PLoS One: A New-polimorfizmus biomarker rs629367 adódó veszélyekre és rossz túlélési gyomorrák kínai up-Szabályozott miRNS-let-7a Expression

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

Variant pri-miRNS befolyásolhatja miRNS expresszió és érett folyamat vagy toldás hatékonyságát, ezzel megváltoztatva a örökletes hajlam és a prognózis a rák. Célunk az volt, hogy értékelje a miRNS-let-7 egypontos nukleotid polimorfizmusok (SNP) a kockázatkezelési és gyomorrák prognózisa (GC), mint előre biomarkerek, és ráadásul a lehetséges mechanizmusok. Katalógusa

Módszerek katalógusa

Egy kétlépcsős eset-kontroll vizsgálat célja az volt, hogy a képernyő négy miRNS SNP (pri-let-7a-2 rs629367 és rs1143770, pri-let-7a-1 rs10739971, pri-let-7f-2 rs17276588) 107 GC betegek 107 sorvadásos gyomorhurut (AG), és kiegyenlített 124 kontroll PCR-RFLP. Két ígéretes SNP-t érvényesített más független 1949 minta (beleértve 579 gyomorrákos betegek, 649 sorvadásos gyomorhurut és 721 kontroll) alkalmazásával Sequenom MassARRAY platform és szekvenálása. Katalógusa

Eredmények katalógusa

Azt találtuk, hogy pri-let -7a-2 rs629367 CC variáns genotípus fokozott kockázatával jár a gyomorrák és a sorvadásos gyomorhurut által 1,83-szeres és 1,86-szeres volt. Gyomorrák prognózisa betegek rs629367 CC genotípusú szignifikánsan rosszabb túlélési mint betegek AA genotípus (log-rank P katalógusa = 0,004). Mi tovább vizsgálták a let-7a kifejezés szérumban és megállapította, hogy hagyja-7a kifejezés emelkedett fokozatosan rs629367 AA, CA, CC genotípus a sorvadásos gyomorhurut csoport ( P katalógusa = 0,043). Továbbá, azt megerősítette ezeket a megállapításokat in vitro vizsgálat túiexpressziójávai let-7a hordozó pri-let-7a-2 vad típusú vagy polimorf-C típusú allél ( P katalógusa < 0,001). Katalógusa

Következtetések

pri-let-7a-2 rs629367 CC genotípus növelheti a kockázatát gyomorrák, valamint a sorvadásos gyomorhurut, és szintén jár a rossz túlélési gyomorrák, ami esetleg befolyásoló érett let-7a kifejezés, és szolgálhat a előrejelzésére biomarker a magas kockázatú és a rossz gyomorrák prognózisa. katalógusa

Citation: Xu Q, Dong Q, ő C, Liu W, V L, Liu J. et al. (2014) Új-polimorfizmus biomarker rs629367 adódó veszélyekre és rossz túlélési gyomorrák kínai up-Szabályozott miRNS-let-7a Expression. PLoS ONE 9 (4): e95249. doi: 10,1371 /journal.pone.0095249 katalógusa

Szerkesztő: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: január 26, 2014; Elfogadva: március 24, 2014; Megjelent: április 23, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Xu et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka a támogatták a Nemzeti Key Basic Research Program of China (973 Program ref sz. 2010CB529304), a Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (Ref szám 31200968), valamint a Science Technology Project Liaoning tartomány (Ref szám 2011225002) . A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a mikroRNS (miRNS-ek), amelyek 18-25 nukleotid (nt) -Hosszú, egyszálú nemkódoló RNS [1]. Bármilyen változásról pri-miRNS, pre-miRNS vagy érett miRNS befolyásolhatja az érett folyamat és funkciója miRNS, ami tovább befolyásolja a kifejezés a több száz fehérjék kölcsönhatása útvonal [2]. Bizonyos mértékig a variáns miRNS szerepet játszott, mint egy "onkogén" vagy "tumor szupresszor gén" közvetve [3]. Katalógusa

