PLoS Genetics: gemalo mutacijos MAP3K6 yra susiję su familiarioji skrandžio vėžio

Anotacija

Skrandžio vėžys yra viena iš pagrindinių priežasčių, vėžio mirčių visame pasaulyje. Nors paveldimą formos skrandžio vėžiu yra palyginti reti, identifikuoti genus, atsakingus už Tokiais atvejais gali informuoti diagnozę ir gydymą abiem paveldimas ir pavienius atvejus skrandžio vėžio. Mutacijos E-cad geno CDH1
, sudaro 40% labiausiai paplitusi forma šeimine skrandžio vėžiu (FGC), paveldima difuzinio skrandžio vėžiu (HDGC). Atsakingi už likusias formas FGC genai yra šiuo metu nežinoma. Čia mes išnagrinėjo didelę šeimą nuo jūrų Kanadoje su FGC be CDH1
mutacijų, ir nustatė, kad gemalo kodavimo variantas (p.P946L) į mitogenu aktyvinto proteino kinazės kinazės kinazės 6 ( MAP3K6
) , Remiantis išsaugojimo, prognozuojama patogeniškumas ir žinomą vaidmenį vėžio polinkį geno MAP3K6
buvo laikoma stipri kandidatė ir toliau buvo tiriami. Filmo dar 115 nesusiję asmenys su ne CDH1 pervežimas FGC nustatė p.P946L MAP3K6
variantas, taip pat keturi papildomi kodavimo variantų MAP3K6 pervežimas (p. F849Sfs * 142, p.P958T, p.D200Y ir p.V207G). Somatinių antra nukentėjo variantas (p.H506Y) buvo pateikti DNR, gauta iš vienos iš naviko egzempliorių, ir įrodymai DNR hypermethylation per MAP3K6
genas buvo pastebėtas DNR iš kitos pažeistos asmens naviko. Šie duomenys, kartu su ankstesnių įrodymų iš pelės modelių, MAP3K6
veikia kaip naviko slopintuvas, ir tyrimai, rodantys somatinių mutacijų buvimą MAP3K6
ne paveldimas skrandžio vėžio ir skrandžio vėžio ląstelių linijos punktas į MAP3K6
variantai kaip lemiantį veiksnį FGC.

Autorius santrauka

pagrindinės genetinės mutacijos dalyvauja 60% paveldėtų skrandžio vėžio atvejų lieka nežinomi. Čia mes pristatome didelę, išplėstą pedigree su šeimine skrandžio vėžio ir asociaciją iš dalies šeimos su į MAP3K6
mutacijos. Išsaugojimo, prognozuojama fitopatogeniškumą variantu, audinių pasiskirstymą, ir žinoma funkciją MAP3K6
padarė tai stipri kandidatė, kad pagrindas vykdyti tolesnį tyrimą. Nagrinėjimas dar 115 nesusiję probands nustatė papildomų mutacijų, MAP3K6
, įskaitant trumpinimą mutacijos

nurodomoji dalis:. Gaston D Hansford S Oliveira, C, Lakštingala, M, Pinheiro H MacGillivray C ir kt. (2014) gemalo mutacijų, MAP3K6
yra susiję su familiarioji skrandžio vėžio. PLoS Genet 10 (10): e1004669. Doi: 10,1371 /journal.pgen.1004669

redaktorius: Maršalo S. Horwitz, Vašingtono universitetas, Jungtinės Amerikos Valstijos

Įstojo: Kovo 3, 2014 m Priėmė: 14 rugpjūčio 2014 m Paskelbta: Vasaris 23, 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Gaston et al. Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Toliau agentūros finansavo šį projektą: genomo Kanada, genomo Atlanto, Nova Scotia Health Research Foundation ", Nova Scotia mokslinių tyrimų ir inovacijų Trust, Dalhousie medicinos fakultetas, Dalhousie departamento oftalmologijos, Kanados sveikatos centro narkotikais susijusių mokslinių tyrimų ir plėtros, kapitalo rajono Sveikata institucija, IWK sveikatos centras fondas, sostinė sveikatos tyrimų fondo ir COMPETE /FEDER Portugalų fondas mokslo ir technologijų (FCT), Projektai ref. FCT PTDC /SAU-GMG /110785/2009 ir po dok dotacija SFRH /BPD /79499/2011, kad HP "financiados ne âmbito do Programa operacional Temático Factores de Competitividade (COMPETE) E comparticipado Pelo Fundo Comunitário Europeu Feder." ŠMM remia pagal CHU Ste-Justine Centre de Recherche. Autoriai norėtų pripažinti įnašas: genomo Kvebekas didelio našumo eilės nustatymas platformos; ir Sonia Sousa José Carlos Machado IPATIMUP diagnostikos skyriaus, Porto, Portugal. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra antra pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirčių visame pasaulyje 738,000 mirčių per metus [1]. Ir pirminio valymo sudaro pašalinus chirurgine rezekcija, naviko ir gali būti po chemoterapijos ir /arba radioterapija. 5 metų išgyvenamumas po chirurginės rezekcijos yra aukštos, jei liga nustatoma anksti (71% 1A etapas), tačiau jie užsnūsti greitai, kai diagnozė vėlesniuose etapuose (46% IIA stadijos, 20% IIIA stadijos, 4% IV stadijos) (Nacionalinio vėžio instituto regėtojo duomenų, spalio 2013) ". Deja, dėl pradžioje simptomai skrandžio vėžio labai panašus kitas ligas, aptikimo dažnai nepasitaiko, kol Išplėstinė etapai jau [2] pasiekė

