Il grafico a barre impilato della composizione filogenetica di tutti i taxa del microbioma in questo studio è crollato a livello di phyla nei campioni fecali. Le barre verdi rappresentano Firmicutes e il blu rappresenta Bacteroidetes, le due famiglie batteriche più abbondanti. Ai fini estetici i campioni (n =98, in basso) sono stati ordinati in base alla loro composizione di Bacteroidetes e Firmicutes per dimostrare come i risultati del microbioma intestinale di base di questo studio potrebbero essere utilizzati insieme ai risultati di studi precedenti. Credito:King et al, 2019 Sebbene l'interesse della ricerca sull'importanza del microbioma intestinale umano per la salute generale continui a crescere, attualmente non esiste un elenco completo di riferimento del microbioma intestinale disponibile per ricercatori e pazienti. In questo studio, King e colleghi iniziano a catalogare la composizione organica dei microbiomi intestinali umani sani, e ha sviluppato un prototipo di modello di refertazione per consentire ai medici di trasmettere i risultati ai pazienti.
Per compilare il loro database, gli autori hanno sequenziato geneticamente 48 campioni fecali di sedici partecipanti sani reclutati dal campus della George Washington University a Washington, DC, oltre a utilizzare 50 campioni metagenomici fecali scaricati dal Progetto Microbioma Umano da individui selezionati come "sani".
Dopo aver analizzato le sequenze genomiche e metagenomiche di tutti i campioni utilizzando un nuovo flusso di lavoro basato su software, King e colleghi hanno compilato un database iniziale di microbi confermati e la loro relativa abbondanza in tutti i campioni, il GutFeelingKB, utilizzando le informazioni genetiche complete e pubblicamente disponibili dell'NCBI per fornire metadati sugli organismi descritti.
Il GutFeelingKB descrive 157 organismi (155 batteri e due organismi archeali) in 60 generi distinti. Il più grande phylum di batteri rappresentato era Firmicutes (40 percento di tutti gli organismi nell'elenco), che a sua volta era costituito per il 20 per cento da Clostridi, 19 percento batterioidi, 17% Bifidobatteri, 14% di enterobatteri, e il 14% di batteri Lactobacillales, classi di batteri presenti anche nello yogurt e in altri alimenti probiotici. Gli autori notano anche che 84 organismi erano comuni a tutti i campioni, potenzialmente indicando che queste potrebbero essere specie chiave per l'intestino umano.
Questo studio ha reclutato solo sedici partecipanti, un piccolo campione. Ma mentre ulteriori studi potrebbero continuare a identificare ulteriori organismi presenti in intestini sani da tutto il mondo, GutFeelingKB è un primo passo importante. Il database potrebbe fungere da punto di partenza per l'analisi comparativa dei campioni e lo sviluppo di futuri trattamenti con il microbioma dei pazienti.
Gli autori aggiungono:
Il nostro obiettivo è mappare il microbioma intestinale sano in modo che noi e altri ricercatori possiamo utilizzare i nostri dati per sviluppare modelli di previsione specifici della malattia".
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