Genas mažinimo poveikis chromosomų nuostolių aptiktų skrandžio vėžio

Genas mažinimo poveikis chromosomų nuostolių aptiktų skrandžio vėžio
tezės
Background Viesbutis The praradimo heterozigotiškumu (LOH) lygio, sumažina genų dozę ir daro mobilųjį neigiamo poveikio yra žinoma, kad parametras genetinės sustojimo skrandžio vėžio. Šis tyrimas tyrė jei ląstelės neigiamas poveikis sukeltas su genų mažinimo buvo norma ribojantis veiksnys Loh renginių dviem skirtingais histologiniai tipų skrandžio vėžio, kad diffuse- ir žarnyno tipai.
Metodai
patologinis bandiniai, pagaminti iš 145 skrandžio vėžiu sergantiems pacientams buvo tiriami dėl LOH lygiu naudojant 40 mikrosatelitinius žymekliai aštuonis vėžį susijusios chromosomų (3p, 4p, 5q, 8p, 9p, 13q, 17p ir 18q).
rezultatai
Dauguma iš vėžio-susijęs chromosomų buvo nustatyta, kad priklauso genų-prastos chromosomų ir būti keletas skrandžio-specifinis genus, kurie buvo labai išreikštas. Atskaitos taškas lygio LOH įtraukiant vieną ar jokio chromosomą buvo dažnos difuzinis tipo skrandžio vėžio. 17 chromosomos, kurių sudėtyje yra santykinai didelio tankio genų paprastai buvo prarasta žarnyno tipo vėžio, bet ne difuzinis-tipo vėžio. Aukšto lygio LOH įtraukiant keturis ar daugiau chromosomas linkę būti dažna skrandžio vėžio su žarnyno ir mišriai diferenciacijos. Ligos atkryčio buvo įprasta skrandžio vėžio su aukšto lygio LOH per tiek hematogenous (38%) ir ne hematogenous (36%) maršrutų ir už pradinis lygio Loh atvejais per ne hematogenous maršrutu (67%).
Išvados Viesbutis The ląstelių neigiamo poveikio genų mažinimo labiau toleruojamas žarnyno tipo skrandžio vėžio nei difuzinis tipo vėžio, o didelės dozės genų praradimas yra susijęs su hematogenous metastazių.
Background
Skrandžio vėžio pasitikrinti hipermutacijos paprastais pakartoti sekas ir nesubalansuota chromosomų nuostolių, ir šie genetiniai pakitimai aptinkami kaip mikrosatelitiniai nestabilumo (MSI) ir praradimo heterozigotiškumo (LOH), atitinkamai, naudojant labai polimorfinę modifikaciją mikrosatelitinius žymekliai [1-4]. Pathobiological elgesys ir prognozės skrandžio vėžio buvo susijęs su LOH lygio ir MSI [3-6] buvimą. Invazijos ir limfmazgių metastazių gylis yra žymiai pažengęs mažų vėžio su aukšto lygio LOH atvejais ir šie histologinio parametrai yra linkęs būti tiesiškai susiję su vėžio dydžio žemo lygio Loh atvejais [7]. Kadangi bendroji Mikrosatelitinis genotipas panašiai nustatyti per visą chirurginio audinio, taip pat endoskopinio biopsijos mėginio [3, 7], ji yra galima prognozuoti ligos recidyvo tikimybę ir priimti sprendimą dėl tinkamų rezekcija procedūrą, pagrįstą Mikrosatelitinis analizė, išankstinis apdorojimas biopsija audinių.
dviejų smūgius hipotezę pasiūlė, kad chromosomų praradimas ir mutacijos taškas rezultatas į bialelinio nukenksminimo navikas slopintuvas genų [8]. Chromosomų nuostoliai, darančių žalingą poveikį ląstelių augimui yra daug mažiau toleruojamas nei chromosomų pelnas, ir du genetiniai hitai teikiančios augimo pranašumą gali apsaugoti vėžio kamieninės ląstelės iš mirtinas Loh renginių [9, 10]. Be to, ankstesni tyrimai pasiūlė, kad Metilinti genų kontrolės regionai decreasingly metilo į LOH lygio priklausomu būdu skrandžio vėžio [11, 12] per dozė kompensavimo mechanizmą, kad palaiko genų ar transkripcijos dozę per vėlesnius ląstelių ciklų [9 ]. Atsižvelgiant į dozavimo kompensavimo mechanizmą, chromosomų pelnas ir LOH susijęs demetilinimu gali atsirasti nuo dozės kompensacinė genetinių ir epigenetinių atsakymais į į chromosomų dozės [11-14] mažinimo. Todėl Loh renginiai kartu su mobiliuoju neigiamo poveikio ir dozės kompensacinė atsako to naviko slopintuvas genų nukenksminti gali nustatyti pathobiological elgesį vėžio kamieninių ląstelių.
