Plos ONE: Molekularna Genetska analiza želodčne vsebine razkriva Wild Trska Hranjenje na Piscine reovirusa (PRV) okuženi atlantskega lososa, ki izvira iz gospodarskega Fish Farm

Povzetek

V marcu 2012 so ribiči, ki delujejo v fjord v Severni Norveška poročajo lov trska, avtohtone ribe, ki tvori gospodarsko pomemben morski ribolov v tej regiji, z nenavadno plen v svojih želodcih. razmišljal je bilo, da bi to lahko atlantski losos, ki ni značilno plen za trsko v tem času v letu, v obalnem območju. Te so bile zato poroča norveški direktorat za ribištvo kot suma interakcijo med lokalno ribogojnice in ta komercialni ribolov. Statistične analize genetskih podatkov iz 17 mikrosatelitskih označevalcev genotipiziranih na 36 delno degradirani plen, vzorci lososa iz lokalne ribogojnice, in vzorci iz najbližje divje populacije dovoljene naslednje sklepe: 1. plen so atlantski losos, 2. Ti losos ne izvirajo iz lokalnega divje populacije, in 3. lokalne kmetije je bil najbolj verjeten vir teh plena. Dodatni testi pokazali, da je bilo 21 od 36 plena okuženih z Piscine reovirusa. Medtem ko je potencialna povezava med Piscine reovirusa in bolezni srca in vnetje skeletnih mišic je še vedno v znanstvene razprave, je to bolezen povzročil smrt velikega števila lososa na kmetiji v mesecu pred pripombam ribičev. Te analize zagotoviti nove vpoglede v interakcije med udomačene in divje ribe

Navedba. Glover KA, Sørvik AGE, Karlsbakk E, Zhang Z, Skaala Ø (2013) Molekularna Genetska analiza želodčne vsebine razkriva Wild Trska Hranjenje na Piscine reovirusa (PRV) okužen Atlantic Salmon Izvira iz Commercial ribogojnice. PLoS ONE 8 (4): e60924. doi: 10,1371 /journal.pone.0060924

Urednik: Martin Krkosek, University of Toronto, Kanada

Prejeto: 3. oktober 2012; Sprejeto: 4. marec 2013; Objavljeno: 19. april 2013

Copyright: © 2013 Glover et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Ta študija je bil financiran z norveškega ministrstva za ribištvo. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

Ena od najpomembnejših okoljskih izzivov, povezanih s komercialno kulturo atlantskega lososa ( Salmo salar
L.) v morskih neto pisala je zadrževanja. Znotraj Norveškem, kjer so statistični podatki za število prijavljenih pobeglih zabeležila norveški direktorat za ribištvo (NDV), se je letno število pobeglih že v več sto tisoč za večino let v obdobju 2000-2011 [1]. Vendar pa je bila ocenjena pravi letno število pobeglih biti v milijonih zaradi nezadostnega [2]. Gojene pobeglih razpršijo na dolge razdalje [3], [4], lahko vstopijo reke [5], in lahko prikazuje različne ekološke [6] in genetske interakcije [7] - [12] z divjimi sovrstnikov. Tako je splošno sprejeto, da gojene pobeglih predstavljajo potencialno nevarnost za celovitost avtohtone populacije.

Z uporabo molekularno-genetskih metod za potrebe ohranjanja prostoživečih živali in za upravljanje ribištva, vključno forenzičnih primerih za izvrševanje zakonodaje in ureditve je širi [13]. Tipična prosto živeče živali forenzične aplikacije segajo od identifikacije vrst za morfološko nedoločljivo tkiva in vzorcev, da se prebivalstvo porekla identifikacije za posameznike, za katere se sumi, da so bili sprejeti od lokacije, kjer je pridelek reguliranih ali nezakonito [14], ali celo napačno trdila, [15]. Analiza v želodcu in iztrebkov vsebine pred plenilci je bila prav tako v veliki meri izvedena, in pod pogojem, identifikacijo plena na vrsto [16] - [20]., Družina [21], in celo posamezni ravni vzorec [22]

sklad za financiranje razgradnje so odgovorni za razvoj in izvajanje predpisov ribogojstva na Norveškem. Medtem ko drstišča rib iz naprav komercialnih ribogojstva ni na Norveškem nezakonito, so kmetje pravno zavezani poročati odseljevanje s svojih kmetij. Kljub temu Nezadostno poročanje predstavlja velik izziv, ki ga je sklad za financiranje razgradnje se soočajo. V odgovor na te razmere, genetske metode za identifikacijo pobeglih nazaj k svoji kmetiji izvora so bile ugotovljene in povzročila kazni za podjetja, najdemo v nasprotju s predpisi [23], [24].

