PLoS ONE: Klinikinis potencialas DNR metilinimas skrandžio vėžiu: metaanalizė

Anotacija

Fonas

Daugėja įrodymų rodo, netipinė DNR metilinimas dalyvauja skrandžio tumorogenezės, tai rodo, kad gali būti naudinga klinikinė biologinis šios ligos. Šio tyrimo tikslas buvo įtvirtinti ir apibendrinti paskelbti duomenis apie metilinimo potencialo skrandžio vėžio (GC) rizikos prognozavimas, prognozavimo ir prognozės reakciją į gydymą.

Metodai

buvo identifikuojami atitinkami tyrimai iš PubMed naudojant sisteminį paieškos metodą. Rezultatai buvo apibendrinti meta-analizė. Mantel-Haenzel šansai santykis buvo skaičiuojamas už kiekvieną metilinimo atveju darant prielaidą, kad atsitiktinių poveikių modelis.

Rezultatai

589 nuskaitytų leidinių apžvalga nustatė 415 atitinkamus straipsnius, įskaitant 143 atvejo-kontrolės tyrimų genų metilinimas 142 atskirų genų GC klinikinius mėginius. Iš 77 genų viso buvo gerokai skirtingai denatūruotas tarp naviko ir normalus skrandžio audinio iš GC dalykų, kurių duomenys apie 62 buvo gauta iš vienos studijų. Metilinimas 15, 4 ir 7 genų normalų skrandžio audinių, kraujo plazmoje ir serume buvo atitinkamai gerokai skiriasi dažnis tarp GC ir ne vėžio dalykų. Prognostinė reikšmė buvo pranešta 18 genų ir prognozavimo svarba buvo pranešta apie P16
metilinimas, nors daugelis nepastovūs išvados taip pat buvo pastebėta. Nėra šališkumo dėl tyrimo, naudojimo fiksuoto audinio ar CpG svetainių analizuojami buvo aptikta, tačiau buvo stebimas nežymus poslinkis link paskelbimo teigiamų išvadų.

Išvados

DNR metilinimas yra perspektyvi biologinis GC rizikos prognozavimo ir prognozavimas. Daugiau dėmesio įteisinimas kandidačių metilinimas žymenų nepriklausomų kohortos privalo plėtoti savo klinikinį potencialą

nurodomoji dalis:. Sapari NS, Loh, M, Vaithilingam A Soong R (2012) Klinikinis potencialas DNR metilinimas skrandžio vėžiu: meta-analizė. PLoS vieną iš 7 (4): e36275. Doi: 10,1371 /journal.pone.0036275

redaktorius: Rossella Rota, Ospedale Pediatrico Bambino Gesu ", Italija

Įstojo rugsėjo 29, 2011 m Priėmė: Kovo 31, 2012 m Paskelbta įnešta 27 2012

Visos teisės saugomos: © 2012 Sapari et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis darbas parėmė suteikimo iš nacionalinio medicinos mokslinių tyrimų tarybos (NMRC /TCR /001/2007). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys (GC) lieka svarbų klinikinį iššūkį visame pasaulyje dėl savo didelio paplitimo, prastos prognozės ir ribotų gydymo galimybes [1]. Nors GC dažnis sumažėjo per metus, ji vis dar yra antra pagrindinė priežastis, dėl vėžio mirties ir ketvirtoji dažniausia piktybinių navikų visame pasaulyje. Mažiau nei 25% GC atvejais diagnozuojama ankstyvoje stadijoje, o 5 metų išgyvenamumas yra tik 24% JAV ir Europa [2]. Tačiau išgyvenamumas nuo GC gerina iki daugiau nei 60%, jei aptiktas ankstyvoje stadijoje [2], pabrėždamas ankstyvam svarbą šioje vėžio tipo.

