abstraktné
databáza rakoviny žalúdka človeka (DBGC) je komplexnej databázy, ktorá integruje rôzne rakovina žalúdka u ľudí súvisiace dátové zdroje. Ľudské Transkriptomika projekty rakovinou žalúdka súvisiace projekty, proteomiky, mutácie, biomarkery a gény s drogami citlivé z rôznych zdrojov boli zhromaždené a k zjednoteniu v tejto databáze. Navyše epidemiologické štatistiky pacientov s karcinómom žalúdka v Číne a klinicko informácií komentovaný s žalúdočnými prípadov rakoviny boli tiež zaradené do DBGC. Veríme, že táto databáza bude značne uľahčiť výskum týkajúci sa ľudskej rakoviny žalúdka v mnohých oblastiach. DBGC je voľne k dispozícii na http://bminfor.tongji.edu.cn/dbgc/index.do
Citácia: Wang C, Zhang J, M Cai, Zhu Z, Gu W, Y Yu, et al , (2015) DBGC: databázy Žalúdočné rakoviny u ľudí. PLoS ONE 10 (11): e0142591. doi: 10,1371 /journal.pone.0142591
Editor: Arun Sreekumar, Baylor College of Medicine, Spojené štáty
prijatá: 18. februára 2015; Prijaté: 24.októbra 2015; Publikované: 13.listopadu 2015
Copyright: © 2015 Wang et al. Toto je článok o otvorenej distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané
Data Dostupnosť: Údaje sú availabe cez Datadryad (https://datadryad.org). Jedinečné prístupové číslo je: doi :. 10,5061 /dryad.271dk
Financovanie: Táto práca bola čiastočne podporená dotácií z Národného Natural Science Foundation Číny (81172329, 31571363, 81372644, 81372645 a 8157111077), čínština Národný High Tech Program (2012AA02A504 a 2012AA02A203), International Cooperative Project od Shanghai Science and Technology komisie (12410706400), inovácia nadácie translačný medicíny Shanghai Jiao Tong University School of Medicine (15ZH1002 a 15ZH3001), Fong Shu Fook Tong nadácií a tráviace karcinómu biobanka Projekt Shanghai Jiao Tong University School of Medicine. Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu
Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú
Úvod
Ako jeden z najčastejších typov rakoviny, rakovina žalúdka má tretiu najvyššiu letalitu a štvrtý najvyšší morbidity všetkých zhubných nádorov na celom svete [1]. Podľa štatistík GLOBOCAN v roku 2012, nových prípadov rakoviny žalúdka počítal takmer jeden milión (952.000), a viac ako 700.000 úmrtí bolo spôsobené rakovinou žalúdka; Takmer polovica z týchto pacientov pochádza z Číny (405,000 nových prípadov a 325,000 smrťou) [1, 2]. Hoci obaja Úmrtnosť a chorobnosť na rakovinu žalúdka znížili v posledných rokoch miera prežitia 5 rokov je stále pomerne nízka [3]. Preto bude rakovina žalúdka aj naďalej jedným z najťažších úloh pre výskumníkov a lekári po dlhú dobu [4].
Vedci na celom svete boli dokončené mnoho genomika, Transkriptomika, proteomiky, a epidemiologická šetrenia a klinických skúšok, pokiaľ ide o patogenéze a terapia rakoviny žalúdka [5-10]. Tieto výskumy priniesli obrovské množstvo dát vzťahujúcich sa k rakovine žalúdka, a rýchlosť týchto vyšetrovaní sa zrýchľuje s rýchlym rastom vedomostí rakoviny, zníženie nákladov na detekciu a počítanie a šírenie internetu [11]. Tieto údaje obsahujú dôležité informácie pre vyšetrovanie a liečenie rakoviny žalúdka. Avšak, vzhľadom k obmedzenej pozadia znalosti lekárov a základných výskumných pracovníkov, potenciál týchto údajov, nemôže byť plne rozvinutý. Nové technológie a výskumné metódy aj naďalej vyžadovať rozvoj; Avšak, nízka účinnosť v správu dát je hlavným obmedzením tohto vývoja [12]. Vzhľadom k dlhodobému hromadeniu decentralizovaného výskumu, tieto údaje a ich formáty uspokojovať len individuálnym potrebám, chýba integrácia a štandardizácia a vedie k diverzifikácii, izomerizácie a pitva dát s rakovinou [13, 14].
v súčasnej dobe bohatej klinickej a základné štúdie týkajúce sa rakoviny žalúdka sa plánujú alebo vo vývoji. Rôzne typy dát sú uložené v rôznych databázových systémov [13], bez zdieľanie alebo komunikácie. Tak silne korelujú informácie zostali izolované, v čom sa nazýva "informačný ostrovčeky". Na jednej strane sú dáta pitva zvyšuje obtiažnosť dolovania dát, zatiaľ čo na druhej strane bráni lekárom z plného využívania výsledkov základného výskumu vyvinuli klinické skúšok a aplikácií a udržuje základnú výskumných pracovníkov z vykonávania účinnej experimentálnej štúdie, ktoré odkazujú klinicky relevantné informácie [15].
v tejto situácii, získavanie komplexné informácie o rakovine žalúdka, nie je ľahká úloha, a časti týchto údajov môže zmiznúť v oceáne na internete, čo by bolo veľmi nešťastné.
