Kenmerken van Epstein Barr-virus-varianten geassocieerd met maagkanker in Zuid Tunisia

kenmerken van het Epstein Barr-virus-varianten geassocieerd met maagkanker in het zuiden van Tunesië
De abstracte Backgroud
EBV-geassocieerde maagcarcinoom (EBVaGC) heeft een duidelijke klinische kenmerken en de prevalentie is wereldwijd variabel.
Resultaten
Om de prevalentie van EBVaGC in Tunesië te bepalen, werd EBV gecodeerd kleine RNA (EBER) expressie geëvalueerd in 81 maagcarcinoom (GC) exemplaren. De EBER expressie nucleaire werd gedetecteerd in 12 van de 81 GC gevallen (14,81%) en de overeenkomst tussen de score bereik van EBER kleuring en het aantal EBV DNA exemplaren als schatting van QPCR wordt waargenomen. Aan de andere kant vonden we dat EBVaGC sterk samen met de leeftijd bij diagnose, en zwak met tumordifferentiatie en veneuze invasie.
Bovendien werden de monsters onderworpen aan EBVaGC de EBV DNA polymorfismen te bepalen. Onze resultaten tonen een unieke genetische profiel van de EBV stammen met betrekking tot de A en D-types, de F-prototype, het behoud van Xho
I restrictieplaats en de 30 bp del-LMP1 variant. Volgens onze eerdere studies over nasofarynxcarcinoom (NPC), we gesuggereerd dat EBV stammen gekoppeld aan GC en NPC deelden een aantal overeenkomsten in Tunesische patiënten.
Conclusie
De prevalentie van EBVaGC is van 14,81% in het zuiden van Tunesië en dat gemeenschappelijke EBV stam geassocieerd met zowel NPC en GC die waarschijnlijk verschillen van Aziatische stammen. Onze bevindingen ondersteunen dus een zekere geografische spreiding van EBV stammen die niet beperkt is tot EBV-geassocieerde maligniteiten.
Sleutelwoorden
Maagcarcinoom EBV EBER polymorfismen Achtergrond
Maagcarcinoom (GC) is de tweede belangrijke oorzaak van kanker overlijden over de hele wereld [1]. De incidentie van GC verschilt per geografisch gebied tot gebied suggereert dat genetische en omgevingsfactoren zoals Helicobacter pylori
infectie worden beschouwd als een bijdrage aan maagkanker [2, 3]. In het zuiden van Tunesië, de jaarlijkse incidentie van GC varieert 2,6-4,8 /100 000 personen [4]. In de paar afgelopen jaren hebben vele rapporten de associatie tussen Epstein-Barr-virus (EBV) infectie en GC [5-9] onderzocht. Het EBV geassocieerde GC (EBVaGC) werd aangetoond door de aanwezigheid van uniforme expressie van EBV gecodeerde kleine RNA (EBER) in GC-cellen [10], de detectie van monoklonale EBV episomen in GC-cellen [11] en de toename van serum antilichamen tegen virale capside antigeen [12]. De incidentie van EBVaGC varieert sterk 2 tot 18% gerapporteerd door eerdere studies [13-20]. Bovendien is de klinische kenmerken van EBVaGC onder mannelijke overwicht, relatief jongere leeftijd en de locatie in de proximale maag [9, 21]. De EBVaGC toont een lager lymfe-klieren betrokken zijn en een relatief gunstige prognose in vergelijking met EBV-negatieve [22].
EBVaGC wordt infectie van tumorcellen gekenmerkt door een type I patroon latency, waarbij de expressie van virale latente genen is beperkt tot Epstein-Barr nucleair antigen (EBNA) -1, EBER, latente membraaneiwit LMP-2A en transcripties van de Bam
HI A rechts frame (BARF) -0 en -1 [11, 23]. Aangezien de producten van EBV type I latente infectie is aangetoond dat zij betrokken zijn bij EBV-gemedieerde tumorogenese, werd gesuggereerd dat het oncogene proces EBVaGC kan worden aangedreven door verschillende mechanismen van die van conventionele GC. Vervolgens kan EBVaGC maligniteit worden beschouwd als een andere entiteit onder GC waarbij meer aandacht vereist patiëntenzorg. Ondernemingen De onderhavige studie werd uitgevoerd met als doel het voorkomen van EBVaGC in Zuid Tunesië bepalen en vervolgens EBV specifieke polymorfismen te analyseren de tumor isoleert.