Klasikinio, skrandžio vėžys buvo suskirstyti į du tipus:. Žarnyno ir difuzinis [ ,,,0],3]. Žarnyno forma atsiranda spontaniškai ir dažniausiai randama vyresnio amžiaus asmenų, o difuzinis forma dažnai pasireiškia jaunesniems asmenims ir gali būti susijęs su šeimos istorija skrandžio vėžio. Populiacijos, turintys aukštąjį paplitimas lėtinio Helicobacter pylori
infekcijos linkę turėti didesnes skrandžio vėžio naštą [4]. Skrandžio vėžio (90%) dauguma atsitiktinis, tačiau maždaug 10% Galerija šeimos grupavimas [5]. Tik nuo 1% iki 3% sukelia paveldimas sindromas, o ne aplinkos veiksnių, tokių kaip bendrų mitybos praktiką [5]. Patys gerai žinomi šeimos forma skrandžio vėžys yra paveldimas difuzinis skrandžio vėžys (HDGC [MIP 137.215]), kur maždaug 40% atvejų yra priskiriama gemalo mutacijų E-cad geno CDH1
[6 ] - [9].

nustatyti didelę šeimą nuo jūrų Kanadoje su familiarioji Skrandžio vėžys (FGC) istorijos Parodyta akivaizdų autosominiu dominuojančią modelis paveldėjimo, bet be jokių variantai kodavimo regione CDH1
genas. Nors šeima rodo daug funkcijų, būdingų HDGC, ten buvo įvairovę klinikinę būklę šeimoje, taip pat pažangios amžiaus pradžios, todėl mes nusprendėme tiesiog kreiptis į sąlygą FGC per griežčiau apibrėžtos HDGC. Genomo kartografavimo bendrų paveldimų regionuose tarp nukentėjusių šeimos narių, po viso exome sekos, vadovaujama prie gemalo vieno nukleotido variante (SNV) į mitogenu aktyvinto proteino kinazės kinazės kinazės 6 (identifikavimo MAP3K6
ASK2
MAPKKK6
MEKK6
, ENSG00000142733) genas, koduojantis serino /treonino baltymų kinazės šeimos narį. Keletas silikochromatas pervežimas metodų prognozavo į MAP3K6 SNV būti žalingas baltymas, ir ankstesni tyrimai su MAP3K6
trūkumu pelių [10], taip pat mutacijų atsiradimas šiame geno abu pirminiai skrandžio vėžio navikai ir skrandžio vėžio ląstelių linijos [11] buvo suderinta su mutacijomis MAP3K6
geno yra suformuota priežastinis mutacija. Sekos DNR išskirta tiesiai iš fiksuotų naviko pavyzdį iš vieno individo parodė de novo pervežimas antras hit variantu buvimą MAP3K6
. Filmo dar 115 nesusiję FGC mėginių, taip pat neigiamas CDH1
mutacijų, atskleidė penkis asmenis su keturiais papildomais SNVs į MAP3K6 pervežimas, kad taip pat buvo prognozuojama, kad patogeniniai, taip pat nesusijusio asmens su SNV nustatyta šeimoje nuo jūrų Kanadoje. Pasireiškimo įvairi tarp amžius MAP3K6
SNV vežėjų penkių šeimų, o vienas dar nebuvo sukurta vėžiu net vėlai gyvenime, rodo nepilną penetrantiškumas. Tai pirmoji ataskaita iš paveldimos vėžiu atsiranda SNVs į MAP3K6
.

