Ploche ONE: Funkčné Promoter -308G > varianta vo faktoru nekrózy nádorov alfa gén je spojené s rizikom a progresiu rakoviny žalúdka v čínskej Population

abstraktné

Background

Tumor necrosis faktora α (TNF-α) hrá kľúčovú úlohu v rozvoji a progresii karcinómu žalúdka. Funkčné polymorfizmus, -308 G > A (rs1800629), ktorý sa nachádza v promótorom TNFa
gén, bolo navrhnuté pre zmenu produkciu TNF-a a rizikom rakoviny vplyv. V tejto štúdii sme sa snažili zistiť, či tento polymorfizmus má vplyv na riziko a progresiu rakoviny žalúdka v čínskej populácie.

Metódy

genotyp sme TNFa
-308 G > polymorfizmus pomocou metódy TaqMan v štúdii case-control dvojstupňového zahŕňajúca celkovo 1686 pacientov s rakovinou žalúdka a 1895 s rakovinou bez predmetov. Logistická regresia bola použitá na posúdenie genetickej asociácie s výskytom a progresiu rakoviny žalúdka.

Výsledky

Zistili sme významnú súvislosť medzi variantných genotypov a zvýšené riziko vzniku rakoviny žalúdka [ P
= 0,034, pomer šancí (OR) = 1,39, 95% interval spoľahlivosti (CI) = 1,01 až 1,67, GA /AA vs. GG]. Podobné výsledky boli pozorované v nadväzujúcom štúdiu replikácie. Pri kombinácii dát z dvoch štúdií, zistili sme oveľa významný vzťah ( P
= 0,001, alebo = 1,34, 95% CI = 1.13-1.59), najmä u starších jedincov (viac ako 65 rokov). Okrem toho, pacienti nesúci variantné genotypy mal podstatne väčší výskyt T4 štádiu ochorenia ( P
= 0,001, OR = 2,19, 95% CI = 1,39 - 3,47) a vzdialených metastáz ( P
= 0,013, OR = 1,61, 95% CI = 1,10 - 2,35)

Závery

Naše výsledky naznačujú, že funkčné promótor -308 G >. polymorfizmus v TNFa
vplyv na citlivosť a progresie karcinómu žalúdka v čínskej populácie

Citácia :. Hong Y, z Ge, Jing C, Shi J, Dong X, Zhou F, et al. (2013) Funkčné Promoter -308G > varianta vo faktoru nekrózy nádorov alfa gén je spojené s rizikom a progresiu rakoviny žalúdka v čínskej populácie. PLoS ONE 8 (1): e50856. doi: 10,1371 /journal.pone.0050856

Editor: Ramon de Andrade Mello, University of Porto, Portugalsko

prijatá: May 27, 2012; Prijaté: 29.října 2012; Uverejnené: 10.01.2013

Copyright: © 2013 Hong et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Financovanie :. Toto dielo bol podporovaný z časti "šesť Talent Summit" projekt v provincii Ťiang-su (SWYY-71-028), Národná prírodná Science Foundation Jiangsu (BK2011194) a Národná prírodná Science Foundation Číny (30872084, 30972444 a 81001274). Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

karcinóm žalúdka je štvrtou najčastejšou rakovinou a druhou najčastejšou príčinou úmrtí na nádorové ochorenie na celom svete, a obzvlášť prevláda v niektorých krajinách, vrátane Číny [1], [2]. Hoci presná etiológia rakoviny žalúdka je ešte potrebné identifikovať, akumuláciu Epidemiologické štúdie preukázali, že strava, fajčenie, alkohol a najmä Helicobacter pylori
( H. Pylori
) infekcie, sú dobre známe príčiny rakoviny žalúdka [3], [4]. Avšak, vysoký výskyt týchto rizikových faktorov nie vždy za následok vysoký výskyt rakoviny žalúdka, čo naznačuje, že ďalšie faktory, ako sú vnímavé genetické variácie a rozdiely v oblasti životného prostredia môže prispieť aj k žalúdočnej karcinogenéze. V poslednej dobe sa objavujúce sa dôkazy naznačujú, že genetické polymorfizmy v kandidátnej gény boli spojené s náchylnosťou k karcinómu žalúdka [5], [6], [7].