DNR metilinimas yra epigenetinius mechanizmas transkripcijos reguliavimą, in vėžio dalyvavimas priskirti netinkamai nuslopinami naviko slopintuvas genų arba nuostolis onkogeno represijų [3]. Nuo pirmojo straipsnio Fang ir kt.
1996 aprašant DNR hipometilinimą c-myc ir C-HA-RAS GC [4], daugiau nei 550 tyrimų buvo paskelbtas nukrypusiu nuo normos DNR metilinimo dalyvavimo atsižvelgiant į GC vystymosi. Kaip rezultatas, buvimas ir funkciniai pasekmės nukrypusiu nuo normos DNR metilinimo daugiau nei 100 genų GC buvo pranešė, [5] - [17]. Įrodymai apie ryšius tarp nukrypusiu nuo normos DNR metilinimo iki H. pylori
infekcija [1], [18] - [22] ir jos dalyvavimas ikivėžinius skrandžio epitelio pakitimai ir GC progresavimo [18], [19], [21], [23] - [25], taip pat vis labiau dokumentais. Kartu paėmus, šie rezultatai parodė, netipinė DNR metilinimas yra svarbų vaidmenį skrandžio vėžio išsivystymo ir progresavimo.

naviko DNR metilinimo modelis gali būti naudinga vėžio rizika atrankos, prognozavimas ir gydymo prognozę [3], [ ,,,0],26] - [30]. Palyginti su somatinių mutacijų, DNR metilinimas turi didesnį skaičių netipiškoms pakitimų per vėžio ląstelių [31]. Be to, netipinė DNR metilinimas įvyksta anksti daugelio vėžio rūšių [28] tumorogenezės, todėl ypač naudingas rizikos prognozavimas. Techninis traukos DNR metilinimo yra tai, kad ji yra chemiškai stabilus ir gali būti aptinkamas kartu su labai didelio jautrumo iki 1:1000 molekulių [19]. Keli ataskaitos taip pat parodė, kad vėžys specifiką, metilo DNR galima rasti biologinių skysčių, o tai rodo, kad gali būti naudinga žymeklis neinvaziniai diagnozę [28], [32], [33].

svarba ankstyvam pagerinti GC išgyvenimo rezultatus ir perspektyvus įrodymų DNR metilinimo kaip biologinių žymenų yra šios studijų motyvacija. Nepaisant augančio įrodymų klinikinio potencialo DNR metilinimo, daug skirtingi rezultatai gali būti stebimi per studijas. Taigi, šis tyrimas buvo atliktas konsoliduoti informaciją apie klinikinį potencialo metilinimo GC naudojant metaanalizę ir patars, kokius kandidatas metilinimo įvykiai nusipelno tolesnio įvertinimo kaip kliniškai reikšmingoms biologinių žymenų dėl ligos.

Medžiagos ir metodai

identifikavimas ir tinkamumas studijoms

sistemingas literatūra paieška PubMed straipsnių paskelbti iki spalio 27, 2011 atlikta naudojant "" skrandžio vėžiu "iR" metilinimas "" kaip paieškos terminai. Jokių apribojimų buvo naudojami per PubMed paieškos ir gautos tyrimai buvo rankiniu būdu kuravo pagal jų svarbą GC DNR metilinimo. Apėmė tyrimai GC į hypermethylation ir hipometilinimą /demetilinant pasaulio ir tikslinių konkrečių regionų vietovėse. Pavadinimas ir abstraktus iš popieriaus nustatytų pradinės paieškos buvo vertinamas tinkamumą šio dokumento tikslus. Tada visi potencialiai svarbūs straipsniai buvo įvertintos išsamiai ir papildomi, atitinkami tyrimai buvo nustatyta pagal viduje šių straipsnių citatas. Kadangi šio darbo dėmesys buvo skiriamas žmogaus genų metilinimas, studijų, kad analizuotų metilinimas yra H. pylori parsisiųsti ir , Epstein-Barr
virusas (EBV) genomai GC progresavimo nebuvo atsižvelgta.

