Pilotundersøgelse vil give data til yderligere test af tarmmikrobiomanalyse

Tarmmikrobiota, sammensat af mikroorganismerne, der lever i vores tarm, kan give os oplysninger om vores helbred, da dets sammensætning kan afhænge af faktorer såsom kosten, livsstilen eller vores patologier. I øvrigt, at vide, hvad specifikke bakterier er i vores tarm, kan hjælpe med at forudsige sygdomme som tyktarmskræft. Nye fremskridt inden for genom -sekventeringsmetoder, og bioinformatikværktøjer, der giver os mulighed for at analysere dataene, har hjulpet os med at identificere tusindvis af nye mikroorganismer, der er til stede i vores tarm gennem analysen af ​​deres genom.

Et team af forskere fra Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) og Catalan Institute of Oncology (ICO) har udført en pilottest i analysen af ​​tarmmikrobiotens genom. I dette studie, de analyserede, ved to forskellige sekventeringsmetoder, tyktarmsbiopsier og fækale prøver fra ni patienter. Målet har været at implementere sekventeringsteknikker og bioinformatik analyseværktøjer.

Det er den første undersøgelse af et projekt, der har til formål at være meget mere omfattende. De data, der er opnået i denne pilottest, vil tjene som grundlag for udformningen af ​​analysemetoden for Colonbiome -projektet. Dette brede projekt sigter mod at finde mikrobiotamarkører, der kan bruges til tidlig påvisning af tyktarmskræft. At gøre dette, tyktarmsbiopsier og fækale prøver vil blive indsamlet fra raske patienter og patienter i forskellige stadier af tyktarmskræft. Derefter sekventeres mikrobiotas genom for at identificere forskelle mellem grupper.

Data til rådighed for alle

Alle data indhentet i denne pilotundersøgelse er blevet registreret i European Nucleotide Archive, en offentlig og samarbejdende database, hvor alle former for genomiske sekvenser deles til gavn for hele det videnskabelige samfund. Ud over, alle resultaterne af denne første pilottest er blevet offentliggjort i Videnskabelige data tidsskrift, også en offentlig tidsskrift, hvor både sekvenserne og de anvendte bioinformatiske analysemetoder er detaljerede.

Denne undersøgelse har ikke kun til formål at være nyttig til gruppens fremtidige arbejde, men det sigter også mod at være nyttigt for alle forskningsgrupper, der udfører lignende analyser eller prøver nye bioinformatikværktøjer, der har åben adgang til alle de resultater, der er opnået i denne undersøgelse. Ud over, forskerne forsikrer om, at de også vil offentliggøre alle detaljerne i de efterfølgende undersøgelser, at fortsætte med at bidrage til samarbejde og fremskridt på området.

De to sekventeringsmetoder

To sekventeringsmetoder blev sammenlignet i undersøgelsen:16’erne og haglgeværet. Den første er fokuseret på sekvensen af ​​et enkelt gen af ​​mikroorganismerne, mens den anden giver os den fulde sekvens af hele genomet. Selvom sekventeringen af ​​et enkelt gen indebærer mindre følsomhed, det kan være billigere. Desuden, sekvensering af et gen, der kun er til stede i mikrobiotaen, giver os mulighed for at analysere biopsiprøver uden indblanding af det menneskelige genom. Derudover pilottesten har vist, at begge teknikker er konsistente. Selvom komplet sekventering er mere følsom og kan skelne flere arter af mikroorganismer, resultaterne er ikke modsigende for single-gen sekventering.

• TGen intensiverer test for COVID-19 for at bekæmpe den globale sundhedstrussel
• Redaktionen udfordrer det amerikanske sundhedssystem til at genoverveje konventionel pleje af diverticulitis