Bolo navrhnuté, že chronický zápal žalúdočnej sliznice, vyvolaný H. pylori
infekcie je kritickým krokom v rozvoji rakoviny žalúdka [8], [9]. V tomto prípade, genetické varianty génov pre cytokíny zápalu účely môžu byť potenciálnymi citlivosti faktory pre toto ochorenie. Jedným z dôležitých cytokínov spojených s H. pylori
infekcie je faktor nádorovej nekrózy (TNF) -α, ktorý je kódovaný TNFa
génu [10]. TNF-α je pleiotropný cytokín produkovaný hlavne aktivovanými monocytmi a makrofágy a hrá dôležitú úlohu v zápalovej odpovede [11]. Bolo navrhnuté, že počas expresie TNF-a ukázalo významné závažnosti-dávka-odpoveď ako rizikové markerov od pre-neoplastických lézií ku karcinómu žalúdka [12].

TNFa
gén sa nachádza v oblasti III ľudský leukocytárna antigén triedy na chromozóme 6 (6p21) a je vysoko polymorfný. Polymorfizmy v TNF
génu bolo preukázané, že výrazne ovplyvniť jeho hladinu expresie [13]. Z tohto dôvodu mnoho štúdií sa pokúsil zistiť, či je polymorfizmus v promótorom TNFa
by mohli byť použité ako domnelé determinantu faktor náchylnosti na rôznych chorôb, vrátane rakoviny žalúdka. Medzi mnohými polymorfizmy TNFa
promótor, TNFa
-308 G > polymorfizmus bol divoko študovaný a je funkčný štúdie, čo naznačuje, že -308 alely je spojená so zvýšenou produkciou TNF-alfa [14]. Čo sa týka rakoviny žalúdka, viaceré štúdie boli vykonané za účelom skúmať súvislosti medzi TNFa
-308 G > polymorfizmus a rakovina žalúdka v rôznych populáciách, však, tvorí výsledky týchto štúdií zostávajú vrátane [15], [16], [17], [18], [19]. K dnešnému dňu, dva publikované metaanalýzy na túto tému sa domnievajú, že -308 G > polymorfizmus bola spojená s rakovinou žalúdka v západnej populácie, ale nie v ázijskej populácie [20], [21]. Tu, v tejto štúdii sme vykonali relatívne veľké dvojstupňové štúdium case-control, ktoré zahŕňali celkovo 1686 pacientov s rakovinou žalúdka a 1895 s rakovinou bez predmetov, ktoré majú ďalej vyhodnotiť vplyv TNFa
-308 G >. polymorfizmus na žalúdočné rizika rakoviny a progresie v čínskej populácie

materiáloch a metódach

Ethics vyhlásenie

štúdia bola schválená Institutional Review Board of Nanjing medical University, Nanjing, Čína. Na náboru, písomný informovaný súhlas bol získaný od všetkých účastníkov zapojených do tejto štúdie.

