PLoS ONE: функциональный Promoter -308G > вариант в фактора некроза опухоли альфа ген связан с риском и прогрессированию рака желудка в китайском Population

Абстрактный

фон

некроза опухоли факторизации α (ФНО-α) играет решающую роль в развитии и прогрессировании рака желудка. Функциональный полиморфизм, -308 G > A (rs1800629), который расположен в промоторе TNFa
гена, было предложено изменить производство TNF-alpha и риском рака влияния. В настоящем исследовании мы стремились исследовать, имеет ли этот полиморфизм воздействие на риск и прогрессирования рака желудка у китайского населения.

Методы
<р> Мы генотипированы кнопку TNFA
-308 G > полиморфизм с использованием метода TaqMan в исследовании случай-контроль двухступенчатого, включающей в общей сложности 1686 больных раком желудка и рак 1895 г. бесплатно предметов. Логистической регрессии была использована для оценки генетических ассоциаций с возникновением и прогрессированием рака желудка.

Результаты
<р> Мы обнаружили значительную связь между вариантами генотипов и повышенный риск развития рака желудка [ P
= 0,034, отношение шансов (OR) = 1,39, 95% доверительный интервал (ДИ) = 1.01-1.67, GA /AA vs. GG]. Аналогичные результаты были получены в исследовании репликации последующей. При объединении данных из двух исследований, мы обнаружили более значимую ассоциацию ( P
= 0,001, OR = 1,34, 95% ДИ = 1.13-1.59), особенно для пожилых пациентов (> 65 лет). Кроме того, пациенты, несущие вариантных генотипов имели значительно большую распространенность Т4 стадии заболевания ( P
= 0,001, OR = 2,19, 95% ДИ = 1.39-3.47) и отдаленными метастазами ( P
= 0,013, OR = 1,61, 95% ДИ = 1.10-2.35)

Выводы
<р> Наши результаты свидетельствуют о том, что функциональный промотор -308 G >. полиморфизм в TNFA
влияют на восприимчивость и прогрессирование рака желудка в китайской популяции
<р> Цитирование:. Hong Y, Z Ge, Цзин C, Ши J, Dong X, Чжоу F, и др. (2013) Функциональная Promoter -308G > вариант в фактора некроза опухоли альфа ген связан с риском и прогрессированию рака желудка в китайской популяции. PLoS ONE 8 (1): e50856. DOI: 10.1371 /journal.pone.0050856
<р> Редактор: Рамон Андраде де Мелло, Университет Порту, Португалия
<р> Поступило: 27 мая 2012 года; Принято: 29 октября 2012 года; Опубликовано: 10 января 2013
<р> Copyright: © 2013 Hong и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются

Финансирование:. Эта работа была частично поддержана "Шестидневной Talent Summit" Проект провинции Цзянсу (SWYY-71-028), Национальный фонд естественных наук Цзянсу (BK2011194) и Национального фонда естественных наук Китая (30872084, 30972444 и 81001274). Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов

