H. pylori isolats cliniques ont diverses distributions BABAB génotypiques sur différents sites topographiques de l'estomac avec corrélation à la maladie clinique résultats

H. pylori
isolats cliniques ont BABAB diverses
distributions génotypiques sur différents sites topographiques de l'estomac avec une corrélation avec les résultats cliniques de la maladie
Résumé de l'arrière-plan
intragénomique recombinaison entre BABA
et Babb
médie variations antigéniques et peuvent aider à la colonisation de H. pylori. Cette étude a déterminé que les génotypes variables de BABA
et Babb
corrèlent à différents résultats cliniques de la maladie, et peuvent répartir sur les différentes niches gastriques.: Résultats
Cette étude a inclus 92 souches cliniques (45 à partir de l'ulcère gastroduodénal , 27 de gastrite, et 20 d'un cancer gastrique) pour détecter si le BABA
et Babb
sont au locus A ou B par des réactions de PCR utilisant des amorces conçues à partir de la région en amont et variable de la BABA
et Babb
gènes. Quatre génotypes de BABA
et Babb
(A B, AB B, A AB, AB AB) ont été trouvés. La distribution des génotypes 4 dans 92 souches cliniques était significativement différente chez les patients atteints de différentes maladies gastriques (p
< 0,05). Les isolats provenant de patients atteints de cancer gastrique ont un taux plus élevé de AB AB génotype que ceux des patients non cancéreux (40,0% contre
9,7%, p
< 0,05). Le génotype AB AB a été associée à une intensité plus élevée de la métaplasie intestinale (p
< 0,05), mais n'a pas de corrélation avec une densité de l'inflammation et de la colonisation plus élevée en histologie gastrique (p
> 0,05). En outre, l'étude a inclus 19 patients pour vérifier si les génotypes variables de BABAB
existaient dans les différentes niches gastriques. Parmi les patients infectés par plus d'un BABAB
génotypes plus antrum et corpus, il y avait des taux plus élevé de génotypes comme AB ou AB AB dans les isolats de antrum que dans ceux du corpus (75,0% contre 16,7%
, p
<. Conclusions de 0,05)
le H. pylori
isoler avec le génotype AB AB est en corrélation avec un risque accru de cancer de l'estomac, et colonisent de manière prédominante de antrum
fond l'infection de Helicobacter pylori augmente le risque d'ulcères gastro-duodénaux et adénocarcinome gastrique de l'estomac humain [1-3]. l'adhésion de H. pylori à l'épithélium gastrique et fournir des effecteurs pour induire une inflammation [4, 5]. Un des adhésines mieux étudiés est l'adhésine de liaison d'antigène de groupe sanguin (BABA), qui se lie Lewis b (Leb) et les antigènes ABO connexes [6, 7]. adhésine putatif, Babb, est codé par Babb
, qui partage N- presque identique et C-terminales des séquences avec BABA
[7, 8]. Les emplacements chromosomiques inversés de BABA
et Babb
entre souche J99 et 26695 prouvent les événements de recombinaison entre ces deux gènes [9, 10]. Les deux gènes montrent aussi à la fois la variation géographique et allélique [11]. De plus, la duplication de BABA
ou le gène Babb de est médiée par conversion génique entre les différents loci chromosomiques [12-14]. Bäckström et al
. [14] ont démontré que le BABA
gène silencieux d'une souche de Leb-non contraignante peut être activée par recombinaison dans le gène de la Babb. Le modèle de singe rhésus ont montré que la plupart récupérés isolats ont remplacé BABA
avec une deuxième copie de Babb
après plusieurs semaines de l'infection [12].
Dans les pays occidentaux, les patients infectés par le BABA
-positifs H . pylori
isolats sont associés à un risque accru de maladies d'ulcère gastro-duodénal [15, 16]. Cependant, cette association n'a pas été confirmé chez les patients de l'Asie orientale, ou d'autres pays occidentaux [17-19]. Colbeck et al
. [20] ont utilisé la PCR pour détecter si l'aval (locus A) de hpyD et s18
(locus B) sont BABA
ou Babb
et trouvé une seule colonie isoler avec mixte BABA
et Babb
génotype au même locus, indiquant les sous-populations au sein de la population bactérienne dérivée d'une seule colonie. Il est digne de répondre si les profils génétiques de BABA
et Babb
pourraient être liés aux différents résultats de la maladie clinique ou H. pylori spécifiques
caractéristiques histologiques concernant la PI.