Štúdium populácie

Toto je pokračujúce molekulárnej epidemiologická štúdia rakoviny žalúdka vykonaný v pričlenené nemocnice Nanjing lekárskej univerzity , Nanjing, Čína. Dizajn štúdie a kritériá pre začlenenie týchto subjektov boli predtým opísané v literatúre [22]. Stručne povedané, dve nezávislé case-control štúdie v nemocniciach na báze boli zahrnuté do tejto štúdie. Celkovo možno povedať, testovací súbor zahŕňal 750 žalúdočné prípadov a 835 veku a pohlavia-uzavreté ovládacie prvky prijatí na druhom pridružená nemocnice Nanjing Lekárskej univerzity, Nanjing a nemocnice rakoviny Nantong City, Nantong, Čína od marca 2006 do januára 2010, a validácia súbor zahŕňal 936 prípadov a 1060 kontrol zapísaní z Yixing ľudovej nemocnice, Yixing, Čína od januára 1999 do decembra 2006. Všetci pacienti boli etnickí Han Číňania pochádzajú z rôznych rodín a nemal žiadny krvný vzťah. Všetci pacienti boli novo diagnostikovaná histopatologicky potvrdená, dopadajúceho karcinómu žalúdka a boli postupne prijatí bez obmedzenia veku a pohlavia. Histologické rezy všetkých prípadoch boli preskúmané dvoma patológmi nezávisle na sebe. Títo pacienti, ktorí mali predchádzajúce rakovinu, rakovinu metastázovať z iného alebo neznámeho pôvodu, alebo predchádzajúci rádioterapia alebo chemoterapia boli vylúčení. Kontroly sa regrutovali z zdravých jedincov, ktorí hľadajú fyzikálne vyšetrenie v ambulanciách v zodpovedajúcom nemocnici a boli frekvenčné uzavreté na prípady podľa veku (± 5 rokov) a pohlavie. Ovládacie prvky s rakovinou bez boli geneticky nesúvisiace s prípadmi a mal žiadny individuálny históriou rakoviny. Každý pacient daroval 5 ml žilovej krvi po poskytnutí písomný informovaný súhlas. Miera odpovedí pre prípad a kontrolných orgánov bol aj nad 85%.

extrakcie DNA a genotypizácia

Celá genomická DNA bola izolovaná a čistená z leukocytov periférnej krvi pomocou proteinázy K trávenie a fenol /chloroformová extrakcia. TNFa
-308 G > polymorfizmus bol genotyp pomocou metódy TaqMan MGB- (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA), ktorý využíva dve alelově špecifických sond TaqMan MGB a primárny pár PCR pre detekciu špecifické SNP cieľ. Sekvencie primérov a sond sú k dispozícii na vyžiadanie. Reakčná zmes obsahovala 10 ul 20 ng genomickej DNA, 3,5 ul 2 x TaqMan genotypizácia Master Mix, 0,25 ul zmesi primérov a sond a 6,25 ul dvakrát destilovanej vode. Amplifikácia bola vykonaná za nasledujúcich podmienok: 50 ° C po dobu 2 minút, 95 ° C počas 10 minút a následne 45 cyklov 95 ° C počas 15 sekúnd, a 60 ° C po dobu 1 min. Podľa pokynov výrobcu, amplifikácie sa vykonávali v 384-jamkové ABI 7900HT Real Time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) a diskrimináciou alel boli vykonané pomocou softvéru SDS 2.4 (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Genotypizácia ceny týchto SNP boli všetky vyššie ako 98%. Aby bola zaistená presnosť genotypu, dva negatívne experimentálna kontrola (voda) a dva pozitívne experimentálne ovládacie prvky známeho genotypu boli zaradené do každej reakčnej dosky. Okrem toho, asi 5% vzoriek bolo náhodne vybraných pre opakované genotypu na potvrdenie; a výsledky boli 100% zhodné

Štatistická analýza

Pred ďalšiu analýzu, alela frekvencia TNF
-308G >. polymorfizmus v kontrolách testovacej sady, validáciu nastaviť a kombinovaný set boli posúdené podľa odchode od Hardy-Weinberg rovnováhy (HWE) pomocou X2 testu dobrota-of-fit. Rozdiely v rozložení veku, pohlavia a frekvencia genotypov TNF
-308G > polymorfizmus medzi prípadmi a kontrolami boli hodnotené podľa Pearsona X2 testu. Združenie medzi -308G > A genotypom a riziko vzniku rakoviny žalúdka, ako aj klinické charakteristiky pacientov boli merané pomocou výpočtu miery pravdepodobnosti (ORS) a 95% intervaly spoľahlivosti (CIS) z bezpodmienečnej logistickej regresnej analýzy s úpravou vzhľadom na vek a sex. Všetky štatistické analýzy boli vykonané pomocou softvéru SAS 9.1.3 (SAS Institute, Cary, NC, USA) a obojstranne P
hodnoty nižšie ako 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú.

