Ploche ONE: Ultra-Hlboké sekvenovania odhaľuje microRNA expresného profilu ľudskom žalúdku

abstraktné

Pozadie

Kým microRNA (miRNA) zohrávajú dôležitú úlohu v diferenciácii tkanív a pri udržiavaní bazálnej fyziológiu, málo sa vie o hladín miRNA expresie v žalúdku tkanive. Zmeny v profile miRNA môže viesť k bunkovej deregulácie, ktoré môžu vyvolať nádorové ochorenie.

Metodické /hlavných zistení

Malá RNA knižnica žalúdka tkanivo bolo sekvenovania s použitím high-priepustnosť Solid sekvenčné technológií. Získali sme 261274 kvalita číta s perfektný zápas pre ľudské miRnome, a bolo identifikovaných 42% známych miRNA. Digitálne profilovanie génovej expresie (DGE) bola vykonaná na základe čítanie hojnosti, a ukázal, že pätnásť miRNA boli vysoko exprimovaný v žalúdočnej tkanive. Následne sa expresia týchto miRNA bola overená v 10 zdravých jedincov pomocou RT-PCR ukázala významnú koreláciu 83.97% (P menšia ako 0,05). Šesť miRNA vykazujú nízku variabilný vzor expresie (MIR-29b, MIR-29c, MIR-19b, MIR-31, MIR-148a, mier-451), a môže byť považovaný za súčasť expresného profilu zdravej žalúdočné tkaniva.

Závery /Význam

Cieľom tejto štúdie bolo overiť normálne miRNA profily ľudskej žalúdočnej tkaniva ustanoviť referenčné profil zdravých jedincov. Určenie regulačných procesov, ktoré pôsobia v žalúdku bude dôležitú úlohu v boji proti rakovine žalúdka, ktorá je druhou najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu po celom svete

Citácia :. Ribeiro dos Santos-AA, Khaya AS, Silva , Alencar DO, Lobato J, Luz L, et al. (2010) Ultra-Hlboko sekvenovania odhaľuje microRNA expresného profilu ľudskom žalúdku. PLoS ONE 5 (10): e13205. doi: 10,1371 /journal.pone.0013205

Editor: Patrick Tan, Duke-National University of Singapore Graduate Medical School, Singapore

prijatá: 30. marca 2010; Prijaté: 08.09.2010; Uverejnené: 08.10.2010

Copyright © 2010 Ribeiro dos Santos-et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Financovanie :. Práca bol podporený genómu Paraense de Genomic e proteomiky Project (Governo robiť Para /SEDECT /FAPESPA), PROPESP /UFPA, FADESP a pláštenky (Coordenacao de Aperfeicoamento de pessoal de Nivel Superior). Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

v poslednej dobe, Friedman et al.
2009 ukázala, že väčšina ľudských génov sú pod kontrolou miRNA. Prvku > 45,000 miRNA cieľových miest v rámci ľudských 3'UTRs sú zachované, a a ^ 60% génov ľudských kódujúcich proteíny boli pod selekčným tlakom na udržanie párovanie na miRNA [1]. miRNA sú malé, nekódujúcej sekvencie 17-25 bp, ktoré regulujú génovú expresiu väzbou na 3 'konci cieľových mRNA, čo vedie k inhibícii translácie mRNA [2], [3]. Približne 14000 miRNA boli zistené u zvierat, rastlín a húb [4], [5], [6]

prístroje, ktoré zahŕňajú miRNA ako negatívne regulátory génovej expresie sú podobné u zvierat a rastlín .; upravujú základné bunkové procesy [6]. U ľudí, približne 3% všetkých génov Predpokladá sa, že kódujú miRNA prekurzory, a viac ako > 60% z génov kódujúcich proteíny by mohla byť upravená miRNA [1]. Mierny majú základné funkcie v mnohých bunkových procesov, ako je rast a vývoj, bunkovej proliferácie, diferenciácie a apoptózy. V dôsledku toho, zmeny v expresii miRNA prispievajú k ľudských ochorení, ako rakoviny [7], [8].

Zmeny v miRNA expresných vzorov boli pozorované u mnohých typov rakoviny u ľudí, ako je rakovina prsníka, hrubého čreva, pľúc, prostaty, leukémie a rakoviny žalúdka. miRNA expresie zmeny viesť k strate alebo zisk funkcie a sú spojené s vývojom ľudského nádoru prostredníctvom rôznych mechanizmov, [5].

