secuencia del genoma de Helicobacter suis apoya su papel en la secuencia del genoma pathology

gástrica por Helicobacter suis de
apoya su papel en la patología gástrica por Helicobacter
Resumen
gratis (H.
) suis
se ha asociado con gastritis y úlceras de la pars oesophagea en cerdos crónica, y con gastritis, enfermedad de úlcera péptica y linfoma de tejido linfoide asociado a la mucosa gástrica en humanos. Con el fin de obtener un mejor conocimiento de los genes implicados en la patogenicidad y en la adaptación específica al entorno gástrico de H. suis
, un análisis del genoma se llevó a cabo de dos H. suis
cepas aisladas de la mucosa gástrica de la especie porcina . Homólogos de la gran mayoría de los genes demostrado ser importante para la colonización gástrica del patógeno H. pylori humano
se detectaron en el H. suis
genoma. H. suis
codifica para varias proteínas de membrana externa putativos, de los cuales dos similar a la H. pylori
adhesinas HPAA y HORB. H. suis
alberga un sistema casi completa COMB
tipo IV y la secreción de los miembros de la IV sistema de secreción tipo 3, pero carece de la mayoría de los genes presentes en la isla de patogenicidad cag
de H. pylori
. Los homólogos de genes que codifican el pylori
activadora de neutrófilos y proteína γ-glutamil transpeptidasa H. fueron identificados en H. suis
. H. suis
también posee varios otros genes asociados con la virulencia presuntivos, incluyendo homólogos para mviN
, el H. pylori
flavodoxina gen, y un homólogo de la H. pylori
vacuolizante citotoxina un gen. Se concluyó que aunque los genes que codifican para unos factores de virulencia importantes de H. pylori
, tales como la proteína asociado a la citotoxina (CagA), no se detectó en el H. suis
genoma, homólogos de otros genes asociados con la colonización y virulencia de H. pylori
y otras bacterias están presentes.
Introducción
Helicobacter gratis (H.
) suis
es una muy exigente, en forma de espiral, Gram-negativas bacteria que requiere un medio de cultivo bifásica a pH 5 enriquecido con suero de ternera fetal, y un ambiente microaeróbica para el crecimiento in vitro [1]. H. suis
coloniza el estómago de más de 60% de los cerdos de abasto [1, 2]. Aunque el papel exacto de H. suis
en la enfermedad gástrica en cerdos todavía no está claro, se ha asociado con la gastritis crónica [3, 4] y las úlceras de la pars oesophagea del estómago [5-7]. Esto puede dar lugar a importantes pérdidas económicas debido a la muerte súbita, disminución de la ingesta de alimento y la reducción de la ganancia de peso diaria [8]. Se observó una reducción de aproximadamente 20 g /día en el aumento de peso en los animales infectados experimentalmente con H. suis
, en comparación con los animales control no infectados [9].
trastornos gástricos bacterianas en humanos son causados ​​principalmente por Helicobacter pylori
[10]. Sin embargo, no Helicobacter pylori
Helicobacters (NHPh) también se han asociado con la enfermedad gástrica humana con una prevalencia que oscila entre 0,2 y 6% [5]. H. suis
es la especie NHPH más frecuentes encontradas en los seres humanos, en los que fue originalmente llamado "H. heilmannii
" tipo 1 [11]. Hay fuertes indicios de que los cerdos pueden servir como una fuente de infección para los seres humanos [5, 12]. En el huésped humano, H. suis
se ha asociado con la enfermedad de úlcera péptica [13], el tejido linfoide asociado a la mucosa (MALT) linfoma gástrico [14] y la gastritis crónica [15]. En modelos de roedores de enfermedad gástrica humana, la bacteria causa inflamación severa y lesiones tipo linfoma MALT [16].