Skrandžio vėžio buvo suskirstyti į dvi atskiras histologiniai tipai , tai yra, diffuse- ir žarnyno-tipai [15, 16]. Difuzinė tipo vėžio yra dažna jaunų amžiaus pacientams, kurie stokoja priešvėžinė pažeidimas, o žarnyno tipo vėžio yra dažna senų amžiaus pacientams, susijusių su ikivėžinių žarnyno metaplazijos kad panašūs žarnyno liaukų [17]. Darant prielaidą, kad čiulpų kilmės kamieninės ląstelės yra prisitaikyti prie skrandžio audinių aplinkos [18], naujai-fiksuotojo kamieninės ląstelės, kurios yra potencialiai ne darni ir invazinis jaunų asmenų, išsivystyti į difuzinis tipo vėžio. Žarnų tipo vėžio yra dažna tarp senų amžiaus pacientams, kurie turi ilgalaikį pritaikymą naujai fiksuotų kamieninių ląstelių į skrandžio audinių pakitimus. Atsižvelgiant į tai, tam tikra LOH įvykis gali paveikti skirtingas dozes transkripcijos tarp diffuse- ir žarnyno tipo skrandžio vėžio, kurios įkuria atskirą genų ekspresijos modeliai.
Šiame tyrime koreliacija buvo tarp Loh įvykius ir pathobiological elgesį skrandžio vėžio kalbant apie mobiliuosius neigiamo poveikio genų mažinimo. Aštuoni vėžį susijusios chromosomos Mes išnagrinėjome turėjo mažą tankį genų ir be skrandžio konkrečių genų, kurie gali sukelti švelniu ląstelių neigiamo poveikio LOH. Į Loh reiškiniai buvo dažnesni žarnyno tipo skrandžio vėžio, kurioje chromosomos praradimas turėtų įtakos mažą dozę transkripcijos ir daryti švelnų mobilųjį neigiamo poveikio.
Metodai
atvejų atranka
šimtas keturiasdešimt penki pacientai su skrandžio vėžiu, atlikta gydomoji chirurginė rezekcija nuo 1996 vasario iki 2003 m buvo įtraukti į šį tyrimą. Clinicopathologic ir Radiologijos informacija buvo gauta peržiūrėti išsamius duomenis apie pacientus. Šimtas šešiolika atvejų anksčiau buvo analizuojami daugiažidininio genetinio tyrimo nevienalyčiai naviko svetainių [3]. Likusios 29 pacientai buvo tiriami naudojant vieną audinio blokas kiekvieno naviko.
Peržiūrėjo mikroskopiniai skaidres ir tada navikas svetainė, kuri buvo atstovą histologinis požymis buvo pasirinktas. Histologinę tipas skrandžio vėžio buvo apibrėžiamas kaip žarnyno (liaukinio ir darnios ar kieto), difuzinės ir sumaišyti pagal Lauren klasifikaciją [15, 16] ir diferenciacijos laipsnis buvo rūšiuojami pagal PSO klasifikaciją. Naviko vietos laikomos buvo Cardia, kūno ir Ertmė. Clinicopathologic naviko stadija buvo nustatomas atsižvelgiant į naviko-limfmazgius Metastazė (TNM) kriterijais [19]. Dauguma skrandžio vėžiu sergančių pacientų (140 iš 145, 97%) buvo atlikta R0 pašalintas skrandis ir D2 ar platesnis limfmazgiai. Bendras vidurkis 28,6 (mediana: 33) limfmazgių buvo ištrintas kartu su pavyzdį. Nė vienas iš pacientų gavo prieš operaciją chemoterapija ir radioterapija.
