PLoS ONE: прохибитин Expression Дерегуляция в рак желудка связан с 3 'нетранслируемой областью 1630 C > T полиморфизм и Copy Number Variation

Абстрактный
<р> PHB является сообщили онкогенов и супрессоров опухолей при раке желудка. Здесь мы оценили ли PHB
скопировать номер и rs6917 полиморфизм влияет на его экспрессию при раке желудка. Понижающую регуляцию и повышающей регуляции PHB
наблюдались в оцениваемых опухолей. Снижение экспрессии было связано с дифференцировке опухоли и инициации рака. T аллель rs6917 полиморфизм был связан с сокращением PHB
уровней мРНК. Кроме того, повышающая регуляция появился ПГБ
будет регулироваться усилением дополнительных копий гена. Таким образом, PHB
скопировать изменение числа и дифференциальное выражение rs6917 полиморфизм может играть определенную роль в PHB
регуляции транскрипции
<р> Образец цитирования:. Лил MF, Сирило PDR, Mazzotti ТКФ , Calcagno DQ, Wisnieski F, Demachki S и др. (2014) прохибитин Expression Дерегуляция в рак желудка связано с нетранслируемой области 3 '1630 C > T полиморфизм и Copy Number Variation. PLoS ONE 9 (5): e98583. DOI: 10.1371 /journal.pone.0098583
<р> Редактор: Аманда Юарт Толанд, Государственный университет штата Огайо медицинский центр, Соединенные Штаты Америки
<р> Поступило: 17 февраля 2014 года; Принято: 5 мая 2014 года; Опубликовано: 30 мая 2014
<р> Copyright: © 2014 Лил и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются

Финансирование:. Это исследование была поддержана Coordenação де Aperfeiçoamento де Pessoal де Nivel Superior (CAPESP), Conselho Насиональ де Desenvolvimento Científico е Технологического (CNPq; RC, MACS и РРК) и Fundação де Ампаро à Pesquisa сделать Estado-де-Сан-Паулу (FAPESP, MFL, PDRC и DQC ) в виде грантов и стипендий. Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи

Конкурирующие интересы:. RC является академический редактор для PLoS ONE. Остальные авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов для них. Это не меняет приверженность авторов к PLoS ONE редакционной политики и критериев.