Введение
<р> рак желудка является четвертым наиболее распространенным видом рака и второй ведущей причиной рака, связанных смерти во всем мире, и особенно распространены в некоторых странах, включая Китай [1], [2]. Хотя точная этиология рака желудка остается быть идентифицированы, накапливая эпидемиологические исследования показали, что диета, курение, алкоголь и особенно хеликобактерной
( H. Пилори
) инфекции, хорошо известны причины рака желудка [3], [4]. Тем не менее, высокая распространенность этих факторов риска не всегда приводит к высокой заболеваемости раком желудка, который наводит на мысль, что другие восприимчивые факторы, такие как генетические вариации и экологические различия могут дополнительно внести свой вклад в желудочном канцерогенезе. В последнее время новые данные предположил, что генетический полиморфизм в генах-кандидатах были связаны с восприимчивостью к раку желудка [5], [6], [7].
<Р> Было высказано предположение, что хроническое воспаление в слизистой оболочке желудка, индуцированный H. Pylori
инфекция является важным шагом в развитии рака желудка [8], [9]. В этом случае, генетические вариации в связанных с воспалением генов цитокинов могут быть потенциальными факторами восприимчивости для данного заболевания. Одним из важных цитокинов, ассоциированных с H. пилори
инфекция является фактор некроза опухолей (ФНО) -α, который кодируется с помощью TNFa
гена [10]. ФНО-α является плейотропных цитокина в основном продуцируется активированными моноцитами и макрофагами и играет важную роль в воспалительной реакции [11]. Было высказано предположение, что более экспрессии TNF-alpha показали значительную степень серьезности-доза-реакция в качестве маркеров риска от пренеопластическим поражений до рака желудка [12].
<Р> TNFa
ген расположен в пределах III региона лейкоцитарной класса антиген человека на хромосоме 6 (6p21) и очень полиморфный. Полиморфизм в TNFa
гена было показано, что в значительной степени влияют на его уровень экспрессии [13]. Поэтому, во многих исследованиях предпринята попытка исследовать, можно ли использовать полиморфизм в промоторе TNFA
в качестве мнимого определяющий фактор восприимчивости к различным заболеваниям, включая рак желудка. Среди многих полиморфизмов в TNFa
промотор TNFA
-308 G > полиморфизм были дико изучены и функционально исследование позволяет предположить, что -308A аллель связан с увеличением производства TNF-alpha [14]. Что касается рака желудка, были проведены ряд исследований, чтобы исследовать ассоциации между TNFA
-308 G > полиморфизм и рак желудка в различных популяциях, однако, результаты формируют эти исследования остаются включительно [15], [16], [17], [18], [19]. На сегодняшний день, два опубликованных мета-анализов по этому вопросу предположили, что -308 G > полиморфизм был связан с раком желудка в западных странах, но не в азиатских популяциях [20], [21]. При этом, в настоящем исследовании мы провели относительное большое исследование случай-контроль двухступенчатый, который включал в общей сложности 1686 больных раком желудка и рак 1895 г. бесплатно субъектов для дальнейшей оценки влияния из TNFA
-308 G >. полиморфизм на риск развития рака желудка и прогрессирования в китайской популяции

Материалы и методы исследования

Этика заявление
<р> исследование было одобрено Институциональным наблюдательным советом в Нанкине Медицинский университет, Нанкин, Китай. При наборе, письменное информированное согласие было получено от всех участников, участвующих в данном исследовании.

Исследуемая популяция
<р> Это непрерывный молекулярно-эпидемиологическое исследование рака желудка проводится в первой филиал больницы Нанкин медицинского университета , Нанкин, Китай. Дизайн исследования и критерии включения субъектов, ранее были описаны в другом месте [22]. Короче говоря, два независимых исследования случай-контроль на базе больниц были включены в настоящем исследовании. В целом, тестовый набор включены 750 желудочных случаев заболевания и 835 по возрасту и полу контрольной группы набраны на второй филиал больницы Нанкин медицинского университета, Нанкине и онкологической больницы Наньтун города, Наньтун, Китай с марта 2006 года по январь 2010 года, и набор проверки включены 936 случаев и управления зачислены 1060 из Исин Народной больницы, Исин, ​​Китай с января 1999 г. по декабрь 2006 г. Все субъекты были этнические китайцы из разных семей и не имели никакого отношения крови. Все больные были впервые поставлен диагноз гистологически подтвержденным, падающему рака желудка и были последовательно набраны без ограничения возраста и пола. Гистологические срезы всех случаев были рассмотрены два патологоанатомами независимо друг от друга. Те пациенты, которые имели предыдущий рак, метастазы рака от другого или неизвестного происхождения, или предыдущей лучевой терапии или химиотерапии, были исключены. Средства управления были набраны из здоровых людей, которые ищут физическое обследование в поликлиниках в соответствующей больнице и были частоты подобраны к случаям, по возрасту (± 5 лет) и пола. Раковые свободные средства управления были генетически связаны со случаями и не имели индивидуальную историю рака. Каждый пациент пожертвовал 5 мл венозной крови после предоставления письменного информированного согласия. Скорость отклика для случаев и контроля субъектов был и выше 85%.