V marcu 2012 , lokalni ribiči, ki delujejo v fjord na Severnem Norveškem poročajo lov trska ( Gadus morhua
L.), ki predstavlja pomemben gospodarski ribolov v tej regiji, z nenavadno plen rib v želodcih. Večina teh plena, ki so bili dolga približno 30-35 cm, so bili delno ali močno degradirano, in kot tak je bil izziv, da prepoznajo vsi morfološko (sl. 1). Kljub temu pa ni videti kot sled ( Clupea harengus
L.) ali manjše eksplozija družine vrste, ki predstavljajo pomemben del prehrane KPK v tej regiji [25], [26], in je bil razmišljal s več ribiči, da bi to lahko bilo atlantski losos. Medtem ko so bile trska znano, da zaužijejo Atlantika dveletnih lososov lososa na migracijo iz sladke vode v rečnih ustij in morskega okolja [27], [28], v nekaj tednih po vstopu morskega okolja v pozno spomladi in zgodaj poleti, dveletni lososi so običajno levo fjord območja in se selijo proti prekooceanske zaradi krmljenja. Kot tak je bil trske zaužil divji losos opazovanega velikosti in letnem času na tem mestu velja neobičajno lokalnih ribičev, in razmere, zato poročala sklad za financiranje razgradnje kot suma interakcijo med lokalno kmetiji lososa in s tem komercialnega ribolova. Tukaj smo poročilo z analizo plen, da bi obravnavali naslednja vprašanja: 1. Katere vrste so ti plen, 2. Če so losos, je mogoče, da jih prepozna kot divje ali gojene (tj, da je to redka naravna pojavi ali je človek povzroča) in 3. Če so gojeni atlantski losos, ali izvirajo iz lokalne kmetije?

materiali in metode

Metodološki pristop

sedanja študija je bila zasnovana za obravnavo treh vprašanj, predstavljenih v uvodu. Diagnostični markerji za identifikacijo močno degradiranih atlantski losos in šarenka ( Oncorhynchus mykiss
) tkiva Nedavno so bili razviti [29]. Vendar pa je bil prvi poskus identifikacije plena poteka z visoko polimorfnih mikrosatelitskih označevalcev običajno izvajajo v atlantskih genetskih projektih prebivalstva losos. Razlogi za to je dvojen. Prvič, da bi odgovarjal na vprašanja 2 in 3, bi bil potreben profil alel frekvence za vsako od plena, tako da ustrezajo proti profilov alel frekvence gojenih in divjih lososa v regiji. Drugič, kombinacija preteklih izkušenj s temi mikrosatelitskih markerjev na delno degradiranih vzorcev, skupaj s pregledom plena predlagal, da če bi bila dejansko atlantski losos, je mogoče uspešno genotip vzorcev s temi mikrosateliti.

vzorci

Ta študija temelji na fjord, ki se nahajajo na severu Norveške. Iz pravnih razlogov, natančne lokacije trske ujeta v tej študiji, in lokalno ribogojnice, iz katerih so bili odvzeti vzorci, ostane anonimen. Pod nadzorom sklad za financiranje razgradnje, je bilo skupno 36 plena vzorčenih želodcev trske s strani lokalnih ribičev (1-3 plen na želodcu trske, vse trske zajeti v obdobju od marca do aprila 2012). Te količine so bile posnete v okviru komercialne žetve in so bili mrtvi po vzorčenju njihovi želodci. Tako je bilo za vzorčenje želodcev trske v tej študiji zahtevana nobena posebna dovoljenja. Severno vzhodno Arctic trske (NEAC) in Norveška obalna trska (NCC), je znano, da so podlaga za te komercialnega ribolova v tem letnem času v tej regiji. Vendar pa niso bili vzorci niti podatkov zabeležili od teh trske in kot tako ni mogoče izključiti te ribe ene ali druge vrste.

