Los investigadores desarrollan una herramienta que agiliza el análisis y la publicación de datos biomédicos

Investigadores de la Escuela de Medicina Icahn en Mount Sinai han desarrollado una herramienta que acelera el análisis y la publicación de datos biomédicos de muchos meses o años a meros minutos. transformando la forma en que los investigadores comunican los resultados de sus estudios. Hasta ahora, El método principal disponible para compartir datos de investigación biomédica ha sido la publicación impresa en revistas científicas. La nueva herramienta BioJupies, se basa en tecnologías en la nube para analizar y visualizar grandes cantidades de datos, como el adquirido por secuenciación del genoma, como se describe en la edición de noviembre de 2018 de Sistemas celulares .

La secuenciación de ARN es el método experimental más común utilizado para perfilar las células en la investigación biomédica. En años recientes, La tecnología de secuenciación ha revolucionado la forma en que los científicos examinan los datos genéticos, y este avance juega un papel crucial en el descubrimiento y desarrollo de fármacos. Tradicionalmente, El análisis de secuenciación de ARN requiere amplios conocimientos de programación informática y acceso a instalaciones informáticas locales de alto rendimiento. ralentizar la velocidad a la que se pueden analizar los datos biomédicos, compartido, y publicado.

A través de la creación de BioJupies, los usuarios ahora pueden cargar y analizar sus datos de secuenciación de ARN en una fracción del tiempo que se hacía anteriormente. La plataforma utiliza una tubería de computación en la nube que reduce el costo del procesamiento de datos de secuenciación de ARN a menos de un centavo por muestra. BioJupies también produce un completo, fuente abierta, informe interactivo de los datos procesados que permite 300, 000 conjuntos de datos de secuenciación de ARN disponibles públicamente para obtener, reanalizado, y reutilizados para reforzar la investigación biomédica.

"A medida que la cantidad de datos biomédicos generados sigue aumentando exponencialmente, también deberían hacerlo las herramientas utilizadas para analizarlas y compartirlas, "dijo Avi Ma'ayan, Doctor, Director del Centro de Bioinformática Mount Sinai, Profesor, Departamento de Ciencias Farmacológicas, facultad del Instituto Icahn de Ciencia de Datos, y autor principal de la publicación. "BioJupies no solo acelera la forma en que analizamos e interpretamos los datos, pero también proporciona una forma completamente nueva de compartir resultados con la comunidad de investigación global ".

Dado que las nuevas tecnologías genómicas han permitido la recopilación de cantidades masivas de información biomédica que se puede aprovechar para los esfuerzos de la medicina de precisión, accesibilidad, interoperabilidad, y la reutilización de estos datos se ha vuelto crucial para la investigación científica. BioJupies allana el camino para que los investigadores sin experiencia computacional realicen análisis de secuenciación de ARN sin la necesidad de colaborar con bioinformáticos, permitiendo que prosperen más avances médicos y científicos en nuestro mundo rico en datos.

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