Plos ONE: Obratna Metiliran XAF1 DNA Prikazuje slabo prognozo za želodca Cancer

Povzetek

Ozadje

metilira DNA v tekočinah je lahko primerna biomarkerjev za bolnike z rakom. XAF1
Dokazano je, da je pogosto navzdol ureja človeškega raka želodca (GC). Tukaj smo raziskovali če XAF1
metilacije v GC je lahko koristen biomarker.

Metode

Real-time RT-PCR je bila uporabljena za odkrivanje XAF1
mRNA izražanja; imunohistokemija in western blot so bili uporabljeni za preučitev XAF1 beljakovin izraz v GC tkiv (n = 202), in njihove ustrezne para-rakavi histološke normalno tkiva (PCHNTs). Realnem času metilacija specifično-PCR smo uporabili za preiskavo XAF1
promotor metilacije v isti plošči GC tkiv, njihovih PCHNTs in serumov.

Rezultati

Potrdili smo pogosto XAF1
navzdol ureditev tako mRNA in koncentracije proteina v GC tkiva v primerjavi z običajnimi kontrolami in PCHNTs. XAF1
hypermethylation je razvidno iz 83,2% (168/202) za GC tkiv in 27,2% (55/202) v PCHNTs, medtem ko ni bilo metilacije odkrita v 88 običajnih kontrol. Stopnja metilacije v GC tkivih je bila bistveno višja kot v PCHNTs ( p <
0,05). Hypermethylation za XAF1
pomembno povezana z zmanjšanjem števila XAF1
in GC tkiv v obeh mRNA in beljakovin ravneh ( p
< 0,001 vsak). Poleg tega smo zaznali visoko frekvenco XAF1
metilacija (69,8%, 141 od 202), v sera DNK iz istih bolnikov, medtem ko so bili sera DNA iz 88 kontrol ni tumorskih negativna XAF1
metilacija. XAF1
metilacije v obeh GC tkivih in v serumu lahko dobra biomarkerjev za diagnozo GC (AUC = 0,85 za tkiva in AUC = 0,91 za serumov) in bistveno povezana s slabšo prognozo ( p
< 0,001). Poleg tega je po-operaciji negativnih do pozitivnih prehoda XAF1
metilacije v serumu močno povezana z tumorja ponovitve.

Sklepi

1) disfunkcija od XAF1
je pogosta in se ureja z XAF1
promotorja hypermethylation; 2) Odkrivanje kroženja metilira XAF1
DNA v serumu lahko koristno biomarkerjev pri diagnosticiranju, ocenjevanju bolnikove izidom (prognozo in ponovitev), pri bolnikih, GC

Navedba. Ling ZQ, Lv P Lu XX Yu JL, Han J Ying LS, et al. (2013) Obratna metiliranih XAF1
DNA Označuje slabo prognozo za želodca raka. PLoS ONE 8 (6): e67195. doi: 10,1371 /journal.pone.0067195

Urednik: DunFa Peng, Vanderbilt University Medical Center, Združene države Amerike

Prejeto: 12. marec 2013; Sprejeto: 16. maj 2013; Objavljeno: 27. junij 2013

Copyright: © 2013 Ling et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Ta raziskave je bil podprt z donacijo za znanost in tehnologijo generalni projekt v provinci Zhejiang (št. 2009C33143), deloma pa s subvencijo hrbtenico Talent Zhejiang Provincial medicino in higieno platforme Programs (št. 2011RCA009). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je eden najpogostejših rakov na Kitajskem, z visoko stopnjo pojavljanja in umrljivosti, približno predstavlja 10% vseh malignih bolezni [1]. Želodca tumorigeneze je zapleteno, večstopenjski proces, ki vključuje spremembe mnogih genov [2]. Aberrant promotor metilacija je eden glavnih mehanizmov za tišini nekaj zaviralnih genov in povezanih tumorjev gene in igra zelo pomembno vlogo v patogenezi in napredovanje v človeških rakavih obolenj [3], [4] - [6], vključno z rakom želodca [7] [8]. Medtem pa se kopičijo podatki jasno kažejo, da je lahko DNA metilacija koristno in močna biomarkerjev pri oceni tveganja raka [5], [7], zgodnje diagnosticiranje [7], napovedujejo prognoza bolnikov [7], [8], in vrednotenje občutljivosti za kemoterapevtiki droge [9]. Naša nedavna študija in druge raziskave so pokazale, da je zaznavanje obtoku metiliran DNK v krvi močan in praktičen pristop za bolnike [7] z rakom, [10] [11].

