Plos ONE: MYC Deregulacija želodčnega raka in njegove Clinicopathological implikacije

Povzetek

Naša študiji so raziskovali odnos med myc
spremembe in clinicopathological funkcij v želodcu raka. smo ovrednotili vpliv MYC
mRNA izražanja in njeno beljakovin radioinkorporacijo, kakor tudi kopijo variacije števil, promotor DNA metilacije in točkovnih mutacij, v 125 adenokarcinomom želodca in 67 paried ne-neoplastične tkiva. Opazili smo, da 77% tumorjev predstavljeni myc radioinkorporacijo ki je bistveno povezano s povečano ekspresijo mRNA ( p
< 0,05). Te pripombe so bile povezane z globljim razširitev tumorja in prisotnost metastaz ( p
< 0,05). MYC protein izraz so pogosteje opažali v črevesju tipa kot pri tumorjih difuzna tipa ( p
< 0,001). Poleg tega, myc
mRNA in izražanje proteina so statistično pomembno povezane s številom kopij ( p
< 0,05). Dobiček myc
izvodov je bila povezana s poznim nastopom, črevesne tipa, v poznejši fazi tumorja, in prisotnost oddaljenih metastaz ( p
< 0,05). Hypomethylated myc
promotor je bila odkrita v 86,4% vzorcev tumorjev. MYC
hipometilacije je bila povezana z difuzno tipa, v poznejši fazi tumorja, globlje razširitev tumorja, ter prisotnost bezgavk metastaz ( p
< 0,05). Poleg tega osemnajst tumorske vzorci predstavljeni vsaj eno znano mutacijo. Prisotnost myc
mutacij je bila povezana z razpršeno tipa tumorja ( p
< 0,001). Naši rezultati so pokazali, da je MYC
deregulacija je v glavnem povezana s slabimi prognostičnih funkcij in okrepiti tudi prisotnost različnih poti, ki sodelujejo v črevesju tipa in difuzna tipa želodca rakotvornost. Tako, naše ugotovitve kažejo, da je myc
lahko uporaben marker za klinično razslojevanja in prognozo

Navedba. De Souza CRT, Leal MF, Calcagno DQ, Costa Sozinho EK, Borges BDN, Črna Gora RC, et al. (2013) MYC
Deregulacija želodčnega raka in njegove Clinicopathological implikacije. PLoS ONE 8 (5): e64420. doi: 10,1371 /journal.pone.0064420

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japonska

Prejeto: 30. januar 2013; Sprejeto: 12. april, 2013; Objavljeno: 22. maj 2013

Copyright: © 2013 de Souza et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Avtorji so hvaležni Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq, CRTdS, AKCRdS, SEBdS, RRB in MdACS) in Fundação de Amparo à Pesquisa storiti Estado de Sao Paulo (FAPESP; DQC in MFL), ki podpirajo te študije kot štipendij. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je četrti najpogostejši tip raka in ostaja drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka na svetu [1]. Ta rak je običajno diagnosticirana v poznejših fazah in enotni kurativno zdravljenje na voljo zahteva kirurško resekcijo [2]. Tako, želodčni rak je resen zdravstveni problem v svetu. Izboljšana razumevanje biologije tega neoplazme je ključnega pomena in je lahko koristno za vodenje vodenje pacientov, kot tudi za razvoj novih terapevtskih možnosti.

MYC
je ena izmed najbolj raziskanih onkogeni, ki izhajajo iz njene povezave z velikim številom bolezni [3]. MYC igra pomembno vlogo pri več temeljnih funkcij celične biologije, vključno z regulacijo celične rasti in proliferacije, metabolizem, diferenciacija, apoptoza in angiogenezo (za pregled glej [4], [5]). Zato MYC je povezovalec ekstracelularnih in znotrajceličnih signalov, in njegov celični fenotip je odvisno od lokacije tkiva [6] [7]. Ni presenetljivo, da deregulacija myc funkcij prispeva k fenotipa tumorja.

