Lo studio descrive il database iniziale del microbioma intestinale sano di base e il profilo di abbondanza

Un database iniziale del microbioma intestinale sano di base e un profilo di abbondanza sono descritti in uno studio pubblicato l'11 settembre. 2019 nella rivista ad accesso libero PLOS ONE di Charles Hadley King del George Washington University Medical Center, STATI UNITI D'AMERICA, e colleghi.

Il grafico a barre impilato della composizione filogenetica di tutti i taxa del microbioma in questo studio è crollato a livello di phyla nei campioni fecali. Le barre verdi rappresentano Firmicutes e il blu rappresenta Bacteroidetes, le due famiglie batteriche più abbondanti. Ai fini estetici i campioni (n =98, in basso) sono stati ordinati in base alla loro composizione di Bacteroidetes e Firmicutes per dimostrare come i risultati del microbioma intestinale di base di questo studio potrebbero essere utilizzati insieme ai risultati di studi precedenti. Credito:King et al, 2019

Sebbene l'interesse della ricerca sull'importanza del microbioma intestinale umano per la salute generale continui a crescere, attualmente non esiste un elenco completo di riferimento del microbioma intestinale disponibile per ricercatori e pazienti. In questo studio, King e colleghi iniziano a catalogare la composizione organica dei microbiomi intestinali umani sani, e ha sviluppato un prototipo di modello di refertazione per consentire ai medici di trasmettere i risultati ai pazienti.

Per compilare il loro database, gli autori hanno sequenziato geneticamente 48 campioni fecali di sedici partecipanti sani reclutati dal campus della George Washington University a Washington, DC, oltre a utilizzare 50 campioni metagenomici fecali scaricati dal Progetto Microbioma Umano da individui selezionati come "sani".

Dopo aver analizzato le sequenze genomiche e metagenomiche di tutti i campioni utilizzando un nuovo flusso di lavoro basato su software, King e colleghi hanno compilato un database iniziale di microbi confermati e la loro relativa abbondanza in tutti i campioni, il GutFeelingKB, utilizzando le informazioni genetiche complete e pubblicamente disponibili dell'NCBI per fornire metadati sugli organismi descritti.

Il GutFeelingKB descrive 157 organismi (155 batteri e due organismi archeali) in 60 generi distinti. Il più grande phylum di batteri rappresentato era Firmicutes (40 percento di tutti gli organismi nell'elenco), che a sua volta era costituito per il 20 per cento da Clostridi, 19 percento batterioidi, 17% Bifidobatteri, 14% di enterobatteri, e il 14% di batteri Lactobacillales, classi di batteri presenti anche nello yogurt e in altri alimenti probiotici. Gli autori notano anche che 84 organismi erano comuni a tutti i campioni, potenzialmente indicando che queste potrebbero essere specie chiave per l'intestino umano.

Questo studio ha reclutato solo sedici partecipanti, un piccolo campione. Ma mentre ulteriori studi potrebbero continuare a identificare ulteriori organismi presenti in intestini sani da tutto il mondo, GutFeelingKB è un primo passo importante. Il database potrebbe fungere da punto di partenza per l'analisi comparativa dei campioni e lo sviluppo di futuri trattamenti con il microbioma dei pazienti.

Gli autori aggiungono:

Il nostro obiettivo è mappare il microbioma intestinale sano in modo che noi e altri ricercatori possiamo utilizzare i nostri dati per sviluppare modelli di previsione specifici della malattia".

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