-X vezana inhibitor apoptoze ( XIAP
) -associated faktor 1 ( XAF1
) je nov negativni regulator XIAP
, ki obrne vlogo zaščite XIAP na tumorskih celic [12] - [14]. Izguba XAF1
izraz bo postala tumorskih celic odpornost na apoptozo in spodbujanje tumorskih celic preživetja [14] - [17]. Disfunkcija XAF1
so poročali v številnih oblikah raka verjetno skozi promotorja metilacije [15] - [19], kar kaže njegov pomen v tumorigeneze. Pri raku človeške želodčne, XAF1
so poročali, da je pogosto in občutno navzdol regulirano in to navzdol ureditev XAF1
verjetno skozi hypermethylation DNK posebnih mestih CpG [15], [16 ], [18]. Vendar pa ni Poročilo je na voljo približno XAF1
metilacije v krvi in ​​njegov potencialnosti kot biomarker. V tej študiji smo preučili XAF1
promotor metilacije v parnih tkiv in serumskih vzorcih iz velike plošče bolnikov z rakom želodca in ocenjeni v obtoku metilira XAF1
kot potencialni biomarker za rakom želodca .

Material in metode

Izjava Etika

De-identificirane vzorce človeških tkiv in serumov so bili pridobljeni iz province Zhejiang človeškega tkiva vzorčnega banke. Uporaba vzorcev je odobril revizijski odbor institucionalno v provinci Zhejiang Cancer Hospital. Pisna privolitev je bila pridobljena iz vsakega bolnika v skladu z zahtevami krovu naše institucije etike. 88 ne-rakave prostovoljci če pisno privolitev. Del vzorcev je bilo iz province Zhejiang Ljudske bolnišnice in prvi ljudski bolnišnici Chunan County. Pregled odbor Institucionalni za medicinsko etiko o Zhejiang province ljudske bolnišnici in prvi ljudski bolnišnici Chunan County odobril metode zbiranja vzorca, vključno s pisnim soglasjem obvestila od vseh bolnikov.

Tissue Vzorec

Seznanjene tumor in para-rakave histološke normalnih tkivih (PCHNT) osebki so bili zbrani v času operacije od 202 bolnikov s primarno adenokarcinomom želodca v provinci Zhejiang bolnišnici raka, provinca Zhejiang Ljudske bolnišnice in prvi ljudski bolnišnici Chunan County od januarja 2008 do decembra 2009. PCHNT smo ocenili mikroskopsko prisotnost normalnih celic in odsotnost displasticnih celic. Nobena od teh primerov so bili opravljeni nikakršni zdravljenje, pred operacijo. Demografske, klinične in histopatološke parametri teh primerih so bili prikazani v tabeli 1. vzorec rasti tumorskih celic je bila določena v skladu s klasifikacijo Ming [20]. Vsi zaposleni bolniki so bili spremljala redno do zapadlosti. Antralnih sluznica biopsije primerki iz 88 nerakave prostovoljci z gastroskopijo so naključno zbrani kontrole, v istem obdobju, vključno s 54 moških in 34 žensk, s povprečno starostjo 52,9 let. Med temi prostovoljci je bilo 48 bolnikov z diagnozo kronično brez atrofični gastritis. Medtem pa so v parih vzorcev seruma pred operacijo ali endoskopijo.

Analiza Helicobacter pylori ( H. Pylori
) Okužba

biopsije so bili pridobljeni iz vseh bolnikov, ki so imeli endoskopsko preiskavo . H
. pylori
stanje je bilo ugotovljeno s hitrim testom ureaze in Giemsa metod barvanje [21], [22]. Zdelo se je, kot je H
. pylori
okužbe, ko sta bila oba testi pozitivni, vzorci z eno samo pozitivno bili izključeni za statistično analizo [22].