Rezultatai

klinikiniai požymiai ir patologiniai vertinimas

nustatyta didelė jūrų Kanados šeima Europos nusileidimas Įprastos klinikinio vertinimo paveldima vėžio klinikos žinoma kaip dalis jūrų medicinos genetikos tarnybos prie IWK sveikatos centro Halifaksas, Naujoji Škotija, Kanada (1 paveikslas). Seilių, kraujo arba formalino fiksuoto parafino įterptųjų (FFPE) mėginiai buvo imami iš 6 šeimos nariams su skrandžio vėžiu, taip pat 27 nepakeistą gimines, ir viena ištekėjusi-ir individualiai. Nėra giminystė buvo įtariamas šioje kilmės.

probandas, nukentėjo individualus 1884, buvo diagnozuota, sergantiems metastazavusiu skrandžio karcinoma, patyrė visišką pašalintas skrandis būdamas 51. Patologinė tyrimas atskleidė blogai diferencijuotą adenokarcinoma, kylančių dėl skrandžio antralinėje dalyje į žarnyno metaplazijos ir lėtinio gastrito fone. Navikas buvo sudarytas iš Sygnet ląstelių (2c ir D paveikslas) lape. Karcinoma įsiskverbė per visą storį muscularis Propria apimančią serosal sluoksnį. Nr H įrodymų. pylori
buvo pastebėtas.

probandas anketa motinos teta, individualus 1826, buvo diagnozuotas skrandžio karcinoma, būdamas 80 ir patyrė dalinį pašalintas skrandis. Patologinė tyrimas atskleidė vidutiniškai prastai diferencijuotai adenokarcinoma užplūsta į muscularis Propria (2a pav.) Navikas buvo daugiausia sudaro darnią lizdų navikinių ląstelių su kartais liaukų formavimąsi. Naviko ląstelės su Sygnet ląstelių formų buvo matyti kietų srityse (2b pav.) Skrandžio gleivinės greta naviko parodė židinio žarnyno Metaplasia be įrodymų H. pylori
.

Būdamas 76 skrandžio biopsija kitos motinos teta į probandas, individualus 1841, buvo pranešta, kad turi saikingai diferencijuotą adenokarcinoma su liaukų formavimąsi. h. pylori
buvo nustatytas fono skrandžio gleivinę. Mažas biopsija skyriuje buvo galima nagrinėti iš naujo. Nors šis pavyzdys buvo per maža, visiškai klasifikavimo, tai paaiškėjo, darnios lizdus navikinių ląstelių su maža židinių liaukų formavimosi laikantis prastai diferencijuotai adenokarcinoma. Būta naviko ląstelių mėginio, kuriame aiškiai citoplazmos, tačiau jie negalėjo būti galutinai priskiriamas Sygnet ląsteles.

skrandžio biopsija būdamas 82 pacientų 1844 m probandas motina, parodė blogai diferencijuotą adenokarcinoma su Sygnet funkcijos. Fonas gleivinė parodė įrodymus, H. pylori parsisiųsti ir fragmentiškas žarnyno metaplazija.

Paciento 1845, pirmasis-pusbrolis-kartą pašalinami į probandas, buvo diagnozuota amžiaus 59 su nediferencijuotos karcinomos be antspaudo žiedas funkcijų. Navikas buvo susijęs su tankiais limfoidinio įsiskverbti ir buvo geriausias klasifikuojami kaip lymphoepithelial karcinoma. h. pylori
nebuvo matyti gretimame normalus gleivinę. Navikas buvo teigiamas dvi intronic variantų CDH1
kurie abu turėtų būti gerybiniai (NM_004360.3: c.688-83G > A ir c.2439 + 52G > A),
<. p> Ligonių 2447, trečioji pusbrolis, buvo diagnozuota amžiaus 44 su prastai diferencijuotai adenokarcinoma be antspaudo žiedas ląstelių funkcijas. Greta skrandžio gleivinė parodė didelę žarnyno Metaplasia. Nebuvo H įrodymų. pylori
.

Po patikros iš 115 probands su ne CDH1
šeimine skrandžio vėžio skydelyje nesusijęs šeima Portugalijoje buvo įtraukta į mūsų studijų (3a pav.) Individualus II-6 buvo diagnozuota su skrandžio vėžio būdamas 62, turintys prastai diferencijuotas adenokarcinoma skrandžio ir Sygnet ląstelių buvimą. Imunohistocheminis analizė parodė teigiamą membraninis dažymas E-cad į navikinių ląstelių (3c pav), įskaitant Sygnet ląstelių (3b pav.) Su asmenys I-4, II-1 ir II-7 buvo diagnozuotas skrandžio vėžys (histologija detales nežinomas) sulaukus 53, 62 ir 52 atitinkamai. Visi keturi asmenys, Portugalijos kilmės mirė nuo šios ligos per 5 metus nuo diagnozės nustatymo šioje šeimoje. Jūrų Kanados šeima, 1884, 1844 ir 1841 mirė nuo šios ligos per vienerius metus nuo diagnozės nustatymo.