Tolesni duomenys pasikartojimo ir išlikimo pervežimas derinys terapijos veną mitomicino, fluorouracilu ir citarabinui (MFC), po žodinio fluorouracilu vartojant kaip standartas pooperacinis pagalbinis gydymas pagal gydytojo sprendimu dėl bendro prognozė kiekvienu atveju. Per stebėjimo laikotarpį, fizinę apžiūrą, laboratoriniai tyrimai, krūtinės rentgenografijos, pilvo ultragarsinio arba kompiuterinę tomografiją ir gastrofiberscopy buvo atliekami kas 3 ar 6 mėnesius ir ligos atkrytis buvo histologiškai patvirtinta, jei įmanoma. Kai daugiau nei vienas pasikartojimo vieta buvo aptikti pirmą kartą gedimą, individualūs recidyvo buvo skaičiuojami atskirai. Pasikartojimo svetainė buvo suskirstyti į hematogenous metastazių dalyvauja plaučių, kepenų ar kitų tolimų organus, ir ne hematogenous metastazių, kad įtraukti mazgų dalyvavimą ir pilvaplėvės sklaidą. Skrandžio Likę vėžio buvo pašalinta iš pasikartojimo modelio analizę.
Bendras išgyvenamumas laikas buvo skaičiuojamas nuo chirurginės rezekcijos dienos iki abiejų paskutinio tolesnių kontaktų dieną ar vėžio susijusių mirties. Duomenys apie pacientų, kurie mirė dėl kitų priežasčių, buvo cenzūruotas mirties metu. Statistinė analizė buvo atlikta balandžio 2007. vidutinė kontrolinio stebėjimo laikotarpio visų išlikusių pacientų buvo 40 mėnesių (nuo 5 iki 96 mėnesių) ir buvo baigtas 98% dalyvavusių pacientų. Per išgyvenamumo analizė, 50 pacientai mirė dėl savo vėžio ir 12 pacientų rezultatas mirė nuo kitų priežasčių.
Audinių microdissection ir DNR amplifikacija
Penki serijos 7 mkm storio sekcijos iš kiekvienos formalinas fiksuoto parafino įterptųjų audinio mėginio buvo deparaffinized ir trumpai tamsintas hematoksilinu ir eozinu. Vienas naviko ląstelių turtingas dėmesys buvo pasirinkta mikroskopinė analizė ir naviko srityje svyruoja nuo 5 mm iki 7 mm skersmens buvo rankiniu būdu išpjaustytų pagal stereomikroskopais (priartinimas, x 40), naudojant chirurginį skalpelį. Į microdissected audinio gabalai buvo mikroskopiškai tiriamos, jei navikas ląstelių kiekis buvo > 70%, kuris buvo patvirtinta, kad atspindėtų skirtumą genetinės kiekis sudaro nuo įprastų ir navikų audiniuose, [3, 7].
Maždaug 1000 microdissected naviko ląstelės buvo inkubuojamos 20 pL DNR ekstrahavimo buferinio tirpalo (0,5% Tween-20 , 1 mM EDTA, pH 8,0, 50 mmol Tris pH 8,0, 0,5 mg /ml proteinazės K), esant 37 ° C temperatūroje 24 val. Formalinas fiksuoto parafino įterptųjų audinių DNR linkęs būti prastai sustiprina PGR vyresnio amžiaus egzempliorių. Dauguma DNR buvo paimti per penkerius metus po to, kai patologinių mėginių paruošimo, kuri užtikrina DNR kokybę PGR. DNR suma, su įvairaus savybių, audinių lizato buvo nustatomas remiantis PGR juostos intensyvumo 5-10 ng /mikrol, DNR, kuri buvo amplifikuoto naudojant Mikrosatelitinis pradmenų rinkinį, D19S226
(į priekį: 5 ' - CCA GCA GAT TTT GGT GTT GTC TA - 3 "; pakeisti: 5 '- PPK GAG CCA GAG CCA GTA GGA GT - 3"; amplikono dydis: 164 BP). PGR amplifikacija buvo atlikta pagal karšto paleidimo būklės su naudojant radioizotopas (α- 32P dCTP, PerkinElmer, Bostonas, MA, JAV), kaip aprašyta anksčiau [3, 7]. Trumpai tariant, 10 pL PGR mišinio, kad bendras atlikta 32 ciklų serijos amplifikacijos pakopą, kurios metu sudarė 94 ° C temperatūroje 50 sek, gruntas-specifinis atkaitinimo temperatūroje 50 sek, ir 72 ° C temperatūroje 1 min. Radioizotopas žymėto mikrosatelitiniai sekos buvo atskirtas nuo 6% poliakrilamido gelyje, kuriame buvo 7 m karbamido ir jie buvo regimos pakartotinių pozicijų kiekvieno autoradiograph ir naudojant radioluminograph skaitytuvas (BAS 2500, "Fuji Photo Film Co., Kanakawa, Japonija) .