let-7 a második azonosított miRNS felfedezése után az első miRNS, lin -4 [4] - [6]. A let-7 család 10 tagja van, beleértve a let-7a, hogy hagyja-7g, let-7i, miR-98 és miR-202. A let-7 család játszik döntő szerepet játszik a normális élettani funkciója a humán. Például a pri-miRNS let-7 család lehetett kombinálni LIN28 és elnyomja a splicing eljárási Drosha és kockajátékos, két fontos restrikciós enzim bevonásával a érett folyamatot minden miRNS [7]. Ezen túlmenően, a leütéssel a Drosha enzim elnyomni a miRNS érett folyamatot átfogóan, Kumar et al megállapították, hogy a fő oka az aktiválás és előmozdítása sejt malignus transzformáció volt downregulációját let-7 család kifejezés [8]. Bár sok korábbi tanulmányok hozzájárultak nagyjából, hogy bemutassa a biológiai funkcióit let-7 család, kevés tanulmány foglalkozott genetikai variációk a családtagok. Valójában, ha két egyedet véletlenszerűen kiválasztott, a genomjukba bizonyíthatja körülbelül 0,1% sokféleségét, melyek közül a leggyakoribb diverzitás volt SNP [9]. Mivel akkor az ilyen különbözőségek, ugyanaz a gén vezethet különböző génexpressziós termékek, amelyek eredményezhet különböző betegség fogékonyság, örökletes fenotípus és prognózisa a betegség [10].

A korábbi vizsgálatok kimutatták, hogy a pri-miRNS SNP-k lehet használni, mint a genetikai markerek előrejelzésére a rák kockázatát. Például, pri-miR-185 rs2008591 társult az emlőrák kockázatát [11]; pri-miR-34b /c rs4938723 járt kockázata hepatocelluláris rák [12]. A jelen tanulmány adatainak felhasználásával NCBI bioinformatikai adatbázisok, mi átvizsgáljuk az összes SNP elsődleges prekurzor területén let-7 család (± 600 bp), és megállapította, hogy csak a 4 SNP (pri-let-7a-1 rs10739971, pri -let-7a-2 rs629367 és rs1143770, pri-let-7f-2 rs17276588) volt minor allél frekvencia (MAF) > 5% -a kínai népesség, és ezek mind tagSNPs a HapMap adatbázisban. Eddig néhány tanulmány említette a kapcsolat a négy tagSNPs és a betegség kockázati predikciós kivéve skizofrén betegségük [13], nem kissejtes tüdőrák [14] és a diabetikus nephropathia [15]. Azok szerepet játszhatnak a rák kockázata előrejelzésében még jórészt ismeretlen. Katalógusa

A gyomorrák a második vezető daganatos halálok világszerte, és az egyik leggyakoribb daganatos megbetegedés a kelet-ázsiai és a kínai lakosság [16] - [18]. Tanulmányok azt mutatták, hogy több miRNS SNP-k társult gyomor rák kockázatát [19] - [22]. Azt azonban, hogy a fent említett négy tagSNPs in pri-miRNS gének let-7 kapcsolatban voltak a kockázata a gyomorrák és atrófiás gasztritisz a kínai populációban, függetlenül attól, hogy lehet használni, mint egy prediktív genetikai biomarker gyomorrák, és az adott mechanizmusa, hogyan szabályozzák a betegségek kockázatának még tisztázni kell. katalógusa

Ebben a tanulmányban először értékelte a szövetség között a négy jelölt tagSNPs pri-let-7a és fogékonyság a gyomorrák és prekurzora lefolytatásával kétlépcsős eset-kontroll vizsgálat a kínai. Közben azt vizsgáltuk, hogy a kockázat-asszociált polimorfizmus beleszámít gyomorrákos betegek túlélését. Továbbá megvizsgáltuk a hatását a kockázattal járó polimorfizmus szabályozására érett miRNS expressziós szérum és a gyomor szöveti valamint feltárni az esetleges szabályozási mechanizmus a modulációs betegségek kockázatának és a túlélés. Elvégzésével a jelen tanulmány, reméljük, hogy tegyen javaslatot a potenciális alkalmazási lehetősége a vizsgált SNP a figyelmeztetési biomarker egyének nagy kockázata gyomorrák és rákmegelőző betegség (atrophiás gastritis). Katalógusa