Materialen en methoden
kenmerken van de patiënt
Een totaal van 81 primaire maag carcinomen werden verzameld tussen januari 1999 en december 2009 van patiënten die een radicale chirurgische resectie ondergingen bij de afdeling maag-, Darm Chirurgie van Habib Bourguiba universitair Ziekenhuis (Sfax, Tunesië). Alle patiënten gaven toestemming voor het verzamelen specimen volgens de institutionele richtlijnen. Geen van de patiënten had pre-operatief of post-operatieve chemotherapie. Clinico-pathologische parameters, zoals geslacht, leeftijd, anatomische plaats, histologische type, het pathologisch stadium, tumorgrootte en veneuze invasie werden geëvalueerd door de herziening van medische grafieken en pathologische verslagen. Op het moment van de operatie, de leeftijd van de patiënten varieerde 18-94 jaar (gemiddeld: 59,58 jaar). De anatomische plaats van de tumor werd bepaald volgens de overheersende plaats van de laesie als cardia (n = 8), lichaam (n = 22), en het antrum (n = 48). De histologische subtypes werden geclassificeerd volgens de criteria van Lauren [24] intestinale type (n = 47) en diffuse type (n = 34), maar ook van de World Health Organization als slecht gedifferentieerd (n = 43), matig gedifferentieerd (n = 26) en goed gedifferentieerde (n = 9). De klinische stadium van de ziekte werd vastgesteld op basis van de tumor, knooppunt en metastase (TNM) classificatie van het Gemengd Comité van American on Cancer [25]. Ons cohort bevat 9 patiënten met stadium I of II en 47 patiënten met stadium III of IV.
In situ hybridisatie
EBV werd geïdentificeerd door de expressie van EBV gecodeerde kleine RNA (EBER). Kort samengevat, in situ
hybridisatie (ISH) test werd uitgevoerd op 3 pm paraffine-blokdelen met EBV oligonucleotide probes complementair aan de EBER-1 en -2 volgens de instructies van de fabrikant (PNA ISH detectiekit, Dako Cytomation). De hybridisatiesignalen werden gevisualiseerd met diaminobenzidine (DAB) en positieve nucleair signaal werd erkend als donkerbruin nucleaire kleuring onder lichtmicroscopie. Als positieve controle, onderdeel van een bekende EBER-positieve NPC weefsel werd gebruikt. Kleuring werd gescoord 1-3 volgens het percentage gekleurde celkernen in weefselsecties. 3 score werd toegekend wanneer positieve signaal werd waargenomen in meer dan 75%, score 2 in 75 to 50% en score 1 in minder dan 50% van de cellen.
DNA-extractie
DNA werd uit formaline-gefixeerd, paraffine geëxtraheerd ingebedde weefsels. Na tumor identificatie op hematoxyline-eosine gekleurde coupes werden tumorale gebieden geschraapt van 40 pm dikke paraffine secties. De verzamelde materialen werden de-gewaxt door wassen in xyleen en gespoeld met ethanol. Gedroogde weefsels werden gedigesteerd met proteinase K in aanwezigheid van SDS bij 55 ° C geïncubeerd, gevolgd door fenol /chloroform extractie zoals eerder [26] beschreven. De hoeveelheid DNA werd gecontroleerd door spectrofotometer en bewaard bij -20 ° C voor verder gebruik.
PCR- RFLP sequentiebepaling
vijf gebieden van het EBV-genoom werden gericht op polymorfisme analyse met PCR RFLP of sequencing. De polymorfismen onderzocht omvatten de A of B type het EBNA-3C gen de C of D typ de BamHI-W1 /I1 regio, de prototype FINE of variant in de BamHI-F gebied, het verlies van een XhoI
I plaats in het eerste exon van BNLF1gene (Xho I-
verlies variant) en 30 bp deletie in het derde exon van hetzelfde gen (30 bp del-LMP1 variant). Genotypering werd uitgevoerd op DNA van GC patiënten EBV-positieve en als controle, we analyseren 10 DNA-monsters van nasofaryngeale slijmvlies positief voor EBV.
