Sažetak pregled
rak želuca, uključujući kardija i ne -cardia vrste je drugi uzročnik smrti od raka povezanih širom svijeta. Podskup bez cardia raka želuca suscebtibilnosti lokusa su se obratili među azijskim kroz studije udruge genoma širom (GWASs). Ova studija bio je procijeniti učinke polimorfizama (SNP-ova) od dugih intergenskim nekodirajuće RNA (lincRNAs) na ne-cardia želučane osjetljivosti raka u kineskim stanovništvom. Odabrali smo dugo međugenske nekodirajuće RNA (lincRNAs) nalazi se u ne-cardia raka želuca rizika povezanih lokusa i identificirati 10 SNP-ova nalaze unutar lincRNA exonic regijama. Ispitali smo jesu li genetski polimorfizmi u lincRNAs eksona povezan s ne-cardia želučane rizik od raka u 438 ne-kardija pacijenata oboljelih od raka želuca i 727 kontrolnih ispitanika u kineskim stanovništvom logističkom regresijom. Funkcionalna važnost daljnje je ispitana biokemijskim analizama. Otkrili smo da je lincRNA-NR_024015 pregled rs8506AA prijevoznik je značajno povezana s rizikom od ne-cardia karcinoma želuca (prilagođena omjer izgleda [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39, u usporedbi s rs8506 AG ili GG . genotip Daljnja analiza stratifikacija je pokazala da je učinak rizik je bio izraženiji u podskupinama pušača ( P pregled = 0,001) Biokemijska analiza pokazala je da se G A promjenu baze na rs8506G > a. narušava vezanja za has- . mir-526b i time utjecati na transkripcijsku aktivnost lincRNA-NR_024015 pregled i utječu na proliferaciju stanica ovoj studiji uspostavili snažnu povezanost između rs8506G > polimorfizma u lincRNA-NR_024015 pregled eksona i rizik od ne-cardia raka želuca pregled Izvor: Fan QH, Yu R, Huang WX, Cui XX, Luo BH, Zhang LY (2014) da ima-mir-526b Uvez-Site rs8506G > polimorfizma. u lincRNA-NR_024015 Urednik: Xiaoping Miao, MOE Ključ Laboratorij za okoliš i zdravlje, School of Public Health, Tongji Medical College, Huazhong Sveučilišta znanosti i tehnologije, Kina pregled Primljeno: 11. prosinca 2013. godine; Prihvaćeno: 25. siječnja 2014. Objavljeno: 4. ožujak 2014 pregled Copyright: © 2014 Fan i sur. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan financiranja. Ova studija je podržan od strane Projekta Suzhou Fond socijalni razvoj (SS08047), Medicinski odjel Key provinciji Jiangsu-a u 2011. godini financijera nije imao ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, odluka o objavi, ili pripremu rukopisa. pregled suprotstavljenih interesa: autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled Uvod pregled rak želuca (GC) je drugi vodeći uzrok smrti od raka u svijetu, nakon raka pluća u 2010. godini, iako je smrt smrtnosti. su blago se smanjio s 774,000 u 1990. godini na oko 755.000 u 2010. [1], [2]. Epidemiološke studije su pokazala da je faktor zaštite okoliša, uključujući prehranu, pušenja duhana, alkoholnih potrošnje, a osobito infekcija s Helicobacter pylori su povezane s povećanim rizikom za GC [3], [4]. Unatoč tih poznatih faktora rizika, znanstvenici još uvijek uvjeren da genetski faktori, osobito u jednom nukleotidu gena (SNP-ova), vjerojatno će igrati važnu ulogu u riziku pojedinca za razvoj raka želuca jer je samo djelić izloženih pojedinaca razviti rak želuca [5] . pregled Do danas, s prednošću od sljedeće generacije transcriptome sekvenciranje (RNA-Sekv), došlo je duboka promjena u našem razumijevanju cijeli set transkripcijskih aberacija u bolesti, uključujući i nove transkripata i nekodirajuće RNA (ncRNAs) nisu mjerene