Vse trske so zajeti na enem od šestih lokacijah v neposredni bližini le ribe farm v regiji, ki vsebuje losos prekrivanje v velikosti s plenom, ali do največ 20 km nadaljnjih v fjord. Poleg 36 plena ujetega v želodcih trske, ena losos po dveletne losose, zajeti v nadzornem mrežo, ki se nahaja neposredno ob edinem kmetiji lososa v tej regiji, smo vzorčili (to posamezne ribe je v nadaljevanju kot "ubežnika" in je bil podobne velikosti kot plen). Iz vseh teh vzorcev, so bili dva vzorca tkiva na posameznika za kasnejše genetske analize.

Vzorci lososa iz edine kmetije v tem fjorda, ki je vseboval ribe prekrivanja v velikosti s plenom so bili zbrani tudi. Te ribe so bili vzorčeni osebe, zaposlene v sklad za financiranje razgradnje. Ni posebnih dovoljenj je bilo potrebno za vzorec teh rib, čeprav je riba kmet je dostop do kmetije. Najbližja alternativa kmetije vzreje rib prekrivanja v velikosti s plenom se je nahajalo več kot 100 km (120 km za najbolj oddaljenih ulova trske) in ni videti kot verjetnega vira, in zato niso vključeni v vzorec. Iz lokalnega kmetiji skupaj treh vzorcev, od katerih vsaka sestoji iz približno 47 rib, so bili odvzeti iz treh ločenih kletkah. To je pomenilo tri genetske skupine ribe v ribogojnici, in je v skladu s protokolom vzorčenja za ugotavljanje genetske izhodišče za identifikacijo pobeglih nazaj na kmetiji izvora [23], [24].

Vzorec divjega atlantskega lososa, je bila vključena tudi izvira od najbližje reke in v neposredni bližini do točke, kjer je bilo ujetih trske s plenom v svojih želodcih v tej študiji. Ta divji vzorec losos sestavljalo 101 odraslih s ribiške družine v reki v sezonah 2007 in 2008 ujetih Ker so bile te ribe ujeli in nato ubili za porabo športnih ribičev, niso bili potrebni dovoljenja za jemanje vzorcev na skali od teh mrtvih rib.

stanje bolezni v ribogojnico

srca in skeletnih mišic vnetja (HSMI) je nalezljiva bolezen, [30] značilna obsežna vnetja in multifokalne nekroze mišičnih celic v srcu in rdečo mišičja [31]. Roman virus, piscine reovirus (PRV) je bil pred kratkim odkrili v ribah z HSMI. Ta virus je povezana z boleznijo, kaže povišan virusno breme pri obolelem ribe in potencialno odgovoren za bolezen [32], [33]. Vendar okužbe PRV so pogoste v gojenega lososa na Norveškem, in so dokazali tudi pri zdravih rib, vključno z divjega lososa [34]. Zato je vloga PRV v HMSI še vedno predmet razprave [34].

V obdobju od januarja do februarja 2012 (to je nekaj tednov pred odkritjem lososa, kot plen v želodcih divjih trske) , lokalne kmetije poročali izgubo približno 55.000 rib (podatki iz registra NDF kmetij biomase). Vzročno Bolezen je bila kasneje diagnosticiran kot HMSI februarja 2012. Ta raziskava je temeljila na kliničnih analiz rib iz ribogojnice, ki jih lokalni uradni veterinar, in je bil nato potrjen v norveškem veterinarskega inštituta uporabo histopatologije (torej, prisotnost ali odsotnost PRV v teh obolelem rib ni znano).

