Ploche ONE: Prohibitin Expression Deregulácia v rakovina žalúdka je spojený s netranslatované oblasti 3 '1630 C > T polymorfizmus a počtu kópií Variation

abstraktné

PHB je hlásený onkogén a tumor potláčajúce u rakoviny žalúdka. Tu sme hodnotili, či PHB
kopírovať číslo a rs6917 polymorfizmus vplyv na jeho vyjadrenie v rakoviny žalúdka. Down-regulácia a up-regulácia PHB
boli pozorované u hodnotených tumorov. Znížená expresia bola spojená s nádoru dediferenciace a iniciáciu rakoviny. T alela rs6917 polymorfizmus bol spojený s nižším PHB
hladiny mRNA. Okrem toho up-regulácia PHB
sa zdá byť regulovaná zisk ďalších kópií génu. Takže PHB
variácií v počte kópií a diferenciálnej expresiu rs6917 polymorfizmus môže hrať úlohu v PHB
transkripčný reguláciu

Citácia :. Leal MF, Cirilo PDR, Mazzotta TKF , Calcagno DQ, Wisnieski F, Demachki S, et al. (2014) Prohibitin Expression Deregulácia v rakovina žalúdka je spojený s netranslatované oblasti 3 '1630 C > T polymorfizmus a Copy Number Variation. PLoS ONE 9 (5): e98583. doi: 10,1371 /journal.pone.0098583

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Spojené štáty |

prijatá: 17.februára 2014; Prijaté: 05.05.2014; Uverejnené: May 30, 2014

Copyright: © 2014 Leal et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Financovanie :. Táto štúdia bola podporená Coordenação de Aperfeiçoamento de pessoal de Nivel Superior (CAPESP), Conselho Nacional de Desenvolvimento científica e Tecnológico (CNPq, Rc, MACS a RRB) a Fundação de Amparo à Pesquisa robiť Estado de Sao Paulo (FAPESP; MFL, PDRC a DQC ) as grantov a štipendií ocenenie. Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

konkurenčnými záujmami :. RC je akademický editor pre PLoS ONE. Autori iní vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy pre nich neexistuje. To však nič nemení priľnavosť jednotlivých autorov na ploche ONE redakčných politík a kritérií.

Úvod
rakovina

žalúdka (GC) je štvrtou najčastejšou rakovinou a druhou najčastejšou príčinou úmrtí súvisiacich s rakovinou po celom svete [1]. Aj napriek značnej pokroky v štúdiu GC, molekulárne zmeny zapojené do žalúdka karcinogenézy, zostávajú neznáme.

chromozómu 17 je jedným z najčastejších chromozómov vystavujúcich numerických odchýlok v GC (viď prehľad [2]). Naša skupina už skôr ohlásil prítomnosť chromozómu 17 aneuploidie, ako ziskov a strát, vo GC u jedincov v severnej Brazílii [3], [4], [5], [6] a vo všetkých bunkových líniách GC nadviazaných z novotvarov v tomto populácie [7], [8]. Preto sa tento chromozóm môžu obsahovať významné gény zapojené do žalúdka rakoviny.

prohibitin-1 ( PHB
) gén mapuje na chromozóme 17q21 lokuse. Tento gén kóduje všadeprítomné, vývojovo zachované proteín, ktorý sa vyskytuje v širokom spektre organizmov, vrátane baktérií, rastlín, kvasiniek, prvokov a cicavcov [9]. PHB bol pôvodne, že hrá ústrednú úlohu v inhibíciu progresie bunkového cyklu. V poslednej dobe, PHB bol charakterizovaný ako doprovod podieľa na stabilizáciu mitochondriálnych proteínov; tak, PHB sa podieľa na mnohých bunkových procesov, vrátane regulácie proliferácie, apoptózy a génovej transkripcie [10].

PHB sa zdá, že hrá úlohu v rozvoji rôznych typov rakoviny. Nadmerná expresia PHB bola popísaná v karcinómu krčka maternice, pažeráka, prsníka, pľúc, močového mechúra, štítnej žľazy, vaječníkov a prostaty. Na rozdiel od toho znižuje PHB expresie bola pozorovaná u gliómov a somatické mutácie v PHB
boli detekované v sporadických karcinómov prsníka [9]. Okrem toho, funkčné polymorfizmus jedného nukleotidu (SNP) v PHB
gén, zmena cytozín na tymín v pozícii 1630 v 3 'UTR (rs6917), vytvára variantu, ktorá nemá antiproliferatívny aktivitu [11] , [12] a následne sa môže zvýšiť riziko vzniku nádorového bujnenia. T alela tohto SNP bolo spojené so zvýšeným rizikom rakoviny prsníka [13] a [14] melanómu. Preto je úlohou PHB proliferácie nádorových ochorení a /alebo potlačenie zostáva kontroverzné.