Введение
<р> Рак желудка (GC) является четвертым наиболее распространенным видом рака и второй ведущей причиной смертности от онкологических заболеваний во всем мире [1]. Несмотря на значительные успехи в изучении GC, молекулярные изменения, участвующие в желудочном канцерогенезе остаются неизвестными.
<Р> Хромосома 17 является одним из наиболее распространенных хромосом, проявляющих численных аберраций в GC (см обзор [2]). Наша группа ранее сообщалось о наличии хромосомы 17 анеуплоидии, как прибыли и убытки, в GC у людей в Северной Бразилии [3], [4], [5], [6], и во всех линиях GC клеток, созданных из неоплазий в этом населения [7], [8]. Таким образом, эта хромосома может содержать важные гены, участвующие в желудочном канцерогенезе.
<Р> прохибитин-1 ( PHB
) гена карты к хромосоме 17q21 локуса. Этот ген кодирует повсеместному, законсервированный эволюционно белок, который обнаруживается в широком диапазоне организмов, включая бактерии, растения, дрожжи, простейшими и млекопитающих [9]. ПГБ первоначально считалось играть центральную роль в ингибировании прогрессии клеточного цикла. Совсем недавно, ПОБ был охарактеризован как шаперона участвуют в стабилизации митохондриальных белков; Таким образом, ПГБ участвует в нескольких клеточных процессов, включая регулирование пролиферации, апоптоза и транскрипции генов [10].
<р> РНВ-видимому, играет роль в развитии различных видов рака. Сверхэкспрессия ПГБ сообщается при раке шейки матки, пищевода, молочной железы, легких, мочевого пузыря, щитовидной железы, яичников и простаты. В отличие от этого, снижение экспрессии ПОБ наблюдалось в глиом, и соматические мутации в PHB
были обнаружены в спорадических случаев рака молочной железы [9]. Кроме того, функциональный полиморфизм единичного нуклеотида (SNP), в <ЕМ> ген ПГБ
, изменяя цитозина на тимин в положении 1630 в 3 'UTR (rs6917), создает вариант, который испытывает недостаток антипролиферативной активностью [11] , [12], а в дальнейшем может увеличить риск злокачественного роста. Т аллель этого SNP было связано с повышенным риском развития рака молочной железы [13] и меланоме [14]. Таким образом, роль ПГБ в пролиферации раковых заболеваний и /или подавления остается спорным.
<Р> Роль ПГБ в желудочном канцерогенезе не была полностью выяснена. Некоторые предыдущие исследования описывают повышенную экспрессию ПГБ в образцах GC [15], [16], [17], [18] и сыворотке крови больных GC [19]. Тем не менее, другие исследования сообщили о ПГБ понижающую регуляцию в этом типе рака [20], [21]. Исследование молекулярных механизмов, участвующих в регуляции транскрипции PHB
может обеспечить новое понимание его роли в GC и способствовать развитию новых противораковых методов лечения.
<Р> В этом исследовании мы сначала оценивали экспрессия мРНК и белок ПГБ в GC и совпавших неопухолевых образцов желудочного тканей. Кроме того, возможные ассоциации между PHB
и клинико-патологические характеристики были исследованы. Поскольку PHB
ген расположен в хромосомной области часто участвуют в численных аберраций в GC [2], мы также оценили PHB
число копий в образцах опухолей. Кроме того, аллель-специфическая экспрессия PHB
мРНК оценивали исследовать относительную транскрипцию каждого аллеля в гетерозиготных субъектов с rs6917 полиморфизма в качестве возможного механизма, участвующего в регулирования ПГБ
. Насколько нам известно, ни предыдущее исследование не оценило PHB
число копий и экспрессия аллельспецифической в ​​образцах опухолей.

Материалы и методы

Образцы тканей
<р> Через сорок восемь пар выборок ГХ и соответствующие неопухолевых образцов желудочной ткани (&к раствору 5 см от края опухоли), были использованы для оценки ПГБ
экспрессии мРНК и СНП rs6917 генотипа. В 38 из этих образцов ГК, то PHB
число копий также оценивали. ПГБ иммунореактивность оценивалась в 12 образцах GC.
<Р> Все образцов желудочного были получены у пациентов, перенесших гастрэктомию для GC в Жоао де Баррос Баррето University Hospital (HUJBB) в Северной Бразилии. Все пациенты имели отрицательные историй воздействия либо химиотерапии или лучевой терапии перед хирургическим вмешательством, и не было никакого смежности других диагностируемых раковых заболеваний. Письменное информированное согласие с утверждением комитета по этике HUJBB был получен.
<Р> Часть каждого расчлененного образца опухоли был формалином фиксированной и парафином (FFPE). Разделы FFPE ткани окрашивали гематоксилин-эозином для гистологической оценки или используется для иммуногистохимии (IHC) анализа. Дополнительные участки каждой опухоли и спаренные образца неопухолевых ткани резко замораживали в жидком азоте и хранили при -80 ° С до очистки нуклеиновых кислот.
<Р> Все образцы были классифицированы в соответствии с Lauren [22], и опухоли были поставлены в соответствии с критериями ТНМ стадирования [23].

ДНК и очистки мРНК
<р> Общую ДНК и РНК были одновременно выделяли из образцов желудочной ткани с использованием РНК /белка Kit /AllPrep ДНК (Qiagen, Германия) в соответствии с инструкциями изготовителя. Концентрации и качество ДНК и РНК определяли с помощью спектрофотометра NanoDrop (Kisker, Германия), а также целостность РНК определяли с помощью гель-электрофореза.