Hasta ahora, poco se sabe sobre la patogénesis de la infección por H. suis
. Para mejorar la comprensión de los genes que juegan un papel en la patogenicidad, la colonización gástrica y la persistencia de H. suis
, se realizó una comparación del genoma en todo el genoma de H. pylori bien investigado
. Algunos de los factores de virulencia de hecho pueden ser similares para ambas bacterias. Como también puede haber diferencias, ab initio anotaciones del H. suis
genoma se realizaron también.
Materiales y métodos
La secuenciación del genoma
Un pirosecuenciación (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, EE.UU.) de ensayo se aplicó al genoma de la cepa tipo de H. suis
(HS1 T = LMG 23995 T = DSM 19735 T) y H. suis
cepa 5 ( HS5), aislada de la mucosa gástrica de dos cerdos diferente, de acuerdo con el método descrito por Baele et al. [1]. . Secuencias filtradas de calidad fueron ensambladas en contigs utilizando un Newbler ensamblador 454 (Roche, Branford, CT, EE.UU.)
anotación funcional
Con el fin de maximizar el número de genes anotaciones calidad, se siguieron dos enfoques diferentes Anotaciones: cruzada mapeo por Helicobacter pylori
tres cepas (26695, Shi470 y G27 con los números de adhesión NCBI NC_000915, NC_010698 y NC_011333, respectivamente), y ab initio anotación.
Esquí de mapeo anotación
una explosión de encargo [17 ] base de datos fue creada a partir de la HS1 T y HS5 genómica contigs. El H. pylori
ARN proteoma y no codificantes fueron alineados (programa TBLASTN de la suite BLAST, umbral de correo se establece en 10 -3) a la H. suis
base de datos. Para cada BLAST golpeó la siguiente información adicional se analizó: 1) (secreción) péptido señal sitio de escisión si está presente, según lo evaluado por el programa SignalP 3,0 [18, 19]; 2) especificaciones de las hélices transmembrana (número, iniciar y posiciones finales, que se presume topología con respecto a la membrana citoplasmática) si está presente, como se evaluó por el programa TMHMM [20]; 3) una estimación de la fuerza de unión al ribosoma de la región mRNA que precede al codón de inicio más probable. la fuerza de unión al ribosoma se estimó mediante la aplicación de dos hechos establecidos: i) en una cadena de ARNm, por lo general dentro de los 20 nucleótidos antes del codón de inicio real, el complemento inverso de 5 a 7 nucleótidos cerca del extremo actos del 16S rRNA 3 'como un atractor y posicionador para la pequeña subunidad ribosomal; esta región es conocida como la secuencia de Shine-Dalgarno [21, 22]; ii) en bacterias Gram-negativas una región mRNA AU-ricos unos 16 nucleótidos de largo e inmediatamente antes de la secuencia de Shine-Dalgarno también puede atraer y ribosomas de posición para ayudar a iniciar la traducción del producto correcto, biológicamente activa de genes [23, 24]. Para H. suis
, la secuencia de Shine-Dalgarno se determinó que era una subsecuencia de AGGAGGU (que es el complemento inverso del extremo 3 'del 16S rRNA), y el mínimo AU-riqueza (equivalente a ribosoma capacidad de unión ) de la región que precede se fijó arbitrariamente a 10/16. Para cada ORF teórico se obtuvo una gama de posibles codones de inicio; cuanto mayor es la similitud con la secuencia de Shine-Dalgarno ideales, o más rico en AU la región que precede a la, o mejor una combinación de ambos, es más probable el potencial codón de inicio es ser el codón de inicio real.
