absztrakt katalógusa
Az adatbázis Emberi gyomorkarcinóma (DBGC) egy átfogó adatbázis, amely integrálja a különböző humán gyomorrák kapcsolatos adatok forrásai. Az emberi gyomor rákkal kapcsolatos transcriptomics projektek proteomikában projektek, mutációk, biomarkerek és a kábítószer-érzékeny géneket különböző forrásokból gyűjtötték és egységes az adatbázisban. Ezenkívül epidemiológiai statisztikai gyomorrákos betegek Kínában klinikopatológiai adatok jegyzetekkel együtt gyomorrákos esetek is beépítették a DBGC. Úgy gondoljuk, hogy ez az adatbázis nagyban megkönnyíti a kutatást az emberi gyomorrák számos területen. DBGC szabadon elérhető http://bminfor.tongji.edu.cn/dbgc/index.do katalógusa
Citation: Wang C, Zhang J, Cai M, Zhu Z, Gu W, Yu Y, és munkatársai . (2015) DBGC: Adatbázis Emberi gyomorrákban. PLoS ONE 10 (11): e0142591. doi: 10,1371 /journal.pone.0142591 katalógusa
Szerkesztő: Arun Sreekumar, Baylor College of Medicine, Egyesült Államok katalógusa
Beérkezett: Február 18, 2015-ig; Elfogadva: október 24, 2015; Megjelent: november 13, 2015 katalógusa
Copyright: © 2015 Wang et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa
Az adatok elérhetősége: Adatok lévo via Datadryad (https://datadryad.org). Az egyedi nyilvántartási száma: doi: 10,5061 /dryad.271dk. Katalógusa
Forrás: Ezt a munkát részben támogatták a Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (81172329, 31571363, 81372644, 81372645 és 8157111077), kínai National High Tech Program (2012AA02A504 és 2012AA02A203), International Cooperative Project Shanghai Tudományos és Technológiai Bizottság (12410706400), innovációs Alapítvány transzlációs Orvostudományi Shanghai Jiao Tong University School of Medicine (15ZH1002 és 15ZH3001) Fong Shu Fook Tong Alapítvány és emésztőrendszeri karcinóma biobank Project Shanghai Jiao Tong University School of Medicine. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa
Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa
Bevezető
Mint az egyik leggyakoribb rák, gyomorrák a harmadik legmagasabb halálozási és megbetegedési negyedik legmagasabb az összes rák világszerte [1]. Az Globocan statisztikák 2012-ben, az új gyomorrákos esetek számozott csaknem egymillió (952000), és több mint 700.000 halálesetek gyomorrák; majdnem a felét ezek a betegek Kínából származott (405000 új esetet és 325.000 halálesetet) [1, 2]. Bár mind a letalitást és morbiditás gyomorrák csökkentek az elmúlt években, az 5 éves túlélési ráta továbbra is meglehetősen alacsony [3]. Ezért gyomorrák továbbra is az egyik legnehezebb kihívás a kutatók és az orvosok sokáig. [4] katalógusa
A kutatók világszerte elvégezte sok genomika, transcriptomics, proteomikai és epidemiológiai vizsgálatok és a klinikai vizsgálatok tekintetében patogenezisében és terápiák a gyomorrák [5-10]. Ezek a vizsgálatok keletkező hatalmas mennyiségű adat megfelelő gyomorrák, és a sebesség e vizsgálatok gyorsul a gyors növekedés a rák tudás, csökkent költségeket kimutatási és számítás, és az internet elterjedése. [11] Ezek az adatok fontos információkat tartalmaznak vizsgáló és gyógyító gyomorrák. Azonban, mivel a korlátozott háttértudás klinikusok és alapvető kutatói, a potenciális ilyen adatok nem fejlődött ki teljesen. Az új technológiák és a kutatási módszerek is fejleszteni kell; Ugyanakkor az alacsony hatékonyság adatkezelés elsődleges korlátja fejlesztés [12]. Mivel a hosszú távú akkumuláció decentralizált kutatási, ezek az adatok és formátumok csak kielégíteni az egyéni igényeknek, hiányzó integráció és egységesítés így a diverzifikáció, izomerizáció, és boncolás rák adatok [13, 14]. Katalógusa
jelenleg bőséges klinikai és alapkutatás kapcsolatos gyomorrák terveznek, illetve folyamatban van. Különböző típusú adatok tárolása a különböző adatbázis-rendszerek [13], megosztás nélkül vagy a kommunikáció. Így erősen korrelált információk elszigetelt marad, az úgynevezett "információs szigetek". Egyrészt, az adatok boncolás nehezíti az adatbányászat, míg másrészt megakadályozza, hogy a klinikusok abban, hogy teljes mértékben kihasználja a eredmények alapkutatás fejlesztésére klinikai vizsgálatok és alkalmazások, és tartja az alapvető kutatókat végző hatékony feltáró vizsgálatok hivatkozó klinikailag releváns információ [15]. katalógusa
Ebben a helyzetben, visszakeresésére átfogó tájékoztatást gyomorrák nem könnyű feladat, és részei ezen adatok eltűnhet a tengerben az internet, ami nagyon sajnálatos.