Úloha PHB v žalúdočnej karcinogenézy nebol plne objasnený. Niektoré predchádzajúce štúdie popísal zvýšenú PHB výraz v GC vzoriek [15], [16], [17], [18] a sére pacientov GC [19]. Avšak, iné štúdie uvádzajú PHB down-regulácia v tomto type rakoviny [20], [21]. Vyšetrovanie molekulárnych mechanizmov podieľajúcich sa na transkripčný regulácii PHB
môže poskytnúť nový pohľad na jeho úlohu v GC a pomáhať pri vývoji nových protinádorovej liečby.

V tejto štúdii sme sa prvýkrát hodnotené expresie mRNA a proteínu PHB v GC a uzavreté nenádorových vzoriek žalúdočnej tkaniva. Okrem toho možné spojenie medzi PHB stroje a klinicko-patologické charakteristiky boli skúmané. Vzhľadom k tomu, PHB
gén je umiestnený v chromozomálnej oblasti sa často podieľajú na numerickej aberácie v GC [2], tiež vyhodnotený PHB
počet kópií vo vzorkách nádoru. Okrem toho je alelově špecifická expresia PHB
mRNA bola hodnotená vyšetrovať relatívna transkripciu každej alely v heterozygotných jedincov s rs6917 polymorfizmu ako možného mechanizmu v regulácia PHB
. Pokiaľ je nám známe, žiadna predchádzajúca štúdii bola PHB
kopírovať číslo a vyjadrenie alely špecifický vo vzorkách nádorov.

Materiály a metódy

Tkanivové vzorky

štyridsať osem párov vzoriek GC a zodpovedajúce non-neoplastické vzorky žalúdočné tkaniva (viac ako 5 cm od okraja nádoru), boli použité pre vyhodnotenie PHB
mRNA expresie a SNP rs6917 genotypu. V 38 z týchto vzoriek GC, PHB
čísla kópie bola tiež hodnotená. PHB imunoreaktivita bola hodnotená v 12 GC vzoriek.

Všetky žalúdočných vzoriek boli získané od pacientov, ktorí podstúpili gastrektómii pre GC v João de Barros Barreto fakultnej nemocnice (HUJBB) v severnej Brazílii. Všetci pacienti mali negatívny minulosti vystavenie buď chemoterapiu alebo rádioterapiu pred operáciou, a tam bol žiadny co-výskyt ďalších diagnostikovaných nádorov. Písomný informovaný súhlas so súhlasom etickej komisie HUJBB bol získaný.

Súčasťou každého členitý vzorka nádoru bola formalínu fixované a parafínu vložené (FFPE). Úseky FFPE tkaniva boli zafarbené hematoxylínom a eosínu pre histologické vyhodnotenie, alebo použité pre imunohistochemické analýzy (IHC). Ďalšie dávky každého nádoru a párové vzorka non-neoplastické tkanivá boli rýchlo zmrazený v kvapalnom dusíku a skladované pri -80 ° C až do purifikácie nukleových kyselín.

Všetky vzorky boli klasifikované podľa Lauren [22], a nádory boli predstavené v súlade s kritériami TNM zastávky [23].

DNA a mRNA prečistení

Celková DNA a mRNA boli súčasne izolované zo vzoriek žalúdočnej tkaniva za použitia AllPrep DNA /RNA /proteín Kit (Qiagen, Nemecko) podľa inštrukcií výrobcu. Koncentrácia a kvalita DNA a RNA boli stanovené za použitia spektrofotometra Nanodrop (Kisker, Nemecko), a integrita RNA bola stanovená pomocou gélovej elektroforézy.

