PLoS ONE: Clinical Mahdolliset DNA Metylointi mahasyövän: Meta-analyysi

tiivistelmä

Background

Kertyvät todisteet osoittavat poikkeavaa DNA metylaatio on osallisena mahalaukun tuumorigeneesiä, mikä viittaa se voi olla hyödyllinen kliininen biomarkkeri taudin. Tutkimuksen tavoitteena oli tutkia lujittaa ja tiivistää julkaistua tietoa mahdollisista metylaation mahasyövän (GC) riski ennustaminen ennustettavuutta ja ennustaminen hoitovastetta.

Methods

Asiaankuuluvat tutkimukset tunnistettiin alkaen PubMed systemaattisen haun lähestymistapaa. Tulokset tiivisti meta-analyysi. Mantel-Haenszel kertoimet suhteet laskettiin jokaiselle metylaation tapahtuman olettaen random-vaikutusten malli.

Tulokset

Katsaus 589 noutaa julkaisujen tunnistettu 415 asiaa artikkeleita, kuten 143 tapausverrokkitutkimukset geenien metylaatio 142 yksittäisten geenien GC kliinisistä näytteistä. Kaikkiaan 77 geenien merkittävästi differentiaalisesti metyloitiin välillä kasvain ja normaali mahalaukun kudosta GC aiheita, joista tietoja 62 oli peräisin yhden tutkimuksista. Metyloinnin 15, 4 ja 7 geenien normaalilta mahan kudoksessa, plasman ja seerumin vastaavasti oli merkittävästi erilainen taajuus välillä GC ja ei-syöpäpotilailla. Ennustetyövälineenä merkitys ilmoitettiin 18 geenien ja ennakoivan merkitys ilmoitettiin p16
metylaatio, vaikka monet epäjohdonmukaisia ​​vaikutuksia havaittiin myös. Ei bias takia määritys, käyttö kiinteitä kudoksen tai CpG sivustoja analysoidaan havaittiin kuitenkin lievää painottumista julkaiseminen positiivisen löydöksen havaittiin.

Johtopäätökset

DNA: n metylaatio on lupaava biomarkkeri GC riskin ennustaminen ja ennustus. Edelleen keskittynyt validointi ehdokas metylaation merkkiaineiden itsenäinen ikäluokat vaaditaan kehittämään kliinistä potentiaalia.

Citation: Sapari NS, Loh M, Vaithilingam A, Soong R (2012) Clinical Mahdolliset DNA Metylointi mahasyövän A Meta-analyysi. PLoS ONE 7 (4): e36275. doi: 10,1371 /journal.pone.0036275

Editor: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu ", Italia

vastaanotettu: 29 syyskuu 2011; Hyväksytty: 31 maaliskuu 2012; Julkaistu: 27 huhtikuu 2012

Copyright: © 2012 Sapari et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat avustusta National Medical Research Council (NMRC /TCR /001/2007). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahasyöpää (GC) on edelleen suuri kliininen haaste kaikkialla maailmassa, koska sen suuri esiintyvyys, huono ennuste ja rajoitettu hoitovaihtoehdot [1]. Vaikka ilmaantuvuus GC on vähentynyt vuosien varrella, se on edelleen toiseksi suurin syy syövän kuolemaan ja neljänneksi yleisin maligniteetti maailmanlaajuisesti. Alle 25% GC tapauksista diagnosoidaan varhaisessa vaiheessa, ja 5 vuoden pysyvyys on vain 24% Yhdysvalloissa ja Euroopassa [2]. Kuitenkin eloonjäämisaste GC paranee yli 60%, jos havaitaan varhaisessa vaiheessa [2], mikä korostaa varhaisen havaitsemisen tämän syöpätyypin.