Studijų pasirinkimas ir duomenų anotacija

metaanalizė apibendrinančios dažnių naviko ir normalus skrandžio audinių buvo tik duomenų atvejo-kontrolės tyrimų, kurie pranešė apie metilinimo atskirų genų atitinkamų grupių dažnumą. Duomenys iš nuomonių ir metaanalizės tų pačių tyrimų nebuvo atsižvelgta. Informacija apie pirmojo autoriaus, publikavimo metus, genų (-ai) analizavo, dydis tiriamojoje populiacijoje, dažnio denatūruotu atvejais ir kontrolę, dirbančių už DNR metilinimo analizės ir mėginių tipo metodų buvo registruojama kiekvieno tyrimo metu (lentelė S1, S2),. Kitos svarbios detalės, kaip antai pažeidimo tipo, H. pylori
statusas Lauren klasifikacija ir CpG sala methylator fenotipas (CIMP) statusas taip pat buvo registruojami, jei įmanoma. Klinikiniai atvejai buvo suskirstyti į aštuonias kategorijas, tai yra (1) normalus gleivinės iš ne-vėžio subjektų, (2) atitikimo normalų gleivinę, nuo atvejų, su naviko, (3) lėtinis gastritas, (4) žarnyno metaplazijos, (5) displazija adenoma, ( 6) adenokarcinoma, (7) anksti GC ir (8) pažangiosios GC. Dėl mažo skaičiaus turimais tyrimų rezultatais, klinikiniai atvejai nebuvo toliau skirstomi į H. pylori
teigiami /neigiami atvejai ar žarnyno /difuzine tipas GC ir ne vėžys dalykai nebuvo toliau skirstomi į suderintų /nesuderintų kontrolės. Dėl tos pačios priežasties, pogrupių analizė remiantis etapus priešvėžinių į vėžinių pakitimų nebuvo atlikta. Siekiant nuoseklumo, vieno geno pavadinimas remiasi HUGO nomenklatūros buvo skiriamas genų su keliais pavadinimais.

metaanalizė

metaanalizė buvo atliekama naudojant apžvalga Manager 5 (Cochrane Collaboration, Kopenhaga, Danija). Mantel-Haenzel šansai koeficientai (PVA) buvo skaičiuojamas kiekvieno geno taikant atsitiktinių poveikių modelis. Homogeniškumas tarp studijų to paties geno buvo įvertintas remiantis χ ^{2 bandymą su Cochran Q statistika pagrindu. I 2 statistika, kuri matuoja nenuoseklumo tarp tyrimų mastą, taip pat buvo įvertintas. 95% pasikliautinasis intervalas šansų santykis buvo naudojamas įvertinti skirtumus tarp grupių. Jei pasikliautinieji intervalai nebuvo sutampa, du šansai santykiai buvo gerokai skiriasi tuo 10% lygio (nuo 1- (0,95 * 0,95) ≈0.9). Piltuvas sklypai taip pat Begg anketa testai buvo naudojami patikrinti paskelbti šališkumo [34]. Leidinys šališkumo buvo laikoma reikšminga, kai p reikšmė buvo. ≪ 0,1 [35]}

Rezultatai

Studijų charakteristikos

straipsnis Atrankos procesas, naudojamas šiame tyrime yra apibendrinti 1. paveikslas iš 559 tyrimų iš viso buvo nustatyti iš PubMed ir dar 30 tyrimai buvo labiau identifikuoti iš citatų pradinių nuskaitytų leidiniuose. Remiantis pavadinimo ir abstraktus į studijų tikslų tinkamumą, 415 straipsniai buvo atrinkti tolesniam išsamiai įvertinti. Iš jų 190 ne teismo kontrolės tyrimai, 22 nuomonės, 4 komentarai ir 1 metaanalizė buvo pašalintas iš teismo kontrolės metaanalizes. Kitu atveju kontrolės tyrimai taip pat buvo atmesti, nes jie buvo tyrimai nebaltyminės kodavimo genų (pvz metilinimo mikro RNR genų), duomenų pateikimo netiko (pvz duomenų apie atskirų CpG svetainių ir demetilinimu arba hipometilinimas tik) arba dažnis duomenys trūksta. Iš viso buvo laikoma 143 atvejis-kontrolė tyrimai ataskaitų metilinimo dažnis 142 atskirų genų metaanalizes. Duomenys iš kai kurių tyrimų buvo naudojama daugiau nei viena meta-analizės, nes juose duomenis apie kelių TIRIAMOJI MEDŽIAGA palyginimų laikomi šiame tyrime.