PHB Gene Expression

PHB
expresia bola hodnotená reverznej transkripcie kvantitatívnej polymerázovej reťazovej reakcie (RT-qPCR). Po prvé, komplementárna DNA (cDNA) sa pripraví za použitia High-Capacity cDNA Archive kit (Applied Biosystems, Poľsko) podľa protokolu výrobcu. Real-time RT-qPCR analýza bola vykonaná pomocou QuantiFast SYBR Green Master Mix (Qiagen, nemecky) na 7500 Fast real-time PCR strojmi (Applied Biosystems, USA). Nasledujúce primery (150 nM každého) boli navrhnuté pre zosilnenie RT-qPCR: PHB
F5'-GTGTGGTTGGGGAATTCATGTGG-3 'a R5'-CAGGCCAAACTTGCCAATGGAC-3'; ACTB
F5'-AGAAAATCTGGCACCACA-3 'a R5'-AGAGGCGTACAGGGATAG-3'. Všetky reakcie sa vykonávali v triplikátech pre cieľového génu a vnútornej kontroly ( ACTB
). PHB
výraz je normalizované na ACTB
výrazu. Hojnosť mRNA expresia bola upravená účinnosťou amplifikácie ( PHB
= 99%, ACTB
= 102%) [24]. Non-neoplastickým tkanivo žalúdka vzorka bol označený ako kalibrátora pre každý párové nádoru pre výpočet relatívnej kvantifikáciu (RQ) [24].

PHB Protein Expression

parafínové rezy boli podrobené IHC , Nádorové tkanivá úseky (3 až 4 mm) boli zbavené parafínu v xyléne a rehydratované v odstupňované rade etanolu. Epitop vyhľadávania bola vykonaná v citrátovom pufri, pH 6,0, vo vlhkom tepla v tlakovom hrnci. Ďalej sa tkanivové rezy boli inkubované s primárnou myšou monoklonálne protilátky proti PHB (II-14-10, riedenie 1: 100; ThermoFisher Scientific, USA). Miesta imunoreaktivity boli vizualizované s použitím detekčnej súpravy SuperPicture polymér (Invitrogen, USA). Sklíčka boli videné vo svetelnom mikroskope s použitím Nikon Eclipse E600 mikroskopu (Nikon, USA) vybaveného digitálnym fotoaparátom Nikon DSM1200F (Nikon, USA). Non-zafarbia oblasť (biela oblasť), bol vybraný a nastaviť ako pozadie. Akékoľvek farbenie bol považovaný za pozitívny výsledok, bez ohľadu na intenzitu. Negatívne kontroly, v ktorom bola primárna protilátka vo fosfátom pufrovanom fyziologickom roztoku (PBS) nahrádza 5% hovädzieho sérového albumínu (BSA), boli zahrnuté do všetkých sériách, a úseky normálne ľudské tkanivá prostaty, boli použité ako pozitívne kontroly.

PHB
Copy Počet

pre vyhodnotenie počtu kópií variácie (CNV), postup qPCR bola vykonaná za použitia kvantitatívnych TaqMan CNV testy (Life Technologies, USA) za PHB
gén (Hs00178432_cn) a pre vnútornú kontrolu RNázy P
(Ƹ3326). Multiplex qPCR reakcie boli vykonané v štyroch s gDNA v súlade s protokolom a cyklistické podmienok výrobcu v 7500 Fast real-time PCR strojom (Life Technologies, USA). Relatívny počet kópií každej vzorky bola odhadnutá pomocou Copy volajúceho Software V1.0 (Life Technologies, USA). Komerčné ľudskej gDNAs (G1471 a G1521, Promega, USA) boli použité pre kalibráciu

PHB
genotypizácia

DNA z nenádorových vzoriek bola použitá pre PHB.
genotypu. Subjekty boli genotyp pre polymorfizmus rs6917 pomocou vlastných TaqMan SNP sondy a primery (Applied Biosystems, Foster City, CA). Tieto primery a MGB sondy boli navrhnuté pre rozlíšenie alel: priméry F5'-TTGGTCCCTCTCAGATACCCA-3 'a R5'-CCGTGAGAAGGGCAGTCTCT-3'; FAM-značená sonda 5'-CTGCCAAAGACGTGT-3 '; a menšie alely VIC-značené sondy 5'-CTGCCAAAGATGTGT-3 '.

