Background VerfÜgung
Als Bewaacher vun Helicobacter pylori VerfÜgung, Cytotoxin-verbonne Gentherapie a (cagA) ass réischt den groussen virulence Faktor dauernd gastroduodenal Krankheeten ze ginn. Allerdéngs, d'molekulare Mechanismen, datt d'Entwécklung vu verschiddene gastroduodenal Krankheeten déitlech cagA-positiv H underlie. pylori VerfÜgung Wonn bleiwen onbekannt. Aktuell Studien sinn fir d'Evaluatioun vun der Korrelatioun tëscht Krankheeten an d'Zuel vun Glu-Pro-Île-Tyr-Ala (EPIYA) motifs an der CagA Deformatioun limitéiert. Fir weider der Relatioun tëscht CagA Haaptrei verstoen a seng virulence zu gastric Kriibs, proposéiert mer eng systematesch entropy-baséiert Approche déi Kriibs-Zesummenhang Reschter vun der Matsproocherecht Regioune vun CagA z'identifizéieren an ugestallten engem iwwerwaachten Maschinn Léieren Method fir Kriibs an Net-Kriibs Fäll Klassifikatioun. VerfÜgung Methodik VerfÜgung an entropy-baséiert Berechnung Schlëssel Reschter vun CagA Matsproocherecht Message als gastric Kriibs uweist z'entdecken benotzt gouf. Fir all Ermächtegung, sech souwuel combinatorial entropy an Hannergrond entropy berechent, an der entropy Ënnerscheed war als Kritär fir Fonktioun Ermächtegung Auswiel benotzt. D'Fonktioun Wäerter sech dann mat der Radialvitesse ëmmer Funktioun (RBF) sätzt an Support Vecteure iwwerhuelen (SVM) es, an zwee Parameteren sech loune andems Gitter Sich der optimal F Wäert ze kréien. Zwee aner populär Haaptrei Klassifikatioun Methoden, d'Héichuewen an HMMER, waren och un der selwechter Daten fir Verglach applizéiert. VerfÜgung Conclusioun VerfÜgung Eis Method erreecht 76% an 71% Klassifikatioun Genauegkeet fir Western an Osten asiatësch bestemmt, respektiv déi, déi wéi Héichuewen an HMMER bedeitend besser gesuergt. Dëst Fuerschung weist, datt kleng Variatioune vun Aminosaier Saieren zu deene wichtege Reschter un der virulence Varianz vun CagA analyséieren an eventuell a verschiddene gastroduodenal Krankheeten doraus. Dës Etude stellt net nëmmen e nëtzlechen Outil d'Korrelatioun tëscht de Roman CagA Efforten a Krankheeten, mä och eng allgemeng nei Kader fir z'entdecken biologescher Haaptrei biomarkers zu Populatioun Studien ze soe VerfÜgung Fro:. Zhang C, Xu S, Xu d (2012) Risk Assessment vun Gastric Cancer déitlech Helicobacter pylori VerfÜgung CagA liichtkraaftarm lues benotzt. PLoS NËMMEN 7 (5): e36844. Doi: 10.1371 /journal.pone.0036844 VerfÜgung Redakter: Niyaz Ahmed, Universitéit vun Hyderabad, Indien VerfÜgung Arnaque: 13. November 2011; Akzeptéiert: 11. Abrëll 2012; Publizéiert: Mee 15, 2012 VerfÜgung Copyright: © 2012 Zhang et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung Funding:. Dës Aarbecht war deelweis vum US National Institut Gesondheetsminister [heimat Zuel R21 /R33 GM078601] an International Exchange a Kooperatioun Office vun Nanjing Medical University, China ënnerstëtzt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung Helicobacter pylori (H. pylori) VerfÜgung engem Gramm-negativ Wendel-formt ass Bakterie de Mënsch Mo. inhabiting a méi ewéi d'Halschent vun der Welt d'Bevëlkerung Droberoderin [1], [2], [ ,,,0],3]. Rezent Etuden hu gewisen, datt et mat gastroduodenal Krankheeten, dorënner ausléisen ulcers [4], gastric ulcers [5] a chronescher gastritis verbonnen ass. Méi wichteg ass, ass et e groussen Risiko Faktor fir gastric Kriibs entwéckelt [6], [7], [8]. Et ass als eng Klass 1 Mënsch carcinogen vun der säit 1994 Weltgesondheetsorganisatioun séiert [1]. VerfÜgung Als Bewaacher vun H. pylori VerfÜgung, déi Cytotoxin-verbonne Gentherapie A (cagA) gouf duerch weider analyséiert ginn d'grouss virulence Faktor verroden. H. pylori VerfÜgung analyséieren Droen der cagA Gentherapie de Risk Faktor vun gastroduodenal Krankhéeten dräi klappt iwwer cagA-negativ analyséieren [6], [9], [10] Erhéijung. CagA, déi vun der cagA Gentherapie encoded ass, ass eng 125-140 kDa FAQ. Et enthält 1142-1320 Aminosaier Saieren an huet e verännerleche Regioun op der C-Uschloss Regioun an déi verschidde kuerz Message (wéi EPIYA Motif) 1-7 mol widderhuelen. No