Výsledky

Charakteristika populácie v štúdii

frekvenčné distribúcie demografických charakteristík a klinických rysov dvoch sád študijnej skupiny sú uvedené v tabuľke 1. prípadoch a kontroly boli zladené podľa veku a sex ( P
= 0,383 a 0,424 z testovacej kolekcie a P
= 0.164 a 0,061 v sade overovania, v uvedenom poradí). Aj keď viac starších subjektov (viac ako 65 rok) a ženského pohlavia boli prezentované v testovacej kolekcie, než v sade overovania, žiadny významný rozdiel vo veku a pohlavia medzi prípadov a kontrol bola pozorovaná keď sa spoja dve populácie (tabuľka 1). V testovacom sete, bolo ich tam 295 CARDIA rakovina žalúdka (CGC) pacientov a 455 non-CARDIA rakovina žalúdka (NCGC) pacientov; 406 pacientov diagnostikuje ako difúzny typ karcinómu žalúdka a 299 ako črevné typu. Klinické TNM stupeň je zaradený do kategórie podľa hĺbky invázie, lymfatických uzlín a vzdialených metastáz. Percento TNM fázy pacientov v teste nastavený od I až IV boli 26,8%, 22,0%, 35,5% a 15,7%, v danom poradí. Zo 936 pacientov v sade overovania, 358 boli CGC a 578 boli NCGC; 539 pacientov diagnostikuje ako difúzny typ karcinómu žalúdka a 397 ako črevné typu. Približne bolo zistené 27,7%, 19,8%, 42,2% a 10,3% pacientov mať TNM štádium I, II, III a IV ochorení, resp.

Združenie medzi TNFa
-308 G > polymorfizmus a rakovina žalúdka riziko

výsledky genotypizácie TNF
-308 G > polymorfizmus medzi pacientmi a kontrolnou skupinou v dvoch študijných sady sú uvedené v tabuľke 2. pozorované genotypovej frekvencie v kontrolách testovacej sady, sady validácie a kombinované sady boli všetci v zhode s HWE ( P
= 0,481, 0,448 a 0,946, príslušne). Potom sme použili Pearsonovho X2 testu a logistické regresnej analýzy, aby posúdila súvislosť medzi TNF
-308 G > polymorfizmus a žalúdka riziko rakoviny. V testovacom sete, sme zistili, že tam bolo viac variantov genotypy (GA /AA) v prípade skupine než v kontrolnej skupine ( P
= 0,034). V porovnaní s jedincami s genotypom GG, zistili sme, tie subjekty s GA /AA genotypov mali zvýšené riziko rakoviny žalúdka (upravený OR = 1,39, 95% CI = 1.01-1.67). Podobné združenia boli pozorované v štúdii replikácie (GA vs. GG: OR = 1,29, 95% CI = 1,02 - 1,65 a GA /AA vs. GG: OR = 1,31, 95% CI = 1,03 - 1,65). Keď sme sa kombinovať dáta z dvoch štúdií, viac významná súvislosť bola pozorovaná (GA vs. GG: OR = 1,33, 95% CI = 1,12 - 1,59 a GA /AA vs. GG: OR = 1,34, 95CI% = 1,13-1,59 )

Ak chcete posúdiť, či TNF
-308 G >. polymorfizmus hrá inú úlohu vo podskupín veku, pohlavia, nádorové mieste a histologických typov, sme potom vykonáva rozvrstvené analýzu na základe týchto premenných , Ako ukazuje tabuľka 3, vrstveného analýza ukázala, že je zvýšené riziko spojené s TNF
-308GG /GA genotypov bol viac viditeľný u starších jedincov (> 65 rokov) ( P Hotel < 0,001, OR = 1,70, 95% CI = 28.1.-25.02.). Okrem toho, žiadny významný rozdiel bol zaznamenaný v stratifikácii pohlavia, nádorové mieste a histologických typov

