PLoS ONE: NanoString-Based Multigene Assay om herhaling voor patiënten met maagkanker voorspellen na Surgery

Abstract

Ondanks de voordelen van adjuvante chemotherapie of chemoradiotherapie, ongeveer een derde van fase II maagkanker (GC) patiënten ontwikkelden recidieven. Het doel van dit onderzoek was het ontwikkelen en valideren van een prognostische algoritme voor maagkanker (GCP), die robuust hoog-risicogroep voor herhaling kan identificeren bij stadium II patiënten. Een meertraps genexpressieprofielen onderzoek uitgevoerd. Eerst wordt een microarray Genexpressie gearchiveerd in paraffine ingebed tumormateriaal werd gebruikt om prognostische kandidaat-genen (N = 432) te identificeren. Ten tweede, een gerichte genexpressie test inclusief prognostische genen werd gebruikt om een ​​robuuste klinische test (GCP) ontwikkelen stadium II patiënten uit dezelfde cohort (N = 186). Ten derde, een vooraf gedefinieerde cut off voor de GCP's werd gevalideerd met behulp van een onafhankelijke fase II cohort (N = 216). De GCP werd gevalideerd in een andere set met fase II GC die een operatie ondergaan zonder adjuvante behandeling (N = 300). GCP is ontwikkeld door het optellen van de product van Cox regressie coëfficiënten en genormaliseerde expressie van 8 genen (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, TFDP1). Een prospectief gedefinieerde cut-punt voor GCP ingedeeld 22,7% van de validatie cohort behandeld met chemoradiotherapie (N = 216) als hoog-risico-groep met 5 jaar herhaling tarief van 58,6% ten opzichte van 85,4% in de laag risico groep (hazard ratio voor herhaling = 3.16, p = 0,00004). GCP ook geïdentificeerd met een hoog risico groep onder stadium II patiënten behandeld met alleen chirurgie (hazard ratio = 1,77, p = 0,0053)

Visum:. Lee J, Sohn I, Do IG, Kim KM, Park SH, Park JO, et al. (2014) NanoString-Based Multigene Assay om herhaling voor patiënten met maagkanker voorspellen na de operatie. PLoS ONE 9 (3): e90133. doi: 10.1371 /journal.pone.0090133

Editor: Ju-Seog Lee, Universiteit van Texas MD Anderson Cancer Center, de Verenigde Staten van Amerika

Ontvangen: 23 september 2013; Aanvaard: 26 januari 2014; Gepubliceerd: 5 maart 2014

Copyright: © 2014 Lee et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Financiering:. Deze studie werd ondersteund door een Intramurale subsidie ​​van de Samsung Medical Center. De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript

Competing belangen:. Patrick Tan is een redactioneel bestuurslid PLoS One. Dit betekent niet naleving van de auteurs te veranderen om alle PLoS ONE beleid op het delen van gegevens en materialen.

Introductie

De maag kankers zijn zeer dodelijk maligniteiten met vijf-jaarsoverleving als een van de slechtste gerapporteerd voor vaste tumoren. Volgens gegevens van de National Cancer Institute Surveillance, Epidemiology and End Results (SEER) Program, de vijf-jaars overleving van patiënten met maagkanker (GC) verbeterde slechts in bescheiden mate in de afgelopen 50 jaar, van 12 tot 22 procent [1]. De neiging van GC voor vroegtijdige metastatische verspreiding is goed gedocumenteerd in eerdere studies [2], [3]. Op basis van de recente hulpmiddelfase III studies werd overlevingsvoordeel van adjuvante chemotherapie radiatie therapie gedocumenteerd in GC [4] - [7]. Echter, 25 tot 40% van alle chirurgische resectie GC patiënten nog ontwikkelen recidieven die niet vatbaar opnieuw resectie [4], [7] - [9]. Voor pathologisch stadium III en IV GC, 5-jaars ziektevrije overleving tarieven zijn zeer slecht (stadium IIIA, 57,6%, stadium IIIB, 39,6%, en stadium IV 26,3%) [8] wat impliceert dat deze tumoren inherent agressief gedrag. In tegenstelling pathologische stadium II GC patiënten gunstiger klinisch resultaat met 5-jaars ziektevrije overleving van 76% -90% na chirurgie en adjuvante behandeling [8], [9]. Toch is er een breed spectrum van klinische agressiviteit zelfs binnen hetzelfde stadium waarbij sommige patiënten zijn genezen met chirurgie alleen en sommige patiënten kort terugkeren na chirurgie en adjuvante chemoradiatie therapie. Dus gebaseerd op de hypothese dat er een significante moleculaire heterogeniteit, hebben we een grootschalige genexpressieprofielen studie een moleculaire test die efficiënt laag risico uit risicogroepen GC groepen discrimineren van herhaling na de operatie ontwikkelen.