Выделение ДНК и генотипирование
<р> Весь геномную ДНК выделяли и очищали из лейкоцитов периферической крови с помощью протеиназы К пищеварения и фенол /хлороформ экстракции. TNFA
-308 G > полиморфизм был генотипирование с использованием метода TaqMan-МГБ (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA), который использует два аллель-специфических TaqMan MGB зондов и пару праймеров ПЦР для обнаружения конкретный целевой SNP. Последовательность праймеров и зондов доступны по запросу. Реакционную смесь 10 мкл содержала 20 нг геномной ДНК, 3,5 мкл 2 × TaqMan генотипирования Master Mix, 0,25 мкл праймеров и зондов смеси и 6,25 мкл бидистиллированной воды. Амплификацию проводили в следующих условиях: 50 ° С в течение 2 мин, 95 ° С в течение 10 мин, а затем 45 циклов при 95 ° С в течение 15 с, и 60 ° С в течение 1 мин. Следуя инструкциям производителя, амплификацию проводили в 384-луночного ABI 7900HT системы в реальном масштабе времени PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA, США) и дискриминации аллельного были выполнены с использованием программного обеспечения SDS 2.4 (Applied Biosystems, Фостер-Сити, штат Калифорния, США). Скорости генотипирования этих полиморфизмов были выше 98%. Для обеспечения точности генотипирования, два отрицательных экспериментального контроля (вода) и два положительных экспериментальных управления с известным генотипом были включены в каждой реакционной пластины. Кроме того, около 5% образцов были выбраны случайным образом для повторной генотипирования для подтверждения; и результаты были на 100% согласные

Статистический анализ
<р> Перед дальнейшим анализом аллель частоты TNFA
-308G ≫. полиморфизма в контрольной группе тестового набора, проверки установить и объединенный набор были оценены против отхода от Харди-Вайнберга (HWE), используя тест х2-доброкачественность-оф-форме. Различия в распределении по возрасту, полу и частоты генотипов TNFA
-308G > полиморфизм между случаями и контролем оценивали с помощью теста Пирсона х2 в. Ассоциации между -308G &Гт A генотипов и риск развития рака желудка, а также клинические характеристики пациентов были измерены путем вычисления шансов (ОШ) и 95% доверительный интервал (ДИ) от безусловной логистического регрессионного анализа с учетом возраста и секс. Все статистические анализы были выполнены с помощью программного обеспечения SAS 9.1.3 (SAS Institute, Cary, NC, USA) и с двух сторон P
значение менее 0,05 считали статистически значимыми.

Результаты

характеристики исследуемой популяции
<р> частотные распределения демографических характеристик и клинических особенностей двух наборов исследовательской группы приведены в таблице 1. случаи и контроля были сопоставимы по возрасту и секс ( P
= 0,383 и 0,424 в тестовом наборе и P
= 0,164 и 0,061 в наборе валидации, соответственно). Несмотря на более старших испытуемых (> 65years) и женские предметы были представлены в тестовом наборе, чем в наборе проверки, не наблюдалось никаких существенных различий по возрасту и полу между случаями и контролем, когда мы объединили две популяции (таблица 1). В тестовом наборе, были 295 кардии рак желудка (CGC) больных и 455 не-кардии рак желудка (NCGC) больных; 406 пациентов с диагнозом диффузного типа рака желудка и 299 в качестве кишечного типа. Клиническая стадия TNM классифицируется в зависимости от глубины вторжения, метастазов в лимфатических узлах и отдаленных метастазов. Процент TNM стадии пациентов в ходе испытания от I до IV были 26,8%, 22,0%, 35,5% и 15,7%, соответственно. Из 936 пациентов в наборе проверки, 358 были CGC и 578 были NCGC; 539 пациентов с диагнозом диффузного типа рака желудка и 397 в качестве кишечного типа. Приблизительно было обнаружено 27,7%, 19,8%, 42,2% и 10,3% пациентов имеют TNM стадия I, II, III и IV заболевания, соответственно.