PCR-amplificatie werd uitgevoerd op 200 ng DNA in een uiteindelijk reactiemengsel van 50 ui met 0,2 uM elke primer, 200 uM dNTP, 2 mM MgCl2, 1 x PCR buffer en 1 eenheid Taq DNA polymerase (Fermentas). De primer sequenties en de grootte van PCR-producten worden getoond in Tabel 1 Samenvatting van 1.Table primersequenties inclusief die welke EBV en varianten
EBV genen en gebieden
(of -varianten )
Primer sequenties (5'-3 ')
grootte van het product (bp)
EBNA-3C gen
(type A of B)
F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT
R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC
PCR-producten
153: type A
246: type B
BamH1-w omgeving
(type C of D)
F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC
PCR + Bam
HI spijsvertering
205: type C
130 + 75: type D
regio BamH1-F
(f variant)
F: TCCCACCTGTTACCACATTC
R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA
PCR + Bam
HI spijsvertering
198: F variant
127 + 71: f-variant
Exon 1 van BNLF1 gen
(XhoI variant)
F: ACAATGCCTGTCCGTGCA
R: AGAAACACGCGTTACTCT
PCR + Xho
I spijsvertering
497: Xho
I-
340 + 157: Xho
I +
Exon 3 van BNLF1 gen
(30bpdel-LMP1)
F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC
R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC
PCR-producten
224: 30bpdel-LMP1
254: wt-LMP1
F: Forward primer
R: Reverse primer
C /D en F /f typering is gebaseerd op de BamHI
digestie van elk PCR-product. De enzymatische reacties werden uitgevoerd in een eindvolume van 20 pl dat 10 pl PCR product, 1X digestiebuffer en 10 eenheden van BamHI-enzym
(Fermentas) uitgevoerd. Na overnacht incubatie bij 37 ° C werden de producten geanalyseerd op 2% agarosegel en zichtbaar gemaakt door kleuren met ethidiumbromide onder UV-belichting. De hierboven beschreven dezelfde voorwaarden werden getoetst aan de XhoI
plaats te identificeren in de eerste exon van BNLF1gene. DNA uit B95.8 (GenBank No.V01555) en C666-1 cellijn (GenBank No. ABV54173) werden gebruikt als controle voor types EBV en varianten. Het C666-1 cellijn afgeleid van een Chinese NPC dat A /C types, f variant
Xho I-verlies variant en 30 bp del-LMP1 variant herbergt.
DNA sequentiebepaling werd uitgevoerd op de gezuiverde PCR producten het derde exon van BNLF1 gen met de SV gel Purification kit (Promega). Cycle sequencing werd uitgevoerd met de ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems) volgens de instructies van de fabrikant. Alle sequenties werden uitgevoerd in twee richtingen. De sequencing resultaten werden vervolgens vergeleken met de sequenties van EBV B95.8 (GenBank No.V01555), Chinese NPC (Cao cellen [27], C666-1 cellen (GenBank nr ABV54173) en NPC10 biopsie [28] en Tunesië NPC specimens (CV4, CV5 en CV6 [29]).
real time kwantitatieve PCR
Q-PCR-test gericht op de BamHI-w gebied van het EBV-genoom werd uitgevoerd op de 12 EBV-positieve specimens weergave nucleaire kleuring en 6 EBV negatieve specimens. Reacties werden uitgevoerd op een iCycler iQ ™ real-time PCR systeem (BioRad) uitgevoerd met behulp van primers aan weerszijden van de BamHI-w gebied van het EBV genoom en TaqMan probe zoals eerder beschreven [30]. Aliquot van 1 ug DNA werd gebruikt voor amplificatie in een totaal reactievolume van 25 gl bevattende 300 nM van elke primer, 25 nM TaqMan probe, 1X PCR-buffer, 2 mM MgCl2, 200 uM van elk dNTP en 1 eenheid GoTaq Hot Start polymerase (Promega). de standaardkromme werd bereid met seriële 10-voudige verdunningen van de recombinante plasmide pGEMT /BamHI-w. Monsters werden in duplo uitgevoerd en de resultaten gemiddeld om EBV viral load uitgedrukt in kopieën per reactie te berekenen.

Statistische analyse Statistische analyse werd uitgevoerd met SPSS 13.0 statistische software programma voor Windows (SPSS Inc., Chicago, Illinois, USA ). P-waarde van minder dan 0,05 werd beschouwd als statistisch significant.