H. pylori VerfÜgung op der Uewerfläch vun der gastric epithelium colonizing, kann CagA duerch eng Zort IV secretion System an der gastric epithelial Zell translocated ginn. Eemol heijen de Provider Zell, localizes CagA fir de Plasma Membran a kann duerch Src-Famill tyrosine kinases op der konkreter tyrosine Reschter vun e fënnef-Aminosaier-Seier (EPIYA) Motif [11] phosphorylated ginn, [12], [13] , [14]. Tyrosine-phosphorylated CagA Photo'en da speziell fir SHP-2 tyrosine phosphatase 11,15 zu engem phosphorylase aktivéieren, déi de CASCADE Effekt bewierkt, datt mat der Signal transduction Passerelle vun de Provider Zell interferes, Virwaat zu enger Restrukturatioun vun de Provider Zell cytoskeleton an Opstellung vun hummingbird phenotype [11], [16]. Gläichzäiteg duerch activating mitogen-ageschalt FAQ kinase (MAPK), extracellular Signal-reegelen kinase (Erk) [17] an Brennwäit Haftung kinase (FAK), och Zell dissociation an infiltrative entholl Wuesstem CagA ka féieren [18], [19 ], [20], [21]. Esou engem Prozess mécht CagA engem wichtegst virulence Faktor am H. pylori VerfÜgung [22]. VerfÜgung An der Variabel Regioun vun CagA, et sinn e puer verschidden Matsproocherecht Message tëschent deenen EPIYA motifs. Eng Kopie vun EPIYA plus Matsproocherecht Haaptrei ass wéi eng EPIYA Segment identifizéiert. Véier eenzegaarteg Zorte vun EPIYA Segmenter goufen zu CagA, definéiert als EPIYA-A, -B, -C an -D [11] fonnt. D'CagA isoléiert aus Osten asiatesch Länner, designéierte den Osten asiatësch CagA, enthält EPIYA-A, EPIYA-B an EPIYA-D motifs. D'CagA aus westlechen Länner, EPIYA-D, ass duerch EPIYA-C ersat. Staark phosphorylation Motif bindend Aktivitéit vun der EPIYA-D Motif féiert zu méi morphological Ännerungen wéi wat d'EPIYA-C Motif a Personal Zellen verursaache kann [11]. Et ass dëst EPIYA-D Motif d'fräi bindend Aktivitéit an entstoent morphological Ännerungen datt et als potentiell Faktor identifizéiren der héijer Heefegkeet vun gastric Kriibs am Osten asiatesch Länner [23], [24] ze erklären. VerfÜgung virdrun Studien verroden eng Variant vun der Zuel vun EPIYA Motif Widerhuelung fir béid Osten asiatesch an Western CagA, déi biologesch Aktivitéiten Afloss kann. Näämlech et al. [25] fonnt, datt zu Columbia an USA, de Géigner vun cagA-positiv H. pylori VerfÜgung gastric mucosal atrophy an intestinal metaplasia zu Ursaach kéint zu der Zuel vun EPIYA motifs an der CagA Klischee ze dinn ginn. Argent et al. [16] huet spéider zu der selwechter Conclusioun. Allerdéngs goufen Géigendeel Meenungen vun Lai et al publizéiert. [26] baséiert op Conclusiounen vum keng Relatioun tëschent der Zuel vun EPIYA motifs an der CagA Efforten a Krankheete Krankheet bannent 58 aus Taiwan isolates. Opgrond vun der Gréisst a geographesch begrenzten Dauer vun dësen Studien, ass d'Validitéit vun Konklusioun Foul. Huel vun der Zuel vun de EPIYA Motif Widerhuelung, der Haaptrei Ënnerscheed vun analyséieren an eis Regiounen kéint och e wesentlechen Ënnerscheed vun virulence Ursaach, déi zu de verschiddene pathogenic Fähegkeeten vun H beschäftegen kéinten. pylori VerfÜgung [27]. VerfÜgung Well vun der komplex an abezuelt Message vun CagA, d'Relatiounen tëscht der polymorphism vun CagA a Krankheete Krankheete ginn eng ganz interessant Fuerschung Problem. Allerdéngs, d'molekulare Mechanismen datt verschidden gastroduodenal Krankheeten déitlech cagA-positiv H underlie. pylori VerfÜgung Wonn bleiwen onbekannt. Bis elo Meeschter Studien nach zu der Entdeckung oder Evaluatioun vun der Korrelatioun tëschent der Zuel vun CagA EPIYA motifs an Krankheeten limitéiert ginn [28]. VerfÜgung An dësem Pabeier, proposéieren mir eng systematesch Method ze analyséieren, net nëmmen d 'Zuel vun EPIYA motifs an e Message CagA mee och d'spezifesch Haaptrei Musteren Matsproocherecht Regiounen. Éischt, mir entropy Berechnung Aféieren vun de Pestiziden an der Variabel Regioun vun CagA wéi d'gastric Kriibs biomarkers z'entdecken. Dunn Employeure mir engem iwwerwaachten Léieren Prozedur Kriibs an Net-Kriibs ze klassifizéieren vun der