Een moleculaire test die hoog-risico patiënten identificeert voor herhaling kan leiden tot geoptimaliseerde perioperatieve behandelingsstrategieën in GC. De ontdekking fase inbegrepen GC patiënten uit alle klinische fasen behandeld met chemoradiotherapie (N = 520). Tumormateriaal van deze patiënten ondergingen prognostische genontdekking behulp Whole Genome DASL assay (WG-DASL) (Illumina, San Diego, CA), een microarray genexpressie profilering werkwijze voor formaline gefixeerde in paraffine ingebed weefsel (FFPE). Het doel was om hypothese voor klinische bruikbaarheid te ontwikkelen en te ontdekken kandidaat prognostische of interne referentie genen die zal helpen bij het ontwerpen gericht genexpressie test. De resultaten van deze fase gesuggereerd dat klinische bruikbaarheid van een gen expressie gebaseerde prognostische algoritme potentieel kan onderscheiden van een hoog-risico groep onder stadium II patiënten.

Het doel van het project was om een ​​hypothese met klinische bruikbaarheid te ontwikkelen en te ontdekken kandidaat prognostische of interne referentie genen om gerichte genexpressie assays te ontwerpen. De resultaten van de discovery-fase suggereren dat de klinische bruikbaarheid van een genexpressie-gebaseerde prognostische algoritme potentieel kan onderscheiden van een hoog-risico groep onder stadium II patiënten. Met het gebruik van een robuuste meerdere stappen prognostische algoritme, MaagKanker Voorspellende Score (GCP) voor fase II GC patiënten werd ontwikkeld om hoog risico patiënten te identificeren voor herhaling na de operatie.

Methods

Vanaf september 1994 tot december 2005, 1557 GC patiënten onderging curatieve gastrectomie bij Samsung Medical Center. Van deze werden 1107 patiënten geselecteerd gebaseerd op de volgende criteria: histologisch bevestigde adenocarcinoom van de maag; chirurgische verwijdering van de tumor zonder macroscopische of microscopische residual disease; leeftijd ≥18; pathologie fase IB (T2bN0, T1N1 maar niet T2aN0) tot en met IV, volgens de American Joint Committee on Cancer (AJCC) staging-systeem (6 ^{e Ed); volledige chirurgische opname en behandeling record, en patiënten die de INT-0116 regime als adjuvante behandeling [7]. De studie werd goedgekeurd door de institutionele review board van de Samsung Medical Center, Seoel, Zuid-Korea (IRB erkenningsnummer: SMC 2010-10-025). Alle deelnemers aan de studie mits informed consent-formulier aanbevolen door de IRB. Bij de patiënten die op het moment van de studie zijn overleden, werden geschreven informed consent formulieren opgeheven door de IRB. Studie ontwerp en patiëntencohorten worden verstrekt op basis van REMARK richtlijn (Figuur 1A, 1B, File S1, paragraaf 1). Van het cohort van 1107 patiënten, een ontdekking set van 520 patiënten en een validatie set van 587 patiënten werden gerandomiseerd en 6 batches gestratificeerd tumorgrootte en het jaar van de operatie voor de WG-DASL assay toegewezen.}

