Istraživači objavljuju mikrobni profil kako bi podržali rastuće polje istraživanja crijeva

Što više učimo o ljudskom mikrobiomu, što više učimo o njegovoj važnosti za naše zdravlje. Poznavanje izgleda zdravog ljudskog crijeva ključno je za istraživanja koja će informirati kako se postavlja dijagnoza, liječiti, i spriječiti probleme s mikrobiomom. "

Raja Mazumder, Doktor znanosti, koautor i profesor biokemije i molekularne medicine na GW School of Medicine and Health Sciences

Ovo opsežno znanje o vrstama i omjerima mikroba koji nastanjuju zdrava ljudska crijeva potrebno je prije nego što se može izvesti bilo kakva pretklinička ili klinička studija. Također je važno za istraživače koji traže načine da promijene mikrobiom, liječiti stanje, ili poboljšati ishod terapije. GutFeelingKB može poslužiti kao zdrava kontrola za studije koje se bave proučavanjem ljudskog mikrobioma.

Kako bi sastavili svoju bazu podataka, istraživačka skupina genetski je sekvencirala 48 fekalnih uzoraka od 16 zdravih sudionika regrutiranih u Washingtonu, D.C., osim što je upotrijebilo 50 fekalnih metagenomskih uzoraka preuzetih iz projekta Human Microbiome Project od pojedinaca koji su također pregledani kao zdravi. Od 157 organizama opisanih u GutFeelingKB, 20% su bile klostridije, 19% su bile bakterioidije, 17% su bile bifidobakterije, 14% je bilo Enterobacterales, a iz vrste Firmicutes 20% je bilo Clostridia, a 14% Lactobacillales - sve klase bakterija koje se nalaze u probiotičkoj hrani poput jogurta. Istraživački tim primijetio je da su 84 organizma zajednička svim uzorcima, što ukazuje na to da ova skupina bakterija može biti ključna vrsta za ljudska crijeva.

Istraživanje je podržano sredstvima Nacionalne zaklade za znanost, program nagrada za kliničku i translacijsku znanost u Nacionalnom centru za napredne translacijske znanosti, McCormickov genomski i proteomski centar, i Clinical Translational Science Institute (CTSI) na GW i Children's National u Washingtonu, DC Sirovi podaci o sekvenci generirani su na KamTeku, Inc. sa subvencioniranim cijenama pomoću instrumenata MiSeq Illumina na koledžu Montgomery u Rockvilleu, Maryland.

"Ova studija pokazuje moć multidisciplinarne timske znanosti da unaprijedi translacijska istraživanja jer ovaj tim uključuje kolege iz više institucija, discipline i škole unutar GW -a, "rekao je Keith A. Crandall, Doktor znanosti, informatički suvoditelj na potpori CTSI, ko-autor, i ravnatelj Instituta za računalnu biologiju na Fakultetu za javno zdravstvo Instituta Milken u GW -u. "GutFeelingKB pruža temeljni model i početne podatke za početak razumijevanja raznolikosti zdravog crijevnog mikrobioma, što je ključna komponenta svake studije koja pokušava otkriti bolest povezanu s promjenama mikrobioma. "

Osim stvaranja GutFeelingKB, istraživačka skupina objavila je novo izvješće o stanovništvu fekalnog bioma, poznat kao FecalBiome, koji ima kliničku sposobnost. FecalBiome može pomoći liječnicima u usporedbi pacijentovog mikrobioma s mikrobiomima zdravih osoba, omogućujući im bolju procjenu učinkovitosti fekalnih transplantata i drugih mikrobiomskih proizvoda. Istraživački tim također je razvio prototip predloška izvješća za liječnike kako bi prenijeli informacije pacijentima.

"Otkrivanje složene metaboličke razmjene između crijevnih mikrobnih vrsta i njihovih ljudskih domaćina ima ogromne posljedice za veliki broj zdravstvenih stanja, možda čak i naše raspoloženje. Može li se mikrobiom 'prilagoditi' kako bi se povećala korisna bakterijska populacija? Kako naša prehrana utječe na ovo ugađanje? Uzbuđeni smo što će nam ova baza znanja omogućiti kvantificiranje ovih pomaka i njihovo povezivanje sa zdravljem ljudi, "rekao je Hiroki Morizono, Doktor znanosti, informatički suvoditelj na potpori CTSI, ko-autor, ravnatelj biomedicinske informatike na dječjem nacionalnom i izvanredni profesor genomike i precizne medicine i pedijatrije na GW School of Medicine and Health Sciences.

• Pacijenti s rakom koji propuste termin vjerojatnije će umrijeti u roku od 12 mjeseci od postavljanja dijagnoze
• Jednostavan genetski test može povećati stopu odgovora kod djece s eozinofilnim ezofagitisom