PHB
alely špecifický výraz

alelově špecifické expresie bola najprv stanovená sekvenovaním. Dvadsať až 40 ng DNA alebo cDNA bola použitá ako templát pre PCR amplifikáciu s priméry používané na PHB
genotypu. Pred sekvenovania, PCR produkty boli oddelené za použitia 2% agarózovom gélu, a špecifický pás sa extrahuje a čistí. Sekvenovanie bolo vykonané za použitia dopredný primer použitý pre amplifikáciu PCR a v3.1 Cycle Sequencing kit BigDye Terminátor (Applied Biosystems, USA). Sekvenačnej produkty boli oddelené pomocou ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA). Niektoré vzorky boli analyzované najmenej dvakrát, vrátane odlišných RT-PCR a sekvencovaní testy.

alelická expresné hladiny boli stanovené za použitia PeakPicker softvéru [25]. Tento softvér bol použitý pre prvý prevedenie normalizačné krok, v ktorom bola SNP výška alely v porovnaní s výškou referenčných píkov v obklopujúce sekvencie. Limited tohto normalizačného kroku v 21-bázy okna. Pomer hodnoty vyššie ako 1 boli prevedené na 1 /(pomer) pre transformáciu všetky hodnoty na stupnici 0-1, a hodnoty sa potom upraví na strednej hodnote pomeru špičkovej intenzity zo vzorky heterozygotným referenčné DNA pre rs6917 polymorfizmus. Genómovej DNA z heterozygotná (N = 3) a homozygotná vzoriek (N = 3, pre genotypu CC, n = 2, pre genotypu TT) bol použitý na overenie analýzy a potvrdenie alelických pomery 50:50 a 0: 100, resp. Okrem toho, cDNA z tkanivových vzoriek (nádorové a non-nádorové vzorky) z dvoch predmetov homozygotná pre alelu menšie v rs6917 polymorfizmu boli použité ako kontroly.

alely špecifický PHB
expresia bola tiež hodnotená v heterozygotných vzoriek pomocou RT-qPCR, ako bolo opísané skôr [26]. Použitie Genotypizácia testu Custom TaqMan SNP na PHB
genotypu, generované sme lineárne regresné krivku pre intenzitu fluorescencie log10 vs
pomere log10 alel založeného na sériovom riedenie CC a TT genotyp genomickej DNA z kontrolných vzoriek (vzorky z dvoch homozygotných jedincov) v rôznych pomeroch (CC: TT 08:01, 04:01, 02:01, 01:01, 01:02, 01:04, 01:08) RT -qPCR (obrázok 1A). Pomer alelické génovej expresie bola extrapolovať z priesečníka log10 FAM: VIC intenzity na štandardnej krivke. ROX (interné referenčné farbivo) a nešpecifickým FAM a VIC fluorescencie je normalizované vo všetkých analýzach. Všetky reakcie boli vykonávané v duplikátu

Pre heterozygotné vzorky cDNA, alelické pomery. ≪ 0,8 alebo >. 1,2 boli považované za indikatívne prejavu alelově špecifické

Štatistická analýza

pre expresiu mRNA analýzy sme najprv posúdené z predpokladu, že tieto údaje mali normálnu distribúciu pomocou test normality Shapiro-Wilk určiť príslušné testy pre následné štatistické porovnanie. PHB
mRNA neboli bežne distribuované a boli transformované (Z-skóre) pre analýzu. Pozorovanie > 2 alebo < -2 boli považované za odľahlé hodnoty a sú vyradené z analýzy. Párového t-test bol vykonaný pre porovnanie priemer PHB
expresie medzi non-neoplastických a nádorových vzoriek. T-test pre nezávislé vzorky a jednosmerné ANOVA nasleduje test Games-Howell post-hoc boli použité pre vyhodnotenie možných spojení medzi PHB
výraz a klinicko-patologické charakteristiky, proteín imunoreaktivita, počet kópií génu a genotyp , Použila Chi-kvadrát test alebo Fisherov presný test, aby posúdila vzťahy medzi PHB
číslo kópie a imunoreaktivitu a klinicko-faktory. Pearsonov korelačný bol použitý pre vyhodnotenie možná korelácia medzi sekvenovanie a TaqMan testu pre alelově špecifickú analýzu expresie. Vo všetkých analýz, P
. ≪ 0,05 bola považovaná za významnú

Výsledky

PHB
expresie mRNA vo nádorov žalúdka

PHB
expresie sa nelíšila medzi nádorových a nenádorových uzavreté žalúdočných vzoriek (0,173 ± 0,255 vs
0,227 ± 0,297, P
= 0,149). Avšak, hladiny mRNA boli znížené aspoň 1,5-násobne v 20 (45,5%) vzoriek GC a zvýšenie v 9 (20,5%) v porovnaní s párovými nenádorových vzoriek žalúdočnej tkaniva.