konvencionalnim analizama [6] - [9]. Od svih trenutno karakterizira klasa ne-coding RNA molekula, te su pozvani dugo intervenira ncRNAs (lincRNAs) više od 200 nukleotida (nt) koji se nemaju otvoreni okvir čitanja i ne preklapa gena za kodiranje proteina [7], [10]. Skupine lincRNAs su dobro karakterizira donekle i pokazala da se u korelaciji s važnim staničnim procesima kao što su otisak, X kromosoma inaktivacije, održavanje pluripotency i regulaciji transkripcije [10] - [15]. Nadalje, u nastajanju dokazi o nereguliranom lincRNA izražavanja u brojnim raka su se pojavili lincRNA kao novi aspekt biologije, a dokazi koji ukazuju da je glavni uloga za uključivanje lincRNA u ljudskom nastanku tumora i metastaza, [16], [17]. Doista, dobro opisan primjer, HOTAIR pregled su proučavali doprinos u postupnom napredovanju tumorigenezi [11], [18], s naglaskom na ulogu lncRNAs iz biologije raka. Osim toga, dugo nekodirajuće RNA MALAT1 pregled (metastaza povezana adenokarcinoma pluća transkripta 1) je česta Pogrešna regulacija i kao marker za prediktivni niza humanih karcinoma debelog crijeva, dojke i prostate [19] - [ ,,,0],22]. Ipak, mehanizmi kojima se temelji specifičnu funkciju lincRNAs u razvoju raka još nije u potpunosti naznačeno. Pregled U posljednjih desetak godina, više nepristranih genoma širom strukovna udruga (GWAS) su proširili naše razumijevanje genetskih varijacija povezanih s drugačija vrste bolesti i raka uz veliku brzinu tehnologija [23]; međutim, najmanje jedna trećina identificiranih varijante su u nekodirajuće intervalima [24]. Nedavno su dva GWAS otkrila da je nekoliko rizika osjetljivost loci koje su povezane s ne-cardia karcinom želuca (NCGC) rizika u kineskoj populaciji. Bioinformatika analiza je otkrila brojne lincRNAs blizu tih lokusa. Nadalje, nekoliko relevantnih jednom nukleotidu gena (SNP-ova) koje se nalaze u exonic regijama lincRNAs koji mogu povezati s NCGC su identificirane; Međutim, rijetko je prijavljena povezanost između genetskih varijacija u lincRNAs eksona i raka podložnost. pregled U ovom istraživanju, pretpostavili smo da je SNP u exonic regiji lincRNAs mogu mijenjati razine ekspresije i na taj način može doprinijeti NCGC. Da bi testirali tu hipotezu, proveli smo u bolnici na bazi case-control studija da istraži povezanost između ovih SNP-ova i osjetljivost na NCGC u kineskoj populaciji. Pregled Materijali i metode ispitanika Svi su ispitanici u ovom istraživanju bili su etnički homogene Han Kinezi, uključujući 438 NCGC bolesnika i 727 zdravih kontrola. Pacijenti koji su podvrgnuti operaciji na Povezana bolnice Sveučilišta Soochow (Suzhou) su redom regrutirani od 2003. do 2009. godine, sa stopom odgovora od 94%. Pacijenti su bili iz Suzhou gradu i okolnim područjima, a nije bilo ni dob, spol i histoloških ograničenja. Pojedinosti koje se odnose na kliničke značajke bolesnika prikazani su u tablici 1. Tumor, čvor, metastaze (TNM) razvrstavanje i stupnjevanje tumora ocijenjeni su prema 2002. američki Zajedničko povjerenstvo za rak inscenacije sustav u. kontrola populacije bez raka, ljudi koji žive u Suzhou regiji; oni su odabrani iz prehrambene istraživanje provedeno je u istom razdoblju kao i da su slučajevi prikupljeni. Uzorci za kontrolu su nam na raspolaganju iz prethodnih studija koje su nasumično odabranih iz baze podataka koja se sastoji od 3500 osoba na temelju fizikalnog pregleda [25] - [27]. Mjerenje za seruma H. pylori imunoglobulina G u NCGC bolesnika i kontrola je određena