Genai diferencijuotai denatūruotu tarp naviko ir normalus skrandžio audinio nuo skrandžio vėžio dalykų

106 atvejo-kontrolės tyrimų ataskaitas apie metilinimo dažnis 122 genų naviko ir normalių audinių mėginius GC dalykų iš viso buvo identifikuotas metaanalizę (lentelė S1). Metilinimo 77 122 genų buvo žymiai skiriasi tarp mėginių (1 lentelė), iš kurių duomenys 62 buvo gauta iš tik vieno tyrimo duomenimis. Metilinimas buvo reikšmingai didesnis navikas 70 genų, o normalaus audinio 7 genuose.

Genai diferencijuotai denatūruotu normaliai skrandžio audinio nuo GC ir ne vėžio dalykų

Dvidešimt kontrolinio atvejo tyrimai, kuriais palyginti iš metilinimo dažnis 34 genų tarp normalių audinių mėginius GC ir ne vėžio dalykų buvo nustatytos metaanalizę (lentelė S2). Iš jų, metilinimas 15 genų buvo žymiai skiriasi, iš kurių iš 11 genų duomenys buvo gautas iš vieno tyrimo tik (2 lentelė). Visiems 15 genų, metilinimas buvo didesnis normalaus audinio iš GC palyginti su ne-vėžio subjektų. Atsižvelgiant į tai, metilinimas įvykiai išnagrinėti iš daugiau nei vieno tyrimo, 4 ( P16
CDH1 pervežimas DAPK
CHFR
) buvo nustatyta, kad reikšmingai skiriasi .

genai diferencijuotai denatūruotu ne audinių mėginius GC ir ne vėžio dalykų

26 tyrimų bendras ataskaitų metilinimo 29 genų, išskyrus skrandžio audinio, įskaitant viso kraujo klinikinius mėginius , plazma,, buvo nustatyti serumo skrandžio plovyklos pilvaplėvės skystyje ir išmatų mėginiai GC dalykų. Iš jų 13 tiriantys metilinimas iš 14 genų arba serume viso išmatų arba plazmos mėginiai buvo iš atvejo-kontrolės dizaino ir todėl tinka metaanalizę (lentelė S2). Žymiai skirtingų metilinimo dažnis buvo stebėtas 4 genų plazmos mėginių, 7 genų serumo mėginius ir 0 išmatomis (2 lentelė). P15
buvo bendras nustatyta studijų plazmos ir serumo genų, todėl 10 unikalių genų apskritai gerokai skiriasi metilinimo dažnis kraujo mėginiuose. Metilinimas tik du genai ( CDH1, P16
) buvo ištirta daugiau nei vieno tyrimo, ir abu buvo smarkiai skiriasi dažniu mėginių iš GC ir ne vėžio dalykų metaanalizę.

Metilinimas kaip prognostinis ir prognozavimo persekiotoją GC

28 tyrimų iš viso buvo nustatyta, kad tiriami genų metilinimas 40 genų, susijusių su išgyvenimo rezultatus GC tiriamųjų (3 lentelė). Iš 40 genų mokėsi tik 5 buvo nagrinėjami keliais tyrimais. Metaanalizės negalėjo būti atliekami šioje studijų serijos dėl netaisyklingos ataskaitų rizikos santykį. Nemaža asociacija su išlikimo buvo pranešta už metilinimo 18 iš 40 (45%) genų, nors buvo pastebėta visų genų išnagrinėjo keliomis studijų nesuderinamumas reikšmingų skirtumų išvados.