Il existe différents cellulaire prédominant types dans l'antre et du corps. Les cellules pariétales produisant HCl localisent dans le corpus et font un gradient de pH différent du sinus maxillaire. Notre étude précédente a montré les patients atteints de H. pylori
infection chronique ont exprimé une intensité plus élevée de Lewis b dans l'épithélium gastrique du corps que dans l'antre [17]. La recombinaison entre BABA
et Babb
pourrait aider H. pylori
pour modifier sa capacité d'adhérence pour adapter différentes niches dans l'estomac [21]. En conséquence, il est digne de déterminer la distribution des génotypes de BABA
et Babb
dans le pylori
infection H. sur les différents lieux topographiques que soit antrum ou corpus dans l'estomac humain. Dans cette étude, nous avons analysé la signification clinique de BABA
et Babb de génotypes et la présence de BABA
et Babb sur
locus A et B de plusieurs colonies de différentes niches gastriques pour comprendre le BABAB profil génétique de H. pylori
isolats entre les régions gastriques dans le même hôte. de BABA et Babb génotypes chez les patients atteints de différentes maladies cliniques
Détection de BABAB de génotypes était basé sur la conception d'amorces représentée sur la figure 1. Parmi les 92 souches, la répartition des quatre génotypes (AB, AB B A AB et AB AB) était de 46 (50%), 21 (22,8%) 10 (10,9%) et 15 (16,3%), respectivement. Il n'y avait aucune différence dans la répartition des sexes parmi les différents génotypes (test du chi carré, p
> 0,05). L'âge moyen des patients infectés par le génotype AB AB a été légèrement plus âgés que ceux infectés par d'autres génotypes (57,6 vs 50,3 ans, test t indépendant-échantillon, p
= 0,09). Les distributions des quatre génotypes étaient significativement différentes chez les patients ayant des maladies cliniques (tableau 1, test du chi carré, p
= 0,04). L'âge moyen des patients du GC était plus élevé que les autres patients non cancéreux (58,6 vs 49,5 ans
, test t indépendant-échantillon, p = 0,01)
. Le taux du génotype AB AB chez les patients avec GC était plus élevé que dans les trois groupes de patients non cancéreux (40,0% [8/20] vs.
9,7% [7/72], test exact de Fisher, p
< 0,05, odds ratio: 6,2; IC à 95%: 1.9-20.3) .Table 1 Le BABA et Babb génotypes de H. pylori de différents groupes de patients cliniques
N (%)

DU
(n = 18)
GU
(n = 27)
Gastrite
(n = 27)
GC
(n = 20)
total
(n = 92)
la valeur p de
de Statistique
AB
11 (61.1)
14 (51,9)
15 (55,6)
6 (30)
46 (50)
0,039
AB B
6 (33,3)
4 (14,8)
7 (25,9)
4 (20)
21 (22,8)
A AB
0 (0)
4 (14,8)
4 (14,8)
2 (10)
10 (10.9)
AB AB
1 (5.6)
5 (18,5)
1 (3,7)
8 (40)
15 (16.3 )
DU: ulcère duodénal. GU: ulcère gastrique. GC: cancer de l'estomac. La différence entre les quatre génotypes dans les maladies gastriques a été évaluée par le test du chi carré.
Comme le génotype AB AB était plus élevée chez les patients atteints de cancer gastrique, nous avons testé en outre si un tel génotype peut conduire à un taux de précancéreuse supérieur les changements ou l'inflammation histologique plus sévère. Chez les patients avec GC, le génotype AB AB a été associée à une intensité plus élevée de la métaplasie intestinale (GI) dans le antrum par rapport aux non-AB AB génotype (2.0 vs.
