H. pylori kliniska isolat har olika babAB genotyp fördel över olika topografiska områden av magen med korrelation till klinisk sjukdom outcomes

H. pylori
kliniska isolat har olika babAB
genotyp fördel över olika topografiska områden av magen med korrelation till kliniska resultat sjukdoms Bild Sammanfattning
bakgrund
Intragenomic rekombination mellan babA Mössor och babB
förmedlar antigena variationer och kan hjälpa H. pylori
kolonisering. Denna studie bestäms om varierande genotyper Baba Mössor och babB
korrelerar med olika utfall klinisk sjukdom, och kan fördela de olika gastric nischer.
Resultat
denna studie inskrivna 92 ​​kliniska stammar (45 från magsår 27 från gastrit, och 20 från magcancer) för att upptäcka om babB Baba och sälja är på locus A eller B av PCR-reaktioner med hjälp av primers utformade från uppströms och variabla regionen av Baba Mössor och babB
gener. Fyra genotyper Baba Mössor och babB
(A B, AB B, A AB, AB AB) konstaterades. Fördelningen av de 4 genotyper i 92 kliniska stammar var signifikant annorlunda hos patienter med olika magsjukdomar (p Hotel < 0,05). De isolat från gastric cancerpatienter hade en högre frekvens av AB AB genotyp än de från patienter icke-cancer (40,0% vs
9,7%, p Hotel < 0,05). AB AB genotyp associerades med en högre intensitet av intestinal metaplasi (p Hotel < 0,05), men inte korrelerar med en högre inflammation och kolonisering tätheten i gastric histologi (p Hotel > 0,05). Dessutom rekryterades studien 19 patienter att kontrollera om varierande genotyper av babAB
fanns i de olika mag nischer. Bland de patienter som infekterats med mer än en babAB
genotyper över antrum och corpus, det fanns högre genotyper som AB eller AB AB i isolat från antrum än i de från corpus (75,0% vs
16,7%, p Hotel <. 0,05) katalog slutsatser
H. pylori
isolera med AB AB genotypen korrelerar med en ökad gastric cancerrisken, och kolonisera i ett antrum dominerande sätt
bakgrund Helicobacter pylori
infektion ökar risken för magsår och gastriskt adenokarcinom i den humana magsäcken [1-3]. H. pylori
anslutning till gastric epitel och levererar effektenheter att inducera inflammation [4, 5]. En av de bäst studerade adhesiner är blodgruppsantigen-bindande adhesin (BabA), som binder Lewisb (Leb) och besläktade antigener ABO [6, 7]. Förmodade adhesin, Babb, kodas av babB
, som delar nästan identiska N- och C-terminala sekvenserna med babA
[7, 8]. De återkromosom platser Baba Mössor och babB
mellan stam J99 och 26695 bevisa rekombination mellan dessa två gener [9, 10]. De två generna visar också både geografiskt och allelvariation [11]. Dessutom dubblering Baba
eller babB
gen förmedlas genom genomvandling mellan de olika kromosomala loci [12-14]. Bäckström et al
. [14] visade att den tysta babA
genen av en Leb-nonbinding stammen kan aktiveras genom rekombination in i babB
genen. Den rhesusapa modellen visade att de flesta återvunna isolat har ersatt babA hotell med en andra kopia av babB
efter flera veckors infektion [12].