analizė mikrosatelitiniai alelių Viesbutis The balais iš LOH ir MSI statusą gairės buvo išsamiai ankstesniuose tyrimuose, kad naudojamas tas pats skydelis mikrosatelitiniai žymenų [7]. Kaip atskaitos tipo mikrosatelitinių alelių, mes pasiėmė dinukleotidas pakartoti žymekliai kad svyravo nuo 88 bp iki 247 bp amplikono dydžio ir kad turėjo heterozigotinės dažnį > 50%. Labai polimorfinės mikrosatelitiniai žymekliai 8 vėžį susijusios chromosomų (3p, 4p, 5q, 8p, 9p, 13q, 17p ir 18q), kuri dažnai kenčia nuo LOH skrandžio vėžio [3, 7, 20], buvo naudojami, siekiant padidinti skaičius heterozigotinės alelių ant kiekvienos rankos (1a pav.) Penki mikrosatelitiniai žymekliai ant kiekvieno chromosomų rankos parodė aiškius PGR juostų heterozigotinės alelių, ir jie kalibruojami visą ilgį iš aštuonių chromosomų [3, 5]. Siekiant užtikrinti chromosomų mažinimą, chromosomos praradimas buvo paskirtas, kai LOH įvykis dalyvavo daugiau nei du mikrosatelitinius žymekliai ant vienos chromosomų rankos [13]. Keturiasdešimt poros mikrosatelitinius pradmenis buvo sumaišytos iš 22 mėgintuvėlius iš viso ir iš kurių kiekvienas turėjo vieną (4 mišiniai) arba dvi (18 mišiniai) pradmens rinkinius, kad jie kalibruo- skirtingo dydžio amplikonų tuo pačiu atkaitinimo temperatūros. Gaunami nedviprasmiškai mikrosatelitiniai juostos nurodė aukštą konkretumą Multiplex PGR būklės, kuri buvo naudinga mažais microdissected patologinių audinių. 1 pav PGR pagrįstas Mikrosatelitinis analizė (A) ir genetinė klasifikacija skrandžio vėžio (B). Tipinių autoradiographs Iš mėginių, kuriuose buvo patikrinti pagal PGR pagrįstas mikrosatelitiniai analizės (A) ir genetinės klasifikaciją žarnyno tipo ir difuzinis-tipo skrandžio vėžio, remiantis praradimo heterozigotiškumu (LOH) ir mikrosatelitiniai nestabilumo (MSI), (B). (A) į kairę gelio elektroforezės rodo aukšto dažnio MSI ne daugiau kaip 40% iš 15 homozigotinių žymekliais. Teisė gelio elektroforezės rodo aukšto lygio LOH dalyvauja chromosomų 3P, 4P, 5q, 9p, 13q, 17p ir 18q. Normalus (N), ir atitinkamą navikas (T) DNR yra nurodyta virš kiekvienos alelių dažnių juostoje. Žvaigždute rodo MSI ir Loh. Genomo DNR microdissected iš formalino-embedded parafiną fiksuoto audinio buvo išplėstos ir paženklinti [α-32P] dCTF karšto paleidimo sąlyga Multiplex PGR. 80 mikrosatelitinių Amplikonų iš kiekvienos pavyzdį iš viso buvo paleisti vienu metu ant dviejų sekos gelius. (B) naudoti 40 mikrosatelitinių žymenų skydelį aštuonis vėžį susijusios chromosomų, LOH buvo aiškinama tuo heterozigotinės žymekliai, jei 40% arba mažiau iš homozigotinių žymekliai eksponuojami MSI. Priemonės, kuriomis chromosomų nuostoliai gerokai, kaip įmušė pagal LOH-teigiamų chromosomų skaičius, buvo padalintas į aukšto lygio (LOH-H) ir žemo lygio (LOH-L) nuostoliai, tiek žarnyno-ir difuzinis tipų. Tais atvejais, pasklidosios tipo skrandžio vėžio, nulis arba vienas chromosomų praradimas buvo priskirta į pradinį lygio (LOH-B).