Real-time RT-PCR

izražanja mRNA za XAF1
smo analizirali s realnem času RT-PCR [23]. Skupne RNA smo ekstrahirali z TRIzola (Gibco). Skupaj 3 ug celotne RNA izpostavimo reverzne transkripcije uporabo M-MLV reverzno transkriptazo (Promega). gliceraldehid fosfat dehidrogenaze The ( GAPDH
) je bil izbran za notranjo uporabo. Sekvence XAF1
primerji so bili naslednji: (F) 5'-TGGGTGTAGGATTCTCCAGG-3 '(R) 5'GGTTTGCCCAAG GACTACAA-3'. GAPDH
oligonukleotidov sekvence so bile: (F) 5'-CATGA GAAGTATGACAACAGCCT-3 '(R) 5'-TAATTTTAGGTTAGAGGGTTATTGT- 3'. Z 2 smo uporabili ^{-ΔΔCt metoda za izračun relativne spremembe v izražanju genov.}

Imunohistokemijsko

Izraz XAF1 beljakovin je bila določena z imunohistokemičnim analizo z XAF1 monoklonskega protitelesa (Santa Cruz Biotechnology ). Imunohistokemijsko za XAF1 je bila izvedena z uporabo reprezentativnih-parafinskih vgrajeni primerke iz bolnikov GC 202. Po deparaffinization, pridobivanje antigena v 0,01 M citratnem pufru in inaktivacija endogenega aktivnosti peroksidaze v 3% H _{2O 2 /metanol smo inkubirali diapozitive z protitelesa za XAF1 pri 4 ° C čez noč, in imunohistokemično barvanjem, po standardnem avidinbiotin peroksidazo kompleksa tehniko, je bila izvedena z uporabo 3,3'-diaminobenzidine (DAB) kot kromogena. Jedra smo jih nasprotno s hematoksilinom. Imunohistokemijsko ocena The (ISS), je odvisna od treh neodvisnih patologi združujejo pogostnosti barvanja in intenzivnost, kot sledi [24], [25]: ni obarvanja je dosegel kot 0, obarvajo 1~10% celic zadetka kot 1, 11~50% kot 2, 51~80% kot 3, in 81~100%, kot je 4. obarvanje intenziteta ocenjevani na lestvici od 0 do 3, z 0, negativna; 1, šibek; 2, zmerna; in 3, močna. Ko je multifokalna radioinkorporacijo pa obstajajo znatne razlike v obarvanje intenzivnosti med žarišč, je imela povprečje vsaj intenzivno in najbolj intenzivno obarvanje. Neobdelani podatki so bili preračunani na ISS z množenjem rezultat frekvence in oceno intenzivnosti obarvanja. Teoretično bi lahko ISS v razponu od 0 do 12. ISS od 9~12 je zdelo močno radioinkorporacijo, 5~8 je zdelo zmerno, 1~4 štela šibka in 0 je dosegel kot negativni. Oddelki, v katerih obarvanje ne bi bilo mogoče dobro, značilna je štela dvoumen.}

Western Blot Analiza

Seznanjene tumor in PCHNT primerki 20 primerih so bile naključno izbrane iz 202 želodčnih bolnikih z rakom, za zahodni blot analizo. Skupaj beljakovin je bila vzeta in nato količinsko metodi Lowry [26]. Western blot analiza je bila opravljena s pomočjo anti-XAF1 monoklonska protitelesa (Santa Cruz, CA) glede na prejšnje poročilo [6]. β-tubulin je služil kot notranji nadzor.

DNK ekstrakcija, Bisulfite Sprememba in v realnem času metilacije Specifična-PCR (MSP)

Serijske poglavji 5 mm, ki vsebuje karcinoma in ne-neoplastične tkiva so bili nameščeni zunaj premazanih steklenih ploščicah in sušimo pri 37 ° C preko noči. Po deparaffinization in barvanje s hematoksilinom in eozinom (H & E), smo zbrali 5.000 jeder od 5 do 10 zaporednih oddelkih z uporabo 27G iglo. Zbrane jedra smo obdelali z 40 ml 200 mg /ml proteinaze K (Sigma-Aldrich Co., St. Louis, MO) pri 42 ° C za 72 ur. Paramagnetno tehnologija noge (AxyPrep Mag Blood gDNA kit, Axygen Scientific, Inc., Union City, CA) smo uporabili za izolacijo genomske DNA iz sveže krvi v skladu s protokolom KIT je. Protokol je sestavljen iz naslednjih korakov: liznega, vezavo, pranje in izpiranje. Onesnaževalci se odstranijo med zavezujočimi in pranje korakih. Kakovost DNK je bila ocenjena z razmerjem A260 /280 na NanoDrop ND-1000 spektrofotometrom (NanoDrop Technologies, Inc., Wilmington, DE), integriteto DNA smo preverili z denaturacijo elektroforezo na agaroznem gelu.