Ab initio anotación Opiniones sobre ab initio anotación, marcos de lectura abierta (ORF) teóricos fueron los primeros determinó a través de la herramienta getorf EMBOSS (ORF con una longitud mínima se establece en 90 nucleótidos, y teniendo todos los codones de inicio alternativos en cuenta) [25]. Todos los ORFs se tradujeron posteriormente, y BLAST (programa BLASTP) se realizó con un umbral de correo de 10 -15 contra la base de datos de proteínas universales Uniprot-KB. El algoritmo generalista de getorf produjo más o menos diez veces de los ORF naturales esperados, lo que reduce el riesgo de falsos negativos. Con el fin de mantener la falsa baja tasa positiva, se consideraron los parámetros adicionales: 1) la alineación entre el porcentaje de consultas y golpean ORF; 2) porcentaje de similitud o conservación entre partes alineadas de búsqueda y pulsa ORF; 3) resistencia de unión a ribosomas (para más detalles, véase más arriba). Para determinar la presencia de uno o más dominios conservados una búsqueda rpsblast (con valores de parámetros por defecto) se llevó a cabo para cada ORF teórica contra la base de datos de dominio Conservadas compilado que contiene alineaciones de proteínas de dominio de varias otras fuentes de bases de datos [26].
resultados
características generales del H. suis
genoma
en el HS1 T genoma un total de 1 635 292 pares de bases y en el genoma HS5 1 669 960 pb fueron secuenciados, ambos con un promedio contenido de GC de 40%. En contraste con H. pylori
, se detectó sólo una copia de ambos los genes 16S y 23S, pero como H. pylori
, H. suis
tiene tres copias del gen 5S rRNA. Se identificaron treinta y ocho ARN de transferencia. En general, se detectaron 1266 ORFs de HS1 T y 1257 de HS5, de los cuales 194 y 191 codifican proteínas hipotéticas respectivamente. En 98 y 92 ORFs se detectó un sitio de escisión del péptido señal, lo que demuestra las proteínas secretadas predichos de HS1 T y HS5 respectivamente. El programa predijo TMHMM 210 y 206 proteínas con al menos una hélice transmembrana para HS1 T y HS5 respectivamente. La fracción secuencia idéntica para HS1 T y HS5 se describe de aquí en adelante en conjunto como el "H. suis
genoma".
Genes posiblemente implicados en la colonización gástrica y persistencia
Homólogos de H. pylori
genes implicados en la aclimatación ácido, la quimiotaxis, la adhesión a las células gástricas epiteliales, la resistencia al estrés oxidativo (Tabla 1), y la motilidad se detectaron en el H. suis
genoma. Este último se identificaron como un biosistema flagelar similar a la de H. pylori
[27]. Por otra parte, H. suis
contiene un /proteína de unión a fibrinógeno fibrinonectin gen de codificación, pero la proteína correspondiente carece de un sitio de escisión de hélice transmembrana o el péptido señal de acuerdo con las herramientas bioinformáticas mencionados anteriormente. Los homólogos que codifican la sintetasa de ácido CMP-N-acetilneuramínico (Neua) (HSUHS1_0474, HSUHS5_0481), la sintasa de ácido siálico (Neub) (HSUHS1_0477, HSUHS5_0478), y UDP-N-acetilglucosamina-2-epimerasa (WecB) (HSUHS1_1107, HSUHS5_0784) eran observado como well.Table 1 genes relacionados con la homeostasis de pH, la quimiotaxis, la adhesión a las células epiteliales, y la resistencia al estrés oxidativo en el genoma de H. suis
cepa tipo 1 (HS1T) y H. suis
cepa 5 (HS5 ).
Grupo
gen detectado en HS1T
gen detectado en HS5
Descripción del homólogo
Porcentaje de secuencia alineados (de los cuales conserva%) con homolog1 descrito
pH homeostasis
HSUHS1_0708
HSUHS5_0286
alfa subunidad ureasa (urea
) de H. heilmannii