imunoenzimski testu (ELISA). Ova studija je odobren od strane medicinske Etičko povjerenstvo Sveučilišta Soochow. Svi sudionici su bili genetski nepovezanih etničkih Han Kineza i niti jedan nije imao transfuziju krvi u posljednjih 6 mjeseci. Nakon što je dao pisanu informirani pristanak, svaki sudionik je bio zakazan za razgovor s strukturiranog upitnika za prikupljanje odabrane podatke, a donirati 5 ml krvi. Pregled SNP Izbor pregled Sve objavljene literature ispitivanju Veza između genetskoj predispoziciji i NCGC rizika bili prihvatljivi. Tražili smo za studije do kolovoza 2013. pomoću PubMed baze podataka i Web of Science. Važni pojmovi za pretraživanje bili "Genom-wide udruge Studija", "GWAS", "NCGC", "rak želuca" "rak želuca" i "azijski". Mi smo također ručno pretražili referentne liste u odabrane artikle. Mi prvo isključiti neke članke skeniranjem naslove i sažetke studija koji nisu pisani na engleskom jeziku. Zatim, nakon što je pročitao cijeli tekst preostalih članaka, identificirali smo konačni niz studija. Sve odabrane studije ispunjeni sljedeći uvjeti: (1) ishod istražuju se temelji na GWAS u odnosu na NCGC kod ljudi; (2) članci objavljeni su na engleskom jeziku; (3) najnovija istraživanja su odabrani među preklapanja podataka i dvostruki podatke; (4) GWAS provedena čip tehnologiju. Glavni kriteriji za isključenje su (1) mišljenja, tutoriali, pisma, i editorijala; (2) duple podatke; (3) Ne radi kontrole dizajn; i (4), preklapanje podataka ili podataka izbačena po najnovijim izvješćima. Zatim scoured smo loci osjetljivosti identificirani GWAS za NCGC u odabrane artikle, 4 lincRNAs da nije preklapaju s priznatim gena unutar 1 MB raspon tih lokusa, u oba smjera (u ukupnom rasponu od 2 MB) na kraju su identificirani iz baze podataka o ljudskim lincRNAs [28]. Nadalje, Haploview software 4.2 je korišten za bioinformatiku analizi haplotipa bloka na temelju podataka o kineskom Han Peking (kroničnog hepatitisa B) stanovništvo u HapMap (HapMap Podaci Release 27. Faza II + III veljače 2009. godine, na NCBI B36 sklopa, dbSNP B126). Ovi SNP-ovi s manjim alela frekvencijama većim od 5% u japanskom populacije ekstrahirana. Postojale su tri haplotipom blokovi u kineskog stanovništva (Slika 1A). SNP-ovi s haplotipom označavanje izabrani su s Haploview softvera 4.2 označivač programa; utvrđeno je da je rs11752896, rs11752942, rs4714336 i rs4711631 pokrio haplotip u bloku 1 na frekvenciji 100% (rs11752896 i rs11752942: D '= 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 i rs4714336: D' = 1,0, r 2 = 1,0; rs11752896 i rs4711631: D '= 1,0, r 2 = 1,0). Osim toga, rs2467950, rs2450764 i rs9312, rs8506 pokrio haplotip u bloku 1 na 100%, odnosno (rs2467950 i rs2450764: D '= 1,0, r 2 = 1,0; rs9312 i rs8506: D' = 1,0, r 2 = 1,0). SNP-ovima rs2304285 i rs2477757 izvan blokova. Dakle, SNP rs11752896, rs2467950, rs8506, rs2477757 i rs2304285 odabrani su kao pet potencijalnih funkcionalnih SNP-u exonic odabranih lincRNAs će se analizirati za njihove udruge s rizikom od raka želuca. Pregled genotipa Analiza pregled genoma DNA je izvađen iz limfocitima periferne krvi ispitanika. Alel specifična MALDI-TOF masene spektrometrije koristi za genotip markera korištenih u organizaciji analizama, kao što je ranije opisano [27], [29]. Ukupno 60 uzoraka su nasumično odabrani za izravnu sekvencioniranje koje potvrđuju rezultate genotipizacija iz masovne analize spektrometrije, a rezultati su bili u 100% ugovora. Oko 10% uzoraka također su nasumično