Informatioun vun fonnt Reschter CagA wéi de Fonctiounen benotzt. Mir wielen Ënnerstëtzung Vecteure Maschinnen (SVM) wéi en Duebelstäresystem classifier a vergläichen eiser Method mat aneren. Eis Approche net nëmmen beweist eis Hypothes, datt d'Haaptrei vu verännerleche Regioun vun CagA Informatiounen enthält verschidde Krankheeten ze ënnerscheeden, mä déi och e nëtzlechen Outil d'Korrelatioun tëscht de Roman CagA analyséieren a Krankheeten ze soe an uweist wéi gutt ze entdecken. VerfÜgung Data Preprocessing VerfÜgung Baséierend op der viregter Beschreiwung vun Refus. [15], benannt mir de EPIYA Motif an de folgende Matsproocherecht Regiounen R1, R2, R3, R3, R4 a R4 "(Dorënner 1). Figur 2 weist d'Positioun Relatioun tëscht der EPIYA Motiv (R1) an aner Matsproocherecht Regioune mat de CagA Zorte A-B-D (Osten asiatësch subtype) an E-B-C (Western subtype) als Beispiller. R2 ass relativ ganze souwuel bestemmt conserved, mä et ginn grouss Ënnerscheeder tëscht der Matsproocherecht Regiounen R3 an R3 ", souwéi tëscht R4 an R4. Den Osten asiatësch subtype an der Western subtype sech als zwee onofhängeg Gruppen behandelt. Hir Donnéeën war dann Filteren an d'Resultater sech bannent all Grupp individuell analyséiert. VerfÜgung All Matsproocherecht Regiounen sech aus der CagA Message ofgebaut an huet an den entspriechende subtype Gruppen, an dann d'Pluralitéit Haaptrei Alignementer sech fir all Grupp individuell applizéiert andems Clustal X Versioun 2.0.3 [29]. De Message Profiler (Dorënner 1) huet andems der Weblogo 3 gebaut [30]. VerfÜgung Ermächtegung Detektioun VerfÜgung Well CagA fir bal all gastroduodenal Krankheeten an einfach Analyse vun EPIYA Motif Widerhuelung Zesummenhang ass et net nozeginn keng statistesch relevant Ënnerscheeder tëschent deenen Krankheeten, kéint verstoppt an d'Matsproocherecht Regiounen d'Informatiounen enger bestëmmter Krankheet ugëtt. Dëst Fuerschung dervun aus, datt et eng Rei vu Pestiziden oder Ermächtegung Kombinatioune ass, datt als Bewaacher vun enger bestëmmter Krankheet nëtzlech ginn hätt. Dës Etude ass axéiert op d'gastric Kriibs an notzt de Kriibs /Nët-Kriibs Gruppen wéi d'Beispill. VerfÜgung Baséierend op déi bestëmmen Message fir all Matsproocherecht Regioun, spezifesch Reschter andeems d'Differenz vun combinatorial entropy identifizéiert sech [31] tëscht dem Kriibs an Net-Kriibs Gruppen. Dës Prozedur beinhalt dëse Schrëtt: VerfÜgung Éischt vun all, mir ausgewielten Multiple Alignementer fir all Matsproocherecht Regiounen an zwou Gruppen agedeelt: gastric Kriibs Grupp an Net-Kriibs Grupp. Fir all Kolonn vu multiple Alignementer, mir den Hannergrond entropy (. Verstoen 1) an der combinatorial entropy (. Verstoen 2) auszerechnen, beschriwwen wéi follegt zesummen: (1) wou stellt d'Zuel vun Message am Grupp k VerfÜgung. bedeit d'Zuel vun Reschter vum Typ vun de Kolonne i vun group VerfÜgung k VerfÜgung. d'Zuel vun Reschter vum Typ ass an de Kolonne i VerfÜgung. den Total vun de Message vun Formatioun duerstellt (2) wou VerfÜgung der entropy Ënnerscheed tëscht der combinatorial entropy an den Hannergrond entropy Dunn ass berechent:.. (3) VerfÜgung Dorënner 3 illustréiert de entropy Konzept mat dräi extrem Fäll. Am Fall P1, sinn der Héicht Saieren iwwer all Gruppen "zoufälleg an uniform verdeelt" an et ass kee méi Muster fir dës Positioun conserved. Fall P2 stellt eng 'global conserved "Muster an all d'Héicht Saieren sinn déi selwecht ganze béid Gruppen. Am Fall P3, sinn e puer spezifesch Aminosaier Saieren nëmmen besonnesch Gruppen conserved, a verschidde Gruppen hun verschidden Aminosaier Saieren. Mir ruffen dësem Fall "lokalen conserved". VerfÜgung Laut der Berechnung Resultater vun der entropy Ënnerscheed fir d'virun dräi Fäll, déi combinatorial entropy ass fir souwuel "global conserved" a Fäll 'lokalen conserved ". Fir 'zoufälleg an uniform verdeelt "Fall, kritt de Maximum Wäert. Mir kënnen de "conserved 'an' zoufälleg an uniform verdeelt" Fäll z'ënnerscheeden op der combinatorial entropy baséiert, mä et hëlleft aus all "lokalen conserved 'Sacoche net