I västvärlden, patienter infekterade med babA
-positiva H . pylori
isolat är associerade med en ökad risk för peptiskt sår sjukdomar [15, 16]. Dock är denna förening inte bekräftats hos patienter från östra Asien, eller några andra västländer [17-19]. Colbeck et al
. [20] använde PCR för att upptäcka om det nedströms hpyD
(locus A) och S18
(locus B) är babA
eller babB Mössor och fann enda koloniisolat med blandad babA
och babB
genotyp vid samma lokus, vilket indikerar subpopulationer inom bakteriepopulation härledd från en enda koloni. Det är värt att svara på om de genetiska profiler Baba Mössor och babB
kunde relateras till de olika kliniska sjukdomsutfall eller specifika H. pylori
-relaterade histologiska funktioner. Review Det finns olika dominerande cell typer i antrum och corpus. Parietalcellerna producerar HCl lokalisera i corpus och göra en annan pH-gradient till antrum. Vår tidigare studie visade patienter med kronisk H. pylori
infektion uttryckte en högre intensitet av Lewis bi mag epitel corpus än i antrum [17]. Rekombination mellan babA Mössor och babB
kan hjälpa H. pylori
att ändra sin vidhäftningsförmåga för att anpassa olika nischer i magen [21]. Följaktligen är det värt att bestämma genotypen distribution av babA
och babB
i H.pylori
infektion under de olika topografiska platser som antingen antrum eller corpus i människans mage. I denna studie analyserade vi den kliniska betydelsen Baba Mössor och Babb
genotyper och närvaron Baba Mössor och babB
vid locus A och B i flera kolonier från olika gastric nischer att förstå babAB
genetiska profil av H. pylori
isolat över mag regioner inom samma värd.
Resultat
Utdelning av Baba och babB genotyper hos patienter med olika kliniska sjukdomar
Upptäckt av babAB
genotyper var baserad på den primer design som visas i figur 1. Bland 92 stammar, fördelningen av de fyra genotyperna (AB, AB B, A AB och AB AB) var 46 (50%), 21 (22,8%), 10 (10,9%) och 15 (16,3%), respektive. Det fanns ingen skillnad i könsfördelningen bland de olika genotyper (Chi-test, p Hotel > 0,05). Medelåldern för patienter infekterade med genotyp som AB AB var marginellt äldre än dem som smittats med andra genotyper (57,6 jämfört med 50,3 år, fritt-prov t-test, p
= 0,09). Fördelningarna av de fyra genotyperna var signifikant olika i de patienter med olika kliniska sjukdomar (Tabell 1, Chi-square test, p
= 0,04). Medelåldern för GC patienter var högre än de andra patienterna icke-cancer (58,6 vs.
49,5 år, fritt-Sample t-test, p
= 0,01). Hastigheten för den AB AB genotypen hos patienter med GC var högre än den i de tre grupperna av patienter som icke-cancer (40,0% [20/08] vs.
9,7% [7/72], Fisher exakta test, p Hotel < 0,05, oddskvot: 6,2; 95% CI: 1.9-20.3) .table en Baba och Babb genotyper av H. pylori från olika kliniska patientgrupper
N (%) Review
DU
(n = 18)
GU
(n = 27)
Gastrit
(n = 27)
GC
(n = 20)
Totalt
(n = 92) katalog statistik
p
värde
AB
11 (61,1)
14 (51,9) Review 15 (55,6) Review 6 (30) Review 46 (50)
0,039
AB B 6 (33,3) Review 4 (14,8)
7 (25,9) Review 4 (20) Review 21 (22,8) Review En AB
0 (0) Review 4 (14,8) Review 4 (14,8) Review 2 (10) Review 10 (10,9) Review AB AB
en (5,6) Review 5 (18,5) Review 1 (3,7) Review 8 (40) Review 15 (16,3 ) Review DU: duodenalsår. GU: magsår. GC: magcancer. Skillnaden mellan de fyra genotyperna i magsjukdomar bedömdes av Chi-square test.
Som AB AB genotypen var högre hos patienter med magcancer, testade vi vidare om en sådan genotyp kan leda till en högre frekvens av precancerous ändringar eller allvarligare histologiska inflammation. I patienter med GC, var AB AB genotyp associerad med en högre intensitet av intestinal metaplasi (IM) i antrum jämfört med icke-AB AB genotyp (2,0 vs.
0,27, p
= 0,02). Hos patienter icke-cancer, AB AB genotypen förknippades inte med högre akut inflammation poäng (summan av antrum, corpus och magmunnen: 3,43 vs.
2,94, p Hotel > 0,05), kronisk inflammation poäng (summan av antrum, corpus och magmunnen: 7,29 vs.