odabrani za slijepog ponavljanja genotipa, bez prethodnog znanja iz prethodnog rezultata genotipizacija ili status da bude slučaj i kontrolu, a rezultati su bili u 100% ugovora. Pregled Kultura stanica 293T ili HGC-27 stanice su kupljeni od stanična banka Type Culture Collection kineske akademije znanosti, Shanghai Institute of Cell Biology, te su pasaža manje od 6 mjeseci. U 293T ili HGC-27 stanice su održavane u DMEM sa visokim sadržajem glukoze (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) ili RPMI 1640 mediju uz dodatak 10% toplinski inaktiviranog fetalnog goveđeg seruma (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA) i 50 ug /ml streptomicina (Gibco-BRL, Gaithersburg, MD, USA), na 37 ° C u prisutnosti 5% CO 2. pregled substaničnog frakcioniranja pregled HGC- 27 stanice su uzgojene u vlažnom inkubatoru tijekom 2 dana. Za subcelularnim frakcioniranja eksperimenata, do 2 × 10 su korišteni 6 stanice. Citoplazmatske i nuklearne ekstrakte iz stanica raka dojke su prikupljeni pomoću nuklearne /citosolu frakcioniranje kit (Biovision, USA) u skladu s uputama proizvođača. Pregled In-silico Kao što određene strukture imaju veću vjerojatnost da imaju ključnu ulogu u biološkim funkcijama; tako smo se RNAfold i SNPfold algoritama za predviđanje navodni utjecaj rs8506G > A o lokalnim sklopiva struktura lincRNA-NR_024015 Netlogu analizirajući 61-bp regije bočni polimorfizam pregled Izgradnja. Reporter plazmidi pregled Dvije reporter plazmida koji sadrže 160 bp lincRNA-NR_024015 pregled fragment eksona regija bočni rs8506G ili rs8506A alel sintetizirani su na Genewiz Društva (Suzhou, Kina), a zatim kloniran u psiCHECK- 2. osnovna vektor (Promega, Madison, WI) (slika 1B). Dobiveni konstrukt s lincRNA-NR_024015 pregled rs8506 SNP (psiCHECK-2-lincRNA rs8506G i psiCHECK-2-lincRNA- rs8506A) je potvrđena sekvencioniranjem. Pregled transfekcije i luciferaze testovi Bioinformatika analiza je pokazala da je rs8506G > polimorfizam smjestiti na mjestu vezanja mikrornk ima-mir-526b (http://snpinfo.niehs.nih.gov/). Na taj način su oponaša i inhibitori ima-Mir-526b (GenePharma Co, Šangaj) se primjenjuju na analizirati učinak ima-Mir-526b na psiCHECK-2-lincRNA-rs8506 reporter geni in vitro pregled. U 293T ili HGC-27 stanice su nasađene na 24-jažične ploče (1 × 10 5 stanica po bunariću) i kultivirane u 60-70% konfluencije prije ubacivanja; Stanice su potom transfektirane s reporter plazmida većih Lipofectamine 2000 (Invitrogen, CA, USA) kao prethodno opisana opisane [25]. U svakom dobro, ko-transfekcija je provedena pomoću 800 ng izgrađene plazmida DNK i 0, 1, ili 40 pmol mikrornk je-Mir-526b oponaša (Shanghai GenePharma Co, Ltd), te sa ili bez 40 pmol ima-Mir inhibitor -526b, u skladu s uputama proizvođača. Aktivnost luciferaze izmjerena je Dual-Luciferase Reporter sustav za testiranje (Promega, Madison, WI, USA) upotrebom TD-20/20 luminometra (Turner Biosystems, Sunnyvale, CA, USA), a rezultati su normalizirani na aktivnost Renilla pregled gen luciferaze. Svaka skupina uključuje 6 proba, a izvedeni su neovisna eksperimenta tri puta. Pregled Expression Vector Izgradnja pregled Kako bi se dodatno proučavanje uloge lincRNA-NR_024015 pregled u progresiji karcinoma je puno radno duljina cDNA u lincRNA-NR_024015 Trideset i dva uzorci NCGC tkiva dobiveni su iz biopsije pojedinih bolesnika i pohranjeni na -80 ° C prije analize. Ukupna RNA dobivena je iz ovih kancerogena tkiva sa TRIZOL reagensom (Molecular Research