Kiischt" conserved' Fäll. Wann mir den Hannergrond entropy gläichzäiteg betruecht, kritt de Maximum Wäert, 0 a mëttelfristeg Wäert fir de Fall, zoufälleg an uniform verdeelt "Fall" global conserved "Fall" lokalen conserved ", bzw.. Endlech, sinn d'Ennerscheeder fir d'virun dräi Fäll :,, an domat de Minimum Wäert. Dofir, ass de entropy Ënnerscheed engem adäquate Miessung engem "lokalen conserved 'Haaptrei Muster fir z'entdecken. VerfÜgung Spillfilmer-entropy Verrechne VerfÜgung Baséierend op der uewen Berechnung, kann et sech ginn, datt korrekt Glidderung minimiséieren kann der entropy Ënnerscheed fir déi Reschter un der "lokalen conserved 'Fall gehéiert. Zu engem Test Leeschtunge, ass een Haaptreiestär ausgewielt, während de Rescht vun de Message an enger gastric Kriibs Grupp opgedeelt sinn an engem Net-Kriibs Grupp. Fir all ausgewielt Pestiziden, ass de ausgewielt Haaptrei an der gastric Kriibs Grupp Faarwe entropy Ënnerscheed ze berechnen, an dann ass et an Net-Kriibs Grupp Faarwe bis den entspriechende entropy Ënnerscheed kréien. Endlech, ass fir all ausgewielt Reschter kritt, datt den Fonktioun entropy benotzt ginn. VerfÜgung Course vun CagA Message VerfÜgung Mir gesichte der National Center fir Déi Information (NCBI de Schwäizer-PROT /Dovun ofgesinn an DDBJ FAQ Datebank), a kritt 535 analyséieren vun H. pylori VerfÜgung CagA FAQ. Ënnert hinnen, sinn et 287 Osten asiatësch subtype analyséieren an 248 Western subtype analyséieren. Am Oste asiatësch subtype Grupp, 47 aus 287 analyséieren sinn aus gastric Kriibs Patienten an de Rescht sinn aus anere Krankheeten. An der Western subtype Grupp, sinn et 37 analyséieren aus der gastric Kriibs Patienten, an d'Reschter sinn aus aner Krankheeten oder déi normal Kontrollen, dorënner 24 analyséieren vu Fräiwëlleger hir Gesondheet (Krankheet) Zoustand war onbekannt. VerfÜgung Dorënner 4 weist d'fort fun der Strooss vun der Klassifikatioun /Cepheid Prozedur: VerfÜgung e grousse Problem eng Klassifikatioun Modell an dësem Fall am Gebai ass de groussen Ënnerscheed vun der Echantillonen tëscht Kriibs an Net-Kriibs Gruppen, déi de Westen an d'Klassifikatioun Resultater Ursaach kéint. A bootstrapping Prozedur applizéiert dëst Thema ze Adress. An all subtype Grupp, fir all Training /Test Donnéeën baut, all Net-Kriibs Echantillon waren abegraff, an da waren analyséieren kontinuéierlech aus dem Kriibs Grupp bis Erréchen der selwechter Gréisst vun der Net-Kriibs Grupp op engem zoufälleg Basis zréckgräifen. An dësem Fall, all d'Donnéeë sinn benotzt goufen obwuel Kriibs Echantillon Multiple mol entscheet hir kleng Gréisst am Verglach zu den Net-Kriibs Grupp geheescht huet. Dës Prozedur huet fënnef Mol applizéiert fënnef onofhängeg Ausbildung capabel fir all Test Haaptrei ze generéieren. Der Klassifikatioun /Cepheid Resultat ass d'Moyenne vun deene fënnef onofhängeg Resultater. VerfÜgung Well d'Donnéeën Gréisst ass kleng, e Congé-eent-out (LOO) Kräiz-Confirmatioun Prozedur war gesuergt. Dëst ass net nëmmen eng Evaluatioun vun der classifier Leeschtung op Formatioun /Test Daten, mä och eng Schätzung vun Cepheid Muecht fir Roman Fäll. VerfÜgung Mir kucke SVM wéi Duebelstären classifier a benotzt d' Fonktioun-entropy vectors ze trainéieren an der classifier Test. Am Fall vun zwou-Klass mëll Spillraum klasséieren, ass d'Decisioun Funktioun enger déifgräifender Kris definéiert linear geschéckt wéi follegt zesummen: (4) wou duerstellt engem User-definéiert sätzt Funktioun datt souvill tëscht de staatlechen Fonktioun Vecteure an der Fonktioun vectors am Training Mesuren Donnéeën. ass d'Gewiicht un der Formatioun Fonktioun Vecteure unerkannten an beweist ob engem CagA Deformatioun mat de positive Klass (+1) oder negativ Klass (-1) ausgezeechent gouf. D'primal Akeef Problem hëlt Form: minimiséieren (5) Thema ze (6) wou. m ass den Total vun analyséieren. ass e Slack ofwiesselnd déi d'Ausmooss vun misclassification vun der datum Mesuren. ass e kascht Parameter déi fir Ouvertureszäiten ugefaangen Training Fehler géint Modell Komplexitéit erlaabt. w ass déi normal Vecteure