Tu prezentujeme genetické štúdie miRNA v ľudskom žalúdku, pretože napriek dôležitosť organov, sú k dispozícii na ich prítomnosti a regulácia u ľudí málo genetické dáta. Táto práca je prvý plne miRnome sekvenovania normálne žalúdočné tkaniva za použitia novej generácie sekvenčné technológie.

Výsledky

V tejto štúdii, profily boli získané veľmi hlbokú sekvenovania s použitím pevný základ ( life Technologies, CA, USA). Ide o prvú štúdiu, ktorá tento postup použiť na opis miRnome normálnej žalúdočné tkaniva. miRNA boli izolované z normálnej žalúdočnej sliznice kardio jedného zdravého pacienta. Tieto profily boli overené pomocou PCR v reálnom čase pre stanovenie expresie 15 nejexprimovanějších miRNA v ďalších 10 zdravých pacientov.

ULTRA-DEEP sekvencovania

Ultra-hlboké sekvencovania získa celkom 104 miliónov surové číta a číta 5000000 pre žalúdočné kardia knižnice miRNA. Pre ďalšiu analýzu, 3,2 milióna číta sa vybrali v súlade s kvalitou sekvencie (minimálne QV≥10 v prvých 10 báz) [8]. Po zmapovanie tieto nezrovnalosti ľudského genómu (uvoľnenie 19), celkový počet vyznačených čítanie bolo 2.534.490 miliónov číta (75% z celkovej kvality číta). Približne 38% z 2,5 milióna číta (963.460 čitateľov) boli opakujúce sa sekvencie DNA, tRNA, rRNA či iné malé molekuly; 10% (261.274) boli prijaté číta, dokonale zladené so známymi zrelých miRNA (MirBase verzie 15, uvoľnite 04/2010) [9]; a zvyšok z číta (52%) bolo uzavretých na ktorých analýza sekvencií nukleotidov (obrázok 1).

Za expresné analýzu miRNA, iba číta so zápalkami zrieť miRNA sekvencie (261.274 čitateľov) boli zahrnuté. V kardio, sme identifikovali 404 970 známych zrelých miRNA sekvencií (42%). Na analýzu expresie miRNA sme definovali päť rozsahy: 1 až 10 čítania počty; 11-100; 101 až 1000; 1001 až 5000; a pre čítanie počet viac ako 5000 (obrázok 2) (ďalšie podrobnosti sú uvedené v tabuľke S1). Prvý rozsah (1-10) tvorili 40% pozorovaných miRNA; druhá rada (11 až 100) tvorenej 26%; Tretí rad (101 až 1000) tvorili 20%; a štvrtý a piaty rozsahy (viac ako 1000 Počet čítanie), zložený 14%

Pomocou tejto klasifikácie, 347 zrelých miRNA bola vyjadrená medzi prvou a treťou rozsahy a 57 medzi štvrtou a piatou rozsahy .. Pre charakterizáciu miRnome sme vybrali sadu 15 miRNA, ktoré boli vyjadrené na najvyšších úrovniach (≥1,000 číta).

Tabuľka 1 a obrázok 3 uvádzajú zoznam 15 zrelej miRNA je možné identifikovať v kardio ľudských , Teplotný mapa z obrázku 4 sumarizuje expresiu týchto 15 miRNA v kardio a naprieč normálnych ľudských tkanivách, dáta dge, k dispozícii v microRNA.org databanky [10], [11]. Zrelých miRNA expresie, ktorú možno rozdeliť do dvoch skupín: i) kardio-tkanív: miRNA zriedka vyjadrené v iných tkanivách, ale vyjadrená v kardia, vrátane MIR-148a, MIR-192, mier-200a a mier-200B; ii) takmer všadeprítomný: miRNA exprimovaný v mnohých tkanivách a podmienok vrátane MIR-29c, MIR-21, MIR-24, MIR-29b, MIR-29a, MIR-451, MIR-31, MIR-145, MIR-26a Mir-19b a nechajte-7b.

real time PCR

ultra-hlboké výsledky sekvenovania boli overené pomocou singleplex real time PCR (RT-PCR) metódu na 15 miRNA vybraných pre určovať ich vyjadrenia v kardio regióne od 10 zdravých jedincov. Z testovaných osôb, 60% boli muži, priemerný vek bol 39,1 (± 12,8) rokov a 50% skúmaných subjektov pozitívne testovaný na H. pylori
podľa medzinárodných kritérií stanovených pre ich identifikáciu [12], [13] (tabuľka 2) (ďalšie podrobnosti sú uvedené v tabuľke S2).