PHB Gene Expression

PHB <бр> выражение оценивали с помощью обратной транскрипции количественной полимеразной цепной реакции (RT-КПЦР). Во-первых, комплементарной ДНК (кДНК) синтезируют с использованием большой емкости кДНК архива набора (Applied Biosystems, Польша) в соответствии с протоколом производителя. В режиме реального времени анализ RT-КПЦР проводили с использованием QuantiFast SYBR Green Master Mix (Qiagen, немецкий) на 7500 быстрой машине ПЦР в реальном времени (Applied Biosystems, США). Следующие праймеры (150 нМ каждого) были разработаны для RT-КПЦР усиления: PHB
F5'-GTGTGGTTGGGGAATTCATGTGG-3 'и R5'-CAGGCCAAACTTGCCAATGGAC-3'; ACTB
F5'-AGAAAATCTGGCACCACA-3 'и R5'-AGAGGCGTACAGGGATAG-3'. Все реакции проводили в трех повторностях для обоих гена-мишени и внутреннего контроля ( ACTB
). PHB
выражение нормирована на ACTB
выражения. Обилие экспрессии мРНК регулировали эффективности амплификации ( ПГБ
= 99%, ACTB
= 102%) [24]. Не-неопластические образец ткани желудка был определен в качестве калибратора для каждого парного опухоли для расчета относительной количественной оценки (RQ) [24].

PHB Экспрессия белка

Парафиновые срезы были подвергнуты IHC , Разделы опухолевой ткани (толщиной 3 или 4 мм) были депарафинировали в ксилоле и регидратации в серии градуированных этанола. Эпитопов поиска проводили в цитратном буфере, рН 6,0, в атмосфере влажного тепла в скороварке. Затем срезы ткани инкубировали с первичным антителом против мышиного моноклонального ПГБ (II-14-10, разбавление 1:100; ThermoFisher Scientific, США). Сайты иммунореактивности были визуализированы с использованием набора для обнаружения SuperPicture полимера (Invitrogen, США). Слайды были просмотрены с помощью световой микроскопии с помощью микроскопа Nikon Eclipse E600 (Nikon, США), снабженном цифровой камерой Nikon DSM1200F (Nikon, США). был выбран и установлен в качестве фона, не окрашивали область (белая область). Любое окрашивание считается положительным результатом, независимо от интенсивности. Отрицательные контроли, в котором первичное антитело было заменено 5% бычьего сывороточного альбумина (БСА) в фосфатно-солевом буфере (PBS), были включены во все серии, и участки нормальной ткани предстательной железы человека, использовали в качестве положительного контроля.

PHB
Copy Number
<р> для оценки вариации в количестве копий (CNV), процедура КПЦР проводили с использованием количественных анализов TaqMan Cnv (Life Technologies, США) для PHB
ген (Hs00178432_cn) и для внутреннего контроля РНКазы P
(Ƹ3326). Multiplex реакции КПЦР проводили в четырех экземплярах с гДНК в соответствии с условиями протокола и велосипедного производителя в 7500 быстрой машине ПЦР в реальном времени (Life Technologies, США). Относительное число копий каждого образца оценивали с помощью Copy Software V1.0 Caller (Life Technologies, США). Коммерческие человека gDNAs (G1471 и G1521; Promega, США) были использованы для калибровки

PHB
генотипирования

ДНК из неопухолевых образцов использовали для PHB.
генотипирование. Испытуемых генотипированы для rs6917 полиморфизма с использованием пользовательских TaqMan SNP зондов и праймеров (Applied Biosystems, Foster City, CA). Следующие праймеры и зонды MGB предназначены для дискриминации аллельного: праймеры F5'-TTGGTCCCTCTCAGATACCCA-3 'и R5'-CCGTGAGAAGGGCAGTCTCT-3'; FAM-меченного зонда 5'-CTGCCAAAGACGTGT-3 '; и минорного аллеля VIC-меченным зондом 5'-CTGCCAAAGATGTGT-3 '.

