Plos ONE: Prohibitin Expression Deregulacija želodčnega raka je povezana s 3 'neprevedeno regijo 1630 C > T polimorfizma in kopiranje Število Različica

Povzetek

PHB je poročal onkogena in zaviralnih raka želodca. Tukaj smo ocenili, ali je PHB
številko izvoda in rs6917 polimorfizem vpliva na njegovo izražanje pri raku želodca. Navzdol ureditev in regulacijo navzgor PHB
so v ocenjenih tumorjev opazili. Zmanjšano izražanje je bila povezana z tumorja dedifferentiation in začetek raka. Alel T v rs6917 polimorfizma je bila povezana z zmanjšano PHB
mRNA. Poleg tega je up-ureditev PHB
je zdelo, da se ureja pridobivanje dodatnih genskih kopij. Tako, PHB
kopiranje razlike številko in diferencialne ekspresije rs6917 polimorfizma lahko igrajo vlogo v PHB
transkripcijske regulacije

Navedba. Leal MF, Cirilo PDR, Mazzotti TKF , Calcagno DQ, Wisnieski F, Demachki S et al. (2014) Prohibitin Expression Deregulacija želodčnega raka je povezana z neprevedeno regijo 3 '1630 C > T polimorfizma in kopiranje Število Variation. PLoS ONE 9 (5): e98583. doi: 10,1371 /journal.pone.0098583

Urednik: Amanda EWART Toland, Ohio State University Medical Center, Združene države Amerike

Prejeto: 17. februar 2014; Sprejeto: 5. maj 2014; Objavljeno: 30. maj 2014

Copyright: © 2014 Leal et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Ta študija je bila podprta z Coordenação de Aperfeiçoamento de pessoal de Nivel Superior (CAPESP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TECNOLOGICO (CNPq; RC, Mac in RRB) in Fundação de Amparo à Pesquisa storiti Estado de Sao Paulo (FAPESP, MFL, PDRC in DQC ) v obliki nepovratnih sredstev in štipendije nagrad. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi. RC je akademski Editor za PLoS ONE. Na drugi avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi za njih. To ne spremeni pripadnost avtorjev uredniške politike in kriterijev PLoS ONE.

Uvod

Rak želodca (GC) je četrti najpogostejši rak in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka po vsem svetu [1]. Kljub velikim napredkom v študiji GC, molekulske spremembe, ki sodelujejo pri želodčnem rakotvornost ostajajo neznani.

kromosom 17 je ena izmed najpogostejših kromosomov razstavlja numerične aberacije v GC (glej mnenje [2]). Naša skupina je že poročali prisotnost kromosoma 17 aneuploidija, tako dobičke in izgube, v GC pri posameznikih v severni Braziliji [3] [4] [5] [6] in v vseh celičnih linijah GC sedežem od neoplazij v tem prebivalcev [7], [8]. Zato se lahko ta kromosom vsebuje pomembne genov, ki sodelujejo pri želodčnem rakotvornost.

prohibitin-1 ( PHB
) gena zemljevidi na kromosomu 17q21 lokusu. Ta gen kodira povsod, evolucijsko ohranjene protein, ki ga najdemo v številnih organizmov, vključno z bakterijami, rastlin, kvasa, protozoe in sesalcev [9]. PHB je sprva mislil, da igrajo osrednjo vlogo pri zaviranje napredovanja celičnega cikla. V zadnjem času, PHB je bil označen kot varuha, ki sodeluje pri stabilizaciji mitohondrijskih proteinov; Tako, PHB je bil vpleten v več celičnih procesov, vključno z regulacijo proliferacije, apoptoza in genskega prepisovanja [10].

PHB zdi, da igrajo pomembno vlogo pri razvoju različnih vrst raka. Čezmernim PHB so poročali rak materničnega vratu, požiralnika, dojk, pljuč, mehurja, ščitnice, jajčnikov in prostate. V nasprotju s tem zmanjša PHB izraz je bilo navedeno v gliomom, in somatske mutacije v PHB
so bili odkriti v občasnih raka dojk [9]. Poleg tega funkcionalne polimorfizma posameznih nukleotidov (SNP) v PHB
gen, spreminjanje citozin v timin na položaju 1630 v 3 'UTR (rs6917) ustvarja varianto, ki nima antiproliferacijsko [11] [12], kasneje pa se lahko poveča tveganje za maligne rasti. Alel T tega SNP je bila povezana s povečanim tveganjem za raka na dojkah [13] in melanoma [14]. Zato je vloga PHB v podvajanje in /ali zatiranje raka še vedno sporna.