Remiantis pačiu klasifikaciją mikrosatelitinių genotipų, kuris buvo taikomas ankstesnio tyrimo (1B pav) [ ,,,0],7] alelių profiliai iš 40 mikrosatelitinių žymenų buvo analizuojami MSI tuo homozigotinių žymekliais, kad parodė keletą šešėlių ar mikčioti juostas normaliomis ir naviko DNR pora. Nes MSI užstotų heterozigotines alelių statusą, kad alelių profiliai iš 40 mikrosatelitinių sekų iš pradžių buvo analizuojami MSI tuo homozigotinių žymekliais. LOH statusas nustatomas remiantis alelių praradimas heterozigotinės persekiotoją (1b pav.) Iš chromosomų nuostolius kiekvienu atveju kiek pelnytas pagal konstitucines chromosomų nuostolių, susijusių su daugiau nei viena mikrosatelitinio alelių skaičius.
Analizė in silico pervežimas duomenų genų tankis ir transkripcijos atskirų chromosomų
A iš viso 17,723 atskaitos genų nustatytų viešoje duomenų bazėje (http:.. //genomo UCSC edu "/, 2006 kovas surinkimas) [21] išanalizuoti apskaičiuoti genų per 1 MB nukleotidų segmente skaičių. Serijos analizė genų ekspresiją (SAGE) duomenys normalus skrandžio gleivinės buvo gauta iš viešoje duomenų bazėje (http:.... //Www ncbi NLM NIH valst /GEO /"SAGE_Stomach_normal_B_antrum"). Transkripcijos veikla atskirų genų buvo apskaičiuojamas derinant atskaitos genų žemėlapį ir išreikštas genų žymes. Grindžiama mikrogardeliq ir šalavijas duomenimis vertinant genų ekspresijos profilius Palyginimui, buvo nustatyta, nuorašai skaičiuojami SAGE duomenų, kad tiksliai įvertinti didelį skirtumą genų veiklos tarp skrandžio konkrečių genų ir namų genų [21].
Statistinė analizė
Fisher'io bandymą ir χ
2 testai buvo naudojami palyginti clinicopathologic funkcijas su mikrosatelitiniai genotipo skrandžio vėžio. Tikimybių kreivės buvo apskaičiuojamas pagal Kaplan-Meier metodu ir palyginti naudojant log-rank testą. Daugiamatė analizė atlikta Cox anketa proporcingas pavojų metodu naudojant pakopinį procedūras. Tikimybių vertės buvo du-tailed, su P, pervežimas vertė mažesnė nei 0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas. Statistinė programinės įrangos paketą "SPSS 11.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, JAV) buvo naudojami duomenų analizės.
Rezultatai
analizė Loh įvykių skrandžio vėžio
Dauguma skrandžio vėžio (116 iš 145 atvejai) buvo nagrinėjami per ankstesnį daugiažidininio analize ant nevienalyčių naviko svetainių iš tam tikros skrandžio [3] vėžiu. buvo rasta Devyniasdešimt penki procentai skrandžio vėžio tiriami siekiant turėti arba panašų lygį LOH ar MSI paprastai dalijasi nevienalyčių naviko svetainių ir tada kiekvienas skrandžio vėžys buvo suskirstyti į vieno mikrosatelitiniai genotipo, o ne mišrią genotipą. Mikrosatelitinis genotipai 27 papildomų atvejų buvo gavo pagal LOH lygio ir MSI, kuri buvo aptikta vieno audinio gabalas, kuriame reprezentatyvią histologiniai komponento buvimo.
Kiekvienas chromosomų nuostolių koreliavo su clinicopathologic parametrus iš skrandžio vėžio (1 lentelė). Dauguma chromosomų nuostoliai (4p, 5q, 9p, 13q, 17p ir 18q) buvo susiję su vėlyvo prasidėję ligos (p
< 0,05). Du ar daugiau chromosomų nuostoliai buvo kartu susijęs su antralinių vietą (9P ir 18q nuostoliai), žarnyno, ar mišrios rūšies histologijos (5q, 17p ir 18q nuostolių), ir prastos išlikimo (3p, 9p ir 13q nuostoliai) (p
< 0,05). 17p nuostoliai buvo dažniausia žarnyno tipo vėžio (67%). 13q nuostolis buvo dažniausios Difuzinis tipo vėžio (47%). 1 lentelė santykius bei clinicopathologic charakteristikų ir vieno chromosomų praradimo
Info

