PLoS ONE: Prohibitin Expression Deregulacija u rak želuca je povezana s 3 'neprevedenih regiji 1630 C > T Polimorfizam i kopiranje Broj Variation

Sažetak pregled

PHB je izvijestio onkogena i tumor supresor u rak želuca. Evo, istražili smo je li PHB pregled kopirati broj i polimorfizam rs6917 utjecati na njegov izraz u raka želuca. Down-regulacije i up-regulaciji PHB pregled zabilježen je u ocijenjenih tumora. Smanjena ekspresija je povezana s tumorom dediferencijacije i inicijacije raka. Alela T polimorfizma rs6917 bio povezan sa smanjenom PHB pregled razine mRNA. Štoviše, up-regulacija pojavio PHB pregled biti regulirano dobiti dodatnih gena primjeraka. Dakle, PHB pregled kopirati broj varijacija i diferencijalni izraz polimorfizma rs6917 može igrati ulogu u PHB
regulaciji transkripcije pregled

Izvor:. Leal MF, Cirilo PDR, Mazzotti TKF , Calcagno DQ, Wisnieski F, Demachki S, et al. (2014) Prohibitin Expression Deregulacija u rak želuca je povezana s 3 'neprevedenih regiji 1630 C > T Polimorfizam i kopiranje broj varijacija. PLoS ONE 9 (5): e98583. doi: 10,1371 /journal.pone.0098583 pregled

Urednik: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Sjedinjene Američke Države pregled

Primljeno: 17. veljača 2014; Prihvaćeno: 5. svibnja 2014; Objavljeno: 30. svibnja 2014 pregled

Copyright: © 2014 Leal et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan

financiranja. Ova studija bio podržan od Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPESP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq RC, Mac i RRB) i Fundação de Amparo à Pesquisa učiniti Estado de Sao Paulo (FAPESP, MFL, PDRC i DQC ), kao potpora i zajedništvo nagrade. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa

suprotstavljenih interesa. RC je akademska urednik PLoS ONE. Ostali su autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi za njih. To ništa ne mijenja pridržavanje autorovih na PLoS ONE uredničkim pravilima i kriterijima. Pregled

Uvod pregled

Rak želuca (GC) je četvrti najčešći karcinom i drugi vodeći uzrok smrti od raka povezane s svijetu [1]. Unatoč značajnom napretku u proučavanju GC, molekularni promjene su uključeni u želučanom karcinogenezi ostaju nepoznati. Pregled

Chromosome 17 je jedan od najčešćih kromosoma pokazuju numeričke aberacije u GC (vidi prikaz [2]). Naša grupa je prethodno prijavio prisutnost kromosoma 17 aneuploidije, dobitke i gubitke, u GC kod pojedinaca u Sjevernoj Brazilu [3], [4], [5], [6] te u svim staničnim linijama GC utvrđenih neoplazija u ovom stanovništvo [7], [8]. Stoga, ovaj kromosom može sadržavati važne gene koji su uključeni u želučanom karcinogeneze. Pregled

prohibitin-1 ( PHB pregled) genskih karata na kromosomu 17q21 lokusa. Ovaj gen kodira sveprisutan, evolucijski konzerviranih proteina koji se nalaze u širokom rasponu organizama, uključujući bakterije, biljke, kvasac, protozoa i sisavaca [9]. PHB izvorno se mislilo da igra središnju ulogu u inhibiciju napredovanja staničnog ciklusa. U novije vrijeme, PHB, označeno je kao pratioc koji su uključeni u stabilizaciji mitohondrijske proteine; Tako, PHB implicirana je u nekoliko staničnih procesa, uključujući regulaciju proliferacije, apoptoze i transkripcije gena [10]. pregled

PHB čini da igra ulogu u razvoju različitih tipova raka. Pojačanom ekspresijom PHB je prijavljen u rak vrata maternice, jednjaka, dojke, pluća, mjehura, štitnjače, jajnika i prostate. Nasuprot tome, smanjuje PHB ekspresija opažena je kod glioma i somatske mutacije u PHB pregled otkriveni u karcinomima dojke sporadičnim [9]. Osim toga, funkcionalni jednostrukih nukleotidnih polimorfizama (SNP) u PHB pregled gen, mijenja citozin na timin na poziciji 1630 u 3 'UTR (rs6917) stvara varijanta koja nedostaje antiproliferativno djelovanje [11] [12], a zatim se može povećati rizik od maligne rasta. T alel od tog SNP povezana je s povećanim rizikom od raka dojke [13] i melanoma [14]. Dakle, uloga PHB u proliferacije tumora i /ili suzbijanje ostaje kontroverzno. Pregled