Ez a kutatás kihasználta a források az interneten és kiadványok a kínai Center for Disease Control and Prevention (CDC) és a gyomorrák Központ diagnózis és kezelés, Key Laboratórium Gyomor daganatok Sanghajban. Ez a tanulmány szisztematikusan gyűjtött különböző típusú gyomorrák kapcsolatos adatok, integrált ezeket az adatokat források szűrés után és a szabványosítás, és végül kialakult az első átfogó tudásbázist elemzésére gyomorrák. Katalógusa
Anyagok és módszerek katalógusa
Data Resources katalógusa
az adatbázis emberi gyomorkarcinóma (DBGC) integrálta a következő gyomorrák kapcsolatos források: katalógusa
Data Collection
1) epidemiológiai statisztikája gyomorrákos betegek Kínában. katalógusa
A CDC volt kialakult rák jelentési rendszer sok éve, és felhalmozott bőséges járványügyi információkat daganatos betegek Kínában. Az epidemiológiai statisztikai gyomorrák, beleértve ügyszám, halál száma, előfordulási aránya (nyers ráta életkorral korrigált arány és összesített aránya), a halálozási arány (nyers ráta életkorral korrigált arány és összesített aránya), és előfordulása (vagy halálozás) megoszlása korcsoport nyerték manuálisan CDC kiadványok. DBGC 1.0 magában foglalja az összes járványügyi statisztikák valamennyi tipikus régióban Kína a 2004-től 2009-és kiegészítő statisztikák szerepelni fog a továbbfejlesztett változata. Katalógusa
2) Klinikopatológiai információt gyomorrák szövetben. Katalógusa
Klinikopatológiai információt nyújtottak Shanghai Ruijin Kórház. Az osztályozás és stádium általánosan alkalmazott módszerek gyomorrák diagnosztizálására arra címkézést használ gyomorrák diagnosztizált esetet Ruijin Kórház. Tipikus gyomorrák szövetei különböző szakaszaiban és típusai közül választották ki egy gyomorrák biobankot hogy már fenn évek óta. Minden beteg információt névtelenítjük és de-azonosított előtt elemzésünk. Katalógusa
3) Molekuláris biológiai adatok a gyomorrák állami online források. Katalógusa
Molekuláris biológiai adatok kivontuk, és kurátora online források. Transcriptomics adatokat gyűjtöttünk a GEO adatbázisból (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) és EBI adatbázis (http://www.ebi.ac.uk/). Proteomikára adatokat nyerték a közzétett szakirodalom segítségével kézi leolvasás és a szabványosítás [16, 17]. Mutációs adatok gyűjtöttünk dbVar adatbázis (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/), OMIM adatbázis (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/), HGMD adatbázis (http://www.hgmd.org/), és a publikált szakirodalom [18, 19]. Minden biomarker adatokat nyerték közzétett szakirodalomban [20, 21]. A kábítószerrel összefüggő géneket kivont PharmGKB adatbázis (http://www.pharmgkb.org/), CancerDR adatbázis (http://crdd.osdd.net/raghava/cancerdr/) és a publikált szakirodalom [22, 23]. Azt tervezték, részletes kitermelési előírásokat minden típusú molekuláris biológiai adatok forrása, és minden adatgyűjtés eljárást kellett a következő szabványokat, amelyek biztosítják az adatok következetességét. A részletes gyűjtemény eljárás az alábbiak szerint: katalógusa
transcriptomics adatok: katalógusa
proteomikai adatok: katalógusa
a mutáció adatok: katalógusa
biomarker adatok: katalógusa
a kábítószer-érzékeny adatok: katalógusa
jegyzetekkel ellátott valamennyi gén és a kábítószer az adatbázisban, hogy segítsen a felhasználók jobban megértsék és használni ezeket az adatokat erőforrásokat. A gének annotált szerint NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov), HGNC (http://www.genenames.org/), Ensembl (http://feb2014.archive.ensembl.org /) és Gene kártyák (http://www.genecards.org/). A gyógyszerek kiegészítések szerint DrugBank (http://www.drugbank.ca/). Katalógusa