Vloga PHB želodčnega rakotvornost še ni povsem pojasnjen. Nekatere prejšnje študije so opisane povečano izražanje PHB v GC vzorcev [15] [16] [17], [18] in seruma bolnikov GC [19]. Vendar pa so druge študije poročajo PHB navzdol ureditev za to vrsto raka [20], [21]. Preiskava o molekularnih mehanizmih, ki so transkripcijske urejanja PHB
lahko zagotovijo nova spoznanja o njeni vlogi v GC in pomoč pri razvoju novih oblikami zdravljenja proti raku.

V tej študiji smo najprej ocenili mRNA in proteina izraz PHB v PK in izravnanih ne-neoplastične želodca vzorcev tkiva. Poleg tega so možne vezi med PHB
in clinicopathological značilnosti so raziskovali. Ker je PHB
gen se nahaja v kromosomsko regiji pogosto vpletena v numeričnih aberacij v GC [2], smo ocenili tudi PHB
število kopij v vzorcih tumorjev. Poleg tega je alel-poseben izraz PHB
mRNA smo ocenili, da razišče relativno prepis posameznih alelov v heterozigotnih osebah z rs6917 polimorfizma kot možni mehanizem vključen v uredbo PHB
. Kolikor nam je znano, nobena predhodna študija je ocenila PHB
številko izvoda in izražanje alel specifičnih vzorcih tumorjev.

Materiali in metode

tkiv Vzorci

oseminštirideset parov vzorcev GC in ustrezne non-neoplastične želodca vzorce tkiva (> 5 cm od roba tumorja), so bili uporabljeni za ovrednotenje PHB
mRNA izražanja ter SNP rs6917 genotipa. Pri 38 od teh GC vzorcev, PHB
kopirati so ocenili tudi število. PHB radioinkorporacijo so ocenili v 12 GC osebkov.

Vse želodca vzorcev so bili pridobljeni pri bolnikih, ki so doživeli želodca za GC na de University Hospital João Barros Barreto (HUJBB) v severni Braziliji. Vsi bolniki so imeli negativne zgodovine izpostavljenosti bodisi kemoterapije ali radioterapije pred operacijo, in ni bilo Sopojavnost drugih diagnozo raka. Pisna privolitev z odobritvijo etičnega odbora HUJBB je bilo pridobljeno.

Del vsakega raztelesiti tumorja vzorca je formalinu fiksne in parafin vgrajeni (FFPE). Področja FFPE tkiva smo obarvali s hematoksilin-eozinom za histološko ocenjevanje ali se uporablja za imunohistokemični analizo (IHC). Dodatne porcije vsakega tumorja in paru tkiva vzorec brez neoplastične smo hitro zmrznili v tekočem dušiku in shranili pri -80 ° C do čiščenja nukleinske kisline.

Vsi vzorci so bili razdeljeni po Laurén [22] in tumorji so potekali v skladu z merili TNM počivališčih [23].

DNK in mRNA Čiščenje

Total DNA in mRNA so hkrati izolirali iz vzorcev želodca tkiva z uporabo /RNA /beljakovin komplet za AllPrep DNA (Qiagen, Nemčija), v skladu z navodili proizvajalca. Koncentracije DNA in RNA in kakovost so bile določene z uporabo NanoDrop spektrofotometra (Kisker, Nemčija), in integriteto RNA je bila določena z gelsko elektroforezo.