Uloga PHB u želučanom karcinogeneze još nije u potpunosti razjašnjen. Neke ranije studije su opisane povećanu ekspresiju PHB u uzorcima GC [15], [16], [17], [18] i serumu GC bolesnika [19]. Međutim, druge studije su izvijestili PHB-naniže u ovoj vrsti raka [20], [21]. Istraživanje molekularnih mehanizama uključenih u regulaciji transkripcije PHB pregled može pružiti nove uvide u svojoj ulozi u GC i pomoći u razvoju novih antitumorskih tretmana. Pregled

U ovoj studiji, najprije ocjenjuju mRNA i proteina izraz PHB u GC i usklađenih ne-maligne uzoraka želučane tkiva. Osim toga, moguće povezanosti između istraživali su PHB pregled i kliničkopatološkim karakteristike. Budući da je PHB pregled, gen se nalazi u kromosomske regije često su uključeni u numeričkih aberacija u GC [2], također ocjenjuju PHB pregled broj kopija u uzorcima tumora. Štoviše, alel-specifična ekspresija PHB pregled mRNA procijenjena je istražiti relativnu transkripciju svakog alela u heterozigotnih subjekata sa polimorfizma rs6917 kao mogući mehanizam koji su uključeni u regulacije PHB
. Prema našim saznanjima, nema ranija istraživanja koja ocjenjuje PHB pregled kopirati broj i alel-specifična ekspresija u uzorcima tumora. Pregled

Materijali i metode pregled

uzorci tkiva

Četrdeset osam pari uzoraka GC i odgovarajuće ne-maligne uzorci želučane tkiva (+ 5 cm od ruba tumora) korišteni su za procjenu PHB pregled mRNA ekspresije i SNP rs6917 genotip. U 38 tih uzoraka GC, PHB pregled kopirati broj također je ocijenjena. PHB imunoreaktivnost je procijenjena na 12 GC primjeraka. Pregled

Sve uzoraka želuca su dobiveni od pacijenata koji su se podvrgnuli gastrektomije za GC na João de Barros Barreto Sveučilišne bolnice (HUJBB) u sjevernom Brazilu. Svi pacijenti imali negativne povijesti izloženosti ili kemoterapijom ili radioterapijom prije operacije, a nije bilo ko-pojava drugih dijagnosticiranih karcinoma. Pismeni informirani pristanak uz odobrenje etičkog povjerenstva HUJBB je nabavljen. Pregled

Jedan dio svakog izrezanim uzorku tumora je formalinom fiksiranih i uklopljeni u parafin (FFPE). Dijelovi FFPE tkiva su obojeni hematoksilin-eozinom za histološki pregled ili koristiti za imunohistokemijske (IHH) analize. Dodatni obroci svakog tumora i upareni non neoplasta uzorak tkiva se brzo smrznuta u tekućem dušiku i pohranjeni na -80 ° C do pročišćavanja nukleinske kiseline. Pregled

Svi uzorci su klasificirani u skladu s Laurenov [22] i tumori su stupili u skladu s kriterijima TNM [23]. pregled

DNA i mRNA pročišćavanje pregled

Ukupno DNA i mRNA istodobno su izolirana iz uzoraka želučane tkiva primjenom AllPrep DNK /RNK /Protein Kit (Qiagen, Njemačka), prema uputama proizvođača. Koncentracija i kvaliteta DNA i RNA određene su pomoću spektrofotometra NanoDrop (Kisker, Njemačka), a integritet RNA određena je elektroforezom na gelu. Pregled

