PLOS ONE: riskbedömning för magcancer orsakas av Helicobacter pylori Använda CagA sekvensmarkörer

Abstrakt

Bakgrund

Som en markör för Helicobacter pylori
har Cytotoxin associerad gen A (cagA) har visat sig vara den viktigaste virulens faktor som orsakar gastroduodenala sjukdomar . Men de molekylära mekanismer som ligger bakom utvecklingen av olika gastroduodenala sjukdomar orsakade av cagA positiva H. pylori
infektion fortfarande okända. Aktuella studier är begränsade till utvärdering av sambandet mellan sjukdomar och antalet Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala (Epiya) motiv i CagA stammen. För att ytterligare förstå sambandet mellan CagA sekvens och dess virulens till magcancer, föreslog vi en systematisk entropi-baserad metod för att identifiera cancerrelaterade rester i de mellanliggande regionerna CagA och använde en övervakad maskin inlärningsmetod för cancer och icke-cancerfall klassificering.

Metodik

En entropi-baserad beräkning användes för att detektera viktiga rester av CagA intervenerande sekvenser som magcancer biomarkörer. För varje rest, båda kombi entropi och bakgrund entropi beräknas och entropi skillnaden användes som kriterium för val funktionen återstod. Särdragsvärdena matades sedan in stödvektormaskin (SVM) med Radial Basis Function (RBF) kärna, och två parametrar inställda för att få optimalt F-värdet med hjälp av rutnät sökning. Två andra populära sekvens klassificeringsmetoder, BLAST och hmmer, också tillämpas på samma data för jämförelse.

Slutsats

Vår metod uppnått 76% och 71% klassificering noggrannhet för västra och östra Asien subtyper, respektive, som utförs betydligt bättre än BLAST och hmmer. Denna forskning visar att små variationer av aminosyror i dessa viktiga rester kan leda till virulens variansen för CagA stammar som resulterar i olika gastroduodenala sjukdomar. Denna studie ger inte bara ett användbart verktyg för att förutsäga sambandet mellan den nya CagA stammen och sjukdomar, men också en allmän ny ram för att upptäcka biologiska sekvens biomarkörer i befolkningsstudier

Citation. Zhang C, Xu S, Xu D (2012) riskbedömning av Gastric cancer orsakad av Helicobacter pylori
Använda CagA sekvensmarkörer. PLoS ONE 7 (5): e36844. doi: 10.1371 /journal.pone.0036844

Redaktör: Niyaz Ahmed, University of Hyderabad, Indien

Mottagna: 13 november 2011. Accepteras: 11 april 2012, Publicerad: 15 maj 2012

• PLOS ONE: nedreglering av AP-4 hämmar proliferation inducerar cellcykelstopp och främjar apoptos i Human Gastric Cancer Cells
• PLOS ONE: Integrering av DNA-kopieantal Ändringar och transkriptions Expression Analys i Human Gastric Cancer