an b ass d'Police. VerfÜgung Nodeems een d'Resultater vun polynomial, tanh an Gaussian radial Basis kernels, d'Resultat mat der RBF sätzt kritt hunn de beschten, wou de Gaussian radial Basis kernels (RBF :) sinn fir léieren allgemeng-Zweck wann et kee Wësse iwwer d'Donnéeën ass. D'SVM Fir d'Leeschtungsfähegkeet vun classifier, eng ganz Rei vu Leeschtunge Mesuren applizéiert ginn ze diskutéieren:.. Richtegkeet, Empfindlechkeet a Spezifizitéit. Eng richteg positiv (TP) ass e Kriibs-Zesummenhang steet, wéi sou kléngen, iwwerdeems e falschen positiv (voll) engem Net-Kriibs am Zesummenhang steet, klassifizéiert als Kriibs-Zesummenhang ass, eng falsch negativ (Virun engem Joer souguer) e Kriibs am Zesummenhang steet, als Net séiert ass -cancer dinn an eng richteg negativ (TN) ass am Zesummenhang mat engem net-Kriibs am Zesummenhang steet, als net-Kriibs klassifizéiert. Der Richtegkeet, Empfindlechkeet (SN), Spezifizitéit (sp) an Matthews Korrelatioun souguer gemaach ginn (MCC) vun Klassifikatioun definéiert ass wéi follegt: (7) (8) (9) (10) Well et nëmmen zwee Punkten fir de RBF sätzt ginn a si sinn onofhängeg, applizéiert mir eng Course-Sich der optimal Parameter vun classifier ze bestëmmen. Mir ginn eng Museksschoule heescht vun Empfindlechkeet a Spezifizitéit als Zil Funktioun der Leeschtung vun de Modell fir d'Ausbildung Formatioun ze optimiséieren, déi wéi follegt definéiert ass: VerfÜgung (11) Ermächtegung Detektioun an Fonktioun Verrechne VerfÜgung Table 1 Lëschte all fonnt Schlëssel Reschter vun der entropy Ënnerscheed zu all Matsproocherecht Regioun fir béid Western an Osten asiatësch bestemmt Paien. Obwuel et eng geographesch Variatioune vun CagA Message tëschent de westlechen an Osten asiatësch bestemmt sinn, hätt e puer gemeinsam Reschter nach de Kriibs an Net-Kriibs Gruppen z'ënnerscheeden fonnt ginn. Et hindeit datt déi Reschter ganz wichteg wier d'virulence vun CagA an der Relatioun tëscht CagA an e puer spezifesch Krankheeten bestëmmend. VerfÜgung D'Ermächtegung Positiounen an Dorënner 5. A leschter Etude gewise ginn [27] verréid eis, datt déi verschidde EPIYA Segmenter zu de verschiddene kinases festleeën, zB, EPIYA-R2 an EPIYA-R3 /R3 "kruet fir d'C-Uschloss Src kinase (Csk) iwwerdeems EPIYA-R4 an EPIYA-R4" kruet fir d'SHP-2 kinase ze féieren der hummingbird phenotype. D'CagA-Csk Interaktioun verwandelt-reguléieren CagA-SHP-2 sécher, datt bewosst Funktiounen perturbs der virulence vun CagA ze kontrolléieren. Et ass fonnt ginn, datt déi meescht Réckstänn vu Pestiziden gehéieren zu R2 an R3 /R3 'Regiounen a puer Reschter R4 /R4' Regioune fonnt goufen. Dëst kann well R4 /R4 'méi conserved Haaptrei wéi R2 huet, an R4 /R4 "ass méi kuerz wéi R3 /R3. Mir proposéieren, dass déi verschidden Ermächtegung Musteren an R2 oder R3 /R3 'Regiounen kéint d'Fähegkeet vun verwandelt-Regulatioun CagA-SHP-2 sécher änneren, also d'virulence vun CagA änneren. VerfÜgung Ren et al. datt CagA multimerizes zu mammalian Zellen fonnt [33]. Dëst multimerization ass onofhängeg an der tyrosine phosphorylation, mee et ass un der "FPLxRxxxVxDLSKVG" Motif Zesummenhang wat CM Motiv an der R3 'Matsproocherecht Regioun benannt ass. Zënter der multimerization eng Viraussetzung fir déi komplex a Kierzunge Dereguléierung vum SHP-2 CagA-SHP-2 ass sécher, spillt d'CM Motiv eng wichteg Roll an cagA-positiv H. pylori VerfÜgung -mediated gastric pathogenesis. Mat méi CM motifs H. pylori VerfÜgung analyséieren sinn vill wahrscheinlech mat schwéieren gastroduodenal Krankheeten verbonne [33], [34], mä dës Observatioun kënnen net erklären, firwat verschidde ka gastroduodenal Krankheeten mat der exakt selwechter Zuel vun CM motifs entwéckelt ginn. Eis Etude nogewise zwee Reschter vun der CM Motiv vun R3 'Matsproocherecht Regioun, déi zu der Ännerung vun multimerization Féierung kéint, sou de virulence vun CagA änneren. Dëst ass an konsequent mat enger viregter Entdeckung [35], datt d'Haaptreieband Ënnerscheed tëschent der Ost asiatësch CM an der Western CM der bindend Affinitéit tëscht CagA an SHP-2 bestëmmt. VerfÜgung