Tento výskum využil zdrojov z internetu a publikácií z čínskeho centra pre kontrolu a prevenciu chorôb (CDC) a rakovina žalúdka centrá pre diagnostiku a liečbu, kľúčové laboratórium žalúdočné nádory v Šanghaji. Táto štúdia je systematicky zhromažďovať rôzne typy dát súvisiacich s rakovinou žalúdka, integrovať tieto dátové zdroje po filtrácii a štandardizáciu, a nakoniec tvoril prvý komplexný bázy znalostí pre analýzu rakovinu žalúdka.
dáta Resources
Databáza rakovina žalúdka u ľudí (DBGC) integrovala tieto rakovinou žalúdka súvisiace zdroje:
Data Collection
1) Epidemiologická štatistika pacientov s karcinómom žalúdka v Číne.
CDC má zavedený systém hlásenia rakoviny po mnoho rokov a získali bohaté epidemiologické informácie o pacientoch s rakovinou v Číne. Epidemiologické štatistiky rakoviny žalúdka, vrátane čísla prípadu, počet úmrtí, miery výskytu (hrubá miera, vek upravená miera a kumulatívne miera), úmrtnosťou (hrubá miera, miera upravenú k veku a kumulatívne sadzba) a incidencie (alebo úmrtnosti) rozdelenie podľa vekových skupín boli získané ručne z CDC publikácií. DBGC 1.0 sa vzťahuje na všetky epidemiologické štatistiky pre všetky typické čínskych regiónoch z rokov 2004 až 2009, a ďalšie štatistické údaje budú zahrnuté do modernizovanej verzie.
klinicko informácie boli poskytnuté Shanghai Ruijin nemocnice. Klasifikačné a inscenačné metódy všeobecne používané pre žalúdočné diagnostike rakoviny boli označené pomocou žalúdočnej prípadov rakoviny diagnostikovaných v Ruijin nemocnici. Typické žalúdočné rakovinové tkanivá rôznych stupňov a typov boli vybrané zo žalúdka biobanky rakoviny, ktoré sme udržiavaná po celé roky. Všetky informácie o pacientovi bola anonymizované a de-identifikoval pred našej analýzy.
Molekulárne biologické údaje boli získané a kurátorom z on-line zdrojov. Údaje Transkriptomika boli odobraté z databázy GEO (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) a EBI databázy (http://www.ebi.ac.uk/). Proteomiky údaje boli získané z publikovanej literatúry cez manuálnu čítanie a normalizácie [16, 17]. Dáta mutácie boli získané z databázy dbVar (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/), OMIM databázy (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/), HGMD databázy (http://www.hgmd.org/), a publikovaná literatúra [18, 19]. Všetky dáta biomarkerov boli získané z publikovanej literatúry [20, 21]. gény súvisiace s drogami boli získané z databázy PharmGKB (http://www.pharmgkb.org/), CancerDR databázy (http://crdd.osdd.net/raghava/cancerdr/) a publikovanej literatúry [22, 23]. Navrhli sme detailné štandardy ťažby pri každom type molekulárnej zdroj biologických dát, a každý postup zber dát musel nasledovať tieto štandardy s cieľom zabezpečiť súdržnosť údajov. Podrobný postup kolekcia je uvedený nižšie:
Transkriptomika údaje:
dáta proteomiky:
mutácie údaje :.
biomarkerov dát :.
Drug-citlivé údaje :.
anotované všetky gény a lieky v tejto databáze pomôcť užívatelia lepšie pochopiť a používať tieto dátové zdroje. Tieto gény sú komentovaný podľa NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov), HGNC (http://www.genenames.org/~~HEAD=pobj), Ensemble (http://feb2014.archive.ensembl.org /) a Gene karty (http://www.genecards.org/). Tieto lieky sú komentovaný podľa DrugBank (http://www.drugbank.ca/).