100 (94)
HSUHS1_0707
HSUHS5_0285
ureasa subunidad beta (ureB
) de H. heilmannii
100 (94)
HSUHS1_0706
HSUHS5_0284
ureasa transportador (ureI
) de H. felis
100 (89)
HSUHS1_0705
HSUHS5_0283
ureasa proteína accesoria (ureE
) de H . bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0704
HSUHS5_0282
ureasa proteína accesoria (UREF
) de H. bizzozeronnii
100 (84)
HSUHS1_0702
HSUHS5_0280
proteína accesoria ureasa (Ureh
) de H. bizzozeronnii
96 (84)
HSUHS1_0703
HSUHS5_0281
ureasa proteína accesoria (UREG
) de H. bizzozeronnii
100 (95)
HSUHS1_0133
HSUHS5_0547
expresión Hydrogenase /proteína de formación (HYPA
) de H. pylori
98 (83)
HSUHS1_0615
HSUHS5_0817
Hydrogenase expresión /proteína de formación (HYPB
) de H. pylori
99 (91)
HSUHS1_0616
HSUHS5_0816
expresión Hydrogenase /proteína de la formación (hypC
) de H. pylori
98 (89)
HSUHS1_0617
HSUHS5_0815
Hydrogenase expresión /proteína de formación (hypd
) de H. achinonychis