7,22, p Hotel > 0,05), H. pylori
densitet (summan av antrum, corpus och magmunnen: 8,14 vs.
8,84 s Hotel > 0,05), eller intensiteten av IM (0,43 vs.
0,51, p Hotel >. 0,05) jämfört med icke-AB AB genotyp
Skillnad i Baba och babB genotyp mellan isolat från antrum och corpus Hus till de 19 patienter som lämnat isolat från olika gastric nischer över antrum och corpus, genotyp sammansättning Baba Mössor och babB sälja på locus A och B i deras antrum och corpus isolat visas i tabell 2. Fyra patienter (no. 7, 12, 29, 30) infekterades med ett AB genotyp stam tvärs antrum och corpus, och 15 patienter visade sig ha en blandad genotyp stammar (AB B, A AB eller AB AB) endast corpus, eller båda gastric nischer. Under dessa 15 patienter, 3 patienter (no. 28, 2, 4) hade samma blandade genotyper över antrum och corpus. Åtta av återstående 12 patienter hade en större genotyp över både gastric nischer. Kombinera med 7 patienter (nr. 7, 12, 29, 30, 28, 2, 4) med bara en genotyp, 78,9% (15/19) av våra patienter hade en större genotyp fördelade över två niches.Table 2 genotyp kompositioner av antrum och corpus H. pylori isolat från 19 patienter | Case No.
babAB
genotyp isolat
Major babAB
genotyp över antrum & corpus
Dominant genotyp i antrum /corpus
AB eller AB AB som dominerande genotyp av 12 patienter infekterade med mer än en genotyp
antrum (n)

corpus (n)
antrum
corpus
7
AB (4) Review AB (4)
AB
AB /AB
x x
12
AB (4) Review AB (4) Review AB
AB /AB
x
x 29
AB (4) Review AB (4) Review AB
AB /AB
x x
30
AB (4 ) Review AB (4) Review AB
AB /AB
x x
28 Review, en AB (4) Review En AB (4) Review, en AB Review, en AB /A AB
x x 2
AB AB (4) Review AB AB (4) Review AB AB
AB AB /AB AB
x x 4
AB AB (4) Review AB AB (4) Review AB AB
AB AB /AB AB
x x
1
AB AB (3) Review AB AB (2) Review AB AB
AB AB /-
+ -
AB B (1) Review AB B (2) Review 3
AB B (3) Review AB B (4) Review AB B
AB B /AB B -
-
AB (1) Review 6
AB AB (3) Review En AB (1) Review AB AB (4) Review AB AB
AB AB /AB AB
+
+
10
AB AB (3) Review AB B (4) -
AB AB /AB B
+ -
AB B (1)
19
AB (3) Review AB (3) Review AB
AB /-
+ -
A AB (4) Review 21
AB (4) Review AB (3) Review AB
AB /AB
+
+
AB B (1) katalog 25
AB (4)
AB (1) -
AB /AB B
+ -
AB B (3) Review 14
AB (4) Review AB (2 ) Review AB
AB /-
+ -
AB B (2) Review AB B (2) AB AB (2) Review 24
AB (3 ) Review AB (1) -
AB /-
+ -
A AB (1) Review AB B (1) Review En AB (2)
27 Review, en AB (3) Review AB (1) Review A AB Review, en AB /A AB -
-
AB AB (1)
A AB (3) Review 11
AB (4) Review En AB (2) -
AB /-
+ -
AB B (1 ) Review AB AB (3) Review AB AB (2) Review 17
AB (3) Review AB (3) Review AB Omdömen - /- Omdömen -
-
AB B (3) Review En AB (1) Review En AB (2) Review AB AB (2) Review patienten inte. 1, 3, 6, 19 och 21, som var infekterade med 2 genotyper, fortfarande har en stor en över båda gastric nischer, och det var också sant i två (nr. 14, 27) patienter med 3, och en (nr. 17) patient som har 4 genotyper representerade i sina infektioner. - Tyder på att patienterna har icke-dominanta babA Mössor och babB
genotyp i isolat av antrum eller corpus. Patienternas antal var enligt vår tidigare studie [22].
