PLoS ONE: prognostinis reikšmė Gairė SNP rs1045411 į HMGB1 agresyvios skrandžio vėžio Kinijos Population

Anotacija

Įspūdingi įrodymai parodė, kad didelio mobilumo grupė dėžutė-1 (HMGB1) genas vaidina svarbų vaidmenį vėžio vystymąsi ir progresavimą. Šis tyrimas skirtas įvertinti pavienių nukleotidų polimorfizmo (SNP) į poveikį, HMGB1
genas nuo skrandžio vėžio (GC) pacientų išgyvenimo. Trys tag SNP iš HMGB1
geno buvo atrinkti ir genotipą naudojant Sequenom Ipex genotipo sistemą iš 1030 GC pacientų (704 mokymu, 326 patvirtinimo rinkinys) kohortos. Daugiamatė Cox proporcinės rizikos analize ir Kaplano-Mejerio kreivės buvo naudojami prognozavimo analizė. AG /AA genotipas SNP rs1045411 į HMGB1
genas buvo reikšmingai susijęs su geresniu bendro išgyvenamumo (OS) A 704 GC pacientų rinkinys, palyginti su GG genotipų (ŠS = 0,77, 95% PI: 0.60-0.97 P
= 0,032). Tai prognostinė poveikis buvo patikrinta nepriklausomo patvirtinimo rinkinį ir duomenų analizė (RS = 0,80, 95% PI: 0,62-0,99 P
= 0,046; RS = 0,78, 95% PI: 0,55-0,98 P
= 0,043, atitinkamai). Be sluoksniuotoji analizės, apsauginis poveikis rs1045411 AG /AA genotipo buvo ryškesnis pacientams, sergantiems neigiamo sluoksnių, palyginti su pacientais, kurių palankaus sluoksnių. Be to, didelės bendros prognozinės poveikis OS GC pacientams buvo pastebėti tarp rs1045411 genotipų ir Lauren klasifikavimo, diferenciacija, scenoje ar pagalbinį chemoterapija. Be to, funkcinis tyrimas parodė reikšmingą poveikį rs1045411 apie HMGB1
išraiška. Mūsų rezultatai rodo, kad rs1045411 į HMGB1
yra reikšmingai susijęs su klinikiniais rezultatais Kinijos GC pacientams po operacijos, ypač tiems, kurie agresyviai statusą, kuris garantuoja, tolesnį patvirtinimą iš kitų etninių populiacijų

nurodomoji.: bao G Qu F Jis L Zhao O Wang N Dži G et al., (2016) prognozinė reikšmė Tag SNP rs1045411 į HMGB1
agresyvios skrandžio vėžio į Kinijos gyventojų. PLoS ONE 11 (4): e0154378. Doi: 10,1371 /journal.pone.0154378

redaktorius: Čing-Yi Wei kunigaikštis vėžio instituto, JAV

Įstojo: Sausis 23, 2016 m Priėmė: Balandžio 12, 2016 m Paskelbta: Balandžio 26, 2016

Tai atvira prieiga straipsnis, nemokama visų autorių, ir gali būti laisvai atgaminti, platinti, perduoti, keisti, pastatytas ant, ar jos kitaip nenaudojamos niekam bet kuriam teisėtam tikslui. Darbas prieinamas pagal Creative Commons CC0 viešo atsidavimą

Duomenų Prieinamumas:.. Visi atitinkami duomenys yra per popieriaus ir jo Pagalbinė informacija failus

Finansavimas: Šis darbas buvo remiamas subsidijomis iš Nacionalinės Gamtos mokslo fondo Kinijos (Nr 81272201 ir Nr 81572916 GB; Nr 81200330 su NW)

konkuruojančių interesų. autoriai pareiškė, kad nėra jokių konkuruojančių interesų

. Įvadas

Skrandžio vėžys (GC) yra ketvirtoji dažniausia vėžio pasaulyje sudaro apie 8% naujų vėžio ir 10% mirčių nuo vėžio [1]. Iš šių atvejų, 70% įvyko besivystančiose šalyse, o pusė visų pasaulyje įvyko Rytų Azijoje, daugiausia Kinijoje [2]. Per pastaruosius kelis dešimtmečius, nepaisant gerokai padidinti investicijas ir pažanga diagnozuojant ir gydant GC, bendras išgyvenamumas (BI) Išplėstinė GC dar niūrus, su 5 metų išgyvenamumas yra mažesnis kaip 25% [3 ]. Šiuo metu, išgyvenimo ir prognozė GC pacientų vis dar priklauso nuo naviko stadijoje diagnozės nustatymo metu. Tačiau, dėl to, kad aiškiai svarbių skirtumų toje pačioje stadijoje, vien tik navikas etapas yra ne pakankamas, kad būtų prognozuoti GC prognozę [4]. Todėl, siekiant atrasti naujus molekulinius parašus kaip patikimi prognostiniai žymenys GC yra labai svarbus ir sunkus. Pastaraisiais metais atlikti tyrimai sutelktas į genetinių variantų, kad padidėti polinkis į plėtrą ir progresavimo GC tyrimo [5].