Om te voorkomen vals-positieve conclusies te wijten aan over-fitting, prognostische algoritmen en hun vooraf gedefinieerde cut-punten werden getest in onafhankelijke cohorten die niet werden gebruikt voor prognostische ontdekking van genen en algoritme gebouw. Een 4-fase-onderzoek werd ontworpen, met 4-vooraf gedefinieerde onafhankelijke cohorten gerekruteerd uit de Samsung Medical Center. De eerste 3 cohorten onder patiënten met soortgelijke klinische en pathologische kenmerken van chemoradiotherapie-behandelde studiecohorten (File S1, paragraaf 2). De eerste fase (ontdekkingsfase) van de studie opgenomen patiënten GC van alle klinische stadia die werden behandeld met chemo-radiotherapie (N = 520) [8]. Tumormateriaal van deze patiënten ondergingen prognostische genontdekking met de WG-DASL (Illumina, San Diego, CA), een microarray expressieprofilering werkwijze voor FFPE [7]. Een ad-hoc externe validatie van het gen set werd uitgevoerd om een ​​eventuele afwijking van enkele institutionele cohort een minimum te beperken. De tweede fase (algoritmeontwikkeling) zou bevindingen uit de eerste fase te vertalen in een klinisch toepasbare testformaat. Wij kozen de Ncounter platform (NanoString Technologies, Seattle, WA), vanwege zijn vermogen om de expressieniveaus ondervragen tot 800 genen in het totale RNA geëxtraheerd uit FFPE in één buis reactie [8]. We afgeschermde stadium II patiënten uit de eerste fase (N = 186) voor de novo
ontdekking van prognostische genen geselecteerd ideale combinaties van genen met de gradiënt minst absolute krimp en selectie operator (LASSO) algoritme [10], en bouwde vervolgens een eerste-generatie GCP (GCP-g1) door toevoeging van de producten van de genormaliseerde genexpressie en coëfficiënten van het Cox model voor DFS. In de derde cohort van stadium II patiënten (N = 216). In de vierde fase (testen van klinische bruikbaarheid in een operatie instelling Alleen), testten we de potentiële klinische bruikbaarheid van GCP in fase II patiënten die alleen chirurgie. Een tijdstempel protocol (figuur S12) is ontwikkeld voor de verwerking van deze laatste cohort. Vervolgens hebben we een verfijnde tweede generatie GCP (GCP-g2) (de laatste gen set), ontwikkeld door het analyseren van de gecombineerde fase II cohorten uit de tweede en derde fase van de studie.

profilering van genexpressie met behulp van hele genoom- DASL assay

voor elk gen profilering experiment, weefselmonsters werden willekeurig toegewezen aan verschillende batches gestratificeerd door een operatie tijd (vóór 2000 vs. na 2000) en de grootte van de tumor (≤5 cm vs > 5 cm) aan een minimum te beperken variaties van de DNA kwaliteit. Totaal RNA werd geëxtraheerd 2-4 delen van 4-um dik FFPE secties van representatieve primaire tumor blokken met behulp van de High Pure RNA Paraffine kit (Roche Diagnostic, Mannheim, Duitsland) na het verwijderen van niet-tumor elementen door handmatige macrodissection geleid door hematoxyline en eosine gebrandschilderde dia's. WG-DASL assay werd uitgevoerd met 200 ng RNA volgende instructies van de fabrikant [11]. Voor Ncounter assay, 200 ng totaal RNA werd gehybridiseerd met de speciaal ontworpen codeset van 800 genen voor 18 uur bij 65 ° C en behandeld overeenkomstig de instructies van de fabrikant [12]. De gegevens werden genormaliseerd gemiddelde expressieniveaus van 48 interne referentie genen gekozen uit microarray experiment. De gedetailleerde beschrijving van de ontdekking fase met behulp van WG-DASL test wordt in S1 Bestand, § 3. De vergelijkbaarheid in DNA kwaliteit van FFPE weefsel en vers ingevroren weefsels met behulp van DASL assay is eerder gepubliceerd [13], [14].

Prognostische modelbouw en validatie

Het algoritme voor het n-Counter-gebaseerde test ontwikkeling voor klinische bruikbaarheid op basis van WG-DASL is voorzien in File S1, secties 4-6. We gebruikten het verloop lasso algoritme om een ​​voorspelling model op basis van Cox's proportionele hazards model voor DFS met behulp van de sondes met marginale p-waarde <passen; 0,01 (figuur S2 in File S1) [10]. We gebruikten verlof één op kruis valideren met de novo ontdekking bij elke laat een uit stap naar de prestaties van de prognostische model binnen de ontdekking cohort te beoordelen. Optimale cut-point werd bepaald door het creëren van een perceel voor de p-waarden voor elk cut-point voor de prognostische score. Voor valideringsonderzoek a priori gedefinieerd algoritme en cut-point waarden werden gebruikt. De validatie methode voor het GCP wordt geschetst in File S1, Sectie 7.