Módszerek katalógusa

Betegek és vizsgálati terv katalógusa

Ez a kutatási projektet hagyott jóvá a Etikai Bizottságának első Affiliated Kórház a kínai Orvostudományi Egyetem és a tanulmány volt osztva három különálló, de kapcsolódó alkatrészek, beleértve kockázatot, az előrejelzés és mechanizmusokat a kutatás . A kockázat része volt két szakaszban tervezték, az egyik szűrési szakaszban, és a többi érvényesítik színpadon. Vázolja a szövetség jelölt SNP gyomorrák és a sorvadásos gyomorhurut kockázatok szűrési szakaszban utólag felvett minta, többek között 338 esetben álló 107 gyomorrákos betegek, 107 sorvadásos gyomorhurut esetek és 124 illesztett kontroll az Első Kapcsolt Kórház Kínai Orvostudományi Egyetem között 2005-ben és 2010-ben az érvényesített szakaszában azt vizsgáltuk, összesen 1949 esetben beleértve 579 gyomorrák, 649 sorvadásos gyomorhurut és 721 egészséges kontroll egy egészségügyi ellenőrző program gyomorrák szűrés Zhuanghe Liaoning tartomány, Kína vagy a beteg a első Kapcsolt Kórház kínai Orvostudományi Egyetem, 2002-től 2013-ig minden ebben a vizsgálatban is az endoszkópos és szövettani vizsgálattal igazolt. A besorolás a gyomorrák osztották bél típusú és diffúz típusú alcsoport elemzés alapult Lauren besorolás [23], [24]. Az osztályozás és osztályozás a gyomorhurut alapult Frissítve Sydney rendszer [25], [26]. Alanyok, akik az endoszkópos és szövettani vizsgálattal igazolt normál nyálkahártya vagy csak minimális gyomorhurut nélkül más szisztémás betegség vagy egyéb gyomorbetegségek szolgáltak kontrollként. Írásos hozzájárulást gyűjtöttünk a beteg, és orvosi történetét (beleértve a kor, a nem, a dohányzás és alkoholfogyasztás) kapott kérdőívet és a feljegyzéseit komputerizált, mint a korábbi példa [24]. Katalógusa

Ahhoz, hogy tovább vizsgálják a szövetség kockázattal járó polimorfizmus klinikai és patológiai paraméterek és a túlélés gyomorrákos betegek, használtuk az adatok 150 gyomorrák esetek, melynek információk elhalálozás vagy túlélés volt elérhető. A tumor szövettani grade értékelték a World Health Organization kritériumok és tumorokat rendeztek a 7. kiadása TNM stádium rendszerben a Nemzetközi Rákellenes Unió (UICC) /American Joint Committee on Cancer (AJCC) (2010) alapján a posztoperatív patológiai vizsgálat . A betegeket (I) távoli metasztázis talált műtét előtt, (ii) átesett preoperatív sugárkezelés vagy kemoterápia, vagy (iii) a hiányos patológiai adatokat bejegyzéseket kizártuk a túlélési analízis. Nyomon követése fejeződött be 2013. augusztus Végül 150 beteget vontunk be a túlélési elemzés. Katalógusa

Az értékeléshez közötti összefüggés kockázattal járó polimorfizmus és miRNS expressziós szérum, 364 esetben beleértve 164 gyomorrák, 100 sorvadásos gyomorhurut és 100 egészséges kontrollt vizsgáltunk. Az jellemzőit tartalmazza alanyok látható kiegészítő táblázat S1. Ezen túlmenően, az értékelés közötti korreláció kockázattal járó polimorfizmus és miRNS expresszió gyomor szöveti, 97 nem canceous példányok és 94. gyomor rákos mintákat vettünk 97 átesett betegek gastrectomián az első Affilicated Kórház Kínai Orvostudományi Egyetem között 2009 és 2013

alany genotipizálás

a genomiális DNS-t extraháljuk a korábban leírtak szerint némi módosítással [27]. A genotipizálás vizsgálatot úgy végezzük, CapitalBio (Peking, Kína) a Sequenom MassARRAY platform (Sequenom, San Diego, CA, USA) az előzőekben leírtak szerint [24]. 5% a teljes mintát többször genotipizálásával és a megfelelési arány 100% volt, amely bizonyítja, hogy a genotípus-helyes volt. A részletes anyagok voltak láthatók a kiegészítő módszerek.

A kimutatási szérum H. pylori-IgG titer

módszer szerint az irodalomban leírt [28], a szérum H. pylori
-IgG-titert detektáltunk enzyme linked immunosorbent assay (ELISA, a Helicobacter pylori IgG kit; Biohit, Helsinki, Finnország). A részletes anyagok voltak láthatók a kiegészítő módszerek.

RNS extrakció és a valós idejű PCR-reakcióban a miRNS expresszió in vivo

A miRNS extrahált módszert a szérumban és a szövetek alkalmaztunk által leírt irodalom [29] bizonyos módosításokkal. A reverz transzkripciós reakciót alkalmaztunk One Step Prime Script miRNS cDNS (Perfect Real Time) Kit (Takara Biotechnology Co., Ltd., Dalian, Kína) és a valós idejű PCR reakcióval miRcute miRNS qPCR kimutatása kit (SYBR) (TIANGEN Biotech Co ., Ltd., Peking, Kína). A részletes anyagok voltak láthatók a kiegészítő módszerek. Katalógusa

Tranziens transzfekció és valós idejű PCR reakciót miRNS expresszió in vitro katalógusa