penkiuose tyrimuose pranešta asociacijų tarp į GC dalykų išlikimo gauti konkrečią chemoterapijos bei metilinimo 10 genų, įskaitant TMS1 pervežimas DAPK pervežimas LOX pervežimas Mgmt
ir CHFR
[36] - [40]. Visais 5 studijų dalykai, kurių metilinimo turėjo blogesnę išlikimą nei be metilinimo. Vienas tyrimas nagrinėjo išgyvenimo skirtumus tarp pacientų, gydytų ir be chemoterapijos pagal P16
metilinimo statuso [41]. Šiame tyrime, temos be P16 pervežimas metilinimo kad chemoterapija buvo geriau išlikimą nei tie, kurie to nepadarė, o kuriems yra P16
metilinimas, nebuvo reikšmingo skirtumo pagal gydymo statusą.

poveikis analitinio kintamumo ir paskelbimo šališkumo

per studijų anotacija, didelis nevienalytiškumas buvo stebimas daugelyje studijų parametrų, įskaitant analizės rezultatų, naudotų, CpG svetainės tardė, etapais ligos išnagrinėjo ir mėginių tipų (pvz švieži, užšaldyti arba parafino-embedded audinio). Dvylika skirtingų tyrimai buvo naudojamas metilinimo vertinimui, metilinimas konkrečių PGR (JEP) yra labiausiai paplitusi. Išnagrinėti metilinimo tyrimo įtaką studijų rezultatų, duomenų nuo metilinimo specifinio PGR ir kiekybinio metilinimo konkrečių PGR (pvz Methylight) analizė buvo lyginami genas dažniausiai nagrinėjamas studijų lyginant metilinimas tarp skrandžio naviko ir normalaus audinio ( MLH1
, 13 atvejis-kontrolė studijos). Nebuvo statistinio skirtumo ( P
< 0,05), 95% patikimumo intervaluose metilinimo dažnių pranešė naudojant du tyrimai (S1 paveiksle). Jokių reikšmingų skirtumų pagal mėginio tipą (šaldyta vs parafiną įdėta audinio), ligos stadiją, arba CpG svetainės tardomi taip pat buvo pastebėta šių tyrimų (rezultatai nebus rodomas).

Norėdami išbandyti paskelbti šališkumo, duomenų iš tų pačių 13 tyrimų, taip pat buvo tiriama minėta MLH1
metilinimas. Tendencija teigiama ataskaitų buvo pastebėtas piltuvėlio sklypo (S2 paveikslas) ir Begg testas analizė. Tačiau šie rezultatai turėtų būti aiškinami atsargiai, nes dauguma tyrimai buvo mažos imties, o 20 studijų minimali paprastai rekomenduojama patikimai analizuoti paskelbimo šališkumo [42].

Diskusijos

daugybė tyrimų susijęs netipiško DNR metilinimas daugelyje genų skirtingų pavyzdžių ir modelių, skrandžio tumorogenezės [1], [5] - [10], [12] - [14], [16], [18] - [22] , [24], [43]. Ši išvada yra savo ruožtu sukėlė sąvoką, kad metilinimas gali būti naudinga biologinis pagerinti klinikinę valdymą GC [11], [15], [32], [44], [45]. Norėdami vis dėlto šiol šis potencialas nebuvo realizuotas, matyt, dėl to, kad atitinkamų įrodymų paremti metilinimo klinikoje bandymai trūkumo.