Navyše mutácie detekovanej v projekte TCGA boli tiež zahrnuté k anotácii génov v DBGC. Užívatelia môžu nájsť všetky mutácie určitého génu detekovaný v projekte TCGA. Tieto mutácie boli spracované ICGC (https://dcc.icgc.org) na základe údajov TCGA a odkazuje každý mutácií v DBGC.
Okrem toho sa uskutočnilo niekoľko základných výskumných projektov súvisiacich s rakovinou žalúdka naším výskumným tímom. opisy projektov a nespracované údaje sú uvedené v DBGC na stiahnutie a ďalšiu analýzu.
Databáza Výstavba
DBGC je relačnej databázy s dátovú vrstvu MySQL. Užívateľsky prívetivé rozhranie bolo navrhnuté usporiadať a zobrazenie zdroje dát pomocou HTML a JavaScript. Interakcia medzi dátovej vrstvy a webové rozhranie bola dokončená pomocou Java EE Platform.
Database Popis
Táto databáza sa skladá predovšetkým z troch pozdĺžnych dátových systémov epidemiologické, klinicko-patologické a molekulárno biologických dát (obrázok 1). Molekulárna biologická dáta sa skladajú zo žalúdočného transkriptomika súvisiacich s rakovinou, proteomiky, mutácie, biomarkerov a dát génových drog citlivé. Celkové štatistiky týchto údajov sú uvedené v tabuľke 1. Spolu s epidemiologické štatistiky pacientov s karcinómom žalúdka v Číne a klinicko informácií komentovaný s žalúdočnými prípadov rakoviny, všetky tieto údaje boli získané z verejných databáz, publikácie a publikovanej literatúry.
databáza Rozhranie
1) Quick Search (obr.2). Rýchleho vyhľadávania funkčný modul umožňuje identifikáciu role génu alebo proteínu v rakoviny žalúdka možné pomocou vkladanie kľúčových slov do vyhľadávacieho poľa umiestneného na navigačnom paneli. Výsledok vyhľadávania vám povie, či je gén alebo proteín je rôzne vyjadrené v akejkoľvek Transkriptomika projektov, alebo proteomiky projektov a či bola identifikovaná ako biomarker rakovinou žalúdka alebo gén s drogami a veľké písmená. Navyše, v prípade, že gén má žiadnu mutáciu, ktorá súvisí s karcinómom žalúdka, podrobný zoznam sa zobrazí na stránke s výsledkami. Napríklad za použitia "EGFR" ako kľúčové slovo, môžeme konštatovať, že to bol identifikovaný ako up-regulované v géne GSE51936 a GSE27342 a ako gén down-regulované v GSE29630. Zodpovedajúce proteín génu EGFR bol identifikovaný ako up-regulované proteínu v 3 projektov proteomiky (PubMed IDS: 23161554, 24263233 a 24722433). EGFR bola označená ako faktor prognózy karcinómu žalúdka a súvisí s rezistenciu na lieky na irinotekan, čo je bežne používaný liek na liečbu rakoviny žalúdka. Štyri mutácie EGFR spojené s rakovinou žalúdka boli hlásené (c.2361G > A, c.2402A >g, c.2573T >g, c.2588G > A).
2), prehliadanie a vyhľadávanie (obr 3). Používanie navigácie, môžu používatelia kliknúť zodpovedajúce položky pre prechádzanie dátových zdrojov uvedených v DBGC. Podrobné informácie budú uvedené nižšie. Máme tiež založil niekoľko vyhľadávacie kritériá pre každý typ zdroja údajov, prostredníctvom ktorého budú zobrazené všetky položky údajov, ktoré spĺňajú podmienky.
3) Naša databáza sa líši od iných on-line zdrojov z dôvodu zahrnutia epidemiologických štatistík žalúdočné onkologickí pacienti v Číne. Užívatelia môžu porovnávať štatistiky podľa pohlavia (mužské a ženské), oblasti (miest a vidieka) a vek v čase stanovenia diagnózy alebo smrť. Prípad číslo, číslo smrť, incidencia a úmrtnosť na vybrané oblasti rok môžu byť zobrazené ako v tabuľke a grafe formáte (obr.4).
Karcinóm žalúdka je popredný rakovina po celom svete ako v úmrtnosti a chorobnosti. Vyšší výskyt a úmrtnosť na rakovinu žalúdka sú pozorované v ázijských oblastiach, najmä v Číne. Epidemiologické štatistické údaje rakoviny žalúdka v tejto databáze boli získané predovšetkým z publikácií CDC, ktorá sa zaoberá malígnych nádorov štúdiách po niekoľko desaťročí a založila komplexné archívov zhubných nádorových pacientov v Číne. Tieto údaje hrali dôležitú úlohu pri podpore prevencie rakoviny a zdravotné tvorbu politiky v Číne [24-26]. Prostredníctvom načítanie dát žalúdočné epidemiológie zhubných nádorov v tejto databáze, vedci a lekári môžu rýchlo určiť epidemiologické trendy žalúdočné rakovina v Číne.