DNK bili spremenjeni natrijev bisulfit pomočjo EpiTect bisulfit kit (Qiagen Inc.) naslednje navodilih Fabrika je. Spremenjene DNA smo analizirali z realnem času PPN na ABI7500 PCR (ABI Co.) z uporabo SYBR krmil Taq ExTaq Kit (Takara Co Ltd). metilacije in unmethylation XAF1
posebne primerji so bili zasnovani kot sledi: XAF1
(MF) 5'-TTTGTAAGAAACG AAATTTAATCGA-3 "(MR) 5'CCTACCCTTAAAACCCACGAT-3 '; XAF1
(UF) 5'-TTTGTAAGAAATGAAATTTAATTGA-3 ', (UR) 5'-CTCCTACCCTTAAAACC CACAAT-3 "[23]. Humani genomski DNA (NEB) obdelamo z SssI metiltransferazo in vitro je bila uporabljena kot pozitivna kontrola. Periferno kri DNK iz zdrave osebe smo uporabili kot negativno kontrolo. Odstotek metiliranih DNK v vzorcih smo izračunali v skladu z referencami, kot prejšnji opisanih [27], [28]. Methylated DNA indeks je dosegel glede na odstotek metilacije DNA; 0, < 20%; 1, 20% -40%; 2, 40% -60%; 3, 60% -80%; in 4, > 80%. Rezultat je indeks 0 šteje kot unmethylation DNK in rezultati 1-4, so bile obravnavane hypermethylated, oziroma [7], [27]. 20% odrezan prag hypermethylation DNK je temeljil na kontrolnih normalno vzorcev in notranjimi kontrolami, pridobljenih v realnem času analize PPN.

Cell Kultura in drog Zdravljenje

Človekove želodca rakave celične linije (AGS in Kato-III) smo kultivirali v RPMI1640 mediju z dodatkom 10% fetalnega govejega seruma, 100 U /ml penicilina in 100 U /ml streptomicina pri 37 ° C in 5% CO _{2 oz. Kultivirane celice smo obdelali s 5-aza-2'-deoksicitidinska (5-aza-CdR) (Sigma-Aldrich) v končni koncentraciji 1,0 mol /L. Trichostatin A (TSA) (Sigma-Aldrich) v končni koncentraciji 20 ng /ml smo ga upravlja po zdravljenju 5-aza ali samo za 24 ur. Celice smo zbrali in se na DNA, RNA in čiščenja proteinov in kasnejše analize.}

Statistična analiza

SPSS 17.0 statistične programske opreme je bil sprejet za analizo podatkov. Štetje primerjave podatkov med skupinami pa so bili na χ
^{2 preizkus in Fisherjev natančni preizkus. Analiza preživetja je computered s pomočjo metode Kaplan-Meier in znatnih ravneh so bili ocenjeni s pomočjo testa log-ranga. Univariatne analize z regresijskih modelih Cox je bila uporabljena za določitev ugotovljenih prognostičnih dejavnikov, in analizo multivariatna z regresijskih modelih Cox je bila uporabljena za raziskovanje skupnih učinkov. Pri vseh statističnih analiz, p
vrednosti <. 0.05 so menili, da je statistična značilnost}

Rezultati

Dol-ureditev XAF1
v osnovni želodčne tumorji

Da bi raziskali XAF1
izražanje genov profil, smo preučili mRNA izražanje XAF1
v 88 nerakave prostovoljcev in 202 osnovnih želodca rakavih tkiv in njihove ustrezne PCHNTs. Kot je prikazano na sliki 1A, XAF1
izraz se je bistveno zmanjšalo v vzorcih z rakom želodca v primerjavi s tisto v običajnih kontrol in PCHNTs ( p <
0,001). Vendar pa ni bilo bistvene razlike v XAF1
izražanja v PCHNTs v primerjavi s kontrolno skupino nerakave.

