Koristeći posebne molekularne oznake, tim je uspio smanjiti stopu pogrešaka od pet do 15 posto Minion uređaja tvrtke Oxford Nanopore Technologies MinION na manje od 0,005 posto-čak i pri sekvenciranju mnogo dugih dijelova DNK odjednom.
"MinION je revolucionirao polje genomike oslobađajući DNK sekvenciranje iz granica velikih laboratorija, "kaže Ryan Ziels, docent građevinarstva na Sveučilištu British Columbia i jedan od vodećih autora studije, koji je objavljen ovog tjedna u Metode prirode . "Ali do sada, istraživači se nisu mogli osloniti na uređaj u mnogim postavkama zbog njegove prilično visoke stope pogrešaka u kutiji. "
Sljedovi genoma mogu otkriti mnogo o organizmu, uključujući i njegov identitet, svoje porijeklo, te njegove snage i ranjivosti. Znanstvenici koriste ove podatke za bolje razumijevanje mikroba koji žive u određenom okruženju, kao i za razvoj dijagnostičkih alata i tretmana.
Ali bez točnih prijenosnih DNK sekvencera, ključni genetski detalji mogli bi se propustiti kada se istraživanja provode na terenu ili u manjim laboratorijima.
Tako su Ziels i njegovi suradnici sa Sveučilišta Aalborg stvorili jedinstveni sustav za kodiranje koji može učiniti 1000 godina točnijima platforme za sekvenciranje DNK poput MinION-a.
Nakon označavanja ciljnih molekula ovim crtičnim kodovima, istraživači nastavljaju kako bi inače - pojačavajući, ili izrada više kopija, označene molekule standardnom tehnikom PCR -a i sekvenciranjem dobivene DNA.
Istraživači tada mogu koristiti crtične kodove za laku identifikaciju i grupiranje relevantnih fragmenata DNA u podacima o sekvenciranju, u konačnici proizvode gotovo savršene sekvence od fragmenata koji su i do 10 puta dulji nego što ih konvencionalne tehnologije mogu obraditi. Duži dijelovi DNA omogućuju otkrivanje čak i malih genetskih varijacija i sastavljanje genoma u visokoj razlučivosti.
"Lijepa stvar u vezi s ovom metodom je ta što je primjenjiva na bilo koji gen od interesa koji se može pojačati, "kaže Ziels, čiji je tim učinio kod i protokol za obradu podataka o sekvenciranju dostupnim putem spremišta otvorenog koda.
To znači da može biti vrlo korisno u bilo kojem području gdje je kombinacija visokotočnih i dalekosežnih genomskih informacija vrijedna, kao što je istraživanje raka, istraživanje biljaka, humane genetike i znanosti o mikrobiomima. "
Ryan Ziels, Suvoditelj studije i docent građevinarstva, Sveučilište Britanske Kolumbije
Ziels trenutno surađuje s Metro Vancouverom na razvoju proširene verzije metode koja omogućuje otkrivanje mikroorganizama u stvarnom vremenu gotovo u stvarnom vremenu u vodi i otpadnim vodama.
Uz točnu sliku mikroorganizama prisutnih u njihovim vodenim sustavima, kaže Ziels, zajednice bi mogle poboljšati svoje strategije javnog zdravstva i tehnologije liječenja-i bolje kontrolirati širenje štetnih mikroorganizama poput SARS-CoV-2.
Zapošljavamo virtualnog inženjera za zadovoljstvo kupaca
U obranu krumpira:Kako otporni škrob iz krumpira utječe na mikrobiotu crijeva
Uzroci, simptomi i dijagnoza tahipneje
Koju hranu trebam izbjegavati kod kolecistitisa?
Recept za jagode i sladoled za sladoled
Bol u želucu:uzroci, vrste i prevencija
Osvrt na bolesti uzrokovane hranom u 2018.
Dok krećemo u novu godinu, važno je osvrnuti se i učiti iz lekcija, pogrešaka ili pobjeda koje smo imali tijekom protekle godine i godina. Jeste li prošle godine doživjeli bolest uzrokovanu hranom? Ni
Znanstvenici uočavaju gene iza Crohnova, ulceroznog kolitisa
Posljednje vijesti o probavi Kada transplantacija bubrega ne uspije pokušati je ponovno Ne dopustite da vam žgaravica pokvari blagdansku gozbu Potražnja za transplantacijom jetre naglo raste Niske do
Može li gastroenteritis uzrokovati visok broj bijelih krvnih stanica?
Što je gastroenteritis? Gastroenteritis, ili želučana gripa, je upala probavnog trakta i može biti uzrok visoke bijele krvi broj stanica jer se povećavaju s gotovo bilo kojom vrstom infekcije ili u