Šiame tyrime, išsamią peržiūrą visų publikacijų dažniai ir asociacijų metilinimo skrandžio vėžio klinikinių mėginių buvo atliktas įtvirtinti informaciją į lauką. Metaanalizė buvo atliekami, jei įmanoma, įgyti objektyvų sutarimą iš pakartotinai tirtų įvykius. Nuo analize, sąrašai buvo sukurtas genų gerokai skirtingai denatūruotu tarp naviko ir normalaus audinio mėginio iš GC dalykų (1 lentelė) ir normalaus audinio ir /arba kraujo iš GC ir ne vėžio dalykų (2 lentelė), kiekvienas su metilinimas renginių komentuojami jų stiprumo asociacijos ir dažnumo analize. Išvados tyrimų prognostinę ir prognozavimo reikšmės metilinimas įvykių taip pat buvo peržiūrėtas (3 lentelė). Šie sąrašai ir papildomus papildomi duomenys (lentelės S1, S2), turėtų suteikti naudingos informacijos, iš kurios būtų galima geriau įvertinti klinikinę potencialą atitinkamų įvykių, ir pirmenybę tolesnį darbą.

Susideda 77% (101/132) Iš atveju -control analizė (1 paveikslas), didžiausia grupė studijų peržiūrėjo buvo tie lyginant metilinimo dažnis naviko ir normalus skrandžio audinio iš GC dalykų. Peržiūros nustatė 77 didelių genų metilinimas renginius, patvirtindamas tuo pačiu metu meta-analizės ženkliai skiriasi metilinimas iš genų skaičius paprastai susijęs tumorogenezės, įskaitant MLH1
P16
ir CHFR parsisiųsti ir RUNX3
(1 lentelė). Šie renginiai atstovauti naudingų įrankių geriau suprasti skrandžio tumorogenezės ir potencialiai nustatyti naujas gydymo strategijas [3], [28]. Nuo taèiau rizikos žymenų perspektyvos, šie įvykiai gali būti laikomi tik pirmas baseinas kandidatų išbandyti dar daugiau kliniškai reikšmingų analizių, kaip jų pačių įvykių nustatyti tik skrandžio navikų mėginiuose, kurie jau histologiškai diagnozuojamų.

nuo studijų lyginant metilinimas lygį normalaus audinio, plazmos ir serumo nuo GC ir ne vėžio dalykų, 15, 4 ir 7 (2 lentelė) žymiai atitinkamai buvo nustatyti skirtingi geno metilinimo įvykiai. Genai su abiem nustatytais vaidmenimis (pavyzdžiui, P16
CDH1
DAPK
RUNX3
P15
) ir mažiau -known vaidmenys (pavyzdžiui, SULF1
BX161496
,, RPRM
) buvo nustatyta tumorogenezės. Renginių skaičius buvo bendro tarp tyrimų dėl normalaus audinio ir kraujo, pavyzdžiui, metilinimo adresu P16 pervežimas, CDH1
DAPK
. Šie renginiai yra kliniškai perspektyvi, nes jie įrodo diskriminacinių gebėjimus įvertinti GC riziką pavyzdžių, kad galima gauti dabartinio įprasto praktikoje, pavyzdžiui, per endoskopinės atrankos (audinių), arba gyventojai ar klinikinio patikrinimo (kraujo).

hipotezė, kad genai yra nuslopinami metilinimo taip pat gali nustatyti ligos sunkumą [27] taip pat paskatino daugelį tyrimus geno metilinimas asociacijų su išlikimo GC. Šioje apžvalgoje taip pat buvo nustatyta 28 tyrimų ataskaitų pateikimą išlikimo GC dalykų bei metilinimo asociacijos ne 40 genų. Grįsdama hipotezę, buvo užregistruota daug reikšmingų asociacijos tarp metilinimo ir prastos išlikimui, pirmiausia navikas slopintuvas genų (3 lentelė). Asociacijos tarp metilinimo ir geriau išgyventi, taip pat buvo pranešta keturiems genų ( PTGS2
MINT31
MLH1
KC
), matyt, atspindinčių, kad slopinimas onkogeninių veiklos genų metilinimas taip pat gali atsirasti. Tačiau nemaža nepriklausomas tyrimas ir replikacijos asociacijų trūksta dauguma genų mokėsi (3 lentelė) išryškina papildomam tyrimui šioje metilinimo GC aspektu poreikį.