myc
deregulacijo zaradi gena pomnoževanje [8], [9], kromosomske translokacije ali vstavljanje [10] [11] , mutacije [12], in epigenetske spremembe [13], [14], so poročali v različnih vrst raka, predvsem raka želodca. MYC izraz je pogosto povišana ali deregulacije na področju človekovih novotvorbe [4], in zdi se, da je na križišču več pomembnih poti in postopkov, vključenih v rakotvornost [15], pri čemer je ključni dogodek v želodčnem rakotvornost [9]. Prej, naša skupina je pokazala, da je MYC
mRNA izražanja in kopiranje število poveča v zaporednih korakih intestinalnega tipa želodca rakotvornosti v primata modelu nečloveškega [16], kar kaže, da je MYC
lahko lahko šlo v želodčni tumorja začetek in napredovanje.

razumevanje myc
biologije bistvenega pomena, da se pojasni svojo vlogo v patogenezi raka želodca. Do danes, ni študija korelacijo myc
mutacij, ojačanje, beljakovine /mRNA in metilacije v tem novotvorb. Tukaj smo ocenili odnos med myc
spremembe in clinicopathological funkcij pri raku želodca. Poleg tega MYC
ekspresijo mRNA in proteina radioinkorporacijo, kakor tudi različnih molekularnih prej, povezanih z njegovim deregulacijo kot števila kopij variacije (CNV), mutacije, in DNA metilacije, so bili analizirani v isti skupini raka želodca vzorci.

Materiali in metode

Etika Izjava

Vsi vzorci so bili pridobljeni s pisno obveščeni soglasja in odobritve iz klinike (Belém, odstavek, Brazilija) etične presoje desk ( številka protokol. 142004)

Klinični vzorci

125 želodca adenokarcinom in 67, ki ustreza ne-neoplastične želodčnega tkiva (kontrolnih vzorcev) so bili pridobljeni kirurško od bolnikov v bolnišnici João de Barros Barreto University v odstavku država, Brazilija. Vsi subjekti niso bile izpostavljene niti kemoterapije ali radioterapije pred operacijo. Želodčne tumorji so bile razvrščene v skladu z Lauren [17] in tumorji so predstavljena samo z uporabo standardnih meril, ki jih TNM uprizarjanjem [18]. V clinicopathological funkcije so prikazani v tabeli 1 in 2.

seciramo tumor in kontrolni vzorci so bili hitro zamrznili v tekočem dušiku, dokler čiščenje nukleinskih kislin. Drugi del iste tkiv je formalinu fiksne in parafin vgrajeni. Za fluorescenčne in situ
hibridizacije (FISH) testu, je preostali tumor vzorec razčlenjene kot je opisano prej [19].

MYC radioinkorporacijo

Imunohistokemijsko analize za myc beljakovine so izvedli na 125-formalin določen,-parafin vgrajeni tumorskih odsekov. Imunohistokemijsko je bila izvedena v skladu z Calcagno et al.
[10]. odseki tumor tkiva (3 ali 4 mm debeline) so deparaffinized v ksilen in rehidrirane v stopenjski seriji etanola. Po toplotno povzroča pridobivanje epitop, so bili odseki tkiva inkubirali s primarno miške monoklonsko protitelo proti myc (razredčitve 1:50; sc-40, Santa Cruz Biotechnology, ZDA in Zymed®, ZDA). Univerzalna peroksidazo konjugirano komplet sekundarna protitelesa (LSAB sistem, DakoCytomation, ZDA) smo uporabili za sistem za odkrivanje. Uporabili smo 3,30-diamino-benzidin /H _{2O 2 (Dakocytomation, Danska) kot kromogena in hematoksilinom kot za nasprotno. Vsako jedrsko madež z ali brez citoplazemske obarvanje je veljala za pozitiven rezultat, ne glede na intenzivnost. MYC-pozitiven primer je opredeljen kot eden, ki ima 10% ali več tumorske celice pozitivne na ta protein.}

nukleinskih kislin ekstrakcija

genomske DNA (gDNA) je bila vzeta z QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen, Nemčija) po navodilih proizvajalca. Total RNA je bila vzeta s Tri-reagent® (Life Technologies, ZDA) v skladu s protokolom proizvajalca. DNA in RNA Koncentracija in kakovost so bile določene s pomočjo NanoDrop spektrofotometra (Kisker, Nemčija). integriteta RNA je bila določena z gelsko elektroforezo (1% agarozni geli). Vsi vzorci so bili shranjeni pri -80 ° C do uporabe.

