PLOS ONE: Évaluation du risque de cancer gastrique provoqué par Helicobacter pylori Utilisation CagA séquence Marqueurs

Résumé

Contexte

En tant que marqueur de la Helicobacter pylori
, cytotoxine associé gène A (cagA) a été révélé être le principal facteur de virulence causant des maladies gastro-duodénaux . Cependant, les mécanismes moléculaires qui sous-tendent le développement de différentes maladies gastro-duodénaux causés par cagA-positif H. pylori de l'infection reste inconnue. Les études actuelles sont limitées à l'évaluation de la corrélation entre les maladies et le nombre de Glu-Ile-Tyr-Ala Pro (Epiya) motifs dans la souche CagA. Pour mieux comprendre la relation entre la séquence CagA et sa virulence au cancer gastrique, nous avons proposé une approche basée sur l'entropie systématique pour identifier les résidus liés au cancer dans les régions intermédiaires de CagA et utilisé une méthode d'apprentissage de la machine supervisée pour les cas de cancer et de non-cancer classification.

Méthodologie

Un calcul basé sur l'entropie a été utilisé pour détecter les résidus clés de CagA séquences intermédiaires comme biomarqueur du cancer gastrique. Pour chaque résidu, à la fois l'entropie combinatoire et l'entropie de fond ont été calculés, et la différence d'entropie a été utilisé comme critère de sélection de caractéristique de résidu. Les valeurs de caractéristiques ont été ensuite introduits dans Support Vector Machines (SVM) avec le noyau Radial Fonction de base (RBF), et deux paramètres ont été réglés pour obtenir la valeur F optimale en utilisant la recherche de la grille. Deux autres méthodes de classification de séquence populaires, BLAST et HMMER, ont également été appliquées aux mêmes données pour la comparaison.

Conclusion

Notre méthode atteint 76% et 71% de précision de classification pour l'Asie occidentale et de l'Est sous-types, respectivement, qui ont effectué beaucoup mieux que BLAST et HMMER. Cette recherche indique que les petites variations d'acides aminés dans les résidus importants pourraient conduire à la variance de la virulence des souches CagA résultant de différentes maladies gastro-duodénaux. Cette étude fournit non seulement un outil utile pour prédire la corrélation entre la nouvelle souche et les maladies CagA, mais aussi un nouveau cadre général pour la détection de biomarqueurs de séquences biologiques dans les études de population

Citation:. Zhang C, Xu S, Xu D (2012) évaluation des risques de cancer gastrique causé par Helicobacter pylori
Utilisation CagA Sequence marqueurs. PLoS ONE 7 (5): e36844. doi: 10.1371 /journal.pone.0036844

Editeur: Niyaz Ahmed, Université de Hyderabad, en Inde

Reçu le 13 Novembre 2011; Accepté le 11 Avril 2012; Publié: 15 mai 2012

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