Il team di ricerca ha esaminato 33 partecipanti adulti sani nel loro studio. Un gruppo di 22 volontari è stato studiato durante la stagione influenzale 2014-2015, e il secondo gruppo con 11 volontari è stato studiato durante la stagione influenzale 2015-2016. Il gruppo di 22 volontari aveva un'elevata immunità preesistente ai ceppi del virus dell'influenza contenuti nel vaccino contro l'influenza stagionale 2014-2015. Il gruppo di 11 volontari aveva una bassa immunità ai ceppi virali del vaccino contro l'influenza stagionale 2015-2016.
Tutti i partecipanti allo studio hanno ricevuto un vaccino contro l'influenza stagionale. La metà dei partecipanti a ciascun gruppo ha anche ricevuto un ciclo di cinque giorni di un regime antibiotico ad ampio spettro (costituito da neomicina, vancomicina, e metronidazolo) per bocca prima di ricevere il vaccino. Analizzando campioni di feci e siero di sangue prelevati in tempi diversi fino a un anno dopo la vaccinazione, i ricercatori hanno monitorato la risposta immunitaria dei partecipanti ai vaccini antinfluenzali, così come la diversità e l'abbondanza degli organismi nei loro microbiomi intestinali.
Come previsto, la maggior parte dei partecipanti che hanno ricevuto antibiotici ha sperimentato livelli ridotti di batteri intestinali. Inoltre, tra i partecipanti 2015-2016 che avevano poca immunità precedente ai ceppi del vaccino contro l'influenza stagionale, un ciclo di antibiotici ha ostacolato le loro risposte immunitarie a uno dei tre ceppi di virus dell'influenza nel vaccino, un virus H1N1 A/California-specifico. Questo probabilmente indica che dovrebbero essere esposti a questo virus H1N1 dopo la vaccinazione, questi partecipanti sarebbero meno protetti dall'infezione con quel ceppo rispetto alle persone che non hanno ricevuto antibiotici, secondo gli autori. Questa scoperta supporta i risultati della ricerca precedente sui topi.
I ricercatori hanno anche scoperto che le persone che hanno assunto antibiotici hanno sperimentato cambiamenti nel loro sistema immunitario che hanno promosso uno stato pro-infiammatorio, simile a una condizione osservata negli anziani che hanno ricevuto vaccini antinfluenzali. I ricercatori ritengono che questo stato pro-infiammatorio sia correlato al processo mediante il quale il microbioma regola il metabolismo degli acidi biliari, con un minor numero di microrganismi, questo processo è interrotto. I microbiomi umani cambiano naturalmente con l'età, e i ricercatori suggeriscono che ulteriori ricerche su questi percorsi potrebbero fornire approfondimenti sul motivo per cui gli anziani rispondono in modo diverso alla vaccinazione antinfluenzale e sul motivo per cui hanno un sistema immunitario più debole in generale.
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