Duomenų iš penkių studijų pacientams, kuriems taikoma chemoterapija taip pat buvo pasiūlyta, kad DNR metilinimas ne CHFR pervežimas DAPK
TMS1
galėtų būti naudingi atsaką į chemoterapiją [36] - [40]. Tačiau, iš šių analizių dizaino, ji yra sunku nustatyti, ar išgyvenimo skirtumai buvo dėl būdingų prognostinių skirtumų arba buvo iš gydymo sąveika, arba abu funkcija. Be kitokio dizaino studijos, Mitsuno , et al.,
Pranešė, kad pacientai su P16 metilinimo įgijo išgyvenimo naudos nuo chemoterapijos, o tiems, kurie neturi metilinimo nebuvo [41]. Šis rezultatas rodo, kad P16 metilinimas gali būti naudinga žymeklis prognozuoti atsaką į chemoterapiją, ir pateikia įrodymus apie gydymo sąveika. Tačiau šis tyrimas nagrinėjo tik 56 dalykų retrospektyvine analize, ir daug toliau dirbti turi patvirtinti šias išvadas.

Šios studijos rezultatai paryškinti perspektyvus potencialą DNR metilinimo GC rizikos prognozavimas, prognozavimo ir prognozės gydymo atsakymą. Tačiau daugelis klausimus, susijusius su klinikiniam įgyvendinimo lieka neliesti pagal studijas. Metodologiškai, tyrimai nepakankamai apibrėžti optimalius metodus analizės dėl savo didelio kintamumo tyrimus, PCR pradmenys ir zondai, PGR sąlygas ir naudojamas slenksčiai pozityvumo. Dauguma tyrimų (102/143, 71%) buvo grindžiamas metilinimo konkrečių PGR, už kuriuos ne kiekybinis gamtos analizės pristato sunkumus kokybės kontrolės ir standartizavimo. Su metilinimas dinaminės atveju, protokolai ėmimo taip pat reikia išsiaiškinti, tiek atsižvelgiant į regiono ar vietos ėmimo ir bandinio ėmimo metu. Iš normalaus audinio Atstumas nuo naviko [46], ir bandinio ėmimo metu [21], [22] visi buvo dokumentuota, kad būtų ženkliai įtakoti metilinimo lygis.

didelis kintamumas genų ir genų plokštės išnagrinėjo tarp tyrimų kartu su tvirtinamos nepriklausomos serijos ir apibūdinimo testas charakteristikas stokos taip pat sunku apibrėžti kliniškai reikšmingo testą. Svyravimai dažnai funkciškai skirtingų CpG vietų apklausos [47] - [49] tarp tyrimų tos pačios geno suteikia papildomų komplikacijų. Be to, visi geno metilinimo įvykiai nagrinėjami keliais tyrimais ir reikšmingas susijęs su GC (įskaitant P16 pervežimas DAPK
CHFR
MLH1
, RUNX3
) buvo susijęs su rizikos žymenų daugelio kitų vėžio rūšių [26], [27], [50], kyla klausimų apie jų aptikimą besimptomiams asmenų išaiškinimo.

iš toliau svarstyti yra bendradarbiai variates analizės, kad būtų analizuojami su metilinimo. Metilinimas buvo susijęs su daugeliu demografinių, klinikinių ir molekulinių savybių, įskaitant amžių, lytį, rūkymą, žarnyno metaplazijos, priimančiosios genetika, ir H. pylori
ir Epstein Barr virusas statusas [1], [24]. Be tiesioginių asociacijų, daugelis tyrimų taip pat pranešė pakeisti sąveiką daugelis šių funkcijų, o metilinimo ant GC rizika [51]. patys metilinimas įvykiai taip pat gali būti susiję ir sąveikauja vienas su kitu [50], pristatydamas iššūkis apibrėžti optimalų skydelio metilinimas žymenų, taip pat. CpG sala methylator fenotipas (CIMP), kurį sudaro skirtingų potipių GC su koordinuotą metilinimas modelius, buvo aprašytas [52] - [55], nors už CIMP GC įrodymai yra ne taip įtikinamai, kaip ir kolorektalinio vėžio [56 ], [57].