Aukšto mobilumo grupė dėžutė-1 (HMGB1), svarbi narys aukšto mobilumo grupės baltymų superšeimai, yra du 80-amino rūgštis, DNR surišantis domenų (A-box ir B-box) ir rūgštinis karboksilo uodega [6]. Ji veikia kaip chromatino struktūrinio proteino per branduolio ir priešuždegiminiais citokino extracellularly. Kaip branduolinis baltymų, HMGB1 jungiasi nespecifiškai į mažojo griovelio DNR ir palengvina vietai būdingų DNR tikslų [7] surinkimas. Priešingai tarpląsteliniai HMGB1 veikia kaip citokino, kuris dauginasi infection- ar traumų sukėlė uždegimą atsakymus [8]. Pastovus išleidimas HMGB1 iš nudžiūvusiuose vėžinių ląstelių gali sukurti mikroaplinka primenančiu chronišką uždegimą; sąlyga žinoma, kad prisidėti prie epitelinių piktybinių navikų, ypač uždegimas-susijęs vėžys [9]. Tiesą sakant, daug tyrimų anksčiau parodė per ekspresija HMGB1 įvairių tipų vėžiu [10-13], įskaitant GC [14]. Be to, įtikinamų įrodymų dar labiau patvirtino, kad HMGB1 per išraiška yra glaudžiai susijęs su naviko vystymosi tarpininkavimo ginklų platinimu strategiją, invazija ir migracijos vėžinių ląstelių [15, 16]. Todėl HMGB1 gali būti įdomi kandidatas kaip naują prognostinį persekiotoją ar terapinės tikslo GC.

Kaupiamosios įrodymai parodė, kad genetiniai fonas gali turėti įtakos rizikos ir prognozę GC [17]. Vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) yra labiausiai paplitusi genetinė variacija, ir gali būti perspektyvūs pakaitiniai biologiniai žymenys pacientų genetinių sluoksnių prognozuoti gydomojo ir prognozės [18]. Genetiniai variantai buvo nustatyti žmogaus HMGB1
genas [19], tačiau tarp asociacija HMGB1
genų polimorfizmo ir GC išgyvenimo rezultatus niekada nebuvo nustatyta. Atsižvelgiant į esminį HMGB1 kuriant ir progresavimo vėžio, tai tikėtina, kad polimorfizmas HMGB1
gali turėti įtakos klinikinius rezultatus GC. Čia, mes įvertino trijų žymenų VNP-ai poveikį, HMGB1
klinikinių rezultatų 1030 kinų GC pacientų (704 treniruočių rinkinys, 326 nepriklausomoje patvirtinimo rinkinys), kurie gavo radikalų rezekcija gydymą. Be to, ant kurio tapatybė nustatyta atitinkama žyma SNP dėl genų ekspresijos reguliavimo poveikis buvo toliau nagrinėjamas kaip in vitro, pervežimas funkcinę analizę. Kiek mums žinoma, tai pirmasis tyrimas, kad tarp HMGB1
ir klinikinės baigties GC polimorfizmas asociacijos.

Medžiagos ir metodai

Etika

Ši studija patvirtino etikos komiteto ketvirtosios karo medicinos universitete. Šios procedūros buvo atliekamos pagal patvirtintas gaires ir 1964 m Helsinkio deklaracija ir jos vėlesnių pakeitimų ar panašių etikos standartų. Pasirašytas informuotas sutikimas buvo gautas iš kiekvienos įtrauktos į tyrimo dalyvis.

Studijų gyventojų

iš 1030 Han Kinijos pacientams, sergantiems pirmine skrandžio adenokarcinoma viso dalyvavo iš dviejų nepriklausomų svetainių, Tangdu ligoninės ir Xijing ligoninė Virškinimo liga, Sianas, Kinija. Visi GC atvejai gavo chirurginės rezekcija ir neturėjo ankstesnę istoriją kitų vėžio arba bet priešoperacinė vėžio gydymo arba kraujo perpylimas per 3 mėnesius prieš operaciją. Nebuvo jokių amžiaus, lyties ar ligos stadijos apribojimai atveju įdarbinimo. Tarp jų, 704 pacientai (departamentas Bendrosios chirurgijos, Tangdu ligoninė, tarp 2008 liepos ir 2013) buvo naudojami kaip mokymo nustatyta šiame tyrime. Kitas 326 pacientų (Xijing ligoninės Virškinimo ligų, nuo 2008 sausio iki 2010 gruodžio) grupė buvo naudojamas kaip nepriklausomas patvirtinimo rinkinys. Buvo siekiama nustatyti kliniškai reikšmingą prognostinę vertę VNP-ai per HMGB1 pervežimas geno iš mokymo komplekto ir išbandyti jį nepriklausomoje patvirtinimo rinkinys.

