Les défis de trouver le gène responsable d'un syndrome rare, autosomique dominante susceptibilité au cancer gastrique

Les défis de trouver le gène responsable d'un syndrome de prédisposition au cancer gastrique dominante rare, autosomique
adénocarcinome gastrique et proximal Polyposis de l'estomac (GAPPS) est un syndrome dominant nouvellement décrit, autosomique rare, caractérisée par fundique polypose glande avec hyperplasiques occasionnelle et polypes adénomateux. Nous avons diagnostiqué GAPPS dans un grand australien (famille 1) et deux familles nord-américaines plus petites (Familiale 2 et 3). Des mutations dans APC
, MUTYH
, CDH1
, SMAD4
, BMPR1A
, STK11
et PTEN
ont été exclus dans toutes les familles par analyse de la séquence des exons et des régions adjacentes, ainsi que par des essais pour la suppression ou la duplication des exons. Nous avons cartographié le gène GAPPS en famille 1 par analyse de liaison (LOD score de 4,21) à une région 20Mb qui contient environ 60 gènes. Court répétition en tandem génotypage a montré que les membres concernés de la famille 2 partagent un haplotype dans cette région de 20Mb, mais l'analyse des données Affymetrix SNP 6.0 de trois membres concernés de la famille 2 ont montré qu'ils ont également partagé plusieurs autres régions du génome. Cependant, à la fois la famille 2 et 3 sont trop petits pour l'analyse de liaison définitive.
Nous avons effectué le séquençage de l'exome complet pour trois personnes touchées dans la famille 1 (et le séquençage de la région liée ciblée dans un autre individu), et de trois membres touchés de la famille 2. Nous ne avons trouvé aucun codage rares ou site variants d'épissage dans la région liée qui ont été partagées par tous les membres concernés de la famille 1; ni de la même région dans les deux membres concernés de la famille 2. exons Tout codage et les gènes miR dans la région liée ont été séquencés au moins 30X à chaque base, ou par séquençage Sanger, sauf pour sept exons pour lesquels le séquençage Sanger est encore être completé. Nous utiliserons également le séquençage Sanger pour améliorer la couverture des exons de la région liée à la famille 2.
Cependant, notre hypothèse actuelle est que les mutations non codantes dans la région liée sont responsables du syndrome GAPPS dans les deux familles 1 et 2 et analyse de la séquence du génome afin entier pour deux membres affectés en famille 1 a été effectuée et une analyse est en cours.

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