A kereskedelmi expressziós plazmid pCMV-MIR-let-7a-2 rs629367- C-ben vásárolt OriGene Company (OriGene Biotech Co., Ltd., Shanghai, Kína). Ezt a plazmidot végzett helyspecifikus mutagenezis a -216 C-ről A (pCMV-let-7a-2 rs629367-A) Sainuo Company (Sainuo Biotech Co., Ltd., Peking, Kína), és megerősítette szekvenálás. És a jelölt sejtvonalat szekvenciáját, hogy genotípus pri-let-7a-2 rs629367 hely, hogy vizsgálja meg, van-e bármilyen változata ennek rs629367 polimorfizmus oldalon. Ezután a sejt-vonalak a vad típusú, valamint a két legalacsonyabb let-7a kifejezés, SGC-7901 és AGS, választottunk ki a transzfekciós (Részletesebben lásd kiegészítő módszerek és Kiegészítő ábra S2). Az emberi gyomor karcinóma sejtvonal, AGS-t az ATCC-től, az American Type Culture Collection, USA, SGC-7901-ben vásárolta meg a Cell Bank of Kínai Tudományos Akadémia, Shanghai, Kína. 72 óra elteltével, a teljes RNS-t a sejtek extraháljuk és a valós idejű PCR-t alkalmaztunk, hogy kimutatható legyen-7a expressziós reverz transzkripciót követően annak érdekében, hogy összehasonlítsuk a érett let-7a által termelt pCMV-let-7a-2 rs629367-A vs. pCMV-let-7a-2 rs629367-C. katalógusa

Statisztika katalógusa

a vizsgált négy miRNS polimorfizmust vizsgáltuk a Hardy-Weinberg egyensúlytól (HWE) között az ellenőrzések. A folytonos változókat mutatja átlag ± szórás (SD) és összehasonlítjuk varianciaanalízissel, míg a diszkrét változók képviseletében a frekvenciák és százalékok, és összehasonlítottuk a χ2 teszt [24]. Többváltozós logisztikus regresszió korrekciós kora, neme és H. pylori fertőzés katalógusa értékeléséhez felhasznált közötti társulás miRNS polimorfizmusok és a betegség kockázatokat. Mivel a dohányzás és az alkoholfogyasztás már majdnem egyharmada a hiányzó adatok nem voltak alkalmasak a korrekciós tényezők csak rétegzett tényezők elemzése összefüggést a miRNS polimorfizmusok és a betegség kockázatokat. Egyváltozós és többváltozós túlélési elemzéseket végeztünk a log-rank teszt és a Cox-féle arányos kockázati modell. A túlélési görbéket által leképezett a Kaplan-Meier-módszerrel. Többváltozós túlélési elemzést végeztünk hozzáadásával SNP minden klinikopatológiai paraméterek P katalógusa < 0,05. Ezen felül, a másolatok miRNS használtunk LG-érték normális eloszlás, és a hatás a miRNS polimorfizmusok annak expressziós szinteket vizsgáltuk a varianciaanalízist (ANOVA) teszt. Az összefüggés a let-7a kifejezés a szérumban és a szövetekben mutatkozott a korrelációs együttható a korrelációs elemzést. Statisztikai analízist végeztünk SPSS változat 16.0 szoftver (SPSS, Chicago, IL, USA), és a szűrési szakaszban, p értékek < 0,10 értéket tekintettük szignifikánsnak, míg az összes többi elemzéseket tartották p értékek < 0,05 szignifikánsnak.

Eredmények katalógusa

Fő hatás miRNS polimorfizmusok gyomorrák és a sorvadásos gyomorhurut kockázati katalógusa

a genotípus frekvenciák a vizsgált SNP szűrési szakaszban voltak az 1. táblázatban látható, a elektroforetogram és szekvenálása alakja E négy miRNS polimorfizmusok genotípus látható kiegészítő ábra S1. pri-let-7f-2 rs17276588 kizárták a további elemzés, mert eltért HWE. Két SNP tekintettük ígéretes összefüggésbe hozható betegség kockázat: a variáns genotípus frekvenciái pri-let-7a-1 rs10739971 között sorvadásos gyomorhurut és kontrollcsoportban statisztikai különbség (27,1% vs. 13,7%, P = katalógusa 0,018, 1. táblázat), és a variáns genotípus frekvenciái pri-let-7a-2 rs629367 között a gyomorrák és a kontroll csoport is kimutatta különbség (1,9% vs.6.5%, p
= 0,094, 1. táblázat) . Mi úgy p értéke < 0,10 jelentősnek, és a kiválasztott ez két ígéretes SNP helyeknek az érvényesített szakaszban. Katalógusa