aprašyta pacientams, 1845 ir 2447 skrandžio vėžys neturėjo žiedai pastebėti ir buvo diagnozuota anksčiau vidutinio amžiaus ( 52 ir 72, nors probandas buvo diagnozuota būdamas 51). Remiantis skirtumų histologiją, ypač į Sygnet ląstelių trūkumo 1845 ir 2447, palyginti su kitomis nukentėjusių asmenų, tai yra įmanoma, kad šių dviejų asmenų liga sudaro atskirą sąlygą. Arba tai yra įmanoma, kad šeima yra rodyti daugiau sudėtingų fenotipo modelis yra varomas dviejų (ar daugiau) genai.

Molekulinė kartografijos ir pašalinimas žinomas ir kandidačių genų

Nors 30-40% iš HDGC atvejais yra susijusios su mutacijomis CDH1
, nėra mutacijos baltymų kodavimo egzonų yra CDH1
buvo nustatyta nukentėjusių asmenų nuo jūrų Kanados šeimai. Norėdami nustatyti patogeninę loci šitoje šeimoje, didelio tankio SNP-genotipo naudojant ILLUMINA masyvus buvo atliktas penkių nukentėjusių asmenų buvo: probandas motinos (1844), du nukentėjusių gimdyvių tetos (1826 ir 1841), ir dviejų tolimų pusbrolių (1845 ir 2447) taip pat kelių susijusių asmenų, neturinčių Užregistruotas vėžio, kurio prieraišumas statusas buvo traktuojamas kaip nežinoma (1907, 1924, 1821 ir 1822). Visiems asmenims, išskyrus 1845 genotipo duomenys buvo prieinami 2,5 mln žymekliais. Individualus 1845 anksčiau buvo genotipą esant 660K tankio ir negalėjo būti iš naujo nustatytas genotipas tuo didesnio tankio. Ne DNR tinka SNP genotipavimo buvo gautas iš FFPE mėginyje, probandas (1884). Naudojant šiuos duomenis, mes atliekame tiek neparametriniai ir parametrinis susiejimo analizę, naudojant Merlin [12]. Atsižvelgiant į velionį amžių pradžios daugelyje nukentėjusiems šeimos nariams, į jūrų kilmės Pralaidumą nežinoma. Tam, kad būtų konservatorius nustatyti genomo regionus interesų, dvi dominuojančias penetrantiškumas modelių (50% ir 99% penetrantiškumas) per paveiktus asmenis 1826 1841 1844 ir 2447 (ir asmenis 1907 1924 1821 ir 1822 su nežinoma prisirišimas statuso ) buvo naudojamas. Genomo regionai nustatyti pagal parametrinio šarnyro analizė paprastai buvo nuosekliai vienas su kitu, nepriklausomai nuo pasirinkto penetrantiškumas parametro (1 lentelė). Analizė buvo pakartotas su individualiu 2447 gydytų kaip nežinomas analizuoti tik sumažintą kilmę, kur 2447 ir 1845 buvo laikomi potencialiais phenocopies (2 lentelė). Tai lėmė, kad sumažės bendros LOD balai visų regionų nustatytus, taip pat daugiau ir didesnių regionų vidutiniškai apimanti didesnę dalį genomo.

Taip pat atliekama ne parametrų ryšys (NPL), metodas su mažiau prielaidos apie pagrindinės paveldėjimo modelio, naudojant nukentėjusius asmenis 1826, 1841, 1844 ir 2447 (veislinius mastu), arba su 2447 šalinimas kaip potencialus phenocopy juos nurodant, kad nežinomos būklės (sub-veislinio). Kilmės mastu genomikos intervalai buvo daugiausia sutampa su identifikuojami, naudojant dvi parametrų modelius (3 lentelė). Atskirtis 2447 lėmė bendrą maksimaliai rezultatas mažesnis (1.204), kuris buvo rastas kelių intervalais per visą genomą (3 lentelė).

nustatyti tokiu būdu Genomo intervalai buvo naudojami filtravimo exome sekos duomenis nustatyti potencialūs priežastinių mutacijos. Norėdami būti plataus galimų priežastinių mutacijas, tiek veisliniu mastu ir regioniniu veislinio atveju iš atitinkamų parametriniai ir ne parametrinių analizių intervalai buvo kartu. Dėl Kilmės plataus analizuoja tai buvo nurodyta 1 lentelėje, kartu su atitinkamais intervalais 3 lentelėje (įskaitant 2447) intervalais sąjunga ir sub-Kilmės analizės intervalų sąjunga rasti 2 lentelėje su atitinkamais intervalais 3 lentelėje ( išskyrus 2447).