PHB
аллель-специфическая экспрессия
<р> аллель-специфическая экспрессия была впервые определена путем секвенирования. Двадцать до 40 нг ДНК или кДНК использовали в качестве матрицы для ПЦР-амплификации с использованием праймеров, используемых для PHB
генотипирования. Перед тем как секвенирование, продукты ПЦР были разделены с использованием 2% агарозном геле, а удельная полоса экстрагировали и очищали. Секвенирование проводили с использованием прямого праймера, используемого для ПЦР-амплификации и v3.1 для циклического секвенирования набора BigDye Terminator (Applied Biosystems, США). Секвенирование продукты были разделены с использованием ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, США). Некоторые из образцов были проанализированы по крайней мере в два раза, в том числе различных RT-ПЦР и секвенирования анализов
. <Р> аллельная уровни экспрессии определяли с использованием PeakPicker программного обеспечения [25]. Программное обеспечение было использовано для первого выполнения шага нормализации, в котором высота аллель СНП сравнивалась с высотой опорных пиков в фланкирующих последовательностей. Мы ограничили этот шаг нормализации в пределах 21-основного окна в. значения соотношения выше 1 были преобразованы в 1 /(отношение), чтобы преобразовать все значения в шкале 0-1, а затем значения доводили до среднего значения пиков отношения интенсивностей от образца гетерозиготных опорного ДНК для rs6917 полиморфизма. Геномная ДНК из гетерозиготных (N = 3) и гомозиготные образцов (N = 3, для генотипа CC; N = 2, для генотипа ТТ) был использован для проверки анализа и подтверждения аллельные соотношения 50:50 и 0:100, соответственно. Кроме того, кДНК из образцов ткани (опухолевые и не опухолевые образцов) из двух предметов, гомозиготных по минорного аллеля в rs6917 полиморфизма также были использованы в качестве контроля.
<Р> аллельспецифической PHB
выражение также оценивали в гетерозиготных образцах с помощью RT-кПЦР, как описано ранее [26]. Использование генотипирования анализа пользовательских TaqMan SNP для PHB
генотипирование, мы получили линейную кривую регрессии для интенсивности флуоресценции log10 против
отношения log10 аллельного на основе серийного разведения cc- и TT- генотипированы геномные ДНК из контрольных образцов (образцы из двух гомозиготных особей) в нескольких соотношениях (CC: TT 8:01, 4:01, 2:01, 1:01, 1:02, 1:04, 1:08) по РТ -qPCR (Рис. 1А) Соотношение аллельная экспрессии гена экстраполируется отсекаемый log10 МВС: интенсивности VIC на стандартной кривой. ROX (внутренний источник опорного напряжения краситель) и неспецифическое FAM и VIC флуоресценция нормализовалось во всех анализах. Все реакции проводились в двух экземплярах
<р> Для гетерозиготных образцов кДНК, аллельные соотношениях и ЛТ;. 0,8 или &Гт. 1.2 были рассмотрены ориентировочный экспрессии аллель-специфической

Статистический анализ
<р> для анализа экспрессии мРНК, мы сначала оценивали предположение о том, что данные имели нормальное распределение с использованием критерия нормальности Шапиро-Wilk, чтобы определить соответствующие тесты для последующих статистических сравнений. PHB
уровни мРНК не были нормально распределены и были преобразованы (Z-счет) для анализа. Наблюдения > +2 или &Лт; -2 рассматривались выбросы и исключены из анализа. Парный Т-тест проводили для сравнения среднее PHB
выражение между неопухолевых и опухолевых образцов. T-тест для независимых выборок и односторонним ANOVA с последующим ретроспективном тест Игры-Howell были использованы для оценки возможных связей между PHB
выражение и клинико-патологические характеристики, иммунореактивность белка, количества копий гена и генотипа , Хи-квадрат или точный критерий Фишера использовали для оценки взаимосвязи между PHB
скопировать номер и иммунореактивности и факторы клинико. корреляции Пирсона был использован для оценки возможной корреляции между секвенирования и анализа TaqMan для анализа экспрессии аллель-специфической. Во всех анализах, P
&л;. 0,05 считали значимым

Результаты

PHB
экспрессия мРНК в опухоли желудка
<р> PHB
выражение не отличались между опухолевыми и совпавших неопухолевых образцов желудочного (0,173 ± 0,255 против
0,227 ± 0,297, P
= 0,149). Тем не менее, уровни мРНК были снижены, по крайней мере в 1,5 раза в 20 (45,5%) образцов ГХ и увеличилось в 9 (20,5%) по сравнению с парными неопухолевых образцов желудочного ткани.