MYC
mRNA izraz

Za kvantitativno raven mRNA MYC
, je skupno RNA izolirana od 49 seznanjenih normalnih in tumorskih tkivih, ki uporabljajo TRIzola (Life Technologies, ZDA). RNA smo reverzno prepisana z uporabo High-Capacity cDNA Archive komplet po proizvajalčevih protokola (Life Technologies, ZDA). Komplementarna DNA smo nato pomnožili s PCR v realnem času z uporabo TaqMan sonde, kupljenih kot testiranju na zahtevo Izdelki za izražanja genov (Life Technologies, ZDA) na 7500 Fast PCR v realnem času (Life Technologies, ZDA). GAPDH
gen je bil izbran kot notranje kontrole za vnos RNA in nazaj učinkovitost prepisu. Vse v realnem času reverzna transkripcija kvantitativni PCR (RT-qPCR) smo izvedli v treh izvodih tako za ciljno gen ( MYC
: Hs00153408_m1) in notranji nadzor ( GAPDH
: NM_002046.3).

Relativna kvantifikacija (RQ) izraza gena je bila izračunana v skladu z Livak in Schmittgen [20]. Ustrezni kontrolni vzorec, ki je bila imenovana kot kalibratorja iz vsake tumorja.

myc
število kopij

FISH in qPCR smo uporabili za oceno myc
število kopij v podskupini 49 tumorjev, enako uporabljena v študiji izraza. FISH je bila izvedena v skladu s protokolom o Pinkel et al.
[21] s spremembami, ki jih Calcagno uvedene et al.
[22]. Celice smo hibridizirali s Spectrum Orange
Probe (LSI Vysis /Abbott, Inc., IL) za MYC
gen regija (8q24.12-q24.13) in jedra so jih nasprotno s 4 '6-diamidino-2-phenylindole antifade. Fluorescence smo zaznali uporabo Olympus BX41 fluorescentni mikroskop (Olympus, Japonska) z vzbujanja filtri za 4 ", 6-diamidino-2-phenylindole (260 nm) in rodamina (570 Mn). Za vsak primer, je bilo 200 medfazne jedra analizirali z uporabo ASI analizo slike sistema (Applied Spectral Imaging, Izrael). Pozitivna MYC
genov signali pojavil kot rdeče lise na jeder in so bili dosegel s pomočjo meril Hopmana et al.
[23]. Da bi se izognili napačnim razlagam zaradi tehnične napake, normalnih limfocitov jeder in normalno želodčnega tkiva smo uporabili kot kontrolo. Rezultati FISH so bili predstavljeni kot odstotek MYC
pomnoževanje celica, v kateri smo ga izračunali odstotek celic, ki prikazuje 3 ali več signalov za myc
sonda s celico.

qPCR smo izvedli s pomočjo kvantitativne TaqMan CNV teste (Life Technologies, ZDA) za myc
gena (Hs01764918_cn) in za notranji nadzor RNase P
(Ƹ3326). Multiplex qPCR reakcije so bile izvedene v štirih izvodih z gDNA po protokola in kolesarske pogoji proizvajalca v 7500 Fast Real-Time PCR (Life Technologies, ZDA). Relativno število kopij je bila ocenjena za vsak vzorec z uporabo Kopiraj klicatelja Software V1.0 (Life Technologies, ZDA). Komercialne človekovih gDNAs (G1521 in G1471, Promega, ZDA), so bile uporabljene za kalibracijo

MYC
metilacija

metilacija vzorec in frekvenca MYC promotor je bila ocenjena v 125 tumorjev in 67 izravnanih kontrolnih vzorcev, ki jih metil specifični PCR (PPN), kot je opisano prej [24]. gDNA (2 mikrogramov) vseh vzorcev je bila spremenjena z bisulfita obdelavo, pretvorbo nemetilirane cytosines za uracili in izstop metiliranih cytosins nespremenjene [25]. Posebne primerji za myc
promotorja so bili naslednji: F5'-TAGAATTGGATTGGGGTAAA-3 'in R5'-CCAACCAAAAATCAACATGAAT-3 "za nemetiliran reakcij (pričakovano velikost 291 bp proizvoda); F5'-TAGAATTGGATCGGGGTAAA-3 'in R5'-CGACCGAAAATCAACGCGAAT-3 "za metilni reakcij (pričakovano velikost 290 bp izdelek), kakor je bila prejšnja opisanih [26].