DNA: n metylaatio on epigeneettiset mekanismi transkription säätelyyn, jossa osallistuminen tällä syövän johtuvan sopimatonta vaiennettaisi tuumorisuppressorigeeneille tai menetykseen onkogeenin tukahduttaminen [3]. Koska ensimmäinen artikkeli Fang et al.
Vuonna 1996 kuvataan DNA hypometylaatio c-myc sekä c-Ha-ras GC [4], yli 550 tutkimuksia on julkaistu osallistumista poikkeavien DNA: n metylaatio kehittämisessä GC. Tämän seurauksena, kun läsnä ja toiminnallisia seurauksia poikkeavan DNA: n metylaatio yli 100 geenin GC on raportoitu [5] - [17]. Todisteita yhteyksiä poikkeava DNA metylaatio H. pylori
infektio [1], [18] - [22] ja sen osallistumista syöpää edeltävät mahalaukun epiteelin vaurioita ja GC eteneminen [18], [19], [21], [23] - [25] ovat myös yhä useammin dokumentoitu. Yhdessä nämä tulokset ovat osoittaneet poikkeava DNA: n metylaatio on merkittävä rooli mahasyövässä kehittymistä ja etenemistä.

Rakenteessa kasvain DNA: n metylaatio voi olla hyötyä syövän riskin seulonta ennustettavuutta ja hoito ennustus [3], [ ,,,0],26] - [30]. Verrattuna somaattisen mutaation, DNA: n metylaatio on suurempi määrä poikkeavien muutosten kohti syöpäsolun [31]. Lisäksi poikkeava DNA metylaatio tapahtuu aikaisin tuumorigeneesiä monien syöpätyyppien [28], joten se erityisen käyttökelpoinen riskin ennustamiseen. Tekninen vetovoima DNA: n metylaatio on, että se on kemiallisesti stabiili, ja se voidaan havaita hyvin suuri herkkyys jopa 1:1000 molekyylejä [19]. Useat raportit ovat myös osoittaneet, että syöpä-erityisiä, metyloidut DNA löytyy biologisissa nesteissä, mikä viittaa se voisi olla hyödyllinen markkeri ei-invasiivisia diagnoosi [28], [32], [33].

varhaisen havaitsemisen tärkeys parantamiseen GC selviytymisen tuloksia ja lupaavia viitteitä DNA metylaatio biomarkkereina on motivaatio tälle tutkimukselle. Vaikka on yhä enemmän todisteita kliinisen potentiaalin DNA: n metylaatio, monet ristiriitaisia ​​tuloksia voidaan eri tutkimuksissa. Näin ollen tämä tutkimus tehtiin vahvistamaan tietoa kliinisestä potentiaalia metylaation GC avulla meta-analyysi, ja ehdottaa ketä ehdokasta metylointi tapahtumat ansaitsevat arvioida tarkemmin kliinisesti merkittävää biomarkkereita taudin.

Materiaalit ja menetelmät

tunnistaminen ja kelpoisuuden tutkimusten

systemaattinen kirjallisuushaku PubMed artikkeleita on julkaistu jopa 27 lokakuu 2011 suoritettiin käyttäen ' "mahasyövän" jA "metylaatio" "kuin haku ehdoin. Ei rajoituksia aikana käytettyjen toimialalla PubMed ja tuloksena tutkimukset käsin kuratoinut niiden merkitystä GC DNA: n metylaatio. Näihin sisältyvät tutkimukset GC aloilla hypermetylaation ja hypometylaatio /demetylaatio maailmanlaajuisten ja kohde-tietyillä alueilla. Otsikko ja tiivistelmä paperit tunnistettu alkuperäiseen hakuun arvioitiin tarkoituksenmukaisuutta tavoitteiden tämän paperin. Kaikki mahdollisesti asiaankuuluvat artikkelia sitten arvioitu yksityiskohtaisesti ja lisää, asiaa koskevat tutkimukset tunnistettiin lainaukset näissä artikkeleita. Koska painopiste paperi oli ihmisen geeni metylaatio, tutkimuksia, jotka analysoitiin metyloinnin H. pylori
ja Epstein-Barr
virus (EBV) genomien GC etenemisessä ei otettu huomioon.