glede na osnovne informacije o stanju bolezni na kmetiji, vzorci iz plena ujetega v želodcih trske, in enotne ubežnika, smo analizirali na prisotnost PRV. To je bilo na podlagi tega, da bi lahko PRV prisotna v plen in ubežnikom, če izvira iz kmetije, kjer je HMSI povzročil smrtnost. PRV je prisoten tudi v divji norveškega lososa (tudi ribe ne prikazuje HMSI), čeprav na nižji frekvenci kot v gojenega pobegnil lososa (13,4% v primerjavi z 55,2% razširjenosti v tem zaporedju) [34]. Medtem ko je ta virus običajno označeni v srčnih ali glava ledvicami vzorcev, zaradi poslabšanih stanju plena, so bili na voljo le vzorcih mišic pri tem testu. Analize so bile izvedene z analizo družba Real Time PCR, PatoGen Analyse AS, akreditiran v skladu z mednarodnim standardom ISO 17025. Vzorce smo analizirali na PRV RNA v PatoGen v skladu s svojimi metodami in-house za PCR v realnem času z uporabo testa ( "PRV -st) ciljnih gen L3, prej zaporedje [32]. Sekvence za naprej in nazaj, primerji za tem testu so 5'-TCAACCACCTCCACACAAAAGA-3 'in 5'-AACGAGTTGTGCGTGTGCC-3 "v tem zaporedju, in sonda VIC-5'-TTGGGATGTCGACGTTCT-3'. Standardno krivuljo, ki temelji na desetkrat razredčitev v treh izvodih imel naklon -3.25 (R ^{2 = 0,998), in izkoristek (E = [10 1 /(- pobočju)] - 1) je bil 1,030. Presečni C _{T vrednost je bila 37,0. Analiza je PRV-ST ni bil akreditiran v času analize in to delo je prvič ta znamenja, ki jih PatoGen AS, ki so bile objavljene.}}

bil molekularnih genetskih analiz

ekstrakcijo DNK poteka v obliki 96-ter z uporabo komercialno na voljo kit (Qiagen DNeasy®96 Blood & Tissue kit). Vsak 96-well plate vključeni dve prazni vrtin kot negativne kontrole. Rutinsko kontrolo genotipizacija ima standardno vlogo v genotipizacije v laboratoriju na IMR [35], [36]. Tako je vsak od posameznega plena in ubežnika dvakrat so izolirali nadzor genotipizirajoči doslednost. Količina in kakovost DNA ni bila izmerjena.

Vsi vzorci so bili predmet genotipizacije z nizom 18 mikrosatelitskih, ki se uporabljajo v laboratoriju za atlantskih genetskih lososa projektov. Te loci smo pomnožili v treh multipleksov, z uporabo standardnih protokolov za sveže tkiva (pogoji za polni genotipizacije na voljo od avtorjev na zahtevo); SSsp3016
(Genbank št. AY372820), SSsp2210
, SSspG7
, SSsp2201
, SSsp1605
, SSsp2216
[37], Ssa197
, Ssa171
, Ssa202
[38], SsaD157
, SsaD486
, SsaD144
[39], Ssa289
, Ssa14
[40], SsaF43
[41], SsaOsl85
[42 ], MHC I
[43] in MHC II
[44]. PCR produkti so bili analizirani na ABI 3730 Genetic Analyser in velikosti, ki jih je 500LIZ ™ velikosti-standarda. Neobdelani podatki so bila pod nadzorom ročno dvakrat pred izvozom za statistično analizo. med temi ponovno analizirajo vzorci niso opazili genotipizacijio nedoslednosti.

Statistična analiza

Ko je bil profil DNA uspešno vzpostavljena za posameznega plena, enotni ubežnika, lokalne kmetije in divjega lososa iz prebivalstva v regiji, več statističnih testov, ki se običajno izvajajo v populacijske genetike študij je bilo opravljenih na teh podatkih. To je bilo, da bi v prvi vrsti obravnavali tri vprašanja, ki v uvodu. Pri teh testih je bila enotna Beguncev združili z plen rib, ki temeljijo na pilotni analizi dokumentiranje, da je gensko zelo podoben plen (glej rezultate). Tako, za te analize, plen vzorec vključena tudi sam ubežnika.