Annak igazolására, az egyesület a pri-let-7a-1 rs10739971 és pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizmus a gyomorrák és /vagy atrófiás gastritis kockázatokat, akkor átértékelte a két SNP másik 1949 esetben a kibővített érvényesített színpadon. A frekvenciákat a polimorfizmusok minden a mintákat látható kiegészítő táblázat S2. Egészséges kontrollok gyakorisága illeszkedik gyomorrák és a sorvadásos gyomorhurut esetekben az életkor (± 5 év) és a szex (01:01). Miután frekvencia megfelelő, csak 501 gyomorrák és 501 vezérlők gyomorrák kockázatelemzés és 612 sorvadásos gyomorhurut és 612 vezérlők sorvadásos gyomorhurut kockázatelemzési végül benne. A kibővült validált szakaszban, a variáns genotípus frekvenciái pri-let-7a-2 rs629367 között a gyomorrák és a kontroll csoport statisztikailag különböző (6,4% vs. 4,0%, 1. táblázat). Ha összehasonlítjuk a közös AA genotípusú, a variáns CC genotípus járt egy 1,83-szeres fokozott kockázata gyomorrák ( p
= 0,048, 95% CI = 1,01-3,32, 1. táblázat), és szintén társított 1,86-szeres fokozott kockázata atrófiás gasztritisz ( p
= 0,032, 95% CI = 1,06-3,28, 1. táblázat). Ezen túlmenően, a variáns CC genotípus járt egy 1,93-szeres fokozott az atrófiás gasztritisz összehasonlítva a (AA + AC) genotípusok ( p
= 0,021, 95% CI = 1,11-3,36, 1. táblázat) , azonban nem tapasztaltunk statisztikailag szignifikáns összefüggést pri-let-7a-1 rs10739971 és a betegség kockázatainak az érvényesített szakaszban. katalógusa

rétegzett elemzés és kölcsönhatására elemzés katalógusa

Ahhoz, hogy tovább vizsgálja a lehetséges hatása az életkor, a nem és a környezeti tényezők, mint a státusza pylori fertőzés katalógusa, a dohányzás és az alkoholfogyasztás a genetikai hatás végeztünk rétegzett elemzések pri-let-7a-1 rs10739971 és pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizmus alapján azokat a tényezőket (2. táblázat). Megfigyeltük eltérő hatásait pri-let-7a-2 rs629367 a megbetegedési kockázat különböző alcsoportokban. Statisztikai összefüggést a CC genotípus és a megnövekedett kockázat sorvadásos gyomorhurut találtak nőknél ( P katalógusa = 0,025, OR [95% CI] = 2,59 [1,13-5,92]), H. pylori katalógusa szerológia negatív alcsoport ( P katalógusa = 0,036, OR [95% CI] = 1,97 [1,05-3,73]), és a nem ivóvíz alcsoport ( P = 0.023 katalógusa VAGY [95% CI] = 2,44 [1,13-5,26]). Ezen felül, a CC genotípus azt találtuk, hogy összefüggésbe hozható a megnövekedett gyomor rák kockázatát betegeknél életkor ≦ 50 éves ( p
= 0,026, OR [95% CI] = 6,02 [1,24-29,10]) és az H. pylori katalógusa szerológia negatív szubpopuláció ( P katalógusa = 0,036, OR [95% CI] = 2,02 [1,05-3,90]). Azonban, amikor végeztünk a kölcsönhatás elemzése közötti rs629367 SNP és H. pylori fertőzés katalógusa, a dohányzás és az alkoholfogyasztás, sem a statisztikai interakciós hatást találtunk ( P katalógusa _{kölcsönhatás = 0,786 és 0,382 volt, lásd a mellékelt táblázatot S3). Nem szignifikáns összefüggést találtunk a pri-let-7a-1 rs10739971 és a gyomorrák vagy sorvadásos gyomorhurut kockázatok minden rétegzett elemzés. Katalógusa}

Korreláció pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizmus és a klinikopatológiai paraméterek és túlélés időtartamát a gyomorrákos betegek katalógusa