Demografiniai ir klinikiniai duomenys

demografiniai ir klinikiniai duomenys buvo surinkti vykdant asmeninius interviu pradinio apsilankymo ar tolesnių klinikose, medicininius įrašus ar konsultuotis su gydančių gydytojų, įskaitant amžių, lytį, tautybę, gyvenamasis regione, laiko diagnozės, laiko operacija ir /arba palaikomoji chemoterapija (ACT), laikas atkryčio ir /ar mirties, naviko stadijos, Lauren klasifikavimo, diferenciacija, histologinio tipo ir gydymo protokolą. Tolesni informacija buvo atnaujinta bent 6 mėnesių intervalais per on-site interviu, telefono ryšio, ar peržiūrint medicininius įrašus kvalifikuoti mokslinių tyrimų specialistams. Naujausia tolesnių data buvo 2015 birželį ir vidutinis tolesnių trukmė buvo 51 mėnesių (nuo 6-89 mėnesiai). Iš paciento prarasto per tolesnius procentas buvo 9,8%. OS buvo apibrėžtas kaip laikas nuo operacijos į GC-specifinis mirties. RFS (pasikartojimas Išgyvenamumas be) buvo apibrėžiama kaip laikas nuo operacijos iki pirmojo pasikartojimo ar tolimoje metastazių GC dienos. Pacientai gyvas paskutinio tolesnių buvo cenzūruojamas.

rinkimas, apdorojimas ir saugojimas egzempliorių

Prieš operaciją, 5 ml veninio kraujo buvo surinkta iš kiekvienos GC pacientų išgauti DNR naudojant E.Z.N.A. kraujo DNR Midi komplektas (omega "Bio-Tek, Norcross, GA, JAV). Šešiasdešimt skrandžio vėžiniai audiniai buvo vienu metu surinkta iš patvirtinimo rinkinio realaus laiko kiekybine PGR atvirkštinės transkripcijos (AT-PGR) tyrimus.

SNP atranka ir genotipo

kandidatas žymė SNP pasirinkimas HMGB1
genas buvo atliktas kaip dviejų etapų procedūra. Pirma, mes naudojo žiniatinklio SNP atrankos įrankiai (http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpfunc.htm) rinkinį ieškoti kandidates SNP yra HMGB1
[20]. Visi patvirtinti polimorfizmas į HMGB1
genas regionas, įskaitant 5 KiB tiekėjų pirmojo egzono ir 5 kb pasroviui nuo paskutinio egzono, buvo laikomas kandidatas SNP. Tos SNP su šalutiniu alelio dažnis ≥ 5% HapMap CHB (Han kinų Pekine) gyventojų ir poravimas šarnyro pusiausvyros pažeidimo kvadrato koreliacijos koeficientą (r ^{2) > 0,8 buvo pasirinktas kaip kandidačių VNP-ai. Antra, tag SNP buvo pasirinktos iš šių kandidačių VNP-ai Naudojant tarptautinį HapMap Projekto II etapo duomenų bazę Kinijos gyventojų (http://www.hapmap.org/~~HEAD=pobj, atvertas 18 2013 lapkritis) ir HAPLOVIEW versija 4.2. Galiausiai trys tag SNP (vidutinis r 2 = 0,981) buvo atrinkti: rs1045411 ( "G > A) rs1412125 (T > C) ir rs2249825 (C > G), .Genotyping buvo atliekami naudojant Sequenom IPLEX genotipo sistemą (Sequenom Inc, San Diego, CA, USA) pagal gamintojo protokolą. Laboratoriniai asmenys atliko genotipo nustatymo tyrimai būtų apakinti pacientų informacijos. buvo naudojami vidaus kokybės kontrolė ir neigiami kontroliniai mėginiai, siekiant užtikrinti genotipo tikslumą ir 5 mėginiai buvo atsitiktinai atrinkti ir genotipą dviem egzemplioriais su 100% suderintos. Skambučių norma genotipo svyravo tarp 99,3% ir 99,7%. Išsami informacija apie VNP-ai ir genotipo nustatymo rezultatus buvo išvardytos S1 lentelėje.}

