molecular biologiset tiedot poimittiin ja kuraattorina online resursseja. Transkriptomiikka tiedot kerättiin GEO tietokannasta (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) ja EBI tietokanta (http://www.ebi.ac.uk/). Proteomiikka tiedot poimittiin julkaistusta kirjallisuudesta kautta manuaalinen lukeminen ja standardointia [16, 17]. Mutaatio tiedot kerättiin dbVar tietokannasta (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/), OMIM tietokanta (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/), HGMD tietokanta (http://www.hgmd.org/), ja julkaistun kirjallisuuden [18, 19]. Kaikki biomarkkereiden tiedot poimittiin julkaistusta kirjallisuudesta [20, 21]. Huumeisiin liittyvät geenit poimittiin PharmGKB tietokannasta (http://www.pharmgkb.org/), CancerDR tietokanta (http://crdd.osdd.net/raghava/cancerdr/) ja julkaisuista [22, 23]. Suunnittelimme yksityiskohtaiset louhinta standardit kullekin molekyylibiologisia tietojen resurssi, ja jokainen tiedonkeruu menettely oli noudatettava näitä standardeja varmistaa tietojen johdonmukaisuus. Yksityiskohtainen keruumenettelyssä annetaan alla:
transkriptomiikka tiedot:
proteomiikka tiedot:
mutaatio tiedot:
biomarkkereiden tiedot:
Drug-arkaluontoisia tietoja:
selityksin varustettua kaikkien geenien ja lääkkeet tähän tietokantaan auttamaan käyttäjiä paremmin ymmärtämään ja käyttämään näitä tietoja resursseja. Geenit selityksin mukaan NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov), HGNC (http://www.genenames.org/), Ensembl (http://feb2014.archive.ensembl.org /) ja Gene kortit (http://www.genecards.org/). Lääkkeet ovat selityksin mukaan drugbank (http://www.drugbank.ca/).
Lisäksi mutaatiot havaitaan TCGA projektissa olivat mukana myös lisätä merkintöjä geenien DBGC. Käyttäjät voivat löytää kaikki mutaatiot tietyn geenin havaittu TCGA projektissa. Nämä mutaatiot käsittelivät ICGC (https://dcc.icgc.org), joka perustuu TCGA tietoihin ja viitataan kukin mutaatio DBGC.
Lisäksi useat mahasyövän liittyvien perusoikeuksien tutkimushankkeissa on tehty meidän tutkimusryhmä. Projektikuvaukset ja raaka tiedot annetaan DBGC ladattavaksi ja lisäanalyysiä.
DBGC on relaatiotietokanta MySQL data kerros. Käyttäjäystävällinen käyttöliittymä on suunniteltu järjestämään ja näytön tietovarantoja HTML ja JavaScript. Vuorovaikutus tietokerroksen ja web-käyttöliittymä valmistui käyttäen Java EE Platform.
Tietokanta Kuvaus
Tämä tietokanta koostuu pääasiassa kolmesta pituus- tietojärjestelmien epidemiologiset, kliinis ja molekyyli- biologisia tietoja (kuvio 1). Molekyyli biologiset tiedot koostuvat mahalaukun syöpään liittyvien transkriptomiikka, proteomiikka, mutaatio, biomarkkereiden ja huumeisiin herkkä geeni tietoja. Kokonaistilaston Näiden tietojen on lueteltu taulukossa 1. Yhdessä epidemiologisten tilastojen mahasyövän potilaiden Kiinassa ja kliinis tiedot selityksin mahalaukun syöpätapausta, kaikki nämä tiedot on poimittu julkisista tietokannoista, julkaisut ja julkaistun kirjallisuuden.
tietokantarajapinnat
1) haku (kuvio 2). Pikavalinta moduuli tekee tunnistaminen rooli geenin tai proteiinin mahasyövän mahdollista kautta syöttämällä avainsanoja hakukenttään sijaitsee navigointipalkissa. Hakutulos kertoo, onko geeni tai proteiini ilmentyy differentiaalisesti tahansa transkriptomiikka hankkeita tai proteomiikka- projekteja ja onko se on todettu biomarkkerina mahasyövän tai lääke-herkkä geeni. Lisäksi jos geeni on mikä tahansa mutaatio, joka liittyy syöpään, yksityiskohtainen luettelo näkyy tulossivulla. Esimerkiksi käyttämällä "EGFR" avainsanana, voimme päätellä, että se otettiin esimerkiksi säädelty geeni GSE51936 ja GSE27342 minkä alassäädetty geenin GSE29630. Vastaava proteiini Geenin EGFR todettiin up-säänneltyjen proteiini 3 proteomiikka hankkeissa (PubMed IDS: 23161554, 24263233 ja 24722433). EGFR on raportoitu ennusteen tekijä mahalaukun syövän ja liittyy lääkeresistenssin irinotekaani, joka on yleisesti käytetty lääkeaine mahasyövän. Neljä mutaatioita EGFR liittyvät mahasyövän on raportoitu (c.2361G > A, c.2402A > G, c.2573T > G, c.2588G > A).
2) selata ja etsiä (kuvio 3). Käyttämällä navigointi, käyttäjät voivat napsauttaa vastaavaa kohteita selata dataresurssit annetaan DBGC. Yksityiskohtaiset tiedot on lueteltu alla. Olemme myös perustaneet useita hakuehtoja kutakin tietojen resurssin, jonka kautta kaikki datakohteet, jotka täyttävät ehdot näytetään.
3) Tietokantamme eroaa muista online-resursseja, koska sisällyttäminen epidemiologisten tilastojen mahalaukun syöpäpotilaiden Kiinassa. Käyttäjät voivat vertailla tilastoja sukupuolen (miehet ja naiset), ala (kaupunkien ja maaseudun), ja ikä diagnoosin tai kuoleman. Asia numero, kuolema numero, ilmaantuvuus ja kuolleisuus valitussa vuosilukualue voidaan esittää sekä kuvaajan ja taulukon muodossa (kuva 4).