Mivel a megfigyelés statisztikailag szignifikáns összefüggést rs629367 és a gyomorrák és a sorvadásos gyomorhurut kockázat a fő hatás elemzések és rétegzett elemzésekben tovább vizsgáltuk, hogy a kockázat-asszociált rs629367 korrelál a klinikai és patológiai fenotípus és prognosztikus túlélés a gyomorrák. Az eredmények azt mutatták, hogy nincs szignifikáns összefüggés ezen SNP találtak a klinikopatológiai paraméterek, beleértve a tumor mérete, lokalizációja, Borrmann típus, a szövettani típus, Lauren típus, TNM, növekedési mintát, mélysége invázió, nyirok metasztázis, H. pylori
fertőzési állapot, dohányzás, az alkoholfogyasztás, és a családi anamnézis ( P katalógusa > 0,05, lásd a mellékelt táblázatot S4), de ez a SNP találtak járó gyomor rák túlélési. A CC genotípus hordozók megmutatta kedvezőtlen túlélési (CC vs AA: 22,2 hónap vs. 32,0 hónap), és nőtt a HRS-gyomorrákos betegek egyváltozós analízis (CC vs AA: P katalógusa = 0,011, HR [95% CI] = 3,39 [1,33-8,65]; CC vs AA + AC: P katalógusa = 0,005, HR [95% CI] = 3,51 [1,45-8,49]; 3. táblázat és 1. ábra A és - B). Beállításával több klinikopatológiai paraméterek, amelyek a potenciális zavaró tényezők korrelált gyomorrák túlélés ( P
≤0.0001 a tumor mérete, Borrmann típus, TNM, mélysége invázió és nyirokrendszeri metasztázis, lásd a mellékelt táblázatot S5), statisztikailag megnövekedett HR kaptunk a CC hordozók a többváltozós analízis (CC vs AA: P katalógusa = 0,004, HR [95% CI] = 4,48 [1,60-12,60]; CC vs AA + AC: P katalógusa = 0,001, HR [95% CI] = 4,69 [1,84-11,95], 3. táblázat). katalógusa

korrelációja rs629367 és érett let-7a kifejezés szérum és a gyomor szöveti katalógusa

Annak érdekében, hogy tanulmányozza a lehetséges mechanizmusa rs629367 polimorfizmus kapcsolatos gyomorrák, mi tovább vizsgálták az érett let-7a kifejezés in vivo és in vitro. A betegek jellemzői kiválasztott betegeknek kifejezési szérum és szöveti mutatták be kiegészítő táblázat S6. A szérum szint, rétegezni különféle betegségek, azt találtuk, hogy atrófiás gasztritisz csoport, az érett Let-7A kifejezése rs629367 AA, CA, CC genotípus tendenciát mutatott a fokozatosan növekvő, és ez a különbség volt a statisztikai szignifikancia (3,30 ± 0,56 vs . 3,52 ± 0,55 vs. 3,76 ± 0,34, P katalógusa = 0,043, 4. táblázat, 2. ábra-A). A szövetek szintjén, elemeztük a hatás let-7a SNP genotípusok annak érett let-7a expresszió gyomorrák szövetben, és megállapította, rs629367 AA, CA, CC genotípus is tendenciát mutatott a fokozatosan növekvő, bár ez a különbség nem érte el a statisztikai jelentőségét (4. táblázat). katalógusa

az érett let-7a kifejezése pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-a és -C katalógusa

Először is, a jelölt sejtvonalak szekvenciáját genotipizálását a pri-let-7a-2 rs629367 helyszínen, és megállapította, hogy ezek a jelölt sejtvonalak voltak rs629367 vad típusú (lásd kiegészítő S3 kép). Az in vitro szinten SGC-7901 és AGS sejtvonalak transinfected két plazmidot, pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-A és pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-C. 72 óra elteltével érett let-7a kifejezés volt statisztikailag szignifikáns SGC-7901 sejtvonal ( P katalógusa < 0,001, 2. ábra B). A variáns C allél kifejezett magasabb let-7a, ha összehasonlítjuk a régi allél. Az AGS sejtvonal nem kapott statisztikai jelentőségét, és csak azt mutatta tendencia összhangban SGC-7901 (a Kiegészítő ábra S4). Katalógusa

Vita katalógusa

Ennek alapján különböző tanulmányokat az érett miRNS függvények [30], azt már jól elfogadott, hogy a miRNS fontos szerepet játszanak a rák kialakulásában, mint egy "onkogén" vagy "tumor szuppresszor gén" [31]. Azonban a kapcsolat miRNS változatok és a rák kockázata, valamint a prognózis még tisztázni kell [32]. A jelen tanulmányban számoltak be, az első alkalommal, a kifizetés gyakoriságára négy miRNS tagSNPs (pri-let-7a-1 rs10739971, pri-let-7a-2 rs629367 és rs1143770, pri-let-7f-2 rs17276588) Észak-kínai. Mi tovább validált az ígéretes polimorfizmus helyek független és kibővített minták, és megállapította, a variáns CC genotípusa pri-let-7a-2 rs629367 növelte a kockázatokat a gyomorrák és atrófiás gasztritisz 1,83 és 1,86-szeres, valamint társított szegény túlélési a gyomor rákos betegeknél. Mi tovább vizsgálni a hatását pri-let-7a-2 rs629367 annak kifejezése, és a lehetséges mechanizmusok, és jelezte, hogy a mechanizmus lehet köszönhető, hogy a váltakozás az érett let-7a kifejezés, amely végül megváltoztatják a fogékonyság és a prognózis gyomor rák. Tudomásunk szerint ez az első jelentést a kapcsolat az rs629367 SNP-érzékenység és gyomorrák prognózisa. Katalógusa