PHB genske ekspresije

PHB
izraz je ocenil reverzne transkripcije kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo (RT-qPCR). Prvič, komplementarna DNA (cDNA) smo sintetizirali s pomočjo High-Capacity cDNA Archive komplet (Applied Biosystems, Poljska) po protokolu proizvajalca. Real-time RT-qPCR Analiza je bila opravljena s pomočjo QuantiFast SYBR Green Master Mix (Qiagen, nemško) na 7500 Fast Real-Time PCR stroj (Applied Biosystems, ZDA). Naslednji primerji (vsaka 150 nm) so bili oblikovani za RT-qPCR ojačanje: PHB
F5'-GTGTGGTTGGGGAATTCATGTGG-3 'in R5'-CAGGCCAAACTTGCCAATGGAC-3'; ACTB
F5'-AGAAAATCTGGCACCACA-3 'in R5'-AGAGGCGTACAGGGATAG-3 ". Vse reakcije so bile opravljene v treh izvodih tako ciljnega gena in notranje kontrole ( ACTB
). PHB
izraz je bil normaliziran ACTB
izražanja. Številčnost ekspresijo mRNA je bil popravljen s učinkovitosti ojačanja ( PHB
= 99%, ACTB
= 102%) [24]. Ne-neoplastične želodca vzorec tkiva je bila imenovana kot kalibratorja za vsak seznanjem tumorja izračun relativno kvantifikacijo (RQ) [24].

PHB Protein Expression

Oddelki parafinske bili podvrženi IHC . odseki tumor tkiva (3 ali 4 mm debela) so deparaffinized v ksilen in rehidrirane stopenjsko etanola serije. Epitop Preiskovalna bila izvedena v citratnem pufru, pH 6,0, v vlažnem toplote v lonec. Dalje so bili odseki tkiva inkubirali s primarno protitelo mišjega monoklonskega proti PHB (II-14-10, redčenje 1:100; ThermoFisher znanstvenega, ZDA). Mesta radioinkorporacijo smo prikazali uporabo SuperPicture Polymer odkrivanje komplet (Invitrogen, ZDA). Diapozitivi so vidna s svetlobnim mikroskopom z uporabo Nikon Eclipse E600 mikroskop (Nikon, ZDA), ki je opremljen z digitalnim Nikon DSM1200F fotoaparat (Nikon, ZDA). Ne-obarvajo regija (bela regija) je bil izbran in nastavite kot ozadje. Koli obarvanje je štelo, da je pozitiven rezultat, ne glede intenzivnosti. Negativne kontrole, v kateri je primarni protitelo nadomestijo s 5% goveji serumski albumin (BSA) v fosfatnim pufrom (PBS), so bili vključeni v vseh serijah, in odseki normalnega človeškega tkiva prostate smo uporabili kot pozitivni kontroli.

PHB
Kopiraj Število

za oceno variacije številko kopija (CNV), je bil postopek qPCR izvedena z uporabo kvantitativnih TaqMan CNV teste (Life Technologies, ZDA) za PHB
gen (Hs00178432_cn) in za notranji nadzor RNase P
(Ƹ3326). Multiplex qPCR reakcije so bile izvedene v štirih izvodih z gDNA po protokola in kolesarske pogoji proizvajalca v 7500 Fast Real-Time PCR stroj (Life Technologies, ZDA). Relativno število kopij vsakega vzorca je bila ocenjena s pomočjo kopiranja klicatelja Software V1.0 (Life Technologies, ZDA). Komercialne človekovih gDNAs (G1471 in G1521, Promega, ZDA), so bile uporabljene za kalibracijo

PHB
genotipizacije

DNK iz ne-neoplastične vzorcev je bil uporabljen za PHB.
genotipizacija. Predmeti so genotip za rs6917 polimorfizma z uporabo po meri TaqMan SNP sond ter temeljni premazi (Applied Biosystems, Foster City, CA). Naslednji primerji in MGB sonde so bili oblikovani za alelov diskriminacije: primerji F5'-TTGGTCCCTCTCAGATACCCA-3 'in R5'-CCGTGAGAAGGGCAGTCTCT-3'; -FAM označeno sondo 5'-CTGCCAAAGACGTGT-3 '; in manjše alel VIC-označeno sondo 5'-CTGCCAAAGATGTGT-3 ".