Center, Inc). cDNA je generirana iz mRNA pomoću slučajnog primer i Superscript II (Invitrogen), u skladu s uputama proizvođača. U stvarnom vremenu kvantitativni lančana reakcija polimeraze (RT-PCR) provodi se izmjeriti relativni ekspresije gena lincRNA-NR_024015 Netlogu, primjenom sustava ABI Prism 7500 Sequence Detection (Applied Biosystems) temelji se na SYBR-zelena Postupak i GAPDH pregled korišten kao interni referentni gen u svakoj reakciji. pregled Cell Vidljivost Ispitivanje pregled 96 jažica, s ravnim dnom ploče (BD Biosciences, Bedford , MA), 100 ul HGC-27 stanice kotransficiranim s pcDNA-lincRNA-rs8506SNP i ima-miR-526b ili kontrolni se alikvotiraju u svaku jažicu. Životna sposobnost stanica je mjerena brojanjem stanica Kit-8 (CCK-8) (Dojindo Laboratory, Kumamoto, Japan) na temelju uputa proizvođača. Pregled Statistička analiza pregled razlike u distribucijama odabrana demografske varijable između predmeta i kontrole, kao i alela i frekvencije genotipova su ocijenjeni od strane dvostranih hi-kvadrat testa. Bezuvjetni logistički regresijski modeli su korišteni za procjenu udruge genotipova SNP s rizikom od raka želuca od strane omjer vjerojatnosti (OR) i njihovih 95% intervala pouzdanosti (CIS), a slijedili su stratifikacije analize po dobi, spolu, pušenje i status za piće. Logistička regresija modeliranje je korišten u testu trenda, te da se ocijeni mogući multiplikativni i aditiva genetičkog gena i gena-ekoloških faktora interakcije. Nadalje, podaci su dalje stratificiran prema podskupine varijabli klinike-patološki. Statistička snaga se izračunava primjenom PS softvera (http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/bin/view/Main/PowerSampleSize, pristupiti 14 prosinca 2010). Jednosmjerna ANOVA test korišten je za procjenu učinka različitih SNP na lincRNA-NR_024015 pregled transkripta izražavanja. Svi testovi su dvostrano pomoću SAS softvera (verzija 9.1, SAS Institute, Cary, NC, USA). P pregled. ≪ 0.05 je korišten kao kriterij za statističke značajnosti pregled Results pregled genotipova i rizika od ne-cardia rak želuca Netlogu U Ova studija, pet SNP genotipizirane između predmeta i kontrole. Kao što je prikazano u tablici 2, značajno vezivanje NCGC rizikom uočeno je za rs8506G >A. Naime, rezultati su pokazali da genotipa u odnosu na rs8506GG ili AG genotip, lincRNA-NR_024015 pregled rs8506AA prijevoznik je značajno povezana s rizikom od ne-cardia karcinoma želuca (prilagođena OR [OR] = 1,56, 95% CI = 1,03-2,39). Osim toga, nema značajne razlike su ispitani u ostale četiri SNP-a ( P izvoznici > 0,05). Dakle, moglo bi se zaključiti da je genetska varijanta rs8506G >. Polimorfizma u lincRNA-NR_024015 pregled igra znatno ulogu u posredovanju rizik od NCGC pregled Stratifikacija Analiza Rs8506G > Genotipovi i rizik od NCGC pregled Mi i dalje obavlja analizu slojevitosti povezanosti varijanta genotipova i rizika od NCGC po podskupinama kliničkopatološkim značajki NCGC u ovoj studiji. Kao što je prikazano u tablici 3, znatna povezanost između varijanata genotipova i rizika od NCGC je zabilježena u ispitanika s pušenjem (prilagođen OR = 2,48, 95% CI = 1,63-3,78, testa homogenosti P pregled = 0,001) , što ukazuje da pušenje modulira povezanost lincRNA-NR_024015 Cellular Karakterizacija LincRNA-NR_024015 razina kontrole nuklearnog transkripta ( U6 pregled), u citoplazmi kontrola prijepis ( GAPDH pregled mRNA) i lincRNA-NR_024015 pregled su ocijenjeni od strane RT-qPCR u jezgri i u citoplazmi frakcija