visa Exome sekos

kitas atliekamas viso exome seką ant dviejų nukentėjusių gimdyvių tetos į probandas (1826 ir 1841) ir nelaimės ištikta trečiąja pusbrolis (2447). Mes pirmenybę ir filtruojamas variantus, remiantis jų dažnį tarp Europos-nusileidimas gyventojams (< 2%, griežtesnė filtras ne < 1%) nuo 1000 Genomes ir Exome Sekos Projekto rinkinių, taip pat kitų exomes sekvenuotuose tuo pačiu sekos teikėjas, vietą per genomo regiono interesų, ir funkcinis pasekmė mutacijos (pakeisti baltymą koduojančią seką arba jungiamoji svetainę ne mažiau kaip vienas baltymų kodavimo transkripto). Variantai interesų tada buvo sekvenuotos Sanger sekos kitų nukentėjusių asmenų. Variantas filtravimo remiantis genomo intervalais buvo atliekamas atskirai kiekvienam hipotezę (visas-kilmės ir sumažinta veisliniu) (S1 ir S2 lentelėse). Be nustatymo ir filtravimo genetinių variantų, mes įvertino sekvenavimo gylį aprėpties egzonų (apibrėžtų Konsensuso CDS rinkinys) per genomo regionų interesų ir tarp atskirų exome sekos rezultatus. Be to, mes ieškoma galimai bendrų variantų, kurie buvo "akli" aprėpties klausimais. Visiems pastebėtas vienos ar daugiau exomes variantų, jei ne variantas buvo pastebėtas likusį exome (-ių), mes įvertinta, ar tai buvo dėl mažo aprėpties arba aprėpties spragas per egzono. Dėl variantai jei tai buvo tiesa, mes filtruojamas naudojant standartinius kriterijus (kaip nurodyta aukščiau). Naudojant šiuos filtravimo kriterijus keletą variantų su mažu MAF ir potencialiai turintys ne baltymų kodavimo lygmeniui buvo pastebėta kilme mastu genomo regionų interesų, kurie buvo identifikuojami pagal parametrinio šarnyro analizę; Tačiau nė vienas buvo pateikti visų susijusių asmenų. Daugiau jokių "užmaskuotas" kandidatės variantai buvo nustatyti tie patys kriterijai.

svarstė galimybę, kad asmenys 1845 ir 2447 turi atskirą klinikinei būklei, ir išnagrinėjo variantus dalytųsi probandas ir artimiausi šeimos nariai. Naudojant tuos pačius filtravimo kriterijus, kaip nurodyta pirmiau, bet naudojant tik exomes iš asmenų 1826 ir 1841, buvo nustatyta keletas 127 variantų iš viso. Griežtesnės filtravimas retų variantų (MAF < 1%) sumažino tai skaičius 85 (lentelė S2). Šių variantų poaibis, remiantis daugelio veiksnių (mutacijų kartu kosminėje [13], prognozavo poveikį mutacijos, išsaugojimas koduota aminorūgštis, literatūros apžvalga, žinomas išraiškos būdus sveikuose audiniuose ir auglių, ligos fenotipų susijęs su genas) sekos buvo už tolesnius į probandas ir jų motinos. Variantas yra MAP3K6
(Chr1, NM_004672) buvo ypač svarbus. Mutacija identifikuoti MAP3K6
(c. [2837C > T]; [=] p.P946L) buvo laikoma stipri kandidatė remiantis žinomų asociacijų kitais Map kinazės sergantiems vėžiu, ir keletas publikacijos nušviečiantis vaidmuo MAP3K6 į tumorigenezei [10], [11], [14], [15]. Šis variantas buvo pranešta anksčiau (rs141787524) su nedideliu alelio dažnis 0,7% 1000 genomų projektas (Europos nusileidimas grupė) ir 0,4% dažnumo Europos-Amerikos gyventojų (Exome variantas Server (NHLBI GO Exome eilės nustatymas projekto ( Traukos kontrolės sistema). [Žiūrėta spalio 2013]) http://evs.gs.washington.edu/EVS Jis buvo laikomas heterozigotinės varianto 11 (iš 1532) kitų exomes sekvenuotuose tuo genomo Kvebeko inovacijų centras, atitinkantis MAF 0,36%.