PCR reakcije so bile izvedene z 0,1 mol /L dNTP, 2 mol /L MgCl _{2, 0,5 mol primerjev, 1,25 U Taq DNA polimeraze in 100 ng-bisulfita modificiran DNK. Po začetnem denaturacijo za 5 min pri 94 ° C 40 ciklov na 9 4 ° C za 45 sekund, 52,4 ° C 45 sekund in 72 ° C za 30 sekund bile izvedene, ki jim sledi končno razširitvijo 5 minut pri 72 ° C. PCR produkti so bili neposredno naložen na 3% agaroznem gelu in elektroforezo. Gel smo obarvali z SYBR® Safe DNA Gel Stain (Življenje technolgies, ZDA) in se neposredno vizualizirali pod UV osvetlitvi. Kot pozitivno kontrolo vseh reakcij PPN, je gDNA vzorec popolnoma methylated uporabo CpG Methylase (SssI, New England BioLabs, ZDA) po navodilih proizvajalca. . Poleg tega so primerji za divjega tipa se uporabljajo za spremljanje popolno pretvorbo DNA, dobljene v bisulfita reakciji}

Vzorci so bili stratificirani, kot so: 1) hypomethylated vzorce, ko je bil pozitiven pomnoževanje produkt odkrita samo v PCR s specifičnimi primerji za nemetiliran zaporedja; 2) hypermethylated vzorce, ko je bil pozitiven pomnoževanje zaznali le v PCR s specifičnimi primerji za metilni sekvenc; 3) delni metilni vzorci, ko je bil pozitiven pomnoževanje odkrite v PCR z dvema ali osnovne sklope.

MYC
genotipizacijo

Tri eksonov za MYC
gen so bili izbrani za analizo mutacij v vseh 125 želodca vzorcih raka. Naslednji primerji so bili oblikovani za pomnoževanje in zaporedja: ekson 1 F5'-TTTATAATGCGAGGGTCTGGA-3 'in R5'-GCATTCGACTCATCTCAGCA-3' (pričakovano velikost 654 bp produkt); ekson 2 F5'-CTGCCTCCCGCTTTGTGT-3 'in R5'-TTTGATGAAGGTCTCGTCGT-3' (pričakovano velikost produkt 423 bp), F5'-TGGGAGGAGACATGGTGAA-3 'in R5'-TGCCAATGAAAATGGGAAAG-3' (pričakovano velikost 507 bp proizvoda); ekson 3 F5'-TGTCCAGAGACCTTTCTAACGTAT-3 'in 5'-CCGTAGCTGTTCAAGTTTGTG-3' (pričakovano velikost produkt 663 bp), 5'-TGTCCGTCCAAGCAGAGG-3 'in 5'-TGATGAAAACAAACAGGGATG-3' (pričakovano velikost 639 bp produkt).

reakcije PCR smo izvedli z 0,1 mol /L dNTP, 2 mol /L MgCl _{2, 0,5 mol /L primerji 1 U Taq polimeraza in 100 ng DNK. Pogoji PCR so bili 95 ° C za 10 minut, čemur sledi 35 ciklov po 1 min denaturacija pri 95 ° C, 1 min temperaturo kaljenja (v razponu od 59 do 61 ° C) in 1 min razširitve pri 72 ° C. V amplikoni ločimo na 2% agaroznem gelu, obarvanem z SYBR® Safe DNA Gel Stain (Življenje technolgies, ZDA) in se neposredno vizuali pod UV osvetlitvi.}

pomnožkov je bilo zaporedje metodi Sanger [27]. Direktno sekvenciranje je bila izvedena s pomočjo Big Dye® Terminatorv3.1 Cycle sekvenciranje (Life Technologies, ZDA) in analizirali na ABI PRISM® 3130 Genetic Analyzer (Life Technologies, ZDA) z uporabo POP 7 polimera. Iskanje po v silicij mutacija je bila izvedena s pomočjo chromas Pro 1.5 (Technelysium Pty Ltd, Avstralija). Referenčna sekvenca je bil Gene ID: 4609 (NCBI). so poročali variante z manj kot 1% manjše alelov frekvenco. Patogenost missense mutacij je ocenil v analizi silicij uporabo PolyPhen (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/) in SIFT (http://sift.jcvi.org).