Resultaten
prevalentie van EBVaGC en associatie met klinische en pathologische kenmerken
Tachtig één specimens van GC werden getest op EBV positiviteit met de EBER in situ
hybridisatie. De frequentie van EBVaGC was 14,8% (12 van 81) waarin de EBER positieve signaal werd beperkt tot de kernen van carcinoomcellen (figuur 1). De EBVaGC exemplaren hebben een variabel percentage gekleurde tumorcellen geeft meer dan 75% in zes gevallen (score 3), tussen 50 en 75% in drie gevallen minder dan 50% in de drie resterende zaken. De EBVaGC gevallen waren geassocieerd met leeftijd bij diagnose (P
= 0,009, Tabel 2). Inderdaad, 9 van de 12 patiënten met EBVaGC waren tussen de 45 tot 60 jaar oud. Bovendien, een trend waargenomen associatie met tumordifferentiatie en veneuze invasie als statisch significante waarde niet werd bereikt (P
= 0,07 en p = 0,09 respectievelijk
, Tabel 2). Figuur 1 Detectie van Epstein-Barr virus gecodeerde kleine RNAs (Ebers) door in situ hybridisatie in maagcarcinoom weefsels. A: H &E kleuring. B: Intense EBER positieve kleuring (immuno-score 3+) in de kernen van tumorcellen (oorspronkelijke vergroting x 40). C: Matige EBER positieve kleuring (immuno-score 2+) in de kernen van tumorcellen (oorspronkelijke vergroting x 40). D: Zwak EBER positieve kleuring (immuno-score 1+) in de kernen van tumorcellen (oorspronkelijke vergroting x 40). E: Positieve controle vertegenwoordigd door een bekende EBER-positieve NPC weefsels (oorspronkelijke vergroting x 40). F: Maagcarcinoom weefsels negatief zijn voor EBER (oorspronkelijke vergroting x 10)
Tabel 2 Correlatie tussen EBVaGC en clinico-pathologische parameters
klinische kenmerken
N
EBV expressie *


Negatief (%)
Positief (%)

Gender
Man
48
42 (87,5)
6 (12,5)
Vrouw
33
27 (81,8)
6 (18,2)
p
-waarde
0.47
Age
< 45
17
17 (100)
0 (0)
45-60
30
21 (70)
9 (30) Restaurant > 60
34
31 (91,2)
3 (8.8)
p
-waarde
0.009
TNM
I-II
9
9 (100)
0 (0)
III-IV
47
40 (87,1)
7 (14,9)
p
-waarde
0,216
Anatomische website
Antrum
48
41 (85,4)
7 (14,6)
Body
22
19 (86,4)
3 ( 13.6)
Cardia
8
6 (75) pagina 2 (25)
p
-waarde
0.72
Differentiatie
Poor
43
36 (83,7)
7 (16,3)
Matige
26
25 (96,2)
1 (3.8)
Nou
9
6 (66,7)
3 (33,3)
p
-waarde
0.075
Lauren soort
Intestinal
47
38 (80,9)
9 (19.1)
Zend
34
31 (91,2)
3 (8.8)
p
-waarde
0,197
tumorgrootte
< 5 cm
9
8 (88,9)
1 (11.1) Restaurant > 5 cm
65
54 (83,1)
11 (16,9)
p
-waarde
0,658
veneuze invasie
negatief
61
54 (88,5)
7 (11,5)
Positif
18
13 (72,2)
5 (27,8)
p
-waarde
0,09
* EBV expressie werd bepaald door EBER in situ hybridisatie. Negatieve gevallen vertoonden een score = 0 en positieve gevallen vertoonden een score = 1+ naar 3+
Kwantitatieve beoordeling van EBV in GC
Q-PCR-test werd uitgevoerd op 18 maagcarcinoom exemplaren.; waaronder 12 weergegeven EBER positiviteit beperkt tot cellen kernen en 6 waren negatief. Ondernemingen De virale DNA kopieaantal werd geschat door de absolute kwantificatie methode met seriële verdunning van recombinant plasmide-DNA (pGEMT /BamHI-W), als externe standaard. Standard curve werd opgericht door het uitzetten van de beginnende plasmide aantal kopieën tegen de drempel cyclus (Ct), toont een lineaire kwantificering over een bereik van 10 6 tot 10 kopieën per reactie.