Tabuľka 1 ukazuje, združení medzi PHB
prejavu a klinicko-patologické rysy, rovnako ako proteín imunoreaktivity, rs6917 genotyp a kópie génu číslo. Zle diferencované nádory prezentované znížená PHB
výrazom v porovnaní so stredne diferencovaných tumorov ( P
= 0,029; tabuľka 1). Avšak, ako zle diferencovaný GC (0,025 ± 0,022 vs
0,239 ± 0,303; P Hotel < 0,001, ANOVA nasleduje Games-Howell post-hoc testom) a mierne diferencované GC (0,057 ± 0,051 vs
0,239 ± 0,303; P Hotel < 0,001, ANOVA nasledovaná hier-Howell post-hoc test) prezentované zníženej PHB
výrazom v porovnaní s non neoplastické vzorky žalúdočné tkaniva

Znížené PHB
expresie bola spojená s nižšou inváziou ( P
= 0,002; tabuľka 1). a neprítomnosť lymfatických uzlín ( P
= 0,040; tabuľka 1). Okrem toho, čoskoro GC prezentované znížená PHB
expresie v porovnaní s pokročilou GC ( P
= 0,002; tabuľka 1). Navyše iba zavčas GC prezentované významné zníženie PHB
hladiny mRNA v porovnaní s non-neoplastických vzoriek (0,044 ± 0,027 vs
0,239 ± 0,303, P Hotel < 0,001, ANOVA nasledované Games-Howell post-hoc testom).

PHB Imunoreaktivita v gastrických nádorov

Proteín imunologické bola pozorovaná u všetkých nádorových vzoriek, ktoré boli hodnotené IHC (tabuľka 2). Vo všetkých prípadoch, PHB imunoreaktivita bola zistená v nádorových a nenádorových buniek vrátane črevnej metaplastického a zápalových buniek (Obrázok 2A-H). PHB bol primárne exprimovaný v cytoplazme. Intenzita farbenia a percento imunoreaktívnych buniek sa pohybovala medzi študovaných prípadoch (tabuľka 2). Vzorky, ktoré predstavujú. ≪ 80% nádorových buniek s PHB imunoreaktivity vykazovali zníženej expresie mRNA ( P
= 0,036, tabuľka 1)

PHB
Copy Číslo v nádorov žalúdku

PHB
bol amplifikovaný v 13 z 38 (34,2%) nádorov, vrátane 2 vzoriek s 4 vyhotoveniach. Žiadny nádor prezentoval PHB
zmazanie. Je zaujímavé, 3 vzorky, ktoré prezentované outlier hodnoty PHB
mRNA expresie génu tiež prezentované zosilnenie. Z tohto dôvodu, keď sa hodnoty odľahlej do analýzy, PHB
výraz bol vyšší vo vzorkách s amplifikácie génu, ako u pacientov bez amplifikácie génu (stredná hodnota ± rozmedzím interkvartilný: 0,344 ± 0,335 vs
0,047 ± 0,07; P
= 0,003, non-parametrické Mann-Whitney testu, obrázok 3). PHB
zisk bol spojený s neskorým nástupom GC v porovnaní s skorým nástupom GC ( P
= 0,022; tabuľka 2). Nebola nájdená žiadna súvislosť medzi PHB
číslo kópie a bielkovín imunoreaktivity alebo iných klinicko-charakteristikami (tabuľka 3).

PHB
alely špecifický vyjadrenie

skúmali sme tiež, či prítomnosť minoritného alely v rs6917 bolo spojené s génovej expresie deregulácie u pacientov s GC. V našom vzorky, 11 z 48 pacientov (22,9%) bolo heterozygotných a 2 pacientov (4,17%) bolo homozygotných pre vedľajšie alely v rs6917 polymorfizmus. Všetky vzorky s T alelou prezentované 2 kópie PHB
génu. Prítomnosť alely T v rs6917 polymorfizmus bol spojený s nižším PHB
expresie v GC ( P Hotel &0,001, tabuľka 1, obrázok 1B) a v non-neoplastických vzorky (priemer ± SD :. 0,302 ± 0,325 vs
0,045 ± 0,043; P Hotel < 0,001, obr 1B)