98 (80)
HSUHS1_0081
HSUHS5_1197
L-asparaginasa II (ANSB
) de H. pylori
98 (64)
HSUHS1_0230
HSUHS5_1130
arginasa (RocF
) de H. pylori
99 (75)
HSUHS1_0888
HSUHS5_0231
acrilamida amidohidrolasa (AMIE
) de H. pylori

100 (93)
HSUHS1_0680
HSUHS5_0265
Formamidase (AMIF
) de H. pylori
100 (98)
HSUHS1_0161
HSUHS5_1077
anhidrasa carbónica-α de H. pylori
92 (69)
HSUHS1_0391
HSUHS5_0874
aspartasa (aSPA
) de H. acinonychis
100 (89 )
quimiotaxis
HSUHS1_1004
HSUHS5_0649
Chea-MCP interacción modulador de H. pylori
99 (79)
HSUHS1_1003 -
bifuncional proteína quimiotaxis ( Chef
) de H. pylori
82 (86) guía HSUHS1_1002
HSUHS5_0775
unión de Purina-quimiotaxis Portein (Chew
) de H. pylori

98 (91) de proteínas
HSUHS1_0538
HSUHS5_0706
quimiotaxis (Chev
) de H. pylori
100 (92)
HSUHS1_0846
HSUHS5_0081
putativos quimiotaxis proteínas de H. pylori
100 (79) de proteínas
HSUHS1_0299
HSUHS5_0250
quimiotaxis (Chey
) de H. pylori
100 (95)
HSUHS1_1001
HSUHS5_0774
metil-aceptación de la proteína quimiotaxis (TLPA
) de H. pylori
100 (60) guía HSUHS1_0286
HSUHS5_0256
quimiotaxis metil-aceptando proteínas (TLPB
) de H. pylori
98 (63)
HSUHS1_0479
HSUHS5_0476
metil- aceptar quimiotaxis proteínas de H. acinonychis
100 (66 )
HSUHS1_0196
HSUHS5_0122
metil- aceptar proteína quimiotaxis de Campylobacter upsaliensis
2 99 (53)
HSUHS1_0141
HSUHS5_0641
metil- aceptar proteína quimiotaxis de Campylobacter fetus subsp. proteína
metil- aceptar quimiotaxis de Methylibium petroleiphilum página 2
83 (52)
HSUHS1_0944 <- feto
2 99 (64)
HSUHS1_0763
br> HSUHS5_0990
quimiotaxis metil-aceptar transductor sensorial Marinomonas sp.
2 57 (59)
Adhesión
HSUHS1_0666
HSUHS5_1053
proteína de membrana externa (HORB
) de H. pylori
100 (63)
HSUHS1_0354
HSUHS5_0398
Neuraminyllactose vinculante hemaglutinina (hpaA) Red de H. acinonychis
94 (77)
resistencia al estrés oxidativo
HSUHS1_1147
HSUHS5_0608
catalasa (kata
) de H. acinonychis
95 (82)
HSUHS1_0549
HSUHS5_1206
los genes de reparación ATPasa (mutS
) de H. hepaticus
99 (60)
HSUHS1_0163
HSUHS5_0495
superóxido dismutasa (sodB
) de H. pylori
100 (90)
HSUHS1_1186
HSUHS5_0005
bacterioferritina co-migratoria de proteínas de H. hepaticus
99 (72)
HSUHS1_0683
HSUHS5_0262
NAD (P) H quinona reductasa (MDAB
) de Campylobacter fetus subsp. feto
97 (68)
HSUHS1_0689
HSUHS5_0268
peroxiredoxina de H. pylori página 3
100 (92)
1 Como resultado de basadas en TBLASTN mapeo cruzado del H. pylori proteoma
a la H. suis
genomas HS1T y HS5 y ab initio basados ​​en BLASTP
análisis de la H. suis traducida
HS1T y HS5 ORF contra el Uniprot-KB universales base de datos de proteínas. Las diferencias entre HS1T y HS5 homólogos ≤ 1%. Página 2 A falta de otras Helicobacter
genomas disponibles en GenBank. Página 3 Miembro de la 2-Cys peroxiredoxin superfamilia.
Los genes que codifican proteínas de membrana externa (OMP putativos ) en relación con H. pylori
OMP se presentan en el archivo adicional 1 Tabla S1. Los genes que codifican para los miembros de las principales familias de H. pylori
OMP (Hop, Hor, proteínas OMP Hof, reguladas por hierro y bomba de eflujo) podrían estar alineados con el genoma de H. pylori
. Ambos H. suis
cepas contienen el Hof
genes Hofa
, C
, E
, M
, el salto
genes esperanza
, G-2
y H
, y los genes de hor
HORB
, C
, D
, y J
. Además, HS1 T contiene homólogos de la hopW
precursor de la proteína y Hore
, mientras que HS5 posee homólogos adicionales de Hora
, horF
y Horl
. Ningún miembro de la Helicobacter
membrana externa (hom
) la familia se detectaron en H. suis
. Además de las principales proteínas de la familia pylori
OMP H., la H. suis
genoma contiene algunos predijeron OMPs basado en su patrón de N-terminal de la alternancia aminoácidos hidrófobos similares a porinas, que abarca omp29
para HS1 T y omp11 Opiniones y omp29 Opiniones de HS5. A 491 aminoácidos homólogo asociada a la membrana del factor de virulencia MviN, alineado el 92% con el homólogo de MviN H. acinonychis gratis (Hac_1250), también estuvo presente en H. suis
.
Tipo IV secreción sistemas de H. suis y mapa de la H. pylori
sistemas de secreción tipo IV (T4SS), sólo dos miembros de la isla de patogenicidad cag cag
(
PAI) se identificaron en el H . suis
genoma (cag23 /e
y cagX
). La mayoría de los miembros del peine
aparato de transporte estaban presentes. Estos incluyen COMB2
, B3
, B6
, B8
y un número de genes adicionales no clasificados como peine de
: recA
, vienen
, COML Opiniones y DPRA
. H. suis
posee genes que codifican VirB- y de tipo VirD ATPasas (virB4
, B8
, B9
, B10
, B11
, y VirD2
, D4
), todos los miembros designados por el H. pylori
tipo IV sistema de secreción 3 (tfs3
). El HS1 T y HS5 T4SS se presentan en la Tabla 2 2.Table H. suis
cepa 1 (HS1T) y la tensión 5 (HS5) homólogos de H. pylori
y otra Helicobacter sp
. Tipo de genes del sistema de secreción IV.
Homólogo
gen detectado en HS1T
gen detectado en HS5