PHB Gene Expression pregled

PHB
ekspresija je procijenjena reverzne transkripcije lančanom reakcijom polimeraze (kvantitativni RT-qPCR). Prvo, komplementarna DNA (cDNA) je sintetiziran pomoću velikog kapaciteta cDNA Arhiva Kit (Applied Biosystems, Poljska), u skladu s uputama proizvođača. Real-time RT-qPCR analiza je provedena pomoću QuantiFast SYBR Green Master Mix (Qiagen, njemački) na 7500 Fast real-time PCR stroja (Applied Biosystems, USA). Sljedeći primer (150 nM) se svaki namijenjen RT-qPCR amplifikaciju: PHB pregled F5'-GTGTGGTTGGGGAATTCATGTGG-3 'i R5'-CAGGCCAAACTTGCCAATGGAC-3'; ACTB pregled F5'-AGAAAATCTGGCACCACA-3 'i R5'-AGAGGCGTACAGGGATAG-3'. Sve reakcije provedene su u triplikatu za oba ciljnog gena i unutarnje kontrole ( ACTB
). PHB pregled izraz normalizirana je ACTB pregled izražavanja. Obilje mRNA ekspresije podešen učinkovitost pojačanje ( PHB pregled = 99%, ACTB pregled = 102%) [24]. Uzorak ne-neoplastični želuca tkivo je označen kao kalibrator za svaki upareni tumora izračunati relativnu kvantifikaciju (RQ) [24]. Pregled

PHB Protein Expression pregled

Parafinski rezovi su podvrgnuti IHC , dijelova tkiva tumora (3 ili 4 mm debljine) se deparafmizirani u ksilenu i rehidriraju u serijama gradiranog etanola. Epitop dohvat je izvedena u citratnom puferu, pH 6,0, u sparine u loncu. Zatim sekcije tkiva inkubirani s primarnim mišjim monoklonskim protutijelom protiv PHB (II-14-10, razrjeđivanje 1:100; ThermoFisher Scientific, USA). Mjesta imunoreaktivnost se vizualizira pomoću SuperPicture polimera otkrivanje opremu (Invitrogen, USA). Rezovi su pregledani su svjetlosnim mikroskopom pomoću Nikon Eclipse E600 mikroskop (Nikon, USA) koji je opremljen s digitalnim Nikon DSM1200F fotoaparat (Nikon, USA). Ne-stained regija (bijeli regija) izabran je i postaviti kao pozadinu. Svaki obojenje smatra pozitivan rezultat, bez obzira na intenzitet. Negativne kontrole, u kojoj je primarno antitijelo nadomještena s 5% albumina goveđeg seruma (BSA) u fiziološkoj otopini puferiranoj fosfatom (PBS), uključene su u svim serijama, a korišteni su profili od normalnog humanog tkiva prostate kao pozitivne kontrole. Pregled

PHB pregled, Kopiranje Broj pregled

Da bi se procijenila broj kopija varijacije (CNV), postupak qPCR je izvedena pomoću kvantitativne TaqMan CNV eseji (Life Technologies, USA) za PHB
gen (Hs00178432_cn) te za unutarnju kontrolu RNA P Netlogu (Ƹ3326). Multiplex qPCR reakcije su provedene u četiri primjerka sa gDNA prema uvjetima protokola i biciklističkih proizvođača u 7500 Fast real-time PCR uređaja (Life Technologies, USA). Relativni broj kopija svakog uzorka procjenjuje Copy Caller Software V1.0 (Life Technologies, USA). Komercijalni ljudska gDNAs (G1471 i G1521, Promega, USA) su korišteni za kalibraciju pregled

PHB pregled genotipizacija pregled

DNK iz ne-maligne uzoraka korišten je za PHB. pregled genotipizacija. Ispitanici su genotipizirane za polimorfizam rs6917 pomoću prilagođenog TaqMan SNP uzoraka i primjera (tnom City, CA). Sljedeći primeri i sonde MGB su dizajnirani za aleličke diskriminacije: početnice F5'-TTGGTCCCTCTCAGATACCCA-3 'i R5'-CCGTGAGAAGGGCAGTCTCT-3'; FAM označena sonda 5'-CTGCCAAAGACGTGT-3 '; a manje alel VIC označena sonda 5'-CTGCCAAAGATGTGT-3 '. pregled