Bland dessa 12 patienter infekterade med mer än en genotyp (tabell 2), frekvensen av de stora dominerande genotypen, AB i kombination med AB AB, i antrum var högre jämfört med i corpus (75% [9/12] vs.
16,2% [2/12], s
= 0,012, oddskvot: 15). Men sex av 12 patienter saknade en dominerande genotyp i sin corpus isolat.
Sekvensanalys och jämförelse
Vid locus A, varje patients antrum och corpus isolerar hade specifika utbyten av aminosyror i regionen Baba (Figur 2 och tabell 3). Emellertid fanns det ingen uppenbar skillnad mellan antrum och corpus isolat i sekvenseringsregionen, förutom från patient nr. 27 (aminosyra 134 och 198). Vi fann också 5 olika nonsynonymous substitutioner vid aminosyra 161 i 6 patient isolat, jämfört med stam J99. Samma scenario (sekvensspecificitet i enskilda patienters stammar men inte mellan antrum och corpus isolat) var i Babb
sekvenser. Figur 1 PCR-bandmönster av babAB genotyper. (A) Primerpar används för gen detektion vid locus A och B. Termins primers, HypDF1 och S18F1, som ligger i regionen uppströms Baba
eller babB
, paras med BabAR1 eller BabBR1 primers för att avgöra om gen vid locus A och B är babA
eller babB
. (B) PCR bandmönster av genotyp A B, AB B, A AB och AB AB. AB B genotyp visade två bakteriepopulationer i enkelkoloniisolat, den dominerande som babA
och mindre som babB
vid locus A. stam med A AB genotyp representerade en dominerande population av babB och en mindre befolkning Baba
vid locus B. kombinationen av AB B A AB definierades som ett AB AB genotyp. Lane M1, en 100 bp molekylär markör; körfält M2, l Hindlll markör. Storleken av PCR-produkter vid locus A och B var 2.1-2.6 kb och 1,0-1,5 kb, respektive.
Tabell 3 De aminosyrasubstitutioner i BabA kodas av babA vid locus A
Placeringen av amino -tioner
ärende nr
6
9
37
92
131
134
136
161
165
166
198
202
204
206
212
218
25
L
T Review, en
N
N
K
T
R
Y
G
N
S
T
T
E
S
27
L
A Review, en
N
N
T, K
T
En
D
G
N, K
S
T
T
Q
P 2
L Review, en
S
S
N
E
T
K
Y
S
N
S
T
T
E
S
24
L
A Review, en
N
N
K
jag
T
Y
G
N
E
S
T
E
D
6
L
A Review, en
N
H
Q
T
P
Y
G
N
N
T
T Review, en
S
26
F
A Review, en
N
N
K
T
S
Y
G
N
S
N
En
E
S
CT upprepningar av Baba och babB vid locus B
gener vid locus B regleras av CT upprepar i den 5'-kodande regionen, och antalet CT upprepar (5, 8 och 11) gör in-frame proteinuttryck möjligt [12, 20]. CT-upprepningar av babB
genen vid locus B visas i tabell 4. corpus isolat i 7 av 12 patienter hade en förändring av CT upprepningar av babB
genen vid locus B och antrum isolat av dessa patienter alltid ha samma CT-upprepningar utom patienten 17 (tabell 4) .table 4 Antalet CT upprepar i den 5'-kodande regionen av babB vid locus B Bild Case No.