Funkcinis testas

funkciniai poveikis žymė SNP rs1045411 esančiose HMGB1 pervežimas geno 3'UTR srities tirtos naudojantis liuciferazės reporterio testą. Trumpai tariant, 49-BP dukart kryptis DNR atlikti arba laukinių genotipą ar varianto genotipą rs1045411 buvo susintetintas ir klonuotas į pMIR-ataskaitos vektoriaus (Ambion, Austin, Tex, JAV), naudojant restrikcijos fermentų Spe I ir Hind III (Takara Dalian, Kinija). Visi konstruktai buvo patvirtinta DNR sekos. Žmogaus GC ląstelių linijos SGC-7901 ir žmogaus embriono inkstų ląstelių linija HEK-293T, kuriame turi-Pasaulis-505 buvo identifikuojami būti teigiamai išreikštas naudojant TaqMan MicroRNA atvirkštinės transkripcijos rinkinys (taikoma BIOSYSTEM Foster City, CA, JAV), kaip anksčiau aprašytas [21], buvo bendrai perkeltų su bet pMIR-rs1045411-A arba pMIR-rs1045411-G (200ng /gerai) su arba be anti-miR-505 (Applied Biosystems, Foster City, CA, JAV) ir vidaus kontrolės Žurnalistė plazmidės pRLTK (Promega Madison, WI, JAV) (20 ng /gerai), naudojant Lipofectamine 2000 (INVITROGEN, Carlsbad, CA, JAV) per 24 šulinėlių plokštelės su 2 × 10 ^{5 ląstelių viename gerai. SGC-7901 ir HEK293 ląstelių linijos buvo įsigytas iš tipo Kultūros kolekcijos Kinijos mokslų akademijos (CAS) (Šanchajus, Kinija), kur jie buvo patikrinta Mycoplasma aptikti, DNR Fingerprinting, izofermentų aptikimo ir ląstelių gyvybingumą aptikti. Sustingę buteliukas kiekvieno 147 ląstelių linija, kuri iš karto buvo išplėsta ir sušaldytos, kai yra gautas iš tiekėjo buvo atgaivintas ir naudojamas šiame tyrime. Po to, kai 48 h, ląstelės buvo surinkti, siekiant nustatyti liuciferazės veikla, naudojant dvigubą-liuciferazės reporterio testą komplektas (Promega, Madison, WI, JAV) su luminometer (TECAN, Männedorf, Šveicarija). Visi transfekcija buvo atliekami trimis egzemplioriais, o visi bandymai buvo nepriklausomai kartojamas tris kartus.}

Jei dar įvertinti žymė SNP rs1045411 genotipų poveikį HMGB1
mRNR ekspresijos, RNR buvo išskirta iš 60 GC audinio mėginiai (30 su AA genotipo ir 30 su AG /GG genotipų rs1045411) pagal gamintojo instrukcijas. Tada kDNR buvo susintetinti naudojant PrimeScript RT reagento komplektas (Takara, Dalian, Kinija). AT-PGR buvo atliekama naudojant šias HMGB1
pradmenis: pirmyn, 5'-TAAGAAGCCGAGAGGCAAAA-3 "; atvirkštinės, 5'-AGGCCAGGATGTTCTCCTTT- 3 ', ir β-aktino buvo naudojamas kaip vidaus kontrolės sistema (pradmenų: į priekį, 5'-AAGACGTACTCAGGCCATGTCC-3', užpakalinė, 5'-GACCCAAATGTCGCAGTCAG-3 ') [13]. Santykinis išraiška HMGB1
iRNR lygiai buvo nustatoma naudojant santykinį kiekybinio nustatymo metodo ir 2 ^{-ΔΔCt analizę.}

Statistinė analizė

Statistika analizuoja buvo atliekamas naudojant IBM SPSS Statistics 19.0 programinė įranga (IBM). Paprastai platinami nepertraukiamo kintamieji buvo išreikštas vidurkis ± SD, o neįprastai platinami nepertraukiamo kintamieji buvo išreikštas vidutiniškai ir asortimentą. Pearsono χ ^{2-testas buvo naudojamas išbandyti kategorinių kintamųjų skirtumus. Įprastai platinami nepertraukiamo kintamųjų tarp dviejų grupių skirtumas buvo analizuojami naudojant Stjudento , T
-test, o Mann-Whitney U testas buvo įdarbintas už neįprastai platinami nepertraukiamo kintamųjų palyginimas. Daugiamatė Cox proporcinės pavojaus regresijos modelis buvo taikomas įvertinti individualaus SNP ir pacientų charakteristikų OS arba RFS poveikį. Rizikos santykis (HRS) ir 95% pasikliautinieji intervalai (CIS) buvo apskaičiuota su koregavimo amžiaus, lyties, Lauren klasifikavimo, diferenciacija, TNM etape ir veikti. Kaplan-Meier kreivė ir log-rank testai taip pat buvo naudojamas įvertinti poveikį atskirų VNP-ai dėl išlikimo laiką. Statistika reikšmė buvo nustatyta 0,05 lygyje ir visi P
vertės pranešta šiame tyrime buvo Dvipusis.}