PHB
alel-specifične Expression

alel-poseben izraz je bil prvič določen z sekvenciranje. Dvajset do 40 ng DNA ali cDNA smo uporabili kot predlogo za PCR pomnoževanje s primerji, ki se uporabljajo za PHB
genotipa. Pred sekvenciranje so bili PCR produkti ločimo z uporabo 2% agarozni gel elektroforeza, in specifična skupina ekstrahiramo in očistimo. Zaporedja je bila izvedena s pomočjo naprej premaz, ki se uporablja za pomnoževanje in BigDye Terminator V3.1 Cycle sekvenciranje (Applied Biosystems, ZDA). Zaporedja izdelki so bili ločeni z uporabo ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, ZDA). Nekateri vzorci so bili analizirani vsaj dvakrat, vključno z ločena RT-PCRs in zaporedja testov.

alelna stopnje izraženosti smo določili s pomočjo PeakPicker programske opreme [25]. Programska oprema je bila uporabljena najprej izvede korak normalizacije, v kateri je SNP višina alel primerjavi z višino referenčnih vrhov v spremljajočih sekvence. omejeni smo ta normalizacija korak, da v oknu 21-bazičnega. Vrednosti koeficient nad 1 so se spremenile do 1 /(razmerje) preoblikovati vse vrednosti za 0-1 obsegu in vrednosti so se nato prilagodi na povprečje najvišjih razmerij intenzivnosti iz vzorčne heterozigotnimi referenčno DNK za rs6917 polimorfizma. Genomsko DNA iz heterozigotnimi (N = 3) in homozigotne vzorcev (N = 3, za genotipa CC; n = 2, za genotip TT) smo uporabili za potrditev analizo in potrdi alelne razmerja 50:50 in 0:100, oz. Poleg tega so cDNA iz vzorcev tkiva (tumorskega izvora in ne-tumorskega izvora osebkov) iz dveh predmetov homozigotno za manjše alel v rs6917 polimorfizma uporablja tudi kot kontrola.

alel-specifične PHB
izraz je bil ocenjen tudi heterozigotnih vzorcih z RT-qPCR, kot je opisano predhodno [26]. Uporaba meri TaqMan SNP genotipizirajoči test za PHB
genotipizacija, smo ustvarili linearno regresijsko krivuljo za intenzivnost log10 fluorescence vs
razmerja log10 alelov, ki temelji na serijski redčenju cc- in TT genotipizacijo genomske DNK iz kontrolnih vzorcev (vzorcev iz dveh homozigotno posameznikov) v različnih razmerjih (CC: TT 08:01, 04:01, 02:01, 01:01, 01:02, 01:04, 01:08) po RT -qPCR (slika 1A). Razmerje alelna genske ekspresije je ekstrapolirati, ki jih je odsek log10 FAM: intenzivnost VIC na standardne krivulje. ROX (interna barvanje) in nespecifični FAM in VIC fluorescence je normaliziral v vseh analizah. Vse reakcije so bile izvedene v dveh izvodih

Za heterozigotnih vzorcev cDNA, alelne prestavama. ≪ 0,8 ali >. 1.2 so menili, kažejo izražanje alelov specifične

Statistična analiza

za analizo mRNA izražanja, smo najprej ocenili na predpostavki, da so podatki normalno porazdelitev z uporabo testa v normalna Shapiro-Wilk določiti ustrezne preskuse za nadaljnje statistične primerjave. PHB
ravni mRNA niso normalno porazdeljene in so se spremenile (z-vrednost) za analizo. Ugotovitve > 2 ali < -2 so veljali za ubežnike in izključeni iz analize. Seznanjene t-test je bil izveden za primerjavo srednjo PHB
izraz med ne-neoplastične in tumorskih vzorcev. T-test za neodvisne vzorce in enosmerna ANOVA sledi post-hoc preizkusa Games-Howell so bili uporabljeni za oceno morebitne povezave med PHB
izražanja in clinicopathological značilnosti, beljakovine radioinkorporacijo, število kopij genov in genotip . Hi-kvadrat test in Fisherjev natančni test ni bil uporabljen za oceno razmerja med PHB
število kopij ter radioinkorporacijo in clinicopathological dejavnikov. Pearson je korelacija je bila uporabljena za ocenjevanje možno povezavo med sekvenciranja in TaqMan testu za alel-specifične analize izražanja. V vseh analiz, P
. ≪ 0.05 je zdelo pomembno

Rezultati

PHB
mRNA izražanja v želodčnih tumorjev

PHB
izraz ni bilo razlik med neoplastične in izravnanih non-neoplastične želodca vzorcev (0,173 ± 0,255 vs
0,227 ± 0,297, P
= 0,149). Vendar pa so bile ravni mRNA zmanjša vsaj 1,5-krat, v 20 (45,5%) vzorcev GC in se je v 9 (20,5%) v primerjavi s seznanjenimi ne-neoplastične želodca vzorcev tkiva.

