Znanstvenici NIH-a razvijaju novu metodu pripreme uzoraka za otkrivanje SARS-CoV-2

Znanstvenici Nacionalnog instituta za zdravlje (NIH) razvili su novu metodu pripreme uzoraka za otkrivanje SARS-CoV-2, virusa koji uzrokuje COVID-19. Ova metoda zaobilazi ekstrakciju genetskog RNA materijala virusa, pojednostavljenje pročišćavanja uzoraka i potencijalno smanjenje vremena i troškova ispitivanja. Metoda je rezultat suradnje istraživača s Nacionalnog instituta za oči (NEI), Klinički centar NIH (CC), i Nacionalni institut za stomatološka i kraniofacijalna istraživanja (NIDCR).

Dijagnostičko testiranje ostaje ključni alat u borbi protiv pandemije COVID-19. Standardni testovi za otkrivanje SARS-CoV-2 uključuju pojačavanje virusne RNA na detektibilne razine tehnikom koja se naziva kvantitativna PCR reverzne transkripcije (RT-qPCR). Ali prvo, RNA se mora izdvojiti iz uzorka. Proizvođači setova za ekstrakciju RNA imali su poteškoća u održavanju potražnje tijekom pandemije COVID-19, ometajući kapacitete testiranja u cijelom svijetu. S pojavom novih varijanti virusa, potreba za boljim, brži testovi veći su nego ikad.

Tim predvođen Robertom B. Hufnagelom, DOKTOR MEDICINE., Dr. Sc., načelnik NEI medicinske genetike i oftalmološke genomske jedinice, i Bin Guan, Dr. Sc., suradnik u Laboratoriju za oftalmološku genomiku na NEI -u, upotrijebio je kelatni agens proizveden od laboratorijske tvrtke Bio-Rad pod nazivom Chelex 100 smola za očuvanje SARS-CoV-2 RNA u uzorcima za detekciju pomoću RT-qPCR.

"Koristili smo uzorke nazofarinksa i sline s različitim koncentracijama viriona kako bismo procijenili mogu li se koristiti za izravno otkrivanje RNK, "rekao je Guan, glavni autor izvješća o tehnici, koji je ovaj tjedan objavljen u iScience. "Odgovor je bio da, s izrazito visokom osjetljivošću. Također, ovaj pripravak je inaktivirao virus, čineći osoblje laboratorija sigurnijim za rukovanje pozitivnim uzorcima. "

Hufnagelov tim došao je do svog otkrića testiranjem različitih kemikalija koristeći sintetičke i ljudske uzorke kako bi identificirao one koje bi mogle sačuvati RNA u uzorcima s minimalnom razgradnjom, a dopustiti izravnu detekciju virusa pomoću RT-qPCR-a.

Da biste potvrdili test, Blake M. Warner iz NIDCR -a, D.D.S., Dr. Sc., M.P.H., i njegov tim prikupili su uzorke pacijenata (prema Protokolu istraživanja NIH IRB 20-D-0094) i pohranili ih u bilo koji medij za prijenos virusa, ili novorazvijeni pufer za keliranje smole u NIH-ovom Postrojenju za simptomatsko ispitivanje.

Uzorke u medijima za prijenos virusa testirao je tim za testiranje na COVID-19 u Kliničkom centru NIH-a, vodi Karen M. Frank, DOKTOR MEDICINE., Dr. Sc., primjenom konvencionalne ekstrakcije RNA i RT-qPCR testiranja. Uzorci u puferu za kelacijsku smolu zagrijani su i virusna RNA je, zatim, testirano pomoću RT-qPCR. Novi pripravak značajno je povećao prinos RNK dostupan za testiranje, u odnosu na standardnu ​​metodu.

Mislimo da ova nova metodologija ima jasne prednosti povećanja osjetljivosti, uštedu vremena i troškova za testiranje. Metoda stabilizira RNA na sobnoj temperaturi radi lakšeg transporta, skladištenje, i rukovanje u kliničkim okruženjima. "

Robert B. Hufnagel, DOKTOR MEDICINE., Dr. Sc., Šef Jedinice za medicinsku genetiku i oftalmološku genomiju NEI

NEI je zaštitio intelektualno vlasništvo oko ove tehnologije i traži partnere za zajednički razvoj/licenciranje. Molimo kontaktirajte [zaštićeno e -poštom] za više informacija ..

• Novi pristup definiranju visokokvalitetne hrane s ugljikohidratima utemeljen na dokazima
• Znanstvenici dokumentiraju prijenos s plućne kuge otporne na antimikrobne bolesti s osobe na osobu