PHB pregled alela specifična ekspresija pregled

alela specifičan izraz je prvi put određen slijed. Dvadeset do 40 ng DNA ili cDNA je korišten kao predložak za PCR s primerima koji se koriste za PHB
genotipizaciju. Prije sekvenciranja, PCR produkti su razdvojeni pomoću elektroforeze 2% agaroznom gelu, a specifična vrpca je ekstrahirana i pročišćen. Sekvenciranje je provedeno koristeći naprijed klice korištene za PCR amplifikaciju i BigDye Terminator Cycle Sequencing kita v3.1 (Applied Biosystems, USA). Sekvenciranja proizvodi su razdvojeni pomoću ABI 3500 Genetska Analyzer (Applied Biosystems, USA). Neke od uzoraka analizirani su najmanje dva puta, uključujući različite RT-PCR i sekvenciranje ispitivanjima. Pregled

alelne razine ekspresije utvrđene korištenjem softvera PeakPicker [25]. Softver se koristi za prvi izvršili normalizacije, pri kojem je SNP alela po visini u odnosu na visinu od referentnih vrhova u bočnih slijedova. ograničeni smo ovu normalizacije korak da u okviru od 21-base. Vrijednosti omjer iznad 1 pretvoreni su na 1 /(omjer) za pretvaranje sve vrijednosti u 0-1 ljestvice, a vrijednosti su tada podesi na prosjek omjera vršnih intenziteta od uzorka heterozigotnom referentna DNA za polimorfizam rs6917. Genomska DNA iz Heterozigotna (N = 3) i homozigotni uzoraka (N = 3, za genotip CC; n = 2, za genotip TT) koristi se za provjeru analize i za potvrdu alelskih omjere 50:50 i 0:100, odnosno. Osim toga, cDNA iz uzoraka tkiva, (tumorskih i netumorskih primjeraka) iz dva predmeta homozigota za neznatni alela u polimorfizma rs6917 također su korišteni kao kontrola. Pregled

alelu-specifična PHB pregled ekspresija također je procijenjena u heterozigotnih uzorcima pomoću RT-qPCR, kao što je prethodno opisano [26]. Korištenje Custom TaqMan SNP genotipizacija testa za PHB pregled genotipizacija, generira smo linearne regresije krivulje za intenzitet fluorescencije log10 vs pregled omjera log10 aleličke na temelju serijskog razrjeđenja CC- i TT genotipiziran genomske DNA iz kontrolnih uzoraka (uzorci iz dvije homozigota pojedinaca) u nekoliko omjera (CC: TT 08:01, 04:01, 02:01, 01:01, 01:02, 01:04, 01:08) pomoću RT -qPCR (Slika 1A). Alelskih omjer ekspresije gena je ekstrapolirana od križanju log10 od FAM: intenziteta VIC na standardne krivulje. ROX (interni standard plavo) i nespecifičnog FAM i VIC fluorescencija se normalizira u svim analizama. Sve reakcije su provedene u duplikatu pregled

Za heterozigotnih uzoraka cDNA, alelne omjeri. ≪ 0,8 ili >. 1.2 se smatralo indikativno alela specifičnih izraza pregled

Statistička analiza pregled

za ekspresije mRNA analizu, prvo procjenjuje pretpostavku da su podaci imali normalnu raspodjelu pomoću Shapiro-Wilk normalnosti test za određivanje odgovarajuće testove za naknadnim statističkim usporedbama. PHB pregled razine mRNA nisu normalno distribuirane i pretvoreni su (z-score) za analizu. Zapažanja > 2 ili < -2 smatrani su outliers i isključene iz analize. Uparenim t-test je proveden za usporedbu srednju PHB pregled izraz između ne-maligne i tumorskih uzoraka. T-test za nezavisne uzorke i jednosmjerne ANOVA slijedi igre-Howell post-hoc testom su korišteni za procjenu mogućih asocijacija između PHB pregled izraz i kliničkopatološkim karakteristike, protein imunoreaktivnost, broj kopija gena i genotipova , Hi-kvadrat test ili Fisherov egzaktni test korišten je za procjenu odnosa između PHB pregled kopirati broj i imunoreaktivnost i kliničkopatološka faktora. Pearsonov korelacijski je korištena za evaluaciju je moguća korelacija između sekvenciranje i TaqMan ispitivanju za alel-specifične ekspresije analize. U svim analizama, P pregled. ≪ 0.05 je smatrana značajnom pregled