SNV buvo pateikti keturių nukentėjusių asmenų jūrų šeimos (1884, 1826, 1844, 1841), iš kurių trys aiškiai parodė Sygnet ląstelių buvimą. Tik nedidelė Punch biopsija buvo skirta motinos teta, 1841, todėl mes negalėjome galutinai patvirtinti buvimą ar nebuvimą Sygnet ląsteles. MAP3K6
SNV taip pat dalyvavo penkiose iš 27 šiuo metu nepakeistą giminaičių atrinktų, ir ji nebuvo pateikti į vienas vežėjų vedęs į giminaitis. buvo homozigotinį SNV ir buvo daugiau kaip 80 metų ir be pranešė vėžio. Nors ne giminystė buvo pranešta šeimoje, ir jokia kopija skaičius variacijos įrodymai buvo pastebėta SNP genotipo duomenimis, šis asmuo taip pat buvo homozigotiškas už 10 Mb regiono, apimančio židiniui. Likusios laikmenos amžius svyravo nuo 33 iki 51, ir kaip pasireiškimo nuo vėžio amžiaus buvo paprastai vėliau, jų statusas buvo laikomi "nežinomas". Abu asmenys, 1845 ir 2447, su fenotipą atskira skrandžio vėžio buvo neigiami MAP3K6
SNV.

Somatinių Variantai per navikas

Kitas naudojamas DNR išskirta iš auglio skyriuje FFPE imties įtakos MAP3K6 pervežimas SNV vežėjas 1884 (su probandas) atrinkti papildomų somatinių SNVs ar praradimo heterozigotiškumu (LOH) per pati naviko. Be p.P946L variantu, mes nustatė romaną SNV į MAP3K6
genas padėtyje C [1516C > T]. Todėl amino rūgštis kaitos p.H506Y (4 lentelė), ir galėjo daryti išvadą, kad SNV buvo somatically įsigijo remiantis sekos duomenų apie sutuoktinį ir vaikus.

Kontrolė nesusiję FGC atvejai

tikrinami DNR pavyzdžius iš papildomų 115 nesusiję FGC asmenų naudojant sutankintų skirta naujos kartos sekvenavimo tyrimo. Mėginiai buvo iš nesusijusių šeimų, laikomasi tarptautinių skrandžio vėžio ryšys konsorciumas (IGCLC) kriterijus paveldimas difuzinio skrandžio vėžiu (106), bet anksčiau buvo neigiami dėl mutacijos CDH1
lokuso, arba šeimine žarnyno skrandžio vėžio. Per šį kohortos, mes nustatė penkis papildomus heterozigotinės SNVs į MAP3K6
genų (4 lentelė): a. Trumpinimą SNV (. C [2544delC] p.F849Sfs * 142), trys missense SNVs (C [2872C > A], p.P958T;. c [598G > T], p.D200Y; ir c [620T >. G], p.V207G), ir kitas asmuo su p.P946L (c [2837C >., T] ) variantas, anksčiau rastas jūrų šeimos (4 paveikslas). Mutacijos MAP3K6
buvo atrastas tik asmenims, atitinkančioms difuzinio skrandžio vėžiu (106) kriterijus. Į šiame romane pacientų kohortos gabenančiam p.P946L variantą individualus Manoma, kad nesusiję su jūrų šeima.

nutraukiant SNV buvo pastebėtas Portugalijos asmeniui su šeimos istorijos skrandžio vėžio (3a pav.) Nors ši SNV turi dbSNP identifikatorių (rs34008139), ne gyventojų dažnis buvo susijęs su juo arba iš 1000 genomus ar Exome Variant Server projektus. Tai SNV taip pat buvo pranešta kosminės bazės [13] (somatinių /gonocitų linijos būsenos nenurodomas) A karcinoma imties storojoje žarnoje. Histologinis ištyrimas iš probandas anketa naviko parodė blogai diferencijuotą skrandžio vėžio Sygnet ląsteles, išlaikant El cad baltymo ekspresija prie ląstelės membranos (3b pav ir 3C).

p.D200Y variantas buvo rastas probands nuo du nesusiję šeimos, ir buvo pastebėta per 1000 genomus kohortos (rs41291098), bet taip pat retai mažoji alelio dažnis (MAF) 0,4% abiejose 1000 genomus ir Exome sekos projektas Europos descent grupes. P.P958T variantas (rs75893867) neturi MAF pranešta nei 1000 genomus ar Exome sekos projektas Europos descent rinkinių ir buvo nustatyta tik 1000 genomus tarp Japonijos kohortos, esant 2,2% dažniu. Tačiau ji buvo nustatyta COSMIC (COSM99077) kaip somatinių mutacijų iš skrandžio karcinoma pacientui. P.V207G variantas buvo aptikta Exome eilės nustatymas Projekto Europos-Amerikos rinkinį su 0,01% MAF. Tai nebuvo nustatytas tarp Europos ar Europos descent grupių 1000 genomus, tačiau buvo pastebėta per kitų gyventojų grupių nedidelių alelių dažnių diapazone.