Továbbá mutáció kimutatható a TCGA projekt is szerepelt jegyzetekkel gének DBGC. A felhasználók talál minden mutáció egy bizonyos gén kimutatható a TCGA projektben. Ezek a mutációk által feldolgozott ICGC (https://dcc.icgc.org) alapján TCGA adatok és a hivatkozott minden mutáció a DBGC. Katalógusa
Emellett számos gyomorrák kapcsolatos alapvető kutatási projektek végeztek a mi kutatócsoport. Projekt leírását és a nyers adatokat is biztosított a DBGC letölthető és további elemzés céljából. Katalógusa
Adatbázis Cégkatalógus Építőipar
A DBGC egy relációs adatbázis egy MySQL adat réteg. A felhasználóbarát felület célja az volt, hogy rendezésére és megjelenítésére adatok forrásai a HTML és JavaScript. A kölcsönhatás az adatok réteg és a webes felület elkészült a Java EE platform. Katalógusa
Eredmények és megbeszélés katalógusa
Adatbázis Leírás katalógusa
Ez az adatbázis Elsősorban három hosszirányú adatrendszerekben járványügyi, klinikopatológiai és molekuláris biológiai adatok (1. ábra). A molekuláris biológiai adatok állnak gyomorrák kapcsolatos transcriptomics proteomikában, mutáció, biomarker és a kábítószer-érzékeny gén adatokat. Az összesített statisztika ezen adatok az 1. táblázatban felsorolt Együtt a járványügyi statisztikai gyomorrákos betegek Kínában és klinikopatológiai adatok jegyzetekkel együtt gyomorrákos esetek, mindezen adatok kivont nyilvános adatbázisok, publikációk és a publikált szakirodalom. Katalógusa
Adatbázis interfészek katalógusa
1) Quick Search (2. ábra). A gyors keresés funkció modul teszi azonosítja a szerepét egy gén vagy fehérje gyomorrák keresztül lehetséges bevitelére kulcsszavakat a keresőmezőbe található navigációs sávon. A keresés eredménye fogja megmondani, hogy a gén vagy fehérje differenciáltan expresszálódó bármely transcriptomics projektek vagy proteomikai projektek, és hogy sikerült azonosítani a biomarker gyomorrák vagy a kábítószer-érzékeny gént. Továbbá, ha a gén bármilyen mutáció, ami kapcsolatos a gyomorrák, a részletes lista jelenik meg a találati oldalon. Például a "EGFR" kulcsszót, arra lehet következtetni, hogy azonosították up-szabályozott gén GSE51936 és GSE27342 és a lefelé szabályozni gén GSE29630. A megfelelő protein a gén EGFR-t azonosították egy up-szabályozott fehérje 3 proteomika projektekben (PubMed Ids: 23.161.554, 24.263.233 és 24.722.433). EGFR számoltak, mint egy prognózis tényező a gyomorrák és kapcsolatban van a gyógyszer-rezisztencia az irinotekán, ami egy általánosan használt gyógyszer kezelésére gyomorrák. Négy mutáció EGFR kapcsolatos gyomorrák számoltak be (c.2361G > A, c.2402A > G, c.2573T > G, c.2588G > A). Katalógusa
2) Böngészés és keresés (ábra 3). A navigációs, ha rákattint a felhasználó megfelelő tételek böngészni az adatokat forrásokat biztosított a DBGC. Részletes információk kerülnek felsorolásra. Azt is megállapították, számos keresési feltételeket az egyes típusú adatok erőforrás, amelyen keresztül az összes adat elemeket, amelyek teljesítik a feltételeket fog megjelenni. Katalógusa
3) Az adatbázisunk különbözik más online források miatt felvételét járványügyi statisztikák gyomor- rákos betegek Kínában. A felhasználók a statisztikák összehasonlítását nemenként (férfi és női), terület (városi és vidéki), és az életkor a diagnózis vagy halál. Ügyszám, halál száma, előfordulási aránya, és a halálozási ráta a kiválasztott év tartományban lehet feltüntetni mindkét grafikon és táblázat formájában (lásd 4. ábra). Katalógusa
Vita katalógusa
A gyomorrák vezető rák világszerte egyaránt morbiditást és mortalitást. Magasabb előfordulási és halálozási gyomorrák figyelhetők az ázsiai régióban, különösen Kínában. Az epidemiológiai adatok statisztikai gyomorrák az adatbázisban kaptuk elsősorban kiadványok a CDC, amely már foglalkozik rosszindulatú daganat vizsgálatok évtizedek óta, és hozott létre átfogó archívumában rosszindulatú daganatos betegek Kínában. Ezek az adatok játszottak fontos szerepet játszhat a rák megelőzésében és az egészségügyi szakpolitika Kínában [24-26]. Keresztül visszakeresése a gyomorrák járványtani adatok az adatbázisban, a kutatók és a klinikusok gyorsan meg a járványügyi tendenciák gyomorrák Kínában. Katalógusa