Tabela 1 prikazuje združenja med PHB
izraz in clinicopathological značilnosti kot tudi protein radioinkorporacijo, rs6917 genotip in gen kopija številka. Slabo diferencirani tumorji predstavila zmanjša PHB
izraz v primerjavi z zmerno diferenciranimi tumorji ( P
= 0,029; tabela 1). Toda tako slabo diferenciran GC (0,025 ± 0,022 vs
0,239 ± 0,303; P
< 0,001, ANOVA sledi Games-Howell post-hoc test) in zmerno razlikuje GC (0,057 ± 0,051 vs
0,239 ± 0,303; P
< 0,001, ANOVA sledijo Games-Howell post-hoc test) predstavila znižanih PHB
izraz v primerjavi z ne- neoplastične želodca vzorce tkiva

Zmanjšana PHB
izraz je bila povezana z nižjo invazije ( P
= 0,002; tabela 1). in odsotnost bezgavkah metastaze ( P
= 0,040; tabela 1). Poleg tega, predstavljena v začetku GC zmanjša PHB
izraz v primerjavi z napredno GC ( P
= 0,002; tabela 1). Še več, le zgodaj GC predstavila znatno zmanjšanje PHB
mRNA v primerjavi z ne-neoplastične vzorcev (0,044 ± 0,027 vs
0,239 ± 0,303, P
< 0,001, ANOVA sledi Games-Howell post-hoc test).

PHB radioinkorporacijo želodčnega tumorji

Protein imunskim barvanjem je bilo opaziti v vseh vzorcih tumorjev z imunohistokemijo (tabela 2) ovrednoteni. V vseh primerih je bila PHB radioinkorporacijo odkrita v neoplastičnih in ne-neoplastičnih celic, vključno s črevesno metaplastic in vnetnih celic (slika 2A-H). PHB bila izražena predvsem v citoplazmi. Intenzivnost obarvanja in odstotek imunoreaktivnih celic razlikovala med obravnavanih primerov (tabela 2). Vzorci predstavljajo. ≪ 80% tumorskih celic z PHB radioinkorporacijo pokazala zmanjšano ekspresijo mRNA ( P
= 0,036, tabela 1)

PHB
Kopiraj Številka iz želodca tumorje

PHB
smo pomnožili v 13 od 38 (34,2%) tumorjev, vključno z 2 vzorcev s 4 izvodih. Ne tumor predstavila PHB
izbris. Zanimivo je, da 3 vzorci, da je predstavljeni osamelcev vrednosti za PHB
ekspresijo mRNA predstavili tudi amplifikacijo gena. Zato, ko so bile vključene osamelcev vrednosti v analizi, PHB
izraz je bila večja pri vzorcih z genskim ojačanje kot pri tistih brez gena ojačanja (mediana ± interkvartilni razpon: 0,344 ± 0,335 vs
0,047 ± 0,07; P
= 0,003, non-parametrični preizkus Mann-Whitney, slika 3). PHB
dobiček je bil povezan s poznim nastopom GC v primerjavi z zgodnjim nastopom GC ( P
= 0,022; tabela 2). Ni povezave med PHB
število kopij in beljakovin radioinkorporacijo ali katere koli druge clinicopathological značilnosti je bilo ugotovljeno (tabela 3).