Representatieve voorbeelden zijn weergegeven in figuur 2, waar gevallen GC10 en GC3 (Ct = 15 en 22, respectievelijk) weer te sterk EBER nucleaire kleuring terwijl GC8 (Ct = 30) vertoont een zwakke EBER expressie (figuur 2). De Q-PCR data is in overeenstemming met EBER in situ
hybridisatie resultaat. Inderdaad, de 6 exemplaren met intense EBER kleuring (score 3+), toonde een hoge EBV DNA copy number terwijl gevallen met zwakke EBER expressie (score 1+) kwam overeen met een lage virale DNA kopie (tabel 3). Figuur 2 Bepaling van EBV DNA kopienummer door Q-PCR. Representatieve voorbeelden van GC gevallen met een hoge (GC10), tussenproduct (GC3) en lage (GC8) EBV DNA kopieën nummer. De horizontale lijn markeert de drempel gebruikt voor de beoordeling van de Ct-waarde.
Tabel 3 EBV DNA copy number en EBER kleuring score in de 12 EBV positieve monsters en 6 negatieve gevallen
GC Cases
histologische
Typ
Tumor
Site
Ct *
(gemiddeld)

EBV DNA *
Copies /ug
EBER kleuring
scoren
10 | Intestinal
Antrum
15
6.105
3+
3
Intestinal
Antrum
22
4,103
3+
12
Intestinal
Antrum
23
103
3+
9
Zend
Antrum
22,8
103
3+ 2
Intestinal
Body
25 | 5,102
3+ verhuur 4
Intestinal
Antrum
26
102
3+
6
Intestinal
proximale
27
8,101
2+
7
Diffuse
Body
28
5,101
2+
11
Intestinal
proximale
28
5,101
2+ 1
Intestinale
Antrum
30 Restaurant < 10 | 1+
5
Intestinal
Antrum
30 Restaurant < 10 | 1+
8
Diffuse
Body
30 Restaurant < 10 | 1+
13
Zend
Antrum
ND
ND
0
14
Zend
Body
ND
ND
0
15
Diffuse
Antrum
ND
ND
0
16
Zend
Antrum
ND
ND
0
17
Intestinal
Antrum
ND
ND
0
18
Intestinal
Body
ND
ND
0
* EBV DNA copy number werd geschat door Q-PCR met behulp van de absolute kwantificatie methode. Ct: drempelwaarde Cycle. ND: Niet bepaald
genotypering van EBVaGC stammen Belgique Om verder te onderzoeken van de EBVaGC in onze 12 Tunesische exemplaren, we hebben het genetisch profiel van EBV stammen bepalen van verschillende types en varianten onderzocht. Een uniek profiel in alle onderzochte monsters waargenomen (figuur 3). Werd gekenmerkt door de A /D types, prototype F, behoud van
Xho I restrictieplaats en 30 bp del-LMP1 variant. Wij merken op dat de A en B types vormen twee verschillende EBV stammen werden in één geval van EBVaGC monsters (figuur 3). Figuur 3 Genotypering van EBVaGC stammen. A: PCR -RFLP van de BamHI-F streek met aanduiding van de F-variant (aanwezigheid van twee banden van 128 bp en 71 bp) voor de controle C666-1 cellijn (baan 1) en een band van 199 bp voor de F-variant voor gevallen GC2 naar GC6 (laan 2-6). B: PCR-RFLP van het BamHI-W1 /I1 regio. DNA-fragmenten werden geknipt met BamHI
geven twee banden van 139 en 67 bp (type D) voor GC2 aan GC6 (laan 2-6) of een band van 245 bp (type C) voor de controle C666-1 cellijn ( laan 1). C: EBNA3C regio. EBV stammen van de soorten A en B komen overeen met DNA-fragment van 153 bp en 246 respectievelijk. Case GC6 toont dubbele infectie met beide typen A en B virussen. B95.8 is een type A virus dat werd gebruikt als een controle (laan 1). D: XhoI
polymorfisme in exon 1 van het gen BNLF1. PCR product werd gedigesteerd met XhoI
twee banden van 343 bp en 154 bp XhoI
+ variant GC2 te GC6 (laan 2 tot 6) werd verkregen. C666-1 cellijn een positief verlies-XhoI
variant (laan 1). Ondernemingen De EBV DNA analyse werd uitgevoerd door gedeeltelijke sequentiebepaling op de derde exon van de BNLF1 gen dat codeert voor aminozuren 328-376 van de LMP1-eiwit. Om de 30 bp deletie codeert voor aminozuren 343-352 van het eiwit LMP1 bevestigen sequentieuitlijning onthulde zeven aminozuren verandert ten opzichte van de referentiestam B95.8. Het werd steeds gevonden op codons Q334R, L338S en S366A in alle EBVaGC exemplaren. De overblijvende aminozuren substituties werden echter vooral in één of twee exemplaren EBVaGC: H358L en L359V (GC2), P360H (GC9-10) en G365R (GC6). Met betrekking tot onze eerdere gegevens op Tunesische NPC exemplaren, vonden we vergelijkbare resultaten over de drie constante aminozuren substituties. Bovendien, de EBV stammen met vervanging S366A lijken geassocieerd Tunesië monsters in vergelijking met die welke in China (figuur 4). Figuur 4 Vergelijking van de afgeleide aminozuursequenties van Tunesische GC met B95.8 prototype en eerder gepubliceerde LMP1 sequenties: Cao: NPC cellijn van Shanghai [27]; C666-1 (GenBank No. ABV54173) NPC 10 uit Hong Kong [28] en Tunesische NPC exemplaren: CV4, CV5, CV6 [29]. Symbolen (---) geven aminozuurdeletie.