Taigi, šio tyrimo rezultatai apibendrinti daug žadančią vertę DNR metilinimo į rizikos prognozavimas, prognozavimo ir prognozės reaguojant į chemoterapijos GC. Tačiau vis dar reikia spręsti teikti duomenis, kurie leis šią informaciją turi būti atsižvelgta į kliniką didelių metodinių ir tvirtinimo klausimus. Tai apima didesnis nepriklausomos imties serijos, taikant standartizuotus metodus, reguliavimas CO-variates į Dispersinės analizės duomenimis, daugiau apibrėžimo rezultatų pakitimus ir derinimo analizę už gydymo intervencijos poveikį. Iš DNR metilinimo potencialo išnaudojimas ir DC klinikinę valdymą laukia savo rezoliuciją.

Parama Informacija
pav S1.
Miškų sklypas denatūruotu tyrimų lyginant MLH1
metilinimas tarp naviko ir normalaus audinio iš GC dalykų pagal naudojimo metilinimo konkrečių PGR ir kiekybinio metilinimo konkrečių PGR.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s001
(TIF)
S2 pav.
Įkelk sklypą visų 13 tyrimų, MLH1
metilinimas naviko ir normalus skrandžio audinio iš GC dalykų įvertinti publikaciją šališkumo. Vertikali linija rodo bendrus sąmatą apie bendrą ar ir nuožulnios linijos sudaro 95% pasikliautinąjį intervalą
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0036275.s002
(TIF)
Stalo S1.
sąrašas denatūruotu genų ir jų sudedamosios tyrimai lyginant skirtumus tarp naviko ir normalus skrandžio audinio iš skrandžio vėžio dalykų. Metaanalizė nelyginis santykis (OR) ir 95% pasikliautinasis intervalas buvo skaičiuojamas visiems denatūruotu genų analizė. Raudona ir drąsūs šriftai buvo naudojami nurodyti reikšmingų skirtumų tarp grupių. BS-SSCP: bisulfito viengrandės raumeningumo polimorfizmas; Bseq: bisulfito sekos; COBRA: kartu bisulfite apribojimų analizę; DPHLC: Denatūravimas efektyviosios skysčių chromatografijos; FFPE: formalinas fiksuoto parafine; Žmogiškųjų išteklių valdymas: didelės skiriamosios gebos lydymosi; JEP: metilinimas konkrečių polimerazės grandininė reakcija; PGR: polimerazės grandininė reakcija; QMSP:. Kiekybinė metilinimas konkrečių polimerazės grandininė reakcija
Doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s003
(xls)
S2 lentelėje.
sąrašas denatūruotu genų ir jų sudedamosios tyrimai lyginant skirtumus normalaus audinio, plazmos ir serumo tarp skrandžio vėžio ir ne tik vėžio dalykų. Metaanalizė nelyginis santykis (OR) ir 95% pasikliautinasis intervalas buvo skaičiuojamas visiems denatūruotu genų analizė. Raudona ir drąsūs šriftai buvo naudojami nurodyti reikšmingų skirtumų tarp grupių. COBRA: kartu bisulfite apribojimų analizę; JEP: metilinimas konkrečių polimerazės grandininė reakcija; QMSP:. Kiekybinė metilinimas konkrečių polimerazės grandininė reakcija
Doi: 10,1371 /journal.pone.0036275.s004
(xls)

Padėka

Mes dėkojame Barry Iacopetta ir Chee- Seng ku už jų indėlį į rankraščio rengimo.

• PLoS ONE identifikavimas HSA-miR-335 kaip prognostinio parašas Skrandžio Cancer
• PLoS ONE: sumažėjęs Active SMAD2 koreliuoja su blogos prognozės skrandžio Cancer