Rezultati pregled

PHB pregled mRNA ekspresije u želučanih tumora Netlogu

PHB pregled izraz nije se razlikovala između maligne i podudaraju ne-maligne uzoraka želuca (0,173 ± 0,255 vs
0,227 ± 0,297, P pregled = 0,149). Međutim, razina mRNA smanjena najmanje 1,5 puta u 20 (45,5%) uzoraka GC, a povećana u 9 (20,5%) u usporedbi s uparenim uzorcima ne-maligne želučanog tkiva. Pregled

Tablica 1 prikazuje povezanost između PHB pregled izražavanja i kliničkopatološkim karakteristike kao i protein imunoreaktivnost, rs6917 genotipa i broj kopija gena. Slabo diferencirani tumori predstavila smanjena PHB pregled izraz u usporedbi s umjereno diferenciranih tumora ( P pregled = 0,029 Tablica 1). Međutim, i slabo diferencirani GC (0,025 ± 0,022 vs pregled 0,239 ± 0,303; P izvoznici < 0,001, ANOVA slijedi igre-Howell post-hoc testom) i umjereno diferencirani GC (0,057 ± 0.051 vs pregled 0,239 ± 0,303; P izvoznici < 0,001, ANOVA slijedi igre-Howell post-hoc test) prikazana smanjenom PHB pregled izraz u odnosu na ne- maligne uzorci želučane tkiva pregled

Smanjena PHB pregled izraz bio je povezan s nižim invaziji ( p pregled = 0,002 Tablica 1). a nedostatak limfnih čvorova metastaza ( P pregled = 0,040; Tablica 1). Osim toga, rano GC predstavio smanjena PHB pregled izraz u usporedbi s naprednim GC ( P pregled = 0,002 Tablica 1). Štoviše, samo rano GC predstavila je značajno smanjenje u PHB pregled razine mRNA u usporedbi s ne-maligne uzoraka (0,044 ± 0,027 vs Netlogu 0,239 ± 0,303, P izvoznici < 0,001, ANOVA slijedi igre-Howell post-hoc testom). pregled

PHB imunoreaktivnost in želučanih tumora pregled

Proteini imunološko zabilježen je u svim uzorcima tumora evaluirane IHC (Tablica 2). U svim slučajevima, PHB imunoreaktivnost je otkriven u maligne i ne-neoplastičnih stanica, uključujući intestinalne metaplastičnim i upalnim stanicama (Slika 2A-H). PHB prvenstveno je izražena u citoplazmi. Intenzitet bojenja i postotak imunološke reaktivnosti stanica varirao između proučavanih slučajeva (Tablica 2). Uzorci koji predstavljaju. ≪ 80% tumorskih stanica PHB imunoreaktivnost su pokazali smanjenu mRNA ( P pregled = 0,036 Tablica 1) pregled

PHB pregled, Kopiranje Broj u želučanih tumora

PHB pregled je bio pojačan u 13 od 38 (34,2%) tumora, uključujući i 2 uzorka sa 4 primjerka. Ne tumor predstavio PHB
brisanja. Zanimljivo, 3 uzorka da prikazane vrijednosti izvan raspona vrijednosti za PHB pregled mRNA ekspresije predstavio pojačanje gena. Stoga, kada osoba koja ne živi vrijednosti su uključene u analizu, PHB pregled, izraz lica bio je veći u uzorcima s amplifikacija gena nego u onih bez amplifikacije gena (medijan ± rasponu interquartile: 0,344 ± 0,335 vs Netlogu 0,047 ± 0,07; P pregled = 0,003, non-parametarskog Mann-Whitney testa, Slika 3). PHB pregled, dobitak je bio povezan s kasnim početkom GC u usporedbi s početkom-napad GC ( P pregled = 0,022; tablica 2). Nikakva veza između PHB pregled broja kopija i proteina imunog ili bilo koje druge kliničkopatološkim karakteristika je pronađen (tablica 3). Pregled