Таблица 1 показывает, ассоциации между PHB
выражение и клинико-патологические характеристики, а также белок иммунореактивности, rs6917 генотипа и гена число копий. Плохо дифференцированные опухоли снижается представил PHB
выражение по сравнению с умеренно дифференцированными опухолями ( P
= 0,029; таблица 1). Тем не менее, как слабо дифференцированы GC (0,025 ± 0,022 против
0,239 ± 0,303; P
&л; 0,001, ANOVA с последующим ретроспективном тест Игры-Howell) и умеренно дифференцированной GC (0,057 ± 0,051 против
0,239 ± 0,303; P
&л; 0,001, ANOVA с последующим играм-Howell ретроспективном тест) представил уменьшенных PHB
выражение по сравнению с не- опухолевые образцы ткани желудка
<р> Уменьшенный PHB
выражение было связано с более низкой инвазии ( P
= 0,002; таблица 1). и отсутствие метастазов в лимфатических узлах ( Р
= 0,040; таблица 1). Кроме того, в начале GC представил снижается PHB
выражение по сравнению с передовыми GC ( P
= 0,002; таблица 1). Кроме того, только в начале GC представил значительное снижение PHB
уровней мРНК по сравнению с неопухолевых образцах (0,044 ± 0,027 против
0,239 ± 0,303, P
&л; 0,001, ANOVA с последующим ретроспективном тест-игр Howell).

PHB иммунореактивности в желудочном опухоли
<р> Белок иммунное наблюдалось во всех образцах опухолей оценивали с помощью IHC (таблица 2). Во всех случаях, ПГБ иммунореактивность была обнаружена в неопластических и не-неопластических клеток, в том числе кишечной метапластического и воспалительных клеток (Фигура 2А-H). была главным образом выражается ПГБ в цитоплазме. Интенсивность окрашивания и процент иммунореактивных клеток варьирует среди исследованных случаев (таблица 2). Образцы, представляющие ≪. 80% опухолевых клеток с ПГБ иммунореактивности показали снижение экспрессии мРНК ( P
= 0,036, таблица 1)

PHB
Copy Number в желудочном Опухоли

PHB
амплифицировали в 13 из 38 (34,2%) опухолей, в том числе 2-х образцов с 4-х экземплярах. Ни одна опухоль не представила PHB
удаления. Интересно отметить, что 3 образца, что представленные Outlier значения для PHB
экспрессии мРНК также представлены амплификации гена. Поэтому, когда значения Outlier были включены в анализ, PHB
выражение было выше в образцах с усилением генов, чем у пациентов без амплификации гена (медиана ± диапазон межквартильного: 0,344 ± 0,335 против
0,047 ± 0,07; P
= 0,003, непараметрический критерий Манна-Уитни; Рисунок 3). PHB
прирост был связан с поздним началом GC по сравнению с ранним началом GC ( P
= 0,022; таблица 2). не было обнаружено никакой связи между PHB
количество копий и белка иммунореактивности или любые другие клинико-патологическими характеристиками (таблица 3).