PHB
alel-specifičnega izražanja

prav tako smo raziskali, ali je bila prisotnost manjše alel v rs6917 povezana z genske ekspresije deregulacijo pri bolnikih GC. V našem vzorcu je bilo 11 od 48 bolnikov (22,9%) heterozigotno in 2 bolnikih (4,17%) so bili homozigotna za manjše alel v rs6917 polimorfizma. Vse vzorce z alel T predstavil 2 kopije PHB
gena . Prisotnost alela T v rs6917 polimorfizma je bila povezana z zmanjšano PHB
izraz v GC ( P
< 0,001; tabela 1, slika 1B) in v ne-neoplastične vzorcev (povprečna ± SD. 0,302 ± 0,325 vs
0,045 ± 0,043; P
< 0,001; slika 1B)

par heterozigotnih vzorcev (tumor in ne tumor) ni bil uporabljen za analizo ekspresije alel-specifični. Zaznana je povezava med razmerjem alelov na rs6917 polimorfizma sekvenciranje določi in TaqMan testu ( P
= 0,003; r = 0,627). Sekvenciranje, približno 50% primerov predstavljena diferencialni alelov izraz (slika 1C). Vendar pa TaqMan testa so pokazali, da je alela T in C predstavljeni diferenčni alelov ekspresijo v večini bolnikov (Slika 1D). Stopnjo razlike v izražanju med obema alelov razlikovala med posamezniki. T v C razmerje alelna ekspresija je bila pri večini parov tumorskih in brez tumorskih vzorcev. Samo en bolnik predstavila višje razmerje C /T v obeh tumor in ne-neoplastične vzorcev v obeh testih. V večini primerov je bil nižje razmerje C /T zazna ne glede na metodologijo (sliki 1C in 1D). je bila odkrita nobena povezava med diferencialne alelne izražanja in starosti nastanka ali katere koli druge clinicopathological spremenljivke.

Pogovor

Zdi se, da je bistvenega pomena za celično homeostazo PHB. Nedavne študije so pokazale, da lahko PHB deluje kot pro-tumorogenega in anti-tumorogenega dejavnik v več tipov celic (glej pregled [10]). V tej študiji so beljakovine in mRNA izraz profili PHB predstavila heterogen vzorec med vzorcih tumorjev. Čeprav nismo našli pomembne razlike med GC in izravnanih ne-neoplastične vzorcev, smo ugotovili, da je bila raven mRNA zmanjšala za 1,5-krat, v 45,5% vzorcev GC in se je v 20,5% tumorjev. Znižana mRNA izraz je bil deloma posledica manj pogosto tumorskih celic, ki predstavljajo PHB radioinkorporacijo, ki poudarja heterogenost med tumorskih celic klonov.

Liu et al. [21] opisano zmanjšano mRNA izražanja v štirih želodčnih tumorjev v primerjavi z njihovimi ustreznimi normalnih tkivih, kar deloma potrjuje naše rezultate. Podpora anti-tumorogeno vlogo, PHB blokira vstop v S fazi [27]. Poleg tega divjega tipa rs6917 PHB
3'UTR sam lahko zavre potek celičnega ciklusa [11], [28] in rast tumorjev [12], kot tudi zmanjšanje mobilnosti celic [29]. Poleg tega PHB igra pomembno vlogo pri vzdrževanju normalne mitohondrijske funkcije in morfologije [30]. Predlagano je bilo, da je izguba mitohondrijske PHB izražanja (citoplazme lokalizacija, kot je bilo ugotovljeno v naših vzorcev) bi lahko privedlo do pospešene proteolize membranskih proteinov in poslabša delovanje mitohondrijski dihalni verigi [10]. Naš prejšnji proteomskimi raziskava je pokazala, da je bilo več proteinov, ki sodelujejo pri presnovi energije poti (mitohondrijske disfunkcije, piruvat presnovo, oksidativna fosforilacija, citrat krog, glikoliza /glukoneogenezo) deregulacije [31], in predlagal, da se vidno mitohondrijske funkcije se lahko spremeni s preusmerjanjem proizvodnje energije v GC celice in kaže učinek Warburg [32].