Mint tudjuk, a genetikai variációk, amely felmerülhet miRNS gének beleértve azok pri- és pre-miRNS régiók lenne lehetőségük van hatással több biológiai úton és befolyása betegség előfordulási [33]. Így pri- és a pre-miRNS polimorfizmusok is alkalmazhatók például a genetikai markerek előrejelzésére rák kockázatát [32], [34], amelyek több előnye és erőssége, mint kódoló gén polimorfizmusok az előrejelzésére potenciális mert miRNS gyakran található rákhoz kapcsolódó genomi régiók [35], és ezért szabályozzák szinte az összes kódoló géneket [36]. A közelmúltban számos tanulmány középpontjában a pre-miRNS polimorfizmusok található szár-hurok, mint a pre-mir-196a2 rs11614913 [37], pre-mir-146a rs2910164 [38], pre-mir-499 rs3746444 [39], [40], pre-mir-149 rs2292832 [41], pre-mir-27a rs895819 [42]. Bonyolultsága miatt az RNS térszerkezet, egyre nagyobb figyelmet kapott az SNP a pri-miRNS. A képviselő pri-miRNS SNP volt pri-miR-185 rs2008591 összefüggő emlőrák, [11] pri-miR-34b /c rs4938723 kapcsolódó hepatocelluláris rák, [12] pri-miR-30c rs928508 [22] és a pri-miR -938 rs2505901 [43] kapcsolódó gyomorrákban. let-7 család volt a legtöbb korábbi azonosított miRNS [4], és döntő szerepet játszik a normális élettani funkciója az emberi. Segítségével NCBI bioinformatikai adatbázisok, azt találtuk, 4 SNP az elsődleges prekurzor területén let-7 család (pri-let-7a-1 rs10739971, pri-let-7a-2 rs629367 és rs1143770, pri-let-7f-2 rs17276588) volt minor allél frekvencia (MAF) > 5% kínai népesség, amely mind tagSNPs de lehetőségeik előrejelzését szerepek nem voltak egyértelműek. A jelen tanulmányban a szűrés és érvényesítése két szakaszban tanulmány először megállapította, hogy többek között a 4. tagSNPs, pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizmus kapcsolatos érzékenységét gyomorrák (a variáns CC genotípus a pri-let-7a-2 rs629367 növelte a kockázatokat a gyomorrák és a sorvadásos gyomorhurut 1,83 és 1,86-szeres). Ez pri-let-7a-2 rs629367 SNP volt található downstream 3'-UTR, ami a legközelebbi SNP az érett miRNS gének közül a négy szűrési SNP, és jó lenne egy új biomarker előrejelzésében gyomorrák kockázatát.

további végzett egy- és többváltozós Cox-féle regressziós elemzés a követési adatokat, hogy vizsgálja meg a társulások pri-let-7a-2 rs629367 SNP teljes túlélése gyomorrákos betegek. Következetesen jelentős eredményeket figyeltünk származó egyváltozós és többváltozós Cox modellek (3. táblázat). A pri-let-7a-2 rs629367 variáns CC genotípus hordozók szerint fokozódott HR egy P katalógusa -érték 0,011 (HR = 3,39) és 0,005 (HR = 3,51), mint az AA vad típusú és AA + AC genotípus illetve egyváltozós elemzés. Mivel több klinikopatológiai paraméterek jelentős mértékben hozzájárult az általános gyomorrák túlélési ( P
≤0.0001 a tumor mérete, Borrmann típus, TNM, mélysége invázió és nyirokrendszeri metasztázis) végeztünk elemzést kiigazítást azon esetleges zavaró tényezők a többváltozós elemzés. Végül megtaláltuk a P katalógusa -érték e rs629367 SNP jelentősebb volt, és a statisztikai HR szintén emelkedett (CC vs AA: P katalógusa = 0,004, HR = 4,48; CC vs. AA + AC: P katalógusa = 0,001, HR = 4,69 -kal), ami arra utal, hogy a pri-let-7a-2 rs628367 lehet önálló rizikófaktora gyomorrák prognózisa. katalógusa