PHB pregled alel specifična ekspresija pregled

također istraživali da li prisutnost manjeg alela u rs6917 bio povezan s ekspresije gena deregulacije u GC pacijenata. U našem uzorku, 11 48 bolesnika (22,9%) bili su heterozigotni i 2 bolesnika (4,17%) bili su homozigota za manje alela u polimorfizma rs6917. Svi uzorci s alela T prezentirani 2 primjerka PHB pregled gena. Prisutnost T alela na polimorfizma rs6917 bio povezan sa smanjenim PHB pregled ekspresija u GC ( P pregled i 0,001; Tablica 1, Slika 1B) i ne-maligne uzorka (srednja ± SD. 0,302 ± 0,325 vs pregled 0,045 ± 0,043; p pregled i 0,001; Slika 1B) pregled

Jedan par heterozigotnih uzorke (tumor i ne-tumor) ne koristi za analizu alel-specifične ekspresije. Korelacija između omjer aleličke polimorfizma rs6917 određen sekvenciranje i analize TaqMan je pronađen ( P pregled = 0,003, r = 0.627). Do sekvencioniranje, oko 50% slučajeva predstavila diferencijalni alela izraz (slika 1C). Međutim, TaqMan analiza je pokazala da su T i C alela prezentirani diferencijalni alela izraz u većine bolesnika (Slika 1D). Stupanj razlike u izrazu između dva alela varirale među pojedincima. T u C omjer alela izraz lica bio je sličan u većini parova tumor i ne-tumorske uzoraka. Samo jedan bolesnik predstavio višu C /T odnos u oba tumor i ne-maligne uzoraka u oba ispitivanja. U većini slučajeva, niži C /T odnos je otkriven, bez obzira na metodologiju (Slikama 1C i 1D). Nikakva veza između diferencijalne aleličke izražavanja i dob nastupa ili bilo koje druge kliničkopatološkim varijable bio otkriven. Pregled

Rasprava pregled

PHB Čini se da je bitno u stanične homeostaze. Nedavna istraživanja su pokazala da PHB može djelovati kao pro-tumorskih i anti-tumorskih faktor u nekoliko tipova stanica (vidi pregled [10]). U ovom istraživanju, proteina i mRNA profili PHB predstavila je heterogeni uzorak među uzorcima tumora. Iako nismo našli značajnu razliku između GC i usklađenih ne-maligne uzoraka, primijetili smo da je razina mRNA je smanjen za 1,5 puta u 45,5% uzoraka GC, a povećana u 20,5% tumora. Smanjena ekspresija mRNA je dijelom zbog smanjene učestalosti tumorskih stanica koje predstavljaju PHB imunoreaktivnost, koji ističe heterogenost između staničnih klonova. Pregled

Liu i sur. [21] opisan je smanjena ekspresija mRNA u četiri želučanih tumora u usporedbi s odgovarajućim normalnim tkivima, što je djelomično potvrđuje naše rezultate. Podrška anti-tumorskih ulogu, PHB blokira ulazak u S fazu [27]. Osim toga, divlji tip rs6917 PHB pregled 3'UTR sama može inhibirati napredovanje staničnog ciklusa [11], [28] i rast tumora [12], kao i smanjenje pokretljivosti stanica [29]. Nadalje, PHB igra važnu ulogu u održavanju normalnog mitohondrijske funkcije i morfologije [30]. Sugerirano je da je gubitak mitohondrijskog PHB ekspresije (citoplazmatskog lokalizacije, kako je opaženo u našim uzorka) može dovesti do ubrzanog proteolize membranskih proteina i narušavaju funkciju mitohondrijskog respiratornog lanca [10]. Naša prethodna proteomske studija pokazala je da je nekoliko proteina koji su uključeni u metabolizam energije putevima (mitohondrijske disfunkcije, piruvat metabolizam, oksidativne fosforilacije, citrat krug, glikoliza /glukoneogenezu) su deregulirano [31] i predložio da ugledni mitohondrijske funkcije mogu se mijenjati, kreće proizvodnja energije u GC stanice i upućuje na Warburg efekt [32]. pregled