Poleg tega je XAF1
izraz bistveno nižja v naprednih tumorjev (fazi III /IV) kot pri tumorjih v zgodnji fazi (faza I /II) ( p <
0,0001, slika S1A), in je bila precej nižja v slabo diferenciranih tumorjih, kot da tudi /zmerno diferencirani tumorji ( p <.
0,0001, slika S1B)

Če želite preveriti raven XAF1 beljakovin v želodčnih tkivih raka, smo izvedli imunohistokemičnim analizo v 202 želodčnega tkiva z rakom in njihovih ustreznih PCHNTs. izraz jedrska XAF1 je stalno prisoten v normalnem epitela želodca, ki kaže visoko imunološko rezultate. Protein izraz XAF1 je bila odkrita na visoki ravni na 97,5% (197/202) za PCHNTs (slika 1B). Vendar pa je bila visoka izraz XAF1 beljakovin zaznali le v 16,8% (34/202) v želodcu tkiv raka; Večina želodčnih tkiv raka bili odsotni ali na nizki ravni XAF1 beljakovin (slika 1C). V Imunohistokemične ugotovitve so povzete v tabeli 1. Imunohistokemijsko rezultat v želodcu tkivih raka je bila precej nižja kot v PCHNTs ali v normalnih kontrolah ( p <
0,0001, slika 1D). Izguba XAF1 beljakovin pomembno povezana s H. pylori
okužba, velikost tumorja, histološki diferenciacija, limfna invazija, venska invazija, invazivni globina, bezgavko metastaze, oddaljene metastaze in klinična faza (tabela 1) (all p <
0,05)
.

imunohistokemičnim Rezultati 20 želodčnih tkiv raka so potrdile z zahodne blot analizo. Reprezentativne western blot rezultate v dveh primerih je bilo prikazano na sliki 1E. Relativna količina XAF1 proteinske ekspresije smo normalizirali na beta-tubulina istih vzorcev. Povprečna stopnja XAF1 beljakovin v 20 želodčnih tkivih z rakom je bila precej nižja kot v PCHNTs ( p
< 0,05). (Slika 1F)

Promotor Hypermethylation za XAF1
v osnovni želodca tumorjev

da bi raziskali molekularne mehanizme za XAF1
tišina v želodcu raka, smo uporabili PPN tehnologije v realnem času za študij status DNA metilacijskega XAF1
promotor. Pogostost XAF1
hypermethylation v želodčnih tkiva raka, ki ustrezajo PCHNTs in nadzora nerakave je bilo 83,2% (168/202), 24,8% (50/202) in 5,7% (5/88), v tem zaporedju. Hypermethylation frekvenca XAF1
in rakov je precej višja kot v PCHNTs in kontrole nerakave (all p
< 0,0001, slika 2).

Omeniti je methylated status XAF1
pomembno povezana z nekaterimi klinično-patološko parametrov pri bolnikih z rakom želodca, kot so na bezgavkah metastaze, T-stopnji, H
. pylori
okužba, itd (vse p <
0.05, tabela 2). Ni pomembno korelacijo med hypermethylation za XAF1
in spol, starost ob diagnozi, je razvidno stran tumor in oddaljene metastaze (vse p
> 0,05). (Tabela 2)

XAF1
Promotor Hypermethylation je povezano z njegovimi Transkripcijska dušenje zvoka želodčnega raka Celice

Da bi preučili odnose med XAF1
metilacije in XAF1
izražanja, smo primerjali XAF1
raven metilacija s določi XAF1
ravni ravni mRNA in beljakovin bodisi imunohistokemičnim analizo (slika 3A) ali western blot analiza (slika 3B) z analizo Spearmanu korelacije. Kot je prikazano na sliki-3A, XAF1 beljakovin izražanja (določi imunohistokemičnim analizo) v 202 GC tkivih je bila tesno povezana s XAF1
raven mRNA [lg (T /N)] (določena z RT-PCR) ( γ
= 0,841, p <
0,0001). Bolj pomembno, XAF1
stopnja metilacije je značilno povezana z XAF1
ravni mRNA ( y
= - 0,846, p <
0,0001) in XAF1 beljakovin raven ( γ
= -0,969, p <
0,0001). Podobne rezultate smo dobili pri analizi korelacijo XAF1
promotor metilacija in beljakovin izraz XAF1 jih zahodni blot analizo (slika 3B) določena. Ti rezultati močno bremenijo obtožbe, da je XAF1
izraz ureja XAF1
promotorja metilacije.