Žalúdočné mutácie súvisiace s rakovinou, biomarkery gény drog citlivé, Transkriptomika projekty a zodpovedajúce rozdielne vyjadrené génov a proteomika experimenty a zodpovedajúce rozdielne exprimované proteíny boli ručne zbierané z on-line databáz a publikovanej literatúry. Funkcia rýchleho vyhľadávania poskytuje DBGC umožňuje výskumníkom identifikovať úlohu génu alebo proteínu v rakoviny žalúdka. Tieto rozdielne exprimovaných génov a proteíny obsahujú hojné dôležité informácie o rakovine žalúdka, a mnoho analytické štúdie by mohla byť vykonávaná ich použitie.
Náš výskumný tím sa zaoberá žalúdočné výskumu rakoviny po mnoho rokov a nazhromaždil značné skúsenosti v nádore epidemiologický výskum rakoviny žalúdka clinicopathology a biomarkerov výskum, biobanka budova, molekulárnej výskum biologický mechanizmus, analýza bioinformatiky a rozsiahla databáza konštrukcie [27-30]. Poskytnúť dotazovanie a analýzu nástrojov, ktoré sú pohodlnejšie a praktickejšie pre výskumníkov s karcinómom žalúdka, sme vybudovali túto databázu. Aktuálna verzia je 1.0. Vzhľadom na to, že veľké množstvo dát generovaných rôznymi experimentálnymi platformami v rôznych oblastiach sú značne rozptýlené a heterogénne, niektoré užitočné informácie môžu byť chýbal v našom procese zberu dát. Budeme pokračovať v získavaní týchto dát a aktualizácie najnovšie dáta na dlhú dobu, aby zaistiť včasné a úplnosť údajov. V ďalšej verzii, chceme pokryť najnovšie rakovina žalúdka u ľudí súvisiace mutácie biomarkery a gény s drogami citlivé. Transkriptomika dát bude klásť dôraz na ďalšiu verziu, v ktorej sú všetky Transkriptomika projekty budú opätovne analyzovaný pre extrakciu rozdielne exprimovaných génov pri rôznych hodnotách zmeny fold. Tak, užívatelia mohli pýtať, či určitý gén rozdielne vyjadrené prostredníctvom konfiguráciu typ vzorky a zložiť zmeniť hodnotu.
Táto databáza opísané v tomto článku, v DBGC, je komplexný a web -accessible databázy ľudskej rakoviny žalúdka. Táto databáza má integrovanú rad dátových zdrojov spojených s rakovinou žalúdka a za predpokladu, niekoľko Easy-to-použitie webových funkčných modulov. Veríme, že DBGC bude dôležitým nástrojom pre rakovinou žalúdka klinickí lekári, nádorových základného výskumu vedcov, rakovina genómu výskumníkov, štátnych zdravotných politík, a pacientov s rakovinou žalúdka.
Dezinfekčné prostriedky pre domácnosť by mohli prispieť k riziku obezity u detí
Reakcie na potraviny sa riadia črevným mikrobiómom,
Nová stratégia môže posilniť komunikáciu čriev a mozgu
Vedci vyvinuli 3D tlačenú pilulku, ktorá vzorkuje baktérie nachádzajúce sa v čreve
Silný mikrobióm v ranom veku spojený s menším počtom respiračných infekcií
Rastlinná strava zlepšuje zdravie srdca prostredníctvom črevného mikrobiómu
Peptid z jedu pavúka by mohol pomôcť zastaviť bolesť pri syndróme dráždivého čreva
Vedci z University of Queensland zistili, že špecifický peptid nachádzajúci sa v pavúčom jede môže mať vlastnosti, ktoré by ho mohli použiť pri zmierňovaní bolesti u pacientov so syndrómom dráždivého
PENTAX Medical zvyšuje 125 dolárov,
000 pre Svetový fond pre výskum rakoviny prostredníctvom kampane MILES FOR HEALTH PENTAX Medical, popredný poskytovateľ endo-zobrazovacích riešení, oslavuje 100 th výročie založenia spoločnosti Asah
Závažné komplikácie COVID-19 súvisiace s poruchou črevnej bariéry
Hlavným zameraním výskumu súčasnej pandémie koronavírusovej choroby 2019 (COVID-19) bola potreba porozumieť fungujúcim mechanizmom, ktoré spôsobujú rôzne prejavy a komplikácie tejto potenciálne smrteľ