Tutkimus valinta ja tietojen merkintä

Meta-analyysit yhteenveto taajuuksia kasvain ja normaali mahan kudos rajoittuivat tietojen tapausverrokkitutkimukset että ilmoitetaan taajuus metylaation yksittäisten geenien vastaavissa ryhmissä. Tiedot arviota ja meta-analyysit samaa tutkimuksia ei pidetä. Tiedot ensimmäinen kirjoittaja, julkaisuvuosi, geeni (t) analysoidaan koko tutkimuspopulaatiossa, taajuus metyloitu tapausten ja kontrollien, menetelmät DNA metylointianalyysi ja näytteen tyypin tallennettiin tutkimusta varten (taulukko S1, S2). Muista yksityiskohdista, kuten leesio, H. pylori
tila, Lauren luokittelu ja CpG-saarekkeen methylator fenotyyppi (CIMP) tila tallennettiin myös jos saatavilla. Kliiniset tapaukset ryhmiteltiin kahdeksaan luokkaan, nimittäin (1) normaali limakalvo ei-syöpäpotilailla, (2) vastaa normaalin limakalvon tapauksissa kasvain, (3) krooninen gastriitti, (4) suolen metaplasiasta (5) dysplastic adenooma, ( 6) adenokarsinooma, (7) varhainen GC ja (8) kehittyneet GC. Johtuen pienestä joukko tutkimuksia, kliinisiä tapauksia ei luokitella edelleen H. pylori
positiivinen /negatiivinen tapauksissa tai suoliston /diffuusi tyyppi GC ja ei-syöpä koehenkilöille ei luokitella edelleen yhteensopivia /verraton valvontaa. Samasta syystä, Alaryhmäanalyysissa perustuu eri vaiheissa prekanseroosisten syöpä- leesioiden ei suoritettu. Johdonmukaisuuden, yhden geenin nimi Hugo nimikkeistön osoitettiin geenien useita nimityksiä.

Meta-analyysi

Meta-analyysit suoritettiin käyttäen Review Manager 5 (Cochrane, Kööpenhamina, Tanska). Mantel-Haenszel kertoimet suhdeluvut (syrjäisimpien alueiden) laskettiin kunkin geenin soveltamalla random-vaikutus malli. Homogeenisuus keskuudessa tutkimukset saman geenin arvioitiin perusteella χ ^{2 testiä käyttämällä Cochran Q tilastotieto. I 2 tilastotieto, joka mittaa laajuutta epäjohdonmukaisuus tutkimuksissa arvioitiin myös. 95% luottamusväli ristitulosuhteen käytettiin arvioimaan eroja ryhmien. Jos luottamusvälit eivät ole päällekkäisiä, kaksi kertoimet olivat merkittävästi erilaiset klo 10%: n tasolla (vuodesta 1- (0,95 * 0,95) ≈0.9). Suppilo tontteja sekä Begg testeissä käytettiin tarkistaa julkaistavaksi bias [34]. Julkaisu bias katsottiin merkitseväksi, kun p-arvo oli < 0,1 [35].}

Tulokset

Tutkimus ominaisuudet

Artikkelissa valintaprosessi Tässä tutkimuksessa käytetty on yhteenveto Kuva 1. kaikkiaan 559 tutkimusten tunnistettiin PubMed, ja lisäksi 30 tutkimuksissa tunnistettiin edelleen alkaen viittauksista alkuperäisen haettu julkaisuja. Perustuen tarkoituksenmukaisuutta otsikon ja abstraktin tutkimuksen tavoitteet, 415 paperit valittiin edelleen yksityiskohtainen arviointi. Näistä 190 ei tapausverrokkitutkimukset, 22 arvioita, 4 selostuksen ja 1 meta-analyysi jätettiin pois tapaus-verrokki meta-analyysit. Muut tapausverrokkitutkimukset Myös ulkopuolelle, sillä ne olivat tutkimuksia ei-proteiinia koodaavan geenien (esim metylaatio mikro-RNA-geenien), tietojen esittämistä ei sovellu (esim tiedot yksittäisistä CpG sivustoja, ja demetylaatio tai hypometylaatio vain) tai taajuutta tietoja puuttui. Kaikkiaan 143 tapausverrokkitutkimukset raportointia metylaatio taajuus 142 yksittäisiä geenejä katsottiin meta-analyysit. Tiedot joissakin tutkimuksissa käytettiin useammassa kuin yhdessä meta-analyysissä, sillä ne sisälsivät tietoja moninkertaisesta näytetyyppiä vertailut huomioon tässä tutkimuksessa.