Descripción de la proteína
Porcentaje de la fracción alineados secuencia (de los cuales conserva%) que corresponde con Helicobacter homolog1
isla de patogenicidad cag
cag23
/E Red de H. pylori
HSUHS1_0731
HSUHS5_1234
proteína de transferencia de ADN
81 (42)
cagX Red de H. pylori
HSUHS1_0964
HSUHS5_0688
conyugal proteína de transferencia del plásmido
92 (71)
sistema de peine de
COMB2 Red de H. acinonychis
HSUHS1_1181
HSUHS5_0010
COMB2 proteína
96 (64)
comB3 Red de H. acinonychis
HSUHS1_1182
HSUHS5_0009
ComB3 proteínas competencia
95 (77)
comB6 Red de H. pylori

HSUHS1_0337 -
NADH-ubiquinona oxidorreductasa
70 (85)
comB8 Red de H. pylori
HSUHS1_0747
superposición con virB8
proteínas competencia comB8
93 (66)
FALLO Red de H. pylori
HSUHS1_0755
HSUHS5_0054
proteína FALLO
99 (77)
vienen
del H. acinonychis
HSUHS1_0314
HSUHS5_0381
Competencia locus E
94 (55)
COML Red de H. pylori
HSUHS1_0722
HSUHS5_0300
proteína Competencia
99 (84)
DPRA Red de H. acinonychis
HSUHS1_0096
HSUHS5_0824
proteína de procesamiento de ADN
99 (70)
Red de recA H. hepaticus
HSUHS1_0672
HSUHS5_1058
recombinasa Un
97 (84)
virB -homologs
virB4 Red de H. pylori
HSUHS1_0960
HSUHS5_0692
proteína de transferencia de ADN
98 (68)
virB8 Red de H. pylori
HSUHS1_0963
HSUHS5_0689
transferencia de ADN proteína
91 (61)
virB9 Red de H. cetorum
HSUHS1_0319 -
VirB9 proteína
76 (69)
virB10 Red de H. cetorum
HSUHS1_0320 -
proteína VirB10
90 (77)
putativo virB9 Red de H. pylori - Wooel.com HSUHS5_0372
supuesta proteína VirB9
100 (86)
putativo virB10 Red de H. pylori - Wooel.com HSUHS5_0371
putativos VirB10 proteína
97 (87)
virB11 Red de H. pylori
HSUHS1_0750
HSUHS5_0368
proteína virB11
100 (98)
virB11 Red de H. cetorum
HSUHS1_0965 -
VirB11 proteína
95 (71)
virB11
-como de H. pylori gratis (HPSH_04565) -
HSUHS5_0686
VirB11 proteína similar
98 (72)
virB11
-como de H. pylori gratis (HPSH_07250)
HSUHS1_0036
HSUHS5_0600
Tipo IV ATPasa
100 (75)
virD - homólogos
virD2 Red de H. cetorum
HSUHS1_0752
HSUHS5_0414
proteína VirD2 (relaxasa)
100 (90)
virD4 Red de H. pylori
HSUHS1_0870
HSUHS5_0257
proteína VirD4 (proteína conjugación)
82 (78)
1 Como resultado de basadas en TBLASTN configuración cruzada de la H. pylori
proteoma de el H. suis
genomas HS1T y HS5 y ab initio basados ​​en BLASTP
análisis de la H. suis traducida
HS1T y HS5 ORF contra la base de datos de proteínas universales Uniprot-KB. Las diferencias entre HS1T y HS5 homólogos ≤ 1%.
Genes posiblemente implicados en la inducción de lesiones gástricas
Homólogos de H. pylori se resumen
genes implicados en la inducción de lesiones gástricas en el H. suis
genoma en la Tabla 3. las búsquedas de homología con el H. pylori
vacuolating citotoxina Un gen (vacA
) identificó HSUHS1_0989 en HS1 T. La proteína correspondiente, que es excepcional, ya que es uno de los más largos en el mundo de los procariotas, posee tres pequeñas regiones conservadas VacA (residuos 490-545, 941-995 y 1043-1351), seguido por una región Portavehículos (residuos 2730-2983). La secuencia de aminoácidos del homólogo de HS5 (HSUHS5_0761) podría estar alineado para 22% con el pylori
secuencia HPAG1 cepa H., y posee sólo una región conservada VacA (residuos 242-298), seguido por una región autotransporter (1258 -1510). En ambos vacA
homólogos, no se determinó la secuencia de señales. Además, se identificó una metiltransferasa úlcera asociada-adenina específica de ADN (HSUHS1_0375, HSUHS5_0957) secuencia de codificación, mientras que un homólogo molecular de la úlcera asociada endonucleasa de restricción (iceA
) no pudo ser descubierto en H. suis
. H. suis
contiene homólogos de PGBA
y PGBB
proteínas de unión a plasminógeno de codificación, aunque ambos carecen de un sitio de escisión de hélice transmembrana o el péptido señal de acuerdo con las herramientas bioinformáticas mencionados anteriormente. H. suis
alberga homólogos de los genes que codifican la proteína pylori
activadora de neutrófilos H. (HP-Napa) y γ-glutamil transpeptidasa (GGT-HP). Los homólogos que codifican el H. pylori
flavodoxina FLDA
y el complejo piruvato-oxidorreductasa (POR) miembros porA
, porB
, Porc
, y PORD
también fueron identificados en H. suis
.Tabla 3 homólogos de H. pylori
genes implicados en la inducción de lesiones gástricas en el H. suis
cepa tipo 1 (HS1T) y la tensión 5 (HS5) genoma.
gene detectó en HS1T
gen detectado en HS5
Gen
proteína anotación /función en H. pylori
secuencia fracción HS1T /HS5 alineados con H. pylori homólogo (%) 1
alineado HS1T fracción secuencia /HS5 conservada con H. pylori homólogo (%) 1 |
Referencias
HSUHS1_0989
HSUHS5_0761
vacA
vacuolating citotoxina A: Casa de vacuolización celular, que induce la apoptosis, inmunosupresor
63/22 45/72