Resultaten

Microarray genexpressie profilering van GC de patiënten behandeld met adjuvante chemoradiotherapie (fase 1)

We voerden genexpressie FFPE uit de ontdekking cohort van 520 gevallen van stadium IB-IV GC behandeld met standaard chemoradiotherapie na curatieve resectie met de WG-DASL assay (figuur 1). Onder hen, 432 monsters doorgegeven RNA kwaliteitscontrole (GEO-database GSE 26.253) (File S1, paragraaf 3). Het primaire eindpunt was DFS. Univariate analyse geïdentificeerd 369 probes die significant geassocieerd waren met ziektevrije overleving bij p < 0,01, zonder correctie voor andere klinische variabelen (File S1, Sectie 3d). Vervolgens Lasso gradiënt werd gebruikt om een ​​voorspellende algoritme te voorspellen herhaling (File S1, paragraaf 3e) ontwikkelen. De leave-one-out cross-validatie (LOOCV) procedure met de novo
ontdekking van prognostische genen en de bouw van een prognostische algoritme bij elke stap werd gebruikt om de robuustheid van de prognostische algoritme te onderzoeken. Volgens prognostische gen handtekeningen (26 genen, File S1, Section 3f) en pathologische stadia (gelokaliseerde vs. gevorderd), 432 patiënten werden ingedeeld in de volgende groepen: een laag risico en het stadium IB /II (N = 145, 5-jaar DFS, 84,8%), met een hoog risico en het stadium IB /II (N = 90; 5-jaars DFS, 61,1%), een laag risico en stadium III /IV (N = 83; 5-jaars DFS, 48,9%), en een hoog risico en stadium III /IV (N = 114; 5-jaars DFS, 36,9%) (figuur 2). Als een ad-hoc analyse, testten we deze handtekening gen met behulp van profilering van genexpressie gegevens van de Singapore patiënt cohort (N = 199) om eventuele inherente vooringenomenheid van een enkele instelling cohort [15] minimaliseren. In de externe patiënt cohort, de handtekening gen in staat was om de hoog-risico groep (N = 100) te scheiden van de laag-risico-groep (N = 99) voor herhaling met statistische significantie (p < 0,00001; hazard ratio (HR), 2,3; 95% BI 1,62-3,28) (figuur 2). Deze gegevens suggereren dat de belangrijkste klinische bruikbaarheid van genexpressie profilering van GC bij de identificatie van hoog-risico patiënten bij stadium II patiënten (laag versus hoog risico stadium IB /II, 84,8% versus 61,1%; laag vs. hoog risico stadium III /IV, 48,9% vs. 36,9%). Daarom is voor de ontwikkeling van de klinische test en validatie, hebben we ons gericht op het ontwikkelen van een gen-set, die robuust herhaling in fase II patiënten kunnen voorspellen.

Ontwikkeling van maagkanker Voorspellende Score (GCP) voor fase II GC met behulp van de Ncounter test (fase 2)

We maat ontworpen een Ncounter sonde set bestaat uit kandidaat voorspellende genen van WG-DASL microarray data (fase 1), evenals bekende kankergenen, kinase genen, en de G-eiwit-gekoppelde receptorgenen. Om de variabiliteit probleem in de integriteit van de RNA moleculen in gearchiveerde FFPE door pre-analytische variabelen, zoals fixatietijd en leeftijd van de blokken te pakken, pasten we binnen-sample normalisatie middel van een reeks van 48 interne referentie genen gekozen uit microarray gebaseerde inzake minimale variatie tussen cases en het gebrek aan samenwerking met de prognose (File S1, paragraaf 4). Correlatie tussen hazard ratio's van prognostische genen op basis van NanoString en WG-DASL worden verstrekt in File S1, paragraaf 4b, en figuur S3 in S1 Bestand.

We geprofileerd 186 stadium II patiënten uit de ontdekking set. Na beoordeling van de robuustheid van prognostische algoritmen gebouwd door gradiënt LASSO door middel LOOCV, pasten we gradiënt LASSO om alle 186 patiënten en geïdentificeerd 8 genen (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 en TFDP1), die in combinatie robuuste prognostische voorzien (tabel 1). De GCP werd vervolgens ontwikkeld als een lineaire combinatie van de Cox regressie schattingen en genormaliseerde expressieniveaus van deze 8 genen. De cut-point analyse toont aan dat de GCP's was het meest robuust in het identificeren van 25% van de patiënten met de slechtste resultaten (File S1, paragraaf 4). We kozen voor een cut-punt van 0,2205 voor potentiële validatie in de onafhankelijke validatie cohort.