Prema našim saznanjima, nekoliko studija procjenjivalo na moguću povezanost PHB pregled razine mRNA i polimorfizma rs6917. U jednom istraživanju, Tang et al. nisu uočili značajnu povezanost između polimorfizma rs6917 i ekspresije mRNA u limfoblastoidnih staničnim linijama uključena u HapMap bazi podataka [33]. Međutim, ovi autori su izvijestili da je T alela bila je povezana s povećanim rizikom od raka dojke. U ovom istraživanju, pokazali smo da prisutnost T alela na polimorfizma rs6917 bio povezan sa smanjenim PHB pregled ekspresija u ne-neoplastičnih i neoplastičnih stanica želuca. Polimorfizam rs6917 se nalazi u 3'UTR i prisutna je samo u izoforme 1. PHB, koji je otkriven u ovom istraživanju cDNA sekvenciranje i testu TaqMan. 3'UTR sadrži više cis pregled - i trans
-elements, a ove strukture imaju široku utjecaj na mRNA prijevod, stabilnosti i substaničnog lokalizaciju [34], [35], [36 ]. T varijanta stvara potencijalnu vezno mjesto za mikroRNA ima-Mir-1292 i ima-886-5p (http://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/mirna.cgi?2_rs6917), koji može mijenja ekspresiju gena bilo mRNA propadanja ili prijevod. Ostali mikroRNA prethodno bili povezani s regulacijom PHB pregled izražavanja u GC. Liu et al. [21] su izvijestili da je PHB pregled regulirano je Mir-27a, koji je obično viša u GC. Autori sugerirao da je down-regulacije PHB Netlogu ovim mikrornk može objasniti zašto je potiskivanje Mir-27a može spriječiti rast GC stanica. Osim toga, 3'UTR PHB pregled kodira antisens RNA (Gene ENSG00000250186, HAVANA http://www.sanger.ac.uk/~~HEAD=dobj). Prisutnost rijetkih alela u suprotne RNA može modificirati sekundarne strukture i smanjiti kcal /mol u usporedbi s široko tipa sekvence CLC RNA Workbench 4.0 softvera (podaci nisu prikazani). Dakle, polimorfizam rs6917 može dovesti do PHB pregled potisnuta regulacija stvaranjem novih mikrornk ciljna mjesta ili putem svojih propisa od strane suprotne RNA u stanica želuca, čime se pridonosi želučane karcinogeneze. Pregled

U našem uzorci, većina heterozigotnih bolesnika su povećana ekspresija T alela u odnosu na C alel. Razlika u odnosu razine mRNA dvaju alela može biti posljedica razlike u transkripcije ili stabilnost mRNA, a oni pokazuju da je ovaj polimorfizam predstavlja cis
učinak u stanica želuca. Prema našim saznanjima, ovo je prva studija za procjenu diferencijal PHB
alela specifičnih izraza u uzorcima tumora. Prethodna ispitivanja su pokazala da je PHB pregled varijanta s T alela na položaju 1630 u 3'UTR nedostaje antiproliferativnim i tumora supresija rasta sposobnosti in vitro i na životinjskim modelima [29]. Dakle, prisutnost alela T, osobito kada to predstavlja povišenu ekspresiju u odnosu na C alela, može izazvati "spužva učinak" za post-transkripcijskih regulatora, kao što su miRNAs i pridonijeti širenju želučane stanica, predisponirajući heterozigota pojedince na GC.

mogući učinak PHB pregled dolje regulacije - s obzirom na polimorfizam rs6917, na primjer - na GC rizik je u dogovoru s udrugama između smanjen PHB pregled mRNA i niže invazija, nedostatak limfnih čvorova metastaza i ranom stadiju GC. Prema našim saznanjima, bez prethodnog studija u literaturi je procijenjena na moguću povezanost PHB pregled govora i GC prognostičkim čimbenicima. Ovi rezultati ukazuju na to da PHB pregled Smanjivanje se može biti potrebno za pokretanje tumora. Pregled

Međutim, prethodne proteomsku studije su izvijestili PHB regulaciju u želučanim tumorima [15], [16], [17] , Osim toga, Kang i sur. [18] su izvijestili povećane ekspresije PHB proteina i mRNA u GC (u usporedbi sa susjednim normalnim želučanog tkiva) u azijskim pojedinaca. U našem uzorku, 20,5% tumora također predstavila povećao PHB pregled izraz. PHB Čini se da igraju važnu ulogu u proliferaciji stanica, adheziju, migraciju i, prema tome, u napredovanje malignih transformacija kroz ras-raf signalno [37]. Pretpostavljamo da povećan PHB pregled razini mRNA je potreban za GC napredovanje. Procjena ljudskih uzoraka dopušta samo istragu o jednoj vremenskoj točki (u vrijeme kirurškog popravak); dakle, nismo u mogućnosti procijeniti dinamičnu regulaciju ekspresije gena. Međutim, PHB pregled, izraz je najvjerojatnije povezano s staničnom kontekstu i molekularne pozadini stanica želuca. Pregled