COMPARARISON S DGE A RT-PCR

Oba singleplex (RT-PCR) a multiplexové (pevný základ) technológie vykazovali vysokú expresiu (expresia viac ako 1000 číta v DGE a 7-krát nad vnútorná kontrola v RT-PCR) z 15 miRNA (obrázky 4 a 5)

rovnakej vzorky RNA boli analyzované pomocou dvoch rôznych platformách: DGE a RT-PCR - Life Technologies .. Experimenty výsledky boli porovnané a bolo pozorované lineárna regresia medzi 2 ^{-ΔCt a druhej odmocniny počtu čítať čísla. Pearson korelácia je vysoká 83,9% štatisticky významným testom (P < 0,05). A overený solídne výsledky}

Navyše, výsledky DGE boli porovnané s kvantifikáciu expresného rozsahu týchto miRNA v 10 zdravých jedincov, cez Real Time PCR. Regresná o priemere RT-PCR oproti
odmocnina z počtu prečítať čísla. Pearsonov korelačný je vysoká 68,4% štatisticky významného testom (P menšia ako 0,05).

mohli pozorovať miRNA s vysokou interindividuálnu variability, pre Exempla MIR-21, a druhý s nízkou interindividuálnou variability, napr. Výraz vzor mierne variabilný (MIR-29b, MIR-29c, MIR-19b, MIR-31, MIR-148a, mier-451).

Diskusia

miRNA regulujú väčšinu ľudských génov; Avšak, len niekoľko miRNA majú svoje ciele a identifikovať špecifické funkcie [14]. V našej štúdii, žalúdok vzorka bol získaný z jedného jedinca, bez žalúdočnej neoplázia alebo iné pre-neoplastických stavov, ako je atrofia, metaplázia alebo dyspláziou. Prekanceróznych lézií, ako sú gastritída vedú ku genómovej hypo-metyláciou v žalúdku, ktoré by mohli pozmeniť expresného profilu miRNA [15]. Vzorka bol získaný z normálneho tkaniva od pacienta bez akýchkoľvek patologických stavov, ktorý pomáhal pri predchádzaní nebezpečenstve zhromažďovaní zdanlivo normálne vzorka tkaniva s mikro-invázie počiatočného štádia nádorových buniek, ako by mohlo dôjsť u pacientov s niektorou z vyššie uvedených patologických stavov.

Táto štúdia je prvou ultra-high-priepustnosť sekvenovania miRNA vo fyziologicky normálnom ľudskom žalúdku. už bola zistená len 5,06% miRNA génov identifikovaných v žalúdočnej tkanive v iných tkanivách a katalogizované v bioinformatických databázach, ako je microRNA.org [10]. Očakávame, že táto skupina miRNA byť regulátory génov, domácnosti, ktoré sú bohaté na ľudských tkanivách. Ďalšie 7,84% z miRNA nemal zápasu v expresných databázach miRNA a môže predstavovať miRNA, ktoré sú špecifické pre tráviacej sústavy alebo žalúdka.

Podobné štúdie boli vykonané s ostatnými normálne tkanivá, ako je napríklad ústach, krku, pažerák, konečník a črevo. Porovnávali sme tieto údaje s našimi miRNA expresných dát pre definovanie expresného profilu žalúdočné tkaniva. Zistili sme, vysokú hladinu expresie v 15 miRNA, z ktorých 13 už bolo zistené, že vysoko exprimovaný v iných tkanivách.

Expresia Mir-148a a mier-192 boli identifikované v iných normálnych a rakovinových ľudských tkanív, ale nebol nadmerne vyjadrený. Mir-192 už bola zistená v gastrointestinálne tkanive, ako je napríklad hrubého čreva, ileum, dvanástnika, tenkého čreva, žalúdka, pankreasu a pečeň [16]. Bazálna expresie MIR-148a bol pozorovaný v spojivovom tkanive a endokrinné tkaniva [17]. V poslednej dobe bolo zistené, že Mir-148a musia byť potlačená v pupečníkových krvných buniek [18] a umlčaný hypermetylace u nádorov hrubého čreva [19]. sme pozorovali vysokej expresie klastra MIR-200 (A a B) v kardio ako je pozorované v Langerhansových ostrovčekov [11]. V microarray experimente, boli zistené Mir-200A a mier-200b na nízkej úrovni v gastrointestinálne tkanive, ale vo vysokých koncentráciách v hrubom čreve, žalúdka a pankreasu [16]. A v poslednej dobe publikovanej microRNA výraz atlas ukázala, že tento miRNA je charakteristické pre endokrinný tkaniva [17]. Nedávna zistenia ukazujú, že nízka expresia klastra MIR-200 je vo vzťahu s rakovinou vaječníkov [19], [20]. Z tohto dôvodu, cluster MIR-200, môže byť dôležité pre zachovanie integrity zažívacie tkanív, ako je žalúdočné kardio, pretože ako vysoká expresie up-regulovaná expresiu E-cadherinu, proteínu zodpovedného za organizáciu architektúry epiteliálneho tkaniva. Navyše, výsledky naznačovali dôležitú úlohu rodiny Mir-200 v represií epitelové, mezenchýme prechod (EMT) a progresie rakoviny [21].