Számos tanulmány kiderült, hogy a miRNS polimorfizmusok rontja miRNS feldolgozása és kifejezése érett miRNS és szerepet játszanak a rákkeltő képességet [12], [33]. Annak érdekében, hogy tanulmányozza a lehetséges mechanizmusa rs629367 polimorfizmus kapcsolódik gyomorrák, ebben a tanulmányban, megvizsgáltuk a hatását pri-let-7A SNP az érett Let-7a-expresszió in vivo és in vitro. Controlling a betegség faktor, azt találtuk, a szérumban atrófiás gasztritisz csoport, az érett let-7a kifejezése rs629367 AA, CA, CC genotípus szignifikáns fokozatosan növeli ( p
= 0,043, 3. táblázat). Ez részben megmagyarázza a jelenség, hogy a variáns CC genotípusa rs629367 magasabb volt a forgalmazási frekvencia atrófiás gasztritisz csoportban, mint a kontroll csoportban (6,2% vs. 3,9%, 1. táblázat). Vizsgálták a rs629367 CC genotípus fokozott sorvadásos gyomorhurut kockázatát jelzi, hogy ez a SNP társult sorvadásos gyomorhurut, és még a gyomorrák esetleg váltakozása az érett miRNS expressziós, amely ezáltal befolyásolja az érzékenységet, hogy gyomorrák. Alapján az expressziós szint in vivo, továbbá kialakítani az expresszált tartalmazó plazmid pri-let-7a-2 rs629367 vad típusú allél és a C-variáns allél annak érdekében, hogy tartsa az érett let-7a expresszióját a két különböző allél. Azt találták, hogy miután transinfection, SGC-7901 sejtek tartalmazó pCMV-MIR-pri-let-7a-2 rs629367-C allél igazolták nagyobb érett let-7a kifejezés, mint az A allél ( P katalógusa < 0,001, 1.ábra). A kapott eredményt vitro kísérletet egybecsengő azzal az in vivo, ami szintén azt mutatják, hogy a pri-let-7a-2 rs629367 polimorfizmus befolyásolhatják az érett let-7a kifejezés, és megváltoztathatja az érzékenységet, hogy gyomorrák. Számos tanulmány számolt be, hogy a let-7a volt tumor szupresszor [44], [45]. Azt feltételezték, hogy a változás-ból C talán veszteség eredeti funkcióját tumor elnyomó, ami megváltoztathatja a gyomorrák érzékenység és ami rossz túlélési prognózisa. Katalógusa

A gyomorrák egy többtényezős betegség okozta genetikai hajlam valamint a környezeti tényezők [46]. Hogy vizsgálja meg a potenciális hatását a kor, a nem és a környezeti tényezők, mint a státusza pylori fertőzés katalógusa, a dohányzás és az alkoholfogyasztás genetikai értelemben mi tovább hatását elemezte a lehetséges befolyásoló tényezők ezen pri-let-7a -2 rs629367 SNP, és megállapította, pri-let-7a-2 rs629367 csak betegséggel kapcsolatos kockázatok H. pylori katalógusa szerológia negatív betegek csoportjában és nem ivóvíz-csoport. H. pylori katalógusa szerológia negatív betegek, a legkülső régiók számára az egyesület a rs629367 SNP és sorvadásos gyomorhurut és a gyomorrák kockázatok emelkedett 2,12 és 1,97-szeres, ami magasabb, mint a legkülső régiók az egész esetben (1,83 és 1,86 szoros volt) . Azonban nem volt statisztikailag szignifikáns H. pylori katalógusa szerológia-pozitív betegek. Hasonlóképpen, ez a jelenség is megfigyelhető volt a rétegzett elemzés ivás: a nem ivóvíz-csoport, az OR társulására vonatkozó rs629367 SNP és a sorvadásos gyomorhurut kockázat magasabb lehet 2,39-szeres, míg nem volt statisztikailag szignifikáns ivás csoportban. Ez azért lehet, mert a pylori katalógusa és az ivás is társult előfordulásának gyomorrák. Brenner et al. azt feltételeztük, hogy a pylori katalógusa volt szükséges oka a gyomorrák [47], és Tramacere et al. állapította meg, hogy erős kapcsolat alkoholfogyasztás és előfordulása gyomorrák [48], [49]. Ezért az eltávolítás a két környezeti tényezők tette a legkülső régiók magasabb, mint elemezve az egész mintákban.

• PLoS One: A NOD-like receptor jeladás Út a Helicobacter pylori fertőzés és a kapcsolódó gyomorrák: Egy eset-kontroll vizsgálat és Gene Expression Analyses
• PLoS One: laparoszkópos Lép-Konzerváló Lép Hilar Lymphadenectomia követően végezzük perigastricus műszerfalak és a Intrafascial Space Advanced Felső-Third Gyomor Cancer