Ассоциация между TNFA
-308 G > полиморфизм и рак желудка риск
<р> результаты генотипирования TNFA
-308 G > полиморфизм среди пациентов контрольной группы в наборе два исследования представлены в таблице 2. наблюдаемые частоты генотипов в штурвалом тестового набора, набор проверки и объединенного набора были подобными HWE ( P
= 0,481, 0,448 и 0,946, соответственно). Затем мы использовали тест х2 Пирсона и логистического регрессионного анализа для оценки связи между TNFA
-308 G > полиморфизм и риск развития рака желудка. В тестовом наборе, мы обнаружили, что там было больше вариант генотипы (GA /AA) в случае группы, чем в контрольной группе ( P
= 0,034). По сравнению с лицами с генотипом GG, мы нашли те предметы, с Г.А. генотипов /АА имели повышенный риск развития рака желудка (скорректированное OR = 1,39, 95% CI = 1.01-1.67). Подобные ассоциации наблюдались в исследовании репликации (GA vs. GG: OR = 1,29, 95% ДИ = 1.02-1.65 и GA /AA vs. GG: OR = 1,31, 95% ДИ = 1.03-1.65). Когда мы объединили данные двух исследований, более значимая связь наблюдалась (GA vs. GG: OR = 1,33, 95% ДИ = 1.12-1.59 и GA /AA vs. GG: OR = 1,34, 95CI% = 1.13-1.59 )
<р> Для того, чтобы оценить, если TNFA
-308 G >. полиморфизм играет различную роль в подгруппах по возрасту, полу, месту локализации опухоли и гистологических типов, мы тогда проводили слоистую анализ, основанный на этих переменных , Как показано в таблице 3, многослойный анализ показал, что повышенный риск, связанный с TNFA
-308GG /GA генотипов было более очевидным среди пожилых субъектов (> 65years) ( P
&л; 0,001, OR = 1,70, 95% ДИ = 1.28-2.25). Кроме того, никаких существенных различий не наблюдалось в стратификации пола, опухоли и гистологических типов

Ассоциация между TNFA
-308 G >. Полиморфизм и клинические характеристики больных раком желудка
<р> полиморфизм генов-кандидатов было предложено влиять на прогрессирование рака. Затем мы оценивали ли <ЕМ> TNFA
-308 G > полиморфизм оказывает влияние на клинические характеристики пациентов, в том числе стадии TNM, отдаленными метастазами, узел метастаза лимфатический и глубины опухоли инфильтрации. Как показано в таблице 4, мы обнаружили, что пациенты, несущие вариантных генотипов имели значительно большую распространенность Т4 стадии инфильтрации глубины ( P
= 0,001, OR = 2,19, 95% ДИ = 1.39-3.47) и отдаленных метастазов ( P
= 0,013, OR = 1,61, 95% ДИ = 1.10-2.35), что указывает на полиморфизм может быть связано с развитием рака желудка.