Tabuľka 1 a 2 ukazujú počet možné ciele pre každú vysokú expresiu zrelej miRNA. Tabuľka 2 ukazuje niektoré ciele miRNA predpovedané TargetScan proti rodinám konzervovaných miRNA. S výnimkou MIR-451, všetky zdieľa aspoň dve ďalšie génové ciele. Gény ANKD52 stroje a UBN2
, sú terčom desiatich zo štrnástich miRNA analyzované, zatiaľ čo gén TNRC6B
je z deviatich miRNA, a gény EPS15
NFAT5
BACH2
BRWD1
NUFIP2
Ptení
CDK6
a PTPRD DD6
, sú terčom ôsmich miRNA. Tento výsledok naznačuje, že tieto miRNA sú silnými kandidátmi na umlčanie v kardio regióne. Experimentálne potvrdenie týchto génov s následnou analýzou funkcie každého z nich môže odhaliť fyziologické úlohu týchto miRNA v normálnej žalúdočnej tkanive.

Mnoho miRNA môžu regulovať transláciu proteínov, ktoré konať v proliferáciu tkaniva a tkanivo, vytvárajúce vzor, ​​ako je MIR-200a (ktoré môžu byť zamerané na integrín) a mier-145 (ktorá môže interagovať s erbB4
mRNA). Bolo zistené, mnohí predpovedali ciele mRNA boli spoločné pre viac vysoko exprimovaných miRNA. Napríklad, HTR4
(5-hydroxytryptamín [serotonín] receptor) a AFF2
mRNA ( AF4 /FMR2
rodiny, člen 2) sa predpokladá, že ciele 13 z 15 nejexprimovanějších miRNA. Ďalších päť mRNA, vrátane IGF-1
(inzulínu podobný rastový faktor 1 [somatomedin C]), boli spoločné predikované terča 12 miRNA. Osem miRNA mal 222 predpokladaných cieľov spoločnej; napríklad, Mir-29b sa predpokladá, že cieľ 196 z nich. O päť miRNA (19b, 29a, 29b, 29c a 148a) zdieľa 70 predpovedal ciele, z ktorých ( CDK6
Ptení
IGF1
FRS2 niektoré
PDGFRA
PIK3R1 stroje a MXD1
) regulujú bunkovú proliferáciu a potlačenie nádoru.

Niekoľko pozorovaní odkazujú miRNA k rakovine. Po prvé, mnoho miRNA sú zapojené do bunkovej proliferácie a apoptózy. Po druhé, mnoho Mirna loci sa nachádzajú v nestabilných miestach ľudského genómu, regióny, ktoré sú často zosilnené alebo odstránené v ľudských novotvarov a spôsobujú značné rozdiely v miRNA expresie v porovnaní s normálnymi tkanivami [21], [22], [23], [24 ].

Real Time PCR techniky (ktorý používa relatívna kvantifikáciu) bolo potvrdené, 15 miRNA na ktorých sa pozorovali najvyššie expresiu na pevný základ, (ktorý je založený na absolútne čísla) (obrázky 4 a 5). Preto tieto miRNA môžu byť považované za nadmerne exprimovaný [25], [26], [27], [28]. Korelácia medzi DGE a RT-PCR testov bolo zrejmé, a štatistika významné. A DGE experiment mohol byť považovaný za reprezentatívny tkaniva žalúdočné vzoriek izolovaných od 10 zdravotných predmetov a definujú časť expresného profilu zdravej žalúdočné tkaniva.