5-aza-CdR uprava Obnovi izražanju XAF1

Za dodatno potrditev epigenetsko uredbi o XAF1
izraz, AGS in KATO-III celice zdravljenih s 5-aza-CdR in /ali TSA. XAF1
mRNA izraz je bil aktiviran v obeh želodčnih raka celičnih linijah, skupaj z demetilacijo XAF1
promotor (slika 4), kar kaže, da je XAF1
je transkripcijsko utišani v teh celicah s hypermethylation DNA. Zanimivo je, da je zdravljenje TSA sam učinkovita pri obnavljanju XAF1
izraz v letnem pregledu rasti in KATO-III brez pomembne spremembe lahko XAF1
metilacija ravni, kar kaže, da histonov spremembe sodelovati tudi pri urejanju XAF1
izraz. Vendar pa je bilo dajanje TSA po 5-aza-CdR aditivni učinek na obnovo izražanje genov z nadaljnjim zmanjšanjem ravni metilacijskega XAF1
. Ti rezultati so v dogovoru z nedavnih študij, ki bi kazali, da imajo lahko TSA je demetilacija vpliva na način, gensko-specifično [5]. Zahodni blot analiza, ki uporablja AGS celice, kot model, je potrdil up-ureditev XAF1 beljakovin sledijo 5-aza-CdR in 5-Aza-CdR /TSA zdravljenja (slika 4).

Odkrivanje Obratna XAF1
metilacije

Zaznali smo visoko frekvenco XAF1
metilacije v primarnim rakom želodca (83,2%), kar kaže, da je lahko dober biomarker če XAF1
metilacija bi bilo zaznati v serumu. Zato smo pregledali XAF1
metilacije v izravnanih serumskih DNK od bolnikov GC 202. XAF1
metilacije so odkrili pri 141 (69,8%) v serumu DNK od 202 bolnikov, ki so želodca z rakom (slika 5). V nasprotju s tem, XAF1
metilacija ni bila odkrita v serumu DNK iz 88 kontrol nerakave.

Naprej, smo potrdili doslednost pri XAF1
metilacija med tumorskih tkivih in ustrezna serum. V 168 primerih, ki so pokazali, XAF1
metilacije v tumorskih tkivih, 141 prikaže XAF1
metilacije v svoji seznanjenih serumu, daje skladnost 83,9% med njimi. In v 34 želodčnih bolnikih z rakom, ne da bi XAF1
metilacije v svojih želodčnih tkivih rakom, ni bilo metilacija najdemo v vseh serumskih DNA (slika S2).

XAF1
metilacije kot biomarkerjev pri diagnozi želodčnega raka

za oceno vrednosti XAF1
metilacija kot biomarker pri diagnosticiranju GC, smo narisane sprejemnik deluje značilno (ROC) krivulje in izračunana površina pod krivuljo (AUC) vrednosti z uporabo DNA metilacijskega podatke iz obeh GC tkiv in serumov. Tako ROC analize XAF1
metilacije v tkivih in serumov pokazalo, da je diskriminatorno zmogljivosti (slika 6); AUC vrednost tkiv XAF1
metilacija bilo 0,849 (95% interval zaupanja 0,806-0,892; p
< 0,0001), AUC vrednost serumu AXF1
metilacija je bilo 0,909 (95% interval zaupanja 0,875-0,942; p
< 0,0001).

Poleg tega, kot je XAF1
stanje metilacije v želodčnih tkivih raka in serumov pomembno povezana z bezgavkah metastaze, T-fazi, klinični fazi in drugih klinično-patoloških parametrov (vse p <
0.05, tabela 2)

XAF1
metilacije. povezana s prognozo želodčnega raka bolnikov

pomembna korelacija XAF1
metilacija s številnimi klinično-patoloških parametrov (tabela 2) je predlagal, da se lahko poveže z prognozo bolnikov z rakom želodca. Do zapadlosti Spremljanje, 113 168 bolnikov z XAF1
hypermethylation v želodčnih tkivih rakom šel hitro napredovanje bolezni ali umrli. Mediana bolezni preživetje brez The (DFS) je bilo le 23,4 mesecev. V nasprotju s tem pa pri 34 bolnikih brez XAF1
hypermethylation v svojih želodčnih tkivih rakom, le 5 bolniki so slabša, in srednjemu DFS je bil 39,6 meseca. Kaplan-Meier analiza je pokazala, da bolniki s XAF1
hypermethylation v svojih želodčnih tkivih rakom razstavljen očitno slabše preživetje, kot da bi XAF1
hypermethylation ( p <
0,0001) (slika 7A). Podobno Kaplan-Meier analiza dokazala, da bolniki s pozitivnim serumom XAF1
metilacija imela znatno nižje DFS, kot da pri bolnikih brez seruma XAF1
metilacija ( p
< 0,0001 ) (slika 7B), kar kaže, da je XAF1
promotor metilacije v serumu je bila negativna napovednik za bolnike želodca z rakom.