Обсуждение
<р> Основные выводы нашего исследования являются значимыми ассоциации между TNFA
-308 G > полиморфизм и риск развития рака желудка и прогрессирование. TNF-α является важным посредником в иммунной воспалительной реакции и было высказано предположение, что эндогенный промотор опухоли в человеческом канцерогенеза [23], [24], [25]. При раке желудка, Senthilkumar <ЕМ> и др.
Показано, что ФНО-α мРНК и белок выражения были значительно увеличены у пациентов желудка аденокарциномы, с помощью ОТ-ПЦР, Вестерн-блоттинга и иммуногистохимии [12]. Влияние -308G > полиморфизм на уровне экспрессии TNFA
было ранее исследовано. . Карен и др
показал, что -308G > полиморфизм может влиять на сродство связывания фактора и приводят к фактору связывания с -308A аллеля, но не -308G аллеля, который затем приводит к увеличению экспрессии из TNFA
[14]. Учитывая то, что TNF-alpha является повышающей регуляции при раке желудка, вполне возможно, что отдельные лица, несущие аллель -308A (то есть. GA /AA), что связано с повышенным уровнем TNF-alpha, имеют повышенный риск развития рака желудка. Таким образом, биологически вероятно, что TNFA
-308G >. Придает восприимчивость лиц к раку желудка
<р> На сегодняшний день несколько молекулярных эпидемиологических исследований были проведены, чтобы исследовать связь между TNFA
-308G > полиморфизм и риск развития рака желудка. Однако результаты этих исследований остаются неубедительными. Есть два опубликованных мета-анализов на ассоциации между TNFA
-308G > А и риск развития рака желудка, которые определили этот полиморфизм как фактор риска для рака желудка в кавказских популяциях, но не в азиатских популяциях [20] , [21]. При проведении обзора двух мета-анализов, мы нашли только 3 исследования в общей сложности 513 случаев заболевания и 714 контрольных и 5 исследований, в общей сложности 833 случаев и 1375 управления в китайских популяциях были включены в мета-анализ Чжан и др и др.
[20] и Gorouhi и др.
[21], соответственно (таблица 5). Количество исследований и объем выборки этих исследований может быть слишком мал, чтобы генерировать стабильный результат. Из этих исследований, только Лу и др.
Обнаружили значительную связь между TNFA
-308GA генотип и повышенный риск развития рака желудка риска (OR = 1,81, 95% CI = 1.04-3.14) , Наше исследование дополнительно идентифицировать TNFA
-308G > полиморфизм как фактор риска развития рака желудка у китайского населения, что может иметь значение при оценке роли TNF- α в желудочном канцерогенезе. Как указано Мощность и образца программного обеспечения Размер расчета, наше исследование было 96% мощности в обнаружить или 1,50 или выше и минимальный OR 0,62 с частотой экспозиции 9% при текущем объеме выборки (1686 случаев и 1895 гг управления) , что свидетельствует о том, что размер выборки нашего исследования является эффективным
<р> Кроме того, мы обнаружили, что TNFA
-308G >. полиморфизм был связан с повышенным риском развития рака желудка среди подгрупп старше предметы (возраст > 65 лет), а не молодого предметов. Это наблюдение хорошо поддерживается большим органом исследований, связывающих слабую иммунную систему с возрастом [26], [27]. Иммунная система пожилых индивидуумов претерпевает изменения, которые могут объяснить повышенной восприимчивости к злокачественных новообразований [26]. Было высказано предположение, что высокий уровень экспрессии TNF-альфа могут быть вовлечены в рост опухоли и распространяться через влияющий ремоделирование ткани и развитие стромы [28], [29]. В нашем исследовании мы также обнаружили, что TNFA
-308G > полиморфизм был связан с клинической агрессивностью, таких как продвинутой стадии опухоли и отдаленных метастазов. Аналогичное наблюдение также сообщалось в другом исследовании [30]. Если подтвердить дополнительными исследованиями, этот полиморфизм может помочь точно предсказать клиническое течение рака желудка. Тем не менее, эти результаты следует интерпретировать с осторожным, потому что есть вероятность того, что ассоциации с плохим прогнозом обусловлены поздней стадии на момент постановки диагноза.
<Р> При интерпретации наших результатов, некоторые другие ограничения также должны быть обеспокоены. Во-первых, так как наше исследование было на базе больниц дизайн, возможность смещения отбора субъектов, которые были связаны с определенным генотипом может существовать. Тем не менее, распределение генотипов в наших контрольных были аналогичны распределениям, зарегистрированных в других китайских исследованиях и соответствовали HWE. Таким образом, смещение отбора в терминах распределений генотипов не будет существенным. Во-вторых, H. Pylori
серологического статуса является хорошо известной причиной рака желудка и было предложено, чтобы влиять на экспрессию TNF- α [31]. Генетические вариации TNFA
может взаимодействовать с этим фактором, чтобы повлиять на риск желудочного CANER. К сожалению, отсутствие доступной информации о H. Pylori
серологического статуса в нашем исследовании мы ограничены для дальнейшего изучения этих взаимодействий. Таким образом, дальнейшие исследования с более подробной информацией о H. Pylori
инфекция гарантированы
<р> В заключение, наши результаты предполагают, что -308G >. полиморфизм в промоторе TNFA
оказывает существенное влияние на возникновение и прогрессирование рака желудка в китайское население. Хотя ассоциации оказались статистически значимыми в нашей популяции, эти результаты должны быть независимо проверены других перспективных исследований с большим размером выборки Синхронный хорошо подогнанных управления и непредвзятых соответствием однородных участников.

• PLoS ONE: Роман протеомики на основе клинической диагностики Технология Обозначает Неоднородность в активирова…
• PLoS ONE: Высокий уровень ароматических аминокислот в желудочном соке на ранних стадиях рака желудка Progression