Kartu su MAP3K6
, 50 papildomų genų anksčiau buvusių pasiūlė dalyvauti rizikos ligos viršutinės virškinimo trakto sekos buvo šios kohortos naudojant pasirinktinį panelė-paremtą testą (pateikta rankraščio). Genai apie užsakymą MiSeq įsikūrusio ekrane buvo atrinkti remiantis literatūros apžvalga, taip pat genų susidomėjimą bendradarbiavimo projektus. Tais atvejais, kai MAP3K6
buvo nustatyti missense variantai, jokių kitų kandidačių variantai nerasta.

Antra-Hit analizė navikas iš Portugalijos Family

FFPE naviko audinyje buvo prieinami probandas iš Portugalijos šeimos gabenusio p.F849Sfs * 142 gonocitų linijos nutraukiant mutacija. Somatinės mutacijos buvo atmesti pilnų kodavimo seka ir intronui-Exon ribų MAP3K6
į probandas anketa naviko. Trūksta LOH ne MAP3K6
geno taip pat galima daryti išvadą šioje naviko, nes ir laukinio tipo ir mutantas aleliai gali būti identifikuojami tuo gonocitų linijos mutacijos (Papildoma S2 pav). Todėl ieškoma tariamų alternatyvių inaktyvuojančių mechanizmus. Hypermethylation CpG salų per genų rengėjų ir reguliavimo regionuose yra dažnas reiškinys todėl sumažėjo genų ekspresijos vėžio [16]. MAP3K6
reguliavimas promotoriaus hypermethylation buvo aprašyta žmogaus kaulų čiulpų mezenchiminių kamieninių ląstelių [17], nors nebuvo nustatyta iš hypermethylation ir genų ekspresijos koreliacija. Mes ieškoma MAP3K6
CpG salas [18] ir nustatė dvi CpG salas, vieną promotoriaus regione ir kita apimanti Exon 10 ir dalis vartotojų intronas (5 pav ir papildoma S1 paveiksle). Tolesnis CpG sala (IPG sala 2) yra šalia dezoksiribonukleazė padidėjęs jautrumas svetainė prognozuojama, kad uosto promotorių susijęs funkcijas (Ensembl reguliavimo funkcija ID ENSR00000533270, 5 pav.) Mes bisulfite gydytų DNR iš: probandas anketa periferinio kraujo limfocitų (PBLs); į probandas anketa navikas; keturi skirtingi normalus skrandžio kontroliniai mėginiai, ir; septyni skrandžio vėžio ląstelių linijos. Dėl promotoriaus CpG salos (IPG salos 1), ne hypermethylation buvo aptiktas naudojant du skirtingus gruntas rinkinius (5 pav ir Priedas. Pav S1). Dėl CPG sala 2, mes nustatėme, pilną metilinimas dėl naviko DNR ir be metilinimo už PBLs DNR. Įdomu tai, kad metilinimas analizė ne CpG sala 2 normaliai skrandžio gleivinės nuo kontrolės rodomas dalinį metilinimo modelis. Laikantis gauto rezultato už naviko DNR, visos septynios skrandžio vėžio ląstelių linijas rodomas visą metilinimas (5 pav ir temų. S1 paveikslas).

patogeninis SNVs į MAP3K6

taikė įvairovė silikochromatas
metodai prognozuoti stebimų missense SNVs patogeniškumą. Nors nebuvo visiškai konsensuso visoje programų (5 lentelė), visi iš SNVs buvo kenksmingos ne mažiau kaip vieną programą, ir išskyrus p.V207G ir p.P958T, kiti keturi aprašytos šiame pranešime variantai buvo prognozuojama, kad būti žalingas pagal bent 3 iš 7 metodų. Be to, EvoD [19] sutarimas prognozė (remiantis subalansuotos kombinacijos EvoD, PolyPhen2 [20], ir perkratyti [21] balai) pranešė, kad trys iš variantų (p.D200Y, p.V207G, p.H506Y ) buvo žalingas arba gali būti žalingas. Likusios dvi variantai, p.P946L ir p.P958T, buvo prognozuojama, kad greičiausiai bus neutralių pakeitimus, nors jie buvo evoliuciškai ultra užkonservuoti ir gerai išsaugota (pagal EvoD evoliucijos ritmo klasifikaciją), atitinkamai; o tik vienas iš kitų trijų variantų (p.D200Y) buvo laikomas gerai išsaugota ir kiti du buvo mažiau-saugojimą. Kaip (i) buvo nustatyta, MAP3K6
trumpinamas, variantą, (ii) buvo antra-gan variantas nustatyta individo, kuriam buvo tiriama, FFPE audinių, ir (iii) visą tirtų yra skirtos programų prognozuoti patogeniškumas remiantis praradimo funkcija, tai tikėtina, kad variantai aprašyti naudai arba a funkcijos susilpnėjimas ar dominuojančia neigiamas fenotipą.