HGC-27 stanice, respektivno. Rezultati su pokazali da GAPDH mRNA pregled isključivo otkrivena u citoplazmatskom frakcijom, a jezgra-zadržana U6 pregled je pretežno nalazi u nuklearnom frakciji. I lincRNA-NR_024015 pregled, izraz lica bio je pretežno citoplazmatski (Slika 1B) pregled In-silico Korištenje RNAfold i SNPfold algoritama u u-silico Rs8506G > a. Genotipovi utječu na LincRNA-NR_024015 pregled izražavanja ometajući vezanje je-Mir-526b in vitro Dvije genski konstrukti luciferaze sadržane rs8506G ili a alel određene su prolazno ko-transfekciju s oponašaju i inhibitor ima-Mir-526b koji se zasniva na vezanje rs8506G > polimorfni stranice by Bioinformatika analiza. Rezultat aktivnosti luciferaze su pokazali da su HEG-27 stanice prijelazno kotransficiran ima-miR-526b oponaša i konstrukt sadrži rs8506G alel pokazali značajno smanjen aktivnost luciferaze, na način ovisan o koncentraciji, a ima-miR-526b inhibitori značajno obrnuti i regulira prema gore svoje aktivnosti. Međutim, bez vidljivo promjena je uočena za reporterski gen sa A alela tretirana sa ima-miR-526b oponaša ili inhibitori ( P pregled > 0,05) (Slika 2). Isti rezultati su promatrane kada su ovi eksperimenti su ponovljeni korištenjem 293T stanice (slika 2b) pregled Udruga Rs8506G > a. Genotipovi s LincRNA-NR_024015 pregled Expression pregled Mi smo prikupili 32 tumorsko tkivo iz netretiranih NCGC bolesnika s različitim genotipovima i izvodi u stvarnom vremenu PCR za procjenu učinaka lincRNA-NR_024015 pregled rs8506G > na lincRNA-NR_024015 pregled izražavanja. Rezultati su pokazali da bolesnici s rs8506AG i rs8506AA genotipova izraženim značajno viša lincRNA-NR_024015 pregled razine mRNA (srednja vrijednost ± SEM) u odnosu na nositelja rs8506GG genotipa (AG: 0,029 ± 0,005 AA: 0.040 ± 0.005; GG: 0,019 ± 0,004; P pregled = 0,023), kao što je prikazano na slikama 2C pregled Utjecaj Mirna ovisna Regulacija LincRNA-NR_024015 pregled izražavanja na proliferaciju stanica. pregled dodatno istražiti da li je lincRNA-NR_024015 pregled rs8506G > genotipovi imaju učinke na proliferaciju stanica u vitro pregled. Kao što je prikazano na Slici 2D, lincRNA-NR_024015 pregled ekspresija smanjila nakon 24 h transfekcije u stanicama koje su prijelazno kotransficirane pcDNA-lincRNA-rs8506G i ima-Mir-526b u usporedbi s onima koji su ko-transfecirane sa pCDNA-lincRNA- rs8506A i ima-mir-526b ( P izvoznici < 0,001). Stanice s smanjena ekspresija lincRNA-NR_024015 pregled imao slab rast stanica u usporedbi sa stanicama transfektiranim sa pCDNA-lincRNA-rs8506A i ima-Mir-526b iz dana 2 ( P pregled = 0,004 ) (Slika 2E) pregled Dicussion pregled u ovom bolničkom-based case-control studiji koja sadrži ukupno 438 bolesnika i 727 zdravih kontrola, naša grupa je pronašao rs8506G >. a je povezan s rizici NCGC. Naši podaci su pokazali da ispitanici nose rs8506AG i rs8506AA genotipova imao značajnu povećanim rizikom za NCGC usporedbi s GG genotipom ( P izvoznici < 0,05). Osim toga, pokazalo se da je visok učinak rizik od ovog polimorfizma bio izraženiji u pušenje predmeta. Prema našim saznanjima, ovo je prva studija koja sveobuhvatno procijeniti povezanost između varijanti u exonic od lincRNA i rizik od NCGC. Pregled Kao drugi razred regulatornih nekodirajuće RNA, lincRNAs, nedavno su se preselili na čelu nekodirajuće studija RNA. Te mRNA nalik molekule, nedostatak značajno otvoreni okvir čitanja, općenito kapom, spajati Poliadenilirana uključene su u širokom rasponu stanične procese poput