0,27, p = 0,02
). Cependant, chez les patients non-cancéreux, le génotype AB AB n'a pas été associée à des scores d'inflammation plus aigus (somme des sinus, corpus et du cardia: 3,43 vs 2,94
, p
> 0,05), l'inflammation chronique scores (somme des sinus, corpus et du cardia: 7,29 vs 7,22
, p
> 0,05), H. pylori densité
(somme des sinus, corpus et du cardia: 8,14 vs 8,84
, p
> 0,05), ou l'intensité de IM (0,43 vs 0,51
, p
>. 0,05) par rapport aux non-AB AB génotype
différence dans le BABA et Babb génotype entre les isolats de antrum et corpus
Pour les 19 patients qui ont fourni des isolats provenant de différentes niches gastriques sur l'antre et du corps, la composition de génotype de BABA
et Babb
au locus A et B de leur antre et isolats de corpus est indiqué dans le tableau 2. Quatre patients (no. 7, 12, 29, 30) ont été infectés par une souche de génotype AB dans l'antre et du corps, et 15 patients ont été trouvés à avoir une souches de génotype mixtes (AB B, A AB ou AB AB) que dans le corpus, ou les deux niches gastriques. Dans ces 15 patients, 3 patients (no. 28, 2, 4) ont eu les mêmes génotypes mixtes à travers l'antre et du corps. Huit des 12 patients restants avaient un génotype majeur dans les deux niches gastriques. La combinaison avec les 7 patients (no. 7, 12, 29, 30, 28, 2, 4) avec un seul génotype, 78,9% (15/19) des patients avaient un génotype majeur répartis sur deux niches.Table 2 Le génotype compositions de antrum et corpus H. pylori isolats de 19 patients de cas n °
BABAB
génotype du génotype de isolats
Major BABAB travers antrum & corpus
génotype dominant dans l'antre /corpus
AB ou AB AB génotype dominant de 12 patients infectés par plus d'un génotype
antrum (n)
corpus (n)
antrum
corpus
7
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
12
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
29
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
30
AB (4 )
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
28
A AB (4)
A AB (4)
A AB
A AB /A AB
x
x 2
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x 4
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x
1
AB AB (3)
AB AB (2)
AB AB
AB AB /-
+
- AB B (1)
AB B (2) 3
AB B (3)
AB B (4)
AB B
AB B /AB B
-
- AB (1)
6
AB AB (3)
A AB (1)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
+
+ 10

AB AB (3)
AB B (4)
- AB AB /AB B
+
- AB B (1)
19
AB (3)
AB (3)
AB
AB /-
+
- A AB (4)
21
AB (4)
AB (3)
AB
AB /AB
+
+
AB B (1)
25
AB (4)
AB (1)
- AB /AB B
+
- AB B (3)
14
AB (4)
AB (2 )
AB
AB /-
+
- AB B (2)
AB B (2) AB AB (2)
24
AB (3 )
AB (1)
- AB /-
+
- A AB (1)
AB B (1)
A AB (2)
27
A AB (3)
AB (1)
A AB
A AB /A AB
-
- AB AB (1)
A AB (3)
11
AB (4)
A AB (2)
- AB /-
+
- AB B (1 )
AB AB (3)
AB AB (2)
17
AB (3)
AB (3)
AB
- /-
-
-
AB B (3)
A AB (1)
A AB (2)
AB AB (2)
Patient no. 1, 3, 6, 19 et 21, qui ont été infectées par 2 génotypes, ont encore un problème majeur dans les deux niches gastriques, et qui était également vrai dans 2 (no. 14, 27) patients ayant 3, et 1 (pas. 17) des patients ayant 4 génotypes représentés dans leur infection. - Indiquant que les patients ont BABA
non-dominante et Babb de génotype dans les isolats de antrum ou corpus. Le nombre de patients était selon notre étude précédente [22].
Parmi ces 12 patients infectés par plus d'un génotype (tableau 2), la fréquence du génotype majeur dominant, AB combiné avec AB AB, dans l'antre était plus élevé par rapport à celui dans le corpus (75% [9/12] vs.