[46]
HSUHS1_0265
HSUHS5_0449
GGT
γ-glutamil transpeptidasa: inductor de apoptosis, inmunosupresor
99/99 86/86

[ ,,,0],48, 49, 64]
HSUHS1_1177
HSUHS5_0014
Napa
activación de neutrófilos-proteína A: proinflamatoria
99/99 83/83

[50, 51 ]
HSUHS1_1067
HSUHS5_1177
FLDA
aceptor de electrones del complejo enzimático piruvato oxidorreductasa, asociado con el linfoma MALT gástrico en humanos
96/98 84/83

[55, 56]
HSUHS1_0403
HSUHS5_0887
PGBA
proteína de unión del plasminógeno-
60/60 72/72

[53, 54]
HSUHS1_1192
HSUHS5_0523
PGBB
plasminógeno-proteína de unión
70/70 72/72

[53, 54]
1Resulting de TBLASTN basado en configuración cruzada del H. pylori proteoma
a la H. suis
HS1T y HS5 genomas.
Discusión
genes posiblemente implicados en la colonización gástrica y persistencia
los resultados del presente estudio demuestran que varios H .
pylori genes implicados en la aclimatación de ácido, la quimiotaxis y la motilidad, tienen homólogos en el genoma de H. suis
. Estos genes son conocidos por ser esencial para la colonización de la mucosa gástrica humana [27-32].
Varias secuencias de codificación de OMP se identificaron mediante análisis comparativos con H. pylori
y otras especies bacterianas. H. suis
contiene algunos miembros similares de las principales familias de OMP descritas en H. pylori
[33]. Algunas de estas OMPs se han descrito para ser implicada en la adhesión de H. pylori
a la mucosa gástrica, que es ampliamente supone que desempeñar un papel importante en la colonización y persistencia a largo plazo inicial en el estómago humano. Estos incluyen la adhesina de células epiteliales gástricas HORB [34] y la lipoproteína de superficie, H. pylori
adhesina A (HPAA). HPAA, también anotado como hemaglutinina de unión a neuraminyllactose-, se encuentra exclusivamente en Helicobacter
y se une a las macromoléculas ricos en ácido siálico presentes en el epitelio gástrico [35]. Por otra parte, H. suis
carece de homólogos de varios otros factores de adhesión
pylori H., incluidos los genes que codifican el antígeno del grupo sanguíneo adhesinas babA
(saltos
) y babB
vinculante (Hopt
), el ácido siálico adhesinas Saba gratis (Hopp
) y sabb gratis (HOPO
), y la adhesión lipoproteínas asociadas a Alpa gratis (HOPC
) de unión y alpB gratis (hopB
) [36].
H. suis
contiene un gen que codifica fibrinonectin /proteína de unión a fibrinógeno, lo que puede mejorar su adherencia al tejido gástrico heridos. El daño a las células huésped epiteliales de hecho puede exponer a la fibronectina y otros componentes de la matriz extracelular. homología fuerte se encontró con proteínas de unión a fibronectina de H. felis gratis (YP_004072974), H. canadensis gratis (ZP_048703091) y Wolinella succinogenes gratis (NP_907753). Hasta donde sabemos, ninguna función exacta se ha dado a estas proteínas en estas especies. En Campylobacter jejuni
, sin embargo, las proteínas de unión a fibronectina-CADF y FlpA han demostrado estar involucrados en la adhesión y /o la invasión de las células epiteliales intestinales de acogida [37, 38]. De acuerdo con las herramientas bioinformáticas se utiliza aquí, el H. suis
proteína de unión a fibronectina carece de un sitio de escisión de hélice transmembrana o peptidasa de señal, lo que indica que no está expuesto en la superficie o secretadas. Su papel real en la colonización, por tanto, aún no se ha dilucidado.
Tres genes implicados en la biosíntesis de ácido siálico (neua
, Neub
, y wecB
) fueron anotados en el H. suis
genoma, lo que indica que esta bacteria puede decorar su superficie con ácido siálico. La presencia de sialilación superficie se ha estudiado ampliamente en bacterias patógenas, donde contribuye a la evasión del sistema de defensa complemento host [39].
Además, H. suis
posee genes que codifican enzimas implicadas en la resistencia a estrés oxidativo ( Napa
, sodB
Kata
, mutS
, MDAB
, y peroxiredoxin secuencia de codificación). Esto indica que el H. suis
puede albergar un mecanismo de defensa contra la respuesta inflamatoria del huésped, lo que contribuye a la capacidad de colonización gástrica crónica por esta bacteria [40]. Sistemas de secreción tipo IV
en H. suis