PHB
аллель-специфической экспрессии
<р> Мы также исследовали, может ли присутствие минорного аллеля в rs6917 было связано с генной экспрессии дерегуляции у больных ГЦ. В нашей выборке 11 из 48 пациентов (22,9%) были гетерозиготными и у 2 больных (4,17%) были гомозиготными по минорного аллеля в rs6917 полиморфизма. Все образцы с аллеля Т представлены 2 экземпляра PHB
гена. Наличие аллеля Т в rs6917 полиморфизм был связан с уменьшенным PHB
выражение в GC ( P
&л; 0,001; Таблица 1; Фигура 1В) и в неопухолевых образцах (средний ± SD:. 0,302 ± 0,325 против
0,045 ± 0,043; P
&л; 0,001; Фигура 1В)
<р> Одна пара гетерозиготных образцов (опухоли и неопухолевой) не использовали для анализа экспрессии аллель-специфической. Была обнаружена корреляция между отношением аллельного в rs6917 полиморфизма, определенной с помощью секвенирования и анализа TaqMan ( P
= 0,003; р = 0,627). По секвенирования, примерно в 50% случаев представлены дифференциальный аллельного выражение (рис 1C). Тем не менее, анализ TaqMan, показал, что аллели T и C представлены дифференциальную экспрессию аллельного у большинства больных (рис 1D). Степень различия в выражении между двумя аллелями варьировалась между отдельными лицами. Коэффициент экспрессии аллельная T к C была одинаковой в большинстве пар опухолевых и неопухолевых образцах. Только один пациент более высокое отношение C /T в обоих опухоли и неопухолевых образцах в обоих анализах. В большинстве случаев, более низкое отношение C /T был обнаружен независимо от методологии, применяемой (рис 1C и 1D). не было обнаружено никакой связи между дифференциальной аллельного выражения и возраста начала или любой другой переменной клинико-патологическими.