Kolikor nam je znano, nekaj študijah so ocenili morebitno povezavo med PHB
mRNA in rs6917 polimorfizma. V eni od študij, Tang et al. niso opazili bistveno pridružitvi med rs6917 polimorfizma in mRNA izražanja v limfoblastoidnih celičnih linijah, vključena v zbirko HapMap [33]. Vendar pa ti avtorji poročajo, da se je alel T povezana s povečanim tveganjem za raka na dojki. V tej študiji smo dokazali, da je bila prisotnost alela T v rs6917 polimorfizma so povezana z zmanjšano PHB
ekspresijo v ne-neoplastičnih in neoplastičnih želodčnih celic. Rs6917 polimorfizem se nahaja v 3'UTR in je prisoten le v izooblike 1 PHB, ki je bil ugotovljen v tej študiji cDNA sekvenciranje in TaqMan testu. 3'UTR vsebuje več cis
- in trans
-elements, in te strukture imajo široko vpliv na mRNA prevajanje, stabilnost in subcelično lokalizacijo [34] [35] [36, ]. Varianta T ustvarja potencialno vezavno mesto za microRNAs ima-miR-1292 in ima-886-5p (http://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/mirna.cgi?2_rs6917), ki se lahko spremeni izražanje genov, ki jih bodisi mRNA razpada ali prevoda. Drugi microRNAs so bila prej povezana z ureditvijo PHB
izražanja v PK. Liu et al. [21] so poročali, da je PHB
ureja pokoj-27a, ki je pogosto up-urejena v GC. Avtorji predlagal, da se lahko navzdol ureditev PHB
s tem microRNA razložiti, zakaj ukinitev pokoj-27a zavirajo rast GC celic. Poleg tega 3'UTR PHB
kodira antisense RNA (Gene ENSG00000250186; HAVANA http://www.sanger.ac.uk/~~HEAD=dobj). Prisotnost redkih alel v antisense RNA lahko spremeni sekundarno strukturo in zmanjša kcal /mol, v primerjavi s celotno tipa sekvence uporabo CLC RNA delovni mizi 4,0 programsko opremo (podatki niso prikazani). Zato lahko rs6917 polimorfizem privede do PHB
navzdol ureditve z oblikovanjem novih ciljnih microRNA strani ali prek predpis antisense RNA v želodčnih celic, s čimer prispeva k želodca rakotvornost.

V našem vzorci, večina heterozigotnih bolnikov predstavljena povečano ekspresijo alel T primerjavi alel C. Razlika v relativnih mRNA dveh alelov lahko posledica razlik v transkripcijo in stabilnost mRNA in kažejo, da je ta polimorfizem predstavlja cis
učinek v želodcu celicah. Kolikor nam je znano, da je to prva študija za oceno razlika PHB
alelov specifične izražanja v vzorcih tumorjev. Predhodne študije so pokazale, da je PHB
varianta z alel T na položaju 1630 v 3'UTR nima antiproliferacijsko in tumorskih sposobnosti zaviranje rasti in vitro in na živalskih modelih [29]. Zato prisotnost alela T, zlasti kadar predstavlja povišano izražanje glede na alel C, lahko sproži "gobo učinek" za post-transkripcijskih regulatorjev, kot miRNAs in prispevajo k širjenju želodca celic, nagnjenost heterozigotnih posameznikov za GC.

možna posledica PHB
navzdol uredbe - zaradi rs6917 polimorfizma, na primer - na je GC tveganja v soglasju z združenjem med zmanjšati PHB
mRNA in nižje invazija, pomanjkanje bezgavkah metastaz in v zgodnji fazi GC. Kolikor nam je znano, nobena predhodna študija v literaturi ocenili morebitno povezavo med PHB
izražanja in GC prognostičnih dejavnikov. Te ugotovitve kažejo, da je PHB
navzdol ureditev se lahko zahtevajo za začetek tumorja.

Kljub temu, da prejšnji proteomskimi študije poročajo PHB Povecanje v želodčnih tumorjev [15] [16] [17] . Poleg tega Kang et al. [18] so poročali čezmerno PHB beljakovin in mRNA v GC (v primerjavi s sosednjimi normalnih želodčnih tkiv) v azijskih posameznikov. V našem vzorcu, 20,5% tumorjev tudi predstavila povečala PHB
izraz. PHB zdi, da igrajo pomembno vlogo v celično proliferacijo, adhezijo in migracijo in zato v napredovanje maligno transformacijo preko RAS-RAF signalizacijo [37]. Smo hipotezo, da večja PHB
ravni mRNA je potrebna za napredovanje GC. Vrednotenje človeških vzorcev omogoča samo preiskavo enotne časovni točki (v času kirurški popravi); zato ne moremo oceniti dinamično regulacijo genske ekspresije. Vendar pa je PHB
izraz je najverjetneje povezan z mobilnim kontekstu in molekularno ozadje želodčnih celic.