Genes erilaisesti metyloitua välillä kasvain ja normaali mahalaukun kudosta mahasyöpä aiheista

yhteensä 106 tapausverrokkitutkimukset raportointi taajuus metylaation 122 geenejä kasvain ja normaali kudosnäytteitä GC aiheista tunnistettiin meta-analyysissä (taulukko S1). Metylointi 77 122 geeneistä oli merkitsevästi erilainen näytteiden välillä (taulukko 1), josta tiedot 62 oli peräisin yhdestä tutkimus vain. Metylointi oli merkitsevästi suurempi kasvain 70 geenejä, ja normaalissa kudoksessa 7 geenejä.

Geenit differentiaalisesti metyloituja normaalissa mahalaukun kudosta GC ja ei-syöpäpotilailla

Kaksikymmentä tapaus-verrokki tutkimuksissa verrattiin taajuus metylaation 34 geenien välillä normaalin kudosnäytteitä GC ja ei-syöpä aiheita tunnistettiin meta-analyysissä (taulukko S2). Näiden metylointi 15 geenit oli merkittävästi erilainen, joista tietoja 11-geenit olivat peräisin yhdestä tutkimuksesta vain (taulukko 2). Kaikkien 15 geenit, metylaatio oli suurempi normaalissa kudoksessa GC verrattuna ei-syöpäpotilailla. Ottaen metylaatio tapahtumia tutkitaan useammassa kuin yhdessä tutkimuksessa, 4 ( p16
, CDH1
, DAPK
, CHFR
) todettiin olevan merkittävästi erilainen .

geenit differentiaalisesti metyloitavaa kuin kudosnäytteitä GC ja ei-syöpäpotilailla

yhteensä 26 tutkimukset raportointia metylaation 29 geenien kliinisissä näytteissä muu kuin mahalaukun kudoksesta, kuten kokoveren , plasma, seerumi, mahalaukun pesee, vatsaontelonesteessä ja ulostenäytteitä GC aiheista tunnistettiin. Näistä 13 tutkimukset, joissa tutkitaan metylaatio yhteensä 14 geenien joko seerumista, ulosteen tai plasmanäytteet olivat tapauskohtaisesti ohjaus muotoilu, joten se soveltuu meta-analyysissä (taulukko S2). Merkittävästi erilainen metylointi taajuuksilla havaittiin 4 geenien Plasmanäytteissä, 7 geenien seeruminäytteistä ja 0 ulosteeseen (taulukko 2). p15
oli yhteinen geeni tunnistettu tutkimuksissa plasman ja seerumin, joten se 10 ainutlaatuisia geenejä kokonaan merkittävästi erilainen metylaation esiintymistiheys verinäytteistä. Metylointi vain kaksi geeniä ( CDH1, p16
) tutkittiin useammassa kuin yhdessä tutkimuksessa, ja molemmat olivat merkittävästi erilainen taajuus näytteet GC ja ei-syöpä aiheita meta-analyysissä.

metylointi ennustetyövälineenä ja ennakoivan merkkiaine GC

yhteensä 28 tutkimukset tunnistettiin että tutkittu geeni metylaatio 40 geenien suhteen selviytymisen tuloksen GC aiheista (taulukko 3). Niistä 40 geenit tutkittu, vain 5 tutkittiin useita tutkimuksia. Meta-analyysit ei voitu suorittaa tämän sarjan tutkimuksia johtuu epäsäännöllinen raportoinnin riskisuhteita. Merkittävä yhdessä eloonjäänti raportoitu metylaation vuonna 18 40 (45%) geenejä, vaikka epäjohdonmukaisuutta toteamiseen merkittäviä eroja havaittiin kaikissa geeni tarkasteltu useita tutkimuksia.