16,2% [2/12], p = 0,012
, odds ratio: 15). Cependant, 6 des 12 patients ne disposaient pas d'un génotype dominant dans leur corpus isole.
Analyse de la séquence et la comparaison
Au locus A, l'antre et du corps de chaque patient isole avait des substitutions d'acides aminés spécifiques dans la région de BABA (Figure 2 et Tableau 3). Cependant, il n'y avait pas de différence évidente entre l'antre et du corps isole dans la région de mise en séquence, à l'exception de l'absence du patient. 27 (acide aminé 134 et 198). Nous avons également trouvé 5 substitutions non synonymes différentes à l'acide aminé 161 dans les isolats de 6 patients, par rapport à la souche J99. Le même scénario (de spécificité de séquence dans les souches des patients individuels, mais pas entre l'antre et corpus isolats) était dans les séquences du Babb. Figure 1 PCR profils de bandes de génotypes BABAB. (A) de paires d'amorces utilisées pour la détection des gènes au locus A et B. Les amorces sens, HypDF1 et S18F1, situés dans la région en amont de BABA
ou Babb
, sont appariés avec BabAR1 ou BabBR1 amorces pour déterminer si le gène au locus A et B est BABA
ou Babb
. profils de bandes (B) PCR de génotype A B, AB B, A AB et AB AB. Le génotype AB B a montré deux populations bactériennes dans la seule colonie, isoler la dominante comme BABA
et le mineur comme Babb
, au locus A. La souche avec un génotype AB représente une population dominante de Babb et une mineure population de BABA
au locus B. La combinaison de AB B et A AB a été défini comme un génotype AB AB. Lane M1, un marqueur moléculaire de 100 pb; voie M2, l marqueur HindIII. La taille des produits de PCR au locus A et B était 2.1-2.6 kb et 1,0-1,5 kb, respectivement.
Tableau 3 Les substitutions d'acides aminés dans BABA codés par BABA au locus A
L'emplacement des amino substitutions d'acides
cas No.
6
9
37
92
131
134
136
161
165
166
198
202
204
206
212
218
25
L
T
A
N
N
K
T
R
Y
G
N
S
T
T
E
S
27
L
A
A
N
N
T, K
T
A
D
G
N, K
S
T
T
Q
P 2
L
A
S
S
N E
T
K
Y
S
N
S
T
T
E
S
24
L
A
A
N
N
K
I
T
Y
G
N
E
S
T
E
D
6
L
A
A
N
H
Q
T
P
Y
G
N
N
T
T
A
S
26
F
A
A
N
N
K
T
S
Y
G
N
S
N
A
E
S
répétitions CT de BABA et Babb au locus B
gènes au locus B sont régulés par CT répète dans la région codante 5 ', et le nombre de CT répète (5, 8 et 11) font expression en phase protéique possible [12, 20]. Les répétitions de CT du gène de l'Babb au locus B sont présentés dans le tableau 4. Le corpus isole dans 7 des 12 patients ont eu un changement de répétitions CT du gène de la Babb au locus B et antrum isolats de ces patients toujours les mêmes répétitions CT, à l'exception des patients 17 (tableau 4) .Table 4 le nombre de CT répète dans la région 5 'de Babb de codage au locus B
cas n °
Antrum isolats (n = 2)
(CT nombre de répétitions)
Corpus isolats (n = 2)
(CT nombre de répétitions)
Concordance
Changement de répétition CT dans le corpus
2
8, 8
8, 8
+
- 12
8, 8
8, 8
+
- 24

7, 7
7, 7
+
- 30
11, 11
11, 11
+
- 1
8, 8
7, 10
- +
11
8, 8
7, 9
- +
26
8, 8
8, 9
- +
6
9, 9
9, 12
- +
21
7, 7
9, 10
- +
27
9, 9
9, 8
- +
14
8, 8
7, 7
-
- 17
7, 10
8, 7
- +
Quatre patients (pas. 2, 12, 24, 30) ont été infectés par des isolats avec une sorte de répétition de CT (7, 8 et 11) à travers l'antre et du corps, mais seulement l'un d'entre eux (pas. 24) avait un hors du cadre Babb
. Chez les autres patients (no. 1, 11 et 26), les isolats antrale contenait 8 répétitions CT, mais les isolats du corpus changé à 7, 9 ou 10 répétitions. Pour les patients (no. 6, 21 et 27) qui ont été infectées par le antrum isole avec 7 ou 9 répétitions CT, leur corpus isolats a également eu un changement de CT se répète, mais le nombre de répétitions CT était encore hors du cadre (9 , 10 et 12), sauf dans un isolat de aucun patient. 27 (CT répète = 8) Génotype et BABA l'expression.