Antrum isolat (n = 2) Review (CT upprepa nummer)
Corpus isolat (n = 2) Review (CT upprepa nummer)
Concordance
Ändring av CT upprepa i corpus
2 Review 8, 8
8, 8
+ -
12
8, 8
8, 8
+
-
24
7, 7
7, 7
+ -
30
11, 11
11, 11
+
- 1
8, 8
7, 10 -
+
11
8, 8
7, 9 -
+
26
8, 8
8, 9 -
+
6
9, 9
9, 12 -
+
21
7, 7
9, 10 -
+
27
9, 9
9, 8 -
+
14
8, 8
7, 7 -
-
17
7, 10
8, 7 -
+
Fyra patienter (no. 2, 12, 24, 30) infekterades genom isolat med en typ av CT repeat (7, 8 och 11) över antrum och corpus, men endast en av dem (nr. 24) hade en ut av ram babB
. I de övriga patienterna (no. 1, 11 och 26), isolat deras antrum innehöll 8 CT upprepningar men corpus isolat ändrats till 7, 9 eller 10 upprepar. För patienterna (no. 6, 21 och 27) som var infekterade av antrum isolat med 7 eller 9 CT upprepningar, deras corpus isolat också haft en förändring av CT upprepar, men antalet CT upprepningar var fortfarande ur ramen (9 , 10 och 12), utom i ett isolat från patient nr. 27 (CT upprepar = 8).
Genotyp och BabA uttryck
att bestämma effekten Baba
vid locus A och B på BabA uttryck (figur 3A), fann vi att Baba
vid locus B inte självklart påverka nivån på BabA uttryck, jämfört med isolat 19C3 (A AB) och 19C1 (AB). Alla isolaten (26A1, A4, C2 och C3) hade A AB genotyp, men CT upprepningar av Baba
vid locus B C2 var ur ramen. Uttrycket av Baba påverkas inte av om babA
vid locus B var i eller ut ur ramen. Vi bestämde vidare om en blandad genotyp vid locus A skulle påverka BabA uttryck, och fann 14C2 och 14C3 med AB B genotypen (BabA /Hsp60 förhållande: 0,76 och 0,70) hade något lägre uttryck än 14a2 och 14A4 med AB genotypen (BabA /hsp60 förhållande: 0,90 och 0,87, figur 3B). AB AB genotyp hade också lägre BabA uttryck än A B (BabA /Hsp60 förhållande: 1,09 och 0,89, figur 3C). Figur 2 Baba sekvenser vid locus A i antrum och corpus isolat. Cardinal siffrorna anger olika patienters isolat. A1-4 och C1-4 var enda koloni isolera isolerad från antrum och corpus, respektive. Vit markering anger aminosyror som skiljer sig från Diskussion
Förekomsten av intragenomic rekombination mellan babA
och babB
har visats i och in vivo
experiment in vitro
konsensus.
, Implicerar detta mekanism kan möjligen hjälpa H. pylori
att anpassa i människans mage [12, 14]. Dessutom blandade genotyper Baba Mössor och babB
vid locus A eller B har visats [20]. Den kliniska sammanslutning av Baba Mössor och babB
genotyp av H. pylori
stammar och genetiska profil med infektioner i antrum och corpus av en enda värd är fortfarande oklart. I denna studie visade vi att AB AB genotypen, en dominerande genotyp i antrum, var associerad med precancerösa lesionen som IM, och korreleras med magcancer. Men H. pylori
infektion av en sådan AB AB genotyp har inte leda till en tätare kolonisering eller inflammation svårighetsgrad i gastric histologi. Våra data indikerar H. pylori babA
och Babb
genotyper som AB AB bör åtminstone utöva bättre anpassning till gastric miljön under cancer.
Colbeck et al
. [20] fann 9 genotyper (A B, AB B, A AB, A A, B B, B A, B C, C B och B AB) i sin studie. Ändå vår studie fann endast fyra genotyper (A B, A AB, AB B och AB AB) i 168 isolat från 19 patienter "antrum och corpus (tabell 2). Den indikerar genotypen mångfald babAB
i taiwanesiska isolat kunde vara uppenbart mindre komplicerat. Vidare kan åtminstone en babA
gen vid lokuset A fanns i var och en av isolaten. Detta konstaterande är kompatibel med vår tidigare rapport att avslöja taiwanesiska H. pylori
isolat är nästan 100% babA
-positivt [17], och stödja högre prevalens Baba
i H. pylori
stammar från östasiatiska länder än de från västra världar [23]. Dessutom Matteo et al
. [24] visade att 9 av 34 patienter (26,5%) hade bab
gen variation över antrum och corpus av en enda värd vid en viss tidpunkt. Vi fann att 12 av 19 patienter (63,2%) som infekterats med mer än en genotyp i endera eller båda gastric nischer. Prevalensen diskrepans mellan två studier kan bero på en analys av bab
genotyp från bakterie poolen eller enkelkoloniisolat.