viisi tutkimusta raportoitu assosiaatioita selviytymisen GC koehenkilöillä, jotka saivat tietyn solunsalpaajahoitoa ja metylaation 10 geenejä, mukaan lukien TMS1
, DAPK
, LOX
, MGMT
ja CHFR
[36] - [40]. Kaikissa 5 tutkimuksissa potilailla, joilla oli metylaatio oli elinajan kuin ilman metylaatio. Yhdessä tutkimuksessa tarkasteltiin selviytymisen eroja saaneilla potilailla ja ilman kemoterapiaa mukaan p16
metylaatiostatuksen [41]. Tässä tutkimuksessa koehenkilöt ilman p16
metylaation, jotka saivat kemoterapiaa oli parempi eloonjäämisen kuin ne, jotka eivät, kun taas potilailla, joilla on p16
metylaatio, ei ollut merkitsevää eroa mukaan hoitostatus.

Vaikutus analyyttinen vaihtelu ja julkaisu bias

aikana merkinnästä tutkimuksissa huomattava heterogeenisuus havaittiin monissa tutkimuksessa parametrit, mukaan lukien analyysit käytetty, CpG sivustot kuulusteltaviksi vaiheissa taudin tutki, ja näytetyypeille käyttää (esim tuore, jäädytetty tai parafinoidut kudosta). Kaksitoista erilaista määrityksiä käytettiin arviointiin metylaation, jossa metylaatiospesifinen PCR (MSP) on yleisin. Tutkia vaikutuksen metylaatiomääritystä Tutkimustuloksiin tietoja metylaatiospesifistä PCR ja kvantitatiivinen metylaatiospesifistä PCR (esim MethyLightTM) analyysi verrattiin geenin useimmin tutkittu tutkimuksissa verrattiin metylaatio välillä mahakasvaimen ja normaalin kudoksen ( MLH1
, 13 tapaus-verrokki tutkimuksissa). Ei ollut tilastollista eroa ( P
< 0,05) 95%: n luottamusvälit n metylaation raportoitu yleisyys käyttämällä kahta määrityksiä (kuva S1). Mitään merkittäviä eroja mukaan näytteen tyyppi (jäädytetty vs. parafinoidut kudosta), taudin vaiheeseen, tai CpG sivustot kuulusteltu havaittiin myös näissä tutkimuksissa (tuloksia ei esitetä).

testaamiseksi julkaistavaksi bias, data samasta 13 tutkimuksia MLH1
metylaatio edellä mainittu tutkittiin myös. Suuntaus kohti positiivinen raportointi havaittiin suppiloon juoni (kuva S2) ja Begg testi analyysi. Näitä tuloksia on tulkittava varovasti, sillä useimmat tutkimukset olivat pieniä otoskoko, ja vähintään 20 tutkimuksia suositellaan yleensä luotettavan analyysin julkaisun bias [42].

Keskustelu

lukuisat tutkimukset ovat sekaantuneet poikkeava DNA: n metylaatio lukuisissa geenien eri näytteiden ja malleja mahalaukun tuumorigeneesiä [1], [5] - [10], [12] - [14], [16], [18] - [22] [24], [43]. Tämä seuraus on puolestaan ​​herättänyt ajatus, että metylaatio voisi olla hyödyllinen biomarkkereiden parantamiseksi kliinisessä hoidossa GC [11], [15], [32], [44], [45]. Tähän mennessä on kuitenkin tätä potentiaalia ei ole toteutunut, oletettavasti puuttumisen vuoksi asiaan todisteita testaus metylaation klinikalla.