Rezultatai

pasiskirstymas pacientų savybių ir prognozės analizė

GC pacientų charakteristikos buvo apibendrinti S2 lentelėje. Dėl to, kad vėlai pabaigos datą pacientų registracija dėl mokymo rinkinys, mediana tolesnių laikas buvo trumpesnis mokymo rinkinys (46 mėnesių, pradedant nuo 6 iki 80 mėnesių), nei kad nepriklausomoje patvirtinimo rinkinį (72 ​​mėnesių, pradedant nuo 6-89 mėnesių). Taigi lyginant su nepriklausomo patvirtinimo rinkinys pacientams, tiems, mokymo komplekto turėjo mažesnę atkryčio (58,4% vs
. 66,8%, P
= 0,005) ir mirtis (41,4% vs
. 55,8% P
= 0,001). Nebuvo jokių skirtumų tarp mokymo komplekto ir įteisinimo nustatyta pagal amžių, naviko svetainė Lauren klasifikacija, TNM stadija, diferenciacijos ir ACT ( P
vertė svyruoja nuo 0.082 iki 0.898). Vėliausiai tolesnių, 641 pacientai (423 ir 218 į mokymo ir patvirtinimo rinkinys, atitinkamai) sukūrė atkryčio ir 482 mirė (300 ir 182 mokymo ir patvirtinimo rinkinys, atitinkamai). Daugiamatė Cox regresinė analizė parodė, kad ten buvo reikšmingai didesnis mirties ir atsinaujinimo riziką pacientams, sergantiems difuzinio tipo, prasta diferenciacijos ir naviko III stadijos ir IV, palyginti su pacientų, sergančių žarnyno tipą, gerai /vidutinio diferenciacija ir naviko stadija I ir II tarp mokymo rinkinys, patvirtinimas rinkinys ir duomenų analizė. Be to, platinos pagrindu AKTAS po operacijos parodė didelį apsauginį poveikį tiek OS ir RFS GC pacientų (S3 lentelė).

asociacija, HMGB1
SNP chirurgo rezultatus GC pacientų

įvertino asociacija HMGB1
SNP genotipų su GC klinikinių rezultatų, naudojant daugiamatis Cox regresinę analizę su koregavimo amžių, lytį, auglio vietą, Lauren klasifikavimo, diferenciacija, TNM etape ir ACT (kaip parodyta 1 lentelėje). Rezultatai parodė, kad tag SNP rs1045411 buvo reikšmingai susijęs su OS GC pacientų mokymo rinkinys. Lyginant su pacientais, su GG genotipą, turintiems variantas alelių (AG ir AA genotipo) turėjo gerokai mažesnė mirties rizika (SR = 0,77, 95% PI: 0.60-0.97 P
= 0,032). Šis reikšmingas išvada buvo patvirtinta nepriklausomo patvirtinimo rinkinį ir duomenų analizė, su HRS nuo 0,80 (95% PI: 0.62-0.99; P
= 0,046) ir 0,78 (95% PI: 0,55-0,98; P
= 0,043), atitinkamai. Kaplan-Meier kreivė analizė taip pat numatyta stiprią asociaciją su OS. Pacientai, vežantys AG /GG genotipų rs1045411 turėjo geresnį OS nei padarė tie, GG genotipu, mokymo rinkinys ( P
= 0,024, pav 1A), įteisinimo rinkinys ( P pervežimas = 0,017, pav 1B ) ir sujungti analizė ( p
= 0,001, pav 1C).

Stratifikuotas analizė asociacijos rs1045411 su OS HOST kintamieji

Mes atlikome sluoksninės analizes, siekiant įvertinti asociacijas tarp genotipų rs1045411 ir OS GC pacientų amžius, Lauren klasifikavimo, diferenciacija, TNM etape ir veikti. Kurias rs1045411 suteikiamos reikšmingos apsauginiai poveikis buvo ryškesnis nepageidaujamų pogrupius su HR svyruoja nuo 0,39 iki 0,69 (pav 2a). Dėl išsamesnės informacijos, didelis sumažėjo mirties rizika, susijusi su variante, kurių sudėtyje yra genotipų (AG /AA) nuo rs1045411 buvo pastebėta vyresnio amžiaus pacientams (RS = 0,69, 95% PI: 0,48-0,99), difuzinis tipas (RS = 0,67, 95% PI: 0,47-0,95), prasta diferenciacija (RS = 0,66, 95% PI: 0,45-0,95), III ir IV (HR klinikinė stadija = 0,58, 95% PI: 0,37-0,93) ir be ACT (RS = 0,39, 95 % PI: 0,20-0,76). Be to, dabartinė sluoksninė analizė parodė panašią tendenciją RFS su HR svyruoja nuo 0,44 iki 0,79 (pav 2b). Rezultatai parodė, kad AG /AA genotipai rs1045411 suteiktas palankesnis prognozę į neigiamą grupes.