Analys av sekvenserna Baba Mössor och babB
visade att nonsynonymous utbyten av aminosyror skedde mellan de enskilda stammar (Figur 2, Tabell 3 och data ej visade), men skilde sig inte mellan de gastric nischer. Pride et al
. [11] visade också hög allelisk mångfald inom babA Mössor och babB
i stammar från olika patienter. Att döma av de 6 olika nonsynonymous substitutioner av aminosyran 161 i de 6 patient stammar, detta kodon var en mycket varierande plats. Detta är värt ytterligare utredning, eftersom det kan vara en speciell plats som ansvarar för anpassning till skillnader i enskilda magar.
CT upprepar i 5 'kodande regionen Baba Mössor och babB
är mer vanligt förekommande vid locus B än locus A [20]. Vi fann att corpus isolaten hade en högre frekvens av förändringar i antalet CT upprepningar av babB
vid locus B än antrum isolat (tabell 4). Bland dessa 7 patienter infekterade av corpus isolat med en förändring av CT repetitioner, endast en (patienten inte. 27) hade isolat ändra CT upprepar i-ram (CT = 8) (tabell 4). Dessa data indikerar att Babb uttryck kan vara tätt kontrolleras av fasvariation på grund av ramrepetitioner i corpus. Bland 12 patienter infekterade med isolat med mer än en genotyp, deras isolat från antrum har en högre frekvens av AB och AB AB som dominerande genotyper än corpus (9/12 vs.
2/12, s Hotel < 0,05 ). Dessutom hälften av dessa patienter saknade en dominerande genotyp i sin corpus isolat. Dessa resultat tyder på miljön i corpus kan gynna olika anpassning för isolaten med olika H. pylori
genetiska skillnader.
Närvaron av AB AB genotypen var högre i GC patienter med hög ålder (tabell 1). Dessutom är AB AB genotyp inte korrelerad med mer allvarlig inflammation eller precancerous förändringar hos patienter icke-cancer. Baserat på denna tvärsnitts kliniska histologiska data, tyder det på AB AB stammar kan ha en bättre anpassning till cancer miljön i magen, i stället för att leda till mer toxicitet i gastric cancer. I figur 3A, visar vi att Baba
genen vid locus En dominant bestämmer BabA uttryck, och den blandade genotyp som AB vid locus A kan minska BabA uttryck (figur 3B och 3C). Det är sålunda möjligt en blandad genotyp som AB vid locus A kan göra H. pylori
isolat för att innehålla en subpopulation förlora BabA uttryck. Alternativt kan det blandade genotyp som AB vid locus B möjligen tillåta H. pylori
ändra Babb uttryck och därmed förtjänar ytterligare studier.
Dessutom har våra tidigare data visat att intensiteten i Lewisb bli minskade i antrum atrofi, men kan bevaras i corpus att mediera högre kolonisering av bug overthere [17]. Så skall det också vara implicative att testa om AB AB genotyp dominant i antrum kan ha fördel att anpassa mag epitel med svag Lewis b uttryck i framtiden.
Slutsatser
H. pylori
isolera med babA Köpa och babB
genotyp som AB AB genotyp korrelerar med en ökad gastric cancerrisken, och kolonisera i ett antrum dominerande sätt. Sådan AB AB genotyp ska vara förenad med en bättre anpassning till gastric precancerous eller cancer miljö, och möjligen generera subpopulationer förlorar BabA eller Babb.