Statistična analiza

MYC
metilacija, mutacije ali njenih izdelkov "radioinkorporacijo razmerje obetov (OR) za clinicophatological funkcije smo ocenili z logistično regresijo. Starost ob vzorčenju želodčnega tkiva je bila opredeljena kot kovariablo v regresijski model.

normalnost porazdelitve kvantitativnih spremenljivk smo testirali s Shapiro-Wilk testu. Podatki, ki običajno niso bile razdeljene so se spremenile (z-score transformacija) v normalne porazdelitve za analizo. Analiza myc
mRNA izražanja in številko izvoda so bile izvedene s strani generalnega linearnega modela (GLM) s prilagoditvijo za starost, ki določa velikost učinka in upoštevati moč (OP) za vsako analizo. Velikost učinka za GLM analize je temeljil na Eta kvadratu (η ^{2), v kateri 0,15 in pod določimo kot majhnosti učinka, 0.16-0.40 kot srednje velikosti učinka, in nad 0,40 kot velikosti učinka.}

korelacija med mRNA izražanja in številom kopij smo analizirali s testom Pearson, v kateri je bila vrednost njenega koeficienta korelacije (r) pod 0,30 določena kot šibko korelacijo, 0.30-0.70 kot srednje korelacije in nad 0,70 kot močni korelaciji.

V vseh analizah, je interval zaupanja 95% in p
vrednosti manj kot 0,05 bile bistvenega pomena.

Rezultati

MYC
ojačanja je znano, da je povezana z visoko beljakovin /mRNA izražanja v želodcu rakotvornost [28], kljub temu, da po našem najboljšem znanju, nekaj študij niso izvedli opisati vlogo metilacije in myc
mutacije v tem procesu. Da bi dosegli ta cilj, smo analizirali 125 primerov, v katerih so bili 68% moških in 32%, so bile ženske. Povprečna starost naših nizu vzorca je bila 62 let (razpon 26-89 let). Nekoliko večja pogostost črevesne tipa (56,8%) in non-cardic (58,4%) tumorjev niso opazili (Tabela 1 in 2).

myc jedrska protein je bilo pozitivna v 76,8% (96/125) želodčnih tumorjev (slika 1). MYC protein izraz je pogostejša v črevesju tipa, razen tumorjev difuzno tipa ( p
< 0,001, OR = 7,856, CI 95% = 2,803-22,013) (tabela 1). MYC imunskim barvanjem je bilo povezano tudi s poznim nastopom (p = 0,026, ali = 3.276; CI 95% = 1.152-9.315), poglobljen razširitev tumorja ( p
= 0,045, OR = 2,975, CI 95% = 1,027 -8,623), in prisotnost oddaljenih metastaz ( p
< 0,001, OR = 17,682, CI 95% = 3,914-79,882) (tabela 1). Nadalje so MYC radioinkorporacijo povezana s povečano ekspresijo mRNA ( p
= 0,003 η ^{2 = 0,178, OP = 0,870) in myc
število kopij, ki jih FISH ( p
= 0,009, η 2 = 0.139, OP = 0,759) in qPCR ( p
= 0,003 η 2 = 0,177, OP = 0,869) (tabela 1).}

raven izraz je MYC
mRNA višja v vseh vzorcih tumorja kot njihovi seznanjenih nadzora (RQ = 3,39 ± 0,14; razpon 1.57-5.18). Povečan MYC
mRNA izražanja je bila povezana z globljo razširitev tumorja ( p
= 0,006, η ^{2 = 0,152, OP = 0,801), prisotnost na bezgavkah metastaze ( p
= 0,023, η 2 = 0,107, OP = 0,632), in oddaljeno metastaze ( p
< 0,001, η 2 = 0,788, OP = 1) (tabela 2 ). Poleg tega je bil nivo mRNA neposredno povezani s myc
število kopij ( p
< 0,01; r = 0,716).}

Ojačenje MYC
izvodov je bilo ugotovljeno v vseh želodčnih vzorcih adenokarcinom Fish in qPCR testov. S FISH povprečni odstotek celic predstavitvi MYC
pomnoževanje bila 72,1% (območje 50 do 83,5% celic s pomnoževanjem) (slika 2 A in B). Srednja myc
izvodov po qPCR je 4,5 (razpon od 3 do 9 kopij) (Slika 2 C).