Bendras poveikis tarp rs1045411 ir Lauren klasifikavimo, diferenciacija, pakopa arba ACT OS

Ankstesni tyrimai parodė, kad abi genetinės variacijos ir klinikines charakteristikas bendrauti žaisti kritinių vaidmenis GC progresavimo [17]; ir, kad jei egzistuoja sąveika, klinikinių elementų naviko progresavimo poveikis bus pakeistas genotipas. Todėl bendra analizė buvo atlikta siekiant įvertinti galimą tolygiam poveikį rs1045411 šių klinikinių charakteristikų (Lauren klasifikacija, diferenciacija, scenos ir veikti), atstovaujančiai statusą naviko progresavimo OS GC pacientams. Kaip parodyta 2 lentelėje, ten buvo tarp rs1045411 ir Lauren klasifikavimo, diferenciacija, pakopa arba ACT genotipų reikšminga sąveika (visi P
_{sąveika < 0,001). Palyginti asmenims, turintiems AG /AA genotipas ir žarnyno tipo, tie su GG genotipą ir difuzinio tipo turėjo žymiai didesnį mirties riziką (ŠS = 2.09, 95% PI: 1.42-3.08 P
< 0,001). Panašūs rezultatai taip pat buvo rasta pacientų, vežančių GG genotipą su prasta diferenciacijos (RS = 2,48, 95% PI: 1.70-3.62 P
< 0,001), pacientams, GG genotipo etape III /IV ( RS = 2,99, 95% PI: 2,04-4,38 P
< 0,001), ir pacientams, turintiems GG genotipą su aktu (RS = 4,49, 95% PI: 2.70-7.45 p
. < 0,001), lyginant su atitinkamą referencinį GROUP UAB}

Funkciniai poveikis rs1045411 apie genų ekspresijos

Bioinformatikos analizė (http://www.microrna.org/microrna/home. padaryti) atskleidė arti tAG SNP rs1045411 į prognozuojamą MicroRNA jungimosi vietų (HSA-Pasaulis-505) į 3'-neišverstas regione (3'UTR) ir HMGB1
genų [22] (pav 3A ). Mes pirmą kartą patvirtino PPN-505 išraišką SGC-7901 ir HEK-293T ląstelių linijų, ir nustatė, kad Pasaulis-505 turėjo palyginti didesnę ekspresiją (pav 3b). Ištirti, ar žymė SNP rs1045411 genotipai į 3'UTR srities HMGB1
genas gali pakeisti genų ekspresiją, dvi ląstelių linijos buvo pernešta su liuciferazė reporteris plazmidžių, kuriose yra laukinių (GG) ar variantu (AA) genotipas SNP rs1045411 (pav 3c). Rezultatai parodė, kad SNP rs1045411 žymiai parodė į normalizuotas liuciferazės veiklos poveikį abiejų perkeltų ląstelių. Palyginti su ląstelių transfektuotose konstruktai, vežančių laukinių genotipą (GG) SNP rs1045411, ląstelių transfektuotose konstruktai, vežančių variantų genotipą (AA) eksponuojama didelė sumažėjo liuciferazės veiklą. Anti-miR-505 poveikis liuciferazės veiklos reporteris plazmidžių taip pat buvo įvertintas tyrime. Rezultatai parodė, kad liuciferazės veikla iš dviejų UTR konstruoja (p-miR-G ir p-miR-A), buvo žymiai padidėjo anti-miR-505 abiem ląstelių linijų su eliminuojami skirtumų liuciferazės veiklos tarp dviejų reporteris plazmidėmis. Be to, mes naudojamas kiekybinis RT-PGR ištirti SNP rs1045411 genotipų poveikį HMGB1 iRNR raiška 60 GC audinių (30 su GG genotipą ir 30 su AG /AA genotipo) nuo patvirtinimo rinkinys. Kaip parodyta pav 3D, mes nustatėme, kad iRNR raiška lygis HMGB1 buvo reikšmingai didesnis vežėjams, su laukinių (GG) genotipo rs1056560 nei tie, kurie atliekami variantą (AG /AA) genotipų (1,04 ± 0,50 vs
. 0,79 ± 0,37 p
= 0,004).