Výsledky z oboch metód ukazujú, že miRNA-21 bol najviac vysoko exprimovaný žalúdočné kardia tkanive. Tento miRNA je tiež distribuovaný v iných ľudských tkanivách (napr, dendritické bunky, T-bunky, pankreasu), a by mohli byť zapojené do regulácie expresie génov domácnosti ( ATPAF1
, KIF3A
,
CYBRD1).

pevný základ, ukázala, že mier-192 a 148a sú špecifické pre žalúdočné tkanive. Okrem toho, v reálnom čase PCR potvrdilo, že tieto miRNA sú nadmerne exprimované. Teda celkovo sú tieto miRNA je pravdepodobné, že regulujú expresiu génov súvisiacich s žalúdočné tkaniva homeostázy. Z tohto dôvodu, nízke hladiny expresie týchto miRNA by mohla byť spojená s rozvojom žalúdočnej neoplázie. Potenciálne použitie miRNA-192 a miRNA-148a ako rizikové markery u karcinómu žalúdka by mohlo byť najlepšie vyšetrené prostredníctvom analýzy miRnomes rôznych histologických typov rakoviny žalúdka.

Pochopenie regulačné procesy, ktoré pôsobia v ľudskom žalúdok bude dôležitú úlohu v boji proti rakovine žalúdka, ktorá je druhou najčastejšou príčinou úmrtnosti na rakovinu po celom svete.

materiály a metódy

biologického materiálu

žalúdočné Cardia mikroskopický zóna, ktorá sa normálne nachádza v najviac proximálnej časti žalúdka, v blízkosti otvoru (pažeráka srdcovej otvor alebo kardio) a obsahuje srdcový žľazy. Náš čerstvý vzorka tkaniva pre ultra hlboké sekvencovania bol získaný od gastroskopicky biopsia (~ 4 mm ^{3). Pacientka bola 33 rokov, bez známok rakoviny a normálne gastroezofageálny junkcie. Makroskopické pozorovanie tkanív nepreukázali žiadne poškodenie a histologické vyšetrenie potvrdilo normálne a zdravé podmienky.}

K potvrdeniu výsledkov ultra-hlboké sekvenovania, vzorky CARDIA, v blízkosti srdcovej otvorom, od 10. navyše zdravých jedincov boli tiež získať endoskopických biopsiou (~ 4 mm ^{3) a po musia vyšetriť bez abnormalít, boli analyzované pomocou real time PCR. H. pylori
infekcia bola diagnostikovaná na základe typického vzhľadu baktérie pozdĺž vrstvy slizu pokrývajúci žalúdočnú sliznicu antrálnej biopsie boli odobraté pre histologické hodnotenie vzhľadom k vyššej hustote baktérií v žalúdočnej dutine a k vynikajúcej citlivosti tejto diagnostické metódy , v súlade s medzinárodnými kritériami ustanovenými pre ich identifikáciu [12], [13] (ďalšie podrobnosti sú uvedené v tabuľke S2).}

ETHICS VYHLÁSENIE

písomný informovaný súhlas bol získaný od všetkých pacientov, a štúdia bola schválená Comité de etike em Pesquisa (CEP) nemocnice Universitario João Barros Barreto (HUJBB.) - Federálne univerzity v Pará (UFPA) (číslo protokolu 14052004 /HUJBB)

miRNA KNIŽNICA

celková malé RNA bola získaná zo vzorky tkaniva s použitím Mirvana Isolation Kit (Ambion Inc., USA). Koncentrácia a kvalita boli stanovené za použitia spektrofotometra Nanodrop 1000, a čistenie a výber veľkosti boli vykonané za použitia 6% SDS-PAGE. Použitie na pevnú malé RNA Expression Kit (Ambion Inc., USA), 200 ng malých RNA 150-200 bp boli použité ako templát pre získanie knižnice miRNA. Všetky miRNA knižnice boli označené jedinečné a špecifické amplifikačnej primery, známy ako čiarový kód systému (Life Technologies, CA, USA). Potom, 50 pg knižnice sa spojí so siedmimi ďalších knižníc pri rovnakej koncentrácii miRNA. Frakcia knižnice bazéna (0,1 pg) bola amplifikovaná a upevnený na magnetických perličiek s použitím emulzie PCR. EPCR produkt bol nanesený na jeden snímok a podrobí sa multiplexové Solid sekvenčná reakciu.