Validatie van GCP en de vooraf gedefinieerde cut-point in fase II GC patiënten behandeld met chemoradiotherapie (fase 3)

om het potentieel te voorkomen dat over-fitting probleem in verband met cross-validatie [16], we gevalideerd GCP met de vaste algoritme en cut-punten in een onafhankelijke patiënt cohort die niet werd gebruikt in de ontdekking van genen. De klinische en pathologische kenmerken van 216 stadium II patiënten uit de set validatie zijn vergelijkbaar met die van de ontdekking cohort (File S1, deel 6, en de figuren in S4-6 S1 File). Toen we toegepast GCP-g1 aan de validatie set, het risico score distributie was zeer vergelijkbaar zijn, wat suggereert dat de robuuste analytische prestaties van de test (File S1, afdeling 7 bis, en Figuur S7 is File S1). De vooraf gedefinieerde cut-point (0,2205) voor het GCP-g1 geclassificeerd 22,7% van de tumoren uit de stellen als de hoog-risicogroep validatie. De Kaplan-Meier schatting van de 5-jaars DFS voor de hoge-risico patiënten was 58,6%, vergeleken met 85,4% voor de lage-risico patiënten (HR voor herhaling, 3,16; p = 0,00004) (figuur 3). GCP was significant in zowel darm- en diffuse- soort GC, zie figuur S8 in File S1 (File S1, paragraaf 7b). De multivariate analyse toont voorts dat GCP-g1 aanvullende prognostische informatie, naast andere bekende factoren zoals Lauren indeling, differentiatiegraad, leeftijd, en chirurgie type (HR 3,027; p = 0,00016; Tabel 2). Daarom kan GCP's worden gebruikt voor het identificeren stadium II patiënten met een hoog risico blijven, zelfs na standaard adjuvante chemoradiotherapie en die hebben vergelijkbare risico van herhaling als stadium III patiënten.

GCP als voorspellende factor voor fase II GC behandelde patiënten met chirurgie alleen op basis van een prospectief ontworpen protocol (fase 4)

de herziening van de klinische databank geïdentificeerd 306 patiënten die geen postoperatieve behandeling hebben ontvangen op basis van gedeelde besluitvorming tussen artsen en patiënten (File S1, afdeling 1, tabel S1 S1 File). Deze patiënten werden onderworpen aan verkennend analyses voor de evaluatie van de prognostische rol van GCP bij patiënten behandeld met alleen chirurgie en het testen van de hypothese dat het voordeel van chemoradiotherapie is beperkt in hoog-risico patiënten gedefinieerd door GCP. Voor deze stap, ontwikkelden we GCP-g2 (Tabel S8 in File S1), de tweede generatie GCP, door het analyseren van alle fase II-zaken van fase 2 en 3 om de steekproefgrootte te maximaliseren. Prospectief getest voorgedefinieerde GCP-g2 algoritme en afsnijpunt zoals beschreven in het tijdstempel protocol (Figuur S12 in File S1). De GCP-g2 voorspeld recidief bij 300 stadium II tumoren met een hazard ratio van 2,131 (95% CI, 1,428-3,180; p = 0,00021) (HR, 3,16) (Figuur S9 in S1 File). Om de mogelijkheid van over-fitting van het algoritme te chemoradiotherapie behandelde patiënten een minimum te beperken, hebben we ook getest het GCP-g1, die eerder werd gevalideerd in de met chemoradiotherapie behandelde cohort, in chirurgie alleen cohort (figuur S10 in File S1). De hazard ratio voor GCP-g1 (HR, 1,77; 95% BI 1,18-2,67; p = 0,0053) is vergelijkbaar met die voor GCP-g2 (figuur 3). Daarom is de GCP robuust voorspelde herhaling in fase II GC met of zonder postoperatieve behandeling. Op basis van deze gegevens kan worden gespeculeerd dat een hoog risico stadium II patiënten gedefinieerd door GCP's niet krijgen een enorm voordeel van chemoradiotherapie.