Diskusijos

Šiame tyrime mes ištirti genetinių polimorfizmas į HMGB1 pervežimas geno su asociacija GC pacientų prognozės iki dviejų pakopų analizė mokymą bei rinkinių. Mes parodė, kad AG /AA genotipas TAG SNP rs1045411 į HMGB1 pervežimas 3'-UTR yra reikšmingai susijęs su geriau OS A 704 GC pacientų rinkinys, palyginti su GG genotipų. Tai reikšmingas ryšys buvo patvirtinta nepriklausomo patvirtinimo rinkinį 326 GC pacientams, taip pat jungtinę analizę visų 1030 GC pacientams. Funkcinis testas parodė, kad SNP rs1045411 genotipai turėjo didelę įtaką iRNR raiška HMGB1
GC audinių, taip pat dvi vėžinių ląstelių linijos. Be to, palankios prognostinė poveikis rs1045411 buvo labiau pastebimi neigiamo pogrupių GC pacientams. Be to, bendra analizė parodė reikšmingą sąveiką genų klinikinė elementais. Kiek mums žinoma, šis tyrimas pirmą kartą pranešė, tarp HMGB1
genų polimorfizmas ir GC prognozės asociacija. Patvirtinus HMGB1
SNP rs1045411 gali būti naudojamas kaip prognostinis persekiotoją kartu su tradicinių klinikinių prognozavimo veiksniai priimant sprendimus GC individualaus režimo.

didėjantys įrodymai rodo, kad padidėjusi HMGB1 yra susijęs su naviko metastazių ir blogos prognozės [16, 23-26], todėl HMGB1 patrauklią naviko biologinis. Ji buvo pasiūlyta, kad HMGB1 veikia kaip potencialiai onkogeninių baltymų skatinti navikų pažangą [15, 27, 28], ir jo ekspresija vėžinių ląstelių turi įtakos priešvėžinių, T-ląstelių atsako per aktyvavimo signalų tarp ląstelių perdavimą [15, 29]. Iš tiesų, padidėjusi išraiška HMGB1 buvo aptikta sergančių pacientų GC ir kitų rūšių vėžį [30-32], ir jo išraiška yra glaudžiai susijęs su tumorigenezei [33], auglio invazijos ir metastazių [29]. Be to, Chung et al [34] parodė, kad serumo HMGB1 lygiai taip pat buvo reikšmingai susijęs su naviko invazijos, metastazių, augimo, o taip pat, blogos prognozės. Apibendrinant, šios išvados remti svarbų vaidmenį HMGB1 vėžio transformacijos, naviko augimui ir invazijos.

Nepaisant išsamių tyrimų HMGB1 išraiškos audiniuose ir atitinkamų jos serologinio veiklos dėl vėžio evoliucijos, yra keletas tyrimai daugiausia dėmesio skiriant iš VNP-ai poveikis HMGB1
genų vėžio prognozei arba reakciją į gydymą iki šiol. Į Kinijos pacientams, sergantiems plaučių vėžiu, du VNP-ai, rs141215 ir rs2249825 grupės, kurie yra susiję su chemoterapiniais platinos preparatais atsakymų [35]. Be to, pacientams, sergantiems burnos suragėjusių ląstelių karcinoma, dar HMGB1
polimorfizmas tuo SNP rs3742305 buvo susijęs su naviko progresavimo ir išgyvenimo pasikartojimų be [36]. Tačiau, mes be SNP rs3742305 iš šio tyrimo, nes jis yra stiprus ryšys pusiausvyros pažeidimo, SNP rs1045411. Be šio tyrimo, mes nustatėme tą variantą, kurių sudėtyje yra (AG /AA) genotipai TAG SNP rs1045411 buvo reikšmingai susijęs su geriau OS pacientams, sergantiems GC, remti svarbų vaidmenį HMGB1 GC raida.