A gyomorrák kapcsolatos mutációk, biomarkerek, a kábítószer-érzékeny géneket, transcriptomics projektek és a megfelelő differenciáltan expresszálódó gének, és proteomikai vizsgálatok és a megfelelő differenciáltan expresszálódó fehérjék kézzel gyűjtött online adatbázisok és a publikált szakirodalom. A gyors keresés funkció által biztosított DBGC lehetővé teszi a kutatók, hogy milyen szerepe van egy gén vagy fehérje a gyomorrák. Ezek differenciáltan expresszálódó gének és fehérjék tartalmaznak bőséges fontos információkat gyomorrák, és sok elemző vizsgálatokat lehetne lebonyolítani azokat. Katalógusa
A kutatócsoport már foglalkozik gyomorrák több éve kutatják és sok tapasztalatot szerzett a tumor epidemiológiai kutatások, gyomorrák klinikopathologiája és biomarker kutatás, biobankot épület, molekuláris biológiai mechanizmus kutatás, bioinformatikai elemzés és nagyszabású adatbázis építés [27-30]. Annak érdekében, hogy a vizsgálat és elemzés eszközök, amelyek kényelmes és praktikus gyomorrák kutatók megkonstruáltuk adatbázisban. A jelenlegi verzió a 1.0. Mivel a nagy mennyiségű adat keletkezik különböző kísérleti platformok különböző mezők nagyban szétszórt és heterogén, néhány hasznos információ lehet, hogy kimaradt a mi adatgyűjtési folyamat. Mi továbbra is visszakeresésére ezeket az adatokat, és frissíti a legfrissebb adatok hosszú ideig, hogy biztosítsák a időszerűségét és teljességét az adatokat. A következő verzió a célunk, hogy fedezze a legújabb humán gyomorrák kapcsolatos mutációk, biomarkerek és a kábítószer-érzékeny géneket. Transcriptomics adatok lesznek a hangsúlyt a következő verzió, amelyben minden transcriptomics projektek kerülnek újból elemzik kivonat differenciáltan expresszálódó gének különböző szeres változás értékeket. Így a felhasználók tudta lekérdezni, hogy egy bizonyos gén eltérően expresszált keresztül konfigurálja a minta típusát, és hajtsa határértéket. Katalógusa
Következtetés katalógusa
Az adatbázis ebben a cikkben ismertetett, a DBGC, egy átfogó és web -accessible adatbázis humán gyomorrák. Ez az adatbázis integrált különféle adatokat kapcsolatos források gyomorrák és feltéve, több könnyen használható web-alapú funkcionális modulok. Úgy véljük, hogy a DBGC lesz fontos eszköze gyomorrák klinikusok, tumor alapkutatás tudósok, rák genom kutatók, kormányzati egészségügyi döntéshozók és gyomorrákos betegek. Katalógusa
A tüdő mikrobái segíthetnek a súlyos betegek kimenetelének előrejelzésében
A DeNovix kihirdeti a Platinum DS11 FX+ spektrofotométer / fluorométer nyertesét
A bél mikrobioma szerepet játszhat a súlyos COVID-19 betegségben
Az új stratégia erősítheti a bél-agy kommunikációt
Felső endoszkópia
A genetikailag csípő bélbaktériumok csökkentik a vastagbélrák kockázatát az egerek tanulmányaiban
A szintetikus biológia növekvő biológiai védelmi kockázatai
Egy amerikai védelmi minisztérium által megrendelt tanulmány megállapította, hogy számos géntechnikai eszköz létezik, amelyek segítségével rövid idő alatt biológiai fegyvereket lehet előállítani. A
A használatban lévő gyógyszerek fele károsítja a bélbaktériumokat,
- állítja egy új tanulmány Megdöbbentő előadás az UEG héten 2019, Barcelonában, kiderül, hogy a bél mikrobiomája nagy veszélyben van a károsodáshoz minden alkalommal, amikor a 18 általánosan használt
A metformin segíthet a szivárgó bélben
A Kaliforniai Egyetem kutatócsoportja, San Diego, sikeresen használták a bél organoidjait laboratóriumukban, hogy bemutassák a gyógyszerek hatását olyan állapotok kezelésére, mint a „szivárgó bél”. A