Während de Schlëssel Reschter fonnt puer Ënnerscheed opgedeckt kënne tëschent Kriibs an net-Kriibs Gruppen, keng eenzeg Ermächtegung kann engem Bewaacher fir Kriibs ginn wéi an Dorënner dës 5. Dëst Fuerschung renomméierter däitscher Zeitung, dass ee speziell Kombinatioun vun all oder partiell fonnt Reschter eng héich Korrelatioun mat engem besonnesch Krankheet hätt. Fir z'iwwerpréiwen, méi linear statistesch Modeller, e.g. linear Réckgang an Logistikzenter Réckgang, sech un de geneeë Fonctiounen applizéiert d'Bedeitung vun all Ermächtegung an der Korrelatioun tëscht ausgewielt Pestiziden an Kriibs ze diskutéieren. Mä keng vun uewen Modeller konnten eng statistesch relevant Resultat ze produzéieren. Zanter de Fonctiounen kann net vun einfache linear Modeller fir en Kriibs, Kandidatur enger Maschinn Léieren Method geluecht ginn dës Donnéeën ze analyséieren a klassifizéieren gëtt néideg. VerfÜgung Parameter Training fir Course VerfÜgung der Western subtype Grupp benotzt als d'Beispill, war e lockere Course-Sich standing éischt op an (d'Grondidee 6A) a fonnt, datt de beschte ronderëm ass den héchste F Wäert mat der LOO Kräiz-Confirmatioun Taux 76% ze kréien. Dann eng wichteg Gitter Sich war op der Noperschaft gehaal an eng besser F Wäert gouf op mat 79,7% LOO Kräiz-Confirmatioun kritt. Déi selwecht Prozedur war fir den Osten asiatësch subtype Grupp an déi bescht LOO Kräiz-Confirmatioun Taux war 72,6% op erreecht geheescht. VerfÜgung Well et gi keng virdrun Studien oder computational Methoden op de selwechte Sujet, d'Leeschtungsfähegkeet vun dëser bewäert Fuerschung senger neier Method ass schwéier. Fir d'Informatiounen Inhalt vun de Message vun Conditioune vun hirem een zu Muecht bewäerten Kriibs, e zoufälleg passéieren Prozedur ze soe war ugestallten d'Kontroll Grupp ze bauen. Éischt, all Message vun der Western subtype sech zesumme gesat engem Haaptrei Pool ze bauen. Zweet, mir erausgesicht zoufälleg der selwechter Zuel vun Message Kriips Grupp aus der Haaptrei Pool a behandelt de Rescht vun de Message als Net-Kriibs Grupp. Dunn, war de ganzen Training Prozedur fir nei geschoss Donnéeën applizéiert déi bescht ze fannen. D'virun Schrëtt goufen fënnef Mol widderholl fënnef onofhängeg geschoss Donnéeë liwweren ze generéieren. Déi eng mat der héchster F VerfÜgung Wäert, dee war 46,6% fusionnéiert ausgewielt a seng contour Komplott ass zu Dorënner 6B gewisen. Dës Borschte passéieren Evaluatioun war och fir d'East asiatësch subtype Donnéeën applizéiert an de beschte F VerfÜgung Wäert gouf op 54,3%. Wann déi zwee Terrainen weist de groussen Ënnerscheed vun F VerfÜgung Wäerter tëscht der Daten mat richteg Glidderung vum Kriibs an Net-Kriibs Fäll am Training an de beschte zoufälleg geschoss Daten. D'Resultat seet, datt d'Matsproocherecht Regioune sinn praktesch tëscht dem Kriibs an Net-Kriibs Gruppen an eiser Method fir z'ënnerscheeden kann effektiv d'Informatioune benotzen. VerfÜgung Course Performance VerfÜgung Et sinn haaptsächlech dräi Kategorië vun der Haaptrei Klassifikatioun Methoden: Fonktioun baséiert, Haaptrei Distanz baséiert an Modell baséiert. D'Method, déi mir an dësem Pabeier beschriwwe gehéiert zu der Fonktioun-baséiert Kategorie. Mir ausgewielt zwee vun de beléifsten Haaptrei Klassifikatioun Tools wéi d'Vertrieder Methode vun aneren zwou Kategorien fir Verglach. Héichuewen [36] war fir d'Haaptrei Distanz baséiert Kategorie gewielt, well et am meeschte verbreet benotzt Haaptrei Verglach Outil ass. Fir d'Model-baséiert Kategorie, déi verstoppte Markov Modell den typesch Method fir Haaptrei Analyse ass a sengem oft benotzt Outil, HMMER [37], ausgewielt gouf. Fir d'Klassifikatioun Prozedur vun zwee Héichiewen an HMMER, déi mir de standard Parameter vun der Handwierksgeschir, applizéiert der selwechter LOO Kräiz-Confirmatioun wéi eis Method, a benotzt déi selwecht Formelen Evaluatioun an der Rubrik Language opgezielt. VerfÜgung Table 2 Lëschten der Klassifikatioun Resultater fir all dräi Methoden. D'SVM Method stécht vill besser wéi déi aner zwee Approche. Héichuewen erreecht