nuklearne arhitekture, regulaciji ekspresije gena, imunološki nadzor ili embrionalnih matičnih stanica pluripotency. Nekoliko studija pokazalo lincRNAs pojavili kao novi aspekt biologije u raznim bolesnim stanjima, a promjene u razinama ekspresije lincRNAs može doprinijeti biologije raka kod transkripcije, post-transkripcije i epigenetičkim razine [18], [30] - [32]. Jedan istaknuti lincRNA, ANRIL pregled, bili su funkcionalno upleten u progresiju raka, obično potiskujući epigenetičku gensku ekspresiju putem veže i zapošljavanje kromatina mijenjanja kompleksa [33], [34]. Još jedan poznati primjer je lincRNA, GAS5 pregled; genetske aberacije u ovom lincRNA lokus se mogu naći u mnogim tipovima tumora, uključujući melanom, dojke, pluća i prostate [35] - [37]. Te linije dokaza podupire važnost lincRNAs u stanične biologije i onkogcnczom. Nedavno su dva GWASs su izvijestili podskup NCGC osjetljivosti lokusa (5p13.1, 3q13.31, 8q24.3, 6p21.1 i 7p15.3) koja je povezana s razvojem NCGC. Bioinformatika analiza otkrila je nekoliko lincRNAs zatvorena za tim lokusa. Nadalje, identificirane su nekoliko relevantnih jednom nukleotidu gena (SNP-ova) koje se nalaze u exonic regijama lincRNAs koji mogu povezati s NCGC. Kao što svi poznati, u posljednjih deset godina, uz dostupnost velikih RNA sekvenciranje, to sada postaje izuzetno jasno da tisuće vezane uz bolesti genetske varijante izbiva iz gena ili čak u ne-kodiranje transkripata su već dobivenih projekt genoma sisavaca [24]. Nedavni nastajanju dokazi su pokazali povezanost između SNP boravio u lincRNAs i karcinoma u ljudi. Na primjer, na osnovi genoma podataka 1000, Guangfu Jin i colleages su otkrili da područja lncRNA imali SNP-gustoću sličnu regije za kodiranje proteina i nadalje označeni s SNP fenotip vezane javila GWAS na lncRNA regije mogu doprinijeti prostate rizika [ ,,,0],38]. Jedna nedavna studija je također izvijestio da je genetski polimorfizam u lincRNA-uc003opf.1 u ovom istraživanju, naš rezultat povezanosti genetskog polimorfizma u exonic regijama u lincRNA i podložnost NCGC je prvo dobiti u kineskim populacije. Relativno velike veličine uzorka korišteni smanjio veličinu OR 'koji može detektirati statistički. Osim toga, mi smo postigli studijsko snage preko 90% (dvostrani testa, a = 0,05) u otkrivanju OR 1,28 za rs8506AG + AA genotipa (javljaju na frekvenciji od 42,5% među kontrolama), u usporedbi s rs8506GG genotip. Naime, udruga je biološki moguć, te je u skladu s nalazima naših funkcionalnim istraživanjima. Pregled U zaključku, ova studija pod uvjetom da je prvi dokaz da genetski polimorfizmi u exonic regijama lincRNAs igraju vitalnu ulogu u posredovanju pojedinca osjetljivost na NCGC. Naši rezultati dodatno podupiru hipotezu da genetske varijante u lincRNA exonic regijama mogu utjecati mikrornk posredovanu regulacije i povezan s rizikom od GC. Naši rezultati opravdavaju validaciju u većim, po mogućnosti stanovništvu, case-control studije, kao i od strane dobro dizajnirane mehaničko studija. Pregled
eksona prepoznati po GWASs pogodovati Non-kardija rak želuca rizika PLoS ONE 9 (3). e90008. doi: 10,1371 /journal.pone.0090008 pregled
Predviđanja sklopivih struktura induciranim od Rs8506G >A u LincRNA-NR_024015
utočište rs8506G i rs8506A aleli su sintetizirani u Genewiz Company (Suzhou, Kina), a zatim kloniran u pcDNA3.1 vektora. Nastali konstrukt s lincRNA-NR_024015 pregled rs8506 SNP (pcDNA-lincRNA-rs8506G i pcDNA-lincRNA-rs8506A) potvrđena je sekvenciranje.