FISH in qPCR analize so pokazale, da povečana myc
število kopij je bila povezana s poznim nastopom ( p
< 0,001; η ^{2 = 0,257, OP = 0,976; p
= 0,025; η 2 = 0,103, OP = 0,662, v tem zaporedju), črevesne tipa raka ( p
= 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,557; p
= 0,009; η 2 = 0.139, OP = 0,762, v tem zaporedju), in prisotnost oddaljenih metastaz ( p
= 0,001; η 2 = 0,221, OP = 0,942; p
< 0,001; η 2 = 0,356, OP = 0.999, v tem zaporedju). Poleg tega, MYC
pomnoževanje s FISH je bila povezana z napredovalih stopnjah tumorskih ( p
= 0,037; η 2 = 0,091, OP = 0,558), vendar pa sta bili le dve zgodnji tumorji analiziran v tej skupini vzorcev (tabela 2).}

Vsi želodca vzorci raka predstavljena pozitivno ojačanje z nemetiliran primerjem nizu. Zanimivo je, da je bilo hypomethylated 86,4% vzorcev raka. Po drugi strani pa je prisotnost nemetiliran sekvenc na myc
promotor opazili pri 28,4% kontrolnih vzorcev (delni metilirane vzorcev), kar kaže na izgubo metilacije v teh vzorcih (slika 3). specifičnosti in izrabe PPN rezultati primerji osebe so bile potrjene z bisulfit zaporedja PCR (BSP) pristop [29], v katerem smo naključno izbranih pet hypomethylated vzorcev; pet hypermethylated vzorcev in pet delni metilni vzorcev (podatki niso prikazani). MYC
hipometilacije je pogostejša v razpršenega tipa v primerjavi z rakom na črevesno tipa želodca ( p
= 0,007; OR = 8,554; 95% CI = 01.798-40.695 uporabo difuzna tipa kot referenčno skupino). Poleg tega, MYC
hipometilacije je bila povezana z napredovalih stopnjah tumorskih ( p
= 0,033; OR = 6,602; 95% CI = 1,162-37,501), globlje razširitev tumor ( p
= 0,022; OR = 4,752; 95% CI = 1,257-17,965), in prisotnost na bezgavkah metastaze ( p
= 0,032; OR = 5,12, 95% CI = 1,149-22,814) (tabela 1).

Kar se tiče zaporedja genov, ni nova mutacija je bila odkrita v želodčnih tumorjev. Vzorci trinajst (10,4%), tumor predstavili vsaj eno znano mutacijo, z različicami za manj kot 1% manjši alelov frekvenco. Skupaj je bilo ugotovljenih 18 mutacije, s 4 vzorci ki kažejo-co, ki se pojavljajo mutacije. V eksonu 1, pet z GG in štiri s CG na rs117856857; eno z GG na rs73707292; in štiri s CT na rs4645949. V eksonu 2, o missense mutacije, dva tumorji gojila mutacijo na kodonu 47, ki bi povzročil spremembo od tirozin do histidin (rs114570780; presejanje predvidevanja = škodljiv; PolyPhen napoved = verjetno škodljivo), in dva na kodonu 72, ki bi povzročil spremembo od prolina na serin (rs28933407; presejanje napoved = prenašal; PolyPhen napoved = verjetno poškodovali). Vse tumor z mutacijo v eksonu 2 predstavil eno ali dve znano mutacijo v eksonu 1. Exon 2 mutacij je bilo odkritih le v tumorjih difuzna tipa v poznejši fazi. Ne mutacija je bila opredeljena v eksonu 3. Prisotnost znana MYC
mutacij je bila povezana z tumorji difuzna tipa ( p
= 0.004, OR = 21,717, 95% CI = 2,678-176,111; uporabo razpršeno-type kot referenčna skupina) in prisotnost oddaljenih metastaz ( p
= 0,032, OR = 4,492; 95% CI = 1,141-17,679).

Pogovor

MYC protein vpliva na približno 15% genov v človeškem genomu [30]. Tako lahko MYC deregulacija za posledico spremembe v različnih bioloških poti vključenih v začetku in napredovanja raka [5]. Vendar pa do danes, je razmerje med myc
spremembe in clinicopathological parametrov ni dobro razumel. Naši vzorci predstavila razmerje moški-ženska v 2:1 in večina bolnikov je bilo starejših od petinpetdeset. Poleg tega je bil rak želodca črevesnih tipa pogostejše kot razpršenega tipa in tumorji so bile pogostejše v non-Kardije. Ti epidemiološki podatki so v skladu s prejšnjimi študijami [28], [31] - [33].