SOLID ULTRA-DEEP sekvencovania a analýzy dát

pevnej látky (verzia 2.0) sekvenovania systém (Life Technologies) bol použitý pre generovanie čítanie, ktoré boli 35 bp. V druhom kroku sa pre dekódovanie čiarového kódu, zodpovedajúce každú sekvenciu húsenice s identitou vzorky. Všetky malé RNA sekvencie kardio sú k dispozícii v NCBI sekvencií čítaní archívu (SRA012099). Sekvenčné analýza bola vykonaná s použitím systému pevná látka malé RNA analytický nástroj (Life Technologies) a MiRanalyzer [8]. Po prvé, filtrované sme všetky sekvencie, ktoré uzavreté RNA nečistoty, ako tRNA, rRNA, DNA opakuje a adaptorové molekuly. Po vylúčení kontaminant číta, vyrovnané sme všetky sekvencie proti miRNA prekurzorov sekvencií (MirBase ver. 12) a potom už len zahŕňal čítanie, ktoré spárované sekvencie zrelé Mirna [9]. Porovnať tieto expresných údajov s údajmi z iných ľudských tkanív, údaje expresie miRNA boli importované z databázy microRNA.org a výraz každej zrelej miRNA bola normalizovaná celkovým počtom čítaní [10]. Grafická analýza bola vykonaná pomocou Genepattern ^{10. Mirna-biologický proces vzťahy boli predpovedal pomocou miRNApath (http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php~~HEAD=dobj).}

miRNA real time PCR (validácia)

biopsia vzorky kardia tkanív boli odobraté z 10 zdravých pacientov. Po odbere boli vzorky okamžite spracované a uložené pri -80 ° C až do extrakcie RNA. Celková RNA bola extrahovaná homogenizáciou 40 miligramov mrazené tkaniva, nasleduje izolácia RNA TRIzolu činidla (Life Technologies) podľa inštrukcií výrobcu. Koncentrácia a kvalita miRNA boli stanovené za použitia spektrofotometra Nanodrop 1000 (ND-1000, Nanodrop Technologies, Wilmington, DE). Celková RNA bola reverzne transkribovaných s použitím TaqMan @ microRNA reverznej transkripcie kit (Life Technologies).

Analýza hladín miRNA bola vykonaná na 7500 Real-Time PCR System (Life Technologies) s TaqMan miRNA testami v súlade s pokyny výrobcu (Life Technologies) s použitím primerov navrhnutých Primer Express (Life Technologies). Priemerná úroveň expresie troch ľudských endogénnych kontrol (Z30, RNU19 a RNU6B - kalibrátorov). Bol použitý ako vnútorná kontrola vo všetkých experimentoch miRNA bolo umožnené porovnanie výsledkov expresie

Vysoké hladiny expresie miRNA identifikovaná ultra-hlbokú sekvenovania (v zostupnom poradí: mir-29c, MIR-21, MIR-148a, MIR-29a, MIR-24, MIR-29b, MIR-192, MIR-451, MIR-145, MIR-31, MIR-200a, MIR-19b, MIR-200b, nechajte-7b a mier-26a) boli overené testoch TaqMan miRNA (Life Technologies). Tieto analýzy boli použité na meranie úrovne expresie zrelých miRNA a inter-individuálne odchýlky v 10 vzorkách zdravé tkanivá kardio. Expresné dáta jednotlivých zrelých miRNA boli normalizované na priemernej úrovne expresie troch ľudských endogénnych kontrol (Z30, RNU19 a RNU6B). Relatívna hladiny expresie miRNA potom boli vypočítané metódou porovnávací prah cyklu (Ct) (2 ^{-ΔCt). Korelačný test bol vykonaný metódou Pearson (SPSS V.12).}

podporné informácie
tabuľke S1.
identít a dát bohatstva pre všetky známe miRNA v pevnej sekvenčné dátovej sady v ľudskom žalúdku a databázy miRamda
doi :. 10,1371 /journal.pone.0013205.s001
(0,44 MB. PDF)
tabuľke S2.
Opis a výsledky RT-PCR z 10 vzoriek od zdravých jedincov získaných endoskopických biopsiou. Veľkosť vzoriek je asi ~ 4 mm3. U všetkých vzoriek bolo vykonané histologické vyšetrenie a detekciu H. pylori
doi :. 10,1371 /journal.pone.0013205.s002
(0,03 MB. XLS)

Poďakovanie

autori vďaka D. Calcagno a S. Demaschki za ich pripomienky, nápady a pomáha.

• Ploche ONE: Cesta ku Mans srdce je cez jeho žalúdok: Čo o koňoch
• Ploche ONE: Vplyv energetický nápoj na štruktúre žalúdka a pankreasu Albino Rat :? Môže Omega-3 Zaistite ochranu