Обсуждение
<р> PHB, как представляется, важное значение клеточного гомеостаза. Недавние исследования показали, что ПГБ может выступать в качестве про-онкогенных и анти-онкогенного фактора в нескольких типах клеток (см обзор [10]). В настоящем исследовании, белка и мРНК профили экспрессии РНВ представили гетерогенную картину среди образцов опухолей. Хотя мы не обнаружили существенной разницы между GC и согласованными неопухолевых образцов, мы наблюдали, что уровень мРНК была уменьшена в 1,5 раза в 45,5% проб GC и увеличился в 20,5% опухолей. Пониженная экспрессия мРНК была отчасти из-за пониженной частоты опухолевых клеток, представляющих ПГБ иммунореактивности, который подсвечивает гетерогенности среди опухолевых клеточных клонов.
<Р> Лиу и др. [21] описал пониженную экспрессию мРНК в четырех опухолей желудка по сравнению с их соответствующими нормальными тканями, что отчасти подтверждает наши результаты. Поддерживая анти-онкогенного роль, ПГБ запись блоков в фазе S [27]. Кроме того, rs6917 дикого типа PHB
покое 3'UTR способен ингибировать прогрессию клеточного цикла [11], [28] и рост опухоли [12], а также уменьшить подвижность клеток [29]. Кроме того, ПГБ играет определенную роль в поддержании нормальной функции митохондрий и морфологии [30]. Было высказано предположение, что потеря экспрессии митохондриальных ПГБ (цитоплазматический локализации, как это наблюдалось в наших образцах), может привести к ускоренному протеолиза мембранных белков и ухудшать функцию дыхательной цепи митохондрий [10]. Наши предыдущие Протеомные исследование показало, что некоторые белки, участвующие в энергетическом обмене путей (митохондриальная дисфункция, пируват обмен веществ, окислительного фосфорилирования, цитрат круг, гликолиза /глюконеогенеза) не регулировались [31], и предположил, что известные митохондриальные функции могут быть изменены, переориентации производства энергии в GC клетки и предполагая, эффект Варбурга [32].
<р> Насколько нам известно, несколько исследований оценивали возможную связь между PHB
уровней мРНК и rs6917 полиморфизма. В одном исследовании, Тан и др. не наблюдалось статистически значимую связь между rs6917 полиморфизма и экспрессии мРНК в лимфобластоидных клеточных линиях, включенных в базу данных HapMap [33]. Тем не менее, эти авторы сообщили, что Т аллель был связан с повышенным риском развития рака молочной железы. В настоящем исследовании мы показали, что наличие аллеля Т в rs6917 полиморфизм был связан с уменьшенным PHB
выражение неопухолевых и опухолевых клетках желудка. Rs6917 полиморфизм находится в 3'-UTR и присутствует только в изоформы 1 ПГБ, который был обнаружен в настоящем исследовании кДНК последовательности и анализа TaqMan. 3'UTR содержит несколько цис
- и транс
-элементов, и эти структуры имеют широкое влияние на мРНК перевода, стабильности и внутриклеточной локализации [34], [35], [36 ]. Вариант T создает потенциальный сайт связывания для микроРНК имеет-Mir-1292 и имеет-886-5p (http://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/mirna.cgi?2_rs6917), который может изменяют экспрессию генов либо мРНК распада или перевода. Другие микроРНК ранее были связаны с регулированием PHB
выражение в GC. Лю и др. [21] сообщили, что PHB
регулируется микроРНК-27а, который обычно до регулируемых в GC. Авторы предположили, что понижающее регулирование PHB
этим микроРНК может объяснить, почему подавление MIR-27а может ингибировать рост клеток GC. Кроме того, 3'-UTR из ПГБ
кодирует антисмысловую РНК (ген ENSG00000250186; ГАВАНЕ http://www.sanger.ac.uk/~~HEAD=dobj). Наличие редкого аллеля в антисмысловой РНК может изменить вторичную структуру и уменьшить ккал /моль по сравнению с последовательностью, с широким использованием типа CLC RNA Workbench 4.0 программного обеспечения (данные не показаны). Поэтому rs6917 полиморфизм может привести к PHB
понижающего регулирования путем создания новых целевых сайтов микроРНК или через его регулирования антисмысловой РНК в клетках желудка, тем самым способствуя желудочном канцерогенезе.
<Р> В нашем образцы, большинство из гетерозиготных пациентов наблюдается повышенный уровень экспрессии Т-аллеля по сравнению с аллелем C. Различие в относительных уровней мРНК двух аллелей может быть результатом различий в транскрипции или стабильность мРНК, и они показывают, что этот полиморфизм представляет цис
эффект в клетках желудка. Насколько нам известно, это первое исследование, чтобы оценить дифференциал PHB
аллель-специфической экспрессии в образцах опухолей. Предыдущие исследования показали, что PHB
вариант с аллеля Т в положении 1630 в 3'UTR не хватает антипролиферативные и опухолевые способности подавления роста в пробирке и на животных моделях [29]. Таким образом, присутствие аллеля Т, в частности, когда он представляет повышенную экспрессию по сравнению с аллелем C, может вызвать "эффект губки" для пост-транскрипционных регуляторов, таких как микроРНК и способствуют пролиферации клеток желудка, предрасполагающим гетерозиготные особи ГЖХ.
<р> возможный эффект PHB