3p praradimas
4p nuostolių pervežimas pervežimas 5q nuostolių
8p praradimo
9p praradimas
13q praradimas
17p praradimas
18q praradimas
Nr Pacientų
130
47
47
51
30
50
57
77
55
Amžius
Vidutinis
60
61
63
63
63
64
63
63
63
± SN
± 12,60
± 10,18
± 10,49
± 9,28
± 10,24
± 10,28
± 10,43
± 10,94
± 11,20
P

0.290
0,029
0.014
0,102
0,003
0,030
< 0,0001
0,030
Sex
Vyras
86
37 34
36
18 37
42
52
36

Moteris
44
10
13
15 12
13
15
25
19
P

0.033
0,335
0.450
0.510
0,182
0,136
0.710
1,000
naviko vietą
Cardia
13
4
3
5
1
2
5
8
3
Kūno
48
16
16
13
10
14
16
24 16
Ertmė
69
27
28
33
19
34
36
45
36
P
0,743
0,424
0,078
0,267
0,018
0,119
0,253
0,043 pervežimas histologinio tipo
žarnų
54
19
19
23
13
22
20
36
27
Difuzinė
32
9
9
8
7
15
11
6
5 Mišrūnė
44
19
19
22
12
20
22
30
21
P
0,395
0,395
0,018
0.480
0.176
0,404
0,004
0,026
naviko dydis
Vidutinis
5,3
5,8
5,1
4,9
5,1
4,9
5,7
5,2
5,5
± SN
± 3,01
± 2,86
± 2,64
± 2,29
± 2,42
± 2,73
± 3,02
± 2.86
ą 3.13
P

0,129
0,631
0,131
0,705
0,181
0,179
0,564
0,483
etapas
I & II
64
21
20 21
36
24
14
22
III &20
; IV
66
27
26
31
16
28
36
41
31
P

0,277
0,469 0,075 0,836
0,372
0,014
0,593
0,292
Pasikartojimas
peritoninė
24 10
9
8
5
10
12
16
11
Limfmazgių
10
4
3
3
2
5
4
6
3
Hematogenous
22
13
11
14
8
11
14
15
10
viso
56 27 23
25
15
26
30
37
24
P

0,422
0,507
0.070
0,428
0,826
0,415
0,899
0,663
Vital statusas
119
42
41
47
29
44
51
68 48
gyvas
70
19
21
26
16
20
24
36
27
Dead
49
23
20
21
13
24
27
32
21
P