Mahalaukun syöpä on johtava syöpä maailmanlaajuisesti sekä kuolleisuuden ja sairastavuuden. Korkeampi esiintyvyys ja kuolleisuus mahasyövän havaitaan Aasian alueilla, erityisesti Kiinassa. Epidemiologisen tilastotiedot mahasyövän tästä tietokannasta saatiin pääasiassa julkaisuista CDC, joka on ollut mukana pahanlaatuinen kasvain tutkimuksissa useiden vuosikymmenien ajan ja on luonut kattavan arkistoon pahanlaatuinen kasvain potilaiden Kiinassa. Nämä tiedot on ollut tärkeä rooli syövän ehkäisyyn ja terveyden politiikan Kiinassa [24-26]. Kautta hakemalla mahasyövän epidemiologian tietoja tästä tietokannasta, tutkijat ja kliinikot voivat nopeasti selvittää epidemiologiset suuntaukset mahasyövän Kiinassa.
Mahasyöpää liittyviä mutaatioita, biomarkkerit, lääke-herkkä geenejä, transkriptomiikka projekteja ja vastaavat differentiaalisesti ilmaisi geenejä, ja proteomiikka kokeita ja vastaavat ilmentyvät eri proteiineja manuaalisesti kerättiin online-tietokannat ja julkaistusta kirjallisuudesta. Pikavalinta antamat DBGC avulla tutkijat tunnistamaan rooli geenin tai proteiinin mahasyövän. Nämä differentiaalisesti ilmentyvien geenien ja proteiinien sisältävät runsaasti tärkeää tietoa mahasyövän, ja monet analyyttiset tutkimukset voitaisiin suorittaa käyttämällä niitä.
tutkimusryhmä on ollut käynnissä mahasyövässä tutkimus monta vuotta ja on kertynyt paljon kokemusta kasvain epidemiologinen tutkimus, mahasyövän clinicopathology ja biologisten merkkiaineiden tutkimus, biopankki rakennus, molekyylibiologisia mekanismi tutkimusta, bioinformatiikan analyysi ja laaja tietokanta rakenne [27-30]. Tarjota tiedustelu ja analyysi työkaluja, jotka ovat enemmän kätevä ja käytännöllinen mahasyövän tutkijoille, rakensimme tämän tietokannan. Nykyinen versio on 1.0. Koska suurten tietomäärien synnytetään eri kokeiluympäristöjä eri aloilla ovat suuresti hajallaan ja epäyhtenäisiä, hyödyllisiä tietoja olisi luultavasti ollut meidän prosessissa tiedonkeruun. Jatkamme noutamista nämä tiedot ja päivittää uusimmat tiedot pitkään varmistaa ajantasaisuus ja tietojen täydellisyyden. Seuraavassa versiossa, aiomme kattaa uusin ihmisen mahalaukun syöpään liittyvien mutaatioiden, biomarkkerit ja huumeiden herkkä geenejä. Transkriptomiikka tiedot ovat pääpaino seuraavan version, jossa kaikki transkriptomiikka hankkeet uudelleen analysoida poimia differentiaalisesti ilmentyvien geenien eri kertainen muuttaa arvoja. Siten käyttäjät voivat kyselyn onko tietty geeni ilmentyy differentiaalisesti kautta määrittämällä näytteen tyyppi ja taita muuta arvo.
Tietokanta kuvatut Tässä artikkelissa DBGC, on kattava ja web -accessible tietokanta ihmisen mahasyöpä. Tämä tietokanta on integroitu erilaisia tietoresursseista liittyvät mahasyövän ja toimitti useita helposti käyttää web-pohjainen toiminnallisia moduuleja. Uskomme, että DBGC on tärkeä väline mahasyövän kliinikoille, kasvain perustavanlaatuinen tutkijoita, syövän genomin tutkijoiden, hallinnon terveys päättäjät, ja mahalaukun syöpäpotilailla.
Antibiootti X-206 tehokas SARS-CoV-2:ta vastaan in vitro
Antibioottiresistenssi kaksinkertaistuu vain kahdessa vuosikymmenessä
Synteettisen biologian aiheuttamat bioturvallisuusriskit kasvavat
Välimeren ruokavalio edistää tervettä ikääntymistä terveemmällä suoliston mikrobiomilla
Kuinka massaseulonta on auttanut tunnistamaan enemmän keliakiatapauksia lapsilla
E. coli -bakteerin leviäminen huonon wc -hygienian vuoksi,
E. coli -bakteerin leviäminen huonon wc -hygienian vuoksi,
ei ruoan kautta Uusi tutkimus julkaistiin vuonna Lancetin tartuntataudit lokakuuta 22, 2019, sanoo, että yksi yleinen superbug, joka aiheuttaa yli 5, Englannissa vuosittain 000 ruokamyrkytystapausta
Probiootit voivat auttaa hillitsemään aliravitsemusta seuraavien kahden vuosikymmenen aikana,
sanoo Bill Gates Probiootit tai hyvät bakteerit ovat osoittaneet lupauksia suoliston terveyden ylläpitämisessä. Monet tutkimukset ovat antaneet näyttöä probioottien terveyshyötyistä. Nyt, suosittu fil
Unen laatu voi olla indikaattori myöhemmälle Alzheimerin taudin tutkimukselle
Uusi tutkimus Kalifornian yliopiston tutkijoilta, Berkeley on osoittanut, että unenlaadun asteittainen heikkeneminen 50- ja 60 -vuotiaiden keskuudessa voi olla merkki aivojen proteiinipistelyistä, jot