Kang et al. [18] so poročali, da PHB beljakovine in mRNA izraz razlikujejo zmerno in slabo diferencirane GC in da je le slabo diferencirani tumorji tej PHB prekomerno v primerjavi z ne-neoplastične vzorcev. V našem vzorcu je bilo nekaj tumorji razvrščeni glede na stopnjo diferenciacije. Vendar pa smo opazili, da so predložene tako slabo in zmerno diferencirane tumorje zmanjša PHB
izraz v primerjavi z ne-neoplastične vzorcev, ki so bili PHB
nivoji mRNA nižja v slabo diferenciranih tumorjih. Zato je v naših vzorcih, PHB
izraz je zdelo, da se bo s tumorsko dedifferentiation. Nadaljnje raziskave so potrebne za boljše razumevanje vloge PHB v procesu diferenciacije v normalnih in neoplasticnih želodčnih celic.

V tej raziskavi smo ugotovili, da 34,2% tumorjev pridobljene kopije PHB
. Spremembe v kromosomu 17 je bila povezana z napredovanja tumorja in malignega potenciala v primarnem GC [38], [39]. Kolikor nam je znano, da je to prva študija za uporabo natančno in robustno tehniko za ocenjevanje PHB
kopiranje število v vzorcih GC. Ugotovili smo povezavo med PHB
število kopij ter raven mRNA, ki razkrivajo cis-doza učinek CNV na ravni izražanja genov. Torej, naši rezultati kažejo, da je CNV pomemben element pri vožnji navzdol PHB
transkripcijo v nekaterih želodčnih tumorjev. Ta genetski mehanizem, predvsem opazili poznim nastopom GC, lahko prispeva za PHB
vlogi onkogena. Ta ugotovitev tudi poudariti, da lahko več mehanizmov privede do PHB
deregulacije v GC celicah.

Povečanje PHB
številko izvoda je bila povezana s poznim nastopom GC. Opisane so Clinicopathological razlike med zgodnjega začetka in poznim nastopom GC [40] [41] [42], vendar je le malo znanega o genetskih sprememb, povezanih s starostjo nastopa GC [2]. Buffart sod. [43] že pokazale, da mladi in stari pacienti sodijo v skupine z različnimi genomskih profilov. Ojačanje od PHB
locus poudarja heterogenost GC.

Glavna omejitev te študije je njegova relativno majhna velikost vzorca. Zato so predstavljena nekatera statistična analiza zmanjša moč za odkrivanje pomembnih razlik med skupinami verjetno zaradi velike heterogenosti med vzorci. Zato so se pojavili rezultati lažno negativni. Nadaljnje vrednotenje še vedno treba oceniti vlogo PHB
in želodca kancerogenosti in njene regulacije transkripcije.

Na koncu, tako navzdol ureditev in regulacijo navzgor PHB
mogoče opaziti v GC. Zmanjšanje Zdi se PHB
izraz, da se vključijo v proces tumorja dedifferentiation in začetek raka. Alel T v PHB
rs6917 polimorfizem lahko prispeva k opazovanem zmanjšanje v PHB
mRNA in s tem prispevajo k GC tveganja. Vendar pa je Zdi se PHB
regulaciji navzgor, je treba urediti po številu genov kopiranja. Razlika izraz rs6917 polimorfizma v želodcu vzorcih so poročali prvič, in ta sprememba lahko igrajo vlogo pri uravnavanju PHB
izražanja. Pleiotropen funkcija PHB
poudarja potrebo po nadaljnjih preiskavah v GC, saj je verjetno, da bo dobro urejeno, da se prepreči morebitne škodljive posledice zmanjšanega ali povečanega izražanja njena dejavnost v želodčnih celic.

Zahvala

avtorji se zahvaljujemo Sueli Nonogaki Adolfo Lutz (São Paulo, SP, Brazilija) za tehnično podporo v analiz imunohistokemija.

• Plos ONE: MUC5AC Pripravljalni Complex Ponavljajoče Regija Dolžina polimorfizmi so povezane s Dovzetnost in klinično odru želodca Cancer
• Plos ONE: Normalno fibroblastov izzivati ​​E-kadherina izgube in povečanje limfnih vozlov metastaz v želodca Cancer