kromosomska premestitev v MYC
locus je zelo commun v krvotvorne raka. Vendar pa v trdnih človeških tumorjev, kot je rak želodca, myc
spremembe so pogosto posledica genske pomnoževanje [34]. Poleg tega, MYC
je priznano, da je najbolj pogosto dopolnjena kodiranja protein gen pri vseh vrstah raka [35]. V tej raziskavi smo opazili tri ali več MYC
genske kopije v vseh želodčnih tumorjev študiral, potrjujejo s prejšnjimi raziskavami v primarnih želodčnih tumorjev posameznikov iz našega prebivalstva [10], [28] [36] - [39], kakor tudi iz vzhodne Aziji in Evropi [40] - [42]. Tudi, MYC
pomnoževanje opazili v plazmi [43] in v želodcu raka celičnih linijah s sedežem v naši skupini [44] - [47]. Poleg tega je naša skupina ugotovila, da MYC
je klonske visoko ojačanje manj pogoste pri difuzni tipa kot pri črevesnih tipa primarnim rakom želodca [10] [22] [28], in to je bila okrepljena z ta študija.

MYC čezmernim je opisan kot v razponu od 15,6% do 100% v osnovnih želodčnega raka [9]. vitro
študije potrkal navzdol myc izražanja v želodcu raka celičnih linijah dokazali ključno vlogo myc izražanja v rasti želodca tumorskih celic, preživetja in vzdrževanje parametrov tumorskih celic, ki lahko prispevajo k maligni potencial [48 ]. Poleg tega Mehndiratta et al.
, [49] je pokazala znatno zmanjšanje (40%) v myc izražanja tako mRNA in proteina in njenih nadaljnjim ciljev z uporabo siRNA.

V tej študiji 76,8% želodčnih tumorjev pokazala myc radioinkorporacijo in vse tumorjev, črevesne in razpršeno vrsto, predstavljeno povečano ekspresijo mRNA v primerjavi z njihovimi seznanjene nadzora. Poleg tega smo ugotovili, da je myc radioinkorporacijo in povečano izražanje mRNA so bili povezani z globljim razširitev tumorja in prisotnost metastaz. Te ugotovitve kažejo, da ima MYC vlogo pri tumor invazivnosti, metastaze, in s tem agresivnost, ki podkrepijo predhodno študijo [37]. Čeprav so nekatere analize predstavil majhen učinek, te ugotovitve so tudi v dogovoru s prejšnjo raziskavo naše skupine pri primatih, v katerem smo dokazali neprekinjeno povečanje myc
mRNA izražanja in številko izvoda Med zaporedni koraki intestinalnega tipa želodca karcinogenosti v N-metil-nitrozouree (men) zdravljene primati [16]. Po drugi strani pa je združenje med myc in histološke zgradbe, lokacija tumorja, bezgavk metastaz ali patološko fazi odkritih v želodčni študiji raka razvili v kitajski populaciji [50], kar potrjuje, da lahko etnično na prizadeto populacijo privede do biološko in klinično želodčni rak podmnožice [51].

Čeprav pomnožitev gena ni nujno povezana ali potrebna za njegovo prekomerno, je naša raziskava kaže, da MYC radioinkorporacijo, MYC
ravni mRNA in številko izvoda so neposredno povezani.

DNA metilacija je močan mehanizem transkripcijske represije. Pravilno genomske metilacije-vzorci postanejo temeljito spremenile v rakave celice: Opazili so tako dobički (hypermethylation) in izgube (Hipometilacija) za metilni območij [52], [53]. Hipometilacija na določenih predlagateljev lahko aktivirate zmotne izražanje onkogenov in izgubo odtis v nekaterih lokusih [44]. Do sedaj, nekaj študij obravnavali odnos med metilacije vzorec myc
in njegov vpliv na izražanje genov in o rakotvornih procesov. MYC
hipometilacije je bila prej povezana z onkogenih napredovanje in indukcijo metastaz v modelu podganjega raka na jetrih [54] in v človeške debelega vzorcih raka [55]. Poleg tega, MYC
hipometilacije je bila povezana tudi z myc
izražanja v želodčnih tumorjev [26], [56] - [58] in celičnih linij [48]. Vendar pa nismo mogli upoštevati pomembno povezavo med myc
hipometilacije in njen izraz v naših vzorcih. Med drugimi dejavniki, lahko to pomanjkanje združenja posledica prisotnosti MYC
ojačanja v vseh tumorjev z hypomethylated predlagateljev (86,4% vzorcev) in s tem, da prikrijejo možnega vpliva tega epigenetske spremembe na MYC
transkripcije ureditev.