Expressie van ongunstige prognostische genen in tumor microenvironments

In alle 3 fase II cohorten in deze studie verhoogde expressieniveaus van genen van 4 GCP (NOX4, LAMP5, MATN3 en CLIP4) geassocieerd met een slechte prognose. Aangezien de bekende functies van deze genen suggereren hun expressie in micro-omgevingen in plaats van de werkelijke tumorcellen, voerden we de Ncounter test voor gemicrodissecteerde tumoren versus stromale componenten van 4 representatieve hoog-risico tumoren (figuur S11 in File S1). De expressie van deze genen aanzienlijk hoger in stromale componenten, in vergelijking met epitheliale kankercellen, met NOX4 toont de meest uitgesproken verschillen (p = 0,04).

Discussie

In een eerste ontdekkingsfase, voerden wij WG-DASL in alle fase GC patiënten. Vervolgens, gebaseerd op het WG-DASL data namen wij waar dat de scheiding van risicogroep lage risicogroep was het grootst in jonge Ib /II patiënten (laag vs. hoog risico stadium IB /II, 84,8% vs. 61,1%; laag vs. hoog risico stadium III /IV, 48,9% versus 36,9%). Daarom is voor de ontwikkeling van de klinische test en validatie, hebben we ons gericht op het ontwikkelen van een gen-set, die robuust herhaling in fase II patiënten kunnen voorspellen. We ontwikkeld en gevalideerd een prognostische algoritme voor maagkanker, GCP, die robuust hoogrisicogroepen kunnen identificeren voor herhaling bij stadium II patiënten. GCP, ontwikkeld met behulp van de Ncounter platform, toonde de sterke prestatie in FFPE monsters. Bovendien, het opnemen van interne referentie genen de vordering van GCP individuele patiënt. Daarom stellen we voor dat GCP's gemakkelijk kan worden toegepast op routine klinisch gebruik. De GCP van 8 genen (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 en TFDP1) werden ontdekt en gevalideerd in meer dan 700 stadium II GC patiënten. We vonden dat de GCP geïdentificeerde risico GC patiënten recidief onafhankelijk adjuvante behandeling en die een hoog risico stadium II GC patiënten vertoonden vergelijkbare DFS met III patiënten stadium. Met name de GCP voorspelde herhaling van beide types Lauren (diffuse of intestinale) (Figuur S8 in File S1).

Onze gegevens tonen duidelijk de aanwezigheid van moleculaire heterogeniteit in GC die was geassocieerd met klinische resultaten, maar onafhankelijk van clinicopathologic enscenering informatie. Onze gegevens tonen aan dat stadium IB /II patiënten had zeer slechte prognose wanneer hun tumoren uitgedrukt slechte risico-gen handtekeningen. Er was een verschil van 23,7% in 5-jaars DFS tussen hoog-risico en laag risico-gen handtekeningen in fase IB /II patiënten en 5-jaars DFS van hoog-risico stadium IB /II patiënten was minder dan 60%, ondanks de gebruik van adjuvante chemoradiotherapie (figuur 1). Daarom kan het nodig zijn om prospectief ontwerp een proef te vragen of chemoradiotherapie vereist voor fase IB /II patiënten met een laag risico genexpressieprofielen. Met het oog op een mogelijke vertekening van de variaties in de klinische praktijk of een operatie bij een enkel centrum te minimaliseren, voerden we een ad hoc externe validering van de handtekening om de handtekening te valideren. Zoals blijkt uit de resultaten, de handtekening consequent voorspelde herhaling in Singapore cohort.

Onder de 8 laatste GCP genen (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 en TFDP1), CDC25B en CDK1, waarvan bekend is dat ze geassocieerd zijn met celproliferatie, correleerde met gunstige prognose (negatieve Cox regressie schattingen in tabel 2). Met name heeft een soortgelijke trend waargenomen voor darmkanker door genexpressie assay [17], [18]. Deze bevindingen kunnen de differentiatie status van deze tumorcellen weerspiegelen, omdat de normale maag- en darm mucosale epitheelcellen hebben een hoge omzet tarieven. TFDP1 codeert voor de transcriptiefactor DP-1, dat als een positieve regulator van de G1 /S overgang tijdens de celcyclus [19], [20]. Vooral in hepatocellulair carcinoom, werd TFDP1 overexpressie hoofdzaak geassocieerd met ziekteprogressie [19]. Aangezien het bereik van de huidige studie niet de functionele studie van deze genen, hun biologische betekenis worden onderzocht in toekomstige studies. Onlangs heeft Cho et al.
De grootste profilering van genexpressie bij 213 GC patiënten met behulp van vers ingevroren weefsels [21] uitgevoerd. Zij identificeerden 6 prognostische genen (CTNBB1, EXOCS3, TOP2A, LBA1, CCL5 en LZTR1) voor de patiënt overleving na curatieve resectie. Echter, om het beste van onze kennis, GCP is de enige gen set die nu is goedgekeurd in meer dan 700 stadium II GC patiënten, ongeacht Lauren classificatie (diffuus of darm), een bekende prognostische factor, of adjuvante behandeling.