Pour déterminer l'effet de BABA
au locus A et B sur l'expression de BABA (figure 3A), nous avons trouvé que le BABA
au locus B n'a évidemment pas affecter le niveau d'expression de BABA, par rapport à l'isolats 19C3 (A AB) et 19C1 (AB). Tous les isolats (26A1, A4, C2 et C3) avaient le génotype A AB, mais les répétitions CT du BABA
au locus B de C2 était hors du cadre. L'expression de BABA n'a pas été affectée par le fait que BABA
au locus B était dans ou hors du cadre. Nous avons déterminé en outre si un génotype mixte au locus A aurait une incidence sur l'expression de BABA, et a trouvé 14C2 et 14C3 avec le génotype AB B (BABA /rapport Hsp60: 0,76 et 0,70) avait expression légèrement inférieur à 14A2 et 14a4 avec le génotype AB (BABA /taux de hsp60: 0,90 et 0,87, figure 3B). AB AB génotype a également eu l'expression de BABA inférieur A B (BABA ratio /Hsp60: 1,09 et 0,89, figure 3C). Figure 2 Les séquences de BABA au locus A de l'antre et du corps isole. Les nombres cardinaux indiquent les isolats de patients différents. A1-4 et C1-4 étaient une seule colonie isoler isolé de l'antre et le corpus, respectivement. mise en évidence blanc indique les acides aminés différents de la discussion
L'apparition de la recombinaison intragénomique entre BABA
et Babb
a été démontrée in vitro
et in vivo
consensus., impliquant cette mécanisme peut éventuellement aider H.pylori
à s'adapter dans l'estomac humain [12, 14]. En outre, les génotypes mixtes de BABA
et Babb
au locus A ou B ont été démontrées [20]. L'association clinique du BABA
et Babb de génotype des souches de H. pylori et le profil génétique avec les infections des sinus et du corps d'un hôte unique sont toujours pas claires. Dans cette étude, nous avons démontré que le génotype AB AB, un génotype dominant dans l'antre, a été associée à la lésion précancéreuse comme IM, et en corrélation avec le cancer gastrique. Cependant, H. pylori
infection par ce génotype AB AB n'a pas conduire à une colonisation ou une inflammation gravité plus dense en histologie gastrique. Nos données indiquent H. pylori BABA
et Babb de génotypes comme AB AB devraient au moins exercer une meilleure adaptation à l'environnement gastrique pendant la cancérogenèse.