Diskusijos

Čia mes pristatome pirmasis įrodymas, kad germinacinės mutacijos MAP3K6
yra susiję su paveldimo vėžio. buvo rasta Keturi asmenys su skrandžio vėžiu jūreivystės Kanados šeimos vežti heterozigotines variantą į MAP3K6
geno, dėl to p.P946L aminorūgščių kaita. Tai gonocitų linijos variantas, esantis chromosomos 1, buvo nustatyta dviejų iš trijų exome pavyzdžių ir buvo įsikūręs regione, žymimas parametrinio ir neparametriniai šarnyro analizės per pietus kilmės (1845 ir 2447 traktuojamas kaip "nežinomas" ligos statusas) , Reikšmingumo MAP3K6
variantas parėmė somatinių antrąjį nukentėjo mutacijos MAP3K6
geno ne p.H506Y esančių DNR išskirta tiesiai iš navikinio skyriuje paciento identifikavimo FFPE pavyzdys. Du asmenys iš kilmės su skrandžio vėžiu, tačiau su kai fenotipo skirtumus nevykdė mutacija; Tačiau nė vienas kandidatas variantai buvo nustatyta bendra tarp visų nukentėjusių asmenų per bet kurį regioną nustatė, kurį parametrinio ryšį atliko Kilmės pasaulyje.

Filmo papildomų FGC šeimų atskleidė penkis kitus MAP3K6
mutacijų, įskaitant p.F849Sfs * 142 gonocitų linijos mutacija pastebėtas Portugalijos probandas, kuris, tikimasi, kad baltymų trumpinimą. Po išskyrus somatinių mutacijų ir Loh, potencialus antrosios hitu mechanizmas buvo rasti per pervežimas hypermethylation už intrageninės CpG saloje šalia prognozuojama promotoriaus susijusios reguliavimo elementas (dezoksiribonukleazės Aš padidėjęs jautrumas vietoje). Iš metilinimo reikšmė ne tai, MAP3K6
genas regionas negalėjo būti nustatyta, atsižvelgiant į poveikį genų raiškos, vis tiek veikdamas kaip galima antrą nukentėjo nukenksminimo galimybė (dalinis arba visiškas) mechanizmas yra iškeltas dėl gauti rezultatai normalus skrandžio ir vėžio ląstelių linijas. Jei taip, tai gali gerai atstovauti kitą vis pripažinta koncepcijos pavyzdį, kad DNR metilinimas į genų organizme yra ne tik pasyvus liudytojas genų transkripcijos, bet aktyviai dalyvauja daugelio genų reguliavimo procesų [22] buvo išduotas tolesnio tyrimo. Histopathology analizė individo iš Portugalijos šeimos tęsiant šį trumpinimą mutacija rodoma antspaudo žiedas ląsteles kaip naviko fenotipo, kaip tai darė dauguma žmonių iš jūrų pietus kilmės (išskyrus 1841, kur antspaudo žiedas būklė buvo negalutiniai, nes trūksta pakanka medžiaga).

Nors MAP3K6
mutacijos anksčiau nebuvo nustatyta paveldimo vėžio, yra vis daugiau įrodymų, kad MAP3K6
turi svarbų vaidmenį vėžio patogenezėje , Pelėms, kur MAP3K6
paprastai išreiškiama skrandžio audinio ir odos, kad MAP3K6
homozigotinių pelç buvo nustatyta, kad padidinti jautrumą sukeltas odos vėžio [10] nuostolių. Pelėms nesivystė vėžį spontaniškai; Tačiau cheminis indukcija atliekama uždegiminės stimulą lėmė didesnį skaičių odos navikų MAP3K6 pervežimas nepakankamo pelių nei kontrolinių gyvūnų. Auglių skaičius heterozigotinės ( MAP3K6
^{+/-) pelės, taip pat į jų dydį, buvo tarpinis tarp laukinio tipo ir grandininį iš pelių, o tai rodo, vaidmenį, MAP3K6
Dozavimas jo poveikį [10].}

• PLoS One: Lyginamoji Proteomika analizė Skrandžio vėžio kamieninių Cells
• PLoS ONE: sumažėjęs Core Fucosylation Prisideda prie piktybinių skrandžio Cancer