Suzuki et al.
[59] že pokazala, da je visoka stopnja hipometilacije kazalnik slabo prognozo tako želodca in debelega črevesa ter epigenetske spremembe so v odvisnosti od starosti, ki se pojavljajo pred genskih sprememb. V tej študiji so nekateri nadzor že predstavil nemetilirane zaporedja in v myc
promotorja. Poleg tega smo pokazali, da je MYC
hipometilacije je bila povezana z bolj agresivnim fenotipa (tumorja agresivnost, prisotnost bezgavka metastaz in histološke vrste raka). Te ugotovitve kažejo, da je MYC
demetilacijo lahko nabere med napredovanja tumorja in to bi lahko bil pogost pojav v želodčnem carinogenesis [60], [61], saj je bil ta mehanizem za druge gene opazili pri več vrstah tumorjev [ ,,,0],62], [63]. Kot je že predlagala za hypermethylation DNK [64], lahko promotor Hipometilacija se uporablja kot novo generacijo biomarkerjev in ima diagnostično in prognostično obeta kliniki.

Kolikor nam je znano, MYC
gena eksonov bili nikoli popolnoma zaporedje človeških želodčnih tumorjev. Tukaj smo zaporedje tri eksonov za MYC
: eksonu 1 je nekodiran protein, eksonov 2 in 3 so beljakovine kodiranje [za pregled glej (Pelengaris & Khan, 2003)]. Nismo našli nobene nove mutacije, pa smo ugotovili, da 4 tumorji predstavila missense mutacije (rs114570780 in rs28933407) na eksonu 2. Te mutacije so bile v evolucijsko ohranjenih zaporedje myc
: v transaktivacije področju [4] [65]. Poleg tega sta bili obe ugotovljene mutacije štejejo kot verjetno poškodovali v skladu s programsko opremo PolyPhen. Sprememba prolina v serin pri kodonu 72 je bil tudi že prej poročali kot patogeno različico v bazi podatkov NCBI dbSNP (http://omim.org/~~HEAD=pobj). Tako lahko obe mutaciji na ekson 2 vplivati ​​myc aktivnost v želodčnih tumorjev. Poleg tega prisotnost MYC
mutacij je bila povezana z oddaljeno metastaz. Vendar pa nadaljnje preiskave so potrebne za pojasnitev, če myc
mutacije imajo vlogo v vzorcu širjenja.

Po klasifikaciji Lauren, se želodčni adenokarcinom uvrščajo v glavnem v črevesnih in razpršenih vrst [17]. Intestinalnega tipa želodčni rak napreduje s številnimi zaporednih korakov, začenši z atrofičnega gastritisa, čemur sledi intestinalno metaplazijo, intraepitelial neoplazije in karcinoma [66]. Po drugi strani pa je difuzna tipa običajno ne razvije iz predrakavih sprememb [67], [68]. V tej raziskavi smo ugotovili, da se črevesna tipa predstavil pogostejše myc radioinkorporacijo, kot tudi večje število myc
izvodov kot tumorji difuzno tipa, ki se ujema s prejšnjimi študijami naše skupine [10] [22] [28] [38]. Poleg tega, MYC
Hipometilacija in točkovnih mutacij so pogosteje opažali pri difuzni tipa v primerjavi s tumorji intestinalnega tipa. Tako je naše ugotovitve potrjujejo, da sta ti dve histološke podtipi po različnih genetskih poti in se lahko dve različni subjekti [67].

Skratka, naši podatki kažejo, da je MYC
prekomerno in promotor Hipometilacija imajo lahko vlogo v želodčni procesu karcinogeneze. MYC
deregulacije je bil povezan predvsem slabih prognostičnih funkcije. Naši rezultati tudi okrepiti prisotnost različnih poti, ki sodelujejo v črevesju tipa in difuzna tipa želodca rakotvornost. Tako je naše ugotovitve kažejo, da je lahko MYC uporaben marker za klinično stratifikacijo in prognozo.

• Plos ONE: Odkritje tumorski markerji za Rak želodca s Proteomics
• Plos ONE: želodca Rak Uprizoritev z dvojno energijo Spektralna CT Imaging