Bij gezonde EBV dragers polymorfisme analyse toonde eveneens de types A en D, F prototype en XhoI + variant als vergelijkbaar met identificeren EBVaGC monsters (gegevens niet getoond).
Discussie
In de huidige studie, 81 gevallen van GC van patiënten van de zuidelijke regio van Tunesië werden onderzocht op de aanwezigheid van EBV en de prevalentie van EBVaGC was 14,8% (12 van de 81). Het was bekend dat de prevalentie van EBVaGC sterk verschilt van de ene geografische regio naar de andere en de hoogste frequentie werd opgemerkt in Duitsland (18%), terwijl de laagste één (3,9%) in Peru werd ontdekt [13-20, 31].
de EBER in situ hybridisatie
de meest betrouwbare methode vermeld in de literatuur latent EBV detecteren GC. In feite werden alle bovengenoemde studies uitgevoerd volgens deze werkwijze, waaronder onze studie. De variabele verhoudingen van nucleaire tumorcellen EBER tonen in ons onderzoek kenbaar werden afgeleid door Truong et al., Die suggereren samen te hangen met EBV infectie komt in oncogene proces EBVaGC [32]. Echter, moet verder onderzoek worden uitgevoerd om deze observatie te verduidelijken.
Bovendien toonden wij aan dat de heterogene gegevens van EBER expressie kon worden gecorreleerd met het aantal EBV DNA kopieën zoals geschat door Q-PCR ondersteunen dat deze methode betrouwbaar eerder gemeld [33]. hotels met betrekking tot de clinico-pathologische kenmerken van EBVaGC, sterke associatie met de leeftijd bij diagnose werd waargenomen (P
= 0,009, tabel 3). In feite werd de EBVaGC vaker gevonden in de groep patiënten tussen de 45 en 60 jaar oud, wat in lijn is met eerdere studies [19, 34]. Geen andere statistisch verband werd gevonden, met uitzondering van een tendens met tumor differentiatie en veneuze invasie (P
= 0,075 en P
= 0,09 respectievelijk). Eerdere rapporten hebben aangegeven dat EBVaGC waren veelvuldig in mannelijke, proximale maag en tumoren van diffuse soort [9, 14, 16, 35-39]. Onlangs, in een grote meta-analyse, Carmago et al., Bevestigt deze associaties naast de leeftijd bij diagnose [38]. In ons onderzoek hebben we geen verschil in de verdeling van de EBV in mannelijke ten opzichte van vrouwelijke patiënten, in proximale versus distale maag en in diffuse vs intestinale histotype vinden. Deze verschillen tussen de gegevens kunnen worden verklaard door de bijdrage van de lokale risicofactoren in de pathogenese van EBV en ook door de omvang en de kenmerken wordt nagestreefd van het cohort.