Najprej so bili podatki urejeni v programu populacijske genetike (MSA) [45], ki je bila uporabljena za izračun vrsto zbirnih statističnih podatkov, in vhodne datoteke za druge programe. Nato smo podatke analizirali v Genepop v3.3 [46] za izračun genske raznolikosti, Hardy Weinberg ravnovesje in povezave, neravnovesje med pari lokusov v vzorcih. Natančen Test Ribiči (demorization 10 000, 100 serije, 5000 iteracij) je bila izvedena za testiranje statistične značilnosti. Program LDNE [47], ki se uporablja za izračun efektivne velikosti populacije ( Ne
) za vsak vzorec. Ta program uporablja pristop eno vzorčno za ocenjevanje Ne PODJETJA
temelji na stopnji LD opazili v vzorcu.

Genetska opredelitev plena je bila izvedena z dveh različnih, vendar komplementarnih metodoloških pristopov. Prvič, genetski naloga z Rannala & Mountain način računanja [48], kot se izvaja v okviru programa GeneClass2 [49] je bila opravljena. Tu so bili vzorci iz kmetij in za divje ribe uporabljajo kot vnaprej določenih možnih virov plen (to je genetske izhodiščno). Nato je bila izvedena neposredno genetsko naloga. Ta metoda daje vsak neznane ribe (se pravi, da posameznik plen rib) v osnovnem vzorcu, ki ga spominja na najbolj. Omejitev z neposrednim naloge je, da določi morebitno izvorno populacijo za vsakega od neznanih vzorcev ne glede na absolutno stopnjo podobnosti. To je lahko sprejemljivo v "zaprtih sistemih", kjer so zastopane vse potencialne vire neznanim vzorcem, vendar v razmerah, kot so danes, če niso vključeni vsi potencialni viri v izhodišču, je pomembno, da bi dobili oceno stopnje podobnost med neznanega vzorca (-ev) in vsakim osnovnim vzorcem. To se doseže z izključitvijo in vsak posameznik v primerjavi z vsakim osnovnim vzorcem, in verjetnost pripadnosti (ali več pravilno verjetnost ne pripadajo) izračuna. V posebnem položaju tukaj, bi zavrnitev iz vseh osnovnih vzorcev kažejo, da je plen izvira iz vira, ki niso vključeni v vzorec.

Drugi pristop za identifikacijo žrtev je bila za izračun primesi (imenovan tudi Bayesovega analiza cluster) z uporabo Program STRUKTURA 2.2 [50] [51]. Individualno dodatek omogoča določitev in dodelitev posameznih rib genetskih skupin (to je populacij ali genetski skupin) brez "pred" glede prebivalstva ali lokacijo, iz katere izvira vsak posamezen vzorec. To omogoča, na primer, identifikacijo posameznikov, ki so mešanega genetskega izvora in identifikacijo posameznikov ob mešanju v vzorcih pretežno drugih genskih skupin. Program je bil teči z uporabo modela zmesi z soodvisnih alelov frekvenc in brez predhodnega. Deluje sestavljena iz zapečene 250 000 MCMC korakih, sledi 250 000 korakih. Program je bil teči s podrobnimi vključeni vsi vzorci, glede na število prebivalstva iz med k
= 8/1 s 3 proge na k
. Verjetnost podatkov je narisane, in najbolj primerno k
je bila določena na točki, kjer naklon doseže plato [50].

Rezultati

Kljub temu, da delno prebavi (sl. 1), profili mikrosatelitskih DNA so bili uspešno pridobljeni iz vseh 36 plena, vzorčenih iz želodcev trske, in enotne ubežnika ujeta v nadzornem mrežo tik izven lokalne kmetije. Medtem ko so nekateri markerji niso doseženih v nekaterih izolacij DNA, pri združevanju podatkov iz obeh izolatov (po navzkrižnega preverjanja za potrditev genotipizirajoči doslednost), je bilo le dva genotipi manjka od skupno 629 možnih genotipov za 37 analiziranih na 17 mikrosatelita rib lokusov (tj > 99% genotipizacija pokritost). To je zagotovilo tako trdne dokaze, da so bili plen res atlantski losos in so dovoljeni naslednji korak njihovo identifikacijo z uporabo populacijske genetike statistični pristop.