Cox regresijska analiza je pokazala, da je XAF1
metilacije v serumih je neodvisen dejavnik o preživetju bolnikov: bolniki z XAF1
metilacija imeli slabšo prognozo ( p <
0,0001; razmerje ogroženosti 5,710; 95% CI, 3.474~9.383). Poleg tega bi lahko TNM faze in starost ob diagnozi je treba obravnavati kot dejavnik, ki vpliva za prognozo raka želodca, le takrat, ko je učinek XAF1
metilacija je bila odpravljena. Poleg tega so v obtoku metilira XAF1
v krvi je imel večji vpliv na prognozo, kot je v TNM fazah (tabela S1).

Pozitivna Prehod Obratna XAF1
metilacije napoveduje tumor Ponavljanje in slabo prognozo

med 202 bolniki, ki so jih pregledovali za predoperativno kroženje XAF1
metilacija, 72 bolniki prejeli nadaljnje preglede kroženje XAF1
metilacija 2~5 krat v presledkih 1~6 mesecev po operaciji. Med 12 ponavljajočih bolnikov, 10 bolnikov prikaže negativne do pozitivne prehod v XAF1
stanje metilacije v svojih serumih, druga dva pa so pokazali, vedno pozitivna za XAF1
metilacija, kar kaže, da je spremljanje XAF1
metilacije v serumu je lahko dober marker za napovedovanje tumorja ponovitev (tabela 3).

Pogovor

XAF1
( XIAP
-associated faktor 1) je roman XIAP
vezavni protein, ki bi lahko motila kombiniranje XIAP
z kaspaz, odpravlja njeno zaščito na tumorskih celicah in rezultatih v tumorskih celic apoptoze [12] - [ ,,,0],14]. Funkcija proti apoptozo XIAP
je določena z razmerjem izražanjem XIAP
proti XAF1
[15]. Zmanjšano izražanje ali tišina XAF1
je pogost dogodek v človeških tumorjih [16] - [19]. V tej raziskavi smo najprej potrdili, da XAF1
izražanje genov je močno zmanjšalo, urejena tako na ravni mRNA in na ravni proteina v veliki plošči primarnih želodca tkiv raka, in zmanjšanjem števila XAF1
je izraz značilno povezana s tumorskimi fazah, metastaz in tako naprej, implicating izgubo XAF1
funkcijo v napredovanje tumorja. To je skladno z drugimi raziskovalnimi poročilih [17] - [19]. Raziskati molekularne mehanizme, ki so odgovorni za XAF1
tišini, smo pregledali XAF1
promotor metilacije v veliki plošči želodčnega tkiva raka ( n
= 202) in običajnih kontrol ( n
= 88) z uporabo PPN tehnologije v realnem času. Zaznali smo visoko frekvenco (83,2%) od hypermethylation DNA XAF1
v želodcu tkivih raka. Hypermethylation DNA XAF1
pomembna korelacija z zmanjšanjem števila XAF1
tako mRNA in ravni beljakovin v želodcu tkivih rakom (slika 3). Poleg tega obravnava 5-aza-CdR precej obnovljena XAF1
izraz v XAF1 PODJETJA
utihnile želodčni rak celičnih linij (slika 4). Ti podatki jasno kažejo, da pogosto navzdol ureditev XAF1
v želodčnih rakavih celic ureja svoje promotorja hypermethylation. Zanimivo je, da zdravljenje želodčnih rakavih celic s TSA, inhibitor histon deacetilaze obnovljena tudi XAF1
izraz, samostojno ali v kombinaciji z zdravljenjem 5-aza-CdR, kar pomeni, da lahko histonov spremembo je vključena tudi v XAF1 <. br> lahko regulacija