Tässä tutkimuksessa kattava katsaus kaikista julkaisuista taajuuksilla ja yhdistysten metylaation mahasyövän kliinisissä näytteissä suoritettiin vahvistamaan tiedot kenttään. Meta-analyysit tehtiin mahdollisuuksien saada objektiivista yksimielisyys alkaen toistuvasti tutkittu tapahtumista. Analyysistä, luettelot muodostettiin geenien merkittävästi differentiaalisesti metyloitu välillä kasvaimen ja normaalin kudoksen näyte GC aineet (taulukko 1), ja normaalin kudoksen ja /tai verta GC ja ei-syöpäpotilailla (taulukko 2), joista jokaisella on metylointi tapahtumia selityksin niiden vahvuus yhdistyksen ja analysointitiheys. Havainnot tutkimuksista, jotka ennustetekijöiden ja ennustava merkitys metylaation tapahtumia tarkasteltiin myös (taulukko 3). Nämä luettelot ja muita täydentäviä tietoja (taulukot S1, S2) tulisi antaa hyödyllistä tietoa, josta paremmin arvioida kliinistä potentiaalia vastaavien tapahtumien, ja priorisoida lisätyötä.

Koostuu 77% (101/132) tapaus -Säätimet analyysit (kuvio 1), suurin ryhmä arvioituja tutkimuksia olivat vertaamalla taajuuden metylaation kasvaimen ja normaalissa mahalaukun kudoksen GC aiheista. Tarkastelu tunnistettu 77 merkittävää geenin metylaatio tapahtumia, vahvistaa meta-analyysissä samaan aikaan merkittävästi erilainen metylointi useiden geenien yleisesti osallisena tuumorigeneesiä, kuten MLH1
, p16
, ja CHFR
ja RUNX3
(taulukko 1). Nämä tapahtumat ovat hyödyllisiä työkaluja ymmärtämistä mahalaukun tuumorigeneesiä ja mahdollisesti tunnistaa uusia hoitostrategioita [3], [28]. Näkökulmasta riskin markkereita kuitenkin, nämä tapahtumat voidaan pitää ensimmäisenä altaan ehdokkaiden testata edelleen enemmän kliinisesti merkityksellisiä analyysejä, sillä tapahtumia omasta vain tunnistaa mahakasvaimen näytteet ovat jo histologisesti diagnosoidulta.

alkaen tutkimuksissa verrattiin metylaatiotasoilla normaalissa kudoksessa, plasmassa ja seerumissa GC ja ei-syöpäpotilailla, 15, 4 ja 7 (taulukko 2) merkittävästi erilainen geenin metylaatio tapahtumia vastaavasti havaittu. Geenit sekä perustettu rooleja (kuten p16
, CDH1
, DAPK
, RUNX3
, p15
) ja vähemmässä -known rooleja (kuten BX161496
, SULF1
, RPRM
) in tuumorigeneesiä tunnistettiin. Useat tapahtumat olivat yhteisiä välillä tutkimuksia normaalia kudosta ja veri, kuten metylaatio p16
, CDH1
, DAPK
. Nämä tapahtumat ovat kliinisesti lupaavia, sillä ne osoittavat erotteleva valmiuksia arvioida GC riski näytteistä, jotka voidaan saada nykyisessä rutiinikäytännön, kuten aikana Endoskooppinen seulonnan (kudos), tai väestön tai kliinisten seulonta (veri).

hypoteesi, että geenien metylointi voi myös määrätä sairauden vakavuuden [27] on kannustanut lukuisia tutkimuksia geenin metylaatio yhdistysten kanssa selviytymistä GC. Tässä tarkastelussa 28 tutkimukset raportointi assosiaatiosta selviytymisen GC aiheita ja metylaation 40 geenit tunnistettiin myös. Tueksi hypoteesin, lukuisia merkittäviä assosiaatioita metylaatio ja köyhien selviytyminen kirjattiin, pääasiassa tuumorisuppressorigeeneille (taulukko 3). Yhdistykset välillä metylaatio ja parempi eloonjääminen raportoitiin myös neljän geenien ( PTGS2
, MINT31
, MLH1
, MAL
), oletettavasti heijastaa että tukahduttaminen onkogeenis- aktiivisuuden geeni metylaatio voi myös esiintyä. Kuitenkin huomattava puute itseopiskelun ja replikointi yhdistysten useimpien geenien tutkittu (taulukko 3) korostetaan tarvetta lisätutkimuksia tämän näkökohdan metylaatio GC.