statistika Povzetek za združenem vzorcu plena (ki je vključevala enotno ubežnika ujeli v mreži), vzorci iz lokalne kmetije in od reke dokazati nekaj trendov (tabela 1). Vsi vzorci iz kmetije prikaže manj genetske raznolikosti kot vzorec iz reke, pri merjenju s skupnim številom alelov, ali alelov bogastvu tem izognili težave, ki imajo različno število posameznikov, ki predstavljajo vsak vzorec. Nižji variacija na polimorfne genetskih markerjev je značilna za vzorce kmetijah v primerjavi z divjimi vzorci [52], [53], in je povezana z dejstvom, da imajo ribe vzorči v enem kletki pogosto omejeno število staršev [54]. Skoraj so pri HWE pa LD opazili vsi vzorci tako vzorcu Farm 1C, in vzorec plen rib. Ne
je v vzorcu plena in dveh vzorcev iz kmetij zelo nizka. V nasprotju s tem, Ne
je bilo v vzorcu divjega lososa in kmetija vzorca 1B precej višja. Za vse te zbirno statistiko, plen podoben vzorce kmetij zelo močno, še posebej 1C, medtem ko so prikazani zelo različne parametre za divje vzorcu.

F _{ST je povprečje meritev genetske podobnosti med skupinami vzorcev ali populacij. Vzeto skupaj, so bili plen gensko močno razlikuje v divji losos in malenkostno razlikuje od vzorcev kmetije 1A in 1B (tabela 2). Te plen so bile genetsko podobni 1C kmetiji vzorca. Vsa kmetijska vzorci so bili genetsko razlikuje v divji vzorec, ki podpirajo stališča iz zbirno statistiko zgoraj navedenih.}

Self-razvrščanje simulacije, vključno z vzorci iz kmetije in divji populaciji pokazala, da na splošno, 70% rib v tem nabor vzorcev bi pravilno dodeljeni vzorcu iz katere izvirajo. Miss-naloga je posledica skoraj izključno s gojenih rib, ki se nepravilno postavljeni v alternativni kmetijsko vzorca, ki odraža prekrivanje genetske profile med temi kletke. Nobeden od gojenih rib bili nepravilno dodeljeni divjo populacijo, in samo 3 101 divjega lososa bili nepravilno dodeljen kateremkoli od gojenih vzorcev (vsi so bili dodeljeni Farm 1B). Tako te simulacije kažejo, skoraj popolna potencial za ugotavljanje, ali so plen bolj verjetno, da bi izvirala iz te lokalne kmetije (in s tem dogodek povzroča človek) ali lokalno divjega prebivalstva (in s tem na nenavaden naravni dogodek).

Neposredna naloga (ki daje neznani vzorec, ki je v tem primeru je bila 36 plen in Beguncev ena losos ujet v mrežo izven kmetije, v genetsko najbolj podobni osnovni vzorec) dajo vse od plena in enotnega ubežnika v vzorcih kmetijskih in nič v divji vzorca (sl. 2). testi za izključitev to podpira, kar dokazuje, da je mogoče večino plena in enotnega ubežnika dokončno izključena iz vzorca divjega lososa, medtem ko je samo 1 plen vzorcu lahko izključi iz vseh gojenih vzorcev (in v tem primeru divji vzorec tudi ).

Identifikacija plena in je bila izvedena tudi z analizo primesi v programski strukturi enotni Beguncev (sl. 3). Ta program ne upošteva nobenih "priorje" za vzorce in vsak posameznik lahko predstavlja mešanico genetskih skupin ali skupin. Verjetnost podatkov smo narisane in najbolj ustrezno število skupin k
, Ugotovljeno je bilo 4 (točka, kjer naklon doseže plato) [50]. Potrjuje rezultate iz drugih statističnih testov zgoraj predstavljenih, analiza primesi pokazala, da obstaja velika genska razlika med gojenim in divjega lososa v ta nabor podatkov, in najpomembneje, da vse plen, vključno s skupnim ubežnika lososa, so tesno povezana z genetskih skupin, zastopanih v lososa iz lokalnega norveškega kmetiji, in ne lokalno divje populacije. Podatki za druge števila skupin (tj, k
iz med 2-8) je dal enake rezultate (podatki niso predstavljeni).

