Baggrund
Som en markør for Helicobacter pylori Metode En entropi-baserede beregning blev anvendt til at påvise vigtige rester af CagA mellemliggende sekvenser som mavekræft biomarkør. For hver rest, blev både kombinatorisk entropi og baggrund entropi beregnes, og entropien forskel blev anvendt som kriterium for udvælgelse funktion rest. De har værdier blev derefter ført ind Support Vector Machines (SVM) med Radial Basis Function (RBF) kerne, og to parametre blev tunet til at opnå den optimale F-værdi ved hjælp af gitter søgning. To andre populære klassificering sekvens metoder, BLAST og HMMER, blev også anvendt til de samme data til sammenligning. Vores metode opnåede 76% og 71% klassificering nøjagtighed for vestlige og østasiatiske undertyper, henholdsvis som udføres betydeligt bedre end BLAST og HMMER. Denne forskning viser, at små variationer af aminosyrer i disse vigtige rester kan føre til virulens variansen af CagA stammer resulterer i forskellige gastroduodenale sygdomme. Denne undersøgelse giver ikke kun et nyttigt redskab til at forudsige sammenhængen mellem romanen CagA stamme og sygdomme, men også en generel ny ramme til påvisning af biologiske sekvens biomarkører i befolkningsundersøgelser Henvisning:. Zhang C, Xu S, Xu D (2012) risikovurdering af gastrisk kræft forårsaget af Helicobacter pylori Redaktør: Niyaz Ahmed, University of Hyderabad, Indien Modtaget: November 13, 2011; Accepteret 11. april 2012; Udgivet: 15. maj 2012
har Cytotoksin-associeret gen A (CagA) blevet afsløret for at være den vigtigste virulens faktor, der forårsager gastroduodenale sygdomme . Imidlertid er de molekylære mekanismer, der ligger til grund for udviklingen af forskellige gastroduodenale sygdomme forårsaget af CagA-positive H. pylori
infektion fortsat ukendt. Aktuelle undersøgelser er begrænset til evalueringen af korrelationen mellem sygdomme og antallet af Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala (EPIYA) motiver i CagA stamme. For yderligere at forstå forholdet mellem CagA sekvens og dens virulens til mavekræft, foreslog vi en systematisk entropi tilgang til at identificere de kræftrelaterede rester i de mellemliggende regioner CagA og ansat en overvåget maskine indlæringsmetode for kræft og ikke-kræfttilfælde klassificering.
Konklusion
Brug CagA Sequence Markers. PLoS ONE 7 (5): e36844. doi: 10,1371 /journal.pone.0036844
Apoptose er en vigtig formidler af patogenese i infektion med coronavirus fra dyr
Hvis du er over 50,
Probiotika som adjuvant behandling til COVID-19-patienter
Hvide blodlegemer og deres rolle i hjernen
Mundskyl påvirker effekten af træning
Genetik kan påvirke sammensætningen af mikrobiomet mere end miljøfaktorer
Infliximab kan hindre effektiviteten af nogle COVID-19-vacciner
Da mange lande bliver hårdt ramt af gentagne bølger af alvorlig akut respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infektion, med tilhørende høje symptomer på coronavirus-sygdom 2019 (COVID-19), fr
Visse bakteriearter kan øge hiv -risikoen hos kvinder,
finder en ny undersøgelse En nylig undersøgelse offentliggjort i Lancet infektionssygdomme, beskriver syv arter af vaginale bakterier, der kan øge risikoen for HIV -infektion betydeligt hos kvinder
Vestlig kost kan øge risikoen for 'dødelig sepsis',
advare eksperter Ny forskning udført ved Portland State University tyder på, at den vestlige kost kan øge risikoen for alvorlig sepsis og dødelighed fra infektionen. orkanhank | Shuttersto