Metoder
Patienter och bakterieisolat Review, en totalt 92 H. pylori
stammar odlades från biopsiprover från patienter med olika kliniska sjukdomar som duodenalsår (DU, n = 18), magsår (GU, n = 27), gastrit (n = 27), eller magcancer (GCA, n = 20), som definieras av endoskopi med histologisk bekräftelse. Alla patienter hade gett informerat samtycke och genomgick panendoscopy i vårt institut. Under panendoscopy för varje patient, var fem bitar av gastric biopsi, däribland två från antrum, två från corpus, och en av de övre magmunnen erhållits. Bakteriekulturen och histologisk undersökning applicerades som tidigare artikel [17]. Studien godkändes av "Human Experiment och etikkommitté National Cheng Kung University Hospital" (nr HR-98-023).
Enkelkoloniisolat från antrum och corpus var slumpmässigt utvalda från de primära odlingsplattor. För varje plats, var minst 3-4 enkelkoloniisolat slumpmässigt utvalda för att bestämma babAB
genotyp. Koloni kultur för DNA-extraktion var mindre än 8 passager för att minska möjligheten av genetisk variation in vitro. Var och en av de 19 patienter som infekterats i antrum och corpus av isolat med samma RAPD bandmönstret beskrevs tidigare [22] Upptäckt av Baba och Babb.
Genotyper
upptäckt Baba Mössor och babB
genotyper baserades på metoden enligt Colbeck et al
[20]. HypDF1-BabAR1 och HypDF1-BabBR1 primrar användes för att bestämma om genen vid locus A var babA
eller babB
. På samma sätt, var S18F1-BabAR1 och S18F1-BabBR1 primrar tillämpas för att fastställa huruvida den gen vid lokuset B var babA
eller babB
(Figur 1A). De 40 cykler av amplifieringsreaktioner utfördes med 20 pmol primer, 0,15 mM av varje deoxinukleosidtrifosfat, reaktionsbuffert med MgCl 2 och 1 U Taq DNA-polymeras (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) i en slutlig volym av 50 ^. Betingelserna för termisk cykling har beskrivits tidigare [20]. Varje amplifierad produkt (20 | il) analyserades på en 1% agarosgel färgad med etidiumbromid. Figur 3 babA vid locus En dominant bestämd BabA uttryck. (A) Effekt Baba
vid locus B på BabA
expression.The isolat (19C3) hade babA
på locus A och i ram CT upprepningar Baba
vid locus B, som var jämfört med isolat bara ha babA
vid locus A (19C1). Närvaron av babA
vid locus A och B var i isolaten 26A1, A4, C2 och C3, men C2 hade en av ram babA
vid locus B. (B) Effekt av blandade genotyp vid locus A på BabA
uttryck. Isolaten från en patient (nr. 14) hade en blandad genotyp vid locus A (14C2 och C3), som jämfördes med de med babA
endast vid locus A (14a2 och A4). (C) Jämförelse av BabA
mellan AB AB och A B genotyper. Hsp60 var som en intern kontroll.
Genotyp definition
Baba Mössor och babB
genotyp av varje enda koloniisolat baserades på den tidigare beskrivningen [20]. En J99-liknande isolat visade de förväntade PCR-band Baba
vid locus A och babB
vid locus B och definierades som "A B genotyp" (Figur 1B-a). En enkelkoloniisolat innehållande både babA
och babB
vid samma locus definierades som "blandade genotyp" (såsom AB B, A AB, och AB AB), vilket indikerar att det fanns subpopulationer inom bakteriepopulationen härledd från en enda koloni. Ett isolat med en AB B genotyp innehöll en population med babA
och den andra populationen med babB
vid samma locus A (Figur 1B-b). A AB genotyp representerade två bakteriepopulationer, den dominerande med babB Mössor och den mindre en med babA
vid locus B, även om båda härrör från en enda koloni (Figur 1B-c). En blandad genotyp detekteras vid både locus A och B definierades som en AB AB (Figur 1B-d).

• Ovanliga orsaken till gastric utlopp obstruktion: gastric trichobezoar jätte: en fallrapport
• Laparoskopisk främre gastropexy för kronisk återkommande mag- tarmvred: en fallrapport