analize v realnem času PCR (PRV-ST test) zaznana PRV virusna RNA v 22 od 37 plen vzorcev. Pozitivni vzorci predstavljal 21 plena iz želodcev trske in enotnega lososa ujeta v nadzornem mrežo postavljen zunaj norveškega kmetije. _{Vrednosti C T gibala med 27.8-35.3 (pomeni 33,0).}

Pogovor

molekularno-genetskih orodij za prepoznavanje ribogojstva objekt in v nekaterih primerih celo posebno kletko porekla za Atlantik losos [23], [24], trska [55], [56] in gojena šarenka [57] so bile razvite escapees. Vendar pa je ta študija predstavlja novo uporabo molekularno-genetskih metod, da bi zagotovili organom upravljanja priložnost za spremljanje komercialne ribogojstvo in njegovo interakcijo z naravnim okoljem. Poleg tega ta študija ponuja nove vpoglede v interakcijah med udomačene in divje ribe

Štiri glavne ugotovitve mogoče izpeljati iz teh analiz. 1. delno prebavi in ​​morfološko težko opredeliti plen so pokazale, da je atlantski losos, 2. na podlagi več neodvisnih genetskih parametrov so bile ugotovljene ti losos plen kot gojene in ne iz lokalnega divje populacije, kar dokazuje to, da se človek povzroča, za razliko od naravnih pojavov, 3. Kljub delni prebave, večino plena vključno z enotno ubežnika, izvedena zaznavne količine PRV. PRV je povezan z boleznijo HSMI [32], [33]. Ta bolezen je povzročila veliko umrljivost lososa na lokalni kmetiji v neposredni časovnem obdobju, preden se plen ujetih v divjini trske, 4. genetski profil plen lososa, in enotne ubežnika, močno ujema genetski profil ribe v lokalnem gospodarstvu. Čeprav je genetska podobnost ni nedvoumen dokaz izvora [23], ob upoštevanju najbližje alternativno kmetiji, da bi lahko ti posamezniki teoretično izvira iz se je nahajalo več kot 100 km v drugi fjorda, te analize pod pogojem, sklad za financiranje razgradnje z zadostno "indice", za začetek preiskava podjetja, ki je lastnik te komercialne ribogojstva objekt na podlagi morebitnega napačnega upravljanja.

na kmetiji losos v proučevanem območju je bil diagnosticiran z HSMI le nekaj tednov pred pojavom gojenega lososa v želodcu lokalnega trske. Zato so bili proučeni plen ponovno ujeli iz želodcev trske prisotnost PRV, čeprav se lahko ravni virus padati po izbruhu [58]. Kljub delno prebavi plen, in dejstvo, da so bili na voljo le vzorce mišic, je še vedno zaznati virus PRV. Kljub temu pa na podlagi analiz tukaj izvajajo, ni mogoče nedvoumno rešiti kako PRV okuženih losos vstopil v naravno okolje. Lahko bi obolelih mrtve ribe, ki se odlaga v morje (ki bi pomenila nezakonito ravnanje na Norveškem) in nato uživali trske iz morskega dna ali pa so bili escapees starejša, ki jih sprejme trske. Glede na to, da je kmetija doživela znatno smrtnost rib (55000) skozi HMSI v obdobju tik preden so losos ujet v želodcih trske, kažejo, da je nekdanji razlaga najverjetneje.

Ne glede, kako se ribe vstopil v naravno okolje, je ta študija kaže prehranjevalne prenos kot mehanizem za interakcijo med gojenjem lososa in divje populacije. Medtem ko so bile trska dokumentirano, da pleni po divjih Atlantika dveletnih lososov lososa, ki se selijo iz sladke vode v morje [27], [28], atlantski losos se običajno ne starejša od s trsko v času leta, v katerem je bila izvedena sedanja študija [25 ], [26]. Poleg tega, da nam je znano, ta študija je prvi dokumentacijo trski zaužil atlantski losos iz ribogojnice. Tako je možno, da trske preiskati tukaj, in je del prebivalstva v območju študije v tem letnem času so bili izpostavljeni PRV. Sposobnost virusa PRV, ki se prenašajo na nove gostitelje z zaužitjem okuženega plena je trenutno neznan, saj je občutljivost trski virusu. Vendar PRV ni bila odkrita v 78 trske niti 850 drugih gadoids, ki so bile pred kratkim vzorčene na Norveškem in presejane za ta virus [59]. Ker so okužbe PRV pogoste v divji in gojeni losos na Norveškem, in se pojavijo tudi v divje morske postrvi ( Salmo trutta
L.) [34], je verjetno, da je pogosta vrsta PRV specifična za salmonide in da trska ni dovzetna.