Polymorfisme analyse van de 12 EBVaGC gevallen tonen uitsluitend het type D, F prototype, Xho
I-retentie en de 30 bp del-LMP1 variant. Betreffende het polymorfisme van het EBNA-3C gen, vonden we het type A in alle gevallen EBVaGC en een combinatie van de types A en B werd slechts in één geval. Deze bevindingen zijn in overeenstemming met recente studie uitgevoerd op vier EBVaGC cases uit de centrale regio van Tunesië [34]. Ondernemingen De dominantie van het type A en F prototype werd ook aangetoond in eerdere verslagen zelfstandig naar de geografische herkomst van EBVaGC als in het zuiden van China [35], het zuiden van Japan [40], en Latijns-Amerikaanse landen [41]. Interessant is dat de variant-f met name beschreven in NPC geassocieerd EBV stammen van Zuid-Azië [42]. In dit gebied, een overwicht van het type C en verlies-XhoI
variant werd waargenomen bij patiënten met EBVaGC of NPC [35, 40], in tegenstelling tot onze huidige bevindingen en eerdere gegevens op Tunesische NPC patiënten [29, 43]. Belgique om het genotype van EBVaGC stammen beter te definiëren en te vergelijken met die in verband met de NPC, voerden we de gedeeltelijke sequentie van exon 3 van het BNLF1-gen en ze vergeleken met het prototype B95-8 en anderen gepubliceerde sequenties uit Aziatische en Tunesische NPC EBV stammen [29, 43]. De Q334R, L338S en L338P werden gevonden in al onze EBV-isolaten en werden reeds gemeld in EBV stammen geassocieerd met NPC afkomstig uit China of Tunesië [29, 44]. De S366A specifiek voor EBV isolaten geassocieerd met NPC Tunesië en GC .. Immers, op basis van de vorige verslag van Edwards et al. , [44] beschrijft zeven fylogenetisch verschillende stammen van LMP1, kunnen we stellen dat de Tunesische isolaten een aanvullende groep vormen met een specifieke handtekening (T366A), maar deze hypothese moet bevestiging door sequentiebepaling van het volledige BNLF1-gen in deze isolaten. Volgens deze datum, stellen wij voor dat polymorfisme in het BNLF1 gen een extra argument in lijn met de anderen EBV polymorfismen (D-type, prototype F en Xhol +) ondersteuning van de ongelijkheid van EBV spanningen tussen de twee geografische regio's vormen.
Op de anderzijds hebben we eerder beschreven
anderen del-LMP1 varianten (69 bp en 81 bp deletie verspreid over codons 334-353 en 345-371, respectievelijk) in Tunesische NPC patiënten [29, 43]. Deze varianten werden niet gevonden en alleen de 30 bp del-LMP1 variant geïdentificeerd in alle EBVaGC gevallen reeds door Chen et al., In een grote studie uitgevoerd op Chinese GC patiënten [35].
Onze polymorfisme analyse van EBV isolaten gezonde dragers bleek een identiek genotype aan die van EBVaGC en NPC suggereert dat normale 'geografisch verspreid, maar niet geassocieerd met een specifieke maligniteit. In feite zou de ontwikkeling van EBV-geassocieerde maligniteiten worden gecorreleerd aan de variatie in mogelijke immuun herkenning in verschillende populaties en individuen, zoals voorgesteld door Edwards et al, [44].
Conclusie
De prevalentie van EBVaGC bij patiënten uit het zuiden Tunesië is 14,8%, wat zich binnen het bereik met gerapporteerde gegevens. De EBVaGC werd voornamelijk gevonden in de groep patiënten 45-60 jaar oud en EBV DNA niveau leeftijd tijdens de EBER status maagcarcinoom.
Bovendien EBV stammen geassocieerd Tunesië patiënten met GC of NPC delen een aantal overeenkomsten die suggereren waarschijnlijk dezelfde EBV stam worden geassocieerd met zowel tumoren. Al met al onze bevindingen ondersteunen de verschillende geografische spreiding van EBV stammen, maar niet hun beperking tot een bijbehorende maligniteit.
Verklaringen
Dankwoord
Dit werk werd ondersteund door een subsidie ​​van de Tunesische ministerie van hoge onderwijs en wetenschappelijk onderzoek . Wij wensen de heer M Jaoua bedanken voor sequencing faciliteiten.
Authors 'originele ingediende dossiers voor afbeeldingen
Hieronder staan ​​de links naar de auteurs oorspronkelijke ingediende dossiers voor afbeeldingen. 'Originele bestand voor figuur 1 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff Authors' 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff Auteurs originele bestand voor figuur 2 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff Authors 'originele bestand voor figuur 3 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff Authors' originele bestand voor figuur 4 Concurrerende belangen Ondernemingen De auteurs verklaren dat zij hebben geen concurrerende belangen.

• Een verhoging van integrine-gekoppeld kinase verleent niet-canoniek NF-KB gemedieerde groeivoordelen maagkanker cellen door activering van ERK1 /2
• Epstein-Barr virus geïnfecteerde maagdarmkanker uitdrukt latente en lytische virale transcripten en heeft een uitgesproken menselijk gen expressie profiel