hätten Genauegkeet fir d'Entropy-SVM Method, mä et virausgesot vill falsch Negativer mat niddereg Empfindlechkeet. HAMMER erreecht héich Empfindlechkeet mä mat klenge Spezifizitéit. Betruecht F VerfÜgung Wäerter a MCC VerfÜgung Wäerter, sinn d'Cepheid Resultater vum Héichuewen an HAMMER bal zoufälleg. VerfÜgung D'Resultat Klassifikatioun an der contour Komplott (Dorënner 6) eis staark Ënnerstëtzung Hypothesen, dat heescht, d'Informatioun vun der gewielter Reschter Regiounen an Matsproocherecht kann der Relatioun tëscht CagA Message an gastric Kriibs ze klassifizéieren benotzt ginn, obwuel den Ënnerscheed tëscht der Profiler vun Kriibs an net-Kriibs Gruppen net ganz staark ass. VerfÜgung Verglach mat de Verschidde Krankheeten VerfÜgung H. pylori VerfÜgung Wonn ass mat meeschte gastroduodenal Krankheeten assoziéiert, dorënner déi gastric Kriibs ass de schroosten een Hautkriibs méi wéi 700.000 Doudesfäll weltwäit all Joer [38]. Zanter H. pylori VerfÜgung ass en Haaptgrond Risk Faktor vun gastric Kriibs (GC), Entdeckung vun de Mechanismus vun H. pylori VerfÜgung mediating GC eng Haaptprioritéit Aufgab an dësem Beräich gëtt. Vergläichen ze aner Krankheeten, ass d'Diagnos Informatiounen vun GC vum ëffentlechen Donnéeën relativ korrekt, an et ass eng aner wichteg Grond op GC zu dësem Pabeier ze duerchbriechen. Eis Studien sinn ze GC net limitéiert, obschonns. Mir hu probéiert och de Relatiounen tëschent der Varianz vun CagA Message a verschidde Krankheeten ze diskutéieren. VerfÜgung Well déi meescht Date vum ëffentlechen Datenbanken ouni korrekt Diagnos Informatiounen gesammelt goufen, virun eiser Method fir CagA Donnéeën Kandidatur, mir curated manuell d'Krankheet configuréieren fir all analyséieren vun der Literatur iwwerpréift. Table S1 Lëschte der distributions vun grouss Krankheeten fir souwuel de westlechen an den Osten Asain subtype Gruppen. Wéinst der begrenzten Dauer vun Deformatioun Zuelen vun e puer Krankheeten, wéi atrophic gastritis (AG) an gastric oppent (Gu), mir erausgesicht séiere chronescher gastritis (CG) an ausléisen oppent (DU) wéi d'Kontroll Gruppen fir eng Evaluatioun. D'DU Grupp am Osten asiatësch subtype enthält 79 analyséieren, an engem bootstrapping Prozedur war fir all aner Gruppen applizéiert fir déi selwecht Unzuel vun analyséieren den Osten asiatësch DU Grupp maachen. Dëse Schrëtt garantéiert all Vergläicher op der Skala, well de Wäert vun combinatorial entropy op d'Zuel vun Message of. Mir benotzt Formel (3) de entropy Ënnerscheed vun all Positioun tëscht GC an CG /DU Gruppen ze berechnen, an dann an dobäi all entropy Differenzen als total Differenz tëschent GC an CG /DU Gruppen, wéi zu Table S2 gewisen. Mam Resultat tëscht zwou Gruppen am selwechten geographescher subtype (Osten asiatesch oder Western subtype) vergläichen, ass et konsequent mat de Medeziner Vue datt gastritis staark Relatiounen zu Kriibs huet wéi zu DU [39] (am Allgemengen, kéint gastritis Fäll enthale puer unreported oder Phänomen chronescher atrophic gastritis an intestinal metaplasia Fäll, mat deenen Patienten hunn en héije Risiko GC ze entwéckelen). der selwechter Krankheet-Pair tëscht zwee geographesch bestemmt, dat erklärt och d'virulent Ënnerscheed tëschent der Ost asiatesch an der Western bestemmt vun que. Zousätzlech, wéinst dem héije Ähnlechkeet tëschent verschiddene Krankheet Gruppe vun der subtype Osten asiatesch, souguer mat méi Daten, kënne mer ëmmer nach net déi selwecht Klassifikatioun Genauegkeet wéi de Western subtype Grupp erreechen. VerfÜgung Baséierend op der uewen Resultater, CagA Message weisen Potential Multiple gastroduodenal Krankheeten ze ënnerscheeden. Fir d'Klassifikatioun performant ze diskutéieren, déi mer DU Grupp Net-Cancer Grupp ze ersetzen, an dann huelen de ganze Klassifikatioun Prozedur erëm ouni bootstrapping, well déi zwee Krankheeten Gruppen ähnlecher gesin hun. Table S3 weist d'Klassifikatioun Resultater. Obschonn aus dem Medeziner Siicht, DU der negtive Korrelatioun mam GC ënnert all gastroduodenal Krankheeten huet [40], huet d'Klassifikatioun