Nuo SNP rs1045411 įsikūręs 3'UTR regione HMGB1
genas, tai gali turėti įtakos HMGB1 pervežimas geno ekspresiją GC pacientams. Iki šiol, tačiau nėra tyrimų, siekiant įvertinti SNP rs1045411 funkcijas. Mes nustatėme, kad rs1045411 yra labai arti prognozuojama MicroRNA privalomu vietoje (turi-Pasaulis-505) [22], o tai rodo, kad toks šioje padėtyje variacija gali turėti įtakos mRNR stabilumą ir privalomas veiklą MicroRNA, taip tolygiam genų ekspresiją [ ,,,0],37]. Iš tiesų, mūsų liuciferazės Reporter tyrimai patvirtino reikšmingą įtaką rs1045411 apie po transkripcijos reguliavimo HMGB1 pervežimas geno A Pasaulis-505-priklausomo mados. Be to, nagrinėjant HMGB1 iRNR išraiška lygį 60 GC audinių mėginių genotipo duomenimis SNP rs1045411, mes nustatėme, kad audiniai, vežantys variantas sudėtyje (AG /AA) genotipai buvo žymiai sumažėjo HMGB1 iRNR raiškos lygį, palyginti su tų, sergantiems homozigotine gamtoje (VS ) genotipas. Kartu paėmus, mūsų eksperimentiniai duomenys parodė, kad palanki prognostinė efekto variantas sudėtyje (AG /AA) suteikti genotipai rs1045411 buvo glaudžiai susijusi su nukrypusiu nuo normos išraiškos HMGB1
.

Mūsų dabartinis tyrimas parodė, kad reikšmingi arba ribinio apsauginiai poveikis varianto, kurių sudėtyje yra (AG /AA) genotipai SNP rs1045411 apie OS ir RFS GC pacientų buvo rasta beveik visiškai neigiamas (bet ne palankių) sluoksnius pacientams. Tai sutinka su ankstesniais tyrimais, įrodančiais, kad SNP įtakos vėžio išgyvenimo ryškesni konkrečiose pogrupyje pacientų. Pavyzdžiui, Wang, ir kt
[38], pranešė, kad PSCA
rs2294008 yra reikšmingai susijęs su išgyvenimo rezultatai tarp difuzinės tipo skrandžio vėžio, bet ne žarnyno tipo skrandžio vėžio. Pu ir kt
[39] taip pat teigė, kad MicroRNA susijusių genetiniai variantai yra daugiau nepaprastai susijęs su nesmulkiųjų ląstelių plaučių vėžio išgyvenimo pradžioje pacientams etape. Mes taip pat pastebėjo, reikšmingos sąveikos poveikį tarp rs1045411 genotipų ir klinikinių elementų, tokių kaip Lauren klasifikavimo, diferenciacija, klinikinės stadijos ir palaikomąja chemoterapija moduliuoja GC prognozę. Šie reikšmingi koreliacijos parodė, kad SNP rs1045411 gali turėti galimas tolygiam vaidmenis šių klinikinių charakteristikų, atstovaujančių naviko progresavimą. Tačiau šie mechanizmai dar reikia toliau tirti ateityje.

Šis tyrimas keli skirtingi bruožai. Pirma, buvo įtraukti pacientai, daugiausia iš Shaanxi ir gretimose srityse, kuris tinka atliekant gyventojų orientuotus tyrimus dėl geografinio stabilumą, esant žemai judumo lygis. Antra, santykinis didelis populiacijos dydis įtraukti į šio tyrimo leido atlikti Scenos sluoksninė analizę mokymo ir tvirtinimo komplektai, kurios apribojo veikiančių veiksnių naviko ir gydymo heterogeniškumo. Vienas iš pagrindinių apribojimas Šiame tyrime yra tai, kad santykinė mažas gyventojų patvirtinimo rinkinys gali atsirasti klaidingų neigiamų rezultatų. Be to, kadangi mūsų tyrimas buvo tik Han kinų, mes negalime paneigti Apibendrinamu klausimą. Ateities studijos didesnių gyventojų ir kitų etninės yra pagrįstas.

Apskritai, kaip pirmojo tyrimo stebint poveikį, HMGB1
genų polimorfizmas apie GC prognoze Kinijos gyventojų, mūsų duomenimis galima teigti, kad žymės SNP rs1045411 į HMGB1
genas turi didelį poveikį klinikiniam rezultatui GC pacientams, ypač pacientams, sergantiems progresavusia etape ar kitos agresyvios klinikos statusą. Šis tyrimas turi galimą klinikinę reikšmę padedant tobulinti gydomąjį sprendimus gydant GC.

Pagalbinė informacija
S1 lentelę. Informaciniai ir genotipo nustatymo rezultatai HMGB1 VNP-ai
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s001
(DOC)
S2 lentelė. Pasirinkti demografinius ir klinikinius požymius skrandžio vėžio pacientų
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s002
(DOC)
S3 lentelė. Pasiskirstymas pacientų savybių ir prognozės analizė mokymu ir patvirtinimas rinkinys
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s003
(DOC)

• PLoS ONE: Naviko turinys diagrama-Assisted HER2 /CEP17 Skaitmeninis PGR analizė skrandžio vėžio biopsijos mėginių
• PLoS ONE: prognostinis reikšmė Molekulinės analizės peritoninės skystis sergantys skrandžio vėžiu: metaanalizė