Združenie medzi TNF
-308 G >. Polymorfizmus a klinické charakteristiky pacientov s rakovinou žalúdka

polymorfizmy kandidátnych génov boli navrhnuté ovplyvniť vývoj rakoviny. Potom sme hodnotili, či je TNFa
-308 G > polymorfizmus má účinok na klinické charakteristiky pacientov, vrátane TNM štádiu, vzdialené metastázy, lymfatických uzlín a hĺbky nádoru infiltrácie. Ako je uvedené v tabuľke 4, sme zistili, že pacienti nesúci variantný genotypy mal podstatne väčší výskyt T4 fáze inváziu do hĺbky ( P
= 0,001, OR = 2,19, 95% CI = 1,39 - 3,47), a vzdialenej metastázy ( P
= 0,013, OR = 1,61, 95% CI = 1,10 - 2,35), čo naznačuje, polymorfizmus môže byť spojené s progresiou rakoviny žalúdka.

Diskusia

hlavné závery našej štúdie sú významná súvislosť medzi TNF
-308 G > polymorfizmus a žalúdočné rizík a progresie rakoviny. TNF-α je dôležitým mediátorom imunitnej v zápalovej odpovedi, a bolo navrhnuté, že je endogénna promótor nádor v ľudskom karcinogenézy [23], [24], [25]. V karcinómu žalúdka, Senthilkumar et al.
Preukázané, že TNF-α mRNA a proteínové výrazy boli významne zvýšené u pacientov adenokarcinóme žalúdka, s použitím RT-PCR, Western blotting a imunohistochémia [12]. Vplyv -308G > polymorfizmus na úrovní expresie TNFa
bola už skôr preskúmané. . Karen et al
ukázali, že -308G > polymorfizmus mohol mať vplyv na afinitu väzby faktora a viesť k faktoru viazanie na -308 alelu, ale nie -308G alela, ktorá potom vedie k zvýšenej expresii zo TNF
[14]. Vzhľadom na to, že TNF-a je up-regulovaný u karcinómu žalúdka, je možné, že jedinci nesúce alelu -308 (tj. GA /AA), ktorá je spojená so zvýšenou úrovňou TNF-a, majú zvýšené riziko rakoviny žalúdka. Preto je biologicky možné, že TNF
-308G >. Prepožičiava náchylnosť k rakovine žalúdka

K dnešnému dňu niekoľko molekulárnej epidemiologické štúdie boli vykonané, aby vyšetrila súvislosť medzi TNF
-308G > polymorfizmus a žalúdka riziko rakoviny. Avšak, výsledky z týchto štúdií zostávajú nepresvedčivé. Existujú dva publikoval meta-analýzy o združení medzi TNF
-308G > A a žalúdočné riziko rakoviny, ktoré identifikovali tento polymorfizmus ako rizikový faktor pre rakovinu žalúdka v kaukazskej populácii, ale nie v ázijskej populácie [20] , [21]. Pri preskúmala dve analýzy sme zistili, iba tri štúdie s celkom 513 prípadov a 714 kontrol a 5 štúdií s celkom 833 prípadov a 1375 kontrol v čínskej populácie boli zahrnuté do metaanalýz Zhang et al.
[20] a Gorouhi et al.
[21], v uvedenom poradí (tabuľka 5). Počet štúdií a veľkosť vzorky týchto štúdií môže byť príliš obmedzený generovať stabilný výsledok. Z týchto štúdií, len Lu et al.
Nájdený významný vzťah medzi TNF
-308GA genotyp a zvýšené riziko žalúdočného rizika rakoviny (OR = 1,81, 95% CI = 1.04-3.14) , Naša štúdia ďalej identifikovať TNF
-308G > polymorfizmus ako rizikový faktor pre rakovinu žalúdka v čínskej populácie, ktoré môžu byť cenné pri hodnotení rolu TNF-alfa v žalúdku rakoviny. Ako je uvedené v Power and Sample Size Kalkulačný softvér, naše štúdie malo 96% energie z detekovať alebo 1,50 alebo vyšší a minimálne OR 0,62 s expozíciou frekvenciou 9% na aktuálnu veľkosť vzorky (1686 prípadov a 1895 kontrol) , čo naznačuje, že veľkosť vzorky našej štúdie je efektívna