Data viideltä tutkimuksissa kemoterapiaa saavilla potilailla lisäksi on ehdotettu, että DNA: n metylaation CHFR
, DAPK
, TMS1
voisi olla hyödyllinen hoitovastetta ennustavat kemoterapiaa [36] - [40]. Kuitenkin suunnittelu näiden analyysien, on vaikea määrittää, onko selviytymisen erot johtuivat luontainen prognostinen eroja tai ne olivat funktiona hoidon vuorovaikutusta, tai molemmat. Tutkimuksessa, jotka on suunniteltu eri, Mitsuno et al.
Raportoitu, että potilailla, joilla on p16-metylaatio sai selviytymisen hyötyä kemoterapiaa, kun taas ilman metylaatio ei [41]. Tämä tulos viittaa siihen, että p16-metylaatio saattaa olla käyttökelpoinen markkeri ennustamiseksi vastaus kemoterapiaa, ja antaa näyttöä hoidon vuorovaikutusta. Tämä tutkimus kuitenkin vain tarkasteltiin 56 aiheita Retrospektiivinen analyysi, ja paljon työtä on vielä tarpeen vahvistaa näitä havaintoja.

Tämän tutkimuksen tulokset korostavat lupaava mahdollisuus DNA-metylaation GC riskin ennustaminen, ennustus ja ennustaminen hoidon vasteen. Kuitenkin monet asiat merkitystä kliiniseen täytäntöönpanossa on edelleen osoitteeton joita tutkimuksissa. Metodologisesti tutkimukset puutteellisesti määritellä optimaalinen lähestymistapoja analyysiin, niiden suuren vaihtelun määrityksissä, PCR-alukkeita ja koettimia, PCR-olosuhteissa, ja raja-arvojen positiivisuutta käytetty. Useimmat tutkimukset (102/143, 71%) ovat perustuneet metylaatiospesifistä PCR, joille muut kuin määriä luonne analyysin aiheuttaa ongelmia laadunvalvonnan ja standardointia. Jossa metylaatio dynaaminen tapahtuma, protokollat ​​näytteenottoon ovat myös tarvitsevat selvennystä, molemmat suhteessa alueen tai sivuston näytteenotto- ja näytteenottohetkellä. Etäisyyden normaalin kudoksen kasvain [46], ja näytteenottohetkellä [21], [22] on kaikki dokumentoitu vaikuttaa merkittävästi metylaatiotasoilla.

suurten erojen geenien ja geenien paneelit tutkittiin välillä tutkimusten yhdistettynä puute validointi riippumattomien sarjassa ja luonnehdinta testin suoritusarvoja, tekee myös vaikea määrittää kliinisesti merkittävästi testi. Vaihtelu kuulusteluun usein toiminnallisesti eri CpG sivustoja [47] - [49] välillä tutkimukset saman geenin tarjoaa lisää komplikaatioita. Lisäksi kaikki geeni metylaation tapahtumia tarkastellaan useita tutkimuksia ja merkittäviä liittyvät GC (mukaan lukien p16
, DAPK
, CHFR
, MLH1
, RUNX3
) ovat sekaantuneet riskin markkereita monien muiden syöpätyyppeihin [26], [27], [50], mikä herättää kysymyksiä tulkinnasta niiden havaitsemista oireettomien yksilöiden.

vetänyt ovat yhteistyössä sen vaihtelun analyysi, joka olisi analysoitava metylaatio. Metylointi on liittynyt monia demografiset, kliininen ja molekyylitason ominaisuuksia, kuten ikä, sukupuoli, tupakointi, suoliston metaplasiaa, isäntä genetiikka, ja H. pylori
ja Epstein Barrin virus tila [1], [24]. Lisäksi suoran yhdistyksille, monet tutkimukset ovat myös raportoitu muuttamalla välistä vuorovaikutusta monet näistä ominaisuuksista ja metylaation GC riski [51]. Metylointi itse tapahtumiin voi myös olla yhteydessä ja vuorovaikutuksessa toistensa kanssa [50], esittelee haaste määritellä optimaalinen paneeli metylaation markkereita samoin. CpG saari methylator fenotyyppi (CIMP), joka koostuu erillisistä alatyyppejä GC kanssa koordinoituja metylaation, on kuvattu [52] - [55], vaikka näyttöä CIMP GC ei ole yhtä vakuuttava kuin peräsuolen syövän [56 ], [57].