Kang i sur. [18] su izvijestili da PHB proteina i mRNA razlikuju između srednje i slabo diferenciranim GC i to samo loše diferenciranim tumorima ovog PHB prekomjernom ekspresijom u usporedbi s ne-maligne uzoraka. U našem uzorku, malo tumori su klasificirani prema stupnju diferencijacije. Međutim, primijetili smo da su obje slabo i umjereno diferenciranim tumorima predstavila smanjena PHB pregled izraz u usporedbi s ne-maligne uzoraka i da PHB pregled količine bile su niže u loše diferenciranim tumorima. Dakle, u našim uzorcima, PHB pregled izraz pojavio se smanjuje s tumora dediferencijacije. Daljnja istraživanja su potrebna za bolje razumijevanje uloge PHB-a u procesu diferencijacije u normalnim i maligne stanica želuca. Pregled

U ovoj studiji, primijetili smo da 34,2% tumora stekao kopija PHB Netlogu. Promjene u kromosomu 17 su povezani s progresijom tumora i malignog potencijala u osnovnoj GC [38], [39]. Prema našim saznanjima, ovo je prvo istraživanje koje koriste točan i robustan tehniku ​​za procjenu PHB pregled kopirati broj u uzorcima GC. Uočili smo povezanost između PHB pregled kopirati broj i razinu mRNA, otkrivajući cis-doze učinak CNV na razine ekspresije gena. Dakle, naši rezultati pokazuju da CNV je važan element u poticanju nizvodno PHB
transkripcije u nekim želučanih tumora. Ovaj genetski mehanizam, uglavnom promatraju u kasno-napad GC, mogu pridonijeti za PHB pregled uloge onkogena. Ovaj nalaz je također istaknuti da je nekoliko mehanizama može dovesti do PHB pregled deregulacije u GC stanicama. Pregled

Povećanje PHB pregled kopirati broj je bio povezan s kasnim naletom GC. Opisani su kliničkopatološkim razlike između ranog početka i kasno-nastupajuće GC [40], [41], [42], no malo se zna o genetskih promjena povezanih s dobi od početka GC [2]. Buffart et al. [43] ranije pokazali da mladi i stari pacijenti spadaju u skupine s različitim genomske profila. Pojačanje PHB pregled lokusa ističe heterogenost GC. Pregled

Glavno ograničenje ovog istraživanja je njegova relativno male veličine uzorka. Stoga, neka statistička analiza predstavio smanjiti moć da otkrije značajne razlike između skupina vjerojatno zbog velike heterogenosti među uzorcima. Dakle, lažno negativni rezultati Možda je došlo. Ostale evaluacije su još uvijek je potrebno procijeniti ulogu PHB pregled u želučanom karcinogeneze i njegovoj regulaciji transkripcije. Pregled

Na kraju, i down-regulacije i up-regulaciji PHB
može se promatrati u GC. Smanjenje PHB pregled izraz pojavljuje da se uključe u proces dediferencijacije tumora i inicijacije raka. T alela u PHB
rs6917 polimorfizam može pridonijeti promatranom smanjenja u PHB pregled razine mRNA i stoga doprinijeti riziku GC. Međutim, PHB pregled regulaciji Čini se da je reguliran brojem gena kopiranja. Diferencijalna ekspresija polimorfizma rs6917 u želučanom uzoraka je po prvi put, i to varijacije mogu igrati ulogu u regulaciji PHB pregled izražavanja. Plejotropskih funkcija PHB pregled ukazuje na potrebu daljnjih istraživanja u GC jer je njegova aktivnost u želučanim stanicama je vjerojatno da će biti tijesno propisima kako bi se izbjegle moguće štetne posljedice smanjene ili povećane ekspresije. Pregled

Izvori

autori su zahvalni Sueli Nonogaki iz Adolfo Lutz (Sao Paulo, SP, Brazil) za tehničku podršku u imunohistokemijski analizira. pregled