Analiza želodčne vsebine živalskih ali fekalije z uporabo molekularnih genetskih metod je bil široko uporablja za vrsto taksonov in bioloških vprašanj [19], [60]. Te metode so bile v glavnem opravili za identifikacijo plena taksonomske razvrstitve, pogosto vrste, ki običajno vključuje analizo enega samega ali majhnega števila genov, ki zagotavljajo potrebno taksonomsko sposobnost za potencialne vrste plen v vprašanju [17], [18], [20]. Nedavno so napredek v naslednje generacije sekvenciranja dovoljeno močne dopolnitve teh pristopov, ki vodijo na to, kar je označilo kot metabarcoding DNK [61]. Medtem ko je ta študija ne predstavlja tehnološki napredek za takšne molekularno genetskih metod, uporaba mikrosatelitnih analize DNK v analizo prehrani zagotoviti identifikacijo izven območja taksonomske razvrstitve, je novost. Tu je bilo mogoče samo dokazati, da je plen atlantski losos, vendar so bili najverjetnejši vir lokalne kmetije in ne lokalno divji populacija lososov. Na koncu je bilo mogoče dokazati tudi, da je plen izvajajo virus, ki je bil povezan z boleznijo, ki povzroča znatno smrtnost gojenega lososa. Zato ta raziskava predstavlja podaljšanje bioloških vprašanj, ki jih je mogoče obravnavati s pomočjo genskega analizo želodčne vsebine. Drugi primeri analize prehrane, ki presegajo identifikacije vrst vključuje analizo na ravni družine dokazati sinovsko kanibalizem v naravi [21], in umrljivosti plenjenje za atlantskega lososa gojenih, hibridnih in divje starševstva v sistemu za zemeljski reke (Skaala neobjavljeno). Prav tako je bila izvedena identifikacija plena na individualni ravni, kjer mikrosatelitskih analiza prehrane iz Grenlandije morskih psov ( Somniosus microcephalus
), skupaj z iskanjem registra DNK vseh pritlikavih kitov ( Balaenoptera acutorostrata
) zajeti v gospodarskih žetve na Norveškem [62] dovoljena priključitev kita in morski pes ujame tako v času in prostoru razumeti tako njihovo gibanje in prehrana navad [22].

za več kot desetletje, letno poroča odseljevanju lososa iz norveških ribogojnic je bila v več deset ali sto tisoč [1]. To je verjetno podcenjen zaradi nezadostnega in v obdobju od leta 1998 do 2004, se ocenjuje, da je bila povprečna letna število pobeglih 2,4 milijona [2], ki je višja od letnega števila divjega lososa vračajo na norveški obala reproducirati v istem obdobju. Medtem ko je pozornost okolice vpliva pobeglih predvsem so tisti živi v nasprotju z mrtvo [7], [9], [63], ta študija dokazuje, da se z virusom okužene gojene ribe lahko izpusti v okolje, za eno metodo ali drugo. Analize v obravnavanem primeru poudariti možnosti za prepoznavanje in sledenje takšnih dogodkov. Glede na obseg odseljevanja iz komercialnih ribogojnic, to predstavlja enega od najpomembnejših vpadov so posledica človekovega avtohtonih populacij z vrsto, ki je predmet selekcijo. Zato je treba to stanje je treba spremljati ne le ekološko [6] in genske [7] -. [12] interakcije, ampak tudi interakcije bolezni

Zahvala

Tor Arne Helle in drugo

• Plos ONE: Serum apolipoproteinov C-I in C-III zmanjšajo v želodcu bolnikih z rakom: Rezultati MALDI-Based Peptidome in imunsko osnovi kliničnih Preiskus
• Razdražen želodec revizijah