Leeschtung vun zwee subtype Gruppen nëmme liicht verbessert. Sou Kriibs-Zesummenhang CagA analyséieren kéint puer eenzegaarteg Haaptrei Musteren an all aner gastroduodenal Krankheeten ze vergläichen hunn. Dofir, tuning engem Ziel vun der Kontroll Grupp net fäheg sinn, kann d'Klassifikatioun Genauegkeet ze verbesseren. VerfÜgung Obwuel Fuerschung weist, datt et entsteet lues tëscht Kriibs Grupp an Net-Kriibs Grupp ze differenzéieren de groussen Profiler vun deenen zwou Gruppen, sinn ze ähnlech andems traditionell Methode fir z'ënnerscheeden zënter der CagA Message sinn allgemeng héich conserved. Dofir, do hu mer d'Informatiounen Pestiziden op Erkenntnesser, Quantifizéierung Informatiounen vun dësen ausgewielt Pestiziden, an andeems et dann eng classifier zu Design datt ob eng nei Haaptrei un de Kriibs Grupp gehéiert oder d'Net-Kriibs Grupp soe kann. Dës Method net nëmmen Schapp Liicht op d'Relatiounen tëscht CagA Message an gastric Kriibs, mä och e nëtzlechen Outil fir gastric Kriibs Diagnos oder Iwwregens hätt déi kënnen. VerfÜgung D'Mechanisme vun H. pylori VerfÜgung de verschiddene gastroduodenal Krankheeten dauernd nach net kloer sinn, awer et wahrscheinlech ass, dass verschidde gastroduodenal Krankhéeten H verursaacht. pylori VerfÜgung an der Matsproocherecht Regiounen puer Haaptrei Musteren Wonn deelen. Kleng Variatioune vun Aminosaier Saieren zu deene wichtege Reschter kéint zu der virulence Varianz vun CagA analyséieren an zu verschiddenen gastroduodenal Krankheeten doraus. Iwwerdeems CagA engem Bewaacher fir z'entdecken Potential Kriibs Risiko ginn hätt, eleng mat CagA all gastroduodenal Krankheeten ze z'ënnerscheeden ass net realistesch. Wéi eng Zukunft studéieren, wäerte mir nei Modeller entwéckelen, datt verschidde gastroduodenal Krankheeten aus cagA an aner Genen differenzéieren. VerfÜgung Aféierung VerfÜgung
Method VerfÜgung
Donnéeën. VerfÜgung
fort fun der Strooss. VerfÜgung
Bootstrapping. VerfÜgung
Cross-publizéieren. VerfÜgung
SVM. VerfÜgung
Performance Evaluatioun VerfÜgung
Resultater VerfÜgung
Diskussioun VerfÜgung
Ennerstëtzung Informatiounen VerfÜgung Table S1. . VerfÜgung zu all Krankheet Zuel vun analyséieren VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0036844.s001 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung Table S2. . VerfÜgung Total entropy Ënnerscheed tëscht gastric Kriibs an zwee aner Krankheeten Gruppen VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0036844.s002 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung Table S3. VerfÜgung Course Leeschtung tëscht gastric Kriibs an ausléisen oppent Gruppe fir souwuel de westlechen an den Osten asiatësch bestemmt VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0036844.s003 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung
Milchsäure Bakterien a Darmbakterien droen zu de gesondheetleche Virdeeler vum Roggen bäi,
Studie beschreift initial Baseline gesond Darmmikrobiom Datebank an Iwwerflossprofil
Vaginale Flëssentransplantatioun kann hëllefe fir widderhuelend bakteriell Vaginose ze behandelen
Erstellt eng kierperlech a genetesch Kaart vu Cannabis sativa
Raw Déierefudder e Risiko fir Mënschen an Déieren
Fuerschung verbënnt SARS-CoV-2 Prävalenz,
Nei Studie kéint hëllefen fatale Infektiounen bei Puppelcher ze vermeiden
Virzäiteg Puppelcher gebuer virum 28-30 Woche vum Liewen hunn e grousse Risiko fir vill Komplikatiounen, ënner deenen dChancen fir ze stierwen un enger Infektioun déi am Darm ufänkt ganz grouss sinn.
Genetesch Tweaking Darmbakterien reduzéiert de Risiko vu Kolorektalkriibs bei Mais fënnt Studie
Fuerscher hunn erausfonnt datt dVeraarbechtung vun de Genen vun de Bakterien, déi an den Darm vun de Mais präsent sinn, hëllefe kënnen dEntzündung an de verbonne Risiko vu kolorektalen Kriibs ze reduz
Eng Multi-Omics Approche fir d'Entwécklung vun Drogen géint COVID-19
Eng nei Studie verëffentlecht um Pre -Print Server medRxiv* am Mee 2020 bericht eng Multi-Omics Approche déi et méi einfach maache kann Drogen zentwéckelen déi effektiv géint COVID-19 sinn. Multi-Om