Jeden pár heterozygotných vzoriek (tumor a non-tumor) nebola použitá pre analýzu expresie alelově špecifické. Bola zistená korelácia medzi pomerom alel v rs6917 polymorfizmu stanovenej sekvencovanie a v teste TaqMan ( P
= 0,003; r = 0,627). Sekvencovanie, približne 50% prípadov prezentované diferenciálnej alelickou expresie (obrázok 1C). Avšak, TaqMan test ukázal, že T a C alel prezentované diferenciálnej alelickou expresiu u väčšiny pacientov (obrázok 1D). Stupeň rozdiel v expresii medzi dvoma alelami líšila medzi jednotlivcami. T na C, alelická výraz pomer bol podobný v mnohých párov nádorových a nenádorových vzoriek. Iba jeden pacient predstavoval vyšší pomer C /T v oboch nádorových a nenádorových vzoriek v oboch testoch. Vo väčšine prípadov nižší pomer C /T bol zistený bez ohľadu na použitú metodiku (obr 1C a 1D). Nebol zistený žiadny vzťah medzi diferenciálnej alelickou expresiu a vekom začiatku alebo inej klinicko premenné.

Diskusia

PHB sa zdá byť nevyhnutné v bunkovej homeostázy. Nedávne štúdie naznačujú, že PHB môže pôsobiť ako pre-tumorigénny a anti-tumorigénny faktor v niekoľkých typoch buniek (viď prehľad [10]). V tejto štúdii, proteínové a mRNA expresné profily PHB prezentované heterogénne vzorka medzi nádorových vzoriek. Aj keď sme nezistili významný rozdiel medzi GC a uzavreté nenádorových vzoriek, sme pozorovali, že hladina mRNA bola znížená 1,5-krát v 45,5% vzoriek GC a zvýšila o 20,5% nádorov. Expresia znížená mRNA bola z časti v dôsledku zníženej početnosti nádorových buniek prezentujúcich PHB imunoreaktivitu, ktorá zdôrazňuje heterogénnosť medzi nádorových bunkových klonov.

Liu et al. [21] je popísané zníženú expresiu mRNA v štyroch nádorov žalúdka v porovnaní so zodpovedajúcimi normálnymi tkanivami, ktoré sa čiastočne potvrdzuje naše výsledky. Podporujúce anti-karcinogénne úlohu, PHB blokuje vstup do S fázy [27]. Okrem toho divokého typu rs6917 PHB
3'UTR sám je schopný inhibovať progresiu bunkového cyklu [11], [28] a rast nádoru [12], ako aj znížiť pohyblivosť buniek [29]. Okrem toho, PHB hrá úlohu v udržiavaní normálnej mitochondriálnej funkcie a morfológie [30]. Bolo navrhnuté, že strata mitochondriálnej PHB výrazu (cytoplazmatická lokalizácia, ako bolo pozorované v našich vzorkách), by mohlo viesť k zrýchlenému proteolýzou membránových proteínov a narušiť funkciu mitochondriálneho respiračného reťazca [10]. Naše predchádzajúce proteomický štúdia ukázala, že niektoré proteíny zapojené do metabolizmu energetických dráh (mitochondriálnu dysfunkciu, pyruvát metabolizmus, oxidatívny fosforylácie, citrát kruh, glykolýza /glukoneogenézy) boli deregulované [31] a navrhol, že prominentný mitochondriálnej funkcie môžu byť zmenené, presúva výrobu energie v GC bunky a navrhovať Warburg účinok [32].

