Speciális molekuláris címkék használatával, a csapat képes volt csökkenteni az Oxford Nanopore Technologies MinION eszközének 5–15 százalékos hibaarányát 0,005 százalék alá-még akkor is, ha sok hosszú DNS-szakaszt szekvenáltak egyszerre.
"A MinION forradalmasította a genomika területét azáltal, hogy kiszabadította a DNS -szekvenálást a nagy laboratóriumok határaiból, - mondja Ryan Ziels, a British Columbia Egyetem építőmérnöki adjunktusa és a tanulmány társszerzője, amely ezen a héten jelent meg Természeti módszerek . "De eddig, A kutatók nem támaszkodhattak az eszközre sok beállításban, mivel meglehetősen magas a kész hibák aránya. "
A genomszekvenciák sok mindent elárulhatnak egy szervezetről, beleértve azonosságát is, az ősei, valamint erősségeit és sebezhetőségét. A tudósok ezen információk felhasználásával jobban megértik az adott környezetben élő mikrobákat, valamint diagnosztikai eszközök és kezelések kifejlesztése.
De pontos hordozható DNS -szekvenálószerek nélkül, kulcsfontosságú genetikai részletek hiányozhatnak, ha a terepen vagy kisebb laboratóriumokban kutatásokat végeznek.
Így Ziels és munkatársai az Aalborg Egyetemen létrehoztak egy egyedi vonalkódrendszert, amely több mint 1000-szer pontosabbá teheti a hosszú olvasású DNS-szekvenáló platformokat, mint a MinION.
Miután megcímkézte a célmolekulákat ezekkel a vonalkódokkal, a kutatók a szokásos módon járnak el - felerősítve, vagy több másolat készítése, a jelzett molekulákat a standard PCR technika alkalmazásával és a kapott DNS szekvenálásával.
A kutatók ezután a vonalkódok segítségével könnyen azonosíthatják és csoportosíthatják a releváns DNS -fragmenseket a szekvenálási adatokban, végül közel tökéletes szekvenciákat állít elő olyan fragmentumokból, amelyek akár 10-szer hosszabbak, mint a hagyományos technológiák. A hosszabb DNS -szakaszok lehetővé teszik még az enyhe genetikai eltérések kimutatását és a genomok nagy felbontású összeállítását.
"Ennek a módszernek az a szépsége, hogy minden érdeklődésre számot tartó génre alkalmazható, amely felerősíthető, - mondja Ziels, amelynek csapata a nyílt forráskódú adattárakon keresztül elérhetővé tette a szekvenálási adatok feldolgozásához szükséges kódot és protokollt.
Ez azt jelenti, hogy nagyon hasznos lehet minden olyan területen, ahol a nagy pontosságú és nagy hatótávolságú genomiális információk kombinációja értékes, mint például a rákkutatás, növénykutatás, az emberi genetika és a mikrobiom tudomány. "
Ryan Ziels, A tanulmány társszerzője és az építőmérnöki adjunktus, Brit Kolumbiai Egyetem
Ziels jelenleg együttműködik a Metro Vancouverrel annak a módszernek a kibővített változatának kifejlesztésében, amely lehetővé teszi a mikroorganizmusok szinte valós idejű észlelését a vízben és a szennyvízben.
A vízrendszerükben található mikroorganizmusok pontos képével, mondja Ziels, a közösségek javíthatják népegészségügyi stratégiáikat és kezelési technológiáikat-és jobban ellenőrizhetik a káros mikroorganizmusok, például a SARS-CoV-2 terjedését.
Az articsóka főzés és evés művészete
Időnként unalmasnak találom az étrendemet! Miután túljutottam magamon, eszembe jut, hogy amikor ez megtörténik, az ÉN HIBA. Igen, ez így van, csak azért, mert lusta vagyok kinyitni egyet a féltucatn
Az étrendben lévő antioxidánsok növelhetik a bélrák kockázatát,
új tanulmányból kiderül Az élelmiszerekben található antioxidánsok egészségügyi előnyeit számos tudományos szakirodalom bizonyította. Most, egy új tanulmány azt mutatja, hogy a túl sok jó dolog nem bi
A probiotikus kiegészítőkről
Miért szereti a bélrendszere a probiotikum-kiegészítőt? Ha hasi kellemetlenséggel küszködik, a probiotikum-kiegészítő jelentősen javíthatja közérzetét. Még ha emésztési problémák nélkül is vagy megál