RNA i kvantitativna RT-PCR analiza Netlogu
rs8506G > varijanta genotipova i rizik od NCGC. Ne značajna povezanost pronađena je u drugim podskupinama. Pregled
Analiza učinka Rs8506G > a. U LincRNA-NR_024015
Folding pregled
analize, predvidio je da lokalne strukturne promjene lincRNA-NR_024015
uzrokovane rs8506G > polimorfizma koji se nalazi u sklopu exonic regija u lincRNA-NR_024015 Netlogu. Kao što je prikazano na Slici 1C i D, a rezultati sugeriraju da je G baze promjeni rs8506G >A izravno utječe na savijanje lincRNA-NR_024015
, što može utjecati na mjesto vezanja za mikrornk. To onda može utjecati na lincRNA-NR_024015 pregled ekspresiju gena pregled
gena povezana s povećanim rizikom od razvoja karcinoma skvamoznih stanica jednjaka u kineskoj populaciji [39]. Zajedno, naše je istraživanje u skladu s prethodnim Rezultati su pokazali da je lincRNA-NR_024015 pregled je umjereno obilniji u citoplazmi nego u jezgri prosijano stanica raka želuca, što ukazuje da je funkcija ovog lincRNAs se vrši u citoplazmi , Naši rezultati pruža snažnu dokaze hipotezu za citoplazmatski propisa, u kojem je lincRNA-NR_024015 pregled rs8506G >. SNP može utjecati na ekspresiju ovog lincRNA mijenjanjem vezno mjesto za ima-Mir-526b
Crijevni mikrobiom mijenja se kuhanjem biljne hrane,
Ultraljubičasto svjetlo B dobro je za crijevni mikrobiom
Prijenos SARS-CoV-2 s majke na bebu u trudnoći moguć, ali rijedak,
Migracije utječu na crijevnu mikrobiotu, što opet utječe na zdravlje istraživača
Riblji sluz mogao bi biti potencijalni izvor antibiotika
Mikrobiomi crijeva i IBD - veza možda u prehrani kaže studija
Rotavirus igra važnu ulogu u razvoju dijabetesa tipa 1
Novi članak objavljen u časopisu PLOS Pathogens 10. listopada, 2019., tvrdi da bi uobičajeni rotavirus mogao biti odgovoran za neke pojave dijabetesa tipa 1, oblik dijabetesa koji se javlja kod djece
Dijagnoza virusnih infekcija pomoću mikro i nanorazmjernih tehnologija
Potreba za cijelom populacijom, brzo, osjetljiv, i isplativo dijagnostičko testiranje značajno se povećalo kao posljedica teškog akutnog respiratornog sindroma koronavirusa 2 (SARS-CoV-2), uzročnik bo
Ruralna i urbana mikrobiota razlikuju se od malih nogu,
pronalazi novu studiju Nova studija pokazala je da razlike u mikrobiomu ljudskog crijeva između ljudi koji žive u ruralnim i urbanim područjima Nigerije počinju u vrlo mladoj dobi. Zaslug