понижающей регуляции - в связи с rs6917 полиморфизма, например - на GC риск находится в согласии с ассоциациями между пониженными PHB
мРНК и ниже вторжение, отсутствие метастазов в лимфатических узлах и на ранней стадии ГХ. Насколько нам известно, ни предыдущие исследования в литературе не оценил возможную связь между PHB
экспрессии и GC прогностических факторов. Эти данные позволяют предположить, что PHB
понижающая регуляция может потребоваться для инициации опухоли.
<Р> Однако предыдущие протеомические исследования сообщили ПГБ в повышающей регуляцией опухоли желудка [15], [16], [17] , Кроме того, Кан и др. [18] сообщили о сверхэкспрессии ПГБ белка и мРНК в GC (по сравнению с соседними нормальными тканями желудка) в азиатских лиц. В нашей выборке 20,5% опухолей также наблюдается повышенный уровень PHB
выражение. ПОБ-видимому, играет роль в клеточной пролиферации, адгезии и миграции и, следовательно, в прогрессии злокачественной трансформации через RAS-RAF сигнализации [37]. Мы предполагаем, что увеличение PHB
уровня мРНК необходим для прогрессии GC. Оценка человеческих образцов позволяет только исследование одной точке времени (во время хирургического вмешательства); Таким образом, мы не можем оценить динамическое регуляции экспрессии генов. Тем не менее, PHB
выражение, скорее всего, связано с сотовой связи и молекулярной фоне желудочных клеток.
<Р> Кан и др. [18] сообщили, что ПГБ белка и экспрессии мРНК отличаются между умеренно и слабо дифференцированы GC и что только плохо дифференцированные опухоли настоящего ПГБ избыточной экспрессии по сравнению с неопухолевых образцов. В нашей выборке несколько опухолей были классифицированы в зависимости от степени дифференциации. Тем не менее, мы обнаружили, что оба плохо и умеренно дифференцированные опухоли снижается представил PHB
выражение по сравнению с неопухолевых образцов и что PHB
уровни мРНК были ниже в слабо дифференцированных опухолей. Поэтому в наших образцах, PHB
появилось выражение уменьшается с опухолевой дифференцировке. Дальнейшие исследования необходимы для лучшего понимания роли ПГБ в процессе дифференцировки в нормальных и опухолевых клетках желудка.
<Р> В этом исследовании мы обнаружили, что 34,2% опухолей получили копии PHB
. Изменения в хромосоме 17 были связаны с развитием опухоли и злокачественным потенциалом в первичном GC [38], [39]. Насколько нам известно, это первое исследование, чтобы использовать точную и надежную технику для оценки PHB
число копий в образцах GC. Мы наблюдали связь между PHB
скопировать номер и уровни мРНК, обнажив цис-дозированная эффект CNV на уровни экспрессии генов. Таким образом, наши результаты свидетельствуют о том, что CNV является важным элементом в движении вниз по течению PHB
транскрипции в некоторых опухолях желудка. Этот генетический механизм, в основном наблюдается в поздним началом GC, может внести свой вклад в PHB
роли онкогенов. Этот вывод также подчеркнуть, что некоторые механизмы могут привести к PHB
дерегулирования в GC клетки.
<Р> Увеличение PHB
число копий было связано с поздним началом GC. Клинико-патологические различия между ранним началом и поздним началом GC были описаны [40], [41], [42], но мало известно о генетических изменений, связанных с возрастом начала GC [2]. Buffart и др. [43] ранее показали, что молодые и старые пациенты относятся к группам с разным геномных профилей. Усиление PHB
локуса подчеркивает гетерогенность GC.
<Р> Основным ограничением данного исследования является его относительно небольшой размер выборки. Таким образом, некоторые статистический анализ представил снижение мощности для выявления значимых различий между группами вероятно, связано с большой гетерогенности среди образцов. Поэтому, ложно-отрицательные результаты могут иметь место. Дальнейшие оценки по-прежнему необходимо оценить роль PHB
в желудочном канцерогенезе и его регуляции транскрипции.
<Р> В заключение, как понижающая регуляция и повышающей регуляции PHB <бр> может наблюдаться в GC. Снижение PHB
выражение по-видимому, участвует в процессе дедифференциации опухоли и инициации рака. Аллеля Т в PHB
rs6917 полиморфизма может способствовать уменьшению наблюдаемого в PHB
уровней мРНК и, следовательно, способствуют GC риска. Тем не менее, PHB
регуляцию, как представляется, регулируется количеством копий гена. Дифференциальная экспрессия rs6917 полиморфизма в желудочном образцах сообщалось в первый раз, и это изменение может играть определенную роль в регуляции PHB
выражения. Плейотропно функция PHB
подчеркивает необходимость дальнейших исследований в GC, поскольку его активность в клетках желудка, вероятно, будет жестко регулируется, чтобы избежать возможных негативных последствий снижение или повышение экспрессии.

Выражение признательности

авторы благодарны Sueli Nonogaki от Adolfo Lutz (Сан-Паулу, SP, Бразилия) за техническую поддержку в иммуногистохимии анализов.

• PLoS ONE: MUC5AC Upstream комплекс Серийное Регион Длина полиморфизмы ассоциированы с восприимчивостью и клинической с…
• PLoS ONE: нормальные фибробласты индуцируют Е-кадгерин потери и увеличение лимфатического узла метастаза в желу…