Tenslotte, met behulp van een meerstaps aanpak ontwikkeld 8-GCP-gen, die in staat zijn robuust identificeren hoog risico stadium II GC patiënten een recidief na operatie ongeacht adjuvante behandeling was. Op dit moment, met de lopende ARTIST-II-studie (NCT
.761.461), we zijn van plan om onze GCP valideren in een prospectief ontworpen fase III trial.

Ondersteunende informatie
Bestand S1.
1. Kenmerken van de patiënt van de studie cohorten bij elke stap (tabel S1). een. Tabel S1. Patiënten kenmerken. 2. Klinische en pathologische kenmerken van de onderzochte gevallen in elke fase. 3. Gedetailleerde beschrijving van de ontdekking stap behulp WG-DASL assay (stap 1). een. Figuur S1. QA van WG-DASL data. b. Tabel S2. Vergelijking van FISH en IHC resultaten voor HER2-status bij maagkanker in stap 1 c. Tabel S3. Lijst van probes die differentieel tussen HER2-positieve en HER2-negatieve patiëntengroepen zijn uitgedrukt in Stap 1. d. Tabel S4. Lijst van alle sondes met univariate p-waarden < 0,01 in stap 1 e. Figuur S2. Gradient Lasso algoritme. f. Tabel S5. Lijst van 26 probes opgenomen in het voorspellingsmodel gemonteerd door de hele dataset (n = 432). g. Tabel S6. Multivariate Cox regressie-analyse leidt tot ontdekking van genen set (n = 432). 4. Het ontwerp van gerichte genexpressie test met behulp van Ncounter platform. een. Tabel S7. Van referentiestoffen genen voor Ncounter assay. b. Figuur S3. Correlatie tussen hazard ratio's van prognostische genen op basis van kwantiel normalisatie en self-normalisatie met behulp van WG-DASL assay. 5. Ncounter test en kwaliteitscontrole. 6. Selectie van de cut-off voor maagkanker Prognostisch Score (GCP (figuur S4, S5, & S6) een figuur S4 DFS volgens elk kwartielen van GCP-g1 b Figuur S5 Cut-point-analyse voor...... GCP-g1. c. Figuur S6. DFS volgens geoptimaliseerde cut-punt van de GCP-g1. 6. verdeling van GCP tussen ontdekking set en validatie set. a. Figuur S7. verdeling van GCP-g1 binnen de identificatie en validatie set. b Figuur S8 GCP:... intestinaal vs diffuse soort 7. Beproevingen klinische bruikbaarheid van GCP-g2 bij patiënten behandeld met chirurgie alleen een figuur S9 DFS van stadium II patiënten behandeld met chemoradiotherapie gebaseerd op kwartiel van GCP-g2.... b. Figuur S10. DFS van fase II patiënten behandeld met chirurgie alleen gebaseerd op kwartiel van GCP-g2. c. Figuur S11. expressie van ongunstige prognostische genen opgenomen bij maagkanker voorspellende Score volgens weefsel compartimenten (tumor versus stroma). genormaliseerde expressie niveaus worden getoond. d. Tabel S8. Lijst van Ncounter sondes opgenomen in GCP-g2. 8. Maagkanker validatie studie protocol. een. Figuur S12. Maagkanker validatie studieprotocol
doi:. 10.1371 /journal.pone.0090133.s001
(DOCX)

• PLoS ONE: HIF-1 Alpha overexpressie correleert met Poor overall overleving en ziektevrije overleving bij maagkankerpatiënten Post-Gastrectomy
• PLoS ONE: Patiënten met ouderdom of proximale Tumoren Profiteer van metabool syndroom in een vroeg stadium MaagKanker