Yhteenvetona tämän tutkimuksen tulokset tiivistetysti lupaava arvo DNA: n metylaatio riskin ennustaminen, ennustus ja ennustaminen vastaus kemoterapiaa GC. Kuitenkin merkittäviä metodologisia ja tarkistusongelmia edelleen ratkaisematta antamaan tietoja, joiden avulla nämä tiedot voidaan harkita klinikalle. Tämä sisältää analyysin suurempi itsenäisen näytteen sarja, soveltaminen standardoituja menetelmiä, oikaisu yhteistyössä sen vaihtelun in Monimuuttuja-analyysissä tarkempaa määrittelyä tuloksiin päätepisteitä ja oikaisu käsittelyn vaikutus väliintulon. Toteutuminen mahdollisuudet DNA: n metylaation kuin GC kliinisen hoidon odottaa niiden ratkaisemista.

tukeminen Information
Kuva S1.
Forest-juoni metyloitua tutkimuksissa verrattiin MLH1
metylaatio välillä kasvain ja normaali kudos GC aiheista mukaan käyttöön metylaatiospesifistä PCR ja kvantitatiivinen metylaatiospesifistä PCR.
doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s001
(TIF) B Kuva S2.
Funnel juoni kaikkien 13 tutkimukset MLH1
metylaatio kasvaimen ja normaalissa mahalaukun kudosta GC aiheista arvioida julkaisun bias. Pystysuora viiva osoittaa yhdistetyssä arvion yleisestä OR ja viistot linjat edustavat 95%: n luottamusväli.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s002
(TIF) B Taulukko S1.
Luettelo Metyloitujen geenien ja niiden komponenttien tutkimuksissa vertailtaessa eroja kasvaimen ja normaalin mahalaukun kudosta mahasyöpä aiheista. Meta-analyysi pariton suhde (OR) ja 95%: n luottamusväli laskettiin kaikkien metyloidut geenit analysoitiin. Punainen ja rohkea fontteja käytettiin osoittamaan merkittäviä eroja ryhmien välillä. BS-SSCP: bisulfiitti yksijuosteinen konformaatiopolymorfismi-; Bseq: bisulfiitti sekvensointi; COBRA: yhdistetty bisulfiitti restriktioanalyysillä; DPHLC: denaturointi korkean suorituskyvyn nestekromatografia; FFPE: formaliinikiinnitetyt parafiiniin upotettu; HRM: korkean resoluution sulamispiste; MSP: metylaatiospesifistä polymeraasiketjureaktio; PCR: polymeraasiketjureaktio; QMSP: kvantitatiivinen metylaatiospesifistä polymeraasiketjureaktiolla.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s003
(XLS) B Taulukko S2.
Luettelo Metyloitujen geenien ja niiden komponenttien tutkimukset vertailla eroja normaalin kudoksen, plasman ja seerumin välillä mahasyövän ja ei-syöpä aiheista. Meta-analyysi pariton suhde (OR) ja 95%: n luottamusväli laskettiin kaikkien metyloidut geenit analysoitiin. Punainen ja rohkea fontteja käytettiin osoittamaan merkittäviä eroja ryhmien välillä. COBRA: yhdistetty bisulfiitti restriktioanalyysillä; MSP: metylaatiospesifistä polymeraasiketjureaktio; QMSP: kvantitatiivinen metylaatiospesifistä polymeraasiketjureaktiolla.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s004
(XLS) B

Kiitokset

Kiitämme Barry Iacopetta ja Chee- Seng Ku näiden panoksesta kokoamista käsikirjoituksen.

• PLoS ONE: tunnistaminen HSA-miR-335 kuin Prognostiset Signature in Mahalaukun Cancer
• PLoS ONE: alentuneesta Aktiivinen Smad2 korreloi huonon ennusteen Mahalaukun Cancer