Dos T4SS parcial se predijo en el H. suis
genoma, es decir, el peine
clúster y el sistema tfs3
. El COMB suis
H. Sistema probablemente juega un papel en la transformación genética [41, 42]. La transformación de ADN puede ser responsable por el alto grado de diversidad entre las cepas de H. suis
como se ha demostrado recientemente por secuencia de multilocus escribiendo disponibles de H. suis
cepas [43]. El papel de la tfs3
sistema de secreción de H. pylori en la patogénesis no se conoce exactamente. Siete genes de clúster de la tfs3
son homólogos de genes implicados en la secreción de tipo IV: virB4
, virB11
, y virD4
código para ATPasas que se mueven a sustratos y a través del poro. Este último está codificado por los genes de poros transmembrana virB7
, virB8
, virB9
y virB10
[44]. Todos estos genes, excepto virB7
fueron identificados en H. suis
, lo que indica que el tfs3 H. suis
puede ser importante en el transporte transmembrana de sustratos en H. suis.
Francia El H . pylori cag
isla de patogenicidad (cag
PAI) región codifica una T4SS permitiendo H. pylori
para insertar el asociado a la citotoxina antígeno a (CagA) en la célula huésped. Este proceso resulta en alteraciones estructurales de la célula huésped, una respuesta inflamatoria aumentado, y un mayor riesgo de adenocarcinoma gástrico [45]. Aunque H. suis
posee dos miembros de la H. pylori cag PAI
(cag23 /E
y cagX
), la mayoría de los genes, incluyendo el gen que codifica para la proteína causante de la patología (CagA ), no fueron identificados. Esto indica que HS1 T y HS5 carecen de una cag funcional
sistema de secreción de la proteína transportadora.
Genes posiblemente implicados en la inducción de lesiones gástricas
La comparación genómica de H. suis
con H. pylori
como resultado la identificación de genes adicionales posiblemente asociados con la virulencia en H. suis
. Un H. suis
homólogo de la H. pylori vacA
fue detectado. VacA es a la vez una citotoxina de la capa de células epiteliales gástricas, y una toxina inmunomodulador de H. pylori
[46]. H. pylori
contiene ya sea un funcional o no funcional vacA
. El H. suis vacA
exposiciones homólogos no vacA
secuencia señal, lo que indica que podría codificar una citotoxina no funcional [47]. In vitro e in vivo con un mutante de final de la H. suis vacA
podría aclarar la funcionalidad de la vacA
homólogo en este Helicobacter
especies.
Homología fuerte se encontró con dos H. pylori
genes asociados con la virulencia saber Napa
, que codifican el HP-Napa y GGT
, la codificación de HP-GGT. El H. pylori
GGT ha sido identificado como una proteína inductora de la apoptosis [48, 49]. La proteína HP-Napa se designa como una proteína proinflamatoria y inmunodominante mediante la estimulación de la producción de radicales de oxígeno y la IL-12 a partir de neutrófilos y el reclutamiento de leucocitos in vivo [50, 51]. Por otra parte, HP-Napa también juega un papel en la protección de H. pylori
del estrés oxidativo por el hierro libre [52] vinculante. H. suis
contiene dos homólogos de H. pylori
genes que codifican para proteínas de unión a plasminógeno, PGBA
y PGBB
.

• Un modelo basado en el razonamiento probatorio para el diagnóstico de metástasis en los ganglios linfáticos en el cáncer gástrico
• funciones integradoras de factor de crecimiento transformante-α en los mecanismos de citoprotección de lesión de la mucosa gástrica