Colbeck et al
. [20] ont trouvé 9 génotypes (A B, AB B, A AB, A A, B B, B A, B C, C B et B AB) dans leur étude. Néanmoins, notre étude n'a trouvé quatre génotypes (A B, A AB, AB B et AB AB) dans le 168 isolats de l'antre et du corps (tableau 2) 19 patients. Il indique la diversité des génotypes de BABAB
dans les isolats taïwanais pourrait être évidemment moins compliquer. En outre, le gène au moins un BABA au locus A existait dans chacun des isolats. Cette constatation est compatible avec notre rapport précédent pour révéler le taïwanais H. pylori
isolats sont près de 100% BABA
-positifs [17], et de soutenir la prévalence plus élevée de BABA
chez H. pylori
souches en provenance des pays d'Asie orientale que ceux des mondes occidentaux [23]. Par ailleurs, Matteo et al
. [24] démontré que 9 des 34 patients (26,5%) avaient une variation du gène
bab dans l'antre et le corps d'un hôte unique à un point de temps spécifique. Nous avons constaté que 12 des 19 patients (63,2%) infectés par plus d'un génotype dans l'un ou les deux créneaux gastriques. Analyse de l'écart de prévalence entre les deux études pourrait être due à l'analyse de bab
génotype de la piscine bactérienne ou une seule colonie isolat. Des séquences de BABA
et Babb
a révélé que les substitutions non synonymes de les acides aminés se sont produits entre les souches individuelles (figure 2, tableau 3 et données non présentées), mais ne différaient pas entre les niches gastriques. Fierté et al
. [11] ont également montré une grande diversité allélique au sein de BABA
et Babb
dans les souches provenant de patients différents. A en juger par les 6 substitutions non synonymes différents de l'acide aminé 161 dans les souches de 6 patients, ce codon est un site très variable. Cela vaut la peine une enquête plus approfondie, car il peut être un site spécial chargé d'adapter à des différences dans les estomacs individuels.
CT répète dans la région 5 'de BABA
et Babb codage
sont plus fréquemment rencontrée au locus B que locus A [20]. Nous avons constaté que le corpus isolats avaient une fréquence plus élevée des changements dans le nombre de répétitions CT de Babb
au locus B que les isolats (tableau antre 4). Parmi ces 7 patients infectés par le corpus isole avec un changement de répétitions CT, un seul (le patient no. 27) avait l'isolat changer CT répète à l'image (CT = 8) (tableau 4). Ces données indiquent que l'expression Babb pourrait être étroitement contrôlée par la variation de phase due à de répétitions de trame dans le corpus. Parmi 12 patients infectés par des isolats avec plus d'un génotype, leurs isolats de antrum ont un taux plus élevé de AB et AB AB génotypes dominants que corpus (9/12 vs.
2/12, p
< 0,05 ). De plus, la moitié de ces patients manquait un génotype dominant dans leur corpus isole. Ces résultats suggèrent l'environnement dans le corpus peut favoriser l'adaptation différente pour les isolats avec différentes diversités génétiques H. pylori
.
La présence du génotype AB AB a été plus élevé chez les patients du GC avec l'âge (tableau 1). En outre, le génotype AB AB n'a pas été corrélée à l'inflammation plus grave ou des changements précancéreux chez les patients non cancéreux. Sur la base de ces données cliniques histologiques en coupe, il suggère les souches AB AB peuvent avoir une meilleure adaptation à l'environnement cancéreuse dans l'estomac, au lieu de conduire en plus de toxicité dans la carcinogenèse gastrique. Sur la figure 3A, nous montrons que le BABA
gène au locus A détermine l'expression dominante BABA, et le génotype mixte comme AB au locus A peut diminuer l'expression de BABA (figure 3B et 3C). Il est ainsi possible un génotype mixte comme AB au locus A peut rendre H. pylori
isolats pour contenir une BABA expression des sous-populations perdre. Alternativement, le génotype mixte comme AB au locus B peut éventuellement permettre à H. pylori Comment faire pour changer l'expression Babb et mérite donc une étude plus approfondie.
En outre, nos données précédentes ont montré que l'intensité de Lewis b devenir diminué en antrum atrophie, mais peut être conservé dans corpus de médiation colonisation plus élevé de bug overthere [17]. Ainsi, il doit être également implicatif pour tester si le génotype AB AB principalement dans antrum peut avoir l'avantage d'adapter l'épithélium gastrique avec faible Lewis b expression à l'avenir.
Conclusions
Le H. pylori
isoler avec BABA génotype de
et Babb comme AB AB génotype est en corrélation avec un risque accru de cancer de l'estomac, et coloniser de façon prédominante de l'antre. Ce génotype AB AB doit être associée à une meilleure adaptation à l'environnement précancéreuse ou d'un cancer gastrique, et éventuellement générer des sous-populations qui perdent BABA ou Babb.