0,021
0,152 0.330
0,402
0,019
0,019
0,094
0,389
P
vertes, mažesnes 0,05 nurodyti stambiu šriftu.
didelė dalis (52%) pasklidosios tipo skrandžio vėžio buvo patyrę vieną ar neturi chromosomų nuostolius, kurie buvo suskirstyti į tam pradinis lygio LOH (LOH-B), nes dauguma žarnyno -ir mišrios rūšies vėžį (86%) turėjo du ar daugiau chromosomų nuostolius (2 paveikslas) [7]. Į aukšto lygio Loh atvejai su keturiais ar daugiau chromosomų nuostolių Dažniausiai buvo mišriuose diferenciacijos atvejais su abiem intestinal- ir difuzinis tipo skrandžio vėžio (44%). Apskritai, 15 LOH-B (10%), 65 LOH-L (45%), 50 LOH-H (35%), ir 15 MSI (10%) ligos atvejų 145 chirurginių pavyzdžių. 2 paveikslas Santykiai tarp histologinis tipas, ir ne. chromosomų nuostolių skrandžio vėžio. Histologinę tipas skrandžio vėžio buvo apibrėžta kaip diffuse- (n = 32, dengta), intestinal- (n = 54, pilka dėžutė), ir mišrios tipai (N = 44, atvira dėžutė), pagal Lauren klasifikacija.
analizė genų tankis ir labai išreikštos genus vėžį susijusios chromosomų
genų už 1 MB segmente tankumą, top 100 aktyvių genų, kurie buvo labai išreikštos skrandį, o į LOH dažnis aptiktos skrandžio vėžio genotipai buvo analizuojami kiekvienos chromosomos (2 lentelė). Lyginant iš aštuonių vėžį susijusios chromosomų Mes išnagrinėjome ir likusių 14 chromosomų, genų tankis (4.8 genų, palyginti su 6,9 genų už 1 MB segmente) ir vidutinio skaičiaus labai išreikštų genų (3.3 genų, palyginti su 5,3 genų) buvo mažesnis vėžio-susijęs chromosomų negu kitose chromosomų. Vidutinis skaičius nuorašai numatomą kiekvienos labai išreikšta geno taip pat buvo mažai vėžio susijęs chromosomų (54, palyginti su 69 dialogų per kiekvieno geno). Atskiri autosomes buvo sugrupuoti į genų tankių tvarka. , chromosomos 2, 3, 4, 5, 8, 13 ir 18 buvo suskirstyti į mažos genas tankio grupės mažiau nei penkių genų per 1 Mb segmente. Chromosomos 11, 16, 17, 19, 20 ir 22 turėjo didelio tankio genų daugiau nei aštuonių genų per 1 Mb segmente. Todėl, iš aštuonių vėžio-susijęs genų, kurie buvo ištirti, šešių (chromosomos 3, 4, 5, 8, 13 ir 18) priklausė genų-prastos chromosomų, ir likusieji du genai priklausė intermediate- (chromosomą 9 ) ir aukšto (17 chromosomos) genas tankio grupes. Organizacijos ir 13 chromosomos 17 esančios aukštos ir žemos tankį genų (13,4 ir 2,7 genų per 1 MB segmentas), atitinkamai. 17 chromosomos parodė, kad labai dažnai LOH į LOH-L (49%), bet ne nuo LOH-B atvejais (13%). Iš chromosoma 13 praradimo dažnis buvo panašus į LOH-L (25%) ir LOH-B atvejais (27%). 2 lentelė genų tankis, labai išreikštos genai, ir LOH lygis atskirų chromosomų apskaičiuotų skrandžio vėžinių ir noncancerous audinių

Nr genų per tam 1 MB segmente *
Top 100 ekspresija ypač genų
(skaičius nuorašai per geno) *
lygis LOH (%) §

>


Baseline
(n = 15)
Žemas
(n = 65)
Aukštos
(n = 50)
vėžio susiję chromosomos
3
4,9
3 (76)
(7)
18 (28)
1 28 (56)
4
3,6
5 (53)
2 (13)
12 (18)
(66)
33 5
4,4
4 (44)
(0)
0 14 (22)
(74)
37 8
4,1
3 (32)
0 (0)
9 (14)
21 (42)
9
5,2
4 (60)
1 (7)
15 (23)
34 (68)
13
2,7
2 (121)
4 (27)
16 (25)
37 (74)
17
13,4
5 (42)
2 (13)
32 (49)
43 (86)
18
3,2
0 (0)
1 (7)
18 (28)
36 (72)
vidurkiai
4,8
3,3
(54) Kitos chromosomos
1
7,7
8 (47)
2
4,7
9 (132)
6
5,8
7 (39)
7
5,2
6 (45)
10
5,0
2 ( 37)
11
8,9
9 (85)
12
7,3
10 (62)
14
5,3
6 (43) 15
5,3
2 (90)
16
8,6
3 (34)
19
19,8
8 (61)
20
8.3
2 (76)
21
5,1
1 (268)
22
8,4
1 (55)
vidurkiai
6,9
5.3 (69)
* iš stenogramos 17,723 genų buvo analizuojami naudojant anksčiau paskelbtus duomenis [21].
§The informacija pateikiama medžiaga ir metodai skyriuje, skaičius.
Santykiai tarp clinicopathologic funkcijų o mikrosatelitiniai genotipai
145 skrandžio vėžio buvo analizuojami santykį tarp LOH lygį ir clinicopathologic funkcijų (3 lentel ÷) santykius. Tiek LOH-H ir LOH-B skrandžio vėžio buvo dažniausiai siejama su didelės rizikos fenotipų, pvz limfinės invazijos (p
= 0,006), venų invazija (p
= 0,005), stadijose (P
< 0,0001), pasikartojimo (p
= 0,023) ir prastas išgyvenamumas (p
< 0,0001), o LOH-L ir MSI skrandžio vėžio buvo susijęs su gerai ir vidutinio diferenciacijos (p
= 0,033) ir anksti navikas etapas (P
< 0,0001). Du genotipai susiję su rizikingu-fenotipas buvo nepanašios pagal anatominę svetainėje atsiradimo ir pasikartojimo modelio. Kad LOH-H bylos dažnai įvyko antralinių dalies (70%) ir jie kartojasi per hematogenous, sklindantis į kepenų, plaučių ir kitų tolimų organų (38%), o taip pat ne-hematogenous metastazių, pavyzdžiui, peritoninės Sėjamoji ir mazgų dalyvavimo ( 36%). Dauguma LOH-B atvejais, buvo pateikti į širdies ir kūno dalies (94%), ir pakartotine pilvaplėvės ertmę (67%), o ne nutolusiose organų (13%). Atsiradimo amžius LOH-B (45 metų) ir LOH-O (65 metų) atvejai buvo gerokai skiriasi (p
< 0,0001) .table 3 Santykiai tarp mikrosatelitinių genotipų ir clinicopathologic bruožų skrandžio vėžio
Info
Viesbutis High rizikos genotipai