DNA metilacija se uporablja kot potencialnega tumorja biomarkerja v različnih človeških rakih [3] - [11], [23]. Prisotnost DNK brez celic, ki kroži v periferni krvi je bil opisan pri bolnikih z malignimi procesov in aktivno sproščanje tumorja DNA v obtok, so poročali [29] - [31]. Številne študije so pokazale, tumor specifične spremembe v obtoku DNA, izterjani iz plazme ali seruma bolnikov z različnimi malignimi boleznimi, ki ustrezajo genske spremembe, ki so prisotne v primarnih tumorjev, ugotovitev, da ima potencial za molekularno diagnostiko in prognozo [29] - [32]. označevalci so nukleinske kisline, opisanih v obtoku DNA, vključujejo onkogena mutacije, mikrosatelitskimi predelav genskih preureditve in epigenetski spremembe, kot odklonska promotorja hypermethylation [7], [8], [30] - [34]. Na podlagi teh opažanj, še posebej smo zaznali visoko frekvenco XAF1
DNA metilacija v želodčnih tkivih raka (83,2%), smo se odločili, da se preuči možnost za uporabo XAF1
promotor metilacije v serum kot biomarker pri bolnikih z rakom želodca. Najprej smo pokazali veliko doslednost pri odkrivanju XAF1
metilacija med serumov in primarnih želodčnega raka tkiva. Nato smo analizirali možnost uporabe obtoku metilira XAF1
kot diagnostični označevalec pomočjo ROC analizo. AUC (površina pod krivuljo) za 0.909 pokazali visoko diagnostično vrednost za zaznavanje XAF1
metilacije v serumskih vzorcih. Zato naši podatki kažejo, da detekcija XAF1
metilacije v obtoku DNA lahko uporabimo kot neinvazivno biomarkerja za diagnozo raka želodca. Poleg tega naši rezultati tudi pokazali, da pozitivno je XAF1
metilacije v serumu neodvisen napovedni dejavnik; napovedujejo slabo prognozo. Bolj zanimivo je, da prehod iz negativne v pozitivno kroženje XAF1
metilacija po operaciji je bila značilno povezana z tumorja ponovitve. Ti podatki kažejo, da je odkritje XAF1
metilacije v obtoku v serumu DNK tudi lahko tumor biomarkerjev za napovedovanje prognozo bolnikov želodčni rakom in za spremljanje pojavljanja tumorjev po zdravljenju operaciji. Ker je število bolnikov, ki so opravili to spremljanje pregled serum je bil majhen, so potrebne nadaljnje raziskave v velikosti vzorca števila bolnikov za potrditev te zanimive ugotovitve in optimizacijo strategije in protokol za ta namen. V vsakem primeru, primerjavo s tradicionalnimi načini, kot gastroskopija pregledu za bolnike z rakom želodca, najbolj izrazit značilnost obtoku metilira XAF1
odkrivanje je učinkovit, hiter, poceni, neinvazivna, ne uničuje okolja, visoko diagnostični prilagodljivo stopnjo in tako naprej, in kot tak dokažejo pomembne možnosti uporabe v prihodnosti.

Sklepi

disfunkcija za XAF1
je pogosta in se ureja z XAF1
promotor hypermethylation raka želodca. Obtoku metilirana XAF1
DNA je bila povezana s tumorsko in maligne napredovanje, ki je lahko koristno biomarkerjev za diagnozo raka želodca, napovedujejo prognozo bolnikov in spremljanje tumorja ponovitve po zdravljenju operaciji.

Podpora informacije
Slika S1.
jpg. A, je XAF1
raven izražanje genov nižje v napredovalega raka želodca (stopnja III /IV), kot da je v začetku raka želodca (Faza I /II). B, je XAF1
raven izražanje genov v slabo diferenciranim rakom želodca, nižja od tiste, v dobro /zmerno (in /Mod) razlikujejo raka želodca, p <
0,05
doi:. 10,1371 /journal.pone.0067195.s001
(IOD)
Slika S2.
jpg. Analiza korelacija XAF1
rezultatov hypermethylation med GC tkiv in seznanjenih periferne krvi (sera)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0067195.s002
(IOD)
Tabela S1.
xls. Multivariatna analiza preživetje klinično-patoloških podatkov 202 želodca primerov karcinoma.

• Plos ONE: Nova Subclassification iz PT4 gastrični rak glede na širino od serozne Invasion
• Plos ONE: Janus kinaza 2 polimorfizmi so povezane s tveganjem pri bolnikih z želodčnim rakom v kitajski Prebivalstvo