Pokiaľ je nám známe, málo štúdií sa hodnotila možný vzťah medzi PHB
hladiny mRNA a rs6917 polymorfizmus. V jednej štúdii, Tang et al. nespozorovali významný vzťah medzi rs6917 polymorfizmus a expresie mRNA u línií lymfoblastoidných buniek zahrnuté do databázy HapMap [33]. Avšak, tieto autori uvádzajú, že T alela bola spojená so zvýšeným rizikom rakoviny prsníka. V tejto štúdii sme ukázali, že prítomnosť alely T v rs6917 polymorfizmus bol spojený s nižším PHB
expresie v non-neoplastických a neoplastických žalúdočných buniek. Rs6917 polymorfizmus sa nachádza v 3 'UTR a je prítomný iba v izoformu 1 PHB, ktorá bola zistená v tejto štúdii pomocou sekvencovania cDNA a testu TaqMan. 3'UTR obsahuje viac cis
- a trans
-elements, a tieto štruktúry majú ďalekosiahly vplyv na translácia mRNA, stabilitu a subcelulárnu lokalizáciu [34] [35], [36, ]. Variant T vytvára potenciálne väzobné miesto pre mikroRNA má-MIR-1292 a má-886-5p (http://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/mirna.cgi?2_rs6917), ktoré môžu meniť génovú expresiu buď mRNA rozpadu alebo prekladu. Ostatné microRNA boli v minulosti spojené s reguláciou PHB
prejavu v GC. Liu et al. [21] uvádzajú, že PHB
je regulovaná MIR-27a, ktorý je všeobecne up-regulované v GC. Autori naznačujú, že down-regulácia PHB
týmto microRNA môže vysvetliť, prečo potlačenie MIR-27a môže inhibovať rast GC buniek. Okrem toho, 3 'UTR PHB
kóduje antisencie RNA (Gene ENSG00000250186; HAVANA http://www.sanger.ac.uk/~~HEAD=dobj). Prítomnosť vzácne alely v antisencie RNA môže modifikovať, že sekundárne štruktúra a znížiť kcal /mol v porovnaní so sekvenciou širokým typu za použitia CLC RNA pracovného stola softvér 4.0 (dáta nie sú uvedené). Preto rs6917 polymorfizmus môže viesť k PHB
down-reguláciu vytvorením nových microRNA cieľových miest alebo prostredníctvom regulácie antisencie RNA v žalúdočných bunkách, a tým prispieť k žalúdočnej rakoviny.

V našom vzorky, väčšina pacientov heterozygotných prezentované zvýšená expresia T alely v porovnaní s alelou C. Rozdiel v relatívnej úrovne mRNA dvoch alel môže byť dôsledkom rozdielov v transkripcie alebo stabilitu mRNA, a ukazujú, že tento polymorfizmus predstavuje cis
účinok v žalúdočných bunkách. Pokiaľ je nám známe, jedná sa o prvú štúdiu, ktorá vyhodnotí rozdiel PHB
alelově špecifické expresie v nádorových vzoriek. Predchádzajúce štúdie preukázali, že a PHB
varianta s alelou v polohe 1630 v 3 'UTR T chýba antiproliferatívne a nádorové potlačenie rastu schopnosti in vitro a na zvieracích modeloch [29]. Preto je prítomnosť T alely, a to najmä ak predstavuje zvýšené expresie vo vzťahu k alele C, môže vyvolať "huba efekt" pre post-transkripčný regulátory, ako sú miRNA a prispieva k proliferáciu žalúdočných buniek, predisponujúce heterozygotných jedincov GC.

možný účinok PHB
down-regulácia - vzhľadom k rs6917 polymorfizmus, napríklad - na riziko GC je v súlade s asociáciou medzi znížená PHB
mRNA a nižšie invázie, nedostatok lymfatických uzlín a v ranej fáze GC. Pokiaľ je nám známe, žiadna predchádzajúce štúdie v literatúre zhodnotil možnú súvislosť medzi PHB
expresných a GC prognostické faktory. Tieto nálezy naznačujú, že PHB
down-regulácia môže byť požadované pre iniciáciu nádoru.

Avšak predchádzajúce proteomické štúdie uvádzajú PHB upregulace v žalúdočných nádorov [15], [16], [17] , Navyše, Kang et al. [18] hlásilo zvýšenú expresiu PHB proteínu a mRNA v GC (v porovnaní s priľahlými normálne žalúdočnej tkaniva) v ázijských jedincov. V našom vzorky, 20,5% nádorov prezentované zvýšil o PHB
výraz. PHB sa zdá, že hrá úlohu v bunkovej proliferácie, adhézie a migrácie a, teda, v progresii malígne transformácie prostredníctvom RAS-Raf signalizačné [37]. Budeme predpokladať, že zvýšená je nutné PHB
úrovni mRNA pre postup GC. Vyhodnotenie vzoriek ľudskej umožňuje len pre vyšetrovanie jedného časového bodu (v čase chirurgického odstránenia); Takto sme schopní vyhodnotiť dynamickú reguláciu génovej expresie. Avšak, PHB
expresie je pravdepodobne súvisí s bunkovou kontextu a molekulárnej pozadie žalúdočných buniek.