Mažos rizikos genotipai

P pervežimas vertės

(%)
LOH -H (%) *
LOH-B (%) *
P
vertė
LOH-L (%) *
MSI (%) *
P
vertė

Nr paciento pervežimas 145 pervežimas 50
15
65
15
Amžius (metai)
< 0,0001
0,038
0.710
Vidurkis
61
65
45
60
67
SD
± 12,5
± 9,8
± 12,7 Lytis
11,6
9,8
± ± 0,118
0,008
0,393
Vyras
90
36 (72)
7 (62) (47)
(66)
43 4 (27)
FEMALE
55 (38)
14 (28)
8 (53)
22 (34)
11 (73)
auglio dydį
0,247
0,502
0,394
Vidutinis
5,34
5,3
6.34
5,0
5,6
SD
± 2,94 3,77 ± 2,62
pervežimas ± ± 3,10
± 2,33
diferencijavimas
0,052
0,094
0,033
Na
11 (8)
3 (6)
8 (12)
Vidutinis
53 (36)
(7)
17 (34)
1 25 (39)
10 (67)
Poor
81
(56) 30 (60)
14 (93)
(49)
32 5 (33)
naviko vietą
< 0,0001
0,037
0,791
Cardia
13 (9)
3 (6)
4 (27)
6 (9)
Kūno
50 ( 35)
12 (24)
10 (67)
(40)
26 2 (13)
Ertmė
82
(56) 35 (70)
> 1 (6) 33 (51)
13 (87)
Lauren klasifikaciją
< 0,0001
0,016
< 0,0001
Žarnų
58
(40) (0)
19 (38)
0 (54)
35 4 (27)
Difuzinė
32 (22 )
9 (18)
15 (100)
8 (12)
(0)
Mišrūnė
55 (38)
22 (44)
0 (0)
0 22 (34)
11 (73)
augimo modelis
0.600 pervežimas < 0,0001
< 0,0001
Plėsti
20 (14)
1 (2)
1 (7)
9 (14)
9 (60)
infiltracinė
70 (48 )
32 (64)
10 (67)
28 (43)
Mišrūnė
55 (38)
17 (34)
4 (26) 28 (43)
6 (40)
limfinės invazija
1.000
0,771
0,006
Nėra
44 (30)
9 (18)
3 (20)
(52)
34 5 (33)
Taip
101
(70) 41 (82)
12 (80)
31 (48)
10 (67)
Venų invazija
0.351
0,113
0,005
Nėra
112 (77)
(70)
35 8 (53)
54 (83)
15 (100)
Taip

33 (23) 15 (30)
7 (47)
11 (17)
naviko stadiją
0,757
0,763
< 0,0001
Ankstyvas
75 (52)
16 (32)
6 (40)
42 (65)
11 (73)
Išplėstinė
70 (48 )
34 (68)
9 (60)
(35)
23 4 (27)
Pasikartojimas
0,035
0,517
0,023
NPI

• Iš laktuliozės poveikis tolerancijos skrandžio šėrimo ilgalaikių ITS pacientų
• Altered išraiška spėjamą kamieninių ląstelių persekiotoją DCAMKL1 žiurkės skrandžio gleivinės regeneracijai, metaplazijos ir dysplasia