Méthodes
Patients et isolats bactériens
Un total de 92 H. pylori
souches ont été cultivées à partir des biopsies de patients atteints de différentes maladies cliniques comme l'ulcère duodénal (UD, n = 18), l'ulcère gastrique (GU, n = 27), la gastrite (n = 27) ou le cancer gastrique (GCA, n = 20), défini par endoscopie avec confirmation histologique. Tous les patients ont donné leur consentement éclairé et panendoscopie subi dans notre institut. Pendant panendoscopie pour chaque patient, cinq bits de biopsie gastrique, y compris 2 à partir de l'antre, 2 du corpus, et 1 des cardia ont été obtenus. La culture bactérienne et l'examen histologique ont été appliqués comme l'article précédent [17]. Single-colonie Cette étude a été approuvée par «expérience humaine et Comité d'éthique de l'hôpital national de Cheng Kung University '(n ° HR-98-023). Isole de l'antre et du corps ont été choisis au hasard à partir des plaques de culture primaire. Pour chaque site, au moins 3-4 isolats unique colonie ont été choisis au hasard pour déterminer le génotype de l'BABAB. la culture des colonies pour l'extraction de l'ADN est inférieure à 8 passages pour diminuer la possibilité d'une variation génétique in vitro. Chacun des 19 patients infectés dans l'antre et du corps par des isolats avec le même motif RAPD de baguage a été décrit précédemment [22] Détection de BABA et Babb de. Génotypes
La détection de BABA
et Babb
génotypes a été basée sur la méthode de Colbeck et al
[20]. HypDF1-BabAR1 et HypDF1-BabBR1 amorces ont été utilisées pour déterminer si le gène au locus A était BABA
ou Babb
. De la même manière, S18F1-BabAR1 et S18F1-BabBR1 amorces ont été appliquées pour déterminer si le gène au locus B était BABA
ou (Figure de 1A) Babb. Les 40 cycles de réactions d'amplification ont été réalisées avec 20 pmol d'amorce, 0,15 mM de chaque triphosphate de désoxynucléoside, tampon de réaction avec MgCl 2 et 1 U d'ADN Taq polymérase (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) dans un volume final de 50 ul. Les conditions de cyclage thermique ont été décrites précédemment [20]. Chaque produit amplifié (20 ul) a été analysé sur un gel d'agarose à 1% coloré avec du bromure d'éthidium. Figure 3 BABA au locus Une expression de BABA dominante déterminée. (A) Effet de BABA
au locus B sur le BABA
expression.The isoler (19C3) avait BABA
au locus A et en cadre des répétitions CT de BABA
au locus B, qui étaient par rapport à l'isolat ayant seulement BABA
au locus A (19C1). La présence de BABA
au locus A et B était dans les isolats 26A1, A4, C2 et C3, mais C2 eu un hors du cadre BABA
au locus B. (B) Effet du génotype mixte au locus A sur l'expression de l'BABA. Les isolats d'un patient (no. 14) avaient un génotype mixte au locus A (14C2 et C3), qui a été comparé à ceux avec BABA
seulement au locus A (14A2 et A4). (C) Comparaison des BABA
entre AB AB et A génotypes B. Hsp60 était comme un contrôle interne. Définition
Genotype
Le BABA
et Babb de génotype de chaque isolat unique colonie a été basée sur la description précédente [20]. Un isolat de J99-like a montré les bandes PCR attendus de BABA
au locus A et Babb
au locus B et a été défini comme étant le "A génotype B" (figure 1B-a). Un isolat unique colonie contenant à la fois BABA
et Babb
au même locus a été défini comme «génotype mixte» (comme AB B, A AB, et AB AB), indiquant qu'il y avait des sous-populations au sein de la population bactérienne dérivée d'une colonie unique. Un isolat avec un génotype AB B contenait une population avec BABA
et l'autre population avec Babb
au même locus A (figure 1B-b). Le génotype A AB représenté deux populations bactériennes, une dominante avec Babb
et le mineur un avec BABA
au locus B, bien que les deux provenant d'une seule colonie (figure 1B-c). Un génotype mixte détectée à la fois locus A et B a été définie comme une AB AB (figure 1B-d).

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