Kang et al. [18] uvádzajú, že PHB proteín a mRNA expresie sa líši medzi stredne, tak zle diferencované GC a že len málo diferencovaných tumorov súčasnej PHB nadmernej expresie v porovnaní s nenádorových vzoriek. V našom vzorky, niekoľko nádory boli klasifikované podľa stupňa diferenciácie. Avšak sme zistili, že obaja slabo a stredne diferencovaných tumorov prezentované znížená PHB
výrazom v porovnaní s nenádorových vzoriek a že PHB
hladiny mRNA boli nižšie u zle diferencovaných tumorov. Z tohto dôvodu, v našich vzorkách, PHB
výraz sa objavil klesať s nádoru dediferenciace. Ďalšie výskumy sú nevyhnutné pre lepšie pochopenie úlohy PHB v roku diferenciácie procese v normálnych a nádorových žalúdočných bunkách.

V tejto štúdii sme pozorovali, že 34,2% nádorov získané kópie PHB
. Zmeny v chromozóme 17 sú spojené s progresiou tumoru a malígneho potenciálu v primárnej GC [38], [39]. Pokiaľ je nám známe, jedná sa o prvú štúdiu, ktorá používajú presné a robustné techniku ​​vyhodnotiť PHB
počtom kópií vo vzorkách GC. Pozorovali sme pridružení medzi PHB
číslo kópie a hladiny mRNA, odhaľujúce cis-dávka účinok CNV na úrovni génovej expresie. Preto sú naše výsledky naznačujú, že CNV je dôležitým prvkom pri jazde v smere PHB
transkripciu u niektorých nádorov žalúdka. Tento genetický mechanizmus, prejavil predovšetkým v neskorom nástupom GC, môže prispieť k PHB
úlohu onkogénu. Toto zistenie tiež zdôrazniť, že niektoré mechanizmy môžu viesť k PHB
deregulácie v GC buniek.

Zvýšenie PHB
kopírovať číslo bolo spojené s neskorým nástupom GC. Klinicko-rozdiely medzi skorým začiatkom a neskorý nástup GC boli popísané [40], [41], [42], ale málo je známe o genetickej zmeny spojené s vekom nástupu GC [2]. Buffart et al. [43] už skôr preukázané, že mladí aj starí pacienti patria do skupín s rôznymi genomických profilov. Zosilnenie PHB
oku zdôrazňuje rôznorodosť GC.

Hlavným obmedzením tejto štúdie je jeho relatívne malú veľkosť vzorky. Z tohto dôvodu niektoré ďalšie štatistické analýzy uvedené zníženie výkonu pre detekciu významné rozdiely medzi skupinami pravdepodobne v dôsledku prílišného heterogénnosť medzi vzorkami. Preto falošne negatívne výsledky môžu byť došlo. Ďalšie hodnotenie sú stále potrebné vyhodnotiť úlohu PHB
v žalúdočnej karcinogenéze a jeho reguláciu transkripcie.

Na záver, ako down-regulácia a up-regulácia PHB
môže byť pozorované v GC. Zníženie sa zdá byť zapojené do procesu nádorovej Dediferenciace a začatie rakoviny PHB
výraz. T alela v PHB
rs6917 polymorfizmus môže prispieť k pozorovanému zníženiu PHB
hladín mRNA a tým prispievajú k riziku GC. Avšak, PHB
up-regulácia sa zdá byť regulovaná podľa počtu kópií génu. Diferenciálnej expresie rs6917 polymorfizmu v žalúdku vzoriek bol zaznamenaný prvýkrát, a táto varianta môže hrať úlohu v regulácii PHB
výrazu. Pleiotropnej funkcie PHB
upozorňuje na nutnosť ďalšieho šetrenia vo GC, pretože jeho aktivita v žalúdočných bunkách je pravdepodobné, že bude prísne regulovaná, aby sa zabránilo možným negatívnym dôsledkom zníženú alebo zvýšenú expresiou.

Poďakovanie

autori sú vďační Sueli Nonogaki od Adolfo Lutz (Sao Paulo, SP, Brazília) pre technickú podporu v imunohistochemické analýzy.

• Ploche ONE: MUC5AC Upstream Komplexné repetitívne Kraj dĺžka polymorfizmy sú spojené s citlivosťou a klinickou fáze rakoviny žalúdka
• Ploche ONE: Normálny fibroblasty Induce E-cadherinu Loss a zvýšiť metastáz do lymfatických uzlín v rakoviny žalúdka