Okrem toho sme zistili, že TNF
-308G >. polymorfizmus bolo spojené so zvýšeným rizikom rakoviny žalúdka u podskupín staršej subjekty (vek > 65 rokov), skôr než mladší subjekty. Toto pozorovanie je dobre podporovaná veľkým telom štúdií, ktoré prepájajú slabý imunitný systém sa starnutím [26], [27]. Imunitný systém starých jedincov prechádza zmeny, ktoré môže prispievať k zvýšenej náchylnosti k malígnych ochorení [26]. Bolo navrhnuté, že vysoká expresia TNF-alfa môže byť zapojený do rastu tumoru a šíri ovplyvňovanie tkanivové prestavby a vývoj stromálny [28], [29]. V našej štúdii sme tiež zistené, že TNF
-308G > polymorfizmus bola spojená s klinickým agresivitou, ako pokročilom štádiu nádoru a vzdialené metastázy. Podobné pozorovania bola hlásená aj v ďalšej štúdii [30]. Ak sa potvrdí pomocou ďalších štúdií, tento polymorfizmus môže pomôcť presne predpovedať klinický priebeh rakoviny žalúdka. Avšak tieto výsledky by mali byť interpretované s opatrný, pretože existuje možnosť, že združenie so zlou prognózou sú spôsobené neskorej fáze v čase diagnózy.

Pri interpretácii našich výsledkov, niektoré ďalšie obmedzenia by mali byť tiež týka. Po prvé, pretože naša štúdia bola nemocnica založené na dizajn, možnosť výberu predpojatosti subjektov, ktoré boli spojené s určitým genotypom môže existovať. Avšak, genotyp rozdelenie v našich kontrolách boli podobné ako u distribúciou pozorovaných iných čínskych štúdií a zodpovedalo HWE. Preto výber skreslenie, pokiaľ ide o distribúciu genotypov by to podstatné. Po druhé, H. pylori
stav infekcie je dobre známa príčina rakoviny žalúdka, a bolo navrhnuté, aby vplyv na expresiu TNF-a [31]. Genetické rozdiely v TNFa
môže interagovať s týmto faktorom mať vplyv na žalúdočnú Caner riziko. Bohužiaľ, nedostatok dostupných informácií o H. pylori
zdravotný stav v našej štúdii nás obmedzený na ďalej preskúmať tieto interakcie. Tak, ďalšie štúdie s podrobnejšími údajmi o H. pylori
infekcie sú oprávnené

Na záver, naše výsledky naznačujú, že -308G >. polymorfizmus v promótorom TNF
má podstatný vplyv na vznik a progresiu žalúdočných v čínska populácia. Aj keď sa asociácie sa zdá byť štatisticky významné v našej populácie, tieto zistenia by mala byť nezávisle overené prípadné iné štúdie s väčšou veľkosťou vzorky Simultánne dobre uzavreté ovládacie prvky a objektívne zhodou homogénna účastníkov.

• Ploche ONE: Román proteomiky-Based Clinical Diagnostics technológie Identifikuje Heterogenita v aktivovaných signálnych dráh v karcinómov žalúdku
• Ploche ONE: Vysoké